4I0FA

Design and synthesis of thiophene dihydroisoquinolins as novel bace-1 inhibitors
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
403
structure length
393
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of thiophene dihydroisoquinolines as novel BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 393
sequence length 403
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i0fA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i0fA02
2Q63A 4J17A 2QMPA 1YT9A 1MSNA 5P8MA 5DQ4A 4YD4A 2BPWA 1QBUA 1FFIC 5P1CA 3L59A 5P85A 1EPNE 5P0LA 2AZ9A 3K4VA 1ER8E 4DQBA 4IVTA 5P3MA 1EBZA 2IQGA 2OHQA 5OZZA 5P7YA 4Y5CA 5P6MA 3PBZA 5P67A 5P6HA 3OQ7A 4Y3AA 5KQXA 5P71A 3PJ6A 2G1RA 1PFZA 3SFCA 3WB4A 1C70A 3TOHA 3TLHA 3TOGA 2ZDZA 4Y3HA 5P1QA 3EKTA 2AOIA 5P8HA 2OHKA 4FAFA 5OZJA 3L58A 2QHZA 5IVTA 1K2CA 3D1ZA 3EL5A 4RVXA 2G69A 5HTZA 3IN4A 2F8GA 1T3RA 5P7MA 4LXKA 2IKOA 4H3IA 1EAGA 3WB5A 5P0SA 4YBIA 4DQEA 3EM6A 3OUAA 3ZOVA 5P06A 4OD9A 5P8OA 1W51A 3UFNA 1YG9A 5P5RA 5P61A 1K6VA 5P3IA 3N3IA 3APPA 3NR6A 4AMTA 2H6SA 2QZKA 2F3EA 3O99A 4Y4BA 5OZLA 5DGWA 5P3OA 2VKMA 5P0WA 3OXWA 4KE0A 4COEA 3KYRA 3EMYA 1K1UA 4Q1NA 4CPQA 5P3HA 2G1OA 1HXWA 3OADA 3ZPUA 3EKQA 2G94A 4DJPA 3HVGA 5E5KA 5OZAA 5P66A 1EC2A 4F75A 4RLDA 5OZ7A 1ZP8A 5P5SA 3NSHA 1BXOA 5P1WA 5P7ZA 1HVIA 7UPJA 4Y5EA 5P80A 1BV7A 3S43A 5P2HA 5P2WA 1HVKA 5ENKA 3OU1B 5OZOA 3INHA 1FQ7A 3R4BA 1A8GA 1IVQA 1EC3A 3C9XA 3HAUA 1KJ7A 5OZ6A 5P78A 3ER5E 3RVIA 5P8BA 3UCBA 4LL3A 5P2OA 5IVRA 2ZJJA 5P0FA 5P8RA 2PK5A 1HPOA 1HRNA 1MUIA 4CPRA 5P27A 5P3SA 5ISJA 5P5BA 3EC0A 3ZKMA 2NPHA 2OHSA 3EBZA 5OZRA 1BV9A 5OYTA 3MSLA 2PYMA 4LBTA 1QS8A 2ZJLA 4WTUA 3PVKA 2HS2A 3L38A 4Y3DA 2QZXA 3PSGA 5P0OA 3DUYA 2XYEA 3PLLA 1HIVA 4DVFA 4JP9A 5P6EA 3LINA 2VJ6A 4DPFA 5P03A 2JJJA 3QVIA 3I8WA 3OTYA 