4I11A

Structure-based design of novel dihydroisoquinoline bace-1 inhibitors that do not engage the catalytic aspartates.
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
403
structure length
397
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure-based design of novel dihydroisoquinoline BACE-1 inhibitors that do not engage the catalytic aspartates.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 397
sequence length 403
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i11A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i11A02
2AZCA 3ZKGA 3T3CA 2WF4A 4YD6A 4OC6A 4OC6B 1SBGA 5OZSA 3GI5A 1BV9A 1XN3A 2R5PA 3T7XA 1DIFA 3PGIA 4CP7A 4IVSA 4Q5MA 4YBIA 5P3LA 3OUAA 1DW6C 5DQ4A 4Q1YA 1AJXA 2HC0A 2XFIA 1QBUA 1GVWA 4GJ9A 3CIBA 4LXAA 5P7BA 2JE4A 2QZLA 5I3WA 5P5TA 5P86A 3ZOVA 5P4ZA 2QK5A 1HSIA 5P4JA 1LZQA 3BUFA 4LBTA 5OZ9A 5P2RA 5P0QA 5P4FA 4DQFA 1C6ZA 5P07A 4RRNA 4Y57A 3AIDA 2PSGA 4PEPA 3PBDA 4PYVA 3UQPA 3K5DA 4GJ5A 1D4HA 4Y5MA 4EP3A 3EL1A 5ISJA 2AZBA 1ENTE 5P26A 2CEJA 2QNNA 3Q5HA 5P6RA 1AVFA 3LNKA 5P8KA 2AIDA 1HHPA 5P5UA 5P39A 1DP5A 5P5JA 3SQFA 4DQHA 4JOOA 2ZJNA 3KFNA 5P42A 5P6HA 5P3IA 1ODYA 2VJ7A 6UPJA 1AZ5A 4TRYA 2VS2A 2VIYA 4B0QA 1SMRA 5P44A 4EYRA 4I0EA 3APRE 4YA8A 5P4EA 5P7GA 2CEMA 1D4LA 2I0DA 3H0BA 3LZSA 3ZKNA 4DJUA 2Q15A 3OOTA 3I6OA 3PCZA 3TPPA 3OU1A 4DJPA 2VA6A 4Y5KA 1ZLFA 3PSUA 5P0JA 1BVEA 4I1CA 5P61A 5KAOA 5CLMA 2WEAA 3HD8A 5P4SA 2QI0A 4Y58A 3OADB 4YCKA 2Q63A 4ZSRA 4KE1A 2QD8A 4EJKA 4OBHA 3G72A 5P4KA 3SLZA 3QPJA 1K2BA 2AODA 4OBKA 1OEWA 1K1TA 5P63A 5P55A 4J1IA 3H5BA 3VYDA 3EKXA 4LAPA 2QZXA 1AJVA 3OOZA 1VIJA 4Y3LA 5P06A 4GZFA 5P5BA 5P6GA 3KF0A 5P2BA 3LITA 4A6CA 5P2XA 4FGXA 4J1KA 5UPJA 1HTRB 1IZIA 4D8CA 2OHUA 2G26A 3D91A 1ER8E 1HIHA 5P2WA 5KOQA 1DAZC 2FMBA 3WB4A 3UDRA 5OZOA 3ZPUA 1WBMA 5OZ6A 5OZ2A 2ER0E 4RCDA 1HEGE 1LYAA 2PK6A 4EPJA 1LYAB 5P18A 5P8FA 4PZXA 5P6PA 5P57A 3CMSA 2B8LA 2Q55A 5OYTA 3VYEA 4R93A 4B00A 3HVPA 5P8UA 1K1UA 5P85A 5P4CA 4Y5PA 4FS4A 5P28A 3EL0A 5OZKA 5P4PA 1LYBA 3L3AA 