4K4PA

Tl-3 inhibited trp6ala hiv protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLAKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Crystallographic Fragment-Based Drug Discovery: Use of a Brominated Fragment Library Targeting HIV Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-04-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k4pA00
1YTGA 3I7EA 5P2XA 3L58A 4FS4A 2P3DA 3S8IA 2FLEA 5P7KA 5B18A 5P8RA 5P1YA 3A2OA 5P4CA 3VG1A 3O9LA 4D88A 1MVPA 1BXQA 5TOLA 1FMXA 3OUCA 3N3IA 3ZOVA 5P6OA 4Y57A 5P8EA 3O9HA 4ZSRA 3OADB 2QU3A 4LP9A 2XFIA 5DR8A 2AOJA 5P29A 2O4PA 1LYAA 1MTBA 5OZ2A 5P0FA 5P3LA 1B6PA 2I4QA 2V12C 3SFCA 2OF0A 5P31A 4X2LA 5P1LA 1ZSRA 4L7HA 1MT7A 1GNMA 3S85A 5P3IA 4DQBA 1SDUA 3R4BA 6APRE 5P4GA 3LINA 3ZKIA 4MC9A 5P40A 1MRXA 1C6ZA 5PEPA 3HW1A 5P3ZA 4YE3A 3FNUA 3O9CA 5P1QA 1BDLA 4GJ9A 3OTSA 5P7EA 2VJ7A 4DQGA 3DOXA 3UFLA 3OXXA 1LS5A 1CMSA 4J1KA 2PSUA 1RQ9A 2IDWA 4S1GA 1SBGA 5P1RA 5P38A 2F81A 2HB2A 1GVTA 5P3SA 1HHPA 2AOGA 4Z22A 3MWSA 1Z8CA 1FMBA 3O9GA 3BXRA 5P6EA 4EJKA 4LAPA 1PFZA 3OU4A 1FG8C 2QMGA 1GVUA 4Y3TA 5IVRA 1MUIA 2CEJA 4H3GA 5P6VA 3IXJA 3EL9A 5P5FA 5P2WA 4YD3A 3G6ZA 4J0YA 5CONA 4Y3QA 1RNEA 3HZCA 5FIVA 2IGXA 3G72A 2VIZA 5P1DA 4J0VA 3IAWA 3LZYA 2Q3KA 2A1EA 3ZPSA 3DV5A 3NWQA 1ENTE 1KJHA 4EJLA 2V13A 4TVGA 5P0TA 1HVKA 4Y5PA 1HTGA 4R8YA 3Q6YA 1OEXA 4EPJA 3IA9A 3PSGA 3H5BA 5P8QA 4Y4UA 1EPPE 4YA8A 2AIDA 5OZTA 1TCXA 1YTIA 3SA5A 4DV9A 5I3WA 3SACA 5P7AA 2VNMA 4D8CA 3Q3TA 5P61A 1T3RA 5P0NA 5P1ZA 4Y3LA 1B6LA 2NMZA 2VJ9A 5OZJA 1E5OE 2PK6A 3I6OA 3OU1A 5P2SA 4F75A 3PBDA 1YM2A 5P58A 5P85A 4BFBA 3M9FA 1JLDA 2NXDA 3SA8A 4NJTA 2WJOA 2G1RA 4B0QA 4EWOA 5OZ6A 3UDKA 4DVFA 2ZE1A 5AH7A 2G21A 5AH9A 2Q15A 5P09A 5P75A 4X7IA 1E80E 3CIDA 4D89A 2RENA 1FIVA 5HDVA 3KN0A 1LF3A 