4L1AB

Crystallographic study of multi-drug resistant hiv-1 protease lopinavir complex: mechanism of drug recognition and resistance
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKTIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords MDR769 HIV-1 protease
publication title Crystallographic study of multi-drug resistant HIV-1 protease lopinavir complex: mechanism of drug recognition and resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4l1aB00
2AOHA 3VLBA 3BVAA 4D8CA 3H0BA 2AOIA 1GKTA 3OGPA 3L38A 5TOLA 2V11C 4GJ5A 2QZWA 1HTGA 3SPKA 3UFNA 1A8KA 3URJA 3OADB 1HTEA 3DCRA 4CPTA 1MT9A 4XKXA 2V00A 3LPKA 1ZPKA 1F34A 1LYBB 1BDLA 4DJUA 2OHMA 4R8YA 4DJOA 3O9LB 4HLAA 4FGXA 1ZAPA 3BXSA 2I0DA 5P1KA 4Y4TA 5P3SA 4I11A 5HE4A 3DV1A 1GVWA 2IKUA 3QP0A 5OZPA 3QBFA 2PH6A 7UPJA 3PI0A 3LINA 4Y41A 4Y3MA 2ER0E 5P2BA 5P3NA 1EBYA 1AZ5A 2QMDA 4AA9A 5P14A 2V0ZC 2RKGA 3M9FA 1G6LA 2G1OA 3WB5A 1LS5A 2P3BB 4U7QA 4H3FA 5P3CA 4IVTA 5P10A 2R9BA 5PEPA 1EPQE 4Y5PA 5P56A 3GI4A 3BRAA 3AUPA 5P2AA 5DGWA 4Z4XA 3S2OA 3OADA 3ZPUA 3WB4A 1B6MA 4I0DA 3VEUA 3INEA 4J1FA 3IXKA 3LZSA 3DUYA 4YDFA 1YM4A 2PC0A 4FM7A 3SM2A 5P4XA 3ZPSA 1HTRB 5P4NA 4L1AB 5P6SA 5P06A 4Y4JA 1LYBA 9HVPA 3MSJA 2OAHA 3SA6A 2P3CA 5DR1A 5P73A 4EXGA 1EC3A 4Y3TA 5OZUA 5P3RA 5B18A 4AUCA 4RYGA 4Y4XA 5P78A 2R3WA 2QI7A 1NPWA 4GJAA 5KR8A 2PWCA 3UCBA 4GJCA 3O99A 4K4QA 5P7ZA 4QJAA 4QJ2A 3GGXA 4Y4DA 5P23A 1K2BA 1QBRA 3EM4A 4Y3RA 5P3MA 1Z1RA 3WZ6A 4HEGA 4Y3SA 1IZDA 3OK9A 2AOGA 1CMSA 4LXKA 3O9GA 5P61A 2I4XA 3G72A 2AODA 2QU2A 3KDCA 3G6ZA 5OZDA 1DPJA 1FLHA 2BPYA 3TPJA 2Z4OA 1FQ4A 2G94A 1SH9A 3DOXA 5OZEA 4LP9A 3ZKQA 2FDDA 2G1YA 1UH8A 4Y39A 4DPIA 5P1AA 3CIBA 4FSEA 4L1AA 1HVKA 5P0LA 5P7FA 5P5YA 5CLMA 2QD7A 3LZUA 5P3GA 4CPUA 4FM6A 4Y3PA 5OYZA 2I4WA 1W5WA 2OHPA 1MUIA 5P8KA 5P0UA 5P7PA 2QI3A 5P0WA 4ACUA 3OQAA 4XX3A 4Z50A 5HCOA 1WBMA 2WECA 5AH9A 5SXNA 3UDHA 4I0FA 3NLSA 2HM1A 1HVCA 3O9EA 3FKTA 2R8NA 5P20A 5P33A 4EWOA 5P5GA 5DR0A 3FSMA 3G70A 4ZE6A 1RV7A 5COOA 5P0VA 4J5JA 