1FKNA

Structure of beta-secretase complexed with inhibitor
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
391
structure length
391
Chain Sequence
RRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords MEMAPSIN 2
publication title Structure of the protease domain of memapsin 2 (beta-secretase) complexed with inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 391
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2000-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fknA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fknA02
3ZKIA 5OZWA 1D4LA 5P2DA 5P25A 3S8IA 3JVYA 4Y39A 4R95A 3ZPSA 5OZNA 2AOHA 3S53A 4NJVA 4EQ0A 2HIZA 5P4MA 5B18A 5P0XA 1XN3A 2AOCA 2PQZA 4DJRA 2IQGA 4B05A 2QHZA 4Y38A 5P76A 5KQZA 1NPAA 5P0ZA 3PMUA 4BELA 2ZJIA 2WECA 1SP5A 5P5PA 4QLHA 3KN0A 4APEA 3L5CA 4D88A 4Y4UA 3GGXA 5P4FA 5P8DA 3NXNA 5P1LA 5P4LA 1IIQA 4DVFA 2G26A 1SBGA 4LC7A 3VSXA 5P3DA 3BUHA 3R4BA 5P8SA 2VNMA 4Y50A 2OHTA 3D1YA 3IXKA 4IVTA 4Y54A 1IVPA 5HU1A 5TOLA 3VFAA 5P0SA 3FX5A 3O9AA 2OHRA 5P0HA 5P0AA 1W6IA 4DJYA 1XS7D 5P78A 4J17A 5SZ9A 1FQXA 1EEDP 4Y5EA 4YBIA 4I8ZA 2QI1A 5P6IA 5P2BA 2FMBA 4Y5NA 4YA8A 1FLHA 2BQVA 5P60A 1U8GA 4E43A 1RNEA 2BPZA 4F76A 1HPSA 5P2FA 1PSNA 3OUAA 2Q64A 4FL8A 2O4NA 4DUSA 1GNNA 1K6TA 2PYNA 4COEA 5P5MA 5COOA 3FV3A 4I0HA 2CEMA 2G94A 5E5JA 4DQGA 1IVQA 4RGHA 2BBBA 5P3QA 5OZZA 3ZKSA 3VF3A 2Z4OA 3SAAA 3UDRA 1HTRB 5OZ2A 3SA4A 5P6TA 3LIVA 3CMSA 5OZLA 5P3ZA 2QMGA 3SM1A 5P0PA 1E80E 5DPZA 5P19A 1BDLA 3KT5A 2G21A 4Z50A 4CMSA 1NPWA 4D83A 1FMBA 3EKXA 5T4SA 2JYSA 4EQJA 2OHPA 1FQ5A 3IVHA 2QAKA 2P4JA 3OQFA 4GIDA 2VA5A 3PHVA 3O9FA 1EBYA 1W51A 5P03A 3HD8A 3TL9A 3SM2A 3Q4BA 5P52A 4ZIPA 3GGAA 5P5SA 1LS5A 5AH9A 5P5VA 5P6QA 4RYCA 4Y3RA 2I0AA 2XFJA 3Q3TA 1FQ7A 5OZHA 2QZWA 4EJDA 5P0WA 4DJVA 1VIJA 2HB4A 3TOGA 2PYMA 