3BHEA

Hiv-1 protease in complex with a three armed pyrrolidine derivative
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title HIV-1 protease in complex with a three armed pyrrolidine derivative
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-11-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bheA00
3I25A 1FKNA 3OU4B 1TSQA 1ODXA 1FFIC 1A8KA 3HD8A 4RVXA 4K4PA 1IZEA 3NDWA 1HVLA 4Y5LA 5P8DA 2QMDA 5CLMA 1AAQA 2R43A 2O4SA 2IS0A 1HBVA 2QZLA 3OXWA 3QPJA 2IDWA 5F01A 2ZHUA 3RSVA 4DI2A 1U8GA 5I70A 3ST5A 1FQ5A 2V11C 1UH9A 2FGUA 3IN4A 5I3WA 4TRWA 5P8AA 3QN8A 4Y54A 3M9FA 5HVPA 3D1XA 1F34A 4Q1YA 1AVFA 4ACXA 5P2TA 4LXKA 1ZP8A 4Y5EA 5P6GA 2IGYA 5P01A 4D83A 5P4SA 4OBZB 5P7HA 1BWBA 1XDHA 3NU9A 2QMGA 5P1NA 2ZJIA 4F74A 3NUOA 2IL2A 1K1TA 4Y5CA 1SMRA 3OADB 4Z4XA 2FXDA 1SDUA 2PH6A 5ER1E 5P2JA 3O9DA 3DV1A 1FQ6A 5OZDA 3OQFA 7HVPA 4APEA 4K8SA 8HVPA 4CPWA 5HDXA 2PMAA 4EWOA 3L5BA 5P43A 4OBKA 4GJ7A 4J0YA 4B1CA 2R5PA 5P7VA 3PM4A 1CPIA 1Q9PA 5P8UA 5P25A 1BBSA 1EPME 1C6YA 1B6PA 1ZTZA 3QS1A 4ZSQA 1EBYA 4Y3EA 4TRZA 1IZIA 5P6NA 3ECGA 1FLHA 4LC7A 5OZZA 1FF0C 1IBQA 2VIZA 3QVIA 1LYAA 5P00A 1GNNA 2PWRA 5P5QA 4PEPA 3KDDA 3BHEA 2WF2A 3L5EA 5OZRA 5AHBA 5P2BA 1K2BA 4YA8A 4OBHA 5P7JA 3UDYA 1YTHA 5P02A 2Q11A 1CZIE 4B00A 4HA5A 4Y4AA 5HE4A 1RQ9A 3O9IA 2PC0A 5P39A 5OZUA 5P12A 5OZ2A 4D89A 3CICA 5TOLA 2OHLA 4TVGA 4CP7A 1IDAA 4DJPA 3WSJA 2I0DA 2ZYEA 1YG9A 5P6OA 4Y4GA 3OAGA 5UPJA 5P34A 5P0UA 2WEBA 5P66A 5OZOA 1QBSA 3UTLA 2H6TA 5OZQA 3NR6A 3PSYA 2SAMA 1BILA 5P3PA 1D4JA 3ZL7A 1APWE 5P8RA 4OBGA 1T7IA 2J9JA 3INHA 4Y51A 2AVMA 5P2GA 2QU3A 3O9LB 5P7BA 4CPUA 3BC4A 2VS2A 2IEOA 1YM4A 2QD7A 2OHUA 4HDPA 4EQJA 3ER5E 4YCTA 5DR0A 3Q6YA 2PK6A 5P2HA 4EJLA 3PWMA 5P0ZA 4Y58A 5P3RA 1IVPA 1LV1A 4D8CA 3OWNA 5P19A 3SO9A 3D3TA 1W6IA 1UPJA 3MSLA 5EZXA 3O9HA 4GMIA 4Y44A 3IXOA 