4FRSA

Structure of bace in complex with (s)-4-(3-chloro-5-(5-(prop-1-yn-1-yl)pyridin-3-yl)thiophen-2-yl)-1,4-dimethyl-6-oxotetrahydropyrimidin-2(1h)-iminium
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
389
structure length
386
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of an Orally Available, Brain Penetrant BACE1 Inhibitor That Affords Robust CNS A(beta) Reduction
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 386
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4frsA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4frsA02
2ZJHA 5P5IA 5ER2E 2Q55A 1B6MA 2I4VA 4Y53A 5P22A 4YDFA 2WF3A 5OZOA 4D89A 1XDHA 5P6JA 4LC7A 2IKOA 3OXXA 3APRE 1W5WA 5P2BA 3LITA 1MT7A 4Q1XA 5OZLA 5P1VA 4F76A 1RQ9A 2PWCA 3NU6A 4AA9A 5P06A 2R43A 5P36A 4Y50A 4Y4AA 4Q1WA 1RL8A 5P1OA 3VFAA 4J55A 2WF1A 5P7GA 3IGBA 3S7LA 4L1AA 2J9JB 5P66A 3EKWA 2B60A 3PSYA 2O4LA 3ZKMA 4RCDA 4I0GA 1HXWA 1EPLE 2ZJIA 1K2BA 3OOZA 3BHEA 2FLEA 2OHLA 3PM4A 4Y35A 4K8SA 3NDXA 2R3WA 4CPQA 4KB9A 5P4OA 5P3HA 5P6PA 2R5PA 4ZSQA 5P50A 2AOIA 2P3DA 5P59A 3LIXA 4MC2A 4WY1A 2F8GA 3NDTA 5P2TA 5P4DA 1SH9A 3S45A 4ZSPA 4DFGA 2AZBA 3IVHA 2O4KA 5P8PA 4GJ8A 1HVCA 4Y3GA 3TPLA 3BUHA 3OU4B 1FQ7A 5P2EA 3ZPTA 1C6XA 4R5NA 4ZPGA 5P11A 2HS2A 5P0GA 1HVHA 3O9EA 1RPIA 5P04A 1GVWA 5COOA 4Y3XA 2HS1A 5P24A 1OEXA 5P0IA 2AVVA 4I0IA 4PYVA 1E82E 5P08A 1UPJA 4OBGA 4RLDA 5OZCA 5P2IA 5P81A 5OZZA 1MT8A 4Y3FA 4EP2A 4ZPEA 3OUDB 1BILA 3I6OA 3OQDA 4QLHA 1BAIA 3TOHA 2FNSA 3WZ7A 4RCEA 3H5BA 4ER4E 2PMAA 3SABA 5P10A 5I3YA 2AZCA 4AA8A 4HVPA 2UXZA 3UCBA 4FAFA 2IKUA 5P13A 5P6EA 1SIVA 1HPOA 4RYGA 2QHZA 5HDUA 1SP5A 2NXDA 5P3KA 5P8MA 4F74A 3LPKA 1BVEA 1HVKA 5P4JA 1OD1A 5P1GA 1FG6C 3VUCA 5P7IA 2PYMA 5JODA 3PI0A 1QS8A 4Y4TA 4YOBA 3EKXA 5P1SA 3SKFA 1C70A 2V10C 5P6DA 1RV7A 3URLA 3A2OA 1APUE 2QMDA 3WSJA 1BXQA 3LINA 2ZHSA 5C9DA 1NPAA 1KJ4A 2Q3KA 1LYWB 3HDKA 3HW1A 3S2OA 3U6AA 4J0ZA 3OU1A 1MRWA 5P0PA 2QHCA 2RKFA 5P7CA 5P5DA 2F3EA 3OTSA 2WF0A 5P86A 4AMTA 3JVYA 5P37A 1B6PA 3BUFA 3L5CA 4DQCA 2XFIA 