3BUFA

Bace-1 complexed with compound 2
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
391
structure length
359
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSFPDGFWLGEQLVCWQAWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Tyramine fragment binding to BACE-1
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 359
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bufA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3bufA02
1W6IA 5P2AA 3TKGA 4J17A 4L6BA 4Y3GA 5P8NA 4B72A 5P8BA 3UF3A 1SP5A 4Y35A 2FDPA 4Y3ZA 3SAAA 4ZIPA 1HWRA 2AQUA 4Y4XA 2CEJA 5P65A 4RVIA 2AOJA 1YT9A 4GZFA 2OHUA 1C6XA 2FGUA 5DR1A 3TTPA 1HVRA 2QMGA 5P14A 5APRE 3QP0A 1FQ6A 5HD0A 1OEWA 4EQ0A 4OBHA 5P2WA 1HRNA 5E5JA 5P5QA 5P72A 5P1YA 5P6HA 2A4FA 4APEA 1Z1RA 2V10C 2QMFA 4GJAA 1FG6C 3QI1A 4FRJA 5HCOA 4Y3XA 3MXDA 3S43A 3SQFA 1FKNA 3VF3A 1AVFA 1BV9A 2UXZA 4OBFA 1G2KA 1A30A 5P2XA 4DVFA 2ZHSA 4UPJA 1NPWA 2ZJKA 4KB9A 3OQKA 5OZIA 2R3TA 4HDBA 5P5OA 3S53A 1FMUA 1DP5A 2HIZA 1E80E 2QD8A 5P4JA 1W5XA 2QU3A 3FSMA 4NJTA 1KJHA 2AODA 2QNQA 4AUCA 4L1AB 2UPJA 3IXJA 1DW6C 2WJOA 5P6TA 3KT5A 5P61A 4EXGA 4FCOA 3OK9A 5OYXA 4DJUA 3PVKA 1EBYA 2O4NA 3F9QA 3ZKQA 5P3JA 3O9IA 3UDKA 5OZWA 3PI0A 4Q1XA 5P7QA 5P0DA 2I1AA 3OAGB 4QGIA 5IVSA 4Y4TA 4Y3AA 3L5EA 2VA7A 3R0YA 1EPME 5P04A 1SGUA 5P8KA 5P74A 5P3NA 2I4DA 5P33A 1K6VA 5KQFA 3OHFA 3NLSA 3GGVA 4NJUA 1B6JA 1Q9PA 3FKTA 3IXOA 5P38A 1ENTE 3OOZA 2AOIA 1Z8CA 3BGCA 3LZVA 1RQ9A 1NPVA 3ZL7A 5OZ2A 4Q5MA 5P3HA 1BVEA 2QU2A 4EP3A 5P2DA 1BWAA 5P18A 3L5DA 2R3WA 4N00A 4F74A 4Y45A 1A8KA 2QD7A 3BVBA 4FAEA 3CYWA 4Y41A 3SFCA 3TOGA 2PK6A 5P5RA 3BC4A 4LXAA 4J1CA 4JPEA 5P06A 2P3BA 4GIDA 4D83A 7HVPA 5OZ1A 5P15A 3UQXA 3KFRA 3MXEA 4XXSA 2H6TA 3WZ8A 1K6TA 1QRPE 1EEDP 4BFBA 2QMPA 4DH6A 5P60A 3NYGA 4GJCA 4PYVA 