5OZUA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 41
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozuA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozuA01
3TTPA 4Q1YA 3ER3E 4BEKA 3PBDA 4NJUA 3BVAA 5P4AA 3VFAA 3RTHA 1EBKC 1W6IA 3IVHA 5COOA 2NMYA 3URIA 2QAKA 1PSAA 1HVKA 3EL4A 4I0IA 5P6IA 5OZTA 4KB9A 5P44A 5P46A 5HDVA 4XXSA 5P72A 2F3KA 4B1EA 5P8CA 5PEPA 5P54A 4Y44A 5P3FA 4I0HA 3EKXA 5EZZA 5P1OA 4D8CA 5OYTA 4FLGA 1ME6A 5P8PA 2J9JB 5P24A 2QMGA 3VLBA 1T7JA 4GJ6A 4GJCA 3NU6A 4F76A 3BC4A 5C9FA 1HVJA 3AUPA 5P3XA 5P64A 5P1RA 1D4SA 5P01A 3ZKSA 4MC6A 5JFUA 1HEGE 5P0WA 3FX5A 2P3BB 3GGUA 3IXOA 5P7GA 5P7SA 1LZQA 1KJ7A 2B8VA 5P82A 4Y56A 3UQUA 2VA5A 2WF4A 3MSJA 5ENMA 5P6CA 3L38A 5OZ6A 1HTRB 3MXDA 4Y5MA 4Z4XA 1YTGA 3OQDA 4Z2ZA 1T7KA 3OXXA 4Y43A 3T7PA 3WZ8A 1D4HA 3TPJA 3VF7A 1SH9A 1QDMA 1E5OE 1FF0C 3S54A 1W5YA 5P77A 1E81E 3D91A 1MT7A 5P0KA 1ER8E 5P2SA 3INDA 3K5DA 5P8QA 4H3JA 5OZZA 1NH0A 3PBZA 4Y5NA 2BBBA 5BS4A 5P2NA 1XN2A 1GVVA 2OHKA 4FRKA 5P3PA 5P5XA 4Y5EA 1YTJA 3PB5A 5ISJA 5P7TA 5P0YA 5OZ7A 1IZIA 1B5FA 2R3TA 4HDBA 5P2FA 4H3FA 4J1EA 3OXCA 5P1VA 1DPJA 4ZSMA 4WY1A 4U7QA 3SM1A 1QBUA 2XFJA 2ZJIA 3OY4A 3SA5A 4ZSQA 4DI2A 3ZMGA 5OYWA 2G24A 3F9QA 4I1CA 3BGBA 3EM6A 2QP8A 1ZSRA 3PM4A 3I8WA 3L59A 5P6HA 5HU0A 1BBSA 5DQ4A 2MIPA 4R95A 1SMRA 2I4UA 4GB2A 1HVSA 5P07A 4Y4JA 3OU4A 1RV7A 2ZJMA 5P45A 3ZPTA 4R8YA 5OZVA 1K6CA 2P8HA 4ACUA 2BKTA 3BGCA 2F3FA 3GI5A 5OYSA 1AM5A 3VSWA 5KQXA 4LXMA 5P5DA 2V10C 4DH6A 5P8NA 4Y5PA 2Q11A 1D4KA 2F80A 1EEDP 4PYVA 4GJ7A 4MC2A 3RSVA 1ZLFA 3OOTA 5P8HA 4M8XA 3GI4A 4XKXA 2QMPA 1OD1A 5P3NA 2G27A 4FRIA 3OUBA 5P25A 4K8SA 1FGCC 3BHEA 3FNTA 4H1EA 5JG1A 3O9HA 3SAAA 3KMXA 3PEPA 4GYEA 5P7RA 1EC2A 5OYRA 3RTNA 3EKPA 1N49A 5JODA 