5ER1E 4QLHA 1HXBA 1ZPAA 1FF0C 2QD6A 5P6XA 5AHAA 5P7NA 1D4KA 5P4BA 3ZLQA 4QJ8A 2QMGA 1PFZA 3KT2A 4ER2E 3DCKA 5P3LA 3I2LA 1FQ8A 3UDQA 1HVIA 4JOOA 3RSXA 3SLZA 3KDDA 4DJPA 3D1XA 4GZFA 1ODWA 1HVSA 2BBBA 5ENKA 3PRSA 4DQHA 3BVBA 4YE3A 4LL3A 5EZXA 1TQFA 5AGZA 4Y3DA 4EJDA 4R92A 3K4VA 5P6HA 5P41A 5KR0A 4GB2A 4EQJA 2SAMA 5P5VA 2PQZA 3B80A 4Y54A 4ZSRA 5IVTA 4I8WA 5OYVA 4DJXA 1FQXA 4Y3AA 1B5FB 5P0RA 5P2RA 3BC4A 3ZKSA 5P6RA 5P1UA 4ER1E 3I6OA 5HDXA 3NDTA 5P66A 4DH6A 5P5RA 1FMBA 1EC2A 4J1EA 3LPJA 5P3ZA 5P07A 4D85A 2G20A 4S1GA 1XL2A 1IVPA 3IXOA 3O9DA 3PCZA 5I3VA 4HA5A 4Y38A 5ISKA 5AH6A 5P5FA 4R91A 2G69A 5P49A 3D20A 1T7IA 3UDKA 5P7QA 1BIMA 2WKZA 1EC1A 5P6OA 5P6GA 5P2IA 3VSXA 4FRKA 5UPJA 5P8NA 4Y4BA 1BV9A 2QHZA 4B1CA 4FRSA 3HAUA 5P3VA 3EKYA 3Q5HA 4Y37A 5P2DA 4RLDA 1AJVA 5P80A 5J25A 5P1FA 3INHA 3PWWA 1HPOA 3SA8A 4AA8A 5P8IA 1RPIA 3GI5A 4J1HA 3KDBA 4Y5AA 3HAWA 5OZ4A 5P2JA 4KE1A 1SBGA 3ZKGA 3OTYA 2Q63A 5P4ZA 3S45A 5AH8A 5ENMA 5OZXA 5P89A 1K6PA 4GJ9A 2B42A 2HB2A 1IZIA 4DQBA 1ZP8A 3APRE 2MIPA 3EL1A 1G0VA 4RCFA 5KR2A 4X7IA 7HVPA 2FXEA 3KFPA 3VF5A 1HIIA 5P36A 3FV3A 3NU6A 1HBVA 4BEKA 2WF2A 2QI6A 5BS4A 2HPFA 2F8GA 4Y57A 5P5DA 3OOZA 5P3EA 3FNUA 4EHCA 3NU5A 3L5BA 1PPLE 5IVQA 3D3TA 1AVFA 2NXDA 5P2SA 4F76A 4Y6MA 2G1RA 3QRVA 5P4PA 1FEJC 2IL2A 1KZKA 5P4MA 3OUDB 4DJYA 3L5FA 5P84A 5P6DA 3KYRA 4YD7A 3HD8A 3S56A 5P8FA 4H3GA 1ZLFA 5OZNA 1IBQA 2AZ9A 3OHHA 2BPVA 4RRNA 1D4JA 2VA5A 3T11A 5P6TA 3S43A 4AZYA 1T3RA 1YTGA 3UDYA 4YHQA 2PMAA 3A2OA 2FDPA 4K9HA 3ZMGA 2OHLA 4FIVA 5P7LA 3OOTA 1IDBA 2QI4A 5OZ8A 3LITA 4J1IA 5P2CA 1YG9A 1PSAA 2HC0A 2RSPA 5P0JA 3OUCA 1QBTA 3EKWA 3PLLA 4OBZB 3CICA 3HVGA 3PMYA 4I0JA 1T7JA 4JPCA 5AHBA 2IEOA 2PYNA 3BUHA 3I25A 3OWNA 5C9BA 5P3UA 5P6YA 4EPJA 5P16A 4Y4WA 1NSOA 3GGUA 5P11A 2G26A 3PCWA 3QI1A 5JFPA 5I3YA 3OUDA 5E5KA 2XYEA 3AIDA 3ER5E 4AMTA 3Q4BA 5P7UA 1HSHA 5P5WA 5OZ1A 4LHHA 2I4QA 1PSOE 1DMPA 1F7AA 1OEWA 2V10C 5P4HA 1LF4A 3NUOA 5P0KA 4ZIPA 4ER4E 2ZJIA 2VNMA 2J9JA 5P7OA 2O4PA 4Y3HA 5P5OA 4Y4UA 5P0GA 3NYGA 3OXCA 