4QJ6A 3I2LA 2WF3A 4L7GA 1FIVA 4MC6A 2V12C 5P1FA 5P48A 2OHRA 3K5DA 3N3IA 5P73A 5DQ5A 5P5SA 2Q63A 4DJWA 2G1YA 3OGPA 5P3SA 3VCMA 3GI6A 4Y3DA 5OZGA 3PEPA 3OOTA 3HZCA 5P61A 5HDUA 5P8HA 3DUYA 4RRSA 4Y35A 2R9BA 2I4DA 2WECA 1ZPKA 1KJHA 4Y57A 4JP9A 5OZ7A 5P2IA 5P3OA 4EJ8A 5P3VA 4Z2ZA 3UHLA 5P4MA 1EEDP 3K1WA 2BPYA 3N4LA 3NXEA 5P4IA 1ZSRA 2WF1A 3GI4A 3NU6A 4DJVA 4GYEA 3RTNA 2QI6A 4ER4E 5I3YA 3I7EA 4Y3PA 2QZWA 3LIYA 1M0BA 4RCEA 1B6JA 4DJYA 2NXMA 5P32A 5KQZA 2BPZA 1TCXA 2F8GA 4PYVA 5P83A 3UDMA 3NYGA 5P7ZA 3ZKNA 2FLEA 4L7HA 3BRAA 5P50A 4YCYA 1TSUA 1HIVA 5P7KA 5P1DA 1HTFA 4OBJA 4FIVA 5P30A 3SA5A 5HE5A 5P0JA 5P2MA 5P1YA 3OXVA 2RENA 1W6HA 2I0AA 4IVSA 4MC2A 5P1GA 4KUPA 4Y3SA 1PSOE 2VIEA 4J54A 3TOFA 4DQEA 4DUSA 5P46A 5P44A 1M4HA 5P5RA 4GJ5A 2P3DA 5COOA 3TPRA 3WB4A 1TZSA 5P29A 3MWSA 3SAAA 3MSJA 5P26A 4QLHA 1MEUA 3O9CA 4A6CA 2ZDZA 3O9FA 3KMYA 5P86A 2QU2A 5P4UA 5P6QA 5KOQA 4OC6B 3OUAA 4J0ZA 5P4LA 5P40A 1BWAA 1YM2A 3QBHA 2QNNA 1F7AA 1NH0A 4RROA 4I12A 2EWYA 2NMYA 4HLAA 1FGCC 1PSAA 1MSMA 1MRXA 4QGIA 3L59A 2R3TA 3K5FA 6FIVA 1J71A 5P5YA 4XKXA 3EBZA 2ER6E 5DGWA 3T7QA 5J25A 1OEWA 4CPRA 5P08A 3EKYA 3TPJA 4Q1XA 1QBUA 5P5CA 3UQWA 5P6AA 1FQ8A 3UFNA 5P2CA 4I0HA 4FRIA 3UCBA 1HTRB 5OYVA 5P2VA 5P5FA 2FXEA 2G94A 3GGAA 3SKFA 1BVGA 5P4XA 3GI0A 3MXEA 3QAAA 4FRSA 3ZPSA 4DQCA 5P6KA 5P4CA 5P36A 3BXSA 3ZKQA 5P6VA 2VKMA 4Y5NA 1MIQA 2NXDA 1FMBA 5P7SA 3F9QA 4NJVA 1EPOE 4CPXA 4K4RA 2NTRA 1BDLA 5HD0A 4D88A 4XX4A 5P4GA 2XFIA 3TL9A 1DP5A 1LS5A 3FX5A 3LPIA 1E82E 5P0GA 3LNKA 5P60A 3S45A 4Y37A 3JVYA 5JFUA 4HZTA 2NR6A 5P13A 2WEDA 4J5JA 4Y4EA 1HPSA 2IKUA 2BPVA 3JVWA 2Z54A 5HE7A 2WF4A 4GJ6A 5P84A 3L5FA 5P3IA 5P5ZA 5HU0A 4YD5A 5P05A 2FNTA 5OYTA 3NSHA 5P55A 4LP9A 1BDRA 3OAGB 4FM7A 4FM8A 4QJ7A 1EAGA 5P7PA 5P6WA 4EXGA 4GIDA 3WB5A 1C6XA 5P6RA 1C70A 5KR1A 3G6ZA 3PCZA 1QDMA 