3R4BA 3UDMA 3VV7A 1DMPA 1IZHA 1GVTA 5P49A 4ER4E 2F80A 2HIZA 4Y3YA 1MT9A 2NR6A 2NMYA 4FM6A 2OHRA 3PI5A 3L5BA 3HAWA 4WY1A 5P8OA 2R38A 5OZLA 4WTUA 5P09A 1FG6C 1BXOA 5HCOA 1W5WA 3OAGA 3PLLA 3OAGB 5P3QA 5P04A 2WEZA 4M8YA 5P71A 1NSOA 5P0DA 3HLOA 3EKYA 5P6IA 5OZUA 3NUJA 2J9JA 5P7WA 5P1TA 4Y48A 3F9QA 3OTYA 3NWQA 5P3KA 5P80A 1HOSA 5P5ZA 4F73A 5T4SA 3QRVA 5P2DA 3G6ZA 4XX3A 5HU1A 5OZ3A 3VV8A 5P76A 5P2SA 3NU6A 2FLEA 4D83A 5P7UA 4BEKA 5OZYA 3VFBA 2BPVA 2Q5KA 4YD7A 3PCWA 4X2LA 3BUGA 5P3RA 5HE5A 1DPJA 3PB5A 2QU3A 1UH9A 5P5PA 3SAAA 2A1EA 4NPTA 2RKFA 5HU0A 1HRNA 3O9BA 2VNMA 1FQ7A 4L1AA 4Y41A 5P3FA 2ER9E 3UDNA 3EKVA 2UY0A 5OYWA 2OHSA 5B18A 1YTJA 5P6CA 5P25A 3Q6YA 3OU3A 1UH8A 4FM8A 4F76A 1ZPAA 5P1UA 5KR8A 1KZKA 1HXBA 5P7OA 3KDCA 1IVPA 2Z4OA 3ZKQA 5HDZA 2QD7A 3WZ6A 3B80A 3WZ8A 5P1VA 1MIQA 3R2FA 1T6GA 1IDAA 5P0BA 5P6VA 3TPJA 4GJAA 3NUOA 2PK5A 5DR1A 4GJDA 5P24A 3T11A 2R9BA 4Y36A 5P89A 2SAMA 3KT2A 3TH9A 1LYWA 1M0BA 1LYWB 1XE5A 3TPLA 2BPZA 2BPYA 2FNTA 5P88A 4YD5A 1K6TA 4FAFA 2OAHA 2RSPA 2QI5A 4U7QA 1GNMA 5P53A 1HIIA 6FIVA 2NXDA 5P1KA 2IGYA 4LL3A 3NXEA 2ZHUA 2FDDA 5P35A 1T7KA 3ZLQA 5P7CA 4R8YA 3PLDA 5BS4A 1GNOA 4I8WA 3VYFA 5P08A 4ZEAA 3OQFA 3TOHA 3VV6A 1MUIA 5P3UA 4Y3WA 2OHMA 3JVYA 5P3NA 1YM2A 3LHGA 5P1IA 2G21A 3PM4A 5P4IA 1YM4A 4DI2A 3ZMGA 3OK9A 1MESA 5P7XA 4ZPEA 2O4SA 4Y4UA 5P7AA 4FRKA 5P17A 2AVQA 5P1XA 4EP2A 4RRSA 3FSMA 4RCFA 1QRPE 2VKMA 2OHQA 3ER5E 4B70A 3O9AA 2AVMA 5P2GA 4RCEA 4FE6A 3QS1A 1BIMA 5ENMA 4FIVA 3JW2A 4A6BA 1A94A 2APRA 2WJOA 4HDFA 4E43A 1SIPA 3OUCA 1HPSA 3T7QA 3KT5A 3NDUA 3DM6A 3PVKA 5DGWA 1N49A 4NJUA 5AGZA 5OZFA 1TQFA 3EKQA 1EC0A 2I4QA 1SDVA 5P6BA 1LF4A 1KJGA 5P6XA 4DUSA 3OXCA 1FB7A 2V00A 5P13A 2JYSA 5OZMA 4CPUA 1YTGA 5P0CA 1B5FA 5P77A 1B5FB 4Y3XA 3SACA 5DQ1A 5DR0A 4Y3GA 3PRSA 3VLBA 3S53A 2VIEA 4DJXA 3LIZA 5P6YA 4Y4WA 5P8PA 3UFLA 5P7DA 3UDKA 2XYFA 5P2KA 2P8HA 4CPSA 4DQBA 3QAAA 4JPEA 1BV7A 3LPIA 1XN2A 1GKTA 1A8KA 5OZ4A 4Y38A 1MSNA 3OXXA 1ZJ7A 1ZTZA 4Y3MA 5HDVA 3EL5A 3KMXA 3KFPA 5P3YA 3O9EA 3CYWA 3L5DA 4YOAA 2IDWA 3K5GA 