5ISKA 5P22A 5OZ0A 3QI1A 2OHKA 4FIVA 5P3BA 4B1CA 3IGBA 1QBRA 4EXGA 3U6AA 3AIDA 2RMPA 2ZJMA 1MTBA 5OZ7A 3BVAA 4Y4JA 4OBGA 5P1QA 4J0VA 1HVRA 1PPLE 4FM6A 3FNTA 1OEWA 2QMDA 4Y3WA 3PI5A 3KA2A 2P3BB 4S1GA 1GVTA 3UFNA 3KMYA 3Q6YA 2P3BA 3D20A 3VF5A 2G20A 3ZKGA 2QI4A 1LYBB 5P4RA 1GKTA 3S2OA 5OZCA 4X2LA 1LYBA 3DOXA 1ZAPA 5P6AA 5P6KA 1K1UA 2BPXA 2ZHTA 5P8NA 3SO9A 2PWRA 2ER0E 4Y9WA 5P1NA 3ZKMA 4GJ5A 5P72A 1MUIA 3VSWA 3OQ7A 4K8SA 1ODWA 2Q63A 5UPJA 2O40A 5P1HA 5P31A 5P4ZA 2A1EA 3PVKA 5P0BA 3PWRA 7HVPA 2AOJA 3VFBA 1FMXA 3NXEA 2AZ8A 2R5QA 4Y3EA 3I6OA 5P4KA 1Z1RA 5IVRA 4Y3HA 5OZ6A 2R38A 1KJFA 3DV1A 4EHCA 1FF0C 3UDHA 5P0NA 3NUOA 3ECGA 1SDUA 4HE9A 4CKUA 1N49A 5P8QA 3IN3A 5P6GA 1M0BA 1W5WA 3GI0A 3O9DA 3ER3E 3UFLA 5P0UA 5P2LA 5I3XA 5ER2E 2WJOA 5ENMA 5P5YA 4B1EA 4BFDA 1YTGA 5P1CA 4Y3NA 5P4GA 5P5KA 4J0YA 5P3XA 5P4NA 4F74A 4F75A 5P5JA 3PJ6A 2WF4A 3EL0A 5P18A 3OUBA 3QVCA 5JFUA 5KOSA 4ZPFA 1BWBA 3DCRA 5CONA 1APUE 1C6XA 4I10A 4Y4WA 5P5FA 5P6LA 2R3TA 5P75A 4ZE6A 2G1SA 1ENTE 3KT2A 1BXOA 5OZUA 5COKA 4CPUA 4R92A 1ZLFA 2G24A 2OHUA 5COPA 1EC2A 3APRE 5BRYA 5P0KA 5OZ9A 2AZBA 4Y58A 1EBWA 3BVBA 1QBTA 2FDPA 1MTRA 2OHLA 3NU9A 3KDBA 2UY0A 5IVSA 3BGCA 5P2JA 3O9IA 4LXKA 2I4VA 5P2RA 1DP5A 5HE5A 5P8UA 1YG9A 2J9KA 5P57A 5AH6A 1EC3A 5P5XA 1QBUA 1UH7A 3INEA 1XN2A 3QP0A 1HTGA 3UCBA 4XX3A 2P83A 4RVIA 4HZTA 5P8VA 2OHSA 5P8RA 2Q15A 5P36A 2R43A 4HDBA 3SLZA 3HZCA 1VIKA 4FSEA 3UTLA 4K4PA 4H3JA 4PEPA 5EZXA 1C70A 5P20A 5P7DA 3GGVA 4TRYA 2ZJJA 1EAGA 3CYWA 3URLA 1BBSA 4QJ6A 3DCKA 2QI6A 4CPTA 4Y5CA 5P8AA 2Q3KA 2OHNA 2WEAA 4EP2A 5P5RA 4DJOA 3K4VC 2I4DA 5OZOA 1APVE 4OBHA 1XL5A 5P15A 2PSVA 5P05A 1G0VA 3VCMA 4Y3SA 5P0FA 1M4HA 1MIQA 3ZOVA 1FIVA 3ZL7A 5P0DA 2V00A 3EKQA 5OZ4A 5P07A 5I3WA 1J71A 3IXJA 5P5TA 5P5UA 4A6CA 2J9JA 5P1IA 5HU0A 1FG6C 3QN8A 1A9MA 4L7HA 3R2FA 5P6JA 