2PYMA

Hiv-1 pr mutant in complex with nelfinavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGAWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pymA00
1XN3A 2QI5A 5P1FA 5FIVA 5OZPA 5P6XA 4ZLSA 3KF0A 4XX3A 4I0FA 3ZL7A 3OWNA 5P1VA 4Y43A 4RCEA 1QRPE 1MRXA 3EMYA 5I3WA 2UPJA 3O9GA 4DV9A 4Y5MA 3CIDA 1FMXA 4Y5CA 3TKWA 1EC2A 3OAGB 5P5CA 3LHGA 3HAWA 5P7UA 5P6PA 4OBZA 1MRWA 5P8LA 1SBGA 4S1GA 3PMUA 5OZJA 4B72A 5OYWA 4TVGA 4I0IA 2AOGA 3PRSA 1BDRA 3FKTA 3UQPA 2V12C 5KAOA 5P0BA 2QI4A 3EXOA 1BWAA 2XFJA 5DQ4A 5P4JA 3VV7A 4CPQA 5P4IA 5KQFA 5P89A 3OQKA 5P8JA 4A4QA 4CPUA 2OHKA 4LL3A 5P7GA 1HVKA 5KR8A 5P23A 5P00A 2ANLA 1BDQA 3R2FA 4K4QA 4WTUA 2PWCA 5P3IA 1W6IA 5P0XA 1A30A 5OZRA 5OYSA 4F74A 5IVTA 3OQFA 1MSMA 5P80A 4Y51A 3I8WA 4XKXA 3TOHA 2BPZA 5P3YA 1B6LA 5AH6A 4U7VA 1SGUA 3BVAA 4QJ9A 5P5NA 1BV7A 4WY1A 2Q15A 5P5EA 4J1CA 3HAUA 3BUHA 2B8VA 5P7MA 4Y3XA 5DR1A 5P7WA 2WEBA 2PK6A 5OYUA 1IZDA 2UY0A 2FMBA 6APRE 2JJIA 4DJYA 1K1TA 2P4JA 3UF3A 4Y5PA 5P8FA 2FXEA 4Y5AA 1N49A 3PCZA 1SMEA 2ZJLA 3QBHA 2OAHA 2BKTA 4Y36A 3RU1A 2ER7E 1DPJA 4M8YA 1MEUA 4D88A 4YD7A 3EL5A 2IDWA 3KFPA 1LYWA 2I4DA 5P5RA 1NPVA 3BUFA 1A8GA 5P63A 4J0TA 4ZEAA 5KQYA 2OHQA 3QPJA 5P4LA 4DH6A 3K5FA 5P4OA 4I8ZA 2OHNA 5AGZA 5P11A 2VNMA 5P5ZA 3PI0A 4DUSA 4I0EA 2IS0A 3NU9A 7HVPA 5HU1A 3VG1A 4B0QA 1AAQA 5ISJA 4OBDA 2B60A 5OZTA 3DUYA 5KQZA 1PFZA 2P83A 2QD7A 1FIVA 3INFA 3BGCA 3BHEA 1HXBA 5P0UA 5P5DA 1ZPKA 4FSEA 1HIVA 5OZKA 3KT5A 5P5OA 5P34A 4DQFA 5P4RA 5P78A 1UPJA 5P5LA 3T7PA 1UH7A 5P51A 4DFGA 2I0DA 4MC6A 5P3JA 5P3QA 3S85A 1KJFA 5P8RA 3UHLA 4WY6A 5P25A 3VLBA 4JPEA 2PMAA 1FF0C 3ZKNA 5P6IA 1DW6C 5P3KA 3S53A 1AJVA 5P8VA 3T7QA 2NXDA 4Y54A 4Y5EA 1DAZC 1HTRB 4NJSA 5P5TA 5OZSA 1D4LA 3VLAA 5P1BA 2QI7A 