1T7IA

The structural and thermodynamic basis for the binding of tmc114, a next-generation hiv-1 protease inhibitor.
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Pol Polyprotein
publication title Discovery and selection of TMC114, a next generation HIV-1 protease inhibitor
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1t7iA00
4J1KA 1HVJA 2NXMA 5P2YA 5P1YA 2QNPA 3ZKMA 4GZFA 1TCWA 3OQDA 5AHAA 5P6NA 3S56A 5P8IA 5P53A 3LIZA 1IDAA 2R38A 3U7SA 5J25A 1BILA 5OZ1A 1MVPA 4GJCA 5EZZA 2PC0A 2O4PA 5P48A 1GNNA 1K6VA 3BVAA 4YD7A 2HB2A 1MSMA 1XL5A 3PRSA 2QD6A 1K1TA 3OWNA 1TCXA 3EKXA 1C6YA 5P6HA 2G94A 3Q5HA 3KT2A 3NUOA 4GB2A 1HTEA 4OBZA 1BVGA 1LYBB 1RPIA 6APRE 4QJ2A 4DJWA 3TTPA 1T7KA 4RYCA 5P2AA 4DQHA 2AOIA 3FSMA 5P1IA 2P3BA 3JVYA 5E5JA 5P6RA 2AOHA 4GJ7A 2AOFA 5P5TA 3FX5A 5HTZA 3APPA 2HPFA 5P3DA 5P72A 5P20A 5P30A 1FB7A 4Y3XA 5AHBA 5P7LA 3KN0A 3IAWA 1LYWB 4ZEAA 3EKVA 3HVGA 2IGXA 3F9QA 2ZHVA 3PHVA 1NH0A 1FEJC 4Y4BA 1GVWA 3G6ZA 2ASIA 1TZSA 1FMXA 4HDBA 2Q54A 3S53A 3OU1B 1FIVA 2P3DA 5P1ZA 3OUDA 2QD8A 5T4SA 1LV1A 3HZCA 3OQAA 5P2UA 1XS7D 5P68A 4EWOA 4Y35A 5HCOA 2QAKA 4Y5AA 1MTBA 4YD6A 3K5CA 2AVOA 3PM4A 3DCKA 4HDFA 5P4SA 2O40A 5P8RA 1ZSFA 5OZBA 1T7IA 3VFAA 3UFLA 3OOTA 2XFKA 4B1CA 3JW2A 5OZ0A 1W5WA 3NSHA 3Q3TA 4AA8A 3DJKA 4OBKA 5P19A 2WF2A 1XDHA 2RMPA 5P0YA 2G1OA 3UDJA 4HE9A 1FF0C 4FIVA 3TNEA 2QMGA 2OHNA 5APRE 2WECA 5AHCA 5P3TA 5P77A 5AH9A 3URLA 5P0GA 1T6EX 2OHKA 1AM5A 1EPQE 3KFNA 5P1CA 4DI2A 3OU3A 5P55A 3ZKXA 4Y4TA 2HB4A 2QNNA 5P1GA 5P3HA 2ZHSA 5OZSA 4NJSA 4CPXA 4H3GA 3EL1A 3QRSA 5KAOA 5P2VA 4R5NA 5P2BA 4Y3TA 3O9LA 4Y38A 3HBOA 4RCFA 3LZUA 2AOEA 5P31A 2QD7A 5OYRA 2G22A 5AH7A 5P24A 1W5XA 4PZXA 4J0VA 3CICA 5P02A 4BFBA 1K1UA 5P87A 1QDMA 5P5YA 4Y3EA 1HSIA 1VIJA 3K4VA 5P70A 1NSOA 