4R5NA 1QBSA 1E82E 5HCOA 4X7IA 5P7XA 3R1GB 4H3IA 5DQCA 4Z4XA 3K4VA 5P06A 1LEEA 5P4IA 2I4WA 5HD0A 5P1EA 1B6MA 2B7ZA 4OBZA 3TPJA 1YTIA 2QK5A 3L5EA 5J25A 4GJ6A 1FGCC 2FNTA 4RLDA 1GVXA 1T6GA 3RU1A 1EPRE 4R8YA 5P0EA 3K5CA 1E81E 3KFPA 4OC6B 3OOTA 1NH0A 3TNEA 1TCXA 4OC6A 5P66A 2QI5A 2ZDZA 3B7VA 4QJ7A 5P7PA 1F7AA 3WZ6A 5P6NA 5P7FA 5IS4A 2QD7A 4H3FA 3ER5E 1ZP8A 5P81A 2QI0A 5P2YA 3OQAA 4NPTA 5P5BA 4I8WA 5P0OA 1B6JA 3VYDA 1K1TA 5P8IA 2JE4A 1W5YA 5P3AA 4CPSA 1PPME 5P4BA 5DQ2A 2QZXA 4Y3PA 1TW7A 1AM5A 1TSQA 4NJUA 2WF1A 5P79A 2VJ7A 5OYTA 1FFIC 5P4OA 4Y57A 5P6OA 2CENA 1UPJA 5SY2A 1AJVA 3DV5A 3O9HA 3MXEA 5P5QA 5P1WA 3S45A 5P49A 5P8CA 4AUCA 1HSGA 1D4HA 3PLDA 3BXRA 2V13A 5P2ZA 3RVIA 5KR8A 1LYWB 5P89A 1EPLE 1F34A 3QRVA 1LYWA 4RCDA 5P12A 3PSGA 5P46A 3B80A 3LZVA 4RZ1A 1HWRA 5P4QA 5P5OA 3UDMA 1JLDA 5P3GA 2HS1A 1GVVA 2F8GA 1HRNA 5P6PA 4GZFA 4Z22A 3SABA 3KM4A 3PSYA 5ER1E 3BC4A 3PLLA 5P3SA 5P5EA 3S7MA 5P5LA 1BXQA 3OU1B 1APWE 5P7LA 5P35A 1YTJA 5P5HA 3OU1A 4Y5BA 5P2NA 4ER2E 3PCZA 1Z1HA 5P7WA 4GJ8A 3ZKNA 3NDWA 4Y36A 5P7VA 3PCWA 5P8EA 4WY1A 4LL3A 3L3AA 5P51A 3O9BA 5P7MA 4OBKA 5OZBA 4YD5A 3HAUA 3N3IA 4B77A 1EPQE 3OAGB 3PB5A 4I0FA 3UDQA 2H6TA 3BXSA 3UDJA 5P77A 3OAGA 5P7KA 3ZKXA 4HDPA 6FIVA 4OD9B 1AAQA 4YOAA 4FAEA 1EC1A 4DPIA 1HTEA 4D89A 3S56A 5C9FA 5OZIA 5P8BA 3O99A 3F9QA 1B6PA 5KR2A 2XYEA 2WHHA 3WB4A 1AXAA 5I70A 2PSGA 3WZ8A 5P45A 5P7CA 5P6BA 1LF2A 5P2QA 1B6LA 5P4SA 4HEGA 3RTHA 5OZQA 2NNPA 1Q9PA 5P1VA 5OZVA 4CPQA 4LP9A 5P3OA 3TOFA 4PZWA 5P54A 5P1KA 5IVQA 1IZHA 5OYUA 1D4IA 4ACXA 5OYQA 2AOEA 4Y5MA 4PYVA 3AUPA 4FCOA 5P2TA 4R91A 5P4DA 3URJA 4HLAA 5HTZA 1HPOA 3OU4B 1T3RA 4Y45A 5OZEA 4FM8A 4MC1A 1XDHA 5P38A 3OU4A 2R8NA 3SACA 2FNSA 4L7JA 3T7QA 3QPJA 2BPWA 1IBQA 5P83A 5OZ1A 2IRZA 5P5AA 5P4CA 3UDKA 4UPJA 1A30A 1IDAA 4LBTA 3LITA 2HB3A 2MIPA 3LINA 1RL8A 