2HS1A 1IIQA 1QS8A 2J9JB 3LPJA 2QCIA 1HVIA 2H6SA 5P6HA 5OZ9A 7UPJA 3T7XA 3Q4BA 4U7QA 3URIA 4AA9A 1SGZA 2G1RA 2V10C 5P5KA 1KJFA 3NUJA 1HPXA 5P75A 4U7VA 5OYUA 4WY6A 1EBWA 4BELA 3BUFA 2G69A 2QP8A 5KR0A 1VIKA 1BV9A 1FMXA 1SBGA 3DM6A 1NSOA 2XYEA 3EL1A 1G35A 1FG6C 5P17A 1SP5A 1NPVA 2XFJA 2I4QA 4NJTA 5P4VA 3TPPA 2F3EA 1IDBA 1BDQA 1EC2A 4YOAA 2HPEA 4D85A 5P22A 4EP2A 4FCOA 3FNSA 1T6GA 5P1HA 2AVSA 1SDTA 5OYRA 5HDVA 3T11A 1K6TA 1HRNA 2JYSA 4ZLSA 2Q55A 5IVQA 3QI1A 1SGUA 2AZ8A 4OC6A 3OHFA 5HTZA 1KJ4A 2RKGA 4QJ2A 1APTE 1NPWA 3R4BA 5P5IA 5DR1A 5P2RA 2Q5KA 3O9AA 3PWRA 5P53A 5P2WA 1Z1RA 3S43A 4AA8A 3CYWA 3HVGA 5OYZA 3S54A 1N49A 1YTGA 1GKTA 3D1YA 2ER7E 2P83A 4Y3AA 5P5XA 1SIPA 3VYFA 4TRYA 3ZKIA 4LBTA 5P65A 5B18A 4Q1NA 5OZ8A 5ENMA 1EPNE 4GJAA 1YT9A 5P5DA 5P1SA 4QJ8A 5AH7A 4FAEA 4ZE6A 5DR4A 1XN3A 4BFDA 5P6SA 3OQKA 4YD4A 1OD1A 4CPTA 4KE1A 1EPPE 4OBDA 2ZHRA 4ZSMA 3T7PA 4Y3QA 4FL8A 4Y4TA 3ZKGA 4FRKA 2F3KA 5P4YA 5P88A 5P31A 3DV5A 4I0FA 3UDRA 4DQBA 1E81E 1LZQA 5P8FA 2HAHA 5ISKA 5P7CA 5P7XA 3RTHA 3KA2A 3K4VC 3L38A 3EKVA 3G70A 2G24A 3UQXA 3I6OA 3PBZA 2XYFA 4Y48A 4Y53A 3NU4A 2AIDA 5P0FA 1YX9A 4MC1A 3VV7A 3UDHA 1QBRA 3DJKA 1K1UA 5DR7A 5OZHA 3SM2A 3SABA 1B5FA 5P72A 2VJ6A 2A4FA 2AOGA 2HPFA 4M8XA 4JPEA 2BPWA 4DJOA 4LHHA 3SA8A 4DJXA 4H3IA 3VF3A 2AOIA 5JG1A 5I3XA 3UQPA 4PZXA 2QI5A 5P0YA 1G6LA 3L5DA 5OYXA 3U71A 4F76A 2WHHA 5P4FA 3IVIA 4BFBA 5P6UA 3S8IA 3VV8A 6APRE 3RSXA 2IQGA 3NWQA 5OZMA 5OZSA 2V16C 5PEPA 4J1KA 1HVCA 1MT9A 2ZJKA 3B80A 2FDPA 5P2YA 2G26A 5OYSA 2AOCA 1W5XA 4ER2E 2ZJHA 5P1JA 4R5NA 2P3AA 3PRSA 1EPRE 1QBTA 4I0JA 5P1ZA 3EL5A 5P4PA 1UH7A 3OXXA 3ZPTA 1T3RA 5P0LA 5P0OA 2ZGAA 1AIDA 3LITA 5P1XA 4J1HA 2AOFA 2ER0E 2QI7A 2PWCA 3TTPA 4Y4XA 5P2ZA 1EBKC 4YOBA 1EC0A 1D4SA 4JECA 4J0VA 3OGQA 2QI0A 3FSMA 3BXRA 5P2LA 4JOOA 1HXWA 4ZPGA 3SKGA 4DPFA 5P0HA 4Y56A 