5P8JA 3VV7A 1HSGA 4FM7A 1ODYA 3L5DA 2R8NA 5P68A 4YDGA 5OZ0A 4YE3A 3JW2A 5SY2A 2BPVA 2ER7E 5P4JA 2HS2A 3DK1A 5P5HA 1HVRA 1META 4DFGA 4LXKA 3DV1A 3EL0A 2FGUA 4GJ5A 4RVXA 3OQ7A 3D1ZA 1K1UA 3TOGA 2G69A 5C9BA 1YM4A 4EJDA 4HE9A 4GJ8A 4JP9A 4KE1A 3NR6A 3K5FA 3PLDA 1TCXA 5P1BA 3B7VA 2ZJJA 1KJFA 3QVIA 3KMYA 2WL0A 4FM8A 5P4OA 4Q1NA 2B7ZA 1K6TA 2R3WA 1QBSA 3OAGB 1FG8C 1EAGA 5P4TA 4OBJA 2IEOA 2IGXA 3PWRA 3VYDA 1APWE 4OBGA 4EYRA 2FIVA 3VSXA 1NSOA 5FIVA 5OZBA 2HIZA 5P2XA 1UH7A 3ZPUA 4DJPA 2BPXA 4D85A 4XX4A 5P6YA 1BXOA 1GNNA 3UDRA 5P0OA 3HVGA 3QI1A 4RCDA 5P2UA 5OZFA 5DGWA 4M8YA 1MSMA 4NPTA 2OHNA 3INEA 5P7MA 4A4QA 3Q5HA 1FFFC 4B77A 1KJHA 2G1YA 1HHPA 3PMUA 5P0SA 4FSLA 1SMEA 1BWAA 3EKTA 5DQCA 3NXNA 3IAWA 3BUFA 1AAQA 3TKGA 1OEXA 3OQFA 4Y3TA 2OHSA 4ZSPA 4I12A 3DUYA 5HE7A 1J71A 4R93A 3BVBA 4YD6A 5KOSA 3LIQA 3OUAA 2IDWA 4I10A 3S43A 5OZSA 4EJ8A 3DCKA 2Q63A 1MRXA 5P56A 4L7JA 5P2AA 7HVPA 3M9FA 5P2LA 2NXLA 2OF0A 2RSPA 5P0AA 3NDWA 3I6OA 3C9XA 4E43A 2G26A 4EXHA 1MESA 5P8TA 5P1MA 3EM3A 3LPIA 5IS4A 5P1TA 4IVSA 2RENA 2VNMA 4COEA 3SA8A 3GW5A 1LYBB 3JVWA 5AGZA 5CLMA 5P1AA 5UPJA 4YBIA 3UTLA 3Q6YA 2PK6A 4HVPA 1BDQA 1K1TA 3INHA 3ECGA 4Y3ZA 1LYAA 2PK5A 5P16A 4APEA 2QHCA 5P6LA 5P7FA 2PC0A 1PSNA 3VV8A 5I70A 3URJA 2XFIA 5P5OA 3PSYA 3HDKA 3UF3A 4DJUA 3OXWA 5P0XA 3A2OA 3UQWA 2VJ7A 1Z8CA 3UFLA 4DJVA 3VLAA 3EXOA 3G72A 4Z50A 4Y39A 2HB4A 3PI0A 3L5EA 2HS1A 5P67A 1BVGA 2IQGA 2Q3KA 1G35A 3IA9A 4DQFA 1IDAA 4Y48A 5DR7A 4J5JA 2CEJA 3BRAA 3EL9A 4Y3JA 5P52A 2ZGAA 4RROA 3S7MA 3K4VC 2AOCA 5C9DA 3FV3A 9HVPA 1HPVA 4OC6B 5P2OA 5P00A 3S43B 3SA9A 3TL9A 5P08A 3OU1A 4YA8A 3PGIA 5P40A 2QI4A 3LZYA 7UPJA 2HM1A 1HVHA 2P83A 1D4YA 2AVOA 5OZXA 1SGZA 1PPLE 3PVKA 3O9LA 4LL3A 5P5SA 1LEEA 5P0HA 3LZUA 3HAWA 