1WBKA 2BPYA 2V0ZC 1OEWA 5P08A 5P59A 3KA2A 3KYRA 2I4WA 1NPAA 4PZWA 3DUYA 5COPA 4QJAA 3VF3A 4R95A 2F80A 4OBFA 2HS2A 3OUAA 3I8WA 2F3EA 1CZIE 3Q70A 5HDZA 4KE1A 5P4VA 4COEA 4U7VA 5P7GA 2R38A 3CYXA 3N4LA 5P1IA 4TRYA 1M0BA 4ZEAA 4OD9B 3KMXA 3GGUA 3CYWA 5P0UA 4Y5EA 3JVWA 3EM4A 3S45A 1BBSA 5KR2A 1YTHA 2AVMA 4A4QA 3ZMGA 1TW7A 1D4HA 1PPKE 1SDVA 5P6MA 5P26A 4Y4GA 2J9JB 3NSHA 5P72A 3R0YA 4YCYA 1MT9A 2PH6A 3PSYA 5P06A 2B42A 5KQXA 2WF1A 1K2BA 1FMUA 2G22A 2AODA 2V10C 2NMYA 3LPJA 5OZQA 4DJPA 2O4SA 4RZ1A 4Y3DA 3QRVA 4Z2ZA 3K4VA 4EYRA 5DQ5A 5HU1A 4J0ZA 1UPJA 2I0AA 4K8SA 1XS7D 5P4XA 1W5XA 5OYUA 3ZL7A 5OZ9A 3BRAA 1TSQA 5P3UA 1EAGA 2ZHVA 2FGVA 4RYGA 5HE5A 4RVXA 5P12A 2IGYA 3NLSA 5P25A 3QRMA 5P7NA 3U7SA 4RYCA 4LC7A 4CPWA 1BDRA 8HVPA 3S43A 4Y51A 2IQGA 1K1UA 5P0VA 1LEEA 2JJIA 1T7IA 4PZXA 2PK5A 1SH9A 2RKFA 5OZSA 5P60A 4FIVA 1TZSA 1PPME 5I3XA 4RCEA 1K6PA 5P4SA 5DQ4A 1HXWA 3H0BA 4IVTA 5P1KA 2HB3A 3IXOA 4JPCA 4AA9A 1IZHA 4MC2A 5OZZA 4AA8A 2B8LA 5P65A 4R5NA 3URJA 5P69A 4YBFA 4GYEA 4QJ8A 1EPME 1FQ7A 1W51A 5P04A 5P3OA 3VYDA 2F3FA 2RKGA 1C6YA 1AIDA 2Z4OA 2Q64A 2OAHA 5OZWA 3PMYA 4MC6A 1GVVA 3QN8A 5P0HA 5OZ4A 5P74A 4OBHA 1W5YA 3APPA 5P3XA 2QK5A 4U7QA 1K2CA 5P0BA 3O9FA 5P63A 5P6FA 4ER1E 1FGCC 5P8BA 5P22A 4B00A 4HE9A 3I2LA 1TCWA 3CKTA 4JOOA 2RSPA 4H1EA 1XL2A 4F74A 1HSIA 1LYBB 4ZSQA 3ZKSA 3VV7A 3TOHA 1BDQA 1HEFE 5P5SA 1GNOA 5OZ1A 5P5LA 1FB7A 4Y3RA 1XDHA 1AVFA 3OGPA 3MSLA 1M43A 2R5PA 3FKTA 3KF0A 1MSMA 1LF2A 5P4TA 5P88A 5P8TA 3IVHA 3QS1A 5HCTA 5BRYA 3INHA 2NXMA 3OQDA 3OXVA 4Y39A 4LHHA 4Y4XA 5P3WA 3KFSA 1PROA 5JODA 2ZHUA 5P7CA 1DP5A 2QU2A 2AVVA 6FIVA 1KJGA 4DJUA 4NKKA 5P33A 5P78A 5P51A 4Z4XA 3UF3A 2G27A 4ACUA 4TRZA 2XFJA 5P0XA 1LYWB 3EKVA 1MEUA 4E43A 4HDBA 3PSUA 1LZQA 2PYMA 2R3TA 1RPIA 2PC0A 2A4FA 2H6SA 2P3AA 