4X2LA

Crystal structure of human bace-1 bound to compound 6
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
389
structure length
371
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of a Series of Efficient, Centrally Efficacious BACE1 Inhibitors through Structure-Based Drug Design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 371
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4x2lA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4x2lA02
1A8KA 5IE1A 4L7JA 3SA7A 1UPJA 3PVKA 1CPIA 3TOGA 4FAFA 5P3EA 3EKWA 3SABA 3WZ8A 4Y5CA 5P3CA 5P5QA 3I2LA 4QLHA 1META 2ZJHA 4FM7A 3DCRA 4FRIA 1D4LA 3ZKMA 2R3WA 4OD9B 1PSNA 5P8UA 4I0DA 3D91A 5P2EA 1LV1A 5P3XA 4Y4JA 5DR8A 1GKTA 5P6JA 3GGUA 3ZOVA 3LZYA 1BDQA 2XFJA 4Y3DA 3L3AA 3NWXA 5OZLA 5AH8A 4GMIA 2HC0A 5HDZA 1NPVA 4Y5MA 3WB5A 2ZYEA 4Y9WA 3HAWA 3O9LB 3PSYA 3OTSA 5P1EA 2I4VA 2QZWA 2VA5A 4Z2ZA 3QRMA 3L5EA 1FQ6A 4ZIPA 4S1GA 5P3PA 1DW6C 3QROA 5P08A 3I7EA 2ZJKA 1HVJA 1EPPE 1YT9A 5OZCA 2WEZA 5P5HA 3TOFA 2JJJA 5P3WA 5OZ4A 5P16A 2AODA 1YM4A 5I70A 4H3FA 5P5PA 4ER1E 3O9IA 1TQFA 5P7IA 4JECA 5P3KA 3H5BA 3D1ZA 3K5FA 4I12A 4TRZA 5P28A 5P06A 4EXHA 4GJDA 4QJ2A 1J71A 5P1PA 4ZSMA 4EXGA 2VIEA 5P2AA 1MSNA 5P0GA 1SH9A 4DI2A 4HDBA 3L58A 3URJA 4Q1YA 3SACA 1YTHA 1QDMA 3SKFA 1HIIA 3BUHA 3OU3A 1LYAA 4CPQA 3D1YA 2AOIA 2FXDA 2AZBA 1MPPA 4Y4DA 1PSOE 3VLAA 4FM8A 5CONA 3S2OA 3NU6A 5P7UA 4I0ZA 2VNMA 5P2IA 5DQ4A 1YM2A 1MEUA 3EM3A 5P40A 2ASIA 2RKGA 3NUJA 3ZPUA 5P1IA 2ER9E 2G69A 5OYRA 4RZ1A 3CYXA 5BRYA 1XL2A 3L5CA 5P0SA 5P7TA 4DJRA 2ZHUA 3LIQA 2AQUA 2G1RA 3PEPA 4J1IA 4Y58A 3SO9A 4QJ7A 4F73A 2BBBA 1PSAA 2P3CA 3RSVA 4Y5KA 3APPA 3KT2A 4J55A 5P4RA 3PSGA 5P2XA 3JW2A 2JE4A 5JODA 3S54A 5OZKA 4TVGA 2FXEA 5P4AA 2HB3A 3KN0A 4EPJA 5P7CA 3VSXA 5P4EA 5P8DA 1W5XA 1K6VA 2HAHA 4JPEA 