2ZJJA 5P28A 5P6IA 1E5OE 5P60A 3I7EA 5P37A 1AZ5A 3O9DA 1K2BA 5P6CA 3IA9A 4J54A 5KR0A 3EC0A 1GKTA 2I4VA 5P7IA 1DW6C 3QP0A 4U8WA 5P59A 3TOHA 4B72A 4L1AB 3OQFA 4Y56A 5KQXA 2VNNA 3NDTA 1IVQA 1W5VA 5JFPA 5P76A 4R92A 4I0ZA 5P50A 5OZDA 5P0XA 5P8MA 1D4SA 4Q1NA 3CKTA 1SDVA 4EJ8A 3ZOVA 3DCRA 2QI7A 3IGBA 4Y50A 1ZTZA 3QS1A 3TKWA 1A8GA 1T7JA 5P7JA 1APWE 2JJIA 4J1IA 3ZPTA 2V12C 5P43A 3ZKQA 4OD9B 3Q6YA 5P0CA 5P45A 3RSVA 2EWYA 2G1SA 4RZ1A 2PK6A 4OBGA 2BPXA 5P69A 1W6IA 5P2DA 1MUIA 3MSLA 3RTNA 4Y3GA 4EXHA 3D91A 3DM6A 1C6XA 4LHHA 1SGUA 4Y54A 5P8NA 5P6FA 3GI6A 1B6PA 5KQZA 1BV9A 5P5KA 2F3KA 4I8ZA 1ZAPA 4CP7A 1K6PA 2WEDA 5ER1E 5P1MA 3S7LA 3H5BA 1G0VA 2XFJA 3WB5A 1HBVA 2VS2A 5P88A 5P82A 2ANLA 3HDKA 4DV9A 1BAIA 2VA6A 4Y3SA 3RTHA 5OZHA 3PCZA 3TPLA 1YTGA 2I4DA 2PYNA 2IKOA 2R43A 4OBZB 4QJ9A 5OZ6A 3FNSA 5P5DA 2HS1A 3QROA 3OQ7A 4YBFA 1ODYA 5P3OA 2XYEA 3OQKA 4A6BA 2P3BB 2QZLA 1YT9A 5OYZA 4CPUA 5P05A 2WL0A 5IVRA 1LYBA 5P2CA 2FLEA 5P3VA 3GW5A 3VV8A 5P0QA 3EKYA 1A30A 3D1YA 5P15A 5P71A 1WKRA 1SH9A 1HVRA 4D89A 4A4QA 2AQUA 4Q1YA 5P6TA 3FKTA 1MRWA 4WTUA 3QN8A 2IL2A 4WY6A 5AH6A 3LZYA 1SP5A 3KM4A 5P32A 5P13A 2G21A 3OUDB 5SY2A 4J0YA 4RRSA 5P63A 3LZSA 4YDFA 1EEDP 5P03A 5P4QA 3IN3A 5P3QA 5P8VA 4OBHA 2VJ6A 2CENA 2QHZA 4DJYA 3QPJA 1AAQA 3SM2A 5OZ3A 5P0KA 2G24A 1HXBA 2Q5KA 4TVGA 4DQCA 5P86A 2RSPA 3S2OA 5P7BA 1FG6C 5P6ZA 5P85A 2VNMA 4JPCA 2F80A 3NUJA 5P66A 5EZXA 1LEEA 3UQXA 3BXRA 3T6IA 4CMSA 4EJLA 5OZWA 5P6VA 1A9MA 5P2GA 3N4LA 4L7HA 4Y37A 5P09A 3T7PA 3SKFA 4ZIPA 5SY3A 3ZKGA 3NU9A 5P44A 2I4WA 5P5GA 4DQFA 1PFZA 5OZ9A 5P81A 3PB5A 3I25A 3S45A 3LHGA 5P78A 5JFUA 4J1CA 5KQFA 1DIFA 3NU5A 2QHYA 3CIDA 3KDDA 3O9LB 5P7ZA 3PEPA 5P2WA 1F34A 3PLDA 2PSVA 4I0HA 5P6KA 3NU6A 1FG8C 4LBTA 1AJXA 3DV1A 5P1VA 2MIPA 4RCDA 1BXOA 3RSXA 2VIJA 