4NPTA 2ZJJA 1BWBA 3UDHA 5P5GA 5OYQA 4ACXA 4Y48A 4GZFA 1Z1RA 3AUPA 3OQAA 3UHLA 3Q5HA 5P7WA 4L1AB 1YG9A 2QMPA 3WZ7A 4KE0A 5P1TA 2QNPA 5P0AA 3ZKGA 3O9DA 4Y3HA 2HPEA 2J9KA 5P3MA 4I1CA 5J25A 3ZLQA 5HCOA 1FG6C 4Y53A 3TPJA 4OC6A 2ER7E 1MT8A 4CP7A 4HLAA 4CPRA 4Y5MA 4LXKA 5P8FA 5OZDA 4FGXA 4EP2A 3KMYA 4Y43A 1YT9A 3TKWA 2AZ8A 1FQ6A 1K6TA 2FDDA 5DQCA 4QJ2A 5P5IA 4Y3PA 4Y6MA 5HVPA 5DR7A 2WF0A 2PQZA 3UQXA 4FRKA 4ZPGA 1W6HA 5P4DA 5P7VA 1M4HA 2QD7A 1BV9A 3LIVA 5P4ZA 1D4JA 4L7JA 1QBRA 3OUDA 3OXWA 4K4RA 3G70A 5P2RA 5P5BA 1UH7A 4Y3EA 5P6TA 3SA4A 5KQFA 2IRZA 2FXEA 4WTUA 1WBMA 1B5FB 1W50A 2ZJKA 1HEGE 5OZAA 5P8AA 1W6IA 1ZSFA 3OK9A 2AZCA 2PSVA 3RTNA 3T6IA 3PM4A 4TRWA 5P02A 3VLAA 3GI4A 2VA7A 5P0WA 2IL2A 3PGIA 1XL5A 5P41A 2ZHRA 2ANLA 3S54A 3SA7A 4LXMA 3ZKMA 4Y4EA 4OBGA 5P4BA 5P2EA 5P2VA 3VSWA 1UH9A 5P7UA 4GJBA 2CEMA 5DQ2A 4FSLA 5OZXA 4FLGA 3OWNA 4FM7A 2HM1A 5P6LA 4Y3YA 2VIJA 3NU9A 5P8UA 4Y4JA 3LPIA 4Q5MA 2VKMA 5P0KA 4FCOA 3TNEA 2AVSA 3LPKA 3R0WA 4FSEA 2HC0A 2Q11A 3DCRA 2QNNA 2UXZA 5I70A 4TVHA 5P15A 1AAQA 5HU0A 4Y50A 5P7OA 5T4SA 3LIQA 3NU6A 4QGIA 3TTPA 4Y58A 2Z54A 5OZGA 1A9MA 3NXEA 4ZE6A 2BPZA 1LYAB 1BIMA 4Y4BA 5P3HA 4B1DA 5P2NA 2I4VA 5P7FA 3WB5A 5P0GA 5P1BA 4RRNA 5P1OA 3UPJA 3URLA 5P5EA 3FNTA 4YHQA 4YD5A 4I8ZA 5P5NA 5P8GA 4I0JA 3SKGA 4XX3A 5P1GA 5P3RA 2WEAA 3IXKA 3HVGA 1ZTZA 3EMYA 2I0DA 5P5VA 5IVQA 5KAOA 2IEOA 5P5DA 1XN3A 1SGZA 1SMRA 2G26A 4K9HA 3PWRA 3UDYA 5AHAA 4EQ0A 3L5EA 4CPQA 2CENA 1FQ8A 2O4KA 3K5FA 1FF0C 4B77A 5P3BA 1B6JA 2NTRA 1HIHA 2QI3A 2R9BA 4I0HA 3KT5A 3INFA 3FV3A 4PEPA 4J1FA 2HS1A 3D1ZA 5P68A 4ZIPA 5P5QA 5KR8A 4Y3XA 3DJKA 5P8JA 5P5KA 2G20A 1E82E 3L5FA 5OZKA 2FXDA 3GI5A 5P7YA 2AOEA 3SA6A 2WL0A 5AH6A 1KZKA 3SM2A 3UFNA 3UDPA 2I4XA 3OU4B 2UY0A 1KJ7A 2G1OA 5P57A 5P3NA 4I0IA 5P44A 2ZHTA 