2OHKA 1TCXA 5P47A 5OZZA 4QLHA 5P7MA 3DCRA 2B8VA 3URLA 1EBWA 1APVE 5P7IA 3Q4BA 4Y3PA 4Y4BA 1MT7A 4H1EA 3PHVA 4K4PA 4L7JA 3U7SA 2XFKA 4J0PA 5KQFA 2FXDA 3FV3A 5F01A 5P11A 3MSLA 3PSYA 4J1EA 3FIVA 3IA9A 1MEUA 2F3FA 5P7KA 4KUPA 1TSQA 5COOA 5CONA 3UDYA 5HTZA 5OZQA 5P3JA 5P5AA 1G6LA 2QZKA 3RSXA 4N00A 3VF3A 4J55A 4I8ZA 4Y3HA 3TLHA 4RGHA 5ER1E 4COEA 5P4AA 3O9LA 2I0AA 5P0RA 3HVGA 5P38A 5P3HA 2I4UA 5P41A 5P6KA 4IVTA 1TZSA 3L59A 1W6IA 3TTPA 5P1FA 5P8DA 1HIVA 3EBZA 1HVRA 5P1YA 4AA9A 5P2QA 4WY6A 2XYEA 2BQVA 4RYCA 1K6CA 2G69A 5P0AA 1PPLE 4I0FA 3D1ZA 3UF3A 5P5QA 2WF1A 5P5FA 4GJ7A 1IIQA 2PQZA 5P1LA 4B1CA 2AOHA 2P4JA 2WECA 5P7ZA 3SKGA 5P0IA 2R8NA 3T7PA 2QMDA 5KOSA 3VG1A 1YTHA 2PH6A 5OZ1A 4YD3A 5P46A 3TNEA 3N3IA 4EJLA 1FIVA 5P8CA 1HVLA 1ODWA 3OU4A 5P62A 1B6LA 1CMSA 1OD1A 5P1CA 1W5VA 3CKRA 3D20A 2OF0A 4Y4JA 5OZNA 5P6LA 3K5FA 3KA2A 5P48A 2Z54A 1FMBA 3OU1B 5P4QA 1PPME 2ZJKA 1NPVA 1XDHA 3GI4A 5P2MA 5P5VA 3HBOA 5E5KA 3G70A 3SA3A 5IVRA 4YD4A 1M43A 4BFBA 3SFCA 1HVSA 5P6SA 4RROA 2QMPA 2PSVA 3NWXA 1TSUA 2WF2A 5P3PA 5P5HA 3LINA 1BILA 1VIKA 5C9BA 5P2OA 3LIYA 2WL0A 1GNNA 4CPXA 3PBZA 2JXRA 1EPOE 2UPJA 2P3BA 2P3BB 1XL5A 1A9MA 5P66A 5P6OA 3DOXA 2QNQA 1ZSFA 1SP5A 4QGIA 4XKXA 2ZJIA 5P1GA 2IKUA 5P5RA 1YX9A 3GGVA 4DVFA 3LPJA 3S2OA 3FNSA 3N4LA 4I0GA 5APRE 5OYRA 4EHCA 1XL2A 4Y3DA 5P40A 2QU2A 1EPNE 2QI3A 4K9HA 1OHRA 5P16A 4NJSA 5ER2E 5P8GA 1B11A 1AIDA 3DV5A 5P03A 4Y9WA 2QCIA 1LYBB 3INDA 3KFRA 2G20A 5P0HA 2B7ZA 3Q3TA 4I0HA 5P7SA 5IVQA 5P0PA 5P6TA 5P7JA 4ZLSA 3KM4A 2H6TA 5P02A 4Y5BA 5COPA 1JLDA 1K2CA 5P1PA 3K4VA 5P05A 5P31A 3DUYA 3S54A 5P4UA 3APPA 1FKNA 2ZHTA 5P43A 3HAUA 4ER2E 1D4KA 4J54A 2WHHA 2V12C 1MRXA 5P2ZA 4UPJA 5SY3A 4XX4A 2BBBA 1K6PA 1IDBA 5OYZA 3NYGA 5HE4A 4Q1NA 3TKGA 5P7QA 2QI6A 1BXQA 5P8IA 5P4MA 2IKOA 1BDQA 4FSEA 5P0SA 5P0LA 3TOFA 1HBVA 4Y44A 3EKWA 4Y4EA 3BRAA 3ER3E 5P0EA 5P29A 2J9JB 4XXSA 3S8IA 5P56A 1EPQE 3GGUA 3BGCA 5P30A 3ZKXA 1XE6A 3KYRA 5P6FA 2HS1A 2Q54A 1E82E 1OEXA 3BVAA 5P6QA 5P32A 5P0OA 4J1HA 2WF3A 2ASIA 2O4NA 3LIVA 3BGBA 5P23A 