1W51A 1EC1A 1FFIC 4XXSA 3OXVA 5OZPA 3A2OA 5P0AA 5P6SA 3PI5A 2R5QA 4EJDA 3U71A 1KZKA 4EYRA 5OZCA 3U6AA 5P6PA 5P4HA 4Y3JA 4YD4A 4Y3HA 2AZCA 5OZFA 2Q11A 3L3AA 4I0JA 3G70A 1A8KA 2UY0A 3K5FA 4XKXA 4Y3FA 2IQGA 3NYGA 7HVPA 5P3GA 4EPJA 3UTLA 3FNTA 5C9BA 2H6SA 1HTRB 5P1RA 2WEBA 5P3ZA 1CPIA 3CYWA 5KQYA 4UPJA 4U7QA 2OHPA 5P8EA 5P7AA 1D4HA 2WF3A 4X7IA 5HDZA 3T7XA 5P0LA 3LIYA 4L7GA 2PH8A 4GYEA 5P5RA 1FQ8A 5P6MA 5OZZA 2QI5A 5FIVA 2J9KA 2ER7E 1OHRA 3L5EA 2QZXA 5P8DA 1HIVA 1ZPAA 1QRPE 1DAZC 4OD9A 1ZBGA 4GIDA 4F73A 3KFRA 2QK5A 5P7TA 1CZIE 4QLHA 4Y5KA 1LF2A 1HOSA 1M4HA 2VIEA 5P0FA 5P62A 1YG9A 5F01A 5P5CA 4Y4XA 1FGCC 5OYTA 4CPSA 4DJOA 3INEA 5P5OA 4RVIA 5P26A 1APTE 5P5WA 4DPFA 1D4JA 5P1QA 4AMTA 1ZSRA 5I70A 5P0ZA 1HRNA 5OZVA 4FAEA 5P0TA 5P4IA 1RQ9A 2IENA 2VIZA 4APRE 4U7VA 5P3RA 5DPZA 3IXJA 4XX3A 1HPOA 1GVVA 5P0UA 5P35A 5P17A 5P5SA 3DUYA 3SACA 4DJUA 1XL2A 5P8GA 2OHRA 1KJGA 5JG1A 4GJ9A 5P2RA 2OHUA 2ER9E 1TSQA 5P2QA 1N49A 2WF4A 3L5FA 1GNMA 4E43A 2AOGA 2WF0A 2Q15A 2AVMA 5DR4A 2P3AA 4Y5MA 5P00A 3PVKA 1SMEA 2Z4OA 5P5XA 1HVHA 5P4NA 5P8LA 5C9DA 1EBKC 5DQ4A 4GJDA 5P4TA 1BXQA 5CLMA 4RROA 2V0ZC 1LS5A 1RL8A 3LINA 1Z1HA 4CPTA 3UCBA 5P2FA 1MEUA 4ZPGA 5P7DA 2QZWA 3QBFA 3D20A 5P2MA 1A94A 1HVKA 5OYQA 5P07A 5HDUA 4LP9A 2AZ9A 3NXEA 5OZUA 3FV3A 3SA6A 5P42A 2NNKA 3PI0A 1GVXA 1MTRA 3EKQA 1G6LA 1PROA 2PSGA 5OZEA 4PYVA 4CPQA 4DQEA 4N00A 5P4FA 1EPRE 1EPME 4GJBA 5P54A 4I0DA 5HE5A 3BGCA 2G69A 3TH9A 3AUPA 4Y4DA 5HDXA 3SPKA 4Y45A 1HVCA 3ZPSA 1MERA 2AIDA 1RV7A 3KMYA 3TL9A 5P5MA 2AOCA 2BB9A 3QRVA 3B80A 3PBZA 6FIVA 1W50A 2JYSA 2BJUA 1B11A 5HCTA 3OADA 4J17A 5IE1A 5P2LA 4IVSA 4Q1WA 4EP3A 3LZVA 2HC0A 3IXKA 2PWCA 5P3LA 3AIDA 2BPYA 4D8CA 1DPJA 3ER5E 3CYXA 3INDA 3VYFA 1WBKA 3PSUA 4RVJA 2G1NA 4ZSQA 2FMBA 5P7OA 2IKUA 3SM1A 