2AVMA

Kinetics, stability, and structural changes in high resolution crystal structures of hiv-1 protease with drug resistant mutations l24i, i50v, and g73s
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALIDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Kinetic, stability, and structural changes in high-resolution crystal structures of HIV-1 protease with drug-resistant mutations L24I, I50V, and G73S.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2avmA00
5P0YA 3GI5A 1GNMA 4H3FA 1W50A 2AIDA 4Y6MA 3SKGA 5P1EA 5P57A 4ZPGA 3DCRA 2Q64A 3JW2A 3EKWA 4GJDA 1AXAA 1HHPA 5AH8A 5P4MA 1QBSA 2Z4OA 3KDBA 5P54A 4Y37A 6APRE 1UPJA 4FAFA 1FQ8A 5P3JA 3SA9A 5JFPA 1Z1RA 2AVVA 5P5JA 1B6PA 5CONA 1ZSRA 2F81A 5P05A 4J1KA 3WZ8A 4RVXA 1DW6C 4FRIA 3Q6YA 3QROA 1YG9A 2F3EA 3ZMGA 2APRA 5P0AA 4RGHA 5P6GA 1DPJA 3EL9A 1TSUA 5DQ4A 3S2OA 3LZSA 5P2CA 1W5YA 3OU4A 2FDPA 4K9HA 3EKTA 3LIZA 4ER2E 5P6NA 1PPKE 1ZPKA 3M9FA 1EC0A 2ZHRA 4RCEA 4J0VA 5P07A 4ACXA 5P5XA 5IVRA 5P87A 2ASIA 3G72A 5P2WA 2FNTA 3QVCA 3T7XA 3WB4A 4AMTA 1FFIC 3I25A 3GI4A 2ZDZA 3OUBA 4D8CA 4TRYA 3SA3A 1HVJA 5P3VA 5CLMA 1BILA 4TVHA 5P4YA 5P88A 3MSKA 3HAWA 1MSMA 4JP9A 3NYGA 2PWRA 5P29A 5P63A 3L59A 5P2ZA 5P8CA 5P8PA 5P6LA 3O9BA 4DJWA 5P42A 5P1QA 5SY3A 4Y56A 1XN2A 5P7OA 2G1NA 4Y3FA 4Y3DA 1HPOA 3RU1A 2V16C 4DUSA 2QI0A 5OYUA 3PWWA 3OU3A 3CKPA 4FAEA 2Q3KA 4Y4UA 5KR2A 3UDMA 5OYQA 4F76A 5HE4A 3LIVA 1NPVA 5DR8A 2B42A 5OZ7A 1GVXA 4Q1WA 4AA9A 4OD9A 5P7BA 1EPOE 2ANLA 5P6QA 1MRWA 4BFDA 4GMIA 5OZ8A 3NLSA 5P73A 2QNQA 4Y35A 3URIA 5P10A 4PPHA 4Y3PA 1K1UA 2P83A 3TTPA 5ER1E 1FKNA 3OQKA 4YDGA 4OBZB 3GGUA 3OADB 5P5CA 5P8TA 5P1IA 5P4NA 1WBKA 4DQHA 3EMYA 4A6CA 5P81A 5OYXA 2G20A 5HDXA 4H3GA 3ZKQA 3QBFA 5P4EA 3S85A 4EXHA 1XN3A 2JJJA 5P4CA 4F73A 3C9XA 4K4PA 4RRSA 3O9FA 5P5DA 