2WHHA 5P7UA 3S85A 1IVQA 4A6CA 1IDBA 2APRA 3ZL7A 2UXZA 1A8KA 1XS7D 3NU3A 2Q5KA 4Y3DA 4CPTA 3R4BA 5P1FA 1APTE 2G1OA 1K6PA 3LINA 4CPQA 5ISKA 5P51A 3JVYA 6UPJA 5KR2A 3R1GB 5P49A 4J1IA 1YM2A 2PQZA 1Z1HA 5P18A 3FNSA 1MT8A 3NSHA 1HEFE 3U71A 4XX3A 4Y45A 3MXEA 3GI6A 5P1QA 5P23A 1T3RA 3MSLA 1W5WA 2QMDA 2IS0A 1ZPKA 3GGVA 5P55A 5P0CA 3QRSA 5COPA 5P73A 4DPFA 1SGUA 1Z1RA 4FE6A 5P02A 3B80A 1BXQA 5ER1E 5P1GA 1ZBGA 3VFBA 3UCBA 1HSIA 4YDFA 5AHCA 1IBQA 4NJVA 2FNSA 5P84A 2PH6A 5P1KA 2OAHA 5P3KA 5P7XA 2WJOA 5IVQA 2H6SA 3BUGA 4OD9B 5P4DA 4Y5BA 4Y5AA 3KN0A 2ZYEA 3QAAA 3CIDA 3SQFA 3GGAA 3QVCA 3T11A 5P43A 4QJ7A 3BXRA 1APUE 5P5MA 3IN4A 1EPLE 4RZ1A 1WBKA 4GJAA 4UPJA 4Y51A 5P7DA 2I0AA 2QCIA 2F3EA 1W5VA 3HBOA 3IVIA 4FIVA 4RLDA 2VJ9A 2BQVA 1EPME 3LITA 2WEBA 4OBZB 4HDPA 5P6BA 1HPSA 1K2CA 2QHYA 1BDLA 4ER2E 1C6ZA 5DQ5A 4Y3HA 5P2JA 3O9AA 2WF1A 1ZPAA 2VJ6A 4FCOA 2AODA 3OUDA 5P2IA 5P7NA 5OZAA 1T6EX 5P70A 3KF0A 3TKWA 1GVUA 5TOLA 3O9IA 2HPFA 3LPKA 4DPIA 5OZ3A 5P27A 3SA4A 4JPCA 5HTZA 2I4WA 4Y3FA 2V12C 2PYNA 3ER5E 2WEZA 4J54A 2V16C 2Z54A 5P53A 5IVTA 5HU1A 4RRSA 5P5UA 2PYMA 3EM4A 2IKOA 4OBDA 5P0FA 4LAPA 1EPQE 5P3JA 8HVPA 5P12A 3D20A 3D1XA 1SDVA 4AZYA 4DQCA 4NJTA 5HCOA 3ZLQA 5P8OA 2PWCA 5P6DA 6FIVA 2VS2A 5P50A 1ZP8A 4QJ8A 3ZKQA 4H3IA 4R92A 1AXAA 3UDJA 1HTGA 5P7HA 2I4XA 1TSUA 2ER6E 5P6EA 2OHPA 5P3CA 5P1LA 3O9BA 5P05A 2G1RA 5P1UA 5P6TA 3OADA 5P7YA 3K4VA 3N3IA 1FB7A 3NDUA 4Y38A 5P3TA 1RPIA 2AVSA 5P3UA 1FQ4A 4TVHA 3KT5A 1QS8A 3NDTA 5P6QA 5P7ZA 1TCWA 4Y3LA 3TPPA 4PEPA 5P3IA 5P38A 1QRPE 4GJ9A 1EC3A 4Y4DA 4YD4A 3KFPA 2HB3A 4Y5LA 3HLOA 3S56A 5P1JA 1B11A 3DJKA 5P79A 4OBKA 4TVGA 5P1NA 3KFNA 2Z4OA 5P6AA 1HVIA 3TOFA 1W50A 4WTUA 3IN3A 4DJOA 3NUJA 3HW1A 4L1AA 5P6NA 4EQ0A 1XL5A 2UY0A 5P0TA 