1D4KA 4GJCA 1RL8A 2WEDA 2I4VA 4QJ2A 3D3TA 1B6JA 3S85A 5P88A 3K4VC 3LZUA 2HM1A 1K6TA 5DQ2A 3NDUA 5P6NA 3FX5A 4Y4XA 5P1TA 3HW1A 3O9IA 4MC9A 3EL4A 2FIVA 2RKGA 4Y50A 3TPJA 1K2BA 5P6UA 3QBHA 5P3RA 2H6TA 5P79A 4EJLA 5P73A 2FS4A 3PSUA 3UDMA 5COPA 2I4QA 5P48A 1HVRA 1ZPKA 3HD8A 4I12A 5P63A 1APWE 4ER1E 2WF4A 4A4QA 4BFBA 3KFSA 5P0GA 4HLAA 5P1DA 5OZ1A 5OZNA 2BB9A 1FQ4A 5OZ5A 2BKTA 2Q3KA 3NUJA 2PSVA 2AOJA 1FQ8A 2ZJNA 4Y57A 4DQFA 4D85A 1HOSA 4CKUA 5DR4A 3TOFA 4RYGA 3OGQA 3HZCA 3ZKXA 4PPHA 3GI6A 4Y35A 2WF1A 4HA5A 4GB2A 3KDDA 1ZBGA 4TRZA 5P69A 5P12A 5P2LA 4NJSA 4HDPA 2OHLA 4YA8A 3ZKIA 2HS1A 5P5QA 4K4RA 2R5PA 2NXLA 4PZXA 3PMUA 5P2VA 5ENMA 4AZYA 2G26A 3UQPA 1PSNA 4Y4DA 1FMXA 2HC0A 5COOA 2P3AA 3GI0A 3O9CA 1RNEA 1GNNA 4OBJA 3AIDA 3VYDA 4D89A 4XX4A 3ZMGA 4QJ6A 3FSMA 4JPCA 5P3PA 1HVJA 2AZ8A 5P0HA 5P1HA 2PMAA 4DJOA 3KN0A 4Z2ZA 3DK1A 5P0JA 5P0TA 1BVEA 3GGXA 3UFLA 1K6CA 1HVSA 5P5AA 2ZHUA 3A2OA 5P6KA 5P86A 3VG1A 5P6XA 4KB9A 5P23A 5DQ5A 4EYRA 1LS5A 3JW2A 1ZLFA 5P76A 2Q64A 2G20A 2AOHA 1T7JA 5OZEA 3R0YA 5HDZA 1W6HA 3QROA 3BHEA 1CZIE 2G21A 1W5WA 3O9GA 1D4LA 1NPVA 4DJYA 4Y45A 4DJUA 4BEKA 3OADB 3EKVA 5P2IA 1MERA 1HWRA 3PB5A 3OY4A 5AHAA 4Y5BA 1OD1A 1FG8C 2NNKA 3OQKA 5P5XA 2Z54A 4B1CA 1AZ5A 5P8QA 2NXDA 4Y3ZA 2Q11A 4PYVA 4S1GA 3S43B 2O4LA 3TKGA 5T4SA 5C9FA 1FLHA 3OXXA 4GJ6A 1NPWA 5OZUA 5P3FA 4N00A 4K4PA 5P58A 2G24A 4Y3XA 3UDPA 3BVBA 5P1OA 5AH7A 3RU1A 1Z1RA 3EXOA 2ANLA 3AUPA 1KJHA 3NU6A 2XYFA 4Y4AA 3F9QA 1GVWA 3TL9A 3PLDA 4B72A 5P2QA 1AVFA 1FQ5A 5P2UA 3O9AA 2QI7A 5P5NA 2VIZA 5KOQA 1IIQA 3IAWA 2FGVA 4Y51A 4Y9WA 4OBGA 4WY1A 5OZSA 5P0PA 4ZSRA 5P6SA 2UPJA 3OGPA 5P1KA 3UTLA 4B1DA 3LPIA 4FSEA 4B70A 3O9HA 2WEAA 1Q9PA 2PWCA 5P0RA 6UPJA 4HDBA 5P3QA 5OYWA 2FLEA 5P82A 2V00A 1D4IA 2ZYEA 4L7JA 1LYBA 5P1SA 3I25A 4B05A 1HPXA 3QAAA 3PBDA 