5OZJA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 30
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozjA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozjA01
2HC0A 5P7EA 3R0WA 5KOSA 2CENA 5P3TA 4ZIPA 2QZLA 3CYXA 5AH6A 5JG1A 1BDRA 5P0TA 2HS1A 5P75A 1ZSFA 5DR8A 3T3CA 6APRE 2ZJIA 4Y47A 5P86A 5P2RA 5P6ZA 5P7DA 3GI5A 1SMEA 5P02A 5P04A 3SA5A 5OZOA 3O9CA 4FCOA 1AIDA 4NPTA 3IN3A 4DQGA 3VV8A 4B70A 1GVXA 5P3DA 2OAHA 6FIVA 1LV1A 2QCIA 5P5ZA 3SM1A 2OHUA 3RTMA 5COKA 5P55A 2AVOA 4A6BA 2Z54A 3VUCA 1K1UA 1XE6A 5KQXA 5P5MA 3DOXA 3VV7A 3DUYA 2OHSA 3OTYA 1EPLE 5P7YA 5P1CA 4DJYA 1LYWB 4EQJA 5P3IA 5P51A 4DQBA 2WHHA 5P6JA 1U8GA 4Y3SA 5COOA 2QP8A 2G1YA 4ZPGA 3EL5A 1MERA 5P8QA 1W5VA 4FIVA 4L7GA 3EMYA 3PWWA 5DPZA 5P32A 1HEFE 5P6PA 2VKMA 3OUCA 3OOZA 5P5KA 4MC6A 5P40A 1HTEA 1K6TA 1QRPE 1HVSA 1T7KA 1BVEA 3ZKMA 4HLAA 1SGZA 1C70A 4K9HA 5P5HA 1LYBA 2HAHA 1WBMA 4B77A 3O9HA 5P1PA 5P8BA 2QZKA 4KUPA 1A8KA 5P8JA 9HVPA 3S7LA 4N00A 1T6GA 4ZSRA 5P57A 4I0HA 4DH6A 2BKSA 1EBWA 1HXWA 4Y4GA 3LPKA 5P7PA 5P65A 4EJDA 4B05A 5P6BA 4FRKA 3D20A 4OBDA 4I11A 4APEA 5P34A 5P6RA 4PYVA 2VIJA 1APUE 3INFA 3K5FA 1EC1A 3BGBA 5P64A 1ODYA 5OYVA 1HSHA 4Y44A 4Y3PA 2QD8A 3UDHA 3VYEA 3Q6YA 3VLBA 3Q4BA 5P4RA 5P68A 2AOCA 4OC6A 5P3VA 2QU3A 5P1EA 1DP5A 3OXXA 4QJ7A 5P33A 5OZ0A 3D1YA 1ODXA 2WF0A 4NJTA 5T4SA 5DR7A 5OZ7A 4PZXA 4Q1WA 4Y3DA 1K6VA 4GJAA 3QVCA 1WKRA 5P72A 3SKGA 5IVRA 1ENTE 5P6AA 5OZ1A 3U6AA 4EP3A 4Y4ZA 3OAGB 3OU4B 5P6OA 1FQXA 5P66A 5OZPA 3UDMA 3SLZA 5HE7A 3UDJA 3QROA 2ZE1A 5P4TA 5KR8A 3HBOA 4R93A 3OGQA 5P4OA 3LZUA 1M43A 3KDCA 5P80A 4Y5BA 3UHLA 7HVPA 1EPNE 2JJJA 2BQVA 2AZBA 2HB3A 2FDDA 4DJXA 2AZ8A 4ZSPA 5P00A 2G27A 1BV7A 3KM4A 5P24A 2NXDA 4DFGA 3SQFA 2F3EA 2FMBA 1XN3A 5AH7A 