4CKUA 2BBBA 2PMAA 5P27A 4FRSA 1XN2A 5P0BA 3EKPA 3ST5A 4ER2E 2ZHRA 1FQXA 1MT9A 2G1RA 4DUSA 3VFBA 3PBDA 2JJJA 4K4PA 1SIVA 5CONA 3G72A 5P47A 2OHSA 5P1WA 5OZMA 5P7RA 5HD0A 5P6EA 3QIHA 1BWBA 4PHVA 5P3PA 4PPHA 2JE4A 3K1WA 3KFSA 1UH8A 5P39A 1CMSA 1IVPA 3PSYA 4NPUA 2ZHTA 5P3FA 3VYDA 4YCKA 1IBQA 4Q5MA 3HD8A 3UDHA 5COPA 5OZIA 3MWSA 5OZAA 4FCOA 2F3FA 1BIMA 3O9CA 5OYVA 5P7MA 5KR2A 5P52A 3MSJA 1SMRA 2G20A 5P1JA 2A4FA 3EXOA 5UPJA 4BELA 4CPWA 1YM2A 4DQBA 4Y4GA 4I0EA 1K6TA 3SLZA 4JPEA 4ACUA 5OZ2A 5IVSA 5P4ZA 1YTHA 5P3MA 5P3JA 4FLGA 1ME6A 4ZPFA 5P2EA 5P0SA 2ZE1A 5P1AA 5P4BA 5P6OA 2I1AA 5P6JA 3NDWA 5P1OA 3HLOA 3TLHA 4Y4EA 4KB9A 2VJ7A 2ZDZA 5P23A 3D3TA 1NPAA 2I4XA 5HU1A 4FSLA 5DR8A 5P6BA 5P5IA 1APVE 4K9HA 2B8LA 5P7HA 2IS0A 1SGZA 1FQ4A 1EPNE 1LZQA 3FNUA 3OUBA 3OY4A 1D4IA 4GJ5A 5P3NA 4Y3NA 2WF1A 5E5KA 4R8YA 3ZLQA 4DJXA 1J71A 1ER8E 2BPWA 1FQ7A 3O9EA 2G1YA 2OHTA 3INHA 1EBYA 1FMUA 5KR1A 4R91A 3O9AA 1EC0A 5P1XA 5P1DA 3VF7A 1PSNA 2QI0A 2QP8A 1YM4A 2QHCA 4EXGA 3QRMA 5P65A 3URJA 5P5AA 5P51A 3GGAA 3NR6A 3LIQA 2PK5A 3PGIA 1VIKA 4Z22A 2P83A 5P29A 2NNPA 4Z50A 2NR6A 5P2HA 4Y4UA 3SKGA 1HTFA 2Q55A 4ACXA 5P3UA 4RVXA 5P8FA 4ER1E 4DJQA 1HVLA 3PWRA 3OUAA 5P1LA 3UDKA 3L5CA 5P8PA 5P25A 5P3EA 5P5HA 5DR0A 2J9JA 5C9FA 4OBJA 5HE4A 5OZNA 4J0TA 1GNOA 4Y44A 2F3EA 3R0WA 4HDPA 5DQ5A 3SABA 5P5NA 5P2OA 3L58A 4LC7A 4Y3DA 5P0MA 2ZJKA 5P3KA 3PJ6A 4EQJA 2V11C 4J0ZA 5KOSA 5P1HA 2R9BA 4Y47A 1MT8A 5OZRA 5P14A 1D4YA 3UQPA 2V16C 4LAPA 4COEA 5OZ5A 1AJVA 2I0DA 5OZTA 3SO9A 3S85A 5HU0A 5P11A 1TSUA 1GVUA 2Q64A 4Y4WA 4J5JA 3Q4BA 2RKFA 2FDEA 1ODXA 3M9FA 4I0GA 4MC9A 2IGYA 3N3IA 1D4LA 3BVBA 1HPVA 4Y39A 2V00A 4YBIA 5P06A 4EP2A 4DJPA 3OADB 3R2FA 5P8OA 1NPWA 4Y48A 4S1GA 1W6HA 2HPEA 3QVIA 3BGBA 3OXCA 2CEMA 2OHQA 5I3VA 1G2KA 4B1EA 2HM1A 3O9FA 