5P6LA 3K4VC 5P8VA 2HS2A 3HZCA 5P2ZA 5P5ZA 3EKXA 5IVSA 1SDVA 5OZZA 1MTRA 3KFRA 2EWYA 1TW7A 3PSYA 2CEJA 3GI6A 2G1NA 3ZKIA 2AVSA 4GJ6A 3Q6YA 2VA7A 3SKGA 1IZEA 3EKQA 3UTLA 1NPAA 1IZHA 3INDA 3I8WA 5OZMA 5HE7A 5P5IA 1JLDA 2NPHA 1C70A 5P0CA 1K6TA 3NWQA 1GNNA 3ZKNA 3D1YA 5DR7A 5P43A 1XE6A 5P1EA 3LIVA 4EP3A 4BELA 3L59A 2JJJA 1W5XA 4I0HA 4NPTA 5P8JA 4OBHA 1AAQA 3MXEA 3NDWA 2F3FA 2G27A 5P7AA 3L3AA 2IQGA 4YD3A 5HDUA 5OZ2A 4J1CA 1KJ4A 3OQFA 4BFBA 1HXWA 4FRJA 2IDWA 5IS4A 1PROA 3JVYA 5P4LA 5DPZA 4Y4GA 2I0AA 5P29A 5P15A 1OHRA 3TPRA 5P5TA 3SKFA 5P1CA 5DQ5A 5P37A 4A4QA 3EM3A 3R2FA 4CKUA 4OBDA 3LIZA 4Q1XA 1DP5A 3EBZA 2Q11A 1FG6C 3ZOVA 1ZSFA 1EAGA 1SDTA 5P4VA 3VUCA 2QMFA 5HD0A 5P7WA 1MVPA 5P1ZA 2O4NA 5P18A 2R38A 5P2MA 3EL5A 3OU4B 4Y9WA 2O4KA 4I10A 2BB9A 4Y56A 5OZYA 1TSQA 3SFCA 3U6AA 6FIVA 3EKTA 1YTHA 5P0PA 3SABA 5P72A 2WF1A 2QD8A 5P4YA 5P1GA 2ZJHA 3EL0A 2V12C 3NXNA 2VIEA 2QZLA 5BRYA 3PEPA 1K2CA 2XFJA 4B72A 2Q64A 4COEA 5P4JA 5OZ5A 1KJ7A 5P7JA 3S53A 3R0YA 3T7PA 3SAAA 2HS1A 5P3OA 1HSIA 5P7CA 4FAEA 3Q3TA 5P5PA 4RROA 1HPXA 1MTBA 4DJRA 4LXAA 4Y45A 5KQZA 4OD9A 5P27A 5P3QA 5P4UA 5P4TA 1K6CA 3LIXA 2P3DA 4HE9A 2IRZA 4B77A 4APEA 5DQ4A 3L5CA 5P05A 3K5DA 3PWRA 3URIA 5OZFA 5P0BA 1QDMA 3OU4A 5P4QA 1TSUA 3S54A 4KB9A 5P3BA 1LYAA 2UY0A 4TVGA 2BKTA 4PEPA 3WZ8A 3QBHA 4R5NA 3BGBA 4YD4A 3NR6A 2OHNA 2OHSA 5P2UA 5P77A 3OQDA 3OU1B 5P54A 2AZ8A 5P8LA 3NXEA 3EC0A 2O40A 3T7XA 3JW2A 1SGZA 5P6UA 1SMRA 4FE6A 5P4EA 5P26A 5P75A 2IS0A 2VJ9A 5I3XA 5OZBA 4OBGA 5P1OA 1MESA 5P22A 5OZWA 3IVHA 1W51A 1GNMA 3LZYA 5P48A 5P85A 4PYVA 1EPPE 2VIJA 4ZPFA 5P5NA 3VYFA 2FDEA 5P0MA 3F9QA 5P83A 2G24A 3OTSA 2WJOA 1HHPA 1W5VA 1AXAA 3KM4A 5P39A 5P64A 5EZZA 2ZHUA 3OXWA 3UQRA 2FGVA 1APTE 5P8RA 2ZJMA 5P2WA 2ZJJA 5BWYA 4ZPEA 2QP8A 5OZ6A 3TPLA 5P5CA 1C6XA 3N3IA 3APPA 1OD1A 3RU1A 5KAOA 1UPJA 4J17A 4PZWA 2QZKA 2VS2A 4TRWA 4RVJA 4RZ1A 4A6CA 3LIQA 5HVPA 5F00A 1TCWA 1MEUA 5P0TA 2WEZA 5P42A 3OU1A 5P46A 4OBFA 5P00A 2VJ7A 1EBKC 5P6CA 2VNNA 2F3EA 3KN0A 2QNNA 2NMYA 3QRMA 4KUPA 