5JODA 3EKQA 1OHRA 3NU3A 2OHQA 3HVPA 3QRMA 5AH8A 3ZKQA 3KT5A 2P83A 4R95A 2G1NA 1ZPAA 1BXOA 1W51A 3EBZA 3BVBA 2UXZA 4HDPA 3NU6A 5P84A 5P1KA 4COEA 3OUAA 2G1OA 4HEGA 2HS2A 4Y53A 4L1AB 2HIZA 2AQUA 3PJ6A 5I70A 4XX4A 1T7JA 5P7GA 3NU4A 4ER1E 3I7EA 5ER2E 1JLDA 5P0GA 5P4AA 1UH9A 3S53A 3K5DA 5OYQA 1LEEA 3L5FA 4MC1A 5F01A 1NSOA 1J71A 3ZKNA 1AXAA 5P1JA 2PYNA 4Y51A 5P2OA 2ZGAA 1D4HA 2ZHRA 1EPQE 4ER2E 2QNPA 4EWOA 1OEWA 5P6CA 4HDBA 1HVHA 5C9BA 1QDMA 3IN4A 1IZDA 5DR3A 5P3EA 1MSNA 1HBVA 4YD4A 1IZEA 4ZEAA 2ZHTA 5P2EA 3LPJA 2QMFA 5DQ5A 5P8DA 1SMRA 1HVJA 1G35A 3BUHA 5P7UA 3CIDA 5DQ4A 5P5OA 4QJ6A 1XL2A 5P2YA 2OHNA 3OGPA 2PSGA 1QBUA 2B42A 5P1AA 3CKRA 5HDUA 3OOTA 5P4KA 4CPXA 2NXLA 3EM4A 4J55A 5P15A 4UPJA 5P7VA 4Y4JA 4Y3NA 3CKPA 5P1WA 5P6LA 3EL0A 5P3UA 4K4PA 5P2NA 1B6MA 2V00A 5P3KA 3NXNA 4X7IA 3HAWA 2QI5A 5P4SA 3QBHA 3R4BA 5I3WA 1SP5A 1FGCC 5P2IA 1LF4A 4Z2ZA 1ODWA 4ACXA 1ZLFA 2WL0A 2OHRA 1GVUA 3VF5A 4MC9A 4RCDA 1FG8C 3ZL7A 3VF7A 3T11A 3ZMGA 5OZUA 3LINA 5P8CA 3QAAA 3S45A 1W50A 5P1ZA 2R5PA 5P45A 2PWRA 4HDFA 3SA3A 3PBDA 3SPKA 5OZWA 1EPME 2R43A 4OBJA 1ME6A 3KFNA 5P19A 2NMZA 5P43A 1ZTZA 3DCRA 7UPJA 4PHVA 5P3SA 3ZPUA 2FS4A 4L7JA 3OQKA 3CICA 4CPUA 2AZ9A 5ISJA 4H3FA 1E81E 2WF4A 4BELA 1SIPA 3JVYA 3QI1A 3ZKXA 1N49A 4U8WA 1BWBA 4RYGA 2AVMA 5P07A 3RVIA 1D4KA 1FQ6A 5P7XA 4Y4BA 2QZWA 3NWQA 1MESA 2VNMA 1MSMA 3NUJA 4Q1YA 2NR6A 1EAGA 1XL5A 4H3IA 4RZ1A 5P5LA 4K4QA 5P2QA 4Y58A 3HZCA 5OZMA 5P05A 4R92A 2FDEA 2Q63A 5P31A 1B6PA 5KQZA 5P7LA 3T7PA 5OZLA 1META 4K8SA 5HVPA 3OADB 4FAEA 1EEDP 1T7IA 4R91A 4Y3ZA 5KQYA 2G20A 2IDWA 2IGYA 1PPKE 4BEKA 2PMAA 3L3AA 3EM6A 2Q15A 3WZ8A 3ZKSA 5P1HA 5COPA 3SFCA 2J9JA 2ER6E 4LP9A 5P1DA 3QIHA 4J1EA 1BDLA 5P8KA 2G26A 2PYMA 3WZ7A 5P7MA 1A30A 1YM4A 2Q3KA 