5P53A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 228
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p53A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p53A01
1AJVA 4I0FA 3LPJA 5P6LA 3QVCA 2V0ZC 2BJUA 3HAWA 5P6WA 1AXAA 3VYFA 1HIVA 2QI4A 5P6DA 5P61A 5HE5A 1IDBA 2J9JB 2AVOA 3AUPA 1W6IA 3L5FA 5P1FA 3EKYA 1FQ7A 5P07A 4TRYA 5P88A 2BKSA 3G6ZA 3QRMA 2IL2A 1T7KA 4EJDA 5P5HA 5OZUA 2QI5A 5DPZA 2I4VA 4FRSA 3BVAA 5P5MA 2VNMA 4OD9A 1D4LA 1HVLA 5B18A 1G35A 3RTHA 3SA7A 3PWMA 5P6FA 5P76A 5P7PA 1PFZA 4I0ZA 5SZ9A 2WECA 2JYSA 1T6EX 4DJWA 5AHBA 3PM4A 4AUCA 5P0DA 4M8XA 5P7AA 1AJXA 4A4QA 3GI6A 3EL0A 1JLDA 5P16A 5P0OA 2FMBA 1LF3A 3OGQA 4FM6A 5P2TA 2QHYA 4R93A 1VIJA 4Q1YA 4CPXA 5P56A 5JFUA 3IVIA 4GJCA 4JECA 4NJUA 1CZIE 5P82A 3VUCA 1FIVA 5OZXA 3NXNA 1IZHA 2WJOA 1IIQA 3TNEA 4DQFA 1FEJC 5P8HA 5OZBA 2J9JA 5APRE 3DCKA 4F76A 5P2EA 2AOEA 3MSLA 5P5IA 5P4OA 2G69A 4FAFA 1FGCC 4H3FA 4N00A 4X7IA 1LF2A 3DM6A 3KFRA 3KMXA 5P2JA 3GW5A 1MT9A 3HZCA 1FLHA 4ZEAA 5P7ZA 4B0QA 5P72A 4YD5A 4H3IA 3IXJA 3KDCA 2BBBA 2Q54A 5P1HA 5HCOA 1W5XA 1YX9A 3SA6A 2BPWA 1MERA 2VA7A 5ER1E 4YBFA 3OAGA 5P3TA 5P4UA 1EPOE 5P3LA 1RV7A 4D88A 1FKNA 4LC7A 1FFFC 3K1WA 5P0WA 2QMGA 3QVIA 2FXDA 3F9QA 5P1VA 2VIEA 2HM1A 3ZKNA 1BWAA 3K5CA 4L1AB 5KR2A 1ZSFA 4I0DA 1DPJA 4PHVA 4J0TA 2B8LA 2AOHA 3PHVA 5AH9A 3QBFA 3S54A 4RROA 4DJVA 4Y5PA 3URJA 4HLAA 1EPQE 4F74A 5CONA 2CEJA 5DQ5A 3NDWA 3QBHA 1EPME 5P3EA 3URIA 4B1EA 3ER3E 4ZE6A 4Y3FA 5P8KA 1TCWA 1N49A 3CMSA 2FDPA 2R8NA 5P4FA 5E5KA 1MVPA 2R3TA 2H6TA 2O40A 2AODA 4GJDA 4EQJA 5P8EA 4QJAA 1E80E 5COKA 2I0DA 4GMIA 3TOFA 5P5PA 2QI0A 3O9GA 4RZ1A 5DQ2A 5P7IA 4EXHA 4RGHA 1UH9A 3UQXA 5P5TA 1W50A 5P7GA 5P0GA 1GVVA 2QD7A 3GI0A 4CP7A 5ISKA 1BDQA 1XDHA 1FFIC 5P4JA 2P3BA 5P8RA 4L1AA 4FM7A 3LIYA 4J0PA 3PBZA 2EWYA 1MRWA 4YDFA 3OUBA 4YCKA 3EL9A 1ZP8A 3KT5A 4Y4ZA 5P3GA 5P50A 1M0BA 1ENTE 1GNNA 4KE1A 5P2GA 1LEEA 5P0ZA 1M4HA 2Q11A 2G24A 3BXRA 1SMEA 3ZPTA 3UQUA 1LYBB 3UDNA 