5P3VA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 184
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3vA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3vA01
4J0YA 3CMSA 5DPZA 1A9MA 4J1IA 3KFRA 2ASIA 5JG1A 2HB3A 5P2CA 4D88A 3VV7A 3FNUA 4J55A 5P82A 4KB9A 5IVSA 5P6JA 5P1PA 4A4QA 1FQ8A 5P85A 3INHA 5P8PA 5FIVA 3UHLA 4DQCA 2F8GA 3T7XA 4ZSPA 5DR4A 5P2HA 3BUFA 3EKQA 4WY1A 3TNEA 5P2NA 5P2TA 5P38A 2HPEA 4K8SA 3Q70A 2PK6A 4OBHA 5P5XA 4GB2A 5P5OA 3APPA 3EKVA 5P44A 4APEA 4L7HA 3U71A 3CICA 1IDBA 4DQHA 2AZ8A 1YG9A 3VSWA 4QJ2A 2QI7A 4DVFA 1LF3A 5P3UA 4JPEA 4ZSQA 5P11A 2P3AA 4DJYA 2R3TA 2H6TA 4GJCA 2QZXA 1BXOA 2HAHA 1B5FA 4Y57A 2AVOA 4ZSRA 3EL5A 3SFCA 5P4WA 2BBBA 5P3QA 4EP3A 2AOEA 3OUBA 3UDYA 1K6CA 5P6DA 5P5KA 5P2SA 5P6FA 3EC0A 3S8IA 5P6MA 2WJOA 4H3FA 3DV5A 4DJOA 5HD0A 1LS5A 1EPME 1YX9A 4DJWA 4Y4JA 3WB5A 5P2EA 1PSOE 2R5QA 3PVKA 3TOFA 2Q3KA 1TCWA 4QJ9A 3BUHA 3PI0A 2AOIA 1FKNA 4D83A 1T6GA 4J0ZA 5P3ZA 3LZUA 4BEKA 1FG8C 5P0KA 5HU1A 3HW1A 2O40A 1HBVA 5P8MA 2I4XA 3RSVA 5P32A 2VNMA 2NMYA 4Y4EA 1EBWA 4Y47A 1B6PA 4NJTA 5P5VA 3GI5A 2IRZA 5P49A 1C6ZA 4EJLA 4FRSA 5P01A 4PZWA 4EQ0A 1YM2A 2XFKA 1YTIA 3UDNA 4M8XA 3ZPTA 4Q1NA 5PEPA 2FXEA 4BELA 4Z50A 1ENTE 3QVCA 5P6AA 3DCKA 5AH8A 1QBRA 5P07A 2ZHUA 4GJBA 1DAZC 4A6BA 5P5IA 5P8BA 1MIQA 2J9KA 4Y4ZA 2ZJMA 5KQZA 5HE7A 1B6KA 4YA8A 4JECA 5P20A 1TZSA 4ER4E 5P6BA 4FLGA 5ENKA 5P02A 3KDCA 5P55A 4CPQA 5P52A 5P75A 5OZ7A 3NU5A 2VJ7A 5P7EA 1MESA 1CPIA 1PPLE 4Y56A 3RVIA 4IVTA 2NXLA 2P8HA 3SPKA 2ZJNA 2AOFA 3EL4A 3PEPA 5P19A 2NTRA 5P1CA 5P4LA 5P4RA 4XX4A 2V13A 5P1GA 5P1OA 4RLDA 3L5FA 4ACUA 4H3GA 4RYCA 5P0WA 3ST5A 2WKZA 1RPIA 3OXXA 4TRZA 1FMBA 2RKFA 4Y43A 1FQ6A 5P8UA 5HDXA 2HS1A 2R9BA 4DPIA 4WY6A 1KJFA 2AOHA 4MC2A 