4ZSPA

Bace crystal structure with bicyclic aminothiazine inhibitor
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Preparation and biological evaluation of conformationally constrained BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zspA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zspA02
5P2UA 1SDVA 5P4WA 3O9IA 4EXHA 1G0VA 1FFIC 5P2HA 5OYXA 5P7QA 4QJ7A 3OUDA 5P0YA 2IS0A 3EL1A 1SBGA 2O4KA 1HSHA 3S7LA 3K5DA 1MPPA 5P3OA 2IKOA 5F01A 3UDPA 4MC9A 5P8SA 2QHCA 5P0OA 5P3MA 5P67A 2OHPA 2V00A 1AM5A 2Q3KA 1MVPA 3UTLA 5P6PA 5HE5A 1K2CA 5P7RA 4OD9B 5P63A 5P05A 1EC2A 1ODYA 1M0BA 5C9BA 5P19A 1FB7A 1ODWA 5DR4A 1KJGA 1QBUA 1T6EX 4J1CA 1TZSA 4JP9A 1MESA 1IVQA 3OU4A 4JPCA 3D1XA 1PSOE 4EQJA 2Q54A 5P6GA 3VV7A 4FIVA 1W5XA 1HPXA 1EPPE 2QD6A 5P00A 4Y5KA 2HB2A 5P3KA 5P7LA 5P0EA 1A30A 4OBJA 4Y3HA 4HVPA 2ZJHA 4RYCA 2Q11A 1FG8C 1W50A 2CEMA 1YM2A 3S43A 1K6PA 3DOXA 2UY0A 5KR8A 3VV6A 2R5PA 5HCTA 5I3WA 1RQ9A 4NJVA 3LPJA 2HPFA 5P1JA 2WECA 5P81A 1K6VA 4J1EA 2WF1A 4B77A 5OZZA 1BDLA 5P39A 1FQ6A 3O9EA 5P22A 4QJAA 5P1DA 3QRVA 3HAWA 1PPLE 3CKRA 3NSHA 3ZKQA 2IQGA 2VJ7A 1IVPA 3T3CA 4I0FA 5P8OA 5P85A 5P8QA 4YOAA 4LL3A 2B8VA 1IZDA 5P0KA 1ZPKA 4MC6A 5P5JA 4DVFA 1Z8CA 5P54A 3NU4A 3D3TA 2HM1A 5P68A 5P4QA 4KUPA 1QS8A 2AOIA 3KDDA 1EAGA 3QPJA 3BGBA 3PBDA 3VLAA 1HVRA 4D89A 4QJ9A 3T6IA 2G27A 2BQVA 4F76A 3K4VC 3VYDA 5HCOA 1LYBB 2NPHA 2NNKA 4Z4XA 1KJFA 1MT7A 2ZYEA 4LXKA 5SY2A 4Z50A 4AMTA 3ER5E 5OYZA 5P4KA 2VIJA 3OTYA 3R2FA 4Q5MA 2XFIA 4YBFA 3HZCA 5OZ3A 2QNPA 2O40A 2G1YA 5P6CA 5P7AA 3IXKA 5P06A 1XS7D 5P1OA 5P8EA 3U71A 4L7HA 4J0TA 3QBFA 3D1ZA 4ER2E 3PSUA 2BJUA 5P4SA 2IENA 5P1SA 1BV9A 5P0PA 2F81A 3INFA 4R91A 4Y5CA 1OEWA 2WL0A 3NWXA 1OD1A 5P70A 4OC6A 5OZAA 5P3CA 5P26A 3RTNA 3HAUA 4L1AA 5P2ZA 1HRNA 