2F80A

Hiv-1 protease mutant d30n complexed with inhibitor tmc114
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords POL POLYPROTEIN
publication title Effectiveness of Nonpeptide Clinical Inhibitor TMC-114 on HIV-1 Protease with Highly Drug Resistant Mutations D30N, I50V, and L90M.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2f80A00
3URIA 3O9GA 1BWAA 1KJGA 3TPLA 5KQZA 3BUFA 4FM7A 1IVPA 1PSOE 5P1CA 2G1YA 4ER2E 1C70A 4L6BA 4GIDA 1SMRA 2OHQA 2QNPA 5P7XA 2QI3A 1M43A 4Y4XA 1HEFE 3LZYA 4K8SA 1MRWA 4J0YA 2H6TA 5P4CA 5P3QA 2VS2A 1K6TA 1MT9A 3UQUA 2QD7A 4HLAA 3TL9A 5OZEA 1ZBGA 5P7JA 1Z8CA 3PB5A 2PK6A 4JPCA 4Y57A 3TOFA 2HIZA 3OU4B 4CPWA 3NU3A 2G21A 3VV6A 1EBYA 3INFA 4J0PA 4DJWA 5DR7A 3HAUA 3KN0A 1ZLFA 1LF2A 5P43A 1SDTA 1TSUA 3MXDA 3TTPA 1K6VA 1APWE 4H3JA 4NJSA 5P2YA 4EWOA 1BBSA 4Q5MA 5P66A 4Y39A 4YD4A 5P7PA 3L3AA 5P1VA 3IAWA 4Y3MA 3OXWA 5P7RA 4EXHA 1AVFA 5P27A 4YCYA 5P76A 5I3VA 4JOOA 5COPA 5P3TA 2RKGA 1ZTZA 1HIVA 5COKA 5P3CA 4HDPA 1XDHA 5EZZA 2QI5A 1TCXA 3K4VA 1B6JA 5OZSA 1HXBA 2V16C 5P6SA 4R92A 2P3BA 3ER3E 5P1GA 3NR6A 5P1EA 4DQEA 5P64A 3MSKA 4Y5KA 3EC0A 2HB4A 4QJ9A 2ER6E 3EL5A 2G1RA 5P1LA 4MC6A 4AZYA 1IDBA 2PC0A 4ZEAA 3TOGA 7UPJA 2P3CA 4B72A 2IQGA 4RCFA 2VA5A 5P3WA 1T3RA 5P0TA 4DJXA 5P5ZA 1G35A 2AVVA 2NNKA 3OUDB 3SA4A 3G70A 4U7VA 3SO9A 4FM6A 3WB4A 4PHVA 5P4GA 4J17A 4LP9A 3NUOA 2VKMA 3S56A 5P1FA 2ZJHA 4AMTA 3CKRA 1MSMA 2ZGAA 3KYRA 1B6MA 2AVMA 1G0VA 2R5PA 5OZQA 4HDBA 3TPJA 5SZ9A 3MSLA 4LAPA 2B7ZA 3KDCA 4FAFA 4Y5PA 5P16A 4RVXA 5AHAA 3UTLA 5KOSA 4J1HA 5P2UA 4I0FA 4ZPEA 5KR0A 5P4NA 4NJVA 1IDAA 4ER1E 2FS4A 3HDKA 1IVQA 1SDVA 1AJXA 4Y45A 5IS4A 5OYZA 5P2IA 1D4SA 1GVUA 1D4LA 3Q4BA 3EKTA 4I8ZA 2QI6A 2BPWA 4GJCA 1D4IA 5DR8A 3BUHA 5P8GA 2QMGA 2A4FA 4L1AA 3RSXA 5P5MA 2QCIA 4ZSPA 5P0PA 3OUCA 2IENA 4B05A 4R95A 4DJQA 1BDLA 2I4DA 1EC3A 5OZ8A 3APRE 5P2MA 3KFRA 3PCZA 3SQFA 5P5QA 5P7YA 5P72A 1LYBB 4YD7A 5P01A 5P5SA 4GJDA 3EKYA 3RSVA 5P3GA 