5F01A

Crystal structure of bace-1 in complex with (1sr,2sr)-2-((r)-2-amino-5,5-difluoro-4-methyl-5,6-dihydro-4h-1,3-oxazin-4-yl)-n-(3-chloroquinolin-8-yl)cyclopropanecarboxamide
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
390
structure length
384
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title A Real-World Perspective on Molecular Design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 384
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5f01A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5f01A02
2QU2A 5P2MA 1W50A 4APEA 4Y5KA 1XS7D 2FGUA 5P01A 2QI5A 2G21A 2IRZA 3HW1A 1VIKA 4Y3DA 4ZSPA 2ZJJA 5P1BA 5OYVA 5P3DA 1MESA 4OD9A 3MXEA 4OC6B 3L5DA 4J0PA 4BFBA 5P2EA 2ZDZA 2VIEA 5P2BA 2I1AA 5HDZA 5C9DA 5P8TA 3SA3A 2PSVA 5OZIA 5P5CA 2R3WA 5OZ8A 4PEPA 5P5LA 4EP2A 2WKZA 4RYCA 4DH6A 4ZIPA 5P10A 4Q1WA 3UDHA 2QNQA 4Y48A 5P47A 1EC1A 5P0BA 3S7LA 1QS8A 4ZEAA 5P7OA 3UHLA 4Q1YA 4PHVA 1NPAA 3APRE 5P6BA 4BELA 1AVFA 2SAMA 5P8LA 2R3TA 5P7VA 2IEOA 1FFFC 3GGXA 4LHHA 5P6NA 5P7IA 3LZSA 4FGXA 2Z4OA 5P5EA 4I0DA 1M4HA 4CPQA 4XKXA 3OHFA 3PVKA 5P58A 1EPPE 5P0OA 1BDRA 3PWMA 3UDNA 1MT9A 2O4PA 1EC2A 4Q5MA 5P31A 3L5FA 4R8YA 5P02A 2IDWA 2G1YA 4Y9WA 3SA9A 3PGIA 3PCWA 5P52A 2QHYA 2ZHRA 4ACXA 2IKUA 2WF2A 3SA7A 2PC0A 1EPOE 5P88A 2NXLA 1JLDA 1PPME 3SA6A 2O4LA 1E81E 5KOQA 1HVKA 2Q63A 2VA5A 5CLMA 4Y4XA 2ZJMA 4DQBA 3NR6A 3EL9A 1SBGA 1BWAA 3UFNA 2BPVA 5P5ZA 3DK1A 5P33A 4B77A 1HIHA 5P7DA 3UDPA 5P81A 5P3VA 4Y50A 2WECA 2QCIA 5P8OA 1BWBA 4X7IA 5P06A 4CP7A 2QD7A 4RVXA 3QVCA 5P2KA 4Q1NA 5OZ4A 4H3JA 4A6CA 4TVGA 3TKWA 1GVTA 2XYEA 1B11A 4K4PA 2ZGAA 3D1ZA 6UPJA 2HM1A 1FIVA 3BVBA 2QP8A 1QRPE 3UQWA 4NJUA 5P0UA 3VLBA 4OC6A 5IVRA 3F9QA 4RCFA 5P79A 2WF0A 5OYZA 3ZPTA 1LF3A 5OYXA 3NXEA 3FSMA 1IZEA 4Y5LA 1FG6C 5OZZA 5P3GA 2R8NA 3VEUA 