5P17A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 90
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p17A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p17A01
5OZ5A 3PWWA 3O9GA 3I6OA 5P1JA 4FM8A 3PLDA 3NLSA 2G27A 3O9DA 3APRE 3QROA 2IGXA 2O4LA 2ZJLA 1ME6A 5P4VA 5P5FA 3INEA 5P8LA 3ECGA 1CPIA 1C70A 3F9QA 3JW2A 3UDKA 5P1MA 4Y3XA 3LIZA 5P4UA 2OHNA 5P73A 4TRWA 1HRNA 3EM4A 4NJSA 9HVPA 1IZIA 1UH8A 3JVWA 3S45A 4RCFA 5P8HA 5KQFA 4KUPA 3OADA 4DJRA 2SAMA 2A1EA 3VFAA 2F8GA 4J1FA 3LIQA 4L1AB 1HPOA 1GVUA 1AM5A 5P8NA 5P5AA 5P0QA 1ZPKA 4Z50A 4K8SA 3QRSA 3KDBA 1XDHA 3R0WA 2ZJJA 2QHZA 4ZSQA 2BPZA 3UTLA 5P63A 5JODA 3FKTA 1KJFA 1TQFA 6FIVA 5E5KA 5AH9A 4GB2A 3BXSA 1BWAA 3VLAA 4LXAA 2ZHRA 3DM6A 2AVMA 2AZ9A 3L5FA 3DV1A 3OAGB 5ISJA 4S1GA 5P76A 5P4QA 3I25A 4F74A 4GJBA 5P14A 2I4DA 5P3QA 4GJ7A 4Y4XA 3QN8A 2PC0A 1BV9A 4ZSRA 2FIVA 5P1FA 2WECA 5P3WA 5P2BA 2NNPA 4J1EA 1RV7A 5P3ZA 4NKKA 2OHLA 1QBRA 5P5RA 1BDQA 4GJAA 3BHEA 2NPHA 2QU3A 5DQCA 5OYYA 1SIPA 4DPIA 4DJYA 5P3EA 5P7PA 3SM1A 5P3LA 4LBTA 1VIKA 2BKSA 2WKZA 4FAEA 5P2LA 5AHAA 4Y51A 1TZSA 3RTMA 4HLAA 1SDTA 2Q54A 3NR6A 2J9KA 1SIVA 2ANLA 2G1SA 1HVKA 2I4WA 5P4RA 1EPRE 2P4JA 3EL4A 4Y4WA 6UPJA 5P5MA 4I0DA 1LF2A 4Y5LA 5DR8A 2B60A 2WJOA 2FDDA 1AZ5A 1IZDA 3KMXA 5HDXA 1HTFA 2P83A 5P5KA 4EHCA 5P47A 3PLLA 3VYEA 4Y35A 1QBTA 2BQVA 1NPWA 2B8VA 3KDCA 2JYSA 5P1OA 4AMTA 5P3KA 5JFPA 1HVRA 2G1YA 1Q9PA 1FMUA 5OYXA 3RTNA 4Y5PA 4CPRA 2I0DA 1PROA 5P7LA 1DW6C 2IRZA 3KFNA 8HVPA 4EQ0A 1NH0A 5P7SA 1FQ8A 2PH8A 5T4SA 3FV3A 4Y36A 1EAGA 5P0VA 2VA6A 4GYEA 5P2VA 3JVYA 5P4WA 4I0JA 5P3VA 3OHFA 3CYXA 4R91A 4Y39A 2QNPA 3IAWA 4NJUA 4Y48A 5P54A 1FQ7A 3DK1A 5P8SA 1FB7A 2V12C 5P79A 4D83A 3UCBA 2H6SA 1HVLA 4DJOA 2R8NA 4Y3SA 3QPJA 2AOFA 2QZWA 3UQUA 4Y53A 2OHUA 3RSXA 2AVVA 1T6GA 5P5YA 3VYDA 5P22A 5P0BA 3VF3A 4J1IA 5P5CA 4I0EA 2ZJIA 1PPLE 5OZCA 3NU3A 5P4JA 3WZ7A 2AODA 2QD7A 3DV5A 5P36A 4K4PA 4J1CA 1FF0C 3I7EA 3NU5A 5I3WA 3A2OA 3ZKMA 2R38A 1TCXA 3NU9A 1A8KA 1LV1A 5OZGA 5OZAA 2IDWA 5P56A 3O9IA 5P6QA 1D4JA 4F73A 1HVJA 5P75A 1W6HA 2WF2A 2WF4A 4YA8A 2FXDA 4CPUA 4XKXA 1GNNA 1EC1A 2O4SA 3B7VA 4ZPEA 4OBKA 5P0AA 3SA9A 3KDDA 5P1TA 2FLEA 1CMSA 4YD4A 3ZLQA 3CKRA 3BUHA 1EBZA 