1EPRE 2ZHTA 1ZBGA 5P62A 1HRNA 4J55A 2ZE1A 3O9CA 3TOGA 2AVVA 5OYQA 5P0ZA 1CPIA 4KE0A 5OYTA 3K5CA 5P0OA 3GGAA 1LYWB 2IGYA 2QAKA 1GVUA 5P1RA 5P6QA 3DV5A 1E5OE 2CEMA 2OHRA 4FS4A 5P7BA 3EKPA 2JYSA 1HEFE 1FIVA 4IVSA 1D4IA 1BAIA 1HOSA 1K1UA 1ER8E 5P02A 4LAPA 3VLAA 2PK6A 8HVPA 4DQFA 1IVQA 3CKTA 1K1TA 1MT7A 5P5BA 3UDNA 5P3TA 2QHYA 1B11A 2R3TA 3VYDA 1EPME 3S85A 5P82A 1GVXA 3S7MA 5P1MA 4FLGA 5OYUA 3PSGA 2FGUA 3BUGA 5OZIA 3T6IA 1BILA 3QPJA 5P60A 1A9MA 3S43B 4K4RA 5P24A 5AHCA 1FMXA 5P8AA 3VV8A 4DVFA 4Y51A 5KQXA 2UPJA 5P3IA 5APRE 5HTZA 4EP2A 2VIYA 5JG1A 1W6IA 1LYWA 5P1JA 4DUSA 5P0QA 5P7XA 3PGIA 5HU1A 4D83A 3D1ZA 1G2KA 5P8DA 1M43A 4B05A 4N00A 3INFA 2ASIA 2NNKA 5KQYA 5SZ9A 3OGQA 4R95A 1HVJA 5KOSA 5OZHA 2OHUA 5P0XA 3S8IA 3C9XA 5P47A 2XFKA 1J71A 1D4HA 5P25A 1D4YA 1XN2A 5P57A 1HTFA 2WEDA 1OEXA 4BFDA 1Z1HA 4Y3ZA 1FFIC 1XDHA 4RRSA 1B6JA 3T3CA 1WBKA 3UDJA 4L7HA 1Q9PA 2ER9E 4JECA 1MIQA 3HBOA 5P8UA 4B00A 3ECGA 4YBIA 4CPRA 2J9KA 5AH7A 5P0AA 2QNQA 5P30A 4Y58A 3SQFA 3OXVA 3H5BA 3NU4A 3UPJA 4XX4A 3DK1A 3VG1A 1YTJA 1PPME 2J9JB 6UPJA 2H6TA 4PHVA 5P1XA 3RTMA 3T7QA 3HW1A 5ER2E 3MWSA 4ZSQA 2QCIA 1FQ5A 1A30A 4YD5A 3SA7A 5P6FA 5P7IA 4U8WA 3R4BA 5P1QA 1ODYA 5P4DA 5P6ZA 4Y5CA 4J1KA 4I0EA 2QU3A 3CKRA 4Y3JA 1AIDA 1FFFC 3JVWA 4PPHA 4QJ6A 4EYRA 2FNTA 3UQXA 5HCTA 3QN8A 1PPKE 4EJKA 1KJGA 5P2LA 2PK5A 2RENA 5P5EA 5OZGA 5P2EA 2BPXA 2HB4A 2FS4A 4NJTA 4D89A 4F75A 3NDXA 1KJHA 3WZ7A 2I4VA 4A6BA 3WSJA 4K8SA 4B70A 5P87A 1VIKA 5ISJA 4B1EA 3GI0A 4M8XA 5OZQA 5P7SA 2NXLA 3OUAA 2AVQA 4HDBA 4YD6A 4QGIA 2AOEA 3BGCA 3ZKMA 1SIVA 4NPUA 3ZL7A 2F80A 4I1CA 5P7KA 2JXRA 5P8MA 5P34A 4DV9A 1IIQA 2NNPA 5OZOA 1Z8CA 4Y4AA 4CPQA 4ACXA 1BXQA 4FRIA 5P0NA 2ZYEA 1AM5A 4Y5EA 3BXRA 3PI5A 1BVGA 3UDRA 5P5JA 5OZTA 2ER6E 4L7JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AOH A;  3VLB A;  3BVA A;  4D8C A;  3H0B A;  2AOI A;  1GKT A;  3OGP A;  3L38 A;  5TOL A;  2V11 C;  4GJ5 A;  2QZW A;  1HTG A;  3SPK A;  3UFN A;  1A8K A;  3URJ A;  3OAD B;  1HTE A;  3DCR A;  4CPT