1IZIA

Inhibitor of hiv protease with unusual binding mode potently inhibiting multi-resistant protease mutants
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords proteinase
publication title Unusual Binding Mode of an HIV-1 Protease Inhibitor Explains its Potency against Multi-drug-resistant Virus Strains
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1iziA00
2PK5A 2WKZA 2BJUA 3EKQA 1ZPKA 3UQRA 1BDRA 1QS8A 3VSWA 4KE0A 1B6KA 1ZAPA 5P7NA 1IBQA 3OOZA 4Y43A 5J25A 4DJUA 1ZBGA 3JVWA 3HAWA 4DVFA 6APRE 1G35A 3GI4A 4L7JA 5OZ3A 1FF0C 1FG8C 4NJVA 5P8PA 4X2LA 5OZ6A 4YCKA 8HVPA 4GJ6A 4FM7A 5P79A 2A1EA 3PB5A 3PI5A 3VFBA 1XN3A 4I0DA 4J0TA 2OHLA 3LZVA 3KDCA 3FV3A 5P1FA 5B18A 5JG1A 5P0RA 3EXOA 5P40A 5P42A 5FIVA 2G20A 5DGWA 1GNOA 1JLDA 1SDUA 5P2LA 2WECA 1PPKE 5P8SA 5P11A 4MC2A 2J9JA 2HS2A 2QI1A 4IVTA 2G21A 3K1WA 1LYWB 5P8JA 4H1EA 2ZJLA 5P3OA 5P51A 3RSVA 5P2BA 5P1MA 3K5FA 1MERA 1IDBA 3SM2A 5P0CA 4CPXA 4I0GA 5P5KA 3KMXA 5IVTA 2FGVA 2AVVA 4OC6A 2IDWA 2FDEA 5DQ1A 5P1KA 1XS7D 3NDUA 3Q5HA 5CONA 3VF3A 1XL2A 5P6HA 2HPEA 5P3RA 4Y51A 5DR4A 4YD5A 2ZHUA 5P4NA 5P2YA 2ER6E 5SY2A 3K5GA 3NU6A 1QRPE 2ZE1A 5OZ2A 5P3QA 2FDPA 5DR3A 4PPHA 4A6CA 3DUYA 3S2OA 3OU1A 1RL8A 4JPEA 4RVIA 1PPLE 5P5CA 2JJJA 5P75A 1MT8A 5P1BA 5P4BA 4Y5MA 3VV8A 3D1ZA 4DI2A 5P5HA 3UDMA 2JYSA 5P1NA 5P4GA 4B05A 1IIQA 3A2OA 2G69A 4YE3A 5P6AA 5E5KA 3UDJA 5DQ4A 3IVIA 3CKPA 3PEPA 4DQGA 3BGBA 5P6DA 5P1YA 4HDFA 1PSAA 5P6SA 1AAQA 1LYAB 1T6EX 3QRVA 3KDDA 4YOBA 4Y36A 3PMUA 4GJCA 3T11A 4J17A 5OZ5A 5P4TA 2OHPA 3B80A 4GYEA 1C70A 3OADB 4E43A 1UH8A 5P77A 3PHVA 4Y4JA 3OQ7A 5I3XA 5P6EA 3NDXA 2QAKA 3NDWA 3OXVA 5HCOA 2PH6A 3ST5A 5OZZA 4JOOA 5OZCA 5P0FA 4U7VA 5EZZA 5KR0A 5P6GA 1UH9A 3OOTA 4R93A 1FB7A 5DQCA 4Y4ZA 5P5FA 2NXDA 3TH9A 1FEJC 5OYVA 1MRXA 