4B72A 1G35A 2HB4A 1UPJA 4Y3RA 4GIDA 1ME6A 4Y3FA 3O9DA 4LXKA 5P69A 4ZE6A 1EPME 1FEJC 4L7GA 1KJ4A 2G1SA 5JFUA 4AZYA 2F81A 5SXNA 5P8BA 3ZL7A 3LIXA 1EBZA 5P6JA 4RVIA 5AH8A 5P7FA 1YT9A 5KQYA 5P5LA 3EL4A 5P64A 5P22A 5HVPA 4L1AB 1FGCC 4K8SA 4F75A 4GJ6A 1EAGA 4Y5NA 4Y3TA 4FRSA 4YDFA 5P2AA 2PYMA 3O9IA 2ZHVA 2I4VA 4RVJA 5P72A 5P59A 3WZ7A 2FDEA 5AHAA 1B6KA 3IN3A 4YE3A 5P4DA 2B42A 4Y5EA 1FMXA 1PROA 4Y4XA 1FQ4A 5C9FA 2PH8A 1GVUA 2AQUA 5P2YA 3IN4A 5P5IA 3SA7A 4EJDA 3VEUA 1EBYA 4Y4GA 1HVKA 1Z1HA 5I70A 1QBTA 2OHPA 2HB3A 5EZXA 3UQUA 4H3GA 4Y53A 5OYUA 5P0WA 3OGPA 4I0ZA 3K4VC 2PSUA 4CPRA 5SZ9A 4QJ9A 1CPIA 4ACXA 4DJRA 5P3WA 5P0XA 4GMIA 3EC0A 5P3TA 4PHVA 2O4LA 5P65A 1PSOE 3RTMA 1M4HA 4HDPA 4U8WA 5OZDA 3PI0A 1MRWA 1KJ7A 5OZPA 4CPTA 1FLHA 1F7AA 5PEPA 4HA5A 4J0ZA 3FX5A 1B6MA 4JPCA 1BVGA 2PWCA 4OD9A 4LHHA 3NU3A 3BC4A 1FG8C 4YHQA 3R0WA 5AH6A 4K4RA 5C9DA 1META 4GJ8A 1G2KA 5P1SA 1D4YA 2B7FA 2QNPA 3IXOA 5P52A 1ZPKA 1APTE 3URIA 5P4GA 1C6XA 2QD6A 3L58A 1W5YA 1WKRA 2Q64A 2BJUA 3HDKA 1FFIC 4RLDA 3CICA 2BB9A 4QJ2A 3UDJA 5IE1A 3NDWA 5P37A 1MERA 4PZWA 2HPFA 4Y54A 2ZJJA 3QROA 5P84A 2QMFA 1YTIA 4CPQA 2G94A 3EM3A 5P3VA 5P7RA 2O4KA 3INEA 5P4LA 1BBSA 1RV7A 3FKTA 2ANLA 8HVPA 4EXGA 5P01A 1NPWA 5P6EA 2NTRA 4APRE 3NXNA 1D4SA 5P7HA 1ZAPA 2QI1A 3QRSA 2A4FA 2G1OA 5OZWA 2F8GA 3KDBA 1MPPA 2AZ9A 3UQRA 3MSJA 2PMAA 3NDTA 3KDDA 4HVPA 3EKPA 5P3ZA 2RKGA 2ZHRA 3OY4A 4FRIA 4PPHA 4I10A 3D3TA 5OZ8A 4JECA 5P8JA 1FQXA 2FIVA 3QBFA 4FL8A 5P2TA 5P1MA 4Y3QA 5P5SA 5OZAA 5EZZA 4DJVA 3BXRA 5OZBA 1QDMA 4Y3EA 5P1EA 4NPUA 5OYXA 5OZRA 3DK1A 2I4WA 1SGZA 4DPFA 5DR7A 3O9GA 1D4IA 1SMEA 1F34A 3ZKIA 1W51A 1SGUA 3HZCA 2V10C 5DGUA 2FS4A 5OZIA 3ZKMA 3TKWA 4EXHA 1EC1A 4Y5CA 2AVVA 1FQ5A 4H3FA 3VCMA 1APUE 5P33A 5P1NA 1QBRA 5OZ7A 5P3GA 5P1JA 1QS8A 4HDBA 2R43A 2NPHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AZC A;  3ZKG A;  3T3C A;  2WF4 A;  4YD6 A;  4OC6 A;  4OC6 B;  1SBG A;  5OZS A;  3GI5 A;  1BV9 A;  1XN3 A;  2R5P A;  3T7X A;  1DIF A;  3PGI A;  4CP7 A;  4IVS A;  4Q5M A;  4YBI