5OZCA 3CYXA 3ZKIA 3PLLA 4DJWA 5P0PA 2CENA 5B18A 1BILA 3FNUA 5P0NA 5IVRA 3F9QA 1APVE 4Y3NA 7UPJA 3T3CA 2V13A 1W50A 3QAAA 2BQVA 3BXSA 2G94A 2WF1A 3PGIA 5P1EA 3L5DA 3WB4A 5DR7A 5BS4A 1RL8A 2Q54A 4QJ7A 1W5WA 3ZKQA 5HCOA 1SMRA 5HTZA 3KDBA 4J0PA 1MT7A 5P0HA 3EL4A 1EC3A 4H3JA 1T3RA 2ZJHA 2F3FA 5P2KA 4Y4GA 1D4KA 9HVPA 4EYRA 3NYGA 4XX4A 5P8IA 5P5PA 5JODA 3PBDA 4D85A 1ME6A 3WZ8A 3D1XA 3EC0A 5P5SA 3S2OA 1EC0A 2QNNA 4I0ZA 5P7FA 1IZHA 5F01A 3TTPA 4ZPFA 1G0VA 2FLEA 3D20A 3VEUA 3NLSA 4HVPA 3LPIA 2F3KA 5P8UA 2AOFA 5OYXA 5P0EA 5P0MA 4F73A 2QD8A 3LIYA 3HD8A 3LZYA 5P7TA 5P2WA 2R5PA 2AOEA 3ER5E 1T7KA 4EJLA 2AZBA 2ZHTA 3OXVA 3R0YA 2VA7A 5P1AA 4Z22A 5P8BA 4Y3YA 5P3XA 2HS1A 3LIXA 4YDGA 1PROA 2AZCA 5AH8A 1TW7A 3BUGA 1MSNA 3URJA 3PM4A 4Y4EA 2J9KA 1XN2A 3S56A 3Q3TA 3OOZA 5P5XA 1FQ4A 1T6GA 3DJKA 4QGIA 5P73A 5P6UA 1MUIA 3GI6A 5P7CA 4FCOA 5P3ZA 2ER9E 5P77A 1XE6A 4J1IA 3HBOA 5P7XA 2H6TA 4ZSPA 4AZYA 5P1DA 5P7IA 4Y3LA 5P2RA 3AUPA 3QVIA 3EKPA 4DPFA 4YD3A 2QAKA 2HB4A 4PYVA 4YDFA 5P19A 5EZXA 5P59A 3TOFA 4Y37A 5P6SA 4ER1E 4FIVA 4Y3WA 1EBYA 5P2XA 2R5QA 5P0JA 3OXWA 1QBRA 3MSKA 2PSUA 3OU4B 3FNSA 2A4FA 4CPWA 5P5GA 5P38A 1AIDA 3SACA 3SM2A 2R43A 4FAFA 2AZ8A 4YCKA 2VIEA 1E81E 4RCFA 1FGCC 5P8AA 2NMZA 1W51A 4ZPEA 3SAAA 3MXEA 3FX5A 5AHBA 3IN4A 5OZNA 3TKGA 4YCYA 2WJOA 4HDFA 4Y48A 3GW5A 5DR8A 1XL5A 2AVOA 4B05A 1WBMA 4AA9A 5DR0A 5P7LA 3N3IA 2FNTA 4TVHA 1EEDP 5P6BA 4KB9A 3VV6A 4J54A 4LHHA 2PQZA 5P0WA 2JXRA 3D3TA 2RSPA 3RVIA 3OADB 5P8CA 3LZUA 4DQBA 3NWQA 2VJ7A 3UPJA 1Z8CA 5P8QA 4L7HA 4U8WA 5P7EA 1U8GA 4YOBA 3EKQA 1ZTZA 2CEJA 5P7VA 5P5JA 4Y3DA 5P6OA 3VFBA 5P1XA 1M0BA 3OQ7A 1TCWA 2QCIA 1XS7D 2Q3KA 2VA6A 2BPYA 2XYFA 1LF3A 5OZYA 4K4RA 1FMUA 4JECA 3OU1B 4R92A 4B1EA 2V10C 1FB7A 1K6TA 4K4PA 