2VA5A 1MTRA 1LF4A 2FMBA 5AHAA 1A8GA 2HIZA 4J1IA 2Q64A 2Q3KA 2RKFA 2FDDA 3PJ6A 5P82A 4BEKA 3IXJA 1B11A 3SACA 4Y4JA 5P20A 2PK5A 3T3CA 4Y3YA 2HB4A 2ZHTA 4DPIA 1FG8C 1FMUA 3VEUA 3FKTA 2CEMA 2IRZA 4EHCA 5P33A 1LYBB 1GNMA 3NU3A 3WZ6A 5AH6A 1D4YA 2AOJA 5P45A 3RTMA 1HOSA 5P1UA 5P3BA 1ZAPA 3KDBA 3PMUA 1DIFA 4FM6A 3VLBA 2B60A 1B6MA 2P3CA 1MTBA 3KM4A 5P7RA 1LYWA 1HEFE 3PSUA 1WBKA 5P81A 1Z1HA 4Y3XA 5P6YA 3LZUA 5P6IA 3PI0A 5P1BA 5P3KA 5P54A 3Q70A 4OD9A 3LZSA 3PMYA 3QIHA 2O4LA 5P52A 3LIZA 2AVVA 3OU3A 4DV9A 4B0QA 5SXNA 5P5VA 4CKUA 5P35A 2HS2A 4FSEA 1DPJA 4Y39A 5P1RA 5OZKA 1APVE 3KT5A 1BVEA 5F00A 3UDPA 1ZPAA 4K9HA 3IGBA 5P28A 4I0DA 5P70A 2BJUA 2ZJNA 3OUBA 1MPPA 3SQFA 3KFRA 3HBOA 5P1TA 3S7MA 4DQGA 1GVXA 4DVFA 3LZVA 2CENA 3UQUA 5P2KA 5P1CA 4ZIPA 4B05A 5P3UA 5P5MA 3KFPA 2F80A 5P3HA 5P71A 3TOGA 5P6PA 2O4PA 1Z8CA 4J1EA 3EL0A 2XFKA 2VA6A 1A9MA 3Q3TA 3INEA 1K6CA 4B70A 3PSGA 2AVQA 4Y3GA 3ZKSA 1ZJ7A 1TQFA 5KQFA 1MVPA 5P3EA 4GJ8A 5P3YA 5P49A 5P6CA 1HSGA 5P4OA 4DJQA 4E43A 5OZPA 5P3GA 5KAOA 5KQXA 2V0ZC 5P79A 2G21A 2AZCA 5P8BA 1RL8A 3CKTA 2VJ7A 4AMTA 1VIJA 4ACUA 5P24A 4FLGA 4DH6A 2I4XA 4NKKA 4YDGA 3TKWA 3VF5A 5IVTA 3SLZA 5P63A 3NLSA 3INDA 3FIVA 5KOSA 1SDVA 3INFA 1WBMA 2BQVA 4EP3A 5E5JA 3R2FA 5DR3A 2JJIA 5OZXA 4B77A 1HXBA 3NDXA 3APPA 3URJA 5P3XA 2IENA 3KYRA 5ISJA 3GGVA 5P80A 3PVKA 4B72A 4OBFA 3S43B 3FV3A 5P5LA 5P23A 1LF3A 3QROA 1GVWA 2F3FA 3OQDA 4R91A 2PQZA 2R8NA 5P8QA 4X7IA 5SY2A 5P7WA 3TH9A 3AUPA 4COEA 4Y6MA 5P6TA 4QJ9A 2AOHA 5P37A 3SA4A 2OHSA 2QZKA 2PH8A 3SA7A 3NXNA 3PLDA 5P8KA 2UY0A 5HDZA 5P07A 4EYRA 3I8WA 2BB9A 3CMSA 5P4ZA 4YBIA 2OF0A 4YDFA 1ZLFA 3UQRA 5P0MA 5P2XA 4YBFA 5P6JA 3KDCA 2R5QA 5DPZA 2QI1A 3R0WA 4Q1WA 3OK9A 4RCDA 2O4NA 3U7SA 3HLOA 5P04A 1XE5A 3DK1A 5AGZA 5P7NA 1GVTA 3EL4A 5OZ3A 3FNUA 5P6FA 5COKA 3URLA 3EM3A 5SZ9A 3VFBA 2ZJLA 5P7AA 