2F3EA 5P3LA 3C9XA 4YD6A 5P6EA 4Y44A 3CYXA 3ZKNA 5P6SA 3LIYA 3ZKSA 4PZXA 4Y3AA 1W5YA 2A1EA 5P7XA 5P83A 5P56A 3KFPA 1C70A 5P3FA 5ER2E 4JOOA 1PFZA 2HAHA 3OWNA 5P63A 4Z50A 3JW2A 4AZYA 5P3TA 1HPVA 4K9HA 5HDXA 3UCBA 1K1UA 1HWRA 4DJUA 3S54A 5HTZA 1LZQA 4CPXA 4U7QA 4Y4EA 5OZ6A 5P66A 2F3FA 4Y3TA 5P50A 1KJFA 4I0EA 3TPPA 3NSHA 1UH7A 1PSAA 5COOA 2FXEA 2APRA 4FRKA 1DPJA 5P2RA 5DGUA 5P14A 4LXAA 3EL4A 5P7EA 4ZSRA 5P6KA 4OBZA 5HU1A 3G72A 4J0VA 4NJVA 1LS5A 1BV7A 5P05A 3I25A 4GJAA 1FEJC 2F80A 4GJDA 3EM4A 1D4YA 1CMSA 4TRYA 5P3OA 3TKGA 5P1YA 3QP0A 3AUPA 5P17A 5I3YA 2IKOA 3KYRA 4DFGA 3K4VC 5DQCA 5P2OA 2QI1A 2G94A 4NJSA 5P65A 1TSQA 5P2JA 5P71A 5OZCA 3GGUA 5P0RA 1ZP8A 2Q55A 1MT7A 2WF1A 5COPA 4M8YA 3BXSA 3I8WA 1GNNA 4Y3RA 3VFAA 2CEJA 5SY2A 5IVSA 5P4SA 5P04A 4FAFA 4J1IA 4UPJA 5P8RA 4F73A 1HVHA 1D4JA 1TZSA 4R5NA 4EQ0A 4I0ZA 2AQUA 3PM4A 1HVJA 4I0JA 2QAKA 5P61A 5E5KA 2HIZA 3B80A 2ER9E 5P0FA 5P6XA 4Y5MA 4RRSA 5DQ2A 2PWCA 3S53A 1K2CA 1PSOE 5P4OA 4EPJA 3APPA 2R5PA 5OZJA 3TPRA 2JE4A 3DUYA 1GKTA 5P0QA 2Q15A 2NMZA 4I8ZA 2B60A 1WKRA 3OAGB 4Y38A 5P09A 1BAIA 3HBOA 4I0GA 3S8IA 5IS4A 3WZ8A 3EL1A 5B18A 5P77A 2NR6A 5BRYA 1K6TA 5P2YA 3NU9A 2QZKA 5SZ9A 3FV3A 3IVIA 5AH6A 2AIDA 4KB9A 1BV9A 5P7GA 5DR0A 2I4XA 1G35A 2O4KA 1FQ6A 2I4VA 2IQGA 4QJ7A 3NU4A 4NPUA 1BBSA 4HDFA 5P5RA 3NLSA 5P2NA 2XFIA 4Y5CA 4Y36A 3SACA 5P32A 5OZWA 2G1OA 3L38A 3O9IA 4CPWA 3SA5A 5P3ZA 4KE1A 1XN2A 2VS2A 5P0GA 2UPJA 2VIYA 1C6ZA 2ZE1A 2PK5A 5P5DA 1QBUA 1APWE 2G24A 7HVPA 5P0JA 3K1WA 1WBMA 4RLDA 4DJQA 3FX5A 3ECGA 5P5WA 3R2FA 2FIVA 2BKTA 1Z1RA 1K2BA 4EQJA 5KQFA 5P1OA 1M43A 4R93A 4B1EA 1T6EX 4XX4A 1AJXA 3EKVA 5P4QA 3EKPA 2QHZA 3CYWA 2QD8A 4YOAA 5P0LA 1B6JA 5OYYA 1D4LA 2V0ZC 5P7RA 4U8WA 4K4RA 1QBSA 4Y3YA 5P2IA 4DJWA 5P4CA 1ZSFA 2FGVA 5OZOA 5JG1A 1YTIA 5OZSA 2B8LA 2VA7A 5P59A 5P4AA 5P26A 