A;  5P3L A;  3OUA A;  1DW6 C;  5DQ4 A;  4Q1Y A;  1AJX A;  2HC0 A;  2XFI A;  1QBU A;  1GVW A;  4GJ9 A;  3CIB A;  4LXA A;  5P7B A;  2JE4 A;  2QZL A;  5I3W A;  5P5T A;  5P86 A;  3ZOV A;  5P4Z A;  2QK5 A;  1HSI A;  5P4J A;  1LZQ A;  3BUF A;  4LBT A;  5OZ9 A;  5P2R A;  5P0Q A;  5P4F A;  4DQF A;  1C6Z A;  5P07 A;  4RRN A;  4Y57 A;  3AID A;  2PSG A;  4PEP A;  3PBD A;  4PYV A;  3UQP A;  3K5D A;  4GJ5 A;  1D4H A;  4Y5M A;  4EP3 A;  3EL1 A;  5ISJ A;  2AZB A;  1ENT E;  5P26 A;  2CEJ A;  2QNN A;  3Q5H A;  5P6R A;  1AVF A;  3LNK A;  5P8K A;  2AID A;  1HHP A;  5P5U A;  5P39 A;  1DP5 A;  5P5J A;  3SQF A;  4DQH A;  4JOO A;  2ZJN A;  3KFN A;  5P42 A;  5P6H A;  5P3I A;  1ODY A;  2VJ7 A;  6UPJ A;  1AZ5 A;  4TRY A;  2VS2 A;  2VIY A;  4B0Q A;  1SMR A;  5P44 A;  4EYR A;  4I0E A;  3APR E;  4YA8 A;  5P4E A;  5P7G A;  2CEM A;  1D4L A;  2I0D A;  3H0B A;  3LZS A;  3ZKN A;  4DJU A;  2Q15 A;  3OOT A;  3I6O A;  3PCZ A;  3TPP A;  3OU1 A;  4DJP A;  2VA6 A;  4Y5K A;  1ZLF A;  3PSU A;  5P0J A;  1BVE A;  4I1C A;  5P61 A;  5KAO A;  5CLM A;  2WEA A;  3HD8 A;  5P4S A;  2QI0 A;  4Y58 A;  3OAD B;  4YCK A;  2Q63 A;  4ZSR A;  4KE1 A;  2QD8 A;  4EJK A;  4OBH A;  3G72 A;  5P4K A;  3SLZ A;  3QPJ A;  1K2B A;  2AOD A;  4OBK A;  1OEW A;  1K1T A;  5P63 A;  5P55 A;  4J1I A;  3H5B A;  3VYD A;  3EKX A;  4LAP A;  2QZX A;  1AJV A;  3OOZ A;  1VIJ A;  4Y3L A;  5P06 A;  4GZF A;  5P5B A;  5P6G A;  3KF0 A;  5P2B A;  3LIT A;  4A6C A;  5P2X A;  4FGX A;  4J1K A;  5UPJ A;  1HTR B;  1IZI A;  4D8C A;  2OHU A;  2G26 A;  3D91 A;  1ER8 E;  1HIH A;  5P2W A;  5KOQ A;  1DAZ C;  2FMB A;  3WB4 A;  3UDR A;  5OZO A;  3ZPU A;  1WBM A;  5OZ6 A;  5OZ2 A;  2ER0 E;  4RCD A;  1HEG E;  1LYA A;  2PK6 A;  4EPJ A;  1LYA B;  5P18 A;  5P8F A;  4PZX A;  5P6P A;  5P57 A;  3CMS A;  2B8L A;  2Q55 A;  5OYT A;  3VYE A;  4R93 A;  4B00 A;  3HVP A;  5P8U A;  1K1U A;  5P85 A;  5P4C A;  4Y5P A;  4FS4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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