5P2KA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 138
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2kA01
4NJSA 5P38A 3EL5A 5P1RA 2WEAA 5P8CA 2O4NA 3KDCA 3D1YA 4M8YA 4J1IA 4KE1A 4J0TA 5P6PA 4JECA 5IVTA 4RZ1A 1MRXA 3PB5A 4LXMA 2XFKA 1Z8CA 5KR1A 5P2JA 5P1VA 3QIHA 5P4XA 5P1XA 2NXMA 2OHTA 4UPJA 3PI5A 5P0TA 4QJAA 2IKOA 3R2FA 1HVJA 4B00A 4PZWA 5E5KA 3PGIA 3TPJA 5AH6A 5OZXA 5P3ZA 5P39A 5OYTA 3OOTA 2NXLA 2AOGA 5P2YA 3WB4A 4L7HA 5P4UA 1JLDA 4GJ8A 5P02A 5P0YA 3S45A 1MSNA 3CKRA 4D89A 3TTPA 3OXWA 2VA6A 1AJXA 2QZKA 2G20A 2O40A 3ZKQA 4Y4WA 1K1UA 3CICA 4Y4BA 2QCIA 4RYCA 2AVMA 4DJPA 2J9JA 5P08A 5P5LA 1IZDA 4EQJA 5IVQA 1OEXA 1B6KA 4TRWA 1W5WA 2G1SA 1YT9A 1MESA 5P44A 3OTYA 5DR8A 5HE5A 5BS4A 4K4PA 4GYEA 1XL2A 3JW2A 2H6SA 2P3BA 3S8IA 4FRKA 5P8VA 2BBBA 5OZ0A 3BC4A 4JPEA 4Y4ZA 1UH7A 3VFAA 4GJ5A 3EKYA 1QRPE 3LZSA 1OHRA 2NPHA 3D20A 4DJOA 5P52A 5T4SA 3CYXA 4Y3GA 4YCTA 2IEOA 4APEA 3B80A 5P4PA 4RCFA 2QNNA 3L5FA 3O9IA 2NTRA 3ZPSA 2VJ7A 3UDNA 3FSMA 3UQUA 4PYVA 4CPQA 4S1GA 3NXNA 3NUJA 1EPQE 3KN0A 1BDQA 4DVFA 3OQAA 1IZEA 3ER5E 5ER2E 5P5UA 4HLAA 5P3AA 3ZL7A 5P83A 3TOHA 3APRE 1PPKE 4MC2A 3WB5A 3QRSA 5P31A 1B5FA 5P0DA 3ZLQA 4B1CA 3K4VC 3M9FA 3OK9A 2QI3A 3PBDA 5P1UA 2OHLA 5P3DA 2B60A 5P50A 4MC1A 4B1EA 5OZBA 4K9HA 3EKTA 5P6HA 2AOHA 2B42A 4XX4A 3OHHA 1FQ4A 5P8BA 5P3PA 3VF7A 1PROA 5P75A 5P0BA 4PZXA 3ZMGA 3IAWA 1BXQA 4H3GA 3VLAA 1MUIA 3ZKIA 5I3WA 4GJBA 3FNUA 5DR0A 4GIDA 3NU6A 2G22A 1SMEA 4I0ZA 2AZ8A 3APPA 3VSWA 4Q1NA 3UF3A 3SA4A 4Y5NA 3UCBA 4H3JA 3RTHA 2QI1A 3EXOA 3O9DA 3SA9A 3SLZA 4J0ZA 5P6ZA 1SMRA 2RENA 4Y3FA 1HEGE 4XKXA 5P7KA 3UDMA 1HSHA 4GJAA 4Y9WA 1A30A 5AGZA 2XYEA 2ZYEA 3PM4A 1SBGA 5P6JA 5P0VA 1W5YA 2NMZA 2I1AA 3EL1A 3KF0A 5P29A 2QU2A 1K1TA 