4DQCA 3NR6A 2QI4A 3EL0A 3IAWA 1PSNA 5P7VA 5KR8A 4OBGA 3UDPA 2FGVA 4DJRA 4F74A 5P3PA 5ENMA 5P4QA 2UXZA 3B7VA 3ZOVA 2HB4A 5P2OA 3O9HA 4CPRA 1E5OE 2CENA 4YCYA 3Q70A 1D4SA 5OZAA 4RYGA 1XDHA 2R43A 3GGVA 5P2DA 2WEAA 3IA9A 3ZL7A 3TPPA 3R0WA 3PWRA 3VLBA 5P0KA 2V00A 4HDPA 3DUYA 5P58A 3UDJA 3UTLA 4EXGA 5P6ZA 3RSXA 3BRAA 5DQ1A 1AZ5A 5P31A 5P3SA 4PYVA 1GVTA 4NPUA 4OC6A 1W5WA 2P3DA 5P7PA 4Y43A 4R95A 3L3AA 4LC7A 5APRE 4LP9A 3OADA 1C6ZA 1KJ7A 4TVGA 5P5PA 5C9FA 4R91A 5OZIA 3T7PA 4ZE6A 1CPIA 3BGCA 5OZSA 1BDLA 4Y51A 1MEUA 2QZKA 3OTSA 3VV8A 2ZHUA 3PRSA 2F3FA 1HIIA 4J17A 5P78A 1B5FB 2BQVA 1HOSA 2BKSA 5P70A 5P5SA 2Q54A 3BVAA 1WKRA 3BGBA 4DJXA 1KJ4A 5P48A 7UPJA 1LYWB 4Y4GA 4B70A 1FIVA 3VYFA 2NMYA 5P0SA 5P7EA 5P01A 1MTBA 2IENA 5P8KA 2FS4A 4DPFA 2I4XA 3HBOA 5I70A 1APUE 5P1KA 5P1ZA 2V10C 3EL4A 2FDDA 3SO9A 3PB5A 5HU1A 2WECA 3QRVA 5OZQA 1K6CA 5P26A 3Q5HA 5P8IA 6FIVA 3NU9A 5P14A 3DOXA 5P7KA 5P6VA 2HC0A 5B18A 1EBWA 2IL2A 4Y5KA 5OZDA 5P4VA 4ZPEA 4YA8A 1E82E 4X2LA 5P1TA 4B1EA 1CMSA 4FSLA 1RPIA 5P4OA 3CYXA 5P61A 5DR4A 2FXDA 3QBHA 1BBSA 2PH8A 4FM6A 5SXNA 4GZFA 5P20A 2IDWA 1QRPE 3R1GB 4J54A 4PHVA 5P03A 3QIHA 5OYWA 5P5LA 5P89A 5P76A 2QNPA 4Y53A 4DJQA 4L7JA 1XE5A 4Y3RA 3OU1B 1B6JA 3VFAA 3VG1A 2WF2A 2QZWA 5P3MA 1LYWA 3OXXA 2FMBA 4OBJA 5P4LA 4MC1A 5P0HA 4J1EA 5P4BA 4QJAA 2ZYEA 4XX4A 3SFCA 5P3HA 2ZGAA 1HSGA 5P3ZA 1A8KA 1ZBGA 5P3LA 1LF2A 4MC2A 5UPJA 3VEUA 3OUCA 3SA5A 4Y3GA 3L38A 5AHBA 2I4DA 1AM5A 3OGQA 5P2JA 5P7RA 5HD0A 3L58A 3B80A 1D4HA 3VF5A 1OD1A 3SQFA 3A2OA 5OZPA 4YBFA 1APWE 2VJ6A 4LXKA 5P2BA 6UPJA 3VYDA 3PWMA 2ZJNA 3UFLA 5P5NA 4JPEA 3OGPA 3QVIA 5P18A 2WL0A 4DFGA 3I6OA 4QLHA 4COEA 2ER0E 3BXSA 3LZUA 2VA5A 3CIBA 5P8HA 2P4JA 5COKA 5P8UA 3EM3A 3KN0A 2G94A 5P6OA 5OZCA 1MT9A 5P6HA 3VV7A 4I0DA 1AIDA 1FMBA 5P1VA 2Q5KA 5P60A 3DK1A 3FNSA 