4B05A 3Q3TA 3GW5A 5P39A 5P1KA 5KR0A 5P1LA 3I6OA 4J1KA 5OZQA 5P36A 3DCKA 5P2XA 2XFJA 5P85A 5P6TA 3CKPA 5OZBA 2G26A 3CKRA 3KFNA 2XYFA 5OZNA 3NUJA 3KT5A 5P4ZA 5HU0A 5P44A 2ER7E 1ZJ7A 4EJLA 5P8JA 5P28A 4YCYA 5P3JA 1GVUA 2AOFA 3LNKA 5P5IA 2JXRA 1QBTA 1SH9A 5P62A 3LIQA 1BIMA 4H1EA 5KQZA 3NU5A 5P4EA 4H3GA 4GJ7A 1SDTA 5P2UA 5AHAA 4RCDA 5OZUA 4L7HA 2H6TA 3KDBA 5P25A 5KOSA 3PI5A 3ZPSA 4GIDA 4FCOA 4HDBA 2OHMA 3AIDA 5PEPA 2AOHA 5P2ZA 3QRVA 3Q5HA 3WZ6A 4Y5PA 5P6GA 1D4KA 3O9HA 5ENKA 3O9LA 2QU3A 2RMPA 1GNOA 1LYAA 1MPPA 3KDCA 2G1RA 5C9BA 3INFA 1J71A 3K4VA 2FS4A 5P1ZA 1GVXA 1MT8A 5BS4A 2PK6A 2F3KA 4Y4BA 5UPJA 2QI3A 1KJ4A 5AH9A 1HBVA 5P7YA 5P70A 3IN3A 2OF0A 4AUCA 2NXMA 3PSYA 4H3IA 3GI6A 1EEDP 4Z2ZA 3INHA 3QS1A 5P5QA 1MTRA 4YE3A 3SM2A 3TOGA 4FE6A 3TNEA 1ZBGA 3QBHA 5HVPA 4MC6A 1K6VA 1HEGE 5P89A 5P7CA 2BPZA 4L7GA 5P87A 5AH7A 2ZHSA 3T6IA 5APRE 4RGHA 5I3VA 4Y51A 4Y3EA 3KA2A 9HVPA 2ER0E 3BC4A 1BXOA 3SAAA 1RQ9A 5P3SA 1B6LA 3HD8A 1ODYA 1T3RA 5P0YA 2PYMA 5DPZA 5DGWA 5P0XA 3LIXA 5AH8A 3S45A 4A6BA 5P5BA 1RL8A 1K6PA 3UQRA 1MTBA 4Y4WA 4GYEA 1XL2A 4EXGA 1CZIE 5P23A 4I8WA 2I4UA 2P3AA 2HB4A 4S1GA 4CPTA 2P3CA 3QBFA 5JFUA 5P5VA 2AZ8A 4LP9A 1FF0C 3MSLA 5P7QA 1DW6C 2AOJA 4KE0A 5OZGA 3NU6A 2V11C 1IZIA 2AZ9A 3K5FA 5P2DA 1ODWA 5P8KA 3A2OA 3SA4A 4YD4A 5OZ5A 3JVYA 5P5KA 1AXAA 1YT9A 3OU4B 3NXNA 5SY3A 5P3RA 5AHBA 4B1DA 4ZPFA 3UDYA 1A8GA 4EWOA 2AOCA 4DJPA 5P4RA 1ZPAA 3LZUA 2HB3A 2R43A 3ZL7A 5HE5A 4ER1E 4QJ6A 5SXNA 2CEMA 4DUSA 3QPJA 4GJCA 1MVPA 4FIVA 3TOFA 2I0DA 4J0YA 5P6LA 1LF4A 1HTEA 5P24A 4Y43A 5P84A 2VA6A 4U7VA 2QNPA 5P3KA 1QBRA 1EC3A 4J1FA 4YBFA 5P6VA 1B6PA 3U71A 1KZKA 3D3TA 1MRWA 4JPCA 4J1CA 3MWSA 5P07A 1AM5A 2AVQA 2IL2A 5DR4A 4Y3XA 1GVWA 2ZJNA 5P12A 1LYBB 2I0AA 3ZLQA 3OGQA 5P73A 4F76A 3Q4BA 4Y4AA 4EYRA 1OD1A 3UQUA 4DJVA 5P4YA 2ZJHA 5P78A 4Y5GA 