4QLHA 2WF4A 5P3EA 3UPJA 3EMYA 3F9QA 5P3BA 1C6XA 5HVPA 1EPOE 3RTMA 4OBZA 2QU3A 4J1KA 1DMPA 1B6MA 1BIMA 4OC6A 2G27A 3TNEA 3ZPUA 4EXGA 3SACA 5P74A 2VIJA 5P5RA 3PWRA 2V16C 4D85A 5DR7A 3QI1A 1PFZA 2ZHRA 1TSQA 1BV9A 5KQZA 5P77A 2QMFA 5P2ZA 5P0EA 1NPAA 5P4NA 2G26A 5P49A 5P89A 5BRYA 3SA5A 3CYWA 5P2LA 5C9BA 2IDWA 4Y54A 2HM1A 7HVPA 4YD5A 3OUDB 5P2CA 2HB4A 5P8TA 1ZPAA 2I4XA 3CKPA 5HTZA 2PQZA 2J9JB 3KT2A 3ST5A 2QI6A 2FDEA 2HC0A 3D91A 1J71A 2VIYA 1APUE 4DJRA 5OZFA 1ENTE 4HDFA 4YBIA 1T7JA 5P2AA 2QP8A 5OZEA 5P2TA 1IDAA 5P87A 3SQFA 4WY6A 1Z1HA 1HEFE 2HAHA 5P72A 3D3TA 3VFBA 4FS4A 1RL8A 5P28A 1KZKA 5P8IA 5P03A 4BEKA 1D4HA 2I4DA 3PEPA 3L5EA 5P4FA 2QNQA 1EPME 4E43A 5JFUA 4YD7A 2ER7E 2IRZA 4FSEA 3S7LA 4B1DA 5P2BA 2WEBA 3LPKA 1HIVA 5ISKA 3TPLA 5P84A 3SA3A 5P6AA 1HSGA 4COEA 3FV3A 1HPVA 4RGHA 5P3UA 4Y4XA 4XX3A 5EZXA 5P4BA 3T11A 5P7LA 1GNNA 2VIZA 3VYDA 3LHGA 1META 2NNPA 4Y4GA 5P5PA 4D8CA 5OZLA 3AIDA 5OZGA 3T3CA 3QBFA 2O4SA 1FMXA 3O9GA 3NUOA 1B5FB 2QI7A 2ZJHA 3O9LA 2OHRA 2G69A 3NU5A 4TVGA 1BBSA 5ER1E 1GNOA 5P43A 4R8YA 1HVCA 5OZWA 3S56A 5IE1A 1Q9PA 5P8RA 5P78A 4HE9A 5IS4A 3DV5A 1NPWA 2A4FA 5P76A 4DPFA 5E5JA 5P01A 1SDUA 2J9KA 5DQ5A 1LS5A 1N49A 4Y5PA 5P2IA 5P2SA 4I0JA 2PSUA 3NU3A 3FNSA 4B77A 4YD6A 5P7YA 3PWWA 5P45A 5P5FA 4FGXA 1AJVA 3QS1A 3SAAA 1RNEA 3PI0A 3OU4A 2V11C 5P4SA 4GJDA 1HVRA 3L5BA 5P5DA 4BELA 1FQ5A 4Y4DA 5P0CA 4R93A 4QJ8A 4HZTA 5P3RA 4DV9A 3QN8A 4ZPFA 3DCRA 3G6ZA 3DV1A 3U6AA 1ZP8A 1FQ6A 4CPSA 4FL8A 4XXSA 4CPUA 1KJ7A 5P13A 4OBZB 4OC6B 2FGUA 1ER8E 1RPIA 3HLOA 1ODWA 4K8SA 3VV7A 5P3GA 4AMTA 2AVOA 5P6RA 2R5PA 5HDZA 3L3AA 4B78A 5COKA 3Q5HA 4U8WA 2I4QA 2PSGA 4FRIA 5P56A 4J54A 5P7AA 3NDXA 3IA9A 5P7HA 5P1OA 5ISJA 2O4KA 1HTRB 5JODA 5P8KA 5P6NA 4AA9A 