1XN3A 1Z8CA 4LAPA 4GIDA 5P74A 3OGPA 1FG8C 2NXMA 5P8DA 3DOXA 4Z2ZA 4HE9A 6UPJA 3PMYA 3R0YA 3VF7A 4U7QA 3SA3A 5KR8A 4J0VA 5P14A 4Y3ZA 4J55A 5I70A 4HA5A 3FX5A 1UH7A 2AIDA 1AVFA 5OZDA 2QZLA 5P8JA 1EC3A 3PWRA 4BEKA 1BV7A 4KB9A 1D4JA 4S1GA 2HC0A 1GNMA 2PYMA 2VIZA 5P0LA 1HXWA 4R5NA 4QGIA 2NMZA 5P3CA 2XFJA 2ZJNA 4FIVA 1FG6C 2XFKA 2WHHA 3DV5A 1DIFA 2QI6A 2G20A 5P73A 1HEGE 2APRA 4Y56A 3OU4A 5P78A 4XX4A 3D1YA 5P1CA 3B80A 5P0NA 3GGAA 5P7KA 3KFSA 4K4RA 1MTRA 1CMSA 3L59A 3OU3A 2NNPA 3SA9A 3B7VA 3FNUA 5DQCA 4YHQA 5P8LA 3INFA 3U7SA 4J1HA 3QI1A 1FF0C 2G26A 5P04A 5P7FA 5P3NA 1LYBA 2OHNA 4J1IA 5P52A 3RTNA 3SPKA 2QMPA 3L58A 2QZKA 3VLAA 2ZHTA 1SH9A 5P4DA 4KUPA 5P5SA 1HVRA 3QIHA 3OHHA 4L7HA 4NPTA 2WEDA 5P01A 3OK9A 3LZYA 3SLZA 3LZUA 5P6GA 3OADB 5OZIA 3Q4BA 4YCYA 5P1YA 2QNQA 4QJ2A 4Y4TA 5IS4A 3PVKA 5P11A 1OEXA 2VJ6A 3EL4A 3EL5A 5P0BA 4RRNA 5P4MA 5P6XA 3IN3A 1BVEA 3VSXA 2XYEA 3CICA 1IZDA 4EHCA 3QRSA 4IVTA 2P83A 2AOJA 3K5FA 3KT2A 4PYVA 2WEZA 5P41A 3UFNA 1PROA 2QD8A 5P7DA 4B78A 1XE6A 4B1CA 4D89A 4A6BA 3EKQA 3L5CA 5OZ6A 4FSEA 5OZYA 4LHHA 5OYUA 3ECGA 2F8GA 2P3AA 1WBKA 4ZSQA 4Y36A 3BXSA 4LBTA 1BXQA 5P4WA 3O9CA 3FV3A 4Z4XA 1MSNA 3HLOA 5KQXA 5P7NA 1KJGA 4I8ZA 5P40A 5P8AA 3IA9A 1K1UA 4Y3HA 4Y38A 5OZQA 3QP0A 1SBGA 4A6CA 4DJYA 2Q15A 4XX3A 1K6TA 2NXDA 4YD4A 5P1AA 1RPIA 1WBMA 1APTE 3IXOA 3CKTA 2QNPA 5P5QA 4UPJA 1W5VA 4EYRA 5P2HA 1EEDP 4FRKA 5HDXA 3BUFA 1QRPE 1HPVA 4Y44A 5P09A 2ASIA 1B6LA 3OU1B 2FGVA 3H0BA 2ER6E 5P39A 5P5XA 2VIYA 4QJ7A 4B05A 1TCXA 4Y3WA 1HBVA 1K2CA 3S2OA 4Y51A 5P06A 5P69A 1LYAA 2F81A 5P1PA 4LXKA 4OBGA 5DGUA 2AVSA 3D1ZA 3NUOA 3S8IA 3ZPUA 4Y5KA 5P0IA 3WZ6A 5JFPA 1FB7A 1F7AA 1HOSA 4EJKA 3LZVA 5P7UA 1MUIA 5P55A 1K6VA 1HVJA 2ZHRA 4Y37A 4GYEA 1B6JA 4TVGA 5OYWA 2FGUA 2VNNA 5P2IA 5P4XA 5AH7A 4DH6A 3D3TA 1WKRA 3I25A 1A30A 3DUYA 3OUAA 3L5BA 1HSHA 4RLDA 1HSGA 5OZ9A 5P2XA 4Y3PA 6APRE 4R92A 2P8HA 3UQWA 2AOGA 4HDPA 2ZHUA 4OD9B 2F3FA 3OU1A 5P5OA 3VLBA 5P20A 5P6QA 