4Y4WA 1MTBA 3A2OA 1FKNA 5P1BA 2V12C 3IVHA 4BFDA 5P2KA 5P3CA 5P59A 2A1EA 1MPPA 5P1YA 3OUBA 5OZZA 5OZHA 4Y3HA 2AVSA 3ZKIA 3UFNA 4J0ZA 4F73A 5P5AA 2WEZA 4Y5MA 3GGAA 2IKOA 3VYDA 1CPIA 1D4JA 4YOAA 4Y4AA 3L5DA 4LC7A 5KR0A 5P56A 1B5FA 2P3AA 4I12A 3IA9A 1Q9PA 5P6HA 4PPHA 3PCZA 4B1CA 4Y5KA 3M9FA 4Y43A 5SY3A 3PB5A 1AM5A 1GNNA 1HTFA 5P3OA 3I6OA 1QBTA 4JPCA 3C9XA 3DV1A 2I4QA 2PH8A 5OZJA 4EQ0A 3SAAA 5P6KA 1VIJA 2O4PA 3OUDA 3SKFA 3MWSA 4B1DA 5P0WA 2ER9E 2IQGA 5P50A 4NJSA 5ER1E 3OY4A 1FIVA 2PK5A 1CMSA 1HTRB 3ZKGA 2VJ9A 5P4IA 4DJOA 3O9FA 2B7FA 4FRJA 3OHFA 3INDA 4YDFA 5HTZA 5P1LA 2WJOA 4FSEA 5P7NA 4QLHA 1ER8E 3HD8A 5P0EA 4CPQA 5P4UA 4RCFA 3VFBA 5P52A 1LS5A 4Y9WA 1YTGA 5P41A 2O4LA 1FQ5A 5P10A 3PWRA 1A94A 2AOIA 1C6XA 2ZJJA 5P61A 4GJBA 5P46A 3OQFA 3S7MA 4J5JA 4L7HA 2I4DA 1PSAA 3RSXA 5P67A 3OXCA 1HSGA 2ZJNA 5P7IA 3S43B 2PC0A 5P2LA 5JFPA 4RVIA 5P0YA 1FMUA 5P7CA 5P3BA 3SABA 2XFIA 3TKGA 5OZ5A 5P0AA 1PROA 5HE4A 4YD3A 3VSWA 3EKTA 1AAQA 4FSLA 2FNSA 3R1GB 5P8PA 3R2FA 2VIYA 2WKZA 4JPEA 2ZHSA 2FLEA 5OZSA 5P0NA 5P5NA 5P79A 1XS7D 5P5BA 3OXVA 5P8LA 5OZ8A 3UDQA 3OQAA 2FXEA 3URLA 2I4WA 2V11C 4Y5LA 2J9KA 5P7RA 1IBQA 3EKYA 5P7AA 3APRE 5OZIA 5P3XA 3HVGA 3PLLA 5P26A 5P0OA 1DMPA 1RV7A 4H3GA 5OZ6A 2NXMA 3K5CA 3MSKA 3MSJA 4RRNA 1SIVA 5P1FA 3O9EA 1LYAA 2IL2A 5P2VA 4AA9A 2BBBA 3HLOA 2OHKA 3O9BA 3RTNA 4J0TA 3KMYA 1KJ4A 3TPLA 2IS0A 2R8NA 2B8LA 3I25A 3PHVA 4OBZB 2AODA 3PRSA 1EBKC 4NJUA 1FMBA 4YD5A 4I0EA 3NR6A 4GIDA 1D4SA 1TZSA 3NLSA 5P0IA 3KYRA 5P5RA 4YCTA 5OYTA 4FM7A 4J1CA 5OYXA 4J1HA 5P3WA 3CIBA 5SXNA 2I4XA 3K5GA 2P3CA 2AIDA 5P18A 4Y3EA 2QMDA 5P6VA 5P36A 1KJFA 3CYWA 2AOEA 1MRWA 5P4CA 3VCMA 2QD6A 5P0JA 3DK1A 4HA5A 3OTSA 1FB7A 3UDNA 4Z4XA 5P81A 3TOHA 1TW7A 2HB4A 1LYWA 2PSVA 2WEAA 