5P84A 5AH8A 5AHCA 2ZJLA 5OZCA 2BPVA 1WKRA 4EWOA 1BIMA 2QI6A 2XFKA 6FIVA 1FQ4A 1HIVA 3HVPA 2PSUA 3UQUA 4ER4E 5P6ZA 5P5UA 2P3DA 3C9XA 2P83A 2R38A 2I4UA 1TCWA 3T11A 3SO9A 2RKGA 4GJ8A 3GI4A 4U7QA 3OAGA 3DM6A 2G69A 4I10A 5P7FA 4AZYA 5AGZA 2AOGA 3FSMA 2WF4A 1DW6C 3KT2A 1MTBA 5P49A 4YD7A 3EKXA 4Y3LA 3PRSA 5P2IA 3PLDA 5OZQA 2QCIA 3OADA 3OQFA 5P59A 5OZUA 8HVPA 3TTPA 3SFCA 2ER9E 4I0HA 5P6EA 3OQKA 4YD6A 1D4LA 2AODA 2RMPA 3FX5A 3U7SA 4DJYA 4DPFA 4CPUA 3ZKSA 3OY4A 4FM8A 5P2DA 4KE0A 4Y4UA 5OZKA 3MSJA 5I3YA 4HA5A 3S2OA 5APRE 4S1GA 4ZPEA 4B72A 5P2RA 5P2AA 5P7MA 1SMEA 5P5CA 2QD7A 1ER8E 4RRSA 2Q55A 5P7XA 5P1TA 4IVTA 5OZVA 3PI5A 5HE4A 1VIJA 5KOSA 5OZEA 1HTFA 5BWYA 3UHLA 3NLSA 4Y4EA 3BVAA 3T7XA 1AVFA 4ACUA 2FDDA 1EC3A 5F00A 2PMAA 5P6XA 3EKQA 4PEPA 4Y56A 5P2CA 3RU1A 3NUOA 4I0DA 5P7TA 5P4NA 4K9HA 3ZL7A 5OZ5A 3TPPA 2Q5KA 5P2EA 2ZJKA 2ZHVA 2NXDA 2VIYA 5P18A 5JFPA 5P20A 2AVMA 1HTRB 5P2MA 2QZLA 3IVIA 1FMUA 4ZIPA 2BPXA 5P7UA 3EL5A 3VYFA 5P3JA 4F74A 1GNOA 3L5FA 4MC2A 4HDPA 1BDRA 2QMFA 4Y5EA 5P1ZA 4Y36A 2AVOA 5P5KA 3CIDA 5DQ5A 1FIVA 4Y3WA 1CMSA 3R0WA 3MWSA 3UDMA 3PGIA 5DQ4A 5DGWA 3GGXA 4YD5A 5P13A 4GJ5A 2FNSA 3UDRA 3CKTA 2NR6A 1BXQA 2QK5A 4R93A 2EWYA 4I8WA 4ZSMA 1G6LA 1ZTZA 4OD9A 2G1RA 5OZYA 1M43A 2I4VA 4RVJA 3T7PA 2IL2A 4Q1WA 3RTHA 4LHHA 5P3LA 4IVSA 5P6OA 4Y47A 4DJQA 1IZHA 3PCZA 1T7IA 3R4BA 4WY1A 1TW7A 5P73A 1GKTA 5P0JA 4J54A 5P3QA 5COOA 5P1EA 4K4QA 5P5SA 2V12C 2OHMA 1E5OE 5P2JA 3UCBA 3H5BA 4HDFA 1QBSA 4ZE6A 4Y5LA 4DQGA 1LS5A 4Y3XA 1HEGE 1M4HA 2ZHRA 2OHNA 4GJCA 5P76A 1AXAA 1D4HA 2QHYA 3GGUA 3KF0A 2G26A 4DI2A 2P8HA 4GJ9A 4B1EA 3NDTA 3ZKIA 5AH7A 5P4EA 4Y35A 1NPAA 4NJUA 5DPZA 2JJJA 2I0AA 3RTMA 2R3TA 3O9LB 4QLHA 1FGCC 3EM4A 1LYAA 3VLBA 4QJ6A 1PSAA 1B6KA 4L6BA 5P8BA 5P4HA 1J71A 5JFUA 2O4NA 