4Y4GA 2QMFA 4Y3GA 5P4AA 5P17A 5P20A 1D4IA 2WEAA 4HZTA 3L5CA 1GNNA 5OZXA 2ZHRA 4PYVA 2NR6A 1HVRA 4D8CA 3QAAA 5P53A 4OBZA 2NXMA 3HZCA 3EL0A 3QBHA 5C9DA 2AOHA 3ZKSA 1K2CA 3BRAA 4XX4A 3TPLA 5P1AA 2ZJKA 5EZXA 3S43A 1VIJA 3NU5A 5KR8A 2OHSA 4LXAA 3MXDA 1B5FB 1QBSA 2IEOA 3ZKMA 2V0ZC 3UFLA 3VUCA 3IN4A 4J1FA 3UF3A 3LHGA 3CKRA 4Y5LA 3NYGA 5P3JA 5HTZA 4AZYA 1ME6A 3QBFA 4RVXA 4B0QA 1MTRA 1HSIA 4DQFA 4Y48A 3VFAA 4Y4AA 1QBUA 2VJ9A 1HSHA 5P15A 1BXQA 1EC0A 3I7EA 2I4WA 5P00A 1KZKA 1W6HA 1ZPAA 3L58A 4Y44A 1YX9A 5P7QA 2HB2A 3HVGA 1EBZA 5P66A 2AVSA 5P55A 4F73A 3T7XA 3QI1A 1LS5A 5AH6A 1AXAA 5P3CA 2QZWA 5AH7A 1W51A 4U8WA 5P78A 1KJGA 4L7GA 1K6CA 2NXLA 5P06A 3LZUA 5P5RA 1E82E 5P8DA 1MVPA 4GMIA 5DR1A 1PSNA 1Z1RA 1FLHA 3KFNA 4FAFA 1KJ4A 2H6SA 3OK9A 3IXJA 4H3GA 1A9MA 5OZIA 5AH9A 3QRSA 5HDZA 2HB3A 3NU4A 2VIJA 5P5GA 4RRNA 1TZSA 4Y54A 9HVPA 3RU1A 3HVPA 5P2XA 5P6PA 5P5DA 5IVRA 1OHRA 5P5EA 2BBBA 2QCIA 4QJ2A 4GIDA 3MSLA 5ENMA 3UDPA 2IL2A 2V13A 1BWAA 2WF2A 3OTYA 4HLAA 1MUIA 1GVUA 4OD9B 5P7VA 3KYRA 3VV7A 4A6BA 5P7ZA 5P57A 2VS2A 5OZ8A 4YA8A 2PSUA 1T7IA 2VNMA 4L6BA 4CPSA 3R4BA 2F80A 5P24A 1MEUA 5SXNA 4FL8A 2O4NA 3LIVA 5P46A 5P76A 3KA2A 5OZEA 4EWOA 5HU0A 5APRE 4RCFA 5P3SA 4I0ZA 1NSOA 1B6MA 3ZL7A 3ZKGA 3WZ6A 4FRIA 4J1HA 1OEWA 3R0YA 3CYWA 4FM6A 5P3MA 4NPTA 3LITA 3OUBA 4Y47A 3OHFA 5P3BA 1A8GA 5P52A 1BBSA 5OZ0A 4D85A 2AZ9A 2J9JB 5P4EA 2OHMA 5OZVA 3NWXA 1IZEA 2BPYA 1SGUA 3SACA 4EPJA 5P8HA 1LYAA 3IXKA 4Y3LA 3ZMGA 3QPJA 2BQVA 3D1XA 3UFNA 4Y37A 3L59A 5P30A 5BRYA 2Q54A 3OADA 1LV1A 5DQ2A 3D1YA 1HPOA 1C6ZA 4B77A 2BPZA 2QHZA 5P80A 5P5WA 3G6ZA 3CICA 5JFUA 4Y4EA 1RQ9A 5P0HA 5P1JA 3ZKIA 2NMZA 3PSUA 5ER1E 4YBFA 1PPME 1HXBA 4ACXA 2AOCA 3OU1B 1HTGA 3S54A 3WSJA 1ZLFA 4D88A 4EXHA 1B6PA 4M8XA 2WF4A 3LINA 3D3TA 5P88A 1M43A 4DJOA 