2P8HA

Crystal structure of human beta secretase complexed with inhibitor
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
391
structure length
379
Chain Sequence
RRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and Synthesis of 2,3,5-Substituted Imidazolidin-4-one Inhibitors of BACE-1.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 379
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2p8hA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2p8hA02
5P7UA 5OZEA 3D1YA 3ZMGA 3VCMA 2O4LA 4DV9A 4Y4WA 2PK6A 3LZSA 5P6MA 4AZYA 5COPA 3OQ7A 5P2EA 5OYZA 2Q55A 4RVJA 4Q5MA 5P1IA 5P7XA 3S85A 3ZKQA 1MRWA 5P0MA 4Y53A 4APRE 2FNSA 2F81A 1PFZA 2NTRA 5P2QA 4I10A 1EPRE 3VUCA 4FCOA 5P3WA 4X7IA 5DPZA 4YBFA 3CKPA 3OTSA 2PWRA 2VNNA 1BWBA 3PSUA 4Y3LA 2G1RA 5P6XA 2BJUA 1FQXA 4A6CA 5P5YA 5P06A 5P0KA 2QD7A 4YCYA 1T7JA 3AUPA 1TCXA 2AZ9A 4Y5AA 4DQFA 5P6KA 3OHFA 4M8YA 3EM6A 2OHMA 3BUGA 3KFRA 5OYTA 3QIHA 4FSLA 1XE5A 2P8HA 5I70A 3RTHA 1ZJ7A 5P4PA 3OQKA 4ER4E 6UPJA 4Y51A 4EHCA 2VA7A 4Y4UA 4OD9A 3FSMA 5P3JA 3QRMA 4ACXA 4LC7A 5P1KA 5P40A 3UDMA 1A8KA 5P1RA 3AIDA 1IIQA 2G1OA 3SM1A 1SIPA 3FV3A 2AVQA 5DR0A 4R92A 4Y5PA 2UY0A 5UPJA 2NR6A 5P7RA 1HWRA 1BIMA 3A2OA 4Y3PA 5P5NA 1EC1A 2Q15A 3QVIA 3ZKXA 3OUDA 2HS1A 1HPSA 3TOGA 1MPPA 3O9GA 4Y50A 5P6AA 5OZUA 5P5EA 4DUSA 5P54A 1HXBA 1M0BA 5P16A 5P25A 3D1ZA 5P0DA 1QDMA 1ENTE 4XX4A 1EPME 4IVTA 5I3VA 2IL2A 5FIVA 4OBFA 1Z8CA 3S54A 5P0SA 3DCRA 3NXEA 4Y3MA 1MERA 5SZ9A 8HVPA 3GI0A 3BVBA 4BELA 1MEUA 5ENKA 5P0WA 4Q1WA 5P3IA 2FXDA 2QNQA 3U6AA 3CYXA 3OQDA 1AJVA 3TOHA 5P7NA 4EJKA 2FNTA 2QZWA 4LXMA 5P3FA 5P1VA 1K6CA 4RCDA 1FFFC 2CENA 5P3QA 2PQZA 4QJ2A 5IE1A 3EL5A 1APTE 1FMUA 3PBZA 5P2YA 3UDYA 1CPIA 1N49A 3LZUA 5P5HA 1E81E 2R3WA 1ZPKA 4A4QA 4FIVA 3NDTA 5P5MA 5P77A 4MC6A 4DJXA 2VJ7A 2WF2A 