3H5BA

Crystal structure of wild type hiv-1 protease with novel p1'-ligand grl-02031
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Design of HIV-1 protease inhibitors with pyrrolidinones and oxazolidinones as novel P1'-ligands to enhance backbone-binding interactions with protease: synthesis, biological evaluation, and protein-ligand X-ray studies.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3h5bA00
5P44A 5KAOA 4XKXA 2UXZA 4CPWA 4DPFA 3S54A 4LXAA 3G72A 4YOBA 4Y3FA 4AZYA 3EL9A 1PROA 2PK6A 4Y5KA 2QMDA 4R93A 4OBDA 2Q11A 4CMSA 2QK5A 4ER1E 5ER2E 5P7CA 1F34A 3VG1A 5P0GA 4CPRA 5P4AA 1F7AA 5OZRA 4RCDA 2R8NA 1AIDA 2IDWA 3OWNA 3UQRA 2PMAA 3O9EA 1EC1A 2FIVA 2V0ZC 1FB7A 1BDQA 5JFPA 5P7XA 4J0ZA 4EQ0A 4ZE6A 5OZIA 2G1RA 3FX5A 5HE5A 4AMTA 3N3IA 3UDJA 4Y3XA 4Y4WA 3L38A 3ZKIA 2NXLA 2CENA 4Y3EA 5DR4A 3INEA 3VYFA 1A8KA 5ISKA 5OYTA 3QROA 1PSOE 3UHLA 1EBZA 3PMYA 5HCTA 2WEZA 3IN4A 3UPJA 5DQ5A 4B1DA 5P61A 2VA7A 4APEA 3UQUA 1HVKA 5P0JA 2VJ9A 4Y56A 3EC0A 5P8IA 5P3QA 5P5TA 1M43A 1ZPKA 3H0BA 5P5JA 4QGIA 3T7XA 1PPLE 2QAKA 3QP0A 4CKUA 4OBZB 2AVOA 3WB4A 1MEUA 2RKFA 5P5DA 1RQ9A 2XYEA 3OADA 2A1EA 2A4FA 3HD8A 5P12A 3GI5A 8HVPA 4MC1A 1E82E 5P1GA 1K2BA 1DP5A 3IVIA 2AZ9A 3C9XA 1KJGA 4J0VA 4A6BA 1BWAA 2AOJA 4Y5NA 4Y9WA 4ZLSA 3GGAA 2AOGA 1BV9A 4XXSA 5HU1A 3K5CA 5P42A 5P3CA 4Y44A 5P0HA 4Y5LA 5P7WA 4Y3RA 5P17A 5P7FA 3L3AA 4L6BA 5P82A 4I10A 3S7LA 5P8FA 3LITA 5IVQA 4YCYA 1GKTA 3SA6A 2ZJKA 3OQAA 5P5ZA 4YOAA 5F01A 3NU4A 2AVSA 3QVCA 5P47A 3EL5A 3BRAA 4LP9A 3QS1A 3H5BA 3RTHA 3OUCA 2NPHA 5OZUA 5KOSA 4YCTA 5KR0A 4APRE 5P8KA 3D91A 4Y3JA 2B60A 5P4TA 5OZWA 5P1ZA 4Q1YA 5P7TA 1LF4A 3HVGA 2Q64A 5P4MA 3EM6A 3HW1A 3KMYA 4Y4BA 1ODWA 2P3CA 5P1PA 1FQ6A 1C6ZA 5P5RA 1YTGA 3GGXA 3NWQA 1FQXA 3LIQA 1BXQA 3IXKA 5AHCA 2OHNA 3OOZA 