3OTSA 5J25A 5P4YA 1XDHA 5P1TA 1ODYA 3VLAA 3L3AA 5P0QA 5KR1A 5P2VA 2ASIA 2R5QA 4I12A 4EJDA 3IN3A 2FMBA 3PLLA 5DQ2A 1HTFA 4DQCA 5P1AA 4Y43A 3BHEA 3NDUA 5AH8A 1WBMA 4L7GA 2V13A 2QHYA 3LHGA 4TRYA 3VYDA 5P08A 1HTEA 3OY4A 3ZKGA 5P4NA 1W5VA 5P3LA 3RVIA 5P3SA 2HM1A 2VIJA 4K4PA 2QMDA 3OU4A 4FSEA 2PWRA 5P2CA 5P0BA 4Y5PA 5P63A 1E5OE 5P7JA 1IIQA 2OHMA 1ZJ7A 4LBTA 5P1CA 4I0DA 2ZJMA 2J9JA 5DQ4A 4B0QA 5HTZA 1NPAA 4ZSQA 4Y4EA 5P8SA 3FIVA 2QD6A 4FIVA 3GI6A 5OZJA 5P4KA 3K5FA 5P3PA 5P16A 5SZ9A 2IS0A 2Q55A 3ZKSA 1N49A 4LXMA 3RTMA 3QAAA 5P7HA 1FQXA 2WL0A 1CZIE 5F00A 3GI5A 2ER7E 1GVVA 1PSOE 5I3VA 4QJ7A 1ZPAA 1PFZA 3VYFA 3N4LA 3T11A 1ER8E 5P4FA 4ACUA 4Y5CA 5OZRA 3LIXA 3MSKA 3QBFA 5P5DA 2BBBA 3UDNA 3PGIA 3DV5A 2AOCA 2O4LA 8HVPA 1K1TA 5P7IA 3PSUA 3I25A 2MIPA 4D8CA 2V16C 2VS2A 3NU3A 5P0PA 1UPJA 1D4LA 5P7ZA 3HVGA 3SM2A 5FIVA 2IKUA 2ANLA 5P22A 4FM6A 1RV7A 1G35A 3K5CA 3VG1A 3QS1A 3S43B 1PSNA 3WB4A 3UDQA 4X7IA 1MT7A 3KDBA 3H5BA 4LL3A 3BUGA 5P1SA 5P26A 5P1PA 4LAPA 1GVWA 4EXHA 5IVTA 2F80A 5DGWA 5P6EA 5P8FA 5P5AA 4RCEA 4BFDA 2QI6A 4B1CA 5P2JA 4U7QA 3L5CA 4Y3NA 6UPJA 2FDEA 3HAWA 5ENMA 5P1RA 4AA8A 2Q5KA 5BWYA 3LPKA 5OYUA 4Y9WA 5P1OA 5P6LA 5P8GA 1XE5A 5P1ZA 1YG9A 4PZWA 4F73A 3GI4A 5P2ZA 2R8NA 5P47A 4Y5BA 5AHAA 3PMUA 2NXDA 5OZQA 5P79A 1AJXA 3K1WA 4Y3MA 3RSXA 2QZXA 5I3XA 3URJA 1FMXA 4ZSPA 4I0IA 3EM6A 5P07A 1GNMA 1TZSA 1BIMA 5P6JA 4YHQA 3PRSA 3VV8A 2HS2A 4Z4XA 5OZXA 1D4HA 3SA6A 5OYYA 3ZPTA 3HLOA 4E43A 4J55A 3TPPA 5IVRA 5P6RA 5P37A 5P4AA 5P0RA 1DAZC 5AH9A 5P2TA 3WZ7A 5P6GA 2WEBA 3OGPA 1GVUA 3KDDA 5P3EA 5P2IA 3H0BA 4A6BA 2NNPA 5C9DA 3HAUA 4RCFA 5OZ8A 1HVKA 3QRSA 1FG8C 5P4QA 5AGZA 4Y5MA 4LXKA 3EM3A 2P3BB 3UCBA 5OZBA 2I4VA 3VYEA 2P3DA 3WB5A 2FXEA 1BBSA 4NPUA 2WF4A 3DK1A 2PYMA 5P2NA 5P35A 1MVPA 4Y37A 2I4XA 4JOOA 3R1GB 5P5WA 4D89A 5OZZA 