4ACUA 5P65A 5P77A 4LXAA 1LYWA 3QS1A 2NMZA 5HDVA 3VUCA 4EXHA 4Z50A 4GJ8A 5HE7A 5P0KA 4EWOA 1RV7A 3OUDA 5P7AA 2J9JA 4F74A 4I0HA 2PH8A 5P30A 3NWXA 1LZQA 1XDHA 4J1FA 5P4GA 4X7IA 1EPPE 5P31A 5P2GA 2VA5A 5P42A 4ZSQA 3MSKA 3FNSA 3KA2A 3LHGA 3IXKA 1IDBA 5P5IA 4J5JA 5P7JA 5FIVA 3PI0A 4ER2E 3QIHA 4FGXA 4ER4E 5P4TA 2ER6E 2OHTA 4Q1XA 4ZIPA 3OTSA 2Q55A 5P6VA 3K5GA 5P1EA 5P0EA 2P8HA 3TH9A 2QP8A 4PZWA 3B7VA 3VFAA 2QD7A 5AH8A 4RCFA 4MC1A 1XL2A 3Q5HA 1AXAA 3LZVA 5P3KA 2IGXA 1SMEA 4RROA 1F34A 5OZ0A 4Y3PA 4Y4TA 3QRSA 6FIVA 5P1FA 2HB4A 3UDYA 1F7AA 3CKRA 5P2YA 1MT9A 2QZWA 2B42A 5HCTA 3CIBA 5P2MA 5P29A 5P6AA 4DJWA 5P4ZA 5P3LA 1EPME 1B5FB 3BXRA 5P6LA 2QI1A 2IGYA 4GYEA 3VYEA 4Y5PA 3ZKQA 3OUCA 3SM1A 1ODXA 5P7TA 5P7NA 3EKPA 1M43A 1D4HA 3L3AA 2APRA 3R2FA 3SLZA 1LYAA 3IXOA 3QBFA 1MPPA 1XN3A 1YX9A 3SA9A 1IZHA 4I0GA 2F3FA 5P89A 4EQJA 1BIMA 4YCTA 1FMUA 1DIFA 1XS7D 5P3AA 5OZXA 2QMDA 1T6EX 5P3TA 5P38A 4BELA 5P7KA 3VSWA 1MIQA 3LIXA 4RRNA 2CEMA 4Y3SA 4Y4GA 4R93A 5P41A 2I4DA 3NU5A 3D1YA 4GMIA 4TVGA 5P2SA 4FRSA 2BPXA 4R8YA 1WKRA 4I1CA 5P44A 4M8YA 1BDQA 3RTNA 4TVHA 2Q15A 5P6WA 5SY2A 4Y3WA 4EHCA 4QJAA 5KR1A 1FB7A 2FDPA 5P7VA 2XFJA 2NR6A 3LIQA 4ACXA 4PHVA 5P37A 4DV9A 3IA9A 3PWMA 5KQYA 4B77A 3S56A 5P1UA 5P7UA 2QMGA 4Y3GA 1DPJA 2OHUA 3OAGA 3L5EA 5I3WA 1YTJA 4J1EA 3K1WA 2OHRA 2R38A 4FAEA 3FKTA 2PSGA 1PSAA 5P8VA 5P4XA 5JG1A 3S8IA 5P7IA 4OC6A 1CMSA 5P1NA 2B7ZA 1T7KA 5P83A 2P3DA 3NYGA 1YM2A 3VF7A 3OQFA 4EJ8A 1FG6C 4Z22A 5DR1A 4YOAA 3GGAA 5P0DA 5P5JA 3KDBA 1QBSA 4CMSA 5P3GA 3S7LA 3CMSA 2RKFA 4FCOA 4L1AA 2CEJA 4OBFA 4Y5GA 4FIVA 2FXEA 2PSUA 5P7PA 3QI1A 4Q5MA 4XXSA 3U7SA 3BGCA 2CENA 2IS0A 3URIA 4TRWA 3UDKA 5I70A 4HEGA 2G1SA 2FMBA 2QI6A 3N4LA 3QRMA 3SA6A 5P1ZA 5P5UA 3U6AA 5P70A 1UH7A 3RSXA 2ER7E 5P8TA 5P49A 4Y6MA 1NSOA 5P2DA 5P0YA 1WBKA 