3LZVA 5P7CA 4NKKA 2QMDA 2UY0A 3URLA 4DQFA 4Y3FA 1OEXA 1EPME 3N3IA 3BVAA 5HE5A 2QNQA 3NU6A 2VIEA 5P83A 3VLAA 4AUCA 5P3VA 1ZP8A 4Y51A 5SY3A 3URJA 5P77A 2OAHA 1ZPKA 1YM2A 4Y5EA 3NXNA 2CEJA 1LS5A 3L38A 4Y4JA 2J9JA 5P6DA 5P05A 2HC0A 4Y3XA 4FM8A 3QP0A 2BB9A 2HPEA 3IA9A 4GJ9A 4OBFA 2XFJA 4R91A 2BPYA 5P0WA 1APVE 5KR1A 3O9AA 5DR0A 3PWWA 5P2WA 5P6KA 5P1BA 2QI1A 4Y56A 3SA5A 3ER5E 4DPFA 2EWYA 1T6EX 3CIBA 3IGBA 1UH9A 1BXQA 5P71A 5OZDA 4LC7A 4MC9A 1FMUA 1HVSA 1NPVA 3UFLA 3B7VA 5P5FA 3OGQA 3PWRA 3NDXA 1PPLE 4Y4EA 3LIYA 4NJUA 4DFGA 5P7KA 3PSYA 1G6LA 2JE4A 1HTGA 5P24A 1ENTE 5IVRA 5P1IA 4EXGA 1U8GA 1A9MA 3ZKNA 4FLGA 2QAKA 4HDFA 2WJOA 2ER0E 2ZHUA 3S8IA 5P0OA 4RYCA 4EJ8A 4HE9A 3K5DA 4FE6A 1EC2A 5P46A 5P0UA 3NDTA 4ZSQA 4YDGA 1EBKC 3S43A 2FDDA 3EM4A 4RCEA 3VV8A 5P8PA 5P3NA 1HTFA 2VIZA 4I0JA 1WBKA 3EM6A 1PSNA 5P4JA 6UPJA 5P2QA 3EL1A 2NTRA 2WF1A 2P3AA 2VA6A 3BVBA 1XN2A 1GVVA 5P0GA 5P1SA 5P3EA 1TSQA 2G94A 3HLOA 4ZLSA 1QRPE 4R5NA 3CIDA 4Y6MA 2I0DA 2WEBA 2Q15A 2NMYA 5P7QA 3OAGA 2B8VA 3NDWA 5P6HA 3QI1A 5P49A 5P28A 4EYRA 3QAAA 4CMSA 4Y5AA 4ZSMA 2IEOA 4Z2ZA 2AZBA 2OHNA 3QBFA 1IZIA 3K1WA 4TRZA 2NXMA 3QPJA 2BJUA 3PI5A 3GI5A 1SMEA 4PEPA 4D89A 5P89A 4EJKA 3VEUA 1APUE 2OHTA 5P3XA 1AAQA 3TNEA 1LYAB 4TRYA 5JODA 2G1SA 3R0WA 1W5VA 1ER8E 2OHKA 4LXKA 3LIVA 2IRZA 1FLHA 3LHGA 3PLDA 2ANLA 3OWNA 1HBVA 3VYEA 3PEPA 2F80A 1M4HA 3U71A 5BWYA 5P0VA 3EL4A 5P58A 5ISJA 3Q3TA 1MUIA 2PYNA 3QBHA 5P40A 5P8CA 4HEGA 1CPIA 3RTHA 3NUJA 5P3RA 5P7VA 5P7WA 4ACXA 2O4PA 5P3BA 1HOSA 2FNTA 5HD0A 3DK1A 5P3JA 3INDA 3KT5A 4J55A 5P44A 3KFNA 5P33A 4BFBA 3OADA 5OZLA 4WY6A 3VYDA 4FRSA 3EKXA 3WZ6A 1A94A 5P42A 5P4PA 5P5HA 4DH6A 1HIHA 5P5KA 4AA9A 2QI4A 3TH9A 5P31A 5P2EA 1HVIA 4L7GA 5OZRA 4EQ0A 3LITA 2RKFA 3SA7A 1GVTA 4A6CA 2FXDA 5P41A 2XYFA 5OZXA 1ZPAA 2PSVA 4COEA 2ZJJA 6APRE 1AZ5A 4IVTA 4MC1A 5KQYA 3UDMA 3VFBA 4QGIA 1BV7A 3KT2A 3Q5HA 4EHCA 1DW6C 4B1DA 5P4LA 5UPJA 1ODXA 3CKTA 2XFIA 1HTEA 5P6PA 1META 