4TVHA 1TSUA 4WTUA 2QMDA 3BUHA 4Q1XA 4DJQA 3T7PA 2RSPA 1MSMA 1BDLA 5P0LA 3KT5A 1T6EX 3D1XA 4GJ7A 5P80A 4HEGA 2WF0A 4GB2A 5UPJA 4Y4AA 2JE4A 3OGQA 4RCEA 4YOBA 1W5XA 3BVBA 4DJUA 4H1EA 5AHBA 1YG9A 4B72A 3OQ7A 4FRSA 4Y43A 1SGUA 5OZ2A 4Y3DA 1FKNA 1FEJC 2QZLA 5P3NA 3QRVA 5P4ZA 1HOSA 2ANLA 4DQGA 4NJVA 3T6IA 1KJGA 3GI0A 4FM7A 4LC7A 2QAKA 2VNNA 5P7XA 4AUCA 1FFFC 1HXWA 1LEEA 1YTGA 1FB7A 5P3CA 3BUGA 3UHLA 5P7ZA 3EL9A 6FIVA 1RQ9A 1WBMA 5P0RA 5SY3A 4I0IA 4ZIPA 5I3XA 2UPJA 3QP0A 3B7VA 5P4JA 2ZHVA 5OZYA 4X2LA 3NDUA 2IGXA 1IVPA 3VLBA 2VKMA 4J1CA 5B18A 2BKSA 1ZBGA 4J0PA 3R0WA 4OBJA 5OZQA 2FGVA 1F7AA 3G72A 2WJOA 3O9LB 3RVIA 3HD8A 2BKTA 3EKVA 4Q5MA 4OBKA 4RVXA 3KMXA 4RRNA 1EEDP 3L5DA 4MC9A 2FDDA 3RU1A 5P1NA 1HVSA 1FLHA 4ZPGA 1QBSA 1C6ZA 3LPIA 4Y41A 5P4MA 3PSUA 5P18A 4IVTA 3SA6A 1NSOA 5OZ4A 4NPUA 5P4EA 5P1IA 1EAGA 5P8EA 4QJ9A 4ZEAA 3BVAA 3IVHA 5AH9A 5P7SA 3NU4A 5P6LA 5KR8A 3OU4B 2PH8A 1LF2A 1LYWB 3VYFA 2G1OA 4F75A 2V12C 5FIVA 4DJVA 5P6IA 3MXDA 2FXEA 1YM2A 2JJJA 3OUDA 5OZIA 1HVHA 5P40A 5OZZA 3LIXA 4Y3NA 1YM4A 4PHVA 4EP2A 3O9CA 4OBFA 1W5VA 1SIVA 3FIVA 5P2UA 5P2OA 5P2DA 5P4LA 4DQCA 2WECA 1FMBA 3FKTA 3HVPA 1FQ8A 5HU1A 1M4HA 1A8GA 4GZFA 2OHNA 5P7DA 2BPWA 5P30A 4KB9A 1PSOE 3GGXA 2BPYA 4IVSA 5OZAA 3R0YA 5F01A 5HDUA 3VF5A 5P2QA 4I8WA 1TCWA 4M8XA 5P1SA 4YHQA 5KR2A 3ECGA 4FLGA 2AVVA 1K6TA 1W50A 2QK5A 3R1GB 2QHYA 3QAAA 3ZPTA 1BILA 4Y36A 5P85A 3S43A 4DQEA 3K5CA 4I11A 5OYYA 4QJ6A 5OYXA 1W51A 4B70A 2ER9E 4I0FA 3RSVA 2OHUA 5AHCA 4Y58A 5CONA 3GI6A 5OZJA 4ZE6A 1AVFA 5P4YA 3Q6YA 5P04A 1K6VA 2UY0A 4JP9A 3LNKA 5OZ7A 2P83A 3N4LA 4Y35A 5COOA 2O4PA 3SA8A 5I70A 1AIDA 3PLDA 1ZTZA 3IN4A 5OYUA 2APRA 1T6GA 3UDJA 1D4KA 3NU9A 1W6IA 5HCOA 1LYBB 4Y4TA 3PLLA 3NWXA 5P8JA 2MIPA 