5P0BA 2AVSA 3VF3A 2V16C 1LYBB 4EQ0A 1M4HA 3LITA 3QRVA 4Z4XA 1G35A 3D91A 4EXGA 5JFUA 5P4SA 5P39A 1EPRE 2ZGAA 5P00A 1AAQA 2JYSA 1W5YA 3OOZA 3T7XA 5P11A 1PPLE 3OUDB 9HVPA 5P7OA 2J9JB 2ASIA 1PPKE 3IGBA 4R92A 5OYUA 5P4LA 5AHCA 3WSJA 4E43A 3R1GB 1K6PA 2NNPA 3Q3TA 1META 5F00A 2ZJMA 1XE5A 1OEWA 5P3UA 4X2LA 3VEUA 5P1JA 3KT2A 1A30A 4Y54A 1ODWA 5P47A 4D88A 1GVTA 2I0AA 5DR7A 1LF2A 1BAIA 2I0DA 3PSYA 4L7HA 4K8SA 4CPSA 5P18A 5P4IA 5P4WA 5P87A 3UDRA 3OOTA 4Y4EA 1IBQA 1HEFE 1HBVA 5P5TA 5P10A 3VV8A 3BXSA 2O4SA 3EL0A 3KM4A 3PWWA 3OU4A 1SDTA 2WF2A 4RVIA 2G22A 5DPZA 4ZEAA 3M9FA 2VIYA 2PQZA 5P7SA 1G6LA 3EKYA 5OZCA 4U8WA 2R9BA 5P09A 2P4JA 4H3GA 4I0ZA 5P0CA 2FDEA 3JVYA 3S7MA 2NTRA 5P6YA 4NPUA 1VIJA 1LYAB 1MTRA 5P5EA 5HU0A 1W5VA 4CPXA 4DJRA 3VV7A 1SP5A 3MXEA 5JODA 5KR0A 5SXNA 1TW7A 4EPJA 3T6IA 1ME6A 5P0VA 4I8WA 4LC7A 3WZ8A 1IVPA 2QI0A 3CIDA 5P5OA 3L5FA 3SACA 4M8XA 1IZEA 5OZGA 2G1YA 5P6QA 3LPKA 5HU1A 1HTGA 4ZPEA 5P6ZA 2IKUA 4Y37A 2QI4A 3UQUA 4OBKA 1MT8A 5AH9A 4CPUA 3D1XA 5P4VA 3HBOA 4Y4ZA 5P02A 5P8PA 1EPQE 5OZBA 1W6IA 5P8EA 3UQRA 5OZ8A 2VIEA 1MVPA 5P1RA 2HPEA 3O9FA 3PRSA 5JFPA 5P6RA 3OXCA 2VA7A 3ZKGA 5P8AA 1D4JA 2AOEA 4EJDA 1ZTZA 5P05A 3T3CA 2OF0A 3OAGB 1M0BA 1DW6C 1D4SA 2J9KA 1HVHA 1B6LA 2VNMA 4Y3EA 3DV5A 3EL1A 2IENA 1E81E 3KFNA 4B78A 1YTIA 4OD9B 1EPOE 4HVPA 2F3KA 3CYXA 4Y41A 3S2OA 5P7GA 4OC6B 3SKGA 3FNUA 2A4FA 2AOFA 5I3VA 5P4BA 4HDFA 2I4UA 4NJTA 3SQFA 5P4OA 3ST5A 5P6DA 1BWBA 2AQUA 1CPIA 2OAHA 3MWSA 4Y5LA 4Y3RA 2I1AA 5OYVA 5IS4A 3SA5A 4NJVA 3HDKA 1E80E 2AIDA 5OZYA 2BPZA 1C6XA 3LPJA 1IZDA 4Y48A 2QZLA 3NUOA 4L1AB 1GNMA 5P0IA 3OUBA 5OZPA 4FM6A 3VFBA 5P7DA 5P6TA 3UDJA 3O9LA 5P1VA 1HVCA 4I0IA 3VLAA 4Y4JA 3NDTA 2AVMA 2OHMA 5P2FA 2BBBA 5P32A 3ZLQA 5KQFA 4FRJA 1TSUA 1TZSA 3IN3A 3LZSA 4FLGA 4I0JA 2R43A 3K5CA 5P6IA 3LIZA 1APVE 