2ASIA 5P5LA 1BDQA 5P43A 3SQFA 4YCKA 3QRSA 5P1XA 1D4SA 5DGWA 1HSGA 2ER6E 1QRPE 1QBUA 1T6EX 4CPXA 4J17A 4Y3SA 2I4XA 3O99A 3BGBA 5OZ8A 5OYVA 4CPRA 4ZSRA 5EZZA 1SMEA 1LZQA 1HVRA 2B7FA 1SBGA 5P8VA 3QBHA 1VIKA 3PI0A 3NU5A 2AVOA 4GJDA 3BGCA 3T7XA 2P3BB 5P2GA 2QZKA 5P2FA 4I0DA 4QJ7A 3QN8A 3O9EA 3IVIA 1SGUA 4GMIA 3HW1A 1APUE 2ER7E 1RNEA 1D4YA 5P2RA 3HVPA 5OZCA 5P8SA 5P81A 4YOAA 3WZ7A 1ODYA 2I4WA 5P78A 4I0EA 5P8NA 1RQ9A 2G26A 5P2WA 3ZOVA 3K4VC 4J55A 1W50A 5P4LA 1CZIE 4R95A 5J25A 2IDWA 3PWMA 5OZ2A 1TW7A 2P83A 1FG8C 4H3FA 5P72A 4CPQA 5KR1A 4XX3A 4AA9A 1MSMA 4GJ7A 5P20A 4Y6MA 5P68A 4FAFA 3Q3TA 3K5GA 1GVXA 5PEPA 4Y4EA 2O4KA 5P28A 4FSEA 5P08A 4XKXA 5HE4A 5P6CA 4Y43A 4DJVA 2AOCA 4EQJA 3OAGB 5P8KA 4CPSA 3PM4A 1EBZA 4HLAA 4Y3XA 5P3BA 4J5JA 1HIIA 3PHVA 3WB4A 3O9HA 5P6EA 1EPOE 3VYEA 3OK9A 4EP3A 3TPPA 5P6GA 1B6KA 1LYWA 2AVVA 4Y3FA 4L1AB 3EMYA 1PSAA 4YBIA 1B6MA 1EPQE 2PH6A 4R5NA 1EC0A 3DCKA 5SY3A 3S43B 4Y47A 2Q64A 2IGYA 5P67A 4KUPA 1M4HA 4QGIA 2V12C 4U7QA 4GJ8A 5P02A 1XN3A 1Q9PA 5AHCA 1OEXA 3DJKA 5P3DA 5P17A 3TPJA 3INFA 4Y4AA 2VKMA 3PCZA 5DGUA 1YG9A 5F00A 3G70A 1K1UA 5P1YA 2FGUA 1ODWA 1IZHA 3KF0A 5P8TA 4TRWA 3TOFA 2P3DA 2WHHA 5KQFA 1FGCC 5I3XA 2HPFA 5P6LA 4CPTA 2QMGA 1F7AA 4B0QA 4EQ0A 4ACUA 3DV1A 4NJTA 4KB9A 2QNPA 2AVMA 1KJ7A 5OZDA 4Y37A 2R43A 3SA8A 4HA5A 2MIPA 3R0WA 5P7WA 1HEGE 3RSXA 4DJRA 5P12A 2NMYA 3O9DA 4GJ5A 9HVPA 4QJ8A 4RVIA 1TSQA 2VA6A 3ER3E 5OZ4A 4RCEA 2QAKA 1W5VA 5P10A 3LPIA 1D4JA 5T4SA 3VG1A 4YA8A 3IXOA 3JVYA 4H1EA 5P3ZA 4FM6A 6FIVA 7UPJA 1RPIA 4HDBA 2VIYA 4Y54A 2IS0A 2ZJLA 5P45A 5P62A 2WJOA 5KOQA 4LP9A 2PH8A 4A6BA 5P11A 1FMXA 2RENA 5DR7A 2BKSA 1RV7A 2B7ZA 3NYGA 4I8WA 4YD4A 1FQ5A 1U8GA 4RYGA 5P0HA 2PK5A 3KN0A 2J9JB 2R9BA 5P7PA 3LITA 3LPJA 5P5OA 2Z4OA 5HE5A 3SABA 5OZLA 5P7AA 3APPA 1HTRB 5P4EA 5P5GA 