4B70A 4J1CA 2QHZA 5P1IA 1TSQA 1PPME 4Y57A 3APRE 4ACUA 4GJ7A 4YBIA 5OZ3A 5IVSA 5P6VA 2XFIA 4CPUA 5P70A 4Y58A 5P4QA 5P6MA 4Y35A 1OD1A 2VKMA 5J25A 2G1RA 2NPHA 4OBZB 2QI7A 4BFDA 2O4NA 2PWRA 5P1EA 5P17A 5P5UA 4QJ8A 4I12A 3UPJA 2IENA 4R8YA 2HS1A 5IE1A 2IGYA 3T7XA 3TPLA 2AVQA 3D91A 5P25A 3FKTA 1EBWA 1META 3L5DA 4Z50A 5P1MA 5P4VA 3SAAA 3PBDA 3TPRA 2IQGA 4FGXA 1XL2A 1HIHA 5P8UA 4Y4DA 3SFCA 4J17A 1ZPAA 1F34A 2UY0A 5P5ZA 4WTUA 1MT7A 4RCEA 4YOAA 3HD8A 3VFBA 2QU2A 5P57A 5P6NA 3KA2A 2G1OA 5P87A 3K5DA 1LYWA 5P2VA 3KFNA 2AZ8A 5P3YA 2B7ZA 4Y9WA 3OAGB 2QP8A 2JXRA 2WKZA 3PSYA 1QBUA 3PI0A 1T3RA 2WF3A 2NMYA 4GJ9A 3Q5HA 2ER9E 5P00A 5SY3A 4B77A 1AIDA 3UDPA 3UDRA 3S7MA 2I4UA 5P34A 1BILA 1YG9A 4OBZA 5P4IA 5P08A 4RCFA 3TPJA 3ZPSA 3PCWA 1IBQA 4XKXA 2VIJA 1NPVA 4Y39A 3IAWA 1B11A 5P2ZA 4Y3MA 5P4TA 5P2BA 1EBZA 3PWWA 1ZAPA 2HPFA 3NDXA 5P29A 4DPFA 2O4LA 5P3HA 5P4BA 1G0VA 1MRXA 2ZJKA 1MEUA 1B5FA 5C9DA 5P7JA 5P4EA 1KJ4A 2R38A 3MSKA 4Y3GA 2NXLA 1W5YA 5P59A 4Y3RA 2UPJA 2PYNA 2QZWA 3WB5A 2Q63A 5OZAA 5ISJA 4H3GA 3T7PA 4FS4A 2P3CA 3PGIA 3UTLA 1T6GA 2G1NA 2FS4A 3R2FA 3ZMGA 5P65A 3EKXA 4K8SA 2I4DA 3VV6A 4Y4GA 1SP5A 3LPKA 3SM2A 4Q1NA 2WF4A 1NH0A 2Q5KA 2ZJMA 4I0GA 2P3BB 3IGBA 2JE4A 3KMYA 4CPSA 2AZ9A 3WZ8A 2BQVA 3OQAA 4ZSPA 5C9FA 4J1EA 2ANLA 2NTRA 2PH8A 3RSXA 4DJXA 1YM2A 4RRSA 1B6PA 4ZSMA 3ZKQA 4DQGA 4LXMA 4I11A 4PZXA 4NJSA 4Y4WA 5KQYA 4RVIA 3IN4A 3PEPA 5P7OA 5P1BA 3TLHA 4J1KA 5P2QA 3APPA 2H6SA 4Y4JA 5P8MA 4PZWA 5P7TA 3VSWA 3WB4A 5P45A 1TZSA 2ZYEA 5COPA 5P6ZA 1PPLE 4TRWA 5P1RA 5P7YA 2IDWA 1EC1A 2NNKA 3N4LA 5P0YA 5PEPA 2R5PA 2AOIA 4ER4E 2ZJHA 4MC9A 5HDZA 2QZXA 1K6PA 5P31A 3I8WA 4OBKA 3SQFA 5OYRA 3R0WA 5P8TA 5P5FA 5P3AA 2QAKA 1KZKA 1HIIA 5OZ7A 5HCTA 1KJHA 4Y4XA 1EBYA 5P3PA 5P7SA 2WL0A 3OU4B 2HPEA 4NJVA 5P58A 2QNNA 2IS0A 1XL5A 2A1EA 5P5KA 4FAEA 5KR0A 1YM4A 5AH8A 1ZTZA 5KOQA 3UDYA 2OF0A 3EBZA 5OYTA 2RKFA 2RKGA 3VV7A 5HTZA 4CKUA 5BWYA 3GGXA 1ODWA 4FCOA 5P37A 5P46A 4YA8A 3UFLA 5P0XA 