3PM4A 5P69A 5PEPA 5OYWA 1TSUA 1HBVA 3SA7A 5P74A 5OZ3A 5P2SA 5DR0A 5P6FA 2BJUA 2VIEA 2ZYEA 4J0TA 3VV8A 4J0ZA 2NTRA 2ZHUA 4Y5KA 3ZMGA 1BWAA 3PGIA 3O9CA 5P7BA 5P3JA 3CYXA 5P0RA 4YD4A 1LZQA 3NU5A 3Q70A 3NDTA 4YHQA 4JPEA 4Y43A 1FG8C 3SKGA 5BS4A 4RRNA 5OZMA 5P3KA 2QU2A 2VNNA 3TKGA 5P70A 3VLAA 5OZRA 5P6YA 2OHMA 3FNUA 1GVUA 2Q11A 4DH6A 1KZKA 3K1WA 5P47A 5P56A 5P2GA 4DJWA 4FRKA 3NR6A 3NU4A 3OHFA 5P6EA 3EBZA 4FLGA 5I3VA 3S43B 1MRXA 5OZAA 5P23A 5P2KA 3PEPA 5P6WA 3S43A 4DFGA 4H3GA 4H1EA 3OXVA 3ZKQA 2FXEA 4Y5GA 3OXCA 2VJ9A 5HDVA 3OOZA 3CIBA 2FDDA 4DQFA 3D3TA 1YX9A 4Y56A 3G70A 3GGUA 3VEUA 1M43A 2QMFA 4OBJA 3Q5HA 4RROA 4K4RA 3UQXA 5P4WA 2P3CA 3LHGA 4Y4ZA 3VYEA 2QZLA 1ZSRA 3LZYA 2XYFA 4Y4XA 1HIIA 5DGUA 5KOQA 4Q1WA 1T7JA 4B0QA 4DJPA 4ZSRA 2ZJHA 3LPKA 1G6LA 5P33A 3QBFA 4RCEA 5IVTA 5P37A 3ST5A 5P6ZA 4ZSMA 2WEDA 1ODXA 3H0BA 5HCTA 3EL5A 2P3AA 3SA5A 5P41A 4Y3LA 2WKZA 2CEJA 5P1OA 5OZJA 4Y3JA 4BFBA 4I12A 1TZSA 1XE6A 1K2CA 3SA3A 3NWQA 2IDWA 3PRSA 4I0DA 1PSAA 5DR1A 2FGVA 5P1GA 3BUGA 5P2HA 1A8KA 4JECA 2VIYA 5P0LA 5JFPA 4GJ9A 3EKPA 1FQ8A 3HLOA 1FQ6A 5EZZA 5P40A 4I0EA 1HVKA 3QRSA 1HEGE 4ZSQA 5P6MA 2I4QA 4APRE 3MSJA 5P3PA 5OZPA 1SDTA 5P5DA 4YD7A 2F3EA 1PSOE 5KQFA 3FNSA 5P84A 3MSKA 3OWNA 1HVCA 3DK1A 4DV9A 3QBHA 5P3FA 1ZSFA 2QNNA 4D8CA 1EPPE 1HPXA 4GJ7A 2P8HA 4NJSA 4HVPA 3VUCA 1XL2A 1HXBA 5JODA 1SGZA 3KFRA 4U7QA 3PWWA 5OZKA 3KDDA 2G1YA 3CKRA 1CPIA 4ZPGA 3NU6A 5P59A 4YD3A 5P7ZA 3R0WA 1KJHA 4QJ9A 4Y48A 2Q55A 3HW1A 4NJTA 3LIZA 3VV6A 1E5OE 2VJ6A 4JPCA 5P5IA 2VA6A 2NPHA 2G22A 2ZJKA 3G72A 3KDCA 2BB9A 5P3TA 4GYEA 5P3EA 4Y4EA 2WL0A 5KR1A 2R5PA 2FDEA 5OZXA 1MRWA 5P4EA 4Y3ZA 2XFKA 3VG1A 2AOGA 5P0VA 4I0GA 1GNMA 3GI5A 2WF2A 2I0DA 5P7NA 3MXDA 4Y4BA 1W50A 2NXMA 3H5BA 3LIQA 5P29A 1HHPA 5P1AA 3EKTA 1OEXA 5P14A 3BRAA 4J5JA 5P6RA 3I2LA 1YM2A 4Y44A 3OU3A 1LF3A 