5ISJA 5P66A 5AH6A 1SBGA 3CIBA 2PWCA 1HXWA 5P4WA 5J25A 1C6YA 5P69A 2R3TA 3O9AA 2XYFA 1RL8A 3INDA 2F81A 2ZHRA 5P6SA 3UQPA 1AVFA 4J0YA 2NR6A 2AOEA 2BPWA 5P7VA 4YBFA 3QI1A 3OU1A 3UDRA 3NDWA 2HB2A 5E5JA 1UH9A 1BBSA 4J1HA 4Y3QA 3IXJA 3VYEA 4RYGA 1IBQA 1ER8E 1MTBA 5OZ1A 5DGWA 5AH7A 1LF2A 2FDDA 3K5GA 1OHRA 5IVSA 5P7EA 5KQYA 1APVE 1WKRA 2J9KA 4DJYA 4DJQA 4JOOA 3R4BA 1MVPA 1ZSRA 1HPSA 4QJ9A 5KQFA 5P5XA 4RRSA 2B60A 4I0IA 4RVIA 3URIA 5AHAA 5P10A 5P19A 4Y5LA 5P7OA 3VEUA 1XE5A 2ER7E 2QK5A 2UXZA 4YDGA 5P1ZA 1XE6A 2AOFA 4APRE 4RCEA 5P8JA 5ISKA 1XN3A 2HPEA 2ZJLA 1BWBA 1B5FB 5P5BA 5P7WA 5OZJA 1PPME 2G22A 3UHLA 4Y4XA 3NXNA 3EKYA 4Y57A 3K1WA 3EL9A 2J9JA 3JVYA 5OZYA 5P4GA 2QNNA 1QBSA 2P3BA 5P7KA 3MXEA 5OZUA 2IQGA 2AZ8A 3TH9A 3ZKXA 5DGUA 5P1DA 5AHCA 3Q5HA 5P42A 3ER3E 5P31A 4B77A 1EPLE 2WEDA 1K1TA 5P6PA 5P7NA 3GGXA 5P8CA 2CEMA 3LINA 3NXEA 5P1YA 5P6VA 1VIKA 4DV9A 1AAQA 1ZP8A 4H3GA 5P4DA 4X7IA 3OQFA 3KFSA 4PHVA 4Y4TA 1MTRA 3INFA 4DQCA 4MC1A 4Y43A 1AJVA 2I1AA 3AIDA 3BHEA 5P6LA 2PH8A 4NJSA 4CKUA 4YD6A 4Z50A 1SMEA 5P5KA 4J1EA 3VF3A 3LZSA 5P3GA 4H3IA 2HS1A 4KUPA 5E5KA 5P45A 3IXKA 2SAMA 3EBZA 3CKTA 3QPJA 2PH6A 5P5IA 4Y3EA 5P74A 5SY3A 5OYYA 4D8CA 5P2FA 2PMAA 1HVLA 3APRE 5SXNA 4Y3SA 4RVJA 2B7ZA 2PQZA 1B6LA 4J54A 5P5RA 4Y4AA 5IVQA 4ZSQA 3QBFA 3UDHA 3RTHA 1SGUA 5P4OA 3KDCA 4Y44A 4I0JA 1SP5A 5P79A 2ER0E 3PLLA 5P5UA 2UY0A 1C6XA 7UPJA 1FEJC 4EP3A 1E81E 1KJFA 2V0ZC 4BFDA 1W6HA 5P4VA 5P8QA 5P89A 5P43A 3ZKIA 4ZEAA 1HOSA 4B1EA 4LAPA 3TOHA 2WKZA 3TPJA 3KDBA 4Y4GA 2I4QA 4B78A 2Q54A 3TKGA 2QD8A 5BWYA 3HBOA 3OXXA 2QMDA 4Y3AA 2NXDA 4ZPFA 5P7DA 1CZIE 4RROA 3OY4A 3G72A 3BRAA 2F80A 4K9HA 1T3RA 4EJ8A 3KF0A 5P75A 1HVRA 5P77A 3IN3A 3T3CA 3CKRA 4YHQA 1KJGA 3UFNA 4PZXA 5TOLA 5P3JA 5OZ8A 5P1JA 2RSPA 3ZPTA 4R5NA 5P1BA 4R95A 4Y3LA 3K5CA 5P3QA 3PI0A 