1WBMA 1GNNA 2QI5A 5KAOA 3LIYA 5EZXA 5P47A 2QI0A 3S8IA 3NLSA 2WEDA 5OZIA 4Y3WA 5P2MA 2Q63A 3OU3A 4Y5KA 3PMYA 1B6JA 4YDFA 2ZJKA 2AVSA 5HU1A 2AZCA 5SY2A 1T7IA 3LIQA 5P0CA 5P56A 4UPJA 5P7GA 2QZLA 1EAGA 5P44A 3Q70A 3SA4A 1FEJC 1GNMA 1AM5A 5P61A 2ZHUA 4EJ8A 3ZLQA 3IN4A 3INDA 4JECA 2OHRA 3KDDA 5P7FA 5HDUA 4EJLA 3VFBA 4B1EA 2AOJA 3CKTA 5P0BA 2VS2A 1Z1RA 2WF1A 3EKVA 5P65A 5P4ZA 2ZHSA 3OGQA 4HDFA 4Y3AA 3L5CA 3PVKA 3IXKA 3UHLA 3ZKSA 4OBKA 2ER9E 3EKXA 3MSKA 4Y45A 1XDHA 5P8HA 3LNKA 5OZNA 2OF0A 1F34A 2WEZA 1FQ4A 2NXDA 4L7JA 3MXDA 1ER8E 1MTBA 3R0YA 2R5PA 1BXOA 1DMPA 3OUBA 5P0IA 5P3CA 3L58A 5KQXA 3SA7A 4CMSA 3DK1A 3PBDA 2BPXA 4I11A 4CKUA 5P7JA 4NPUA 5P4WA 5P6WA 5P3UA 1DW6C 1TCWA 4DQBA 1SMRA 1G6LA 1SGZA 5P22A 2F80A 3DUYA 3PMUA 2IRZA 2FDPA 1KJ4A 5P41A 4COEA 3TKGA 4Y9WA 2QMFA 1KZKA 1K6VA 5OZWA 1C70A 5E5KA 1PPKE 4QJAA 2QNNA 5P4DA 5P7KA 4N00A 2P3BA 1LF2A 1SDVA 4FM7A 5C9BA 5OZ3A 5OZSA 3BRAA 2BQVA 5P55A 2FXEA 5P6HA 4BEKA 5P4KA 2NXLA 4DJUA 4R93A 3NUOA 4ZPGA 1AZ5A 3D1XA 2APRA 2Q11A 2SAMA 2G20A 3OGPA 2WF0A 3F9QA 1T7KA 2I1AA 3L5BA 4Y4ZA 5P7IA 3N4LA 1QBSA 2V10C 3Q5HA 5P2VA 2WF4A 2QCIA 4Y3TA 1C6ZA 5HD0A 2QK5A 3PB5A 4YHQA 5KR2A 3N3IA 5APRE 4J0YA 4Y3QA 4Q1YA 3WSJA 5P30A 4Z2ZA 1HIVA 2G27A 5JFUA 5P3KA 2BPYA 5P0NA 4F74A 2V0ZC 3M9FA 3CIDA 5P8BA 3U7SA 3OXXA 5P03A 2BB9A 3SM2A 5P63A 3ST5A 3ZPTA 4J1CA 5P0VA 2H6SA 5OZOA 1HTFA 4DJYA 5OYQA 1SH9A 3EXOA 3GI6A 2R3TA 4ZPEA 4D8CA 3LIXA 4B00A 3OAGA 4DJOA 5P51A 5P8MA 1YX9A 2ER0E 2O4NA 4Y4BA 1FIVA 5P5CA 4FL8A 4YDGA 5P5QA 4GJAA 3H5BA 4DJWA 4L1AA 3CICA 3RU1A 3ER5E 1YTHA 1BILA 2OHLA 4Y5NA 5P7MA 2ZGAA 4I0HA 3K5DA 3S43A 5P8DA 3LHGA 3IAWA 4I0IA 3K5CA 1EBWA 1HOSA 3URIA 3UQPA 4QJ6A 1B11A 5P00A 2IGXA 2B8VA 4EPJA 2QP8A 5OYWA 3CYWA 4HVPA 2HM1A 4Y5CA 1GVTA 4EYRA 5P5VA 1T3RA 2VA5A 2UPJA 5P5AA 1UH9A 1HVLA 