3INDA 5P1MA 3T7PA 3D91A 4L6BA 3SA6A 2RENA 1DPJA 3L59A 5P3MA 5P7UA 1ZPKA 2AODA 1OD1A 2IENA 2NXDA 4N00A 1IZIA 3OXWA 4DQEA 2AZCA 5P0MA 2QI7A 3UF3A 5P4VA 1HIHA 5KQXA 2UXZA 5AHBA 4DI2A 1KJ7A 4FRIA 4YCKA 5P24A 2RKFA 1SIPA 3PSUA 5P64A 1HVJA 5P1TA 1RV7A 4BEKA 2NMYA 2QZKA 5KR0A 1ER8E 3SFCA 1HVIA 3OTSA 2VIZA 5P2IA 2PSUA 2HS2A 4ER1E 1G2KA 2WEBA 3NYGA 3INFA 1DMPA 2B8LA 2B60A 3HDKA 5BWYA 5P6DA 2ZHRA 8HVPA 2PWCA 4HDFA 4CPWA 5P0YA 1ZBGA 4EJKA 2O4PA 5P7GA 4F73A 4FE6A 5P2MA 1ZJ7A 7UPJA 3LZSA 2ER9E 3EMYA 2IKOA 4OBFA 5P4YA 4EYRA 1AIDA 1EBZA 3TPPA 5P0TA 5SXNA 1BAIA 5P8LA 5P65A 2QHYA 5KQYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZKI A;  5OZW A;  1D4L A;  5P2D A;  5P25 A;  3S8I A;  3JVY A;  4Y39 A;  4R95 A;  3ZPS A;  5OZN A;  2AOH A;  3S53 A;  4NJV A;  4EQ0 A;  2HIZ A;  5P4M A;  5B18 A;  5P0X A;  1XN3 A;  2AOC A;  2PQZ A;  4DJR A;  2IQG A;  4B05 A;  2QHZ A;  4Y38 A;  5P76 A;  5KQZ A;  1NPA A;  5P0Z A;  3PMU A;  4BEL A;  2ZJI A;  2WEC A;  1SP5 A;  5P5P A;  4QLH A;  3KN0 A;  4APE A;  3L5C A;  4D88 A;  4Y4U A;  3GGX A;  5P4F A;  5P8D A;  3NXN A;  5P1L A;  5P4L A;  1IIQ A;  4DVF A;  2G26 A;  1SBG A;  4LC7 A;  3VSX A;  5P3D A;  3BUH A;  3R4B A;  5P8S A;  2VNM A;  4Y50 A;  2OHT A;  3D1Y A;  3IXK A;  4IVT A;  4Y54 A;  1IVP A;  5HU1 A;  5TOL A;  3VFA A;  5P0S A;  3FX5 A;  3O9A A;  2OHR A;  5P0H A;  5P0A A;  1W6I A;  4DJY A;  1XS7 D;  5P78 A;  4J17 A;  5SZ9 A;  1FQX A;  1EED P;  4Y5E A;  4YBI A;  4I8Z A;  2QI1 A;  5P6I A;  5P2B A;  2FMB A;  4Y5N A;  4YA8 A;  1FLH A;  2BQV A;  5P60 A;  1U8G A;  4E43 A;  1RNE A;  2BPZ A;  4F76 A;  1HPS A;  5P2F A;  1PSN A;  3OUA A;  2Q64 A;  4FL8 A;  2O4N A;  4DUS A;  1GNN A;  1K6T A;  2PYN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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