A;  1MT9 A;  4XKX A;  2V00 A;  3LPK A;  1ZPK A;  1F34 A;  1LYB B;  1BDL A;  4DJU A;  2OHM A;  4R8Y A;  4DJO A;  3O9L B;  4HLA A;  4FGX A;  1ZAP A;  3BXS A;  2I0D A;  5P1K A;  4Y4T A;  5P3S A;  4I11 A;  5HE4 A;  3DV1 A;  1GVW A;  2IKU A;  3QP0 A;  5OZP A;  3QBF A;  2PH6 A;  7UPJ A;  3PI0 A;  3LIN A;  4Y41 A;  4Y3M A;  2ER0 E;  5P2B A;  5P3N A;  1EBY A;  1AZ5 A;  2QMD A;  4AA9 A;  5P14 A;  2V0Z C;  2RKG A;  3M9F A;  1G6L A;  2G1O A;  3WB5 A;  1LS5 A;  2P3B B;  4U7Q A;  4H3F A;  5P3C A;  4IVT A;  5P10 A;  2R9B A;  5PEP A;  1EPQ E;  4Y5P A;  5P56 A;  3GI4 A;  3BRA A;  3AUP A;  5P2A A;  5DGW A;  4Z4X A;  3S2O A;  3OAD A;  3ZPU A;  3WB4 A;  1B6M A;  4I0D A;  3VEU A;  3INE A;  4J1F A;  3IXK A;  3LZS A;  3DUY A;  4YDF A;  1YM4 A;  2PC0 A;  4FM7 A;  3SM2 A;  5P4X A;  3ZPS A;  1HTR B;  5P4N A;  4L1A B;  5P6S A;  5P06 A;  4Y4J A;  1LYB A;  9HVP A;  3MSJ A;  2OAH A;  3SA6 A;  2P3C A;  5DR1 A;  5P73 A;  4EXG A;  1EC3 A;  4Y3T A;  5OZU A;  5P3R A;  5B18 A;  4AUC A;  4RYG A;  4Y4X A;  5P78 A;  2R3W A;  2QI7 A;  1NPW A;  4GJA A;  5KR8 A;  2PWC A;  3UCB A;  4GJC A;  3O99 A;  4K4Q A;  5P7Z A;  4QJA A;  4QJ2 A;  3GGX A;  4Y4D A;  5P23 A;  1K2B A;  1QBR A;  3EM4 A;  4Y3R A;  5P3M A;  1Z1R A;  3WZ6 A;  4HEG A;  4Y3S A;  1IZD A;  3OK9 A;  2AOG A;  1CMS A;  4LXK A;  3O9G A;  5P61 A;  2I4X A;  3G72 A;  2AOD A;  2QU2 A;  3KDC A;  3G6Z A;  5OZD A;  1DPJ A;  1FLH A;  2BPY A;  3TPJ A;  2Z4O A;  1FQ4 A;  2G94 A;  1SH9 A;  3DOX A;  5OZE A;  4LP9 A;  3ZKQ A;  2FDD A;  2G1Y A;  1UH8 A;  4Y39 A;  4DPI A;  5P1A A;  3CIB A;  4FSE A;  4L1A A;  1HVK A;  5P0L A;  5P7F A;  5P5Y A;  5CLM A;  2QD7 A;  3LZU A;  5P3G A;  4CPU A;  4FM6 A;  4Y3P A;  5OYZ A;  2I4W A;  1W5W A;  2OHP A;  1MUI A;  5P8K A;  5P0U A;  5P7P A;  2QI3 A;  5P0W A;  4ACU A;  3OQA A;  4XX3 A;  4Z50 A;  5HCO A;  1WBM A;  2WEC A;  5AH9 A;  5SXN A;  3UDH A;  4I0F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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