4B0QA 4EYRA 5BWYA 2OAHA 5P4KA 5C9FA 3PBZA 2AVQA 5P5XA 1HWRA 4A6BA 4Y4JA 5P5OA 3OU3A 3O9HA 1T7KA 2G21A 1B6LA 3BXRA 3HVGA 3DJKA 1LF3A 1EC3A 3SM1A 4Y44A 2VJ6A 5DQCA 2WF2A 3INDA 3EKPA 1MTBA 4J5JA 2EWYA 5P42A 2I0DA 4EJDA 3AUPA 3DOXA 5P2WA 1U8GA 4Y3WA 1ZAPA 1CPIA 3EKXA 3QVCA 5OZ1A 3IXKA 2AVSA 3QBHA 1ZLFA 5P0HA 1EBKC 3O9BA 4HDBA 5P73A 2OHPA 3EBZA 1HHPA 2IGYA 4FM8A 5OZSA 1PPLE 5P7VA 2NNKA 4D83A 3GGUA 2JYSA 2VNMA 2Z4OA 3NDWA 4FCOA 4J1FA 1WKRA 2QNPA 5P22A 3IGBA 3WZ8A 4Y3RA 1YX9A 3KMYA 3U71A 4Y37A 4OBGA 3CIDA 1YTHA 3OQDA 5DR1A 2AODA 7UPJA 1A9MA 5P3QA 5P5TA 2FS4A 5P1KA 3PHVA 5P5IA 2VA5A 4ZLSA 4MC6A 3JVWA 2ASIA 4I0EA 4Z2ZA 1EBZA 2AIDA 3IN3A 3TOGA 4TRYA 3IXOA 3TPPA 5P06A 1HTFA 3INHA 4Y3YA 3TKGA 3T7QA 5P6EA 1BVEA 5P25A 5P5BA 3O9FA 5P7WA 3PMYA 2HPFA 4CP7A 2G1NA 4Y5CA 4DJXA 3Q70A 1Z1RA 4F74A 4RVJA 4DJWA 5P5SA 2QHZA 5P2GA 5P48A 3ZOVA 4B05A 2OHSA 3MXEA 3KDBA 4Y6MA 5P3JA 2IENA 5P46A 8HVPA 5P7OA 3HW1A 9HVPA 3LPJA 4L7JA 1EBWA 5P6KA 4Y5KA 2RKGA 5P5MA 3UFNA 2QD8A 2B8LA 4DQHA 5P23A 3RTNA 5DR4A 1FQ7A 2I0AA 4Y3QA 1W6HA 3L5CA 5P00A 1E81E 3KFRA 5P6FA 5P7PA 5OYVA 1HPSA 4RCDA 2XFIA 4K4RA 5P6SA 2BQVA 3VUCA 4JPCA 2RKFA 5P8UA 3LIYA 1A94A 1HPOA 2WF3A 3S43B 3L59A 4YA8A 3I2LA 2R38A 2ZJKA 3IVIA 5COPA 3K1WA 4OD9A 3HAUA 4OBHA 3JVYA 1HVKA 5AH8A 4J1HA 1LYAA 3OHFA 5P6WA 2Q54A 5P41A 3PWMA 1G35A 3KYRA 1HPXA 4RRSA 3ZKXA 5P05A 2PH6A 2R8NA 1VIJA 4RROA 4CPRA 5P4TA 3K5FA 3NSHA 3BGBA 5HU0A 3DK1A 3S53A 1ZSFA 4Y3MA 2ZJMA 3VEUA 2PYMA 3WZ7A 2F3EA 4Y5EA 4DQFA 1BV7A 3UDKA 4DPIA 3H5BA 4CPTA 5KQXA 1XE5A 3L38A 3LIZA 3D1ZA 4NKKA 1C6YA 3SABA 5DPZA 5P3WA 4DI2A 1M43A 5P0XA 3EM3A 5CLMA 4BFBA 4OBDA 4I0DA 4RVIA 4YOAA 4Y3ZA 5P1ZA 3VV6A 5P3FA 4GJCA 4ZSMA 3VSXA 3PRSA 3QROA 5P4GA 5P1PA 1LYWA 