3N3IA 3FNSA 2EWYA 3BVAA 5AHCA 1BXQA 5P0MA 3OK9A 5P3BA 4D85A 1AIDA 3VYDA 5P6AA 3FIVA 3O9CA 2UY0A 4L1AB 4X2LA 4PPHA 1BVEA 2V10C 4FSEA 3EMYA 5P6YA 4QGIA 4J17A 4YCKA 4Y5BA 5P7NA 4OBKA 3BHEA 5EZZA 4R91A 4J54A 4Y3FA 5P1CA 2QZLA 1PPLE 3NDTA 4EHCA 1E80E 5P75A 3T7XA 4B78A 4FLGA 5P16A 5I3XA 3CKTA 5OZ9A 3NWQA 5P1AA 3MXDA 4MC9A 5P0VA 3MSKA 2OHTA 5P4XA 5P0NA 5P4PA 3S43B 1FB7A 3OU4A 2PWRA 4DJXA 3OQAA 3LHGA 5P8PA 4TRWA 4Y3LA 3D91A 5IVQA 3DCRA 4YOBA 1MEUA 5P7KA 2BPXA 3R1GB 5P0HA 1UPJA 4Y4TA 2NNKA 5P3UA 2F81A 4I0FA 4LC7A 1TQFA 2VJ6A 2HB2A 2Q3KA 3H5BA 4Z22A 3ZPUA 2VIJA 3INDA 5I70A 5OYTA 3EL0A 4PZWA 5P15A 4NJTA 1EC0A 5P0KA 1HXBA 1HVCA 1SDUA 2WEDA 3QROA 1KJHA 1QDMA 2PSUA 5P1IA 5P6RA 3PSUA 2O40A 4ZE6A 5P51A 4YCTA 5P48A 2FMBA 4Q1XA 1EPME 4I0IA 3O9GA 3R0YA 3KMYA 5P2HA 4K4QA 3OXVA 5P0IA 1LYBA 2AOIA 4OBDA 2VJ9A 4FRIA 3OXWA 3NDUA 1ZLFA 2OHUA 2QMDA 1E82E 5OYSA 3UDKA 1IVPA 4I10A 1N49A 3U7SA 3FKTA 4CPRA 3KM4A 4YD3A 3ZKMA 4LBTA 3ZKGA 4ZSQA 4N00A 3TL9A 5OZAA 2A4FA 3PHVA 4J0ZA 1KJ7A 1FMXA 4CKUA 5P5HA 3URJA 3D20A 2QZXA 4Y57A 1IZHA 3WB5A 5P4WA 5P64A 2FNTA 4I11A 5P0PA 5P6FA 3IXOA 5OZYA 5P1UA 5P3EA 4CMSA 1K6CA 4L6BA 1T6GA 2P4JA 4ZLSA 3DM6A 3L58A 2J9JB 5P4JA 1XN3A 3EM6A 3OHHA 4J5JA 5HDUA 3VUCA 4CPSA 1UH8A 5P1EA 4YDGA 5P3HA 1SMEA 5P40A 4Y53A 3PLLA 4QJ8A 3CIBA 1IDAA 1Z8CA 3GI0A 2AODA 5P5GA 2G69A 2JJIA 3VYEA 2OHKA 5P1GA 5P76A 5P68A 1AJVA 5P0WA 3UPJA 5P4VA 4FRJA 2Q5KA 3SPKA 4LL3A 1ENTE 5OYWA 1EBYA 5P8FA 3DV1A 3OXXA 2NXDA 1SGUA 3PSGA 5OYRA 5P8QA 4RVJA 4Y4UA 1FMBA 5P4UA 1YTGA 2R38A 4ER2E 5P5JA 5P53A 2ZHVA 4RCEA 3O99A 5P82A 3IN4A 1FQ5A 2J9KA 1AAQA 5P6QA 1MIQA 5P4LA 2JYSA 4Y5EA 2QNNA 3KT2A 3S56A 4Y5AA 1PSNA 4JP9A 4FM8A 2NNPA 3SA8A 3WB4A 5OZTA 3R0WA 1HHPA 4Y4DA 1ZAPA 2PSGA 3RSVA 2AVMA 5P1FA 4PYVA 3KF0A 4FSLA 3VCMA 3EKTA 3S2OA 5P5NA 5OZHA 5OZVA 3JVWA 