4IVTA 4AA8A 3S2OA 3LPJA 3EC0A 4L6BA 3TLHA 4RYCA 2EWYA 4J1KA 5OZDA 4GJBA 5IE1A 5OZ9A 5P8MA 1MSNA 5HDXA 3DOXA 1BAIA 1W5XA 5P2EA 4K4PA 1B6LA 5P65A 1CPIA 5P4NA 3D3TA 3O9CA 5P5NA 1RQ9A 3TNEA 1EPPE 2F81A 3HVPA 3LIXA 5P5QA 3ZPSA 1FEJC 5ER2E 3L5CA 5OZ2A 2VIJA 4ZSRA 5OZPA 4TRYA 5P4MA 3D1YA 5P7QA 3APRE 2QU3A 1B5FB 4Y3SA 5P3ZA 3NDXA 1EBWA 2P3AA 5OYZA 4Y9WA 4YOAA 3DV5A 2R43A 1VIJA 3PCWA 1A8GA 3S7LA 2AOHA 5P57A 5P2WA 4B1CA 1Q9PA 4CP7A 3WB4A 2G1NA 2WF2A 2QK5A 2WECA 4JPEA 4K9HA 1HVLA 5P5RA 2QMFA 2V0ZC 2VIYA 4B00A 5P0UA 3OU4B 5F01A 5P8RA 4FM6A 2J9KA 5P6FA 3UQXA 2PSGA 2IL2A 2AZBA 4EXGA 5P42A 3ZKGA 3L5BA 5P7JA 2O4SA 4DJWA 4K4RA 3KA2A 5APRE 1HIVA 4PZWA 5P6VA 3K1WA 1M43A 5SZ9A 2QZXA 4CMSA 2O40A 3CIBA 2WKZA 1GKTA 3PI5A 1ODWA 1E80E 5P2TA 3NXEA 5P4RA 4EJKA 1MTRA 2V00A 2ZJKA 4Z22A 1KJ4A 3VYEA 5P1SA 3ZKMA 1LF2A 3IGBA 1KZKA 1HIIA 3IXKA 5P3LA 3UHLA 3RTMA 2XYEA 3OGQA 1K6VA 2WEDA 5P8SA 3L3AA 2BKSA 4I0EA 5P7VA 4L7GA 5P0EA 5P7KA 3CKTA 3UDQA 4BFDA 4DUSA 1RNEA 2A4FA 3O9FA 5P0PA 2QD6A 5P2BA 4ER1E 4Y4XA 1GNMA 5OZHA 1AIDA 4GIDA 4HEGA 3QN8A 1TZSA 1EC0A 5AH9A 4QJAA 3URLA 5P3OA 2AZCA 1FFIC 4Y57A 5P0LA 5P8VA 4BFBA 5P0NA 1ZJ7A 5KAOA 3GI0A 5P5EA 4Y4EA 3KYRA 5P09A 4R5NA 5P5GA 1FLHA 4B72A 5P4YA 3O9GA 1PSOE 5P4LA 2NNPA 3LIYA 2AOEA 3CICA 3PWWA 5CONA 1BDRA 3NU4A 5P2RA 5F00A 1PPME 5P5TA 1CZIE 3VYFA 3EKWA 3EKVA 5P1PA 2FNTA 1SDTA 1UH8A 1AVFA 2OHUA 3S53A 2I4VA 5P74A 4YCKA 3NLSA 5OYQA 5P4ZA 1DIFA 3T6IA 2B8LA 4QGIA 1K2BA 2CENA 4I0DA 3ZKNA 2BB9A 1HTEA 1IZEA 5P0QA 1HSHA 2XFKA 3VEUA 5P3HA 3SKGA 3R0WA 5P36A 3NU5A 3NWQA 4GMIA 5P8FA 4B05A 5P39A 4Y41A 1BIMA 5P7WA 5P6RA 4QLHA 4MC1A 4F73A 6APRE 2OHMA 4J0PA 4QJ9A 3OQKA 2IRZA 5KQZA 5B18A 1C6YA 2VA7A 3CMSA 3TOHA 4Y3MA 5P81A 4J1CA 4ZPEA 1LF4A 4Y50A 