3ZKXA 4RGHA 5P4JA 2FIVA 5P4HA 3O9BA 2PYMA 2Q15A 3EKQA 5P0CA 3QP0A 3S2OA 4Y3HA 4Z22A 1B5FB 2BPXA 3VG1A 4Y4ZA 1EC3A 5P09A 4DJUA 3R1GB 5IVRA 3TPLA 4XX3A 1PROA 5KR2A 3SFCA 4Y3MA 3CIDA 4J1CA 5P0VA 1HVJA 1LYBA 4ZPFA 5DR8A 5OZTA 4EXHA 1HVKA 4FAFA 4Y3ZA 3VUCA 2QAKA 1BXQA 1K2CA 5P7OA 3IVHA 1HSIA 2Z4OA 2VIYA 3C9XA 1QRPE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3I25 A;  1FKN A;  3OU4 B;  1TSQ A;  1ODX A;  1FFI C;  1A8K A;  3HD8 A;  4RVX A;  4K4P A;  1IZE A;  3NDW A;  1HVL A;  4Y5L A;  5P8D A;  2QMD A;  5CLM A;  1AAQ A;  2R43 A;  2O4S A;  2IS0 A;  1HBV A;  2QZL A;  3OXW A;  3QPJ A;  2IDW A;  5F01 A;  2ZHU A;  3RSV A;  4DI2 A;  1U8G A;  5I70 A;  3ST5 A;  1FQ5 A;  2V11 C;  1UH9 A;  2FGU A;  3IN4 A;  5I3W A;  4TRW A;  5P8A A;  3QN8 A;  4Y54 A;  3M9F A;  5HVP A;  3D1X A;  1F34 A;  4Q1Y A;  1AVF A;  4ACX A;  5P2T A;  4LXK A;  1ZP8 A;  4Y5E A;  5P6G A;  2IGY A;  5P01 A;  4D83 A;  5P4S A;  4OBZ B;  5P7H A;  1BWB A;  1XDH A;  3NU9 A;  2QMG A;  5P1N A;  2ZJI A;  4F74 A;  3NUO A;  2IL2 A;  1K1T A;  4Y5C A;  1SMR A;  3OAD B;  4Z4X A;  2FXD A;  1SDU A;  2PH6 A;  5ER1 E;  5P2J A;  3O9D A;  3DV1 A;  1FQ6 A;  5OZD A;  3OQF A;  7HVP A;  4APE A;  4K8S A;  8HVP A;  4CPW A;  5HDX A;  2PMA A;  4EWO A;  3L5B A;  5P43 A;  4OBK A;  4GJ7 A;  4J0Y A;  4B1C A;  2R5P A;  5P7V A;  3PM4 A;  1CPI A;  1Q9P A;  5P8U A;  5P25 A;  1BBS A;  1EPM E;  1C6Y A;  1B6P A;  1ZTZ A;  3QS1 A;  4ZSQ A;  1EBY A;  4Y3E A;  4TRZ A;  1IZI A;  5P6N A;  3ECG A;  1FLH A;  4LC7 A;  5OZZ A;  1FF0 C;  1IBQ A;  2VIZ A;  3QVI A;  1LYA A;  5P00 A;  1GNN A;  2PWR A;  5P5Q A;  4PEP A;  3KDD A;  3BHE A;  2WF2 A;  3L5E A;  5OZR A;  5AHB A;  5P2B A;  1K2B A;  4YA8 A;  4OBH A;  5P7J A;  3UDY A;  1YTH A;  5P02 A;  2Q11 A;  1CZI E;  4B00 A;  4HA5 A;  4Y4A A;  5HE4 A;  1RQ9 A;  3O9I