1BAIA 3VCMA 1EC2A 3TOGA 4R93A 5P1RA 5OZ3A 1QBSA 3ZPSA 1C6XA 5P6IA 2QAKA 5OYVA 4M8YA 5P89A 3SACA 3NR6A 5P5TA 1PPME 4J54A 3T6IA 2AODA 2HB2A 4Y5GA 2WF4A 5P0PA 3HZCA 4FS4A 4Y5KA 5P4JA 2QZKA 1IVPA 5P7CA 3UDHA 4PPHA 3VF3A 3D1ZA 5P06A 4N00A 5P2RA 4GJ7A 5OZBA 2AVQA 4B70A 5P67A 4I0GA 5JFUA 3VLBA 3OGPA 1SDTA 3TKGA 1HEFE 2BKSA 2VKMA 2Z4OA 3IXJA 3KMXA 5P2OA 5P2QA 3O99A 3QRSA 4BFBA 4LAPA 5OZLA 2P83A 3ZKSA 3NU6A 3CYXA 5P23A 5BWYA 3OQ7A 2AOCA 4NPTA 1SBGA 3QBFA 4L1AB 2HS2A 1HPXA 5P51A 3UTLA 5P56A 5ER1E 4R8YA 5P1SA 4OBZB 3U7SA 4B1EA 3APRE 5P1IA 4YCKA 3K5CA 1GNOA 2ER7E 2I4DA 3LNKA 4Y35A 5HDZA 5P54A 2F80A 4I0ZA 4J1KA 2OHTA 5OZVA 4A6CA 4ER1E 2OHMA 4RCDA 5P80A 3SM2A 1QS8A 4I0HA 4PEPA 5P24A 1ZSFA 1RQ9A 5P25A 4U7QA 1ODYA 1EC0A 4Y5MA 5P4TA 2BJUA 2R38A 5SXNA 1AAQA 1B6LA 3FX5A 1FQXA 4ZEAA 3R1GB 3IN4A 5P8FA 5OZZA 2WF2A 2HPFA 5OZDA 2BPWA 2P3BA 3INDA 4IVSA 2O4KA 1YT9A 3QIHA 5P53A 1HVIA 3S53A 1IDAA 2QU2A 2QCIA 3O9CA 4J1HA 3QRVA 3NYGA 1ZPAA 3PGIA 5P6UA 5P78A 5KR0A 4Y3NA 4FRJA 5P4GA 3VV8A 4CMSA 4F73A 2G1OA 1VIKA 5AH6A 5P7JA 1K2BA 5P00A 3OQFA 2PYNA 5P48A 1B6MA 5P8SA 5OZXA 4Y3HA 5P34A 1ZP8A 1ZLFA 5P1DA 4LL3A 3QS1A 5P8OA 3QVIA 5P79A 2WEBA 3VYFA 3RU1A 5P3HA 4FE6A 5EZZA 3U6AA 1SDVA 5P7OA 3PM4A 3KT2A 4RROA 1APWE 4F76A 5OZHA 4R95A 4J1FA 3IN3A 3O9IA 8HVPA 1M43A 4EYRA 1HXBA 3NDUA 5OZ5A 5P77A 5P3KA 5P2VA 2NNKA 4AA9A 1B5FB 2I0DA 2G1RA 2R3WA 3UQUA 3LIVA 4RVIA 3KFNA 3EL9A 3NXNA 3WB4A 5P3DA 4ZE6A 1UH7A 3JW2A 4Y54A 2F3KA 1Z1HA 1C70A 2F3EA 5P36A 3Q4BA 5P4XA 5P68A 1WKRA 4Y3GA 5P3XA 3BGCA 3MWSA 4Q1YA 2IENA 2QI0A 5OYWA 5P7GA 5DQ4A 1KJHA 3GGUA 1JLDA 2BPXA 5P7VA 2QD8A 1W5VA 2IKOA 4LHHA 3ZKNA 5P5AA 5DR0A 2H6SA 5P8QA 2I0AA 3I2LA 1NPVA 2IL2A 1HVKA 2VS2A 1MUIA 1VIJA 4QJ6A 5EZXA 2IQGA 4Z4XA 