3QP0A 5HTZA 4Y36A 2HIZA 5P8GA 1NSOA 3Q70A 1HIVA 5KR0A 4PZXA 2B7FA 1ZJ7A 2V11C 2VA5A 3VF3A 3KDDA 3D91A 1TQFA 4JP9A 5P25A 4Y6MA 4Y4XA 3VF7A 2QI4A 1FFFC 5P85A 1OHRA 1SMEA 3O9CA 4X7IA 2HAHA 5P5SA 2QI1A 2JJJA 3L59A 4CKUA 5P5JA 3SACA 5P19A 4I1CA 3R2FA 3VYFA 5SXNA 3UPJA 4YD3A 1TW7A 4J0TA 3NYGA 4RVXA 2WEBA 3SA5A 4U8WA 4L7GA 4Y44A 4Z4XA 5P3DA 2H6TA 4I0HA 4LHHA 5P4RA 3UQWA 5DR3A 1G35A 4CPRA 3PHVA 4Y48A 3INDA 4L7JA 5P0MA 4QJ9A 5P35A 5P18A 4DVFA 4Y3JA 1T7KA 1PPME 5P6QA 1GNOA 5UPJA 3G6ZA 1FQ5A 1LF3A 5P73A 2OF0A 4I11A 5B18A 5P76A 4CPSA 3VLAA 1LS5A 2IRZA 2OHUA 1SGZA 2O4SA 1EBYA 3K4VA 2BPZA 2Q63A 2ZHUA 3DK1A 5P3UA 3FIVA 3GI6A 2HB3A 2QI0A 4K4PA 5AHAA 5P0NA 2V12C 3K5DA 1DIFA 1FG8C 4YCYA 1PPKE 5OZXA 3S54A 1N49A 4EQ0A 5IVRA 4COEA 1KJFA 1ZAPA 5P0OA 4EHCA 3FKTA 1YTIA 5P6CA 5P5GA 4ZPFA 3Q5HA 4Y5PA 1IBQA 3TPPA 5P3VA 3SLZA 4I0ZA 3SFCA 1PFZA 3IXKA 4Y4DA 2AQUA 4DPFA 5P8KA 3RSXA 4OBKA 4R91A 5SY3A 4J0VA 4Y9WA 4JOOA 4DPIA 4CPTA 3T11A 3WB4A 4FM8A 4U7VA 5P70A 4FRJA 1QRPE 5P7ZA 5P5HA 1XE5A 1EPOE 5OYWA 5KQYA 2BKTA 3D1YA 3KDCA 3O9LA 4GB2A 5P5WA 2Q54A 1W6HA 3UDNA 3R0WA 3N3IA 3NXEA 2AOJA 1ZSRA 4FSLA 3QIHA 4A4QA 4B78A 3T7PA 3EC0A 4Y3MA 3VSWA 2NNKA 4K4QA 5ER1E 4TVHA 5AHBA 5P7DA 2BPWA 1QBUA 3PSUA 3L5FA 5P3WA 3QS1A 1HPXA 5P7BA 1MERA 2IL2A 1MTRA 1CPIA 3N4LA 3OAGA 2NMZA 3NR6A 3FNSA 2WEDA 5P0JA 3KM4A 1B6JA 4DJRA 3PLDA 4APRE 3SAAA 1IZHA 5P7EA 1YTJA 4J1EA 4ZSRA 1HTGA 5P0AA 1UH7A 1AJXA 1APWE 5P4YA 3Q6YA 3RTNA 5P5TA 5JFPA 2FMBA 4IVTA 4I8ZA 2ANLA 4ER1E 4Y5MA 5P0FA 3HAWA 3LIVA 4J1FA 5P39A 3BXRA 2RKGA 2VA6A 5AH8A 4MC9A 4Y3WA 4RCFA 3SQFA 3LHGA 3ZKQA 3IVIA 3SA6A 5P2CA 2ZDZA 1GVUA 1WBKA 4Y37A 3NU9A 5OZEA 3S53A 5P1EA 3OQKA 1HVSA 1IDAA 1Z1HA 2ZHRA 3EKTA 4QJ7A 3NU3A 1PPLE 4FAEA 3D1XA 5P60A 5OZHA 3CIDA 5P7NA 3UDRA 3LZVA 4ACXA 2J9KA 5P2MA 3OQAA 4OBFA 5P4IA 3VFBA 1MVPA 2AZ8A 6APRE 2ZJKA 5P7YA 1D4SA 5DQ1A 4A6BA 5P28A 4Y5BA 4B05A 2QI6A 4HDBA 5P6VA 1FKNA 3BRAA 3OY4A 5P7MA 3ZPSA 7UPJA 3JVWA 2BPVA 3BGCA 1HPVA 2P3BB 5P58A 5P8RA 1ZBGA 5HCOA 3NUOA 5P79A 3VV6A 1PSNA 3UDPA 1SBGA 