1SP5A 1XN2A 5P24A 1ZAPA 3R2FA 5OZFA 5P4FA 1YM4A 2HB4A 3TOFA 5P6BA 4Q1YA 3EXOA 5P48A 2QI6A 2V00A 4GJ8A 5P4RA 2WF4A 5P0EA 3QVCA 5DR3A 4DJXA 2I4DA 5CLMA 5P3CA 2BPXA 2VIEA 1VIKA 4HDFA 1SMEA 2ZJLA 5P2ZA 3FIVA 3DCKA 5P05A 4J5JA 5P5WA 4Y3JA 4YD4A 1HSGA 3RTMA 7HVPA 3D20A 5P10A 5P5UA 2QMFA 3AIDA 5IE1A 4B72A 1T6GA 1MERA 4PPHA 5EZZA 1HXBA 2ASIA 5OZ7A 4RRSA 4I0EA 3VFBA 5P82A 5P89A 4R92A 5P4PA 4OBZB 2IKOA 2P3BA 1EC2A 3OOZA 2SAMA 4QJ9A 1LV1A 1IZEA 1MTRA 3MSKA 1BVGA 3HAUA 3OU1B 3EBZA 4OD9A 4WY1A 4DJYA 4Y9WA 5COKA 5P45A 5P4KA 2R8NA 5KOSA 3HAWA 5P8DA 4K4QA 1NH0A 3U71A 5AHCA 3EC0A 2BKTA 5AH8A 4Y45A 2NPHA 3U6AA 5JFUA 4FM8A 5P5TA 4DUSA 2ZHSA 2AVOA 5P70A 5P4AA 1NPVA 2O40A 4Y5CA 1IZDA 1BILA 5P1MA 4Q1XA 5P3GA 4MC1A 5P7IA 3SA9A 1DW6C 4Y5NA 4I0ZA 3VSXA 4Y5AA 2BQVA 4Y3SA 3RU1A 4M8XA 1EPNE 3UDQA 3BUHA 3PI5A 2B7ZA 5P2OA 5P8OA 5P62A 4Y38A 5BS4A 5E5JA 5P6GA 4ER4E 2QI1A 5I3VA 4I0FA 5P84A 1D4LA 3QP0A 3S7MA 3ST5A 5P6UA 3PCZA 2HIZA 5P0JA 3T11A 4YCKA 3MSJA 2G1SA 3PMUA 5P0OA 4DPIA 2WF3A 4B1CA 2PH8A 3EKQA 3KFNA 5P0IA 3UQUA 5OZCA 5P1UA 2F3KA 3IN4A 5P71A 1T6EX 4DQEA 5COOA 5P2YA 5P8PA 3TLHA 1EPOE 5P1FA 2Q5KA 5AGZA 1BVEA 3ER5E 4J0TA 2VNNA 3LIZA 1MSNA 5P6NA 2G1NA 3GGXA 2OHLA 5C9DA 5P4HA 2AQUA 4Y4AA 4XKXA 1K6CA 2OHNA 2V16C 5DGUA 3EM6A 5P50A 2WEBA 2MIPA 2AVQA 2QZXA 3PRSA 5OZYA 4RCDA 5P0RA 5JG1A 2IS0A 3VFAA 3R1GB 3IGBA 3TPRA 4YD6A 3TKGA 3TPLA 5OZVA 4J55A 2B60A 4YOBA 1HWRA 5P18A 5OYZA 3OTYA 3OU3A 3DV1A 3VLBA 5P7MA 5P6RA 3S43B 5P7BA 5P5AA 4FAEA 3PLLA 3VUCA 5P5XA 4DQHA 3O9EA 2BBBA 2OHTA 5ER1E 4NPUA 5P5JA 5P27A 4Y37A 3INDA 4Y54A 4GB2A 1C70A 1MPPA 1ZPKA 1HIVA 2B8VA 3ZPUA 5P4QA 3VV8A 5P66A 3C9XA 3IVIA 5ISJA 2PSGA 2QAKA 5P20A 1FKNA 4YDFA 5P2UA 1APUE 5P7XA 4EP3A 4J1HA 1FFFC 5OYSA 5OYTA 4HDPA 2ZJMA 1APWE 2WF2A 1EBKC 5P8KA 