2VIJA 2AIDA 4Y53A 4YOAA 1FQXA 5P3SA 4YDFA 3LZSA 2WEDA 1RPIA 2R3WA 3QRMA 1IZDA 3VCMA 2I4VA 3O99A 5HDZA 2Z54A 5P06A 5P3PA 4Q1YA 4JP9A 2BPZA 3H5BA 5P4IA 3RVIA 5OZ9A 4Y3PA 3BUGA 5P5RA 4RVIA 3S54A 5P13A 2F3KA 3FX5A 2WF0A 5T4SA 5P7FA 1AXAA 1B6LA 3CKPA 3OUBA 4Y47A 2ZJIA 3UDQA 3S7LA 5P6GA 3PHVA 3KFSA 2O4SA 3WZ8A 5P7AA 4OBGA 2ZDZA 1LYWB 1J71A 2ZHSA 5OZAA 5P19A 3BGBA 1GNOA 5P1YA 1YG9A 3O9IA 4DPIA 1FFIC 3OQDA 4EJDA 4ZPGA 1Z1HA 5OZIA 1C6YA 2QMPA 5OYSA 1UH8A 1MSNA 4LXAA 3VSXA 5P1XA 1K6CA 4Q1NA 5P18A 3UDRA 5HTZA 1QDMA 3PSGA 2H6SA 5P4OA 5OZNA 5OZWA 1FKNA 2F3FA 4DI2A 5P8TA 5JG1A 1EPRE 2Z4OA 5P5PA 5P7BA 1FEJC 4CPXA 2HS2A 5B18A 2UPJA 4APEA 3RTNA 5ENKA 3NDUA 5P4DA 1D4KA 3QRVA 5P4HA 5SY2A 4CPTA 1E5OE 5HU0A 5P4XA 3FV3A 3T7XA 3Q70A 5P34A 5OZHA 5P0AA 5P0HA 1OEWA 4ACUA 5P5IA 5P2RA 5P61A 5P7MA 5P45A 2QZLA 3EL9A 5CONA 4D88A 3L5BA 2UXZA 5P14A 4JECA 4GB2A 5P84A 1RNEA 3OU4A 2NXLA 4Y3TA 3D20A 5P4FA 2AZ9A 3K5CA 5P7TA 3O9LB 3ZPTA 2G27A 5P0KA 3SKFA 2Q5KA 4QJ7A 4RVJA 2WL0A 3I6OA 3PSUA 5APRE 4R8YA 5P47A 3ST5A 5C9FA 5P12A 2FIVA 5DQ1A 4Q1WA 1ODWA 5IVQA 5P79A 3UQPA 3NYGA 4Y3DA 5OZ4A 3IXJA 4Y38A 2PQZA 4CPUA 3TKWA 4Y3LA 1C6ZA 3PI0A 1TW7A 3DOXA 3NSHA 2ZJMA 4OBKA 4J1KA 4E43A 3PLLA 2PH6A 1BDRA 4F73A 1HVKA 3GGXA 2R9BA 1W6IA 5P2FA 5P3OA 2J9KA 2I1AA 5P7ZA 1HSIA 2V00A 2QZWA 1KZKA 2R38A 2BPVA 1D4HA 1YM4A 1W51A 4Y48A 1FQ8A 4Y35A 5COOA 4Y3WA 5HDUA 5P8FA 1ZSRA 2AZ8A 4BFDA 5P50A 5P0IA 1HPXA 3SACA 2VNNA 2Q3KA 5P4AA 4FRIA 5P6BA 5P0XA 4EJLA 5OZ3A 4Y3AA 4CPQA 5P5OA 1SBGA 5P2DA 1XE6A 3WSJA 5P10A 1G2KA 2XYEA 1GNMA 1MVPA 2F3EA 4K4PA 5P1WA 4DJVA 4Y5GA 3OUDA 4QJ2A 4S1GA 3APPA 5P8UA 5P2VA 2QP8A 3D3TA 3VSWA 5P39A 4Y44A 4D8CA 3AUPA 3OHHA 5P4YA 4ER4E 3OTYA 5P1NA 3CICA 4B77A 5HU1A 1PROA 3NU5A 4RROA 1HVRA 3OUAA 1D4JA 3HAWA 3ZKSA 2OHUA 5P0CA 3LPIA 2VA7A 5OZJA 3KA2A 1E81E 4N00A 3ZMGA 4Y3EA 3MXEA 4DV9A 1OD1A 3VUCA 5OZPA 2G24A 3GI4A 1BWBA 2AQUA 4Y58A 3GI0A 4ZIPA 1XL2A 2FMBA 5JFUA 4HVPA 3EL0A 3ZPUA 