4Y5GA 4Y4TA 5I3VA 1XDHA 1Z1RA 2H6TA 4FRIA 4Y36A 4K4RA 3PB5A 5AH9A 1BDRA 5P0FA 1META 4Y4AA 3R1GB 5P2CA 2G27A 2QZKA 3RSVA 4J1HA 5P78A 1C6YA 3EBZA 3VYEA 2WEDA 1SH9A 5OYUA 4CPSA 2ANLA 1AVFA 5P16A 3ZMGA 3MXDA 5P70A 5P6FA 3K5DA 3R2FA 1D4KA 3PJ6A 1RV7A 5E5KA 1HTEA 5OZPA 1IZIA 4QJ6A 1GVWA 2VIYA 5OZQA 1TSUA 3S43A 3ZPSA 3VYDA 4QLHA 5OZEA 3T7QA 3NYGA 3SABA 3QAAA 3UDRA 3URLA 3NDUA 4YDGA 4K8SA 2J9JB 2R38A 4J55A 5OZBA 1IDAA 3UDMA 5HVPA 2PH8A 3S7MA 2PSUA 1TCXA 3TL9A 2VNMA 4F73A 1NSOA 4FRSA 4Y47A 1W6HA 4EWOA 5P2RA 5SY3A 1K6CA 1HPOA 3PLDA 5P75A 5P04A 5P6DA 4EJLA 5BWYA 5P0ZA 3NXEA 4J1EA 5P7NA 3D1ZA 1RPIA 3OOTA 1FG6C 3JVWA 4OBHA 4CPUA 3EKYA 1RL8A 1U8GA 5IVTA 1TCWA 2BPYA 1OD1A 3BGCA 5P1DA 5I3YA 2NTRA 4Y3QA 3HAUA 1ODXA 4I0DA 3EKPA 4XX4A 4Y3ZA 5OYVA 4ZSPA 3K4VA 4BFDA 4HE9A 1ER8E 2V13A 4I0EA 4YA8A 1HBVA 1NPVA 3OK9A 5P2YA 3PEPA 5P5AA 4NJVA 3ZPTA 1XL2A 4Y45A 1B6MA 1GVTA 3TLHA 1EC2A 2AOFA 4YDFA 1FFIC 2P3AA 2V10C 2JJIA 5P83A 1ZJ7A 5P4SA 5CLMA 3O99A 3R0YA 2R9BA 3KFSA 2HB3A 3VV8A 1PPKE 5P7LA 3L58A 3WZ7A 1IDBA 2F8GA 5P87A 3LNKA 3KM4A 4QJAA 1XL5A 5DQCA 3UDPA 2AVVA 4Y5EA 4FCOA 5P51A 4RYGA 2J9KA 1TSQA 4FL8A 3K5GA 4Y5PA 5P37A 5P2EA 3GGUA 5P3LA 5P6XA 3SA5A 5P80A 4ZIPA 4HDPA 3IVHA 4RRNA 2B8VA 1HTFA 1MTBA 3BGBA 4ER4E 3NR6A 4D83A 5KR8A 2AVQA 4LAPA 3TPJA 5P1QA 5JODA 2QHYA 3FKTA 4Z2ZA 1HSGA 5KR2A 1G35A 4J1CA 1ZP8A 2O4KA 4DJVA 4YE3A 4DVFA 1RNEA 3PGIA 3QRMA 5OZGA 3S2OA 1LEEA 5P1LA 3M9FA 2HB4A 2HC0A 4Y5CA 2Q63A 4K4PA 3PHVA 1N49A 3OADB 3LZYA 2O4SA 5IS4A 5AH7A 1G2KA 1SDVA 1SDUA 3R0WA 3D20A 5OZYA 5OZAA 5P46A 4B77A 4J17A 4K4QA 4GJ6A 3T6IA 2OAHA 5P3SA 2F80A 5SXNA 2XYFA 2EWYA 5P6OA 4RCEA 5IVRA 5P0MA 5P5WA 3OTSA 5P10A 3NDTA 3ZLQA 5P6EA 5P33A 1EC3A 2G24A 1UPJA 3PCZA 1HVRA 1YM2A 5HTZA 5OZVA 3D3TA 5APRE 4DQCA 5DQ1A 1LZQA 1WBMA 1K1TA 