4COEA 5OZVA 4LC7A 3UQRA 5P5CA 3QPJA 4B1DA 1YTHA 2I4UA 5P1KA 5P43A 5P1EA 2HS1A 1GNNA 5P86A 4EJLA 1HHPA 4R5NA 4OD9A 4YCYA 3KYRA 3VLBA 3VV6A 5P0IA 1ZAPA 5JG1A 2PH6A 2AVMA 5P7RA 5OZ7A 4GJ6A 2JE4A 4RZ1A 4ER4E 5P5JA 3S54A 3KFSA 5P4PA 1MTBA 2I4QA 5P5BA 4ZLSA 2PC0A 3OU4B 4Q1YA 3O9BA 5P4GA 3B80A 1YX9A 3AUPA 5P0ZA 3HBOA 4MC9A 1C6ZA 4DQBA 2AVSA 3QRVA 3QVIA 4I0JA 1FB7A 2BPWA 1KJ7A 4APRE 3FNSA 4R8YA 2J9JB 5P1BA 3SA8A 5P3CA 3TOHA 4AA9A 1ZLFA 1GVXA 5HDXA 4ZEAA 4DQFA 4YCKA 4RYGA 5P7GA 5P19A 1IDBA 1HPXA 3O9AA 4I0FA 5P5EA 3RTHA 4DI2A 3TKWA 3APRE 1OD1A 3LPJA 1HSGA 5OZHA 1HSIA 4RRSA 5P7AA 4FAFA 5P2GA 2RKGA 3FV3A 1HBVA 3OADA 4NJVA 5P0CA 2IRZA 5P5PA 3VCMA 4D85A 3SKGA 5P1WA 4Y3FA 3APPA 3TOFA 1DMPA 3RSVA 1FEJC 1B5FA 5P88A 3TPRA 3UDYA 1SBGA 3LNKA 2FXDA 1IVPA 2ZHRA 5OZTA 4Y5NA 1SGZA 1T7IA 5P13A 4Y44A 4FL8A 5DQ1A 2G1SA 3EKWA 2G1YA 5P7WA 2IQGA 5P8QA 4YD6A 1BDQA 3G6ZA 2XYFA 5P1GA 1FGCC 2G1OA 5P8EA 5P59A 5DR0A 5OZ3A 5P2FA 1D4JA 3Q3TA 5P6FA 3KMXA 1HTRB 1LEEA 1W6HA 2HB4A 3O9DA 4OBZA 3GI0A 1HOSA 3KFNA 1OEXA 2FS4A 4J0TA 1PROA 3PJ6A 2OHKA 4EPJA 4CP7A 5P75A 1F34A 1G6LA 5P7KA 5P46A 5P85A 2VJ6A 3OWNA 4I10A 1XL5A 4PPHA 1DIFA 5P8UA 4DJXA 5P10A 3OUAA 3I8WA 4CPSA 1MERA 5P8RA 3IXKA 1FFIC 3B7VA 4Y3QA 5P6CA 4Z2ZA 1QS8A 3FNTA 2G22A 4I8ZA 5OZYA 3URIA 1EPRE 2R38A 3UDRA 2QZWA 3CICA 4TRZA 2IKOA 2ZDZA 3EXOA 5P2HA 1B6KA 5I3WA 5P82A 2IGXA 5DGUA 1XE6A 5IS4A 3SA5A 3AIDA 5KR8A 5AH7A 5P81A 1MTRA 1BV7A 2IDWA 5P6NA 3ST5A 1B6PA 5P51A 3UQPA 1TW7A 1ZTZA 2Q11A 2RMPA 3NU9A 1BXOA 5P4RA 4Y4DA 3O9GA 4F75A 5HE5A 2QI4A 2Q63A 1MSNA 1PSAA 3U71A 5OYQA 5P6WA 2I0AA 3PWMA 3S7LA 1LYAA 5OZMA 2PH8A 5P48A 1HXBA 5P52A 3U7SA 3NXEA 1IVQA 5COKA 4L7HA 3SA9A 1FMBA 4NPTA 3UDMA 2QI5A 5P7NA 1HVHA 5HDUA 5P6SA 4J5JA 2NNKA 3OQ7A 5OYWA 3CKTA 1BXQA 2HAHA 4OD9B 5SY2A 5CONA 2B7ZA 