5JODA 2V00A 4F76A 4FRJA 2RSPA 5P0XA 3CIBA 1BVEA 5SZ9A 4I8ZA 2WF0A 4CPTA 3QVCA 5P7EA 3PM4A 3VEUA 4I11A 1NPWA 2AQUA 1G6LA 2G24A 4NJUA 4YD6A 4FIVA 5P4LA 4Y3MA 3QROA 2B7FA 5HE7A 2HC0A 3BXRA 2AOIA 5P6KA 5KQZA 4Y39A 1B5FA 2NNKA 5P0LA 5P3AA 1YTGA 1EPQE 4J1EA 5P38A 2QZXA 3VYEA 4L1AA 2QI4A 3L38A 5DR8A 2RENA 4EP2A 1ENTE 5T4SA 3UDKA 2AZ8A 4FSEA 5P4WA 4Y3WA 1EC1A 2ER9E 1TQFA 2G1YA 5P7BA 4Y3TA 3BUGA 3NUJA 1ZTZA 2VA6A 5P3EA 7UPJA 2HM1A 1FQ6A 1WBKA 4JPCA 5P5XA 2Q64A 1C6XA 1HVJA 4Y5NA 4I0HA 5P7FA 1GKTA 4GJ8A 1FIVA 2PK6A 1HRNA 1WKRA 2I4DA 3VCMA 5P5NA 2QI0A 5P2OA 3KT2A 3SO9A 3OTSA 5HVPA 1K1UA 5P4DA 7HVPA 1M4HA 1T6GA 5P5YA 5P1UA 3RVIA 1AZ5A 3S53A 3VLBA 2ZHVA 4TVHA 1RPIA 1ZP8A 4OBDA 3ER3E 1EC3A 3O9HA 1QBRA 4B72A 5P0KA 3LIQA 1MTBA 3BVAA 3HAUA 4OD9A 1EBWA 5P8NA 1AM5A 1HIIA 4TRWA 5P5AA 3QRMA 3KDBA 3OQDA 2HIZA 5P56A 3DCKA 4H3IA 2XFIA 2R5PA 5IE1A 3EKYA 3FX5A 5P41A 3URJA 3OGPA 2ER7E 2V12C 1TCXA 4YDFA 1FG6C 3TPJA 3INFA 4Y3EA 5P6QA 2H6TA 1HVIA 4DPIA 5P4MA 1HVKA 1FFIC 2AIDA 5P67A 3O9CA 4FS4A 2ZHSA 3APRE 1FQ7A 3UDQA 3PVKA 3WB5A 2VA5A 4ZSMA 4BFBA 1Z8CA 5P3FA 5P7HA 2OHTA 5P1ZA 5AH8A 3SQFA 4Y45A 5P4RA 5HU1A 1HVSA 5P2IA 2V10C 2HPFA 1CPIA 1ZJ7A 2HAHA 3UDYA 3MWSA 4EJLA 2VJ6A 2R38A 5P7JA 3VSXA 2ZDZA 1VIKA 5P2DA 4DH6A 4QJ9A 5P85A 2VNNA 3EM4A 1HTEA 5P14A 3KMYA 3HDKA 5P0ZA 4ZE6A 3O9GA 5P83A 5ISJA 2B42A 5P6RA 2R8NA 4HDBA 5P69A 3VYDA 4J1KA 3O9BA 4Y5EA 1BV9A 5P3XA 5OZTA 1E80E 3VG1A 5IVQA 5DPZA 2QI6A 2APRA 3GI6A 6FIVA 5P73A 2G1OA 4EYRA 5P2RA 2BKTA 5P2UA 4DJYA 3DOXA 3INDA 5P01A 2ZJIA 3I2LA 4GB2A 1SDVA 5P39A 4RYCA 3UDNA 5P29A 3UCBA 4OBGA 2PWCA 4DV9A 1U8GA 4AUCA 4GJ7A 1HVCA 2FNTA 3FKTA 1XE6A 3IN3A 3SPKA 3S85A 4OBJA 5P60A 3L5BA 1FQ5A 1TW7A 5P0UA 3HW1A 5OZOA 5P62A 1C6YA 3OUAA 5P87A 5P0DA 3PLLA 3SFCA 4NPUA 4ER2E 3VYFA 3NSHA 