1TQFA 4LBTA 4F74A 1BV9A 5OZ2A 5OZDA 3BXSA 5P5FA 1HIIA 3U71A 2FNTA 4Y3LA 4ZSQA 5HE5A 3F9QA 1TSQA 4RLDA 1T6EX 5CLMA 5P5JA 3O9LB 2QI1A 5P76A 1MIQA 3BHEA 3O9DA 2ANLA 2WECA 2QMPA 1FEJC 4YCKA 2FGUA 5P2MA 5P5EA 5IVQA 2F8GA 5P6FA 2QAKA 3ZOVA 1RNEA 2AOGA 2OF0A 4R5NA 1D4LA 3LPIA 4NPUA 8HVPA 5TOLA 1KJHA 4OBZA 1DAZC 2ZDZA 1YX9A 5UPJA 5P23A 2F80A 2AVVA 3URIA 1SH9A 5P2FA 4FAFA 1HTGA 2FDPA 4LL3A 3WB5A 2OHLA 4M8YA 3VG1A 4AA8A 3BRAA 1T3RA 4DVFA 4H1EA 3LZYA 4EP2A 1MT9A 5P89A 1FMXA 2AOHA 3H0BA 3LIXA 3N3IA 5P0VA 3ZPSA 4Y4EA 1W5XA 3OU1B 4GJ8A 2B7ZA 3TL9A 3H5BA 3K1WA 5P7QA 1HXBA 3SACA 2VA7A 3QS1A 3SA6A 1TSUA 1APWE 4GJ6A 1EPRE 4ZE6A 3QPJA 5P12A 3HDKA 5P87A 5P01A 5OZ9A 5P8SA 5P4ZA 2AOFA 4D89A 4YD7A 5JFUA 2R5QA 3O99A 1MT7A 3L59A 2I1AA 5P73A 5HD0A 3CKTA 3PI5A 3K4VA 4D85A 5P5PA 5P0UA 4I1CA 5P09A 5P74A 3T7QA 5P1MA 2BPXA 1HVKA 4Y45A 4Y3TA 3QRSA 3OU3A 3BUGA 4EPJA 4YE3A 4GJDA 5HCTA 3OAGA 3OU4A 5P2BA 3VEUA 5P2WA 5P44A 1SDUA 3PSYA 3TNEA 3NWXA 4GZFA 1WBKA 4RGHA 2AVQA 5OZ3A 2F3KA 1XE5A 4Y3RA 4Y6MA 2H6SA 2ZJLA 3PBZA 2CEMA 4Y3YA 3PEPA 1IDAA 5P4XA 2QHZA 5C9FA 3DM6A 2G1RA 4EJ8A 3EKXA 5DR4A 5P1XA 5P2TA 5OZGA 3UPJA 2IENA 5P4QA 2QNNA 5P5GA 4EXGA 2HPFA 5P13A 1RQ9A 5P7ZA 1SBGA 3S2OA 2G21A 4GJ9A 3KFPA 1Z8CA 5OYWA 5OZYA 5P2ZA 2VNNA 3KA2A 3KN0A 1MUIA 5OZTA 1NPAA 2VJ7A 1ZSRA 4OBGA 5P63A 2Q54A 4L1AA 1ZPKA 2V13A 1BIMA 3BC4A 4GYEA 3RSVA 1EPPE 3VF3A 3SA4A 4I0FA 3I8WA 3IGBA 5OZBA 5P11A 4NJVA 4XX3A 5P60A 4Y4UA 5IE1A 2JYSA 4EXHA 1IZIA 3DV5A 3D91A 1MRXA 5F00A 1HVIA 5P6SA 2G22A 3KFSA 4XKXA 3SA9A 2QD7A 4DJQA 4DJWA 1YTJA 5P6DA 5OYRA 4KB9A 5P8AA 5OZAA 4GJCA 3T6IA 2G94A 5P6TA 2WF1A 1IIQA 2XYEA 5P6IA 2JE4A 5P6WA 4RROA 4DJVA 5AHAA 4FGXA 5P1OA 2I0AA 4Y39A 5P8RA 2P3BB 5P7WA 3NDWA 4Y50A 2B8VA 4QJ2A 