2ER7E 4X7IA 4YDFA 2IKUA 3LHGA 4I0EA 1T7KA 1U8GA 1A9MA 3QVIA 1ZAPA 3A2OA 1LYBA 3DCRA 5P15A 5AH9A 5CLMA 5P31A 2HB4A 2I4QA 5P36A 1ZJ7A 3RSXA 1AZ5A 3OXXA 3Q4BA 5BS4A 4DUSA 2R8NA 4RROA 1EPQE 5P44A 5P75A 1BXOA 2OHKA 5HU0A 3URLA 5P4AA 5HTZA 4FRSA 1YT9A 1BV7A 3OHFA 1W5YA 1HPVA 2PYMA 1ZSRA 4YDGA 5OZNA 1MERA 5JG1A 5AHBA 4J1HA 3O9BA 5P6UA 5HVPA 1LYWB 3Q6YA 5ENMA 5TOLA 2QI0A 4Y5MA 4EP2A 4DJOA 5P33A 3UFLA 3LIVA 1ZP8A 3QBHA 5P6JA 3SABA 5P25A 5P5XA 1W6HA 4N00A 3OHHA 4H3GA 1YTHA 5OZIA 7UPJA 1SGZA 4DJRA 3URIA 4FM6A 2FLEA 5P1BA 5P4XA 4Y3AA 3SLZA 5DGUA 2FGUA 5P6KA 5P79A 5I70A 1EC0A 4FSLA 3NXEA 1FQ8A 4LP9A 1HSIA 2BPZA 4RVIA 3PMYA 5P7WA 2OHTA 4I11A 5P01A 3S53A 5DR7A 4FRIA 4EP3A 2B7FA 2PWCA 5KR2A 5P8KA 5P10A 4Y53A 4YBIA 2HIZA 3OUAA 1B11A 5P0RA 2AVVA 1D4SA 3OGQA 3FIVA 3O9FA 2UXZA 4OBKA 4ER1E 5P0GA 4EJLA 2OHUA 1DIFA 4Y3RA 1PROA 2J9JB 2IEOA 4Y58A 4EJDA 1ZSFA 3EL4A 2QZWA 5P2VA 5P2YA 5P87A 2R3WA 4DJPA 5P4ZA 1EC1A 1Q9PA 5OZBA 1QDMA 1EPRE 3UQPA 1HVKA 5OYSA 2QI4A 3JVYA 3L5CA 4R8YA 5P0WA 4LXAA 3VV8A 2RENA 4GB2A 2JJIA 2WEDA 3PI0A 5P56A 1F34A 4Y5NA 3OU1B 2RKFA 3TPRA 3N3IA 2WHHA 2WEBA 5OYWA 5P1UA 3IXOA 5PEPA 5P5DA 2G94A 1EBWA 1PPME 3VYEA 3AIDA 1UH9A 1QBRA 4Y3JA 4J55A 4Y3MA 1DPJA 4F73A 5P2LA 3K4VA 2VNMA 2A4FA 3IXJA 1ME6A 3IA9A 3Q70A 3GI6A 5SZ9A 5P52A 5P6HA 2QI7A 5P1YA 2ZJIA 1HVCA 2WF3A 3UQXA 1ZBGA 3SKGA 3EL0A 3FNSA 1IIQA 5P8JA 2XYFA 2FNTA 1A8KA 4FCOA 4CPQA 5OZ9A 1WBKA 2F3EA 4D83A 4Y4BA 3BUFA 4UPJA 3O9HA 4J1FA 2I1AA 3QAAA 3K5CA 5P5VA 5P4FA 3N4LA 3QP0A 3SA4A 2Q64A 2ZE1A 5P7PA 2O4PA 5P08A 5P4JA 5P2OA 5P65A 3KYRA 5C9FA 4EQ0A 1DAZC 4HDBA 4PZWA 3VSWA 5OYRA 2I4XA 5P8UA 4ZPGA 1KZKA 1XN3A 1BWAA 3VUCA 1RL8A 4J5JA 5P3RA 2OHLA 2UPJA 3VG1A 3LNKA 2VJ9A 4ZPFA 5P3TA 5P78A 3FNTA 5P0SA 3TPLA 1HPOA 2MIPA 3PWMA 