1HTGA 7HVPA 5HU1A 5HD0A 5P6OA 1ZLFA 4GJAA 2HS2A 5OZTA 1HTFA 3Q6YA 1KJ7A 3L5EA 1FMUA 5P7XA 4GB2A 1FQ5A 2SAMA 2Q3KA 5P1DA 3IVHA 5P2OA 4AA9A 1AAQA 1M43A 2RENA 4B1DA 3CKRA 5P7LA 3PJ6A 4I0EA 3KFPA 3NU4A 5OYZA 4H3JA 2VA6A 4Q5MA 5P5NA 5P89A 3DJKA 4ER2E 1BV9A 2IGXA 4J1FA 3S45A 3OQ7A 3UF3A 3WZ7A 1HPXA 3CYWA 3S7LA 4Y45A 5P12A 5P32A 3HW1A 5P7VA 5JODA 5P4AA 3GGVA 3K4VA 3NWQA 1U8GA 3SM1A 2FDDA 3SA5A 2F3EA 5P75A 5P19A 3ZL7A 5F00A 4FL8A 3VV8A 3OTSA 3PSGA 5P5LA 4RVXA 5P6UA 1HWRA 3CKPA 3CYXA 5HDUA 2AQUA 3QPJA 3BC4A 2IEOA 3HVGA 4J0ZA 1QBRA 4CPRA 5DQ1A 5P38A 3ZKIA 4Y3NA 3K4VC 3FIVA 3M9FA 4GJBA 5P3DA 5P60A 2V13A 2OHQA 4YCTA 1YTGA 1W6HA 5P4CA 2RSPA 1IVQA 5P0EA 3O9DA 2IKOA 3TTPA 2PH6A 1SGZA 5ENMA 1EPLE 5P1NA 4Y5NA 4Y5GA 1GVWA 3IXKA 5E5JA 5UPJA 3LIXA 5P5AA 4CMSA 1HRNA 1GVXA 3LIVA 5SY2A 3OOZA 1K6CA 1NPWA 3BHEA 2OHMA 2ZHSA 1MSMA 3L38A 5P3KA 5SXNA 2P3DA 3PB5A 4MC6A 4Y3EA 2B42A 4Y4UA 4DQCA 5OZ2A 1BWBA 5P1JA 4DJOA 2PMAA 4Y54A 1LYAB 1DW6C 1A8GA 3INEA 3UDKA 3O9EA 4MC2A 3QAAA 1APVE 3DCRA 4IVSA 2IKUA 2HB4A 1IZEA 1LS5A 4PEPA 3NU6A 1ZPKA 3R1GB 1G6LA 2ZE1A 5OZSA 4U7VA 3S85A 3MXEA 3QROA 1SIVA 3O99A 3SACA 4Y3TA 3FSMA 5P0PA 3GGUA 4LP9A 1D4IA 5P67A 1LF4A 2Q64A 1SDVA 3ZOVA 3SA8A 1SDUA 4ZIPA 5OZWA 5OZKA 2Q55A 5P6TA 1EPPE 5P35A 3U71A 4B72A 3ZKGA 3OQFA 3NU3A 4DV9A 8HVPA 5COOA 1UPJA 3EL1A 3BRAA 5P7BA 5P4NA 5OZNA 1SDTA 2PWCA 4ZLSA 1K2BA 4X2LA 4HZTA 5KQZA 2IRZA 5OZ8A 5P8BA 4D8CA 1MT8A 3T7QA 1FQ6A 5P4PA 2B7FA 1EAGA 3EKWA 4LL3A 2BB9A 3O9LA 1ODXA 5P86A 3LHGA 2V10C 4K4PA 1K1TA 4Y6MA 5P7RA 3OY4A 5P1SA 4I0IA 2WEAA 5P3JA 3EM3A 1D4SA 2FDEA 5P5RA 3SO9A 5I3YA 2F3KA 5IVTA 4RYCA 4I1CA 4DQHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1AJV A;  4I0F A;  3LPJ A;  5P6L A;  3QVC A;  2V0Z C;  2BJU A;  3HAW A;  5P6W A;  1AXA A;  3VYF A;  1HIV A;  2QI4 A;  5P6D A;  5P61 A;  5HE5 A;  1IDB A;  2J9J B;  2AVO A;  3AUP A;  1W6I A;  3L5F A;  5P1F A;  3EKY A;  1FQ7 A;  5P07 A;  4TRY A;  5P88 A;  