2IGXA 1IDAA 1HTRB 1YTIA 5P61A 3TKGA 3BGCA 2NNPA 3ZPUA 3LIZA 2XYFA 3O9AA 4YD7A 4RRSA 1FFFC 5OZDA 5P65A 2PQZA 4Y3YA 4XX3A 1UH7A 3T7QA 4RCDA 3GI0A 1T3RA 3CKTA 3FSMA 4EXGA 3BC4A 2AVQA 2ZYEA 1IVPA 3Q70A 5OZNA 3GGVA 1Z1HA 5P59A 1SBGA 4PHVA 5P2QA 4J54A 4FE6A 5P89A 3K5DA 5HD0A 3MSJA 1TSQA 4Y5PA 3PWRA 5HE4A 4Y4XA 2QD7A 3PJ6A 3I6OA 2IS0A 5OZ9A 1UPJA 2A4FA 3SA6A 2FGUA 5UPJA 1W5XA 1ZSRA 4YOAA 2OHQA 5P5OA 4MC1A 3NU9A 4Q1XA 5P8BA 4X7IA 4Y38A 3H5BA 2AZBA 2OHKA 1IZHA 3PLDA 1SMEA 3HBOA 1EPME 3PI0A 5P47A 5P18A 3EL1A 5PEPA 5P4OA 4LAPA 4ZSQA 2NPHA 3SA5A 4FAEA 1YTHA 3LIYA 4L1AB 5P31A 5P6XA 3EKVA 1A94A 4JP9A 2BPWA 1NPAA 4HEGA 1EAGA 3Q4BA 2ZGAA 3O9DA 5P16A 3BXSA 5P0PA 3S56A 4K4PA 4XKXA 5P27A 4RGHA 5P7UA 4J1IA 2P3DA 5P8RA 2QZKA 4Y50A 5P0NA 3QN8A 4Z22A 6UPJA 2AOGA 4J5JA 1IVQA 5P7WA 1DP5A 1YM2A 3BVBA 5P43A 1BVGA 4FSLA 2UPJA 4Y4BA 5P02A 1HXWA 3OY4A 4CP7A 1HVLA 4GJ9A 1RV7A 5OZUA 2CEMA 3GGAA 3AIDA 1HEGE 5OZFA 4GJ5A 5P5PA 3H0BA 5P3GA 3LPJA 1EPOE 2G94A 1GVVA 5P5IA 5P68A 4YBIA 2F3KA 4Y56A 1TSUA 1RNEA 4Z4XA 3TPRA 4ER4E 4AA9A 5OZRA 5P3PA 4FM8A 1YT9A 5P3KA 5P2TA 4Q1WA 2ZJNA 4Y3JA 1APUE 2XFJA 4L7HA 4U7QA 3VV6A 1SIPA 5P6TA 1W5WA 4CPUA 1KJFA 3RTHA 4Y3QA 4Y58A 1BIMA 5OZPA 1MESA 2F81A 5P1GA 3EKTA 2SAMA 1J71A 4I8WA 5HCTA 5P04A 3KF0A 4DQHA 5P34A 5P7GA 4Y3ZA 2FMBA 3IGBA 1D4JA 1META 4Y4TA 4Y5GA 5P0QA 1EC2A 5P3ZA 5DQ5A 5OZAA 2IGYA 5P8TA 2NMYA 4MC6A 2AVOA 3APPA 3UTLA 2QI3A 1XDHA 3LIXA 2PSVA 2F8GA 2QU2A 1FMUA 3L5FA 3ZPTA 2J9KA 4Y3FA 2B8LA 5P2GA 1K6PA 2WEZA 5OZMA 5OYXA 4Y3NA 4R95A 1FMBA 1GNMA 5OZHA 3C9XA 1DW6C 3OXCA 1DPJA 5P6JA 2P8HA 3KN0A 1G0VA 4ZIPA 1E81E 2I4XA 3BUHA 4JECA 1WBMA 3TOHA 5P5VA 1B6LA 3OU4B 4RZ1A 2ZJMA 3OHHA 5P1OA 5HDXA 2NTRA 2PH8A 1HPSA 1FGCC 2QU3A 2OF0A 5P8KA 3OQKA 5P4QA 4DJRA 5P1EA 1PFZA 5P0VA 5P22A 1EPRE 