5P2IA 2VIZA 3LZVA 5HTZA 4EJDA 1HVHA 1LS5A 2B42A 2HB2A 3Q4BA 2AZ8A 5OZBA 4RYCA 3BUFA 3SKFA 1APVE 3UDNA 5P2CA 3NDUA 3UTLA 5P1QA 2G1NA 4EWOA 1M43A 1EPLE 5P46A 3PRSA 4Q1XA 2V13A 3VEUA 5P70A 3R2FA 4Y3JA 5P6DA 5P7EA 5P0RA 2RKFA 1AAQA 1ZSRA 4Y39A 1SDTA 1K2BA 3Q6YA 4TVGA 5P5IA 1LF4A 4MC9A 3PI5A 5P6NA 4YD3A 5P6ZA 4J0TA 5BWYA 1ZLFA 5P8AA 5OZZA 3K5FA 3FKTA 5P33A 1ZSFA 5P6JA 4J1HA 4YD6A 3MSLA 5P0TA 2J9JA 4FLGA 2ZHRA 2BPZA 2NMZA 5P3MA 4DH6A 3HAWA 2JJIA 5P1ZA 3OU4B 5OZKA 5C9FA 2NPHA 3K4VA 1HBVA 4DFGA 3EKYA 5ISJA 2QU3A 3SPKA 3PCWA 2QI6A 5P6PA 4H3IA 2QMDA 5OZHA 2F8GA 5P3TA 1D4IA 5P23A 3NWQA 3I2LA 5AH7A 2HC0A 4J1KA 4GJBA 5HDVA 1BV9A 3IN3A 5P32A 3RVIA 3OUCA 7HVPA 4E43A 4L6BA 3O9IA 2AOFA 3GGAA 3MWSA 5P39A 2R38A 4ER2E 4CPUA 5DR8A 3MXEA 5P0PA 2J9KA 4Q1NA 1QS8A 3QBFA 3KYRA 2QI1A 1NH0A 5P4NA 5OZRA 3O9BA 2AOGA 1UH7A 4RROA 2Q5KA 5P4VA 5P2OA 5P4UA 2OHKA 4L7HA 5P57A 4DVFA 3SA3A 1TZSA 1APWE 2WEBA 3TNEA 5P89A 5P1UA 4IVSA 2P3CA 2ZJMA 1B5FB 4BFDA 4EP2A 1HXWA 1C6YA 5P5FA 4R8YA 2QHZA 5P31A 3IA9A 4NPTA 2A4FA 1HVIA 3B7VA 4NJUA 4B1DA 1K6TA 5P69A 3HVGA 1ZAPA 4Y41A 3SFCA 4DPFA 2QZXA 3FNTA 4HZTA 5OYSA 1YTGA 2UXZA 5P2JA 3VV8A 3BXRA 5OZ9A 1IZEA 3S7LA 3I6OA 3OUAA 4Y3YA 5P18A 2XFKA 3DOXA 3INHA 1Z1HA 2JYSA 2HPEA 3KDCA 3UQWA 2OHNA 3HAUA 4MC2A 3LPKA 4J54A 4DQGA 3WB5A 5P5BA 4AA8A 4ZPFA 3EBZA 1UH8A 5P5RA 5P87A 3B80A 4K4PA 1PPLE 4ZSQA 3ZKGA 4CP7A 4Y5EA 3UF3A 4I12A 4Y4TA 4YE3A 5P1CA 2R5QA 3EM3A 3SA5A 2BPVA 5ER1E 1EBKC 3UDQA 4PZXA 1HSIA 2ZDZA 4Y3DA 2AOEA 3DV5A 4D85A 2G69A 3VYFA 3U71A 3URJA 1HVKA 2NNKA 4KE1A 1K1TA 2ZHVA 3EC0A 4Y4JA 4WTUA 4B78A 2AQUA 1LV1A 4TVHA 5P1SA 5OZ1A 2JJJA 4Y3NA 1SIVA 1FMBA 2OHPA 5KR0A 5P4CA 4J1IA 2NNPA 5OZFA 5P37A 5P2SA 3S56A 5P13A 3SACA 3KT5A 5P14A 1EBYA 3OHHA 5P4AA 3VSXA 1IDAA 5P1HA 5P8EA 2WL0A 5P2KA 5AH6A 5P6SA 4B05A 