2BKS A;  3G6Z A;  3QRM A;  2IL2 A;  1T7K A;  4EJD A;  5P5H A;  5OZU A;  2QI5 A;  5DPZ A;  2I4V A;  4FRS A;  3BVA A;  5P5M A;  2VNM A;  4OD9 A;  1D4L A;  1HVL A;  5B18 A;  1G35 A;  3RTH A;  3SA7 A;  3PWM A;  5P6F A;  5P76 A;  5P7P A;  1PFZ A;  4I0Z A;  5SZ9 A;  2WEC A;  2JYS A;  1T6E X;  4DJW A;  5AHB A;  3PM4 A;  4AUC A;  5P0D A;  4M8X A;  5P7A A;  1AJX A;  4A4Q A;  3GI6 A;  3EL0 A;  1JLD A;  5P16 A;  5P0O A;  2FMB A;  1LF3 A;  3OGQ A;  4FM6 A;  5P2T A;  2QHY A;  4R93 A;  1VIJ A;  4Q1Y A;  4CPX A;  5P56 A;  5JFU A;  3IVI A;  4GJC A;  4JEC A;  4NJU A;  1CZI E;  5P82 A;  3VUC A;  1FIV A;  5OZX A;  3NXN A;  1IZH A;  2WJO A;  1IIQ A;  3TNE A;  4DQF A;  1FEJ C;  5P8H A;  5OZB A;  2J9J A;  5APR E;  3DCK A;  4F76 A;  5P2E A;  2AOE A;  3MSL A;  5P5I A;  5P4O A;  2G69 A;  4FAF A;  1FGC C;  4H3F A;  4N00 A;  4X7I A;  1LF2 A;  3DM6 A;  3KFR A;  3KMX A;  5P2J A;  3GW5 A;  1MT9 A;  3HZC A;  1FLH A;  4ZEA A;  5P7Z A;  4B0Q A;  5P72 A;  4YD5 A;  4H3I A;  3IXJ A;  3KDC A;  2BBB A;  2Q54 A;  5P1H A;  5HCO A;  1W5X A;  1YX9 A;  3SA6 A;  2BPW A;  1MER A;  2VA7 A;  5ER1 E;  4YBF A;  3OAG A;  5P3T A;  5P4U A;  1EPO E;  5P3L A;  1RV7 A;  4D88 A;  1FKN A;  4LC7 A;  1FFF C;  3K1W A;  5P0W A;  2QMG A;  3QVI A;  2FXD A;  3F9Q A;  5P1V A;  2VIE A;  2HM1 A;  3ZKN A;  1BWA A;  3K5C A;  4L1A B;  5KR2 A;  1ZSF A;  4I0D A;  1DPJ A;  4PHV A;  4J0T A;  2B8L A;  2AOH A;  3PHV A;  5AH9 A;  3QBF A;  3S54 A;  4RRO A;  4DJV A;  4Y5P A;  3URJ A;  4HLA A;  1EPQ E;  4F74 A;  5CON A;  2CEJ A;  5DQ5 A;  3NDW A;  3QBH A;  1EPM E;  5P3E A;  3URI A;  4B1E A;  3ER3 E;  4ZE6 A;  4Y3F A;  5P8K A;  1TCW A;  1N49 A;  3CMS A;  2FDP A;  2R8N A;  5P4F A;  5E5K A;  1MVP A;  2R3T A;  2H6T A;  2O40 A;  2AOD A;  4GJD A;  4EQJ A;  5P8E A;  4QJA A;  1E80 E;  5COK A;  2I0D A;  4GMI A;  3TOF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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