2R43A 3EL5A 4R92A 5DR7A 4Q1YA 4H3JA 3M9FA 3G72A 4PZXA 2ZJJA 1EPLE 2R3TA 5P8EA 4RLDA 3O9EA 5F01A 3OQAA 4EQJA 1HTFA 5AGZA 2WL0A 5P84A 2G22A 3JVYA 5P54A 4D83A 3K4VC 4WY1A 1MSNA 1F7AA 3RTMA 4XXSA 3TNEA 2Q3KA 2WEBA 5BWYA 2PMAA 3SA8A 4KUPA 5P8GA 5P0SA 4HE9A 4B1CA 1KJHA 3K4VA 5P0OA 5KQYA 4Y3XA 5BS4A 5P7IA 5P2NA 4R91A 4QGIA 1MT9A 1LEEA 2P4JA 4LXMA 1A8KA 3TOGA 5P3UA 5P1CA 1AJVA 1DMPA 1HBVA 1XE5A 4NKKA 3UQWA 4NJTA 4Y9WA 3SKFA 5P1WA 1F34A 4J0ZA 4CMSA 2VA7A 2F3EA 3SA9A 1QDMA 4EJDA 1BAIA 4CKUA 3SM1A 1EPNE 2RKFA 5P1SA 5P0TA 5P74A 5P7TA 4COEA 3TLHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PK5 A;  2WKZ A;  2BJU A;  3EKQ A;  1ZPK A;  3UQR A;  1BDR A;  1QS8 A;  3VSW A;  4KE0 A;  1B6K A;  1ZAP A;  5P7N A;  1IBQ A;  3OOZ A;  4Y43 A;  5J25 A;  4DJU A;  1ZBG A;  3JVW A;  3HAW A;  4DVF A;  6APR E;  1G35 A;  3GI4 A;  4L7J A;  5OZ3 A;  1FF0 C;  1FG8 C;  4NJV A;  5P8P A;  4X2L A;  5OZ6 A;  4YCK A;  8HVP A;  4GJ6 A;  4FM7 A;  5P79 A;  2A1E A;  3PB5 A;  3PI5 A;  3VFB A;  1XN3 A;  4I0D A;  4J0T A;  2OHL A;  3LZV A;  3KDC A;  3FV3 A;  5P1F A;  5B18 A;  5JG1 A;  5P0R A;  3EXO A;  5P40 A;  5P42 A;  5FIV A;  2G20 A;  5DGW A;  1GNO A;  1JLD A;  1SDU A;  5P2L A;  2WEC A;  1PPK E;  5P8S A;  5P11 A;  4MC2 A;  2J9J A;  2HS2 A;  2QI1 A;  4IVT A;  2G21 A;  3K1W A;  1LYW B;  5P8J A;  4H1E A;  2ZJL A;  5P3O A;  5P51 A;  3RSV A;  5P2B A;  5P1M A;  3K5F A;  1MER A;  1IDB A;  3SM2 A;  5P0C A;  4CPX A;  4I0G A;  5P5K A;  3KMX A;  5IVT A;  2FGV A;  2AVV A;  4OC6 A;  2IDW A;  2FDE A;  5DQ1 A;  5P1K A;  1XS7 D;  3NDU A;  3Q5H A;  5CON A;  3VF3 A;  1XL2 A;  5P6H A;  2HPE A;  5P3R A;  4Y51 A;  5DR4 A;  4YD5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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