3UDHA 4QLHA 2ZYEA 1HTRB 5P5TA 5E5KA 3EBZA 3PCWA 2I4UA 3IN3A 4ZE6A 5P6JA 2I4XA 4Y3GA 1MTBA 5P3MA 5P2BA 4TRWA 5P5LA 3MWSA 3SLZA 4I0GA 3OOTA 5P5CA 2PWRA 5P7IA 3VF5A 3NXEA 3S2OA 4YHQA 3KMXA 1HHPA 3IXKA 1K6PA 2ZJNA 4GJBA 1LYBA 1YTGA 5P0MA 1T7JA 1W5WA 3AIDA 3TOHA 3FSMA 2WEAA 1DPJA 3I8WA 3HVGA 5P0QA 1EPQE 2BKSA 2AOGA 1LZQA 3GGVA 1IBQA 5P3IA 4RGHA 1M0BA 3Q6YA 5P86A 5P11A 2QZXA 5P73A 5P7GA 2OHLA 3KDDA 4J1FA 2B42A 2BKTA 2IL2A 5OYUA 1IZEA 3SAAA 1SGUA 5P02A 4YBFA 4Y5MA 4ZPFA 4K9HA 3T6IA 3ZKXA 3VLBA 4LBTA 5P0ZA 5OZBA 5P8VA 5BS4A 4H1EA 1BXOA 2JXRA 4H3IA 4OBJA 5HCOA 4DJYA 5IVSA 5OZGA 3T7PA 3NWQA 3BXRA 5DQ2A 4B1EA 5P65A 2AVQA 5P0DA 4Y4DA 3HBOA 4LHHA 5P4MA 4MC2A 5P4RA 3TKGA 3UF3A 2Q55A 1SIPA 2OHSA 4K4QA 4H3FA 1FB7A 3L58A 5P8BA 3OU1B 3HVPA 3MSJA 4Y54A 3L5CA 2V13A 2ZHRA 4J1EA 5P2ZA 5P6MA 3B80A 3KF0A 1HWRA 4QJAA 4Y4BA 5P08A 3CYWA 1C6XA 5P8HA 2NXDA 1T6GA 3FNUA 3NU4A 2SAMA 1E80E 5P5VA 3HW1A 3UPJA 2VNMA 2AOIA 5AH9A 1A8KA 1LF4A 4YE3A 2PH8A 4Y5NA 4EP2A 5P8IA 3QS1A 5P1MA 4J0TA 5P5NA 1NSOA 2VIYA 5P4ZA 5P07A 4DQGA 5P6UA 1W5YA 2HAHA 3RTMA 3OU1A 5P3DA 3GGAA 5P38A 3OXXA 5P57A 3LZUA 2QI0A 5OZZA 1HVHA 3BXSA 5P6OA 1FIVA 5P60A 3TPRA 2FDEA 5P5WA 1NPAA 1FG6C 5OZ7A 3ZLQA 3O9FA 3DCRA 4K4RA 2QU3A 2BPXA 2NR6A 1BILA 3LPKA 1F34A 3ZOVA 3OOZA 5P4UA 4QJ8A 5P0LA 5P09A 3IVHA 4J5JA 1DP5A 5AHCA 1TQFA 2FLEA 5P29A 5P8MA 4BELA 1K2CA 3TLHA 1ZSFA 2CENA 2AVSA 5P8NA 4B1CA 1K2BA 4F74A 2ZHTA 3RU1A 1GNNA 3I7EA 5P70A 5P7EA 1QBUA 5P7LA 1DIFA 2V11C 3QN8A 1A30A 4GJ7A 4OD9B 5DR1A 2ZHVA 5P20A 2HPFA 5P2KA 4DQHA 2ZJKA 4OBDA 3DM6A 2G26A 5P8AA 3ZKQA 4NJTA 2V0ZC 1LYAA 1CZIE 3LIXA 1QBTA 1HVLA 5KAOA 4DQBA 4DJRA 2JJJA 5P00A 4GJ5A 5P80A 1B6PA 3SA3A 3PBDA 5P8JA 2O4NA 4ZSRA 4FRKA 2AOFA 3VYFA 2NMZA 1W5XA 3OQAA 3UDNA 4OBZB 3FNSA 4PPHA 5P2OA 1VIJA 2F8GA 1MT8A 7HVPA 1MTRA 2I0AA 2Q64A 4Y4GA 4B70A 5KQFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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