4RCFA 5P6DA 3WB5A 1NPVA 5P03A 5P02A 5P16A 4Q1XA 3VEUA 4Y5AA 5OZHA 2QI5A 3DV5A 1APWE 5P0XA 2QZXA 2QI1A 5P5AA 4OBDA 4Y4DA 3TPJA 3EL9A 4TVGA 2WEAA 5P2FA 4NPUA 2G22A 1HVIA 4DFGA 3WZ7A 4B1CA 4RVXA 4CPXA 4FE6A 5OYTA 1A94A 3LZUA 5KAOA 3BC4A 2PYNA 4Y41A 4I0GA 2G1OA 1YX9A 3KMXA 1IZEA 1BVGA 5P40A 2JE4A 4I8ZA 4Z2ZA 3UDYA 1HTGA 1T3RA 5P3NA 2ER6E 5P7BA 4Y4TA 1TSUA 3LIYA 4CPRA 2ZHUA 1HBVA 5P7KA 5P0DA 3UDQA 5COPA 3KDBA 3HW1A 1A8GA 3AUPA 5P5LA 5P4MA 3O9LA 1Z1RA 3NUJA 5ER2E 2PWRA 3S8IA 3NWQA 5P8PA 1TCXA 3K5FA 2R9BA 5HDUA 5P66A 4GZFA 2V16C 5P4DA 3UFNA 3ZKMA 2VIEA 3TH9A 4Y3FA 2P3BB 4AA8A 4Y38A 2BBBA 2Q15A 3TKWA 4DH6A 1T6GA 4R95A 4YCYA 3EKWA 3M9FA 3SA3A 1FQXA 4OBZB 3OXVA 5CONA 1APTE 5P1HA 3TL9A 2VIZA 3H0BA 4M8YA 1MT9A 3TOGA 4EPJA 5P0HA 4GJ6A 4K8SA 4Y3QA 4FS4A 5P0VA 1GVXA 1GNNA 2VJ6A 2QHZA 5P0UA 4NJTA 3L58A 5KOQA 5P7VA 5I3XA 5P5QA 5P6NA 2O4SA 9HVPA 2NMZA 3ZPSA 3CICA 1K1UA 5P69A 5P62A 4RCEA 3K1WA 4Y54A 1LYWA 3OXCA 1BAIA 2WF2A 5P7IA 5HU1A 3PB5A 4HZTA 2QD8A 1BWBA 2FDEA 4DPIA 2F3KA 5ISJA 4FAFA 5P6BA 2FXDA 5P82A 4K4RA 1K2BA 3PM4A 4Y48A 2XFJA 1YTJA 1PSNA 3TOHA 5P4BA 1FKNA 4L7GA 4ZSQA 3UDKA 2IGYA 2QMPA 1HXWA 3QS1A 3LIXA 3TOFA 5E5JA 5HE7A 1B5FA 2OHQA 5JODA 1RPIA 3CYXA 2AZ8A 3WZ8A 5OZXA 5P4IA 3S43B 4Y4JA 5P0QA 4Y3PA 5P1WA 2QI3A 5P6MA 5P17A 1FF0C 4PHVA 5P3EA 3GI0A 2XYEA 4PZXA 5P8GA 5P7ZA 4E43A 1NPWA 3CYWA 3BXRA 1IBQA 1WBMA 5P0FA 3JW2A 2ER0E 3FV3A 5P3XA 4I12A 2HC0A 3SKFA 3I7EA 3IAWA 5IVSA 5P5RA 4Y44A 3S54A 1BILA 5P7OA 3SM2A 5P5IA 1C6YA 5P5OA 5P58A 3OUCA 1D4JA 4Y3YA 1META 5P3ZA 4D85A 2J9JA 2AOCA 2AZCA 5P2SA 2I4DA 3VF5A 2OHSA 5P3WA 4D8CA 3QIHA 5P1AA 3OOTA 5P8TA 3PSYA 1MSMA 2HS2A 5P8NA 3OQ7A 3NU6A 3VFBA 1B6JA 2V13A 3OU1A 3SM1A 1MRXA 5P51A 5P7EA 3ZPUA 5P8HA 3S85A 1HOSA 3EM3A 5P0MA 5J25A 3L5BA 3SQFA 