3PWRA 5C9BA 5P2SA 2QI0A 5ENMA 1BVGA 1GNOA 5P6GA 5HDVA 5P3NA 4J0PA 4H3JA 2BPVA 4GJ9A 2QP8A 3ZLQA 5OZDA 3VYDA 5P2MA 4WTUA 2ZHSA 5P8GA 3VYFA 2QMGA 4J1KA 1D4JA 2CENA 4GB2A 2ANLA 3MSKA 4XKXA 2FNTA 5P1VA 2VJ6A 3ZKNA 1A94A 1ODXA 3UDJA 3QRSA 4EQJA 4ZE6A 3A2OA 4AZYA 3NU5A 2V12C 3ST5A 1LS5A 1LYAB 4YD7A 1KZKA 5P4SA 5P5CA 2Z54A 2B8LA 4HVPA 2PSUA 1D4HA 1DMPA 3L59A 3SA4A 2PC0A 3G6ZA 2OHKA 4CPXA 4TRWA 5EZXA 2WF2A 3DV5A 5P6QA 5P1XA 1XN2A 3UDQA 1A8GA 3WZ7A 5OZPA 3QS1A 5P6BA 1FF0C 2QI1A 5P5SA 5P0IA 4YOBA 8HVPA 3DJKA 4TRYA 3AUPA 4YE3A 4DJPA 4RCFA 4CP7A 1GNNA 4HDPA 4CPRA 5P53A 4Y6MA 2Q64A 5P0EA 4Y4BA 2QHYA 5P81A 2WEBA 5I3YA 4Y5NA 2FGUA 2OAHA 4GJ5A 1G35A 6APRE 3NSHA 1HTFA 3I6OA 1HPXA 5IS4A 1K2CA 1K6TA 5DQ1A 3NU9A 2G20A 2QMPA 2BPZA 5P4ZA 5SY2A 4Y41A 1ZPKA 3PGIA 4YD4A 1D4KA 1BWAA 1LYBA 1MIQA 3UDNA 2PWRA 2Q5KA 1LYWA 4I0EA 1NPAA 4Y53A 2O4NA 5P70A 4DPIA 4H1EA 3U7SA 5P3SA 3SLZA 3UQWA 3OHFA 4ER2E 3WZ6A 1Q9PA 5P1OA 2AVQA 3ZPSA 1FG6C 5HE4A 3KFPA 3O9HA 1G2KA 5P6NA 1ZJ7A 2HM1A 3BVAA 1IZDA 4DJWA 2APRA 2FDPA 3HAUA 3U6AA 1LF3A 2AZ9A 5P7FA 5B18A 5P7AA 5UPJA 3PWMA 1B6PA 4NJVA 4BELA 2QI6A 5P3HA 3OADA 3UQXA 5I3VA 3IVIA 2BQVA 2ZGAA 4JPCA 5P4UA 1ZTZA 3HZCA 2AOJA 3Q70A 3KFNA 4D85A 1QBRA 2BJUA 2XFKA 4DJOA 2NPHA 4Y3PA 3S7MA 3Q3TA 2BPYA 4OBJA 5OZ0A 1NPWA 3HW1A 3GI5A 5P6YA 5P7HA 1B11A 4Y5GA 4OBDA 1EPOE 5P88A 5P07A 1FQ7A 5KR0A 2J9JB 5P0DA 3S43B 3PCZA 4Y5EA 2ZJIA 1TSQA 2P3BB 2AVMA 5P2QA 4A6CA 5P4PA 4OBFA 4E43A 3PMUA 4ZPEA 5P5FA 5P60A 1ENTE 5P25A 5P1QA 5OZAA 5P67A 5P3TA 3CICA 4FLGA 3PRSA 3DCKA 5P4BA 5P0CA 1PFZA 5KR1A 3VUCA 1LF4A 1APUE 1W6IA 5P3DA 4PPHA 5P3IA 5P6EA 5P87A 4KE1A 5P8PA 4Y4EA 4RGHA 3SA8A 4MC2A 4Y4UA 4Y3YA 4FGXA 1Z8CA 5P84A 5P3RA 3VV7A 3OUCA 2NXMA 2OHPA 1SDTA 3UDMA 5P0YA 1D4IA 5P13A 5OYQA 4IVSA 3SM2A 1BV9A 5CLMA 1BXOA 1HPOA 3DM6A 