4H3JA 5P6JA 9HVPA 3HDKA 2R3WA 4R93A 3RSXA 3CIBA 4OBDA 3PB5A 2FNTA 3O9BA 1DMPA 2QHZA 4Y3WA 1CPIA 2UPJA 4CMSA 2Q63A 2JYSA 4EXGA 4CPTA 3K4VC 5SY3A 5ISKA 3BGCA 3GGVA 2BJUA 5P8VA 5P1NA 5OYVA 1BWAA 5SY2A 4YBIA 5P8NA 1OD1A 5P17A 5DR0A 5P4LA 1A30A 3CKRA 4FRIA 3PWWA 4DI2A 3NU3A 2IKUA 4YD7A 2ER6E 1HVJA 4L1AA 4Q1WA 3EL0A 3VF7A 5HTZA 5OYYA 5P07A 4XX4A 5KQYA 5DQ1A 3LITA 1MESA 2P8HA 1BAIA 2APRA 2NXLA 3UCBA 2XYFA 4Y3ZA 5P42A 1XE6A 5OYWA 3JW2A 5P6ZA 4AMTA 4FM6A 1YX9A 5P4JA 3UDMA 5SZ9A 5HE4A 3PI0A 1IDAA 5HD0A 3NDTA 2G94A 3DK1A 1EPLE 1FQ5A 2QD6A 5P4UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YTG A;  3I7E A;  5P2X A;  3L58 A;  4FS4 A;  2P3D A;  3S8I A;  2FLE A;  5P7K A;  5B18 A;  5P8R A;  5P1Y A;  3A2O A;  5P4C A;  3VG1 A;  3O9L A;  4D88 A;  1MVP A;  1BXQ A;  5TOL A;  1FMX A;  3OUC A;  3N3I A;  3ZOV A;  5P6O A;  4Y57 A;  5P8E A;  3O9H A;  4ZSR A;  3OAD B;  2QU3 A;  4LP9 A;  2XFI A;  5DR8 A;  2AOJ A;  5P29 A;  2O4P A;  1LYA A;  1MTB A;  5OZ2 A;  5P0F A;  5P3L A;  1B6P A;  2I4Q A;  2V12 C;  3SFC A;  2OF0 A;  5P31 A;  4X2L A;  5P1L A;  1ZSR A;  4L7H A;  1MT7 A;  1GNM A;  3S85 A;  5P3I A;  4DQB A;  1SDU A;  3R4B A;  6APR E;  5P4G A;  3LIN A;  3ZKI A;  4MC9 A;  5P40 A;  1MRX A;  1C6Z A;  5PEP A;  3HW1 A;  5P3Z A;  4YE3 A;  3FNU A;  3O9C A;  5P1Q A;  1BDL A;  4GJ9 A;  3OTS A;  5P7E A;  2VJ7 A;  4DQG A;  3DOX A;  3UFL A;  3OXX A;  1LS5 A;  1CMS A;  4J1K A;  2PSU A;  1RQ9 A;  2IDW A;  4S1G A;  1SBG A;  5P1R A;  5P38 A;  2F81 A;  2HB2 A;  1GVT A;  5P3S A;  1HHP A;  2AOG A;  4Z22 A;  3MWS A;  1Z8C A;  1FMB A;  3O9G A;  3BXR A;  5P6E A;  4EJK A;  4LAP A;  1PFZ A;  3OU4 A;  1FG8 C;  2QMG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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