2ER0E 4NJUA 5OZ6A 5P81A 5C9DA 1AM5A 5P7CA 5P0UA 2HB2A 3UDYA 3OUBA 3PSGA 3TPRA 5P7MA 1BVGA 4I0HA 3TKWA 3UDQA 1KJ4A 1TQFA 3BHEA 5KR0A 1MT7A 3S54A 2HIZA 2AZ9A 1OD1A 4Y57A 4Y3XA 2QI0A 5P1HA 5P0AA 1FF0C 4DUSA 1IBQA 2CEJA 3WZ6A 5P2XA 4Q1YA 4ACXA 1HVIA 5P1DA 4A6CA 1G6LA 5P69A 5P3LA 5P7QA 3SPKA 5OZOA 3K4VA 1FG8C 2QI4A 5P1FA 1MTRA 5P3KA 5P6MA 1BAIA 5OZHA 2AZCA 4ZPEA 4YBFA 4BFDA 5P33A 3OADA 4NJTA 3S2OA 1TCXA 2SAMA 3VV8A 2ZJLA 2PWRA 1YTIA 1SGZA 5SY2A 4R95A 3MSLA 2IS0A 2PYNA 4Y56A 4WY1A 3BRAA 4GMIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NJS A;  5P38 A;  3EL5 A;  5P1R A;  2WEA A;  5P8C A;  2O4N A;  3KDC A;  3D1Y A;  4M8Y A;  4J1I A;  4KE1 A;  4J0T A;  5P6P A;  4JEC A;  5IVT A;  4RZ1 A;  1MRX A;  3PB5 A;  4LXM A;  2XFK A;  1Z8C A;  5KR1 A;  5P2J A;  5P1V A;  3QIH A;  5P4X A;  5P1X A;  2NXM A;  2OHT A;  4UPJ A;  3PI5 A;  5P0T A;  4QJA A;  2IKO A;  3R2F A;  1HVJ A;  4B00 A;  4PZW A;  5E5K A;  3PGI A;  3TPJ A;  5AH6 A;  5OZX A;  5P3Z A;  5P39 A;  5OYT A;  3OOT A;  2NXL A;  2AOG A;  5P2Y A;  3WB4 A;  4L7H A;  5P4U A;  1JLD A;  4GJ8 A;  5P02 A;  5P0Y A;  3S45 A;  1MSN A;  3CKR A;  4D89 A;  3TTP A;  3OXW A;  2VA6 A;  1AJX A;  2QZK A;  2G20 A;  2O40 A;  3ZKQ A;  4Y4W A;  1K1U A;  3CIC A;  4Y4B A;  2QCI A;  4RYC A;  2AVM A;  4DJP A;  2J9J A;  5P08 A;  5P5L A;  1IZD A;  4EQJ A;  5IVQ A;  1OEX A;  1B6K A;  4TRW A;  1W5W A;  2G1S A;  1YT9 A;  1MES A;  5P44 A;  3OTY A;  5DR8 A;  5HE5 A;  5BS4 A;  4K4P A;  4GYE A;  1XL2 A;  3JW2 A;  2H6S A;  2P3B A;  3S8I A;  4FRK A;  5P8V A;  2BBB A;  5OZ0 A;  3BC4 A;  4JPE A;  4Y4Z A;  1UH7 A;  3VFA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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