5P6AA 4Y47A 4MC1A 3EKWA 5P2MA 2APRA 4FRSA 1T7JA 4YE3A 3PWMA 5P49A 3LZSA 1BDLA 2I4XA 1FG8C 1FFFC 4Y58A 3NU4A 1KJHA 4OC6A 4FM8A 2BBBA 1NH0A 1GVWA 5DQCA 2HB2A 4F76A 2F8GA 1PSNA 1EPOE 4GJBA 5P7PA 5P0ZA 4Y44A 5P4PA 5P5WA 4LP9A 2FDPA 1KJGA 4Y6MA 1ZP8A 3I6OA 2PH6A 2RKFA 4TRYA 3EM6A 5P02A 4Q5MA 4Q1NA 4Z50A 2HPEA 5OZ1A 3VYFA 1IDAA 1B6MA 3SLZA 3QRMA 2QZLA 1FQ7A 4DJXA 5P7JA 2AVSA 2WKZA 3O9BA 4A6BA 5P3VA 5P0QA 3SM1A 5P32A 3VF7A 3EM3A 3TLHA 3MXDA 2HM1A 1RPIA 4FLGA 4PEPA 4FM6A 5P7ZA 3QS1A 5P14A 1A8KA 5P1LA 4AUCA 3UDJA 4Y4DA 5I3XA 4KE1A 5T4SA 3INDA 2PH8A 3L5FA 4J55A 2ZJMA 1HVHA 3LIZA 1ENTE 1E5OE 2V11C 3I25A 5P5IA 4Y4JA 3FNTA 4ACUA 1HPSA 1TCXA 3SA9A 2WECA 5P8NA 5P4FA 3HW1A 4M8XA 5P26A 4EWOA 5P2QA 5P41A 2IGYA 3D1YA 4H3FA 1W5VA 4Y4UA 5OZEA 5P1TA 5C9BA 1BWBA 2NNKA 4H3IA 4APEA 3Q5HA 3BGBA 5P8PA 5P39A 5P4XA 4FAEA 5P0RA 1EBKC 4Z2ZA 1DMPA 3S7MA 4R95A 3TOGA 5P3GA 5DR3A 2QMDA 3EBZA 4YD6A 5P1NA 2BB9A 4DVFA 1LYBA 5E5JA 3PWRA 4Y4BA 5OZMA 4Y4TA 1NPAA 3WZ6A 4I0DA 2OHUA 3KA2A 4CP7A 1D4IA 1HHPA 4MC2A 4KE0A 5P7AA 4Y4AA 5P03A 5P2UA 3L59A 3NSHA 1B6JA 3UQRA 5AH9A 5P4SA 2Q63A 5P4WA 3EL1A 3OU1A 5HCTA 1W5XA 3O9CA 3SA3A 3PCWA 4F75A 2QI1A 1IVQA 1BIMA 3MSLA 3RTNA 1GVUA 2BJUA 5P4KA 3U7SA 1APTE 5P50A 2PSVA 4Y3PA 2G1NA 5KOSA 5P3CA 3ZPSA 5P8HA 5P0SA 2Q5KA 3HDKA 3SABA 5P31A 2G22A 4I0HA 5P4DA 2IQGA 3G6ZA 3QRSA 3R1GB 1HEGE 5OZ8A 5P29A 3OQDA 3UDQA 4HEGA 3UTLA 4LBTA 3O9HA 5DQ1A 4GMIA 3R0WA 1SDUA 2ZJNA 3L5EA 4GJAA 2HPFA 5TOLA 3L3AA 5P06A 3KMXA 1EAGA 2HIZA 5P1OA 1EPPE 1APWE 1K2BA 4Y38A 2UXZA 2O4KA 3L5BA 4Y3SA 1T6EX 4IVSA 1PPLE 4Z4XA 1LYAA 3DV1A 4ER4E 2NXMA 4CKUA 4D8CA 3SO9A 1ZBGA 5ER1E 2B42A 2IEOA 2NTRA 5P5KA 4PHVA 5P0AA 1ODYA 3K5DA 1WBKA 3ZMGA 3DV5A 1HVRA 5P7DA 3UQXA 3SA8A 3SA7A 