5DQCA 5AH9A 2G69A 3D1ZA 2G21A 4BEKA 5P2IA 1D4LA 4CPWA 5F00A 5HE7A 3HLOA 5P0RA 1META 2NNKA 3INHA 3KT5A 4HA5A 3U7SA 1EC2A 1RV7A 1ER8E 1HEGE 8HVPA 5P0XA 1SDVA 1BXOA 1SMEA 5P15A 1ENTE 3I2LA 3OXVA 5P5ZA 1FMUA 2HIZA 4CPXA 2QMPA 5P11A 2J9JB 4Y3QA 2WEDA 2O4KA 3RVIA 1FEJC 2BJUA 5P6CA 1BAIA 3RTNA 5P5IA 5KOSA 2PSUA 2QI6A 4Y5GA 1UH7A 4L1AA 5P0LA 1A8GA 1EPME 1NPAA 5P2QA 2FNSA 3FX5A 5P1OA 2QMGA 3NWQA 3OOTA 4K4QA 4ZPFA 5OYZA 5OZVA 3TH9A 2QCIA 2ZHSA 3KYRA 5P3IA 1ODWA 4IVTA 4WY1A 5P0JA 5OZ5A 5F01A 1SP5A 1DMPA 5P13A 5P5AA 1HTEA 3D1XA 1HTGA 5P50A 5P82A 5P83A 1ZP8A 2PK6A 2O4SA 5P0VA 5P1MA 3SKFA 1B11A 5P59A 5DR7A 2IS0A 2QI7A 1PPME 2WF1A 1Z1HA 2HAHA 3EL1A 4Y3SA 4FCOA 4R5NA 4AA8A 4Y4XA 5P5YA 3VV6A 4EPJA 2H6SA 3WSJA 4I0GA 3OY4A 2J9JA 2OHQA 5P3KA 1IZHA 2ZE1A 4APRE 1HTFA 2HM1A 5P3QA 1W5VA 4R8YA 3OUDA 5P51A 1PSAA 1HIVA 3TKGA 5P00A 4J5JA 5P6IA 2RMPA 5P8OA 2AZBA 5P2GA 4ZSRA 1MERA 2ER9E 3UCBA 1BDRA 1G0VA 1PFZA 1GNNA 5P4WA 4XXSA 1OEWA 4Y3JA 5KQFA 1BIMA 4TRZA 5TOLA 4Y3AA 3UF3A 5P8AA 5P7GA 3KF0A 4UPJA 1GNOA 2PYMA 3URLA 3HDKA 5P5KA 4QJ2A 5KR1A 5OZRA 5P5UA 2G1YA 4RVJA 3OTYA 4NKKA 5P74A 3KFPA 5P0TA 3NXNA 3CMSA 4NJSA 2R3WA 2PH6A 5P3TA 3PLDA 1Z8CA 2G1RA 3NU3A 2ZJJA 4I0FA 5P1HA 5HDVA 1QBTA 1LYBB 3O99A 1BVEA 2RKGA 3UFNA 2VNMA 5P7AA 4QJ7A 5OYRA 5KOQA 1BXQA 1KZKA 5OZXA 5P6RA 4U7QA 3ECGA 2QZXA 2OHLA 5DGUA 5BRYA 5P7MA 2G26A 2VJ9A 5P4ZA 4EJLA 3LPJA 1M4HA 2I0AA 3EL5A 3S43B 4YE3A 2RENA 1T6EX 1EBKC 2VA7A 3ZKXA 4Y4BA 1FLHA 5P4SA 4RLDA 5P8GA 4FIVA 3VYEA 5P7DA 3UHLA 1EPRE 3MXDA 5P8FA 5DGWA 5P6SA 4Y3WA 4EJKA 4DQEA 3KDDA 1EAGA 2OHPA 3VCMA 4DQGA 3N3IA 4EQJA 3TNEA 3OUAA 3ER5E 2BPXA 1DIFA 4D88A 1BVGA 4FSEA 4LXAA 4E43A 4B78A 1PSOE 5P2TA 3BVBA 1FQ7A 2G24A 5OZKA 4Z22A 2OHTA 1QBUA 3NU6A 3GI6A 3SA7A 4Y3MA 3O9AA 2BPYA 2V0ZC 4RCDA 4Y57A 1HXWA 4R93A 2IGXA 