3NDWA 3LPJA 2G1YA 1HPOA 2AOJA 2WL0A 3OTYA 1BV9A 3SA3A 1FFIC 5P8IA 2FDDA 3SLZA 2VIJA 1IZHA 2AZ9A 5P2YA 4NJSA 1TW7A 4YCTA 5P6VA 4L1AA 3TOHA 1BXQA 3PBDA 2IKUA 4Y3TA 4U8WA 5P5UA 5DQ5A 1DP5A 1KJ4A 3SA8A 1W51A 2P4JA 5OZJA 2XYFA 4HLAA 3DK1A 4CPWA 1SDUA 5P7XA 1SIPA 4YCYA 5OZ1A 4DQBA 5OZFA 4I0FA 4K4QA 3HAUA 5P7DA 5P8EA 5DQ1A 2AQUA 2HB4A 4Y3MA 3Q3TA 5OZKA 5P0TA 5P4CA 1FG6C 4Y5EA 4B1DA 3LZYA 4B05A 1DPJA 4YDGA 1LEEA 4YBIA 5P4YA 1BWAA 1XL2A 3L38A 4Y51A 5P03A 5P83A 3ZMGA 1CZIE 5P7RA 5C9DA 1B11A 5P4IA 3BXRA 5AHAA 5P74A 1AIDA 5HCTA 5P5ZA 3O9LA 5OZ0A 5P0FA 1MRWA 3OGQA 4RCEA 5DR3A 1XE5A 5P4FA 4YE3A 6FIVA 2FDPA 4Y44A 3RTHA 5P12A 3RTNA 5P1WA 5P2WA 3LHGA 2HC0A 1AVFA 5COOA 1ZPKA 2PSGA 1NPWA 5P4SA 4QGIA 3GGXA 2HIZA 5P04A 4OBDA 3RSXA 5OZ9A 4L7JA 5P8RA 3TKWA 4I10A 3ZKQA 3OUDA 3R4BA 5P35A 5OYYA 5P5GA 5P3OA 5P3IA 5P8GA 1KZKA 4Y39A 3OU1B 1PSNA 2HM1A 1EEDP 3CKRA 1MRXA 5HDUA 4KE0A 5P87A 2EWYA 1K6TA 4NJVA 5HTZA 2B42A 5SZ9A 2ER0E 4GYEA 2ZHSA 5P18A 4Z2ZA 2PC0A 5P2MA 3T7QA 1EPPE 5JODA 4DJPA 4K4RA 2R8NA 4YOBA 5P7SA 3BUGA 1OEXA 5P22A 3SO9A 2A1EA 3EKXA 3NU3A 4J1CA 1HOSA 5P6OA 4GZFA 5P3FA 1K1UA 3OY4A 1TSQA 3LIXA 2V10C 2JJJA 3JVWA 3N4LA 3OHHA 3CKPA 1QBTA 4X2LA 1APUE 1G35A 1U8GA 3VYEA 4J0PA 2FGUA 2ER9E 6APRE 3IVIA 1NPAA 3D20A 5P3VA 3BVAA 5P6HA 3UDJA 3SKFA 1ZSRA 2FXDA 4GIDA 4F74A 1BILA 1DIFA 1MSMA 3AIDA 2SAMA 3ER3E 5P1LA 2G1NA 3CIBA 3L5CA 5P5LA 1BDRA 5P63A 4ZPFA 3SQFA 4GJ6A 1QDMA 3L5EA 5P84A 5KR1A 1W6IA 2G24A 4B78A 5P0EA 3G70A 3KN0A 1BWBA 1AJXA 3PSGA 3O9HA 5P3CA 6UPJA 1XE6A 3O9AA 1BV7A 5HCOA 3GI4A 3NXEA 1DW6C 5AGZA 5OZWA 5P8JA 1HIHA 2I4UA 3ZKGA 1LYBA 4TRYA 5P2BA 3TPJA 5P8HA 2VA6A 3QROA 3ZL7A 2B7ZA 2PWCA 1T6EX 5P5PA 5OZYA 3G72A 2PH6A 1RV7A 2BB9A 3VSXA 1K2CA 4J1EA 5IVRA 1TCXA 