4Y4WA 3UDPA 6UPJA 4D89A 3EKPA 4UPJA 1SIPA 4J0ZA 5OYUA 3OUDA 1RPIA 3OWNA 5OZGA 5P0BA 3OGPA 1K6PA 5SZ9A 3RTNA 3LPIA 5P47A 5F01A 1HVKA 5P7YA 4EHCA 1HTRB 2ER6E 5OZHA 3TKWA 4GJBA 1HTEA 3OK9A 5OZIA 3QBHA 2I4DA 5P82A 4YDFA 5OZEA 4A4QA 5P0RA 1KJ7A 4LL3A 1FMXA 2AOCA 1AJXA 3KMYA 2WF1A 1XDHA 1IDAA 5FIVA 1C70A 3OXCA 5P2BA 4EJLA 3VG1A 5OZRA 3SM1A 5P4IA 1T7IA 4PEPA 3UDYA 5P0TA 3FV3A 3DK1A 4Y4ZA 5P7ZA 2G24A 1T6EX 1HTGA 2A1EA 5DR4A 2IENA 3OQ7A 2WF4A 1APWE 5P61A 2A4FA 4WY1A 5P22A 5P4CA 2QZLA 2IS0A 2QHCA 4B05A 1EPNE 5BS4A 4PYVA 1E82E 2AOHA 2XFIA 3D1XA 3OHHA 5HU1A 4Y5AA 5OZZA 1PPKE 5P71A 4KE0A 4Y56A 3O9FA 2QI4A 2FNSA 1HRNA 3BUFA 4A6BA 4DJVA 2Q63A 1MT7A 5P2LA 5P5VA 3BGBA 4GJCA 3GI0A 4YA8A 1BDLA 2NXLA 2G1OA 1DIFA 4K4RA 5AHBA 3OU4A 3NYGA 1FQ4A 5KOQA 1VIJA 3WSJA 5IVRA 5P80A 3TPRA 5COPA 3VLBA 2BB9A 5P8HA 3D20A 3VV6A 4J0TA 3NUOA 3S7LA 5P1MA 4RYCA 3L5DA 2R38A 3OAGA 5P0WA 4OC6A 5P58A 3B7VA 5P6FA 1QRPE 5P6AA 3OUBA 3NDXA 4EYRA 1M43A 5P68A 1EEDP 5P73A 3IGBA 1T7KA 2F3KA 3Q6YA 5P50A 4OBKA 5P5OA 1FFFC 4FL8A 3LIYA 2V10C 4U7VA 2QI3A 4RVXA 5ENKA 3BC4A 5P55A 1SDVA 2WJOA 1Z1HA 5P6MA 1IZHA 2VKMA 3OQAA 1KJHA 1RNEA 2AVVA 4I8ZA 5AH9A 5P86A 3EKXA 3UTLA 5OZMA 1D4SA 5AGZA 5OZNA 5P1LA 4L1AA 5P5JA 2VA7A 5P2KA 5KR2A 3T7PA 1HVHA 4M8YA 3RSXA 4Y37A 3SA3A 5P7XA 5P3YA 1SIVA 3QIHA 3O9GA 2NNPA 3U71A 5P7QA 5P78A 2XYEA 4FCOA 3LZUA 5P26A 4RCDA 3SFCA 2AVSA 5P2WA 4YD5A 4DJXA 4Y50A 5P5LA 3LHGA 2I0DA 2NNKA 5JFUA 3QP0A 5P33A 4GZFA 3UF3A 5I3XA 3SKGA 1W50A 4APEA 2FMBA 4Y3GA 3G70A 4AUCA 3EL0A 4TVHA 5P8KA 2QI5A 3MSJA 1LYBB 4HLAA 3PSUA 3S8IA 3FNSA 2OHMA 1EAGA 3RTMA 3S85A 1EBYA 5P1UA 3BVBA 1DPJA 5P1SA 3MSLA 1F34A 4OBHA 4Y35A 5P36A 4IVTA 1F7AA 2AOGA 1IVQA 2FLEA 5P0XA 1W5VA 3VSWA 2OHUA 1JLDA 7HVPA 3R2FA 2QNQA 3SA9A 5P0ZA 3DUYA 2P3DA 2IGXA 4OBZA 3O9EA 1ZPAA 2QU2A 