5P5LA 3ZMGA 4GZFA 2I0AA 3OADB 1W5YA 2NPHA 2WF4A 4B0QA 1VIJA 2AOCA 2XFJA 5OZYA 5DGUA 1OEWA 4DV9A 4YCTA 5OYTA 5JFUA 1G6LA 3BVAA 5P31A 2ZHVA 1LYBA 5P7OA 3S8IA 3OXVA 3QBFA 5P6OA 2HPFA 4R92A 3QVIA 2BJUA 5P5VA 3BUGA 4OBZB 4TRZA 5P78A 4RVJA 5P1YA 4HE9A 1BDLA 3CMSA 2G1NA 2XYFA 5P2OA 3IXOA 5P6HA 2O40A 4Y3EA 3O9GA 1F7AA 1PSOE 3KN0A 3FSMA 1EC2A 5P40A 3MSJA 5P8QA 5P6NA 3I2LA 3QVCA 5P3JA 2WHHA 1ME6A 4ER2E 2G1YA 4HZTA 5P2DA 5P84A 5P1KA 5I3VA 3L5DA 2WEZA 1LF2A 4DQBA 2AVMA 2ZJMA 3PWMA 3L5BA 5PEPA 1FQ4A 1HOSA 3NLSA 4HA5A 1HEFE 5P2YA 1EPME 4J1CA 4R8YA 4FRSA 1HIIA 5P45A 4D8CA 3EL9A 2P8HA 2VIJA 3KFSA 5P5OA 5P5KA 1AVFA 5P1TA 2ER7E 5DR1A 4X2LA 1B11A 5P74A 5P7VA 5P77A 3ER5E 5JG1A 3SA8A 1KJHA 4DJUA 3ZPUA 4Y5KA 3URIA 4Y3HA 3ST5A 1FB7A 2Q5KA 3ZKIA 2HB2A 5P56A 5BS4A 2WKZA 4OC6A 2ER9E 2ZJNA 4YOAA 3U71A 3INEA 1LV1A 4RYCA 2R38A 2P83A 3PJ6A 4Y3DA 2QMGA 5P7JA 3LPIA 4I0DA 5KQXA 4S1GA 5HE4A 5P67A 1ZPAA 5P6TA 5P7PA 3VV8A 5P68A 4Y43A 2WJOA 5OYYA 2OHMA 4Y3QA 1HTEA 2QU3A 5P65A 2CEMA 4APEA 1GVTA 4Y5GA 5P4XA 4NJUA 1M4HA 5AH7A 1D4LA 3R0YA 2A1EA 5P0XA 3T6IA 2ZJJA 3SM2A 2AOHA 5ENMA 1SGUA 4LP9A 4YBFA 3PVKA 3D20A 3QRSA 3S43A 3Q4BA 5DR7A 2AVSA 2HC0A 2QI7A 4GJ6A 2G22A 4Y3AA 5P1DA 2QMFA 5HE5A 5P43A 5P82A 4Q1NA 2IEOA 2OHPA 5OZUA 2I0DA 1EPQE 3CICA 4Y4JA 3GI5A 5P2UA 4BFBA 3SO9A 2ZJLA 3HLOA 4I0JA 1FQ8A 5OYSA 3DUYA 1IZEA 4MC6A 5ISJA 4Y5LA 4L7HA 3PWWA 3VF5A 5IS4A 2G21A 5P8IA 5P2FA 5P5CA 3TL9A 1LYAB 4GJ5A 3OTYA 5P6AA 1NH0A 4LXAA 2OHRA 2NXLA 2BKSA 1ZP8A 4B1CA 4YDGA 3OOTA 1W5XA 3O99A 5HU1A 2G20A 1XL2A 1EC3A 3EL0A 3LZYA 3UFLA 5E5JA 5P1RA 2QNQA 3PCWA 4DJPA 3FNUA 1D4HA 4CPUA 5P5PA 2AZ9A 2ZHTA 5IE1A 3K4VC 2FGUA 2Z4OA 3I8WA 2WECA 5KR1A 2PQZA 3H0BA 4DJOA 3KFPA 4DH6A 2JXRA 4Y5AA 2CEJA 4GJAA 5P7HA 3TOFA 4ACUA 4HDFA 5P1UA 1FF0C 3IAWA 4I0EA 3O9FA 3LIYA 4GYEA 4Y58A 5P7SA 1AXAA 1A30A 3GI4A 1K6PA 1BWBA 1MSNA 5OZ2A 4Y3PA 5P4AA 2G27A 2G26A 4K9HA 4XX4A 5P5FA 1EAGA 2AVOA 2QK5A 4J5JA 3SPKA 4OBDA 1DP5A 4EQJA 4ZE6A 4D83A 5P2QA 5KOQA 5P4MA 3OQ7A 5P16A 3OWNA 3INHA 2Q11A 3WB5A 3LPJA 