4Y53A 4EHCA 4GJ8A 3Q70A 3FIVA 5P84A 1G6LA 3QVCA 4LXAA 2FDDA 5P30A 4I12A 2ZYEA 2ZDZA 2G1RA 2QD6A 1EBWA 4DI2A 5P68A 4YBFA 5P1HA 1XDHA 5P1IA 1E80E 4OD9B 3UDRA 5KOQA 2ER6E 5P8GA 5OZOA 1MT8A 2G1YA 3O9DA 4HE9A 3OAGA 4CPSA 3SFCA 2VJ6A 5P2GA 2WF4A 3I2LA 1D4SA 3Q4BA 3VSXA 5SZ9A 3NXEA 2AQUA 1YT9A 3NDTA 2R8NA 5P5FA 1HIIA 5BWYA 3H5BA 4GJ6A 5J25A 5P6JA 4LXMA 5P7BA 2OF0A 3EKVA 5DQ2A 5P6FA 3NDXA 5P05A 5UPJA 2ZJIA 5P48A 3WZ7A 4FE6A 2OHSA 3OUCA 5P1KA 2FS4A 5P0IA 2JYSA 3T11A 5P65A 3GGUA 1EPNE 3OOTA 4Y5GA 1C6ZA 2IL2A 1SIVA 5P76A 4DJOA 3U71A 3G72A 5P4TA 4EXHA 2QZXA 3RTMA 3RTHA 3URIA 3S43B 4Y5NA 5P5UA 2AVQA 2G24A 5P3AA 1AJXA 4KUPA 2WEDA 5HU0A 3IVHA 4CMSA 1ZAPA 3WB5A 5P2YA 4XXSA 1EC1A 1C6YA 5P1RA 1TSQA 2VJ9A 4EP2A 4Y5LA 4DQCA 5P5HA 5HVPA 5P0DA 3GI4A 1A9MA 4OBKA 1WKRA 2WF2A 4NJVA 4ER2E 5P79A 1FG6C 2FGUA 1GKTA 3FSMA 5JG1A 4EQ0A 2F81A 1D4JA 2JE4A 5OZIA 4Y5KA 5P6DA 3NDUA 4RYCA 3IN3A 2G1OA 2P3BB 3KMYA 3CKTA 1AZ5A 1YTHA 3BXRA 1PSAA 4H3GA 2ZGAA 3LITA 5P5YA 5OYZA 1YM4A 5P6VA 4GYEA 3OUAA 2J9JB 4NKKA 4R93A 2B7FA 3S8IA 2AOCA 5P4VA 1FMBA 5P3SA 3LPKA 5P2TA 4HDPA 2FIVA 1HVCA 5COPA 3IGBA 3HLOA 3NDWA 5P1CA 2I4WA 1OEWA 4NJUA 2IGXA 2ZJKA 4GJ9A 5ER2E 3LIVA 4GIDA 5P3EA 3ZPUA 3UFNA 3TPRA 1GNNA 5DGWA 5P40A 3OTYA 5P8SA 3UDPA 1RNEA 4E43A 3KFNA 4ZE6A 1AVFA 5P0CA 5P6TA 5P1JA 5P4BA 3EKTA 4CPTA 1HVSA 5P17A 2JJJA 2VIYA 1RV7A 1LZQA 4DQHA 3ZKMA 2IENA 5OZ2A 1NSOA 3UDYA 1FQ8A 5P6LA 5P2EA 2VIJA 4JP9A 3EL9A 1FLHA 5HE7A 1HOSA 4B00A 3PSUA 5P2CA 1LS5A 5I70A 5OZVA 1QBTA 3OUDB 1HBVA 5P6WA 2CEMA 5P5QA 3QN8A 3PBZA 5P66A 5P28A 5P4ZA 3EL0A 5P2IA 5P1QA 3APRE 5JFUA 4DQGA 2R38A 3LZVA 2AOJA 5AHCA 1F7AA 1GNMA 1HPXA 3U6AA 1B5FB 1FQ6A 1VIKA 3EM4A 1PSOE 4DJVA 4Y35A 5P15A 5OZHA 4TRZA 1MT9A 5BRYA 1W6HA 4Y3GA 