5P8GA 1PPME 1BBSA 5P56A 2JJIA 3EKXA 1EEDP 1BILA 5P75A 3URLA 3EL9A 5P8JA 1DAZC 4A6BA 5P60A 3QP0A 4GIDA 5P2AA 3OQDA 3UPJA 4U7QA 3GI5A 1E5OE 3NWQA 3HLOA 5IVQA 2O4NA 5OZHA 5DR0A 4DQCA 3CICA 5P1GA 5P0NA 2Q54A 1HTFA 4J1KA 1C6YA 5J25A 2V10C 4ZE6A 4CPWA 1MT7A 5OZVA 5C9DA 4I10A 5P5KA 5P6FA 2AZBA 3BGBA 3KMYA 4DFGA 2AVQA 4Y5NA 4K4QA 5P1PA 4DJXA 5HD0A 2RMPA 5P5HA 3G70A 5KR8A 3I6OA 1WBMA 1HSIA 4AA8A 2ZHRA 3WZ7A 5P8UA 3OU4B 2FDDA 4RVJA 3OU1A 5OYXA 3PGIA 3NLSA 5P68A 2AODA 2V0ZC 2VJ7A 3LIVA 5P6BA 3SA8A 5F01A 5P07A 2QNNA 4I0EA 3DCRA 5P7CA 4APEA 4Y38A 4J54A 5P7HA 3TPPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q63 A;  4J17 A;  2QMP A;  1YT9 A;  1MSN A;  5P8M A;  5DQ4 A;  4YD4 A;  2BPW A;  1QBU A;  1FFI C;  5P1C A;  3L59 A;  5P85 A;  1EPN E;  5P0L A;  2AZ9 A;  3K4V A;  1ER8 E;  4DQB A;  4IVT A;  5P3M A;  1EBZ A;  2IQG A;  2OHQ A;  5OZZ A;  5P7Y A;  4Y5C A;  5P6M A;  3PBZ A;  5P67 A;  5P6H A;  3OQ7 A;  4Y3A A;  5KQX A;  5P71 A;  3PJ6 A;  2G1R A;  1PFZ A;  3SFC A;  3WB4 A;  1C70 A;  3TOH A;  3TLH A;  3TOG A;  2ZDZ A;  4Y3H A;  5P1Q A;  3EKT A;  2AOI A;  5P8H A;  2OHK A;  4FAF A;  5OZJ A;  3L58 A;  2QHZ A;  5IVT A;  1K2C A;  3D1Z A;  3EL5 A;  4RVX A;  2G69 A;  5HTZ A;  3IN4 A;  2F8G A;  1T3R A;  5P7M A;  4LXK A;  2IKO A;  4H3I A;  1EAG A;  3WB5 A;  5P0S A;  4YBI A;  4DQE A;  3EM6 A;  3OUA A;  3ZOV A;  5P06 A;  4OD9 A;  5P8O A;  1W51 A;  3UFN A;  1YG9 A;  5P5R A;  5P61 A;  1K6V A;  5P3I A;  3N3I A;  3APP A;  3NR6 A;  4AMT A;  2H6S A;  2QZK A;  2F3E A;  3O99 A;  4Y4B A;  5OZL A;  5DGW A;  5P3O A;  2VKM A;  5P0W A;  3OXW A;  4KE0 A;  4COE A;  3KYR A;  3EMY A;  1K1U A;  4Q1N A;  4CPQ A;  5P3H A;  2G1O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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