5P6SA 3QRVA 5P6ZA 1SDTA 2ZE1A 4PEPA 5P63A 5P4PA 4FSEA 3L58A 3LIZA 4EJKA 1BXOA 5P6WA 5HDXA 3FX5A 5OZJA 3EL1A 5P12A 4FS4A 3DCRA 3EBZA 5BRYA 5P1XA 2Q15A 1FMUA 1KZKA 3TH9A 4KE0A 4KE1A 1K6TA 2BPYA 2RSPA 3DJKA 1AM5A 5P23A 1JLDA 5P55A 4TRWA 2QD8A 5DGWA 1BDRA 3ZKSA 2FDDA 1Z8CA 2QI3A 5P5XA 4Y5NA 2BBBA 5P87A 2B42A 1TZSA 3RU1A 1LEEA 2J9JA 5P1MA 1HSGA 4RROA 1UH9A 4OD9B 5AHCA 5COKA 2R3TA 4MC1A 4HEGA 3L3AA 2V16C 3OK9A 3UDHA 1A8KA 3VCMA 2R9BA 3EKPA 4JECA 4WY6A 1RNEA 5I70A 5P00A 1BVGA 2HB4A 2HM1A 5P34A 5OZ6A 1D4JA 4Y3LA 5P6FA 1AJVA 3BGBA 5P3LA 4EPJA 5P3RA 2QAKA 4J0YA 4YD6A 1EPNE 1HSHA 3GGXA 5P4WA 4A6CA 1W50A 2R5QA 4I0FA 3NUJA 5DPZA 3UQRA 1AAQA 3IXJA 5P6XA 1G0VA 3OU4A 4PZWA 5HE7A 1QBRA 1MT9A 5OZVA 1VIKA 2H6SA 3VLBA 2NTRA 5P30A 3L38A 4LXKA 1IIQA 2I1AA 4UPJA 2WF2A 3UF3A 5P52A 5P4LA 5CLMA 4Y4WA 5P6BA 4NPUA 2VIEA 5P7UA 4Y3NA 5OZRA 3OUDA 4IVSA 2FDPA 4I10A 2XYEA 5OYUA 1ODWA 5OZMA 1META 3O9BA 2I4DA 1T6GA 5P5QA 2XFKA 2G1RA 5P62A 1MIQA 2PSUA 1ENTE 2O4PA 3KYRA 5OYXA 5P8CA 1FFIC 4GJBA 5P61A 1FMXA 5HDVA 4L1AB 3UDMA 1ODXA 5P7XA 1FLHA 4OC6B 2NMYA 2P3CA 4B70A 2MIPA 2RENA 1BV9A 2P3AA 5OZQA 5F00A 2G94A 3GGVA 3NU5A 2QZLA 3DOXA 2FXEA 5IVQA 2APRA 1C6ZA 5P4QA 5P1PA 2VA7A 2QP8A 6FIVA 4LL3A 2JYSA 3JW2A 1B5FA 3GGAA 4GJDA 1YTGA 2ZGAA 5P6RA 1K2CA 3S7MA 2V13A 1B6KA 5P2HA 3MWSA 3RSVA 1W51A 2AODA 3OGQA 5T4SA 5OZBA 5P5ZA 4J1IA 4ZLSA 4Y3TA 4F75A 4NJSA 5IVTA 2OAHA 3HVGA 3T7QA 1IDBA 3MXEA 4YD7A 4Y56A 3ZKNA 1K1UA 5SZ9A 1PSAA 3EXOA 3R1GB 5P1QA 1PROA 4B1EA 3PBDA 3F9QA 1ODYA 2JJIA 4EP3A 4GMIA 1T3RA 5OZDA 2QD7A 4Y4GA 5KR8A 5P8SA 2IENA 2I4UA 5P2WA 2FNTA 4JPCA 4FGXA 4DQGA 2QNNA 2QI5A 3R4BA 2AVQA 3MSKA 5OZPA 1BWAA 3LZSA 4FRKA 2UPJA 5P3FA 2WEAA 3ER3E 4EJLA 3I25A 4Y51A 5P8BA 1YX9A 2PYNA 1HRNA 4B72A 4DJYA 4Y5CA 5P3EA 4M8YA 4H3JA 4Y5EA 5P4HA 5P71A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJH A;  5P5I A;  5ER2 E;  2Q55 A;  1B6M A;  2I4V A;  4Y53 A;  5P22 A;  4YDF A;  2WF3 A;  5OZO A;  4D89 A;  1XDH A;  5P6J A;  4LC7 A;  2IKO A;  3OXX A;  3APR E;  1W5W A;  5P2B