5P1AA 4LL3A 5P71A 5P43A 1W5YA 5EZZA 2PH6A 5P3DA 5P1TA 5I70A 1A9MA 4I8ZA 5P0RA 3MWSA 5FIVA 3O9HA 5UPJA 5P2XA 1MUIA 2PYMA 4LXKA 5P2AA 5P5MA 1EPNE 3LINA 3K4VC 3OHHA 3NU5A 2BQVA 3B7VA 2ZJJA 2WF4A 4Y5AA 2PC0A 5P6AA 2PYNA 2B7ZA 5P6CA 4F74A 4YD7A 5P3RA 5P2QA 1UH8A 2ZHRA 3UQXA 4Y41A 3VV7A 5P34A 1SMRA 5OZKA 3F9QA 3VV6A 3GI6A 5P0TA 4EJ8A 1E5OE 2FXDA 4QJ8A 4Q1WA 3NSHA 1EC0A 5P0DA 5P8VA 1FKNA 4B05A 2RMPA 3SKFA 1EBYA 5P4UA 3PMUA 4EPJA 5P7QA 3KFRA 3U6AA 2ZGAA 5P1XA 3O9GA 4ZSQA 4D85A 5JFUA 4ZPEA 5P0XA 3MSLA 2ZHVA 5P6IA 3O9LA 4ACUA 1DIFA 3VLBA 1YTHA 3DOXA 3S43B 2P8HA 5P4JA 1DAZC 2R5PA 5P63A 5ISJA 4KE1A 5P2LA 4HZTA 3FNSA 4Y3HA 4PEPA 3I7EA 3PWRA 3T3CA 4GYEA 4GJ7A 1QBUA 3NWXA 1SDTA 5P1YA 4L7HA 1DPJA 3VLAA 5KQFA 3KDDA 2I0DA 2QHCA 4XX3A 5OZZA 3KDCA 5P2JA 4B1EA 3WZ8A 2QCIA 2QHZA 4Y4UA 3LIYA 1VIKA 5P38A 3HDKA 4Y3DA 5B18A 1T7KA 2WF3A 1HEGE 5P7ZA 4H3IA 4WY6A 5OZ4A 1E80E 2R43A 5P6UA 1FMXA 4NPUA 3MSKA 4N00A 2Z54A 1FF0C 3SA7A 1GVUA 5P4BA 4FRJA 4Y4DA 4J54A 2NNPA 3FIVA 4Y3AA 5AGZA 1T6EX 5P0QA 3UFLA 4HLAA 4FM6A 4PZWA 5P0KA 4A6CA 5P4FA 3Q70A 1MSMA 5P1NA 1HSHA 1ENTE 5P8AA 4AA8A 1MPPA 5P05A 5P4RA 1CPIA 1FQ5A 5ENMA 5P3OA 1GNOA 1ZPAA 5OZ6A 2QU3A 2B7FA 1Z1HA 1AAQA 5P25A 5P5OA 2VKMA 2NXMA 2BPVA 1IVPA 2AZCA 4OC6A 5P76A 5P1WA 5OZFA 2XFIA 2Q55A 5P8UA 5P2MA 1HSIA 5J25A 1LYWA 4Y6MA 4U7VA 3UDNA 5P8SA 1B6PA 3BUFA 2VS2A 1AJXA 2P3BA 2QP8A 3HBOA 1XN2A 5P1FA 2XFJA 5P24A 2NMYA 5P6SA 2I1AA 4EHCA 4UPJA 2OHTA 4FS4A 2UPJA 5P22A 3K5FA 4B0QA 2AZ8A 1APVE 3PLLA 4Y48A 1ZSFA 1B6JA 5P1KA 4Y51A 5P4IA 4HDFA 5P59A 5P74A 1W5XA 2UY0A 2G1OA 1BDLA 3I6OA 4OBGA 3O9AA 5P8PA 3RVIA 1APWE 1NH0A 3NDWA 2R3WA 4DH6A 4FAFA 3RSXA 5P7DA 4YD5A 5OZJA 2AODA 1PSAA 1HTRB 4DJXA 1B11A 2ZDZA 4WY1A 5P6KA 5DPZA 4ZPFA 4GJ9A 3ZKNA 2ZHUA 1BVGA 4B1CA 4NJSA 3CKRA 3IGBA 2I0AA 