5P4NA 3QRVA 5P2OA 3S45A 1XL2A 5P3NA 5P43A 5P3RA 4X7IA 5AH7A 2BPVA 5C9DA 4HZTA 2QMGA 3OGPA 3PVKA 5IS4A 5P3UA 4FS4A 4UPJA 5OZWA 3O9AA 5P8EA 1SDVA 1UH9A 5P5VA 4J1HA 4FRJA 4YCTA 5P27A 3ER3E 5P7HA 5P6NA 5OZLA 3K5GA 1K6CA 3TNEA 2I4QA 3QBFA 5P36A 4BFDA 3CYWA 4FRKA 1KJ7A 5P60A 4OBZB 5P85A 3OY4A 4Y3RA 5P64A 1F34A 3SA4A 5P58A 2BPWA 3VF5A 1SH9A 1HSIA 4RVXA 5P2HA 3VYDA 5P61A 5P4UA 1HPVA 2VIZA 1GVTA 5P0KA 2QHYA 5P4YA 5P62A 5P8MA 2P3BA 5F00A 3S54A 1C70A 3K4VA 5P83A 3URLA 3NU5A 2QI0A 5HDUA 3ZOVA 4TRWA 1QBSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XN3 A;  2QI5 A;  5P1F A;  5FIV A;  5OZP A;  5P6X A;  4ZLS A;  3KF0 A;  4XX3 A;  4I0F A;  3ZL7 A;  3OWN A;  5P1V A;  4Y43 A;  4RCE A;  1QRP E;  1MRX A;  3EMY A;  5I3W A;  2UPJ A;  3O9G A;  4DV9 A;  4Y5M A;  3CID A;  1FMX A;  4Y5C A;  3TKW A;  1EC2 A;  3OAG B;  5P5C A;  3LHG A;  3HAW A;  5P7U A;  5P6P A;  4OBZ A;  1MRW A;  5P8L A;  1SBG A;  4S1G A;  3PMU A;  5OZJ A;  4B72 A;  5OYW A;  4TVG A;  4I0I A;  2AOG A;  3PRS A;  1BDR A;  3FKT A;  3UQP A;  2V12 C;  5KAO A;  5P0B A;  2QI4 A;  3EXO A;  1BWA A;  2XFJ A;  5DQ4 A;  5P4J A;  3VV7 A;  4CPQ A;  5P4I A;  5KQF A;  5P89 A;  3OQK A;  5P8J A;  4A4Q A;  4CPU A;  2OHK A;  4LL3 A;  5P7G A;  1HVK A;  5KR8 A;  5P23 A;  5P00 A;  2ANL A;  1BDQ A;  3R2F A;  4K4Q A;  4WTU A;  2PWC A;  5P3I A;  1W6I A;  5P0X A;  1A30 A;  5OZR A;  5OYS A;  4F74 A;  5IVT A;  3OQF A;  1MSM A;  5P80 A;  4Y51 A;  3I8W A;  4XKX A;  3TOH A;  2BPZ A;  5P3Y A;  1B6L A;  5AH6 A;  4U7V A;  1SGU A;  3BVA A;  4QJ9 A;  5P5N A;  1BV7 A;  4WY1 A;  2Q15 A;  5P5E A;  4J1C A;  3HAU A;  3BUH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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