4B0QA 2I1AA 2XFIA 3IGBA 5P7WA 3I7EA 3S43A 1T7IA 3T11A 3DCKA 5IE1A 3O9CA 2OHUA 3AIDA 3EKVA 4I8WA 2F3KA 5P4RA 2ER6E 5P1RA 1M0BA 5P6AA 3OK9A 4J1CA 5P33A 3VFBA 3HW1A 4Y50A 2ZJIA 2NTRA 1LYAB 3O9EA 1IZEA 2R3TA 3ZKSA 1HTRB 1MESA 1HVRA 5I3WA 5IS4A 2AOJA 3ST5A 5P8DA 5P66A 2FGUA 5E5KA 5P7SA 3I8WA 4X7IA 1Q9PA 4FGXA 1VIJA 1UH8A 2OHRA 2QD7A 5P1DA 2B8LA 5P30A 3OHFA 4KUPA 3PVKA 3D91A 5HVPA 4YCKA 4MC6A 4FE6A 4KB9A 4I0EA 1T7KA 4Z50A 4AZYA 4ZSPA 5P56A 3LZYA 1TZSA 4YHQA 4HE9A 3OQAA 3OWNA 4FLGA 4I12A 3LHGA 4I8ZA 1YT9A 4J1FA 3ZPSA 4D85A 3SM2A 2AOIA 5P7XA 1HPVA 1A30A 4NJVA 3EM6A 4J0PA 4PZWA 1PROA 3KA2A 4EYRA 3AUPA 4Y5NA 1TCWA 1TQFA 1HSHA 4OBZA 5P2KA 3IXKA 5P27A 4BELA 5EZZA 5P0UA 2QNNA 3MSLA 1ZLFA 5HDZA 3ER3E 3QPJA 4I0JA 4D83A 3ZKGA 2OHSA 3NDWA 2IKUA 5OZUA 1NSOA 5P5VA 4WY6A 2HPFA 4J1HA 4YOBA 4Y4JA 5OZFA 4CPSA 1FQ4A 5P39A 5C9BA 1ODXA 2J9KA 1YTIA 3HVGA 3ZKMA 3PI5A 5P75A 5P79A 2VIJA 3DJKA 3PMUA 4GB2A 1IBQA 3FIVA 3UDYA 2AOFA 1SGUA 5P1LA 1F7AA 2NNPA 5P7CA 4QJ6A 3SAAA 5P41A 3OQ7A 5P4AA 5KQZA 1APVE 2O4NA 5P7IA 3EKXA 4NJTA 1A9MA 1MT7A 5P2MA 3INEA 1T3RA 4I10A 2QD6A 3VF7A 3BC4A 3FKTA 3D1YA 4OBHA 5P1WA 3IN4A 3LIXA 1ZJ7A 4YD7A 2VA6A 4DJOA 1GKTA 4FRJA 3KMXA 5P3DA 4YD5A 2Q15A 3TPRA 2QK5A 4J1IA 5P1CA 5P86A 3VSWA 4ER1E 2AVSA 4B1DA 5P5GA 4FL8A 3T3CA 5P4PA 4Y3EA 5P3NA 1TW7A 3H5BA 5P8SA 4B77A 4TRWA 4DJYA 1D4KA 3PMYA 5P1BA 3PCWA 4EP2A 4Y38A 3BXRA 4A4QA 2NXLA 5P2HA 2B7ZA 4YOAA 2AOCA 4JECA 1B6KA 1B5FA 5P40A 1A94A 3URJA 5P8EA 5P2LA 5P0ZA 3INFA 1EBYA 2R5QA 5DR3A 2IEOA 3LINA 1XL2A 4H3JA 4JPCA 4OBFA 5P3XA 3UQRA 2V12C 3R4BA 3KFSA 1FQXA 2RKFA 5EZXA 3EKYA 2QI1A 5P55A 1EPNE 4GJBA 4L7GA 4Y45A 1FG6C 2P3BB 4EJDA 1FG8C 4NJUA 5P0CA 1FQ5A 2OAHA 5OZLA 3DM6A 3L5BA 3UDNA 2AOHA 4Y3HA 4J0ZA 5P37A 2PYNA 4Y5LA 4CPUA 2QU3A 5P1GA 1GVUA 1QDMA 5P25A 3HVPA 5P2VA 