1PFZA 1LF2A 5DQ2A 1YTHA 4B72A 3KDBA 4YOBA 5OZEA 1M4HA 4B0QA 5P2JA 3URJA 5P2HA 3CMSA 4WY1A 1NPWA 3ZLQA 1D4YA 4DQFA 1AJXA 3LZSA 1HSIA 2ASIA 1HVCA 1HPXA 3MSLA 3QN8A 5P5WA 1APTE 4IVTA 4JECA 4TVGA 4TRZA 2IRZA 5P49A 3SM2A 3SA8A 1K6PA 3UCBA 5P3RA 3BGCA 4Y57A 5ENKA 4Y3AA 3NSHA 4Y4XA 4B78A 1E82E 5AHCA 2NTRA 3NDTA 5P7FA 1NPVA 3PGIA 5P0DA 2G1SA 1C6YA 2BPVA 4Y37A 2WEDA 5BRYA 4FS4A 5P0BA 4Y3QA 5P8HA 1OEXA 4J0PA 2ER7E 3PWMA 1KJGA 5P7TA 4CP7A 5EZXA 3TPRA 5P1VA 4I8ZA 4RRSA 1HPVA 5P4BA 1G0VA 4GJ5A 3G70A 5KQFA 4Y5AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HC0 A;  5P7E A;  3R0W A;  5KOS A;  2CEN A;  5P3T A;  4ZIP A;  2QZL A;  3CYX A;  5AH6 A;  5JG1 A;  1BDR A;  5P0T A;  2HS1 A;  5P75 A;  1ZSF A;  5DR8 A;  3T3C A;  6APR E;  2ZJI A;  4Y47 A;  5P86 A;  5P2R A;  5P6Z A;  5P7D A;  3GI5 A;  1SME A;  5P02 A;  5P04 A;  3SA5 A;  5OZO A;  3O9C A;  4FCO A;  1AID A;  4NPT A;  3IN3 A;  4DQG A;  3VV8 A;  4B70 A;  1GVX A;  5P3D A;  2OAH A;  6FIV A;  1LV1 A;  2QCI A;  5P5Z A;  3SM1 A;  2OHU A;  3RTM A;  5COK A;  5P55 A;  2AVO A;  4A6B A;  2Z54 A;  3VUC A;  1K1U A;  1XE6 A;  5KQX A;  5P5M A;  3DOX A;  3VV7 A;  3DUY A;  2OHS A;  3OTY A;  1EPL E;  5P7Y A;  5P1C A;  4DJY A;  1LYW B;  4EQJ A;  5P3I A;  5P51 A;  4DQB A;  2WHH A;  5P6J A;  1U8G A;  4Y3S A;  5COO A;  2QP8 A;  2G1Y A;  4ZPG A;  3EL5 A;  1MER A;  5P8Q A;  1W5V A;  4FIV A;  4L7G A;  3EMY A;  3PWW A;  5DPZ A;  5P32 A;  1HEF E;  5P6P A;  2VKM A;  3OUC A;  3OOZ A;  5P5K A;  4MC6 A;  5P40 A;  1HTE A;  1K6T A;  1QRP E;  1HVS A;  1T7K A;  1BVE A;  3ZKM A;  4HLA A;  1SGZ A;  1C70 A;  4K9H A;  5P5H A;  1LYB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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