5P3IA 4YHQA 3VV6A 4QGIA 4GJ8A 3ZKSA 1AXAA 3I8WA 5P67A 4HZTA 1HWRA 2AVSA 5HVPA 1WBMA 5P8BA 4APEA 4I1CA 5P7CA 1K2CA 2R3WA 4Y58A 3C9XA 5P1SA 4H3FA 4MC1A 1PPLE 3ZKIA 1MRXA 1IZEA 1PPME 4EHCA 1IIQA 1BDRA 3BUHA 5ENKA 5PEPA 4Y3WA 2QI6A 5P3AA 4I10A 5P0RA 2XYFA 4M8YA 3CKRA 4H3JA 3RTMA 5P8JA 1XN3A 4DVFA 5P6QA 4FSEA 3UF3A 4ZPEA 4KE1A 4Y3MA 5P22A 2QZKA 2B60A 3KMXA 1BWAA 3LIVA 1Q9PA 4RGHA 3VSXA 4YE3A 5P5EA 1IDBA 2BQVA 4BEKA 1EPLE 1FMBA 3IVHA 5P7SA 5P79A 1AVFA 4J1EA 3PWMA 3KFPA 5P5LA 5OZ4A 2AVQA 3SFCA 1SBGA 4FM7A 1SDTA 2FNSA 3GI0A 4DFGA 5P4LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1K A;  1HVJ A;  2NXM A;  5P2Y A;  5P1Y A;  2QNP A;  3ZKM A;  4GZF A;  1TCW A;  3OQD A;  5AHA A;  5P6N A;  3S56 A;  5P8I A;  5P53 A;  3LIZ A;  1IDA A;  2R38 A;  3U7S A;  5J25 A;  1BIL A;  5OZ1 A;  1MVP A;  4GJC A;  5EZZ A;  2PC0 A;  2O4P A;  5P48 A;  1GNN A;  1K6V A;  3BVA A;  4YD7 A;  2HB2 A;  1MSM A;  1XL5 A;  3PRS A;  2QD6 A;  1K1T A;  3OWN A;  1TCX A;  3EKX A;  1C6Y A;  5P6H A;  2G94 A;  3Q5H A;  3KT2 A;  3NUO A;  4GB2 A;  1HTE A;  4OBZ A;  1BVG A;  1LYB B;  1RPI A;  6APR E;  4QJ2 A;  4DJW A;  3TTP A;  1T7K A;  4RYC A;  5P2A A;  4DQH A;  2AOI A;  3FSM A;  5P1I A;  2P3B A;  3JVY A;  5E5J A;  5P6R A;  2AOH A;  4GJ7 A;  2AOF A;  5P5T A;  3FX5 A;  5HTZ A;  3APP A;  2HPF A;  5P3D A;  5P72 A;  5P20 A;  5P30 A;  1FB7 A;  4Y3X A;  5AHB A;  5P7L A;  3KN0 A;  3IAW A;  1LYW B;  4ZEA A;  3EKV A;  3HVG A;  2IGX A;  3F9Q A;  2ZHV A;  3PHV A;  1NH0 A;  1FEJ C;  4Y4B A;  1GVW A;  3G6Z A;  2ASI A;  1TZS A;  1FMX A;  4HDB A;  2Q54 A;  3S53 A;  3OU1 B;  1FIV A;  2P3D A;  5P1Z A;  3OUD A;  2QD8 A;  5T4S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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