A;  3LIT A;  1MT7 A;  4Q1X A;  5OZL A;  5P1V A;  4F76 A;  1RQ9 A;  2PWC A;  3NU6 A;  4AA9 A;  5P06 A;  2R43 A;  5P36 A;  4Y50 A;  4Y4A A;  4Q1W A;  1RL8 A;  5P1O A;  3VFA A;  4J55 A;  2WF1 A;  5P7G A;  3IGB A;  3S7L A;  4L1A A;  2J9J B;  5P66 A;  3EKW A;  2B60 A;  3PSY A;  2O4L A;  3ZKM A;  4RCD A;  4I0G A;  1HXW A;  1EPL E;  2ZJI A;  1K2B A;  3OOZ A;  3BHE A;  2FLE A;  2OHL A;  3PM4 A;  4Y35 A;  4K8S A;  3NDX A;  2R3W A;  4CPQ A;  4KB9 A;  5P4O A;  5P3H A;  5P6P A;  2R5P A;  4ZSQ A;  5P50 A;  2AOI A;  2P3D A;  5P59 A;  3LIX A;  4MC2 A;  4WY1 A;  2F8G A;  3NDT A;  5P2T A;  5P4D A;  1SH9 A;  3S45 A;  4ZSP A;  4DFG A;  2AZB A;  3IVH A;  2O4K A;  5P8P A;  4GJ8 A;  1HVC A;  4Y3G A;  3TPL A;  3BUH A;  3OU4 B;  1FQ7 A;  5P2E A;  3ZPT A;  1C6X A;  4R5N A;  4ZPG A;  5P11 A;  2HS2 A;  5P0G A;  1HVH A;  3O9E A;  1RPI A;  5P04 A;  1GVW A;  5COO A;  4Y3X A;  2HS1 A;  5P24 A;  1OEX A;  5P0I A;  2AVV A;  4I0I A;  4PYV A;  1E82 E;  5P08 A;  1UPJ A;  4OBG A;  4RLD A;  5OZC A;  5P2I A;  5P81 A;  5OZZ A;  1MT8 A;  4Y3F A;  4EP2 A;  4ZPE A;  3OUD B;  1BIL A;  3I6O A;  3OQD A;  4QLH A;  1BAI A;  3TOH A;  2FNS A;  3WZ7 A;  4RCE A;  3H5B A;  4ER4 E;  2PMA A;  3SAB A;  5P10 A;  5I3Y A;  2AZC A;  4AA8 A;  4HVP A;  2UXZ A;  3UCB A;  4FAF A;  2IKU A;  5P13 A;  5P6E A;  1SIV A;  1HPO A;  4RYG A;  2QHZ A;  5HDU A;  1SP5 A;  2NXD A;  5P3K A;  5P8M A;  4F74 A;  3LPK A;  1BVE A;  1HVK A;  5P4J A;  1OD1 A;  5P1G A;  1FG6 C;  3VUC A;  5P7I A;  2PYM A;  5JOD A;  3PI0 A;  1QS8 A;  4Y4T A;  4YOB A;  3EKX A;  5P1S A;  3SKF A;  1C70 A;  2V10 C;  5P6D A;  1RV7 A;  3URL A;  3A2O A;  1APU E;  2QMD A;  3WSJ A;  1BXQ A;  3LIN A;  2ZHS A;  5C9D A;  1NPA A;  1KJ4 A;  2Q3K A;  1LYW B;  3HDK A;  3HW1 A;  3S2O A;  3U6A A;  4J0Z A;  3OU1 A;  1MRW A;  5P0P A;  2QHC A;  2RKF A;  5P7C A;  5P5D A;  2F3E A;  3OTS A;  2WF0 A;  5P86 A;  4AMT A;  3JVY A;  5P37 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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