5P11A 2Q3KA 3KMYA 1QBRA 2XYEA 5P76A 1FIVA 2BPYA 3GGUA 1IBQA 2F3EA 2QNNA 5P0KA 4K8SA 3LIVA 1EPQE 4KE1A 3RTNA 2ZE1A 4FLGA 3EKXA 5P1VA 1HVCA 4FRSA 2FDDA 1QDMA 3QBHA 3UDPA 3NU4A 1HVIA 4J1FA 5ER2E 3CMSA 3ZMGA 3IVIA 3BUHA 3BVAA 5P7EA 3SLZA 2Q54A 4FRKA 5OZNA 2F81A 5HU1A 5OZ6A 4Y48A 3EC0A 1EC2A 4DPIA 2ZJJA 5P0UA 1AIDA 2FLEA 4Y3YA 1MT9A 1TSUA 4ZPGA 5P6QA 3OXVA 2HB3A 5P3BA 2H6SA 5P66A 1CMSA 1B6MA 5P0AA 2ZJHA 3D3TA 4B05A 4DJRA 3NU5A 5P7TA 1A8GA 3S7MA 2VA5A 5P5UA 5F01A 1FQ5A 3ZPUA 3S56A 5P4LA 5OZ9A 5KR2A 2OHQA 5P1JA 4YBFA 2AZ8A 5P4IA 3L59A 4OBGA 2PK5A 3OADB 2HB2A 5P4TA 3L58A 3DUYA 1SMEA 3UQUA 5P3ZA 5P0YA 2AOHA 2QI1A 5P4DA 1B5FB 5P1XA 4Y4JA 1OHRA 2BKSA 3JW2A 4YA8A 3DJKA 2Q64A 4DQGA 5P77A 1U8GA 4XKXA 5P3GA 4GMIA 5P7OA 2PYNA 4RRNA 2WECA 2V0ZC 1NSOA 4DJQA 2IENA 5P1NA 3K5GA 2APRA 3U6AA 1JLDA 4Y3TA 4B77A 1T7KA 4HA5A 4WY1A 1K2CA 3WSJA 3QROA 4ZPFA 4OBZB 3OQFA 3PWWA 2RKFA 4PZXA 5P4ZA 4Y51A 2V11C 4XX3A 1T7JA 5SXNA 3HZCA 3G72A 4IVTA 4R92A 2BPVA 5I3YA 1IZIA 2P3CA 4J1KA 4Y3EA 5P80A 1RPIA 5P8JA 5P7LA 2AIDA 5ISJA 5UPJA 1VIKA 3K4VC 4Y36A 3EM4A 5PEPA 5P3VA 5P5GA 2OHRA 4CPUA 1AM5A 5P5LA 1SMRA 2QK5A 5P02A 1W51A 3DCKA 3SO9A 3S2OA 2B8LA 3NDTA 4EJ8A 4CPTA 3SACA 5P6UA 2O4KA 3L5BA 1KJ4A 1META 3PWRA 5P2KA 4H3JA 5P32A 3ECGA 5OZEA 4Y5LA 4A4QA 1BWBA 2Z4OA 4I0HA 2QHZA 2IGYA 1UH9A 1W5YA 2ER6E 5P3MA 1BVGA 3EL4A 4Y5EA 3ER3E 5KQZA 3DV1A 1T3RA 2Z54A 2WF3A 2F8GA 2IEOA 4M8YA 1EBZA 1B11A 2OHNA 3EKTA 4Y50A 4R91A 5EZXA 3I7EA 5CLMA 3URLA 4DQEA 3UHLA 4Y4GA 5P67A 3C9XA 5P12A 5T4SA 3ZPSA 4HZTA 2PSVA 5P4WA 3SABA 1LYAB 1SH9A 4HLAA 3QRMA 5P5ZA 4B1EA 2VNMA 4QJ6A 4LP9A 5P57A 4GJBA 3IN4A 5P0XA 5P7SA 1E81E 3OXCA 5P40A 4B78A 2ER9E 3DCRA 4YOBA 1VIJA 5P0LA 3SA3A 5KR0A 5P55A 5P0GA 1FFFC 5AHBA 1BILA 5P6PA 1GKTA 5P7XA 2WF2A 4RCDA 5P7YA 2G1RA 2R5PA 3Q70A 