1HTFA 2QNPA 5P7BA 5P13A 1XL2A 2RKGA 1HBVA 1M4HA 1A94A 3PJ6A 3QRMA 4J55A 1TQFA 5AHBA 1D4LA 3WB5A 3SABA 4JECA 1UPJA 1W51A 5P4QA 2NR6A 3OTSA 4K4QA 3GGXA 5P28A 3OU3A 4RYGA 3OHFA 3EBZA 4MC9A 1ENTE 4Y4GA 4J0VA 4Y3AA 1MPPA 4B78A 1SDUA 5DR0A 5P3WA 5P2CA 1HPXA 1WKRA 2IENA 4Y4BA 4KE0A 3O99A 3UDYA 2J9JA 2NTRA 4FSEA 5DR1A 5OZ8A 2ER9E 1FMBA 4U7VA 1DW6C 5P60A 5P3QA 3OXVA 4NPUA 5P89A 3TH9A 5OZQA 5P2YA 5P7EA 4D88A 4Q5MA 3G70A 1HXWA 2P3BA 4ZPFA 4RVIA 3RSXA 4I8ZA 4EHCA 5P1XA 2QI6A 3SPKA 5P0VA 2JYSA 4YBFA 4Y3YA 1LYAB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TTP A;  4Q1Y A;  3ER3 E;  4BEK A;  3PBD A;  4NJU A;  3BVA A;  5P4A A;  3VFA A;  3RTH A;  1EBK C;  1W6I A;  3IVH A;  5COO A;  2NMY A;  3URI A;  2QAK A;  1PSA A;  1HVK A;  3EL4 A;  4I0I A;  5P6I A;  5OZT A;  4KB9 A;  5P44 A;  5P46 A;  5HDV A;  4XXS A;  5P72 A;  2F3K A;  4B1E A;  5P8C A;  5PEP A;  5P54 A;  4Y44 A;  5P3F A;  4I0H A;  3EKX A;  5EZZ A;  5P1O A;  4D8C A;  5OYT A;  4FLG A;  1ME6 A;  5P8P A;  2J9J B;  5P24 A;  2QMG A;  3VLB A;  1T7J A;  4GJ6 A;  4GJC A;  3NU6 A;  4F76 A;  3BC4 A;  5C9F A;  1HVJ A;  3AUP A;  5P3X A;  5P64 A;  5P1R A;  1D4S A;  5P01 A;  3ZKS A;  4MC6 A;  5JFU A;  1HEG E;  5P0W A;  3FX5 A;  2P3B B;  3GGU A;  3IXO A;  5P7G A;  5P7S A;  1LZQ A;  1KJ7 A;  2B8V A;  5P82 A;  4Y56 A;  3UQU A;  2VA5 A;  2WF4 A;  3MSJ A;  5ENM A;  5P6C A;  3L38 A;  5OZ6 A;  1HTR B;  3MXD A;  4Y5M A;  4Z4X A;  1YTG A;  3OQD A;  4Z2Z A;  1T7K A;  3OXX A;  4Y43 A;  3T7P A;  3WZ8 A;  1D4H A;  3TPJ A;  3VF7 A;  1SH9 A;  1QDM A;  1E5O E;  1FF0 C;  3S54 A;  1W5Y A;  5P77 A;  1E81 E;  3D91 A;  1MT7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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