A;  2PC0 A;  5P39 A;  5OZU A;  5P12 A;  5OZ2 A;  4D89 A;  3CIC A;  5TOL A;  2OHL A;  4TVG A;  4CP7 A;  1IDA A;  4DJP A;  3WSJ A;  2I0D A;  2ZYE A;  1YG9 A;  5P6O A;  4Y4G A;  3OAG A;  5UPJ A;  5P34 A;  5P0U A;  2WEB A;  5P66 A;  5OZO A;  1QBS A;  3UTL A;  2H6T A;  5OZQ A;  3NR6 A;  3PSY A;  2SAM A;  1BIL A;  5P3P A;  1D4J A;  3ZL7 A;  1APW E;  5P8R A;  4OBG A;  1T7I A;  2J9J A;  3INH A;  4Y51 A;  2AVM A;  5P2G A;  2QU3 A;  3O9L B;  5P7B A;  4CPU A;  3BC4 A;  2VS2 A;  2IEO A;  1YM4 A;  2QD7 A;  2OHU A;  4HDP A;  4EQJ A;  3ER5 E;  4YCT A;  5DR0 A;  3Q6Y A;  2PK6 A;  5P2H A;  4EJL A;  3PWM A;  5P0Z A;  4Y58 A;  5P3R A;  1IVP A;  1LV1 A;  4D8C A;  3OWN A;  5P19 A;  3SO9 A;  3D3T A;  1W6I A;  1UPJ A;  3MSL A;  5EZX A;  3O9H A;  4GMI A;  4Y44 A;  3IXO A;  4QJ6 A;  3I2L A;  2WF3 A;  4L7G A;  1FIV A;  4MC6 A;  2V12 C;  5P1F A;  5P48 A;  2OHR A;  3K5D A;  3N3I A;  5P73 A;  5DQ5 A;  5P5S A;  2Q63 A;  4DJW A;  2G1Y A;  3OGP A;  5P3S A;  3VCM A;  3GI6 A;  4Y3D A;  5OZG A;  3PEP A;  3OOT A;  3HZC A;  5P61 A;  5HDU A;  5P8H A;  3DUY A;  4RRS A;  4Y35 A;  2R9B A;  2I4D A;  2WEC A;  1ZPK A;  1KJH A;  4Y57 A;  4JP9 A;  5OZ7 A;  5P2I A;  5P3O A;  4EJ8 A;  5P3V A;  4Z2Z A;  3UHL A;  5P4M A;  1EED P;  3K1W A;  2BPY A;  3N4L A;  3NXE A;  5P4I A;  1ZSR A;  2WF1 A;  3GI4 A;  3NU6 A;  4DJV A;  4GYE A;  3RTN A;  2QI6 A;  4ER4 E;  5I3Y A;  3I7E A;  4Y3P A;  2QZW A;  3LIY A;  1M0B A;  4RCE A;  1B6J A;  4DJY A;  2NXM A;  5P32 A;  5KQZ A;  2BPZ A;  1TCX A;  2F8G A;  4PYV A;  5P83 A;  3UDM A;  3NYG A;  5P7Z A;  3ZKN A;  2FLE A;  4L7H A;  3BRA A;  5P50 A;  4YCY A;  1TSU A;  1HIV A;  5P7K A;  5P1D A;  1HTF A;  4OBJ A;  4FIV A;  5P30 A;  3SA5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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