4QJ2A 3UDHA 3VCMA 2CEJA 5OZNA 2PSGA 3OTYA 5P4VA 1QBTA 3RTMA 1KJ4A 5C9DA 5P4ZA 4RVIA 3QPJA 4U8WA 1SMEA 4YCKA 1MTRA 5P7AA 5P1HA 3L5BA 5P0VA 3MSJA 4Y3LA 5P45A 1C6XA 4DJOA 1A94A 5OYWA 4I0FA 4J1IA 4NPTA 4DI2A 5P5UA 2HS2A 2MIPA 4QJ9A 4FSEA 1B6KA 5P2OA 3WB5A 2V11C 5P2ZA 2NNKA 2PWCA 4Y3SA 2BB9A 3VFAA 2B42A 3QI1A 5P19A 3G70A 3PRSA 5OZLA 3BXRA 5P2KA 1XS7D 5P84A 2G1NA 3DJKA 3UFNA 5P18A 5TOLA 5P0IA 1TW7A 1YT9A 5CONA 3TPRA 5P4PA 3IN3A 2HIZA 3PM4A 4B78A 4Y39A 5P6BA 2RKGA 3FSMA 1YTJA 3IA9A 5P54A 5P7RA 1EBWA 3O9LB 5OZ2A 5P4OA 3DV1A 5P2TA 2QD6A 2ZJNA 1KJ7A 4J0YA 1EAGA 5COOA 5P7UA 4DJQA 2IKOA 2BKTA 5F00A 3WSJA 2ZHSA 4DPIA 3NU9A 4HVPA 2OHPA 5P6QA 4ZSRA 3I25A 1BWBA 5SY2A 1BXOA 1FMUA 5HCOA 2G26A 5JG1A 1TZSA 1YM4A 5P3GA 2BKSA 3S8IA 3PWWA 5OZMA 5P5FA 1Q9PA 1BAIA 4KUPA 3OQDA 3PSUA 1GVXA 2IENA 3SACA 5HE7A 5P7SA 4I0JA 2AZBA 4DQFA 2QZXA 5DGWA 4Y5BA 1D4IA 5P50A 5P7HA 5P88A 3VSXA 3K1WA 2FGUA 5OZ0A 5P13A 5SZ9A 2IEOA 5P1SA 2AQUA 4COEA 4RLDA 5HDUA 3EXOA 1SIPA 5P08A 2QMGA 3QRSA 2CEMA 2WF1A 3GW5A 4OBKA 1E81E 4Q1NA 3HAWA 2P3DA 2I4WA 4JOOA 2WECA 1HPSA 1ZSRA 4Q5MA 5P0LA 2HM1A 3LHGA 3TPLA 1W6IA 3EL0A 7UPJA 1K6PA 3NDXA 1HXBA 5P5BA 2FMBA 5I3WA 1QRPE 3OXWA 1HVSA 2I4UA 4DUSA 2WF2A 1A30A 5P4EA 1SBGA 3BXSA 1B6LA 1FG8C 5P4DA 5P69A 3MXEA 5P3YA 4Y4JA 1EPPE 5DGUA 4BEKA 2QD8A 3U71A 3TPPA 1D4SA 4OC6B 3SO9A 1M0BA 3OXCA 1BILA 1ZTZA 3ZOVA 5P5EA 1LYWB 5P1OA 4DV9A 4L1AB 1MSNA 5P56A 5P6RA 3EKTA 1D4JA 3L5FA 4GJDA 3SM1A 5KQYA 3SKGA 5P1VA 2P3BB 5ER1E 2O4LA 2Q3KA 1GNMA 3PCWA 1XE6A 3CKTA 1HIVA 2FLEA 2WL0A 5DR7A 5P14A 2ZJLA 4M8YA 5P4WA 3R4BA 5P1UA 4EQJA 4B70A 4Y43A 3PI0A 1ODYA 4J1FA 1HVJA 1B5FA 3UF3A 2XFKA 4A4QA 3DM6A 2Z4OA 3EMYA 5KQZA 3NUJA 4D89A 4Y37A 2NXDA 1G6LA 5HD0A 2V16C 2OHLA 3KA2A 4Y58A 5P66A 3IXJA 5P58A 3S45A 2P4JA 1TQFA 3OU4A 5P03A 