2ZHTA 3MWSA 5HDXA 4ZLSA 5P14A 2O4SA 4D88A 4KB9A 3OADB 4U8WA 2WL0A 2OHQA 4Y3TA 3CMSA 1K1UA 5P02A 3JVWA 3INEA 5P8LA 3KM4A 5OZQA 4EP2A 5OZWA 3OXWA 3PLDA 5P37A 4FAEA 4EQ0A 4YCTA 2ZJMA 2G1YA 3O9BA 2R8NA 3EXOA 5P2RA 2ZDZA 5HCOA 1FKNA 3H0BA 5P4YA 9HVPA 2HB4A 1HVIA 3BXSA 5HTZA 3LPJA 3GI6A 5DR0A 5P05A 5P4KA 3IXOA 4XXSA 1B5FA 4Y3WA 3SPKA 4YOAA 4NJUA 2Q11A 4QGIA 4R92A 4GJAA 3PBDA 2BKTA 3NDUA 1ZAPA 4Q1NA 5P12A 5P56A 5P4LA 5P85A 1AM5A 2F8GA 5P7LA 3ECGA 4QJ8A 1FQ8A 4GJ7A 1IIQA 4J0VA 4Y36A 3N3IA 4K4QA 4Y39A 5DPZA 4FSLA 3OTYA 4QJ6A 5KAOA 5P6HA 4HE9A 1SDUA 2JJIA 5P0PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1A8K A;  5IE1 A;  4L7J A;  3SA7 A;  1UPJ A;  3PVK A;  1CPI A;  3TOG A;  4FAF A;  5P3E A;  3EKW A;  3SAB A;  3WZ8 A;  4Y5C A;  5P3C A;  5P5Q A;  3I2L A;  4QLH A;  1MET A;  2ZJH A;  4FM7 A;  3DCR A;  4FRI A;  1D4L A;  3ZKM A;  2R3W A;  4OD9 B;  1PSN A;  5P8U A;  4I0D A;  3D91 A;  5P2E A;  1LV1 A;  5P3X A;  4Y4J A;  5DR8 A;  1GKT A;  5P6J A;  3GGU A;  3ZOV A;  3LZY A;  1BDQ A;  2XFJ A;  4Y3D A;  3L3A A;  3NWX A;  5OZL A;  5AH8 A;  4GMI A;  2HC0 A;  5HDZ A;  1NPV A;  4Y5M A;  3WB5 A;  2ZYE A;  4Y9W A;  3HAW A;  3O9L B;  3PSY A;  3OTS A;  5P1E A;  2I4V A;  2QZW A;  2VA5 A;  4Z2Z A;  3QRM A;  3L5E A;  1FQ6 A;  4ZIP A;  4S1G A;  5P3P A;  1DW6 C;  3QRO A;  5P08 A;  3I7E A;  2ZJK A;  1HVJ A;  1EPP E;  1YT9 A;  5OZC A;  2WEZ A;  5P5H A;  3TOF A;  2JJJ A;  5P3W A;  5OZ4 A;  5P16 A;  2AOD A;  1YM4 A;  5I70 A;  4H3F A;  5P5P A;  4ER1 E;  3O9I A;  1TQF A;  5P7I A;  4JEC A;  5P3K A;  3H5B A;  3D1Z A;  3K5F A;  4I12 A;  4TRZ A;  5P28 A;  5P06 A;  4EXH A;  4GJD A;  4QJ2 A;  1J71 A;  5P1P A;  4ZSM A;  4EXG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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