3O9CA 1HIHA 4NKKA 2H6SA 5P64A 2ZJMA 4Y43A 4Y5GA 2AQUA 2F3FA 4RGHA 5P8LA 4CPSA 1D4KA 1SP5A 4EJKA 3BRAA 5EZXA 3O99A 5IVRA 3SAAA 5OYYA 4EJ8A 4Y3SA 1K1TA 1YG9A 5DQ2A 4Y39A 1LF4A 4A4QA 2VKMA 2J9KA 1UH7A 5P2WA 1N49A 5P4LA 3WSJA 2ZHSA 1B6MA 2V10C 2CENA 4TVHA 1EEDP 2OAHA 5P77A 3LPKA 4AA9A 3LZYA 4GJDA 4NPTA 1IDAA 4KB9A 5OZWA 3D20A 5DQCA 4L1AB 5P5BA 2PH6A 4HE9A 2IDWA 4CMSA 4Y6MA 3APRE 3EM6A 5OYUA 2PC0A 2PSVA 3NR6A 3VCMA 4D88A 1BBSA 3S45A 1BVEA 5P1LA 4Y3EA 1E82E 5P74A 3EC0A 2AOFA 1SDUA 5OZ6A 5P0IA 3BGCA 5P8IA 1MT8A 2AIDA 5HD0A 5OZDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2U A;  1SDV A;  5P4W A;  3O9I A;  4EXH A;  1G0V A;  1FFI C;  5P2H A;  5OYX A;  5P7Q A;  4QJ7 A;  3OUD A;  5P0Y A;  2IS0 A;  3EL1 A;  1SBG A;  2O4K A;  1HSH A;  3S7L A;  3K5D A;  1MPP A;  5P3O A;  2IKO A;  5F01 A;  3UDP A;  4MC9 A;  5P8S A;  2QHC A;  5P0O A;  5P3M A;  5P67 A;  2OHP A;  2V00 A;  1AM5 A;  2Q3K A;  1MVP A;  3UTL A;  5P6P A;  5HE5 A;  1K2C A;  5P7R A;  4OD9 B;  5P63 A;  5P05 A;  1EC2 A;  1ODY A;  1M0B A;  5C9B A;  5P19 A;  1FB7 A;  1ODW A;  5DR4 A;  1KJG A;  1QBU A;  1T6E X;  4J1C A;  1TZS A;  4JP9 A;  1MES A;  1IVQ A;  3OU4 A;  4JPC A;  3D1X A;  1PSO E;  4EQJ A;  2Q54 A;  5P6G A;  3VV7 A;  4FIV A;  1W5X A;  1HPX A;  1EPP E;  2QD6 A;  5P00 A;  4Y5K A;  2HB2 A;  5P3K A;  5P7L A;  5P0E A;  1A30 A;  4OBJ A;  4Y3H A;  4HVP A;  2ZJH A;  4RYC A;  2Q11 A;  1FG8 C;  1W50 A;  2CEM A;  1YM2 A;  3S43 A;  1K6P A;  3DOX A;  2UY0 A;  5KR8 A;  3VV6 A;  2R5P A;  5HCT A;  5I3W A;  1RQ9 A;  4NJV A;  3LPJ A;  2HPF A;  5P1J A;  2WEC A;  5P81 A;  1K6V A;  4J1E A;  2WF1 A;  4B77 A;  5OZZ A;  1BDL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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