1D4KA 5DR3A 3UTLA 1ZBGA 5P2OA 1K6CA 5JODA 1GVTA 5P4EA 3VFBA 4Y54A 2A1EA 2F3FA 4RROA 4X2LA 4YD4A 2EWYA 5P8MA 5OYTA 5P5YA 2JYSA 5OZOA 3ER5E 3PCWA 3OQDA 5P0SA 2WEDA 1LF2A 5P8VA 1MPPA 5P5TA 3NWQA 1K1UA 3ZKMA 3OU3A 4RVXA 2QI3A 5P56A 3GW5A 4I1CA 2O4PA 4Y5AA 5BRYA 1QBUA 5P42A 5P2LA 5P3RA 1TSQA 3NWXA 1MRWA 3PBZA 5P8DA 1BAIA 5P4XA 5P45A 5P50A 2NMZA 1GNOA 5P64A 5P7PA 1F7AA 1UH7A 3R0WA 5P0FA 3O9LA 1IZHA 5P71A 1D4YA 4YD7A 4CKUA 5BS4A 3NR6A 5P4VA 1EC3A 3VFAA 3CIDA 4HDPA 4HDFA 4YBIA 1IZEA 1W50A 3NXNA 5P5MA 3K4VA 3QIHA 3IVHA 1EPLE 5P3OA 4GJDA 3KM4A 3LIYA 1WBKA 1FF0C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W6I A;  5P2A A;  3TKG A;  4J17 A;  4L6B A;  4Y3G A;  5P8N A;  4B72 A;  5P8B A;  3UF3 A;  1SP5 A;  4Y35 A;  2FDP A;  4Y3Z A;  3SAA A;  4ZIP A;  1HWR A;  2AQU A;  4Y4X A;  2CEJ A;  5P65 A;  4RVI A;  2AOJ A;  1YT9 A;  4GZF A;  2OHU A;  1C6X A;  2FGU A;  5DR1 A;  3TTP A;  1HVR A;  2QMG A;  5P14 A;  5APR E;  3QP0 A;  1FQ6 A;  5HD0 A;  1OEW A;  4EQ0 A;  4OBH A;  5P2W A;  1HRN A;  5E5J A;  5P5Q A;  5P72 A;  5P1Y A;  5P6H A;  2A4F A;  4APE A;  1Z1R A;  2V10 C;  2QMF A;  4GJA A;  1FG6 C;  3QI1 A;  4FRJ A;  5HCO A;  4Y3X A;  3MXD A;  3S43 A;  3SQF A;  1FKN A;  3VF3 A;  1AVF A;  1BV9 A;  2UXZ A;  4OBF A;  1G2K A;  1A30 A;  5P2X A;  4DVF A;  2ZHS A;  4UPJ A;  1NPW A;  2ZJK A;  4KB9 A;  3OQK A;  5OZI A;  2R3T A;  4HDB A;  5P5O A;  3S53 A;  1FMU A;  1DP5 A;  2HIZ A;  1E80 E;  2QD8 A;  5P4J A;  1W5X A;  2QU3 A;  3FSM A;  4NJT A;  1KJH A;  2AOD A;  2QNQ A;  4AUC A;  4L1A B;  2UPJ A;  3IXJ A;  1DW6 C;  2WJO A;  5P6T A;  3KT5 A;  5P61 A;  4EXG A;  4FCO A;  3OK9 A;  5OYX A;  4DJU A;  3PVK A;  1EBY A;  2O4N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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