4NPTA 5P2NA 4L6BA 5P5BA 1YTHA 4DPIA 3HD8A 3OOZA 4Y5CA 3K4VA 2OHKA 5IVTA 5P1UA 1MIQA 3L5FA 5ISKA 3QRMA 5P7JA 4FM7A 3BUGA 3LNKA 3BHEA 4Y5EA 5P8NA 5DQ5A 2NPHA 4Y3XA 4DI2A 4EQ0A 4GYEA 1G6LA 2OHNA 4Y4EA 5P1SA 1HWRA 2PWCA 4IVSA 2IQGA 3QN8A 1EC1A 3EM4A 5SZ9A 4HDBA 5I3YA 4Q1NA 4R92A 1W5XA 3OU1A 5P44A 4LXMA 1W51A 2A4FA 3PEPA 1B6MA 1MUIA 2PQZA 1G2KA 1SDUA 2SAMA 5P8MA 3HZCA 5AH6A 4Y41A 2HS1A 3IXOA 5P12A 2WJOA 2P3BA 5P3AA 3R0YA 5P6PA 5P6YA 2WEZA 2WF4A 1SBGA 1HBVA 4EP3A 5P6WA 5P67A 5AGZA 1LEEA 2QHZA 3CYWA 5P7FA 5OZ6A 5P1YA 1LF4A 1D4IA 2CEMA 3ZKIA 4S1GA 1IIQA 5P0MA 3GGXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0Y A;  3GI5 A;  1GNM A;  4H3F A;  1W50 A;  2AID A;  4Y6M A;  3SKG A;  5P1E A;  5P57 A;  4ZPG A;  3DCR A;  2Q64 A;  3JW2 A;  3EKW A;  4GJD A;  1AXA A;  1HHP A;  5AH8 A;  5P4M A;  1QBS A;  2Z4O A;  3KDB A;  5P54 A;  4Y37 A;  6APR E;  1UPJ A;  4FAF A;  1FQ8 A;  5P3J A;  3SA9 A;  5JFP A;  1Z1R A;  2AVV A;  5P5J A;  1B6P A;  5CON A;  1ZSR A;  2F81 A;  5P05 A;  4J1K A;  3WZ8 A;  4RVX A;  1DW6 C;  4FRI A;  3Q6Y A;  3QRO A;  1YG9 A;  2F3E A;  3ZMG A;  2APR A;  5P0A A;  4RGH A;  5P6G A;  1DPJ A;  3EL9 A;  1TSU A;  5DQ4 A;  3S2O A;  3LZS A;  5P2C A;  1W5Y A;  3OU4 A;  2FDP A;  4K9H A;  3EKT A;  3LIZ A;  4ER2 E;  5P6N A;  1PPK E;  1ZPK A;  3M9F A;  1EC0 A;  2ZHR A;  4RCE A;  4J0V A;  5P07 A;  4ACX A;  5P5X A;  5IVR A;  5P87 A;  2ASI A;  3G72 A;  5P2W A;  2FNT A;  3QVC A;  3T7X A;  3WB4 A;  4AMT A;  1FFI C;  3I25 A;  3GI4 A;  2ZDZ A;  3OUB A;  4D8C A;  4TRY A;  3SA3 A;  1HVJ A;  5P3V A;  5CLM A;  1BIL A;  4TVH A;  5P4Y A;  5P88 A;  3MSK A;  3HAW A;  1MSM A;  4JP9 A;  3NYG A;  2PWR A;  5P29 A;  5P63 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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