5HDVA 5P6WA 4GMIA 2Q55A 5P81A 5P42A 5UPJA 4R92A 5P2GA 1LF2A 1BVEA 2P3BB 5P6KA 5I3WA 2RENA 4GJAA 1MEUA 4Y3PA 4FCOA 4Y5LA 5C9BA 1HIIA 3EKWA 5P4QA 5P41A 3I6OA 3ZKMA 1FGCC 3L5DA 2ZJIA 5P0ZA 3UPJA 2NXMA 4Y58A 4MC1A 4ZPGA 1FB7A 5P1XA 2G26A 2B7FA 2IDWA 4B00A 4JOOA 2QI1A 4I8ZA 4B77A 5P0OA 1Q9PA 3A2OA 5CLMA 5P29A 4DI2A 1FLHA 5P1UA 3VF7A 3UDRA 7HVPA 5DGUA 3EM6A 3LIZA 1SMEA 3QRMA 4B1CA 1EAGA 5P88A 3GGAA 2JYSA 3OAGA 4DUSA 4Y5NA 3LIYA 4FM6A 2BKTA 4APRE 2AVMA 5P7TA 1FQ4A 4DJRA 4FAEA 2RKGA 2ZGAA 3ZKIA 2QMGA 3LIQA 5OZSA 3PWRA 3FKTA 4Y3QA 5P5YA 5OYZA 4CPSA 2ZYEA 3I7EA 2VA7A 3S54A 5OZAA 5P1BA 2MIPA 3K5FA 3UDQA 1A8GA 1EPRE 4RRSA 1YTJA 3H0BA 3DUYA 3OOTA 3BXSA 5P1VA 3PLDA 3PHVA 5P1ZA 4Y36A 4COEA 2QU3A 5P57A 5P0JA 5OZEA 1J71A 2OHQA 3OU1A 2IS0A 5P0GA 3URJA 3DOXA 4EP2A 2FMBA 1B6JA 5P2IA 5P5NA 4Y5BA 3INFA 5KR8A 3PSUA 2O4LA 5P6TA 5P8NA 2R43A 5P3GA 5P1FA 5JFPA 3IAWA 4Z22A 1BBSA 5OZUA 2QNPA 1MSNA 5P70A 5HE5A 3QAAA 4H3IA 3OADB 2B60A 3JVYA 1D4HA 1Z1RA 3NSHA 5ISJA 4J5JA 2V11C 5P5JA 4U7VA 2Q11A 2WEZA 2ANLA 4FSLA 5P6SA 2V16C 5OZNA 3OWNA 5P6GA 2QMPA 3O9GA 5P1KA 4B0QA 4XX3A 1DMPA 1E82E 2NNPA 4RVXA 2CEMA 5P7ZA 5P2ZA 1EBKC 4I0JA 5F01A 2B8LA 3FSMA 3AUPA 5P3RA 4QJAA 5OZ8A 5P1YA 3PLLA 4QJ8A 4CP7A 1AXAA 5P73A 4Y5CA 5P3MA 5P0QA 1LZQA 2OHNA 1AM5A 1D4JA 3RTMA 2OHSA 3OOZA 1HVRA 1UH9A 2FDEA 5P8CA 4L7GA 3LINA 3PMUA 5SY2A 5P4DA 2G1SA 3LITA 3UQWA 2R5PA 4Y3RA 4XXSA 4DJQA 5P71A 1ER8E 1T3RA 2O4NA 3DCRA 5P7BA 5P3PA 1SMRA 2I4QA 3S43A 2QMFA 4TVHA 1HWRA 1KJGA 5KOSA 1GVTA 3TTPA 5P7FA 3HAWA 5P0DA 1G0VA 1EPQE 5DR8A 4I0EA 5P0LA 3R2FA 1T7KA 3VYDA 2AOGA 1HSIA 5P0UA 5IS4A 4YD5A 1C6YA 1D4KA 2PMAA 5P6XA 2PSUA 4FIVA 1W5XA 5P7HA 4I12A 3MSJA 3OXVA 2IGXA 3R0WA 1ZTZA 4H3JA 2QHZA 5OZQA 4Y3XA 5P4ZA 3O9LB 