3JW2A 4GB2A 4GZFA 2QI3A 1FLHA 3TKWA 3TNEA 3HLOA 4LC7A 3EKVA 5P77A 5P7OA 3NLSA 5DQ4A 4I8WA 4DQGA 3APPA 2F81A 1NPWA 5P8CA 3UDKA 1QDMA 1W5VA 3BHEA 4GJ8A 3OY4A 2AOCA 5P5IA 1D4LA 1HVCA 5P5PA 4DJRA 5P4HA 4U7QA 3LIZA 3TKGA 5P2HA 2ER6E 3OUAA 1KJHA 4J0PA 5P8BA 4I0GA 3VFBA 1M4HA 4CPQA 3GI4A 2QU2A 1VIJA 5P3AA 2JYSA 3O9CA 5AH6A 3HVPA 5PEPA 4H3JA 5P62A 4Y3NA 2OHUA 1HIIA 1IZDA 2OHQA 4EJDA 3ER3E 2O4NA 5P53A 4MC9A 4WTUA 3Q5HA 1HPVA 2IGXA 4RROA 5P2VA 4DJUA 1OEWA 2I4XA 3CKPA 7HVPA 2IGYA 1W50A 3ZPUA 5P0EA 1ZBGA 5OYSA 3TOGA 4Z22A 4TRWA 5P41A 5E5JA 3T11A 1EPME 2OF0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P44 A;  5KAO A;  4XKX A;  2UXZ A;  4CPW A;  4DPF A;  3S54 A;  4LXA A;  3G72 A;  4YOB A;  4Y3F A;  4AZY A;  3EL9 A;  1PRO A;  2PK6 A;  4Y5K A;  2QMD A;  4R93 A;  4OBD A;  2Q11 A;  4CMS A;  2QK5 A;  4ER1 E;  5ER2 E;  5P7C A;  1F34 A;  3VG1 A;  5P0G A;  4CPR A;  5P4A A;  1F7A A;  5OZR A;  4RCD A;  2R8N A;  1AID A;  2IDW A;  3OWN A;  3UQR A;  2PMA A;  3O9E A;  1EC1 A;  2FIV A;  2V0Z C;  1FB7 A;  1BDQ A;  5JFP A;  5P7X A;  4J0Z A;  4EQ0 A;  4ZE6 A;  5OZI A;  2G1R A;  3FX5 A;  5HE5 A;  4AMT A;  3N3I A;  3UDJ A;  4Y3X A;  4Y4W A;  3L38 A;  3ZKI A;  2NXL A;  2CEN A;  4Y3E A;  5DR4 A;  3INE A;  3VYF A;  1A8K A;  5ISK A;  5OYT A;  3QRO A;  1PSO E;  3UHL A;  1EBZ A;  3PMY A;  5HCT A;  2WEZ A;  3IN4 A;  3UPJ A;  5DQ5 A;  4B1D A;  5P61 A;  2VA7 A;  4APE A;  3UQU A;  1HVK A;  5P0J A;  2VJ9 A;  4Y56 A;  3EC0 A;  5P8I A;  5P3Q A;  5P5T A;  1M43 A;  1ZPK A;  3H0B A;  5P5J A;  4QGI A;  3T7X A;  1PPL E;  2QAK A;  3QP0 A;  4CKU A;  4OBZ B;  2AVO A;  3WB4 A;  1MEU A;  2RKF A;  5P5D A;  1RQ9 A;  2XYE A;  3OAD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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