3EL4A 1ZP8A 5P3LA 3TPRA 2PSUA 3UQRA 5P05A 1MSNA 5P76A 3OTYA 5P7VA 3ZL7A 2B60A 3VV6A 1FF0C 3OXCA 3BVAA 3O9LB 2H6TA 4U8WA 3EKQA 2P3AA 5IVRA 3KFNA 2OHTA 5P7QA 4FM8A 3SA9A 1E82E 5P7LA 4AUCA 1D4KA 2HIZA 2V16C 4DJQA 2HB3A 3FIVA 3QS1A 2PYMA 1QBRA 5OYXA 5P0FA 3JW2A 1ODXA 3OADB 5P7DA 3D91A 3TKWA 5P2HA 3OQFA 4Y4DA 1META 4LXAA 4L7GA 3VV7A 4B70A 4QJ9A 5P1DA 5P24A 1AJXA 1UPJA 3G72A 4LL3A 3HDKA 1FG6C 4RRSA 1MIQA 1FQ7A 4FGXA 5P15A 3OXWA 3NU9A 5BS4A 3EKPA 3SKGA 4FRIA 2WEAA 3NUJA 3T7PA 5P2XA 3CKRA 2PWCA 3D3TA 1E80E 4Y3EA 3KMXA 1LYAA 3VF7A 2OAHA 2JXRA 5P7BA 1PPME 3DM6A 4K4QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7U A;  5OZE A;  3D1Y A;  3ZMG A;  3VCM A;  2O4L A;  4DV9 A;  4Y4W A;  2PK6 A;  3LZS A;  5P6M A;  4AZY A;  5COP A;  3OQ7 A;  5P2E A;  5OYZ A;  2Q55 A;  4RVJ A;  4Q5M A;  5P1I A;  5P7X A;  3S85 A;  3ZKQ A;  1MRW A;  5P0M A;  4Y53 A;  4APR E;  2FNS A;  2F81 A;  1PFZ A;  2NTR A;  5P2Q A;  4I10 A;  1EPR E;  3VUC A;  4FCO A;  5P3W A;  4X7I A;  5DPZ A;  4YBF A;  3CKP A;  3OTS A;  2PWR A;  2VNN A;  1BWB A;  3PSU A;  4Y3L A;  2G1R A;  5P6X A;  2BJU A;  1FQX A;  4A6C A;  5P5Y A;  5P06 A;  5P0K A;  2QD7 A;  4YCY A;  1T7J A;  3AUP A;  1TCX A;  2AZ9 A;  4Y5A A;  4DQF A;  5P6K A;  3OHF A;  4M8Y A;  3EM6 A;  2OHM A;  3BUG A;  3KFR A;  5OYT A;  3QIH A;  4FSL A;  1XE5 A;  2P8H A;  5I70 A;  3RTH A;  1ZJ7 A;  5P4P A;  3OQK A;  4ER4 E;  6UPJ A;  4Y51 A;  4EHC A;  2VA7 A;  4Y4U A;  4OD9 A;  3FSM A;  5P3J A;  3QRM A;  4ACX A;  4LC7 A;  5P1K A;  5P40 A;  3UDM A;  1A8K A;  5P1R A;  3AID A;  1IIQ A;  2G1O A;  3SM1 A;  1SIP A;  3FV3 A;  2AVQ A;  5DR0 A;  4R92 A;  4Y5P A;  2UY0 A;  5UPJ A;  2NR6 A;  5P7R A;  1HWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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