3KFPA 5P50A 4B72A 3IXKA 4Y4DA 3GI0A 2ZHRA 3VG1A 4MC9A 3ZPUA 4CPXA 2NXDA 2NPHA 3MSLA 5P8VA 3SKGA 2AZBA 5P5DA 3EBZA 5IVQA 3T7PA 5OYTA 2OHPA 1HTEA 5P0HA 1IBQA 2G27A 3UDKA 2WEAA 4PYVA 1YTGA 3UDMA 2P3DA 5OYSA 3EMYA 3OUDB 1YTHA 3QBHA 5P3LA 5KQYA 1IZDA 2V00A 5P1MA 2WHHA 3S7MA 2OHRA 2Q54A 5P28A 4Y4UA 3NU4A 2QMDA 1HSGA 3INEA 4Y4AA 5KR2A 3PBZA 2AIDA 3ZOVA 1XL5A 4CPTA 5BRYA 3OK9A 5P4NA 4RGHA 3HLOA 2JXRA 4CKUA 4DQEA 3VUCA 3VFAA 4Y3JA 5F00A 1APVE 1SIVA 4R5NA 2G22A 5P26A 1W5WA 1K6PA 3OQDA 5P62A 4FAFA 2QNNA 3L59A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J0Y A;  3CMS A;  5DPZ A;  1A9M A;  4J1I A;  3KFR A;  2ASI A;  5JG1 A;  2HB3 A;  5P2C A;  4D88 A;  3VV7 A;  3FNU A;  4J55 A;  5P82 A;  4KB9 A;  5IVS A;  5P6J A;  5P1P A;  4A4Q A;  1FQ8 A;  5P85 A;  3INH A;  5P8P A;  5FIV A;  3UHL A;  4DQC A;  2F8G A;  3T7X A;  4ZSP A;  5DR4 A;  5P2H A;  3BUF A;  3EKQ A;  4WY1 A;  3TNE A;  5P2N A;  5P2T A;  5P38 A;  2HPE A;  4K8S A;  3Q70 A;  2PK6 A;  4OBH A;  5P5X A;  4GB2 A;  5P5O A;  3APP A;  3EKV A;  5P44 A;  4APE A;  4L7H A;  3U71 A;  3CIC A;  1IDB A;  4DQH A;  2AZ8 A;  1YG9 A;  3VSW A;  4QJ2 A;  2QI7 A;  4DVF A;  1LF3 A;  5P3U A;  4JPE A;  4ZSQ A;  5P11 A;  2P3A A;  4DJY A;  2R3T A;  2H6T A;  4GJC A;  2QZX A;  1BXO A;  2HAH A;  1B5F A;  4Y57 A;  2AVO A;  4ZSR A;  3EL5 A;  3SFC A;  5P4W A;  2BBB A;  5P3Q A;  4EP3 A;  2AOE A;  3OUB A;  3UDY A;  1K6C A;  5P6D A;  5P5K A;  5P2S A;  5P6F A;  3EC0 A;  3S8I A;  5P6M A;  2WJO A;  4H3F A;  3DV5 A;  4DJO A;  5HD0 A;  1LS5 A;  1EPM E;  1YX9 A;  4DJW A;  4Y4J A;  3WB5 A;  5P2E A;  1PSO E;  2R5Q A;  3PVK A;  3TOF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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