4RZ1A 3OU3A 1HTGA 4Y3PA 5P2LA 5P0CA 1BDLA 5KR1A 1GVVA 1YTHA 3GGVA 1LYWB 4OBHA 3GI4A 2WEBA 5P45A 3VF3A 5KAOA 1VIJA 3OUDB 1D4IA 5P4IA 5FIVA 2BPYA 1ER8E 5P3CA 5P5PA 1C6XA 3QAAA 3UDMA 3ER3E 5KR8A 1HIVA 4DJOA 3HDKA 3TOHA 5P3XA 2P3BB 4Y3QA 3EL5A 3NWXA 5ISJA 3EKXA 5P7TA 3EM3A 1F34A 5P37A 5P6CA 3OUCA 5P7JA 3OAGA 1ZSRA 5P55A 3VFBA 3QRMA 5JFPA 1FMUA 5P54A 1XE5A 4YD5A 2FXDA 4MC1A 3OXCA 1META 4GJ8A 2RKFA 3LZYA 3TLHA 3RTNA 5P7WA 3URIA 3VLAA 2AOGA 3QI1A 4HLAA 5OZ3A 5DQ5A 5P4TA 1GNMA 3KN0A 5P7HA 5P0TA 2HPFA 3PJ6A 3L3AA 4F74A 5C9FA 2FDEA 5P7PA 5P19A 5F00A 4RVIA 2G1SA 3OADB 2PQZA 3IAWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QU2 A;  5P2M A;  1W50 A;  4APE A;  4Y5K A;  1XS7 D;  2FGU A;  5P01 A;  2QI5 A;  2G21 A;  2IRZ A;  3HW1 A;  1VIK A;  4Y3D A;  4ZSP A;  2ZJJ A;  5P1B A;  5OYV A;  5P3D A;  1MES A;  4OD9 A;  3MXE A;  4OC6 B;  3L5D A;  4J0P A;  4BFB A;  5P2E A;  2ZDZ A;  2VIE A;  5P2B A;  2I1A A;  5HDZ A;  5C9D A;  5P8T A;  3SA3 A;  2PSV A;  5OZI A;  5P5C A;  2R3W A;  5OZ8 A;  4PEP A;  5P5L A;  4EP2 A;  2WKZ A;  4RYC A;  4DH6 A;  4ZIP A;  5P10 A;  4Q1W A;  3UDH A;  2QNQ A;  4Y48 A;  5P47 A;  1EC1 A;  5P0B A;  3S7L A;  1QS8 A;  4ZEA A;  5P7O A;  3UHL A;  4Q1Y A;  4PHV A;  1NPA A;  3APR E;  5P6B A;  4BEL A;  1AVF A;  2SAM A;  5P8L A;  2R3T A;  5P7V A;  2IEO A;  1FFF C;  3GGX A;  4LHH A;  5P6N A;  5P7I A;  3LZS A;  4FGX A;  2Z4O A;  5P5E A;  4I0D A;  1M4H A;  4CPQ A;  4XKX A;  3OHF A;  3PVK A;  5P58 A;  1EPP E;  5P0O A;  1BDR A;  3PWM A;  3UDN A;  1MT9 A;  2O4P A;  1EC2 A;  4Q5M A;  5P31 A;  3L5F A;  4R8Y A;  5P02 A;  2IDW A;  2G1Y A;  4Y9W A;  3SA9 A;  3PGI A;  3PCW A;  5P52 A;  2QHY A;  2ZHR A;  4ACX A;  2IKU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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