4GZFA 2RKFA 3SA7A 1HOSA 3T7PA 5P1SA 1E80E 1LYWB 3K4VA 5P00A 5P4CA 2HAHA 4LL3A 1BVGA 2WHHA 4Z4XA 2WEZA 5OZJA 5P4FA 5P7IA 3EMYA 5P49A 5P7UA 2XYEA 3PSUA 3S7LA 5P58A 3BC4A 1HEFE 5BRYA 3AUPA 3KF0A 3OUAA 1HVHA 1XE6A 1NPVA 5P04A 5P3YA 1YTHA 1XN2A 3UDQA 5P8VA 3PWRA 5P7XA 5COPA 5P3IA 4I11A 5P5LA 4Q1XA 3IVIA 5UPJA 4QGIA 5P6WA 4WY1A 1B6JA 1E82E 5P6IA 2QI0A 5P8MA 5P0XA 3TNEA 5OZLA 3UFLA 3EL1A 4U8WA 5DQ2A 1IBQA 1EPLE 3OUDA 4Y3TA 1YM2A 1IVPA 4Y3QA 5AHCA 2G22A 5OZEA 1G2KA 5P50A 4DQEA 1SBGA 4GJ5A 5KQZA 1ER8E 3VG1A 3URJA 4B77A 1MT9A 2AOJA 5P1UA 3MSKA 4FCOA 1T3RA 1T7KA 2HM1A 2G26A 4B1EA 5ER1E 5P78A 1K6PA 1ZPAA 2G94A 4AUCA 1MSNA 1FFIC 5P25A 3MSJA 2QI4A 3EKYA 4Y5CA 3MXDA 3PCWA 5P82A 2ZHUA 3Q70A 2HB3A 2ZJKA 3HAWA 1K2CA 7HVPA 5P1YA 2QMFA 3NYGA 3OQFA 1AIDA 5P20A 4I0GA 3INFA 4XXSA 5OZFA 4I0ZA 4RCEA 5P6JA 2AZ8A 5P0IA 1HIHA 2O4PA 4EP2A 3S43B 2I4XA 5DQ4A 3FNSA 5P2WA 5HVPA 1JLDA 2B7FA 3BUGA 2BB9A 4ZPFA 5KOQA 3LHGA 3EM6A 4PHVA 1BXOA 1FEJC 5P7EA 3CIBA 4FRKA 2OHKA 5DR1A 5P0EA 4D85A 3QRMA 4J17A 1AXAA 5P5QA 1APVE 2WF1A 1FQ5A 4DH6A 3QVCA 4X7IA 5P2YA 3VV8A 4Y3GA 3R1GB 5P7HA 1HPXA 2AOHA 2NXDA 5OZYA 2JE4A 3ZKNA 1QDMA 2IEOA 2ZJNA 3QS1A 4X2LA 1N49A 3IGBA 2J9JA 3K5DA 5P2KA 2QK5A 5P71A 1FQ6A 2WEBA 4YD3A 5SY2A 5P74A 1A30A 3FNUA 4ZPGA 1W5VA 4A6CA 1XS7D 2FS4A 3PGIA 2FNTA 3UHLA 1EBKC 3VYFA 2AZBA 5P8JA 4MC6A 2QP8A 4D89A 5OYSA 1MESA 3NDTA 1EPQE 2VA5A 5P6UA 5P0CA 5P6GA 3Q3TA 5P08A 4HVPA 3PB5A 3EKTA 1PSAA 2ZJHA 5OZBA 3DOXA 4YD5A 5P51A 4AA9A 4Y9WA 5P5XA 3O9LA 3S7MA 5IVSA 4A6BA 5P6CA 2QMGA 5E5JA 5OYZA 1XN3A 4RRNA 1SP5A 4Y5GA 3L59A 2OHPA 5KR0A 4Q5MA 5P5TA 5P6XA 3INDA 2ZYEA 4MC1A 3OQKA 4NJVA 4B1DA 3L58A 4GJ6A 5P2AA 3UQRA 5P35A 1SDUA 5P2QA 3ZKXA 3O9FA 5P44A 5P6EA 4CPWA 5KOSA 6APRE 2XFJA 4OD9B 1PSNA 5I3YA 5P7DA 1IZHA 4Y41A 1RQ9A 5C9BA 1FGCC 5OYRA 4CPTA 5OZ8A 4FRJA 1MT7A 2VJ6A 5P05A 3CKPA 3NUOA 4ACXA 4U7QA 4DJUA 3NWXA 5P86A 2IL2A 3R2FA 4L1AA 3L5EA 4AA8A 5OZMA 1LF4A 1D4LA 5P26A 5FIVA 3OTYA 1KJGA 1G35A 4R93A 1C6YA 2ER7E 3BRAA 3Q6YA 2ZE1A 1ZSFA 2G21A 1GNMA 2FGVA 5P8TA 4HZTA 5P67A 4ZSPA 5P7MA 2G69A 1LS5A 1AAQA 5P5ZA 1M43A 1MEUA 5P23A 5P1EA 3VSXA 3OUCA 5P7NA 3OOZA 1HTRB 3NDWA 5P31A 2PYNA 5COOA 1FFFC 4ER2E 3FX5A 4CPXA 4QLHA 3TH9A 4EJKA 5P1BA 4RYCA 2I4VA 5P0GA 1HSIA 5OZTA 5AH7A 1W6IA 3QVIA 2Z4OA 3NUJA 2B7ZA 3UQWA 1XL2A 4Y45A 3PJ6A 5P2OA 3DUYA 1MTBA 3QBHA 3BUFA 5P6RA 5P5EA 5P7WA 4RCDA 2WEDA 4Y4UA 4K9HA 4ER4E 2QI6A 1A8GA 5P1VA 4Y4DA 1TW7A 4Y50A 4I12A 5P4TA 3U7SA 1FIVA 1QBUA 2QZXA 5OZZA 1HVSA 5OZ2A 5P17A 4H3JA 2V00A 3SQFA 4H3IA 3OU1B 3Q5HA 1G0VA 4FRIA 4H3FA 5P16A 5P5VA 1ZP8A 3IA9A 2VIJA 2Q11A 5P48A 5EZXA 4Y4GA 4LP9A 1FKNA 1EEDP 3OU4B 5C9DA 5P6FA 4RVXA 2Z54A 3LIYA 3OXXA 5P42A 5P4YA 5KR1A 5P5WA 3UQXA 5P2TA 4PYVA 1LYBB 3LZVA 4EJDA 1HXBA 5P1CA 1E5OE 4Y37A 2I0AA 2FGUA 1ODYA 4YOBA 3MXEA 2QZKA 1EPME 4APEA 1HEGE 1SMEA 2NNKA 3SA5A 5P8DA 3KM4A 5P5DA 2RMPA 3OQDA 3LITA 4JOOA 5P6SA 5P2EA 1K2BA 3WB4A 4DJVA 5P07A 4DI2A 4OBGA 3IXOA 1HPSA 4R8YA 2V0ZC 5OZ3A 2VNMA 2PH6A 5OZDA 3GW5A 5P1LA 3CICA 2BPVA 2ER0E 1ENTE 1FLHA 3PBDA 5P0JA 1SGZA 5P0DA 5HCOA 2P3BB 3QI1A 3EKVA 3DCKA 5P7CA 5P4PA 4QJ2A 4OBFA 4Y3LA 5P09A 3T11A 5P5NA 2OHRA 4J54A 1GVWA 4Y4EA 1ZAPA 3SFCA 2AOIA 2WEAA 3LIVA 1LYAA 4FL8A 2H6TA 3OQ7A 5P1IA 1IDAA 5P2DA 4CP7A 4QJ6A 3D1XA 5P77A 3OY4A 4DFGA 5OZXA 4JPCA 3D1ZA 3VV6A 3GGAA 5SXNA 3UDRA 1K6TA 4Y57A 3PBZA 4DUSA 3OU3A 1Z8CA 5P7ZA 1C6ZA 2Q55A 2V16C 3OXCA 5P3BA 2AOGA 4Y6MA 3K5FA 4Y3HA 1LEEA 3D1YA 3PWMA 3O9EA 1TSUA 4GJ8A 3FSMA 1SGUA 2A4FA 3ZPUA 3SA3A 5P46A 4I8WA 3TTPA 4NJTA 3SA6A 4YE3A 1FG6C 2IQGA 4EPJA 1OEXA 4K4QA 5P55A 2VJ9A 4R95A 5F00A 2PK5A 4NPUA 3KN0A 4CKUA 5P0OA 5P7QA 5P3PA 3OQAA 3U71A 2OHMA 5P72A 2IGYA 3TKGA 2VIEA 1EBYA 5P8BA 4I0HA 4QJ9A 3KFRA 5P4IA 5P2UA 4LXMA 2VA7A 3OTSA 1IZEA 5AGZA 4YOAA 2QI3A 4D8CA 3HVGA 5P24A 5F01A 1QS8A 2HS2A 4Y3RA 5P8AA 3KT2A 5HTZA 3HD8A 3OGQA 2QNQA 1IIQA 2BPXA 3LPIA 5J25A 3URLA 3N4LA 5P3UA 1GVTA 2QAKA 4B72A 5IE1A 2WL0A 5TOLA 1QBSA 4DQHA 4Y3AA 3LNKA 5P0MA 1AVFA 3ZKIA 2NTRA 5OZPA 3EL9A 3LZUA 1HSGA 3O9AA 3L38A 5P3JA 3O9HA 4Y4JA 4PZWA 4YBIA 5OZRA 4FIVA 5JFUA 1W50A 5IVQA 4JECA 1RL8A 1BBSA 5I70A 4FAFA 2I4QA 5P6AA 4K4RA 3VLBA 5P2SA 4R92A 2QD8A 5P37A 1BIMA 2Q63A 5P3NA 5P53A 1OHRA 3Q4BA 4RROA 1META 5P2CA 5P0HA 3TPPA 1B11A 3BVBA 1UPJA 4FM7A 3ZKGA 1UH7A 3KA2A 5P3TA 4HDBA 4I8ZA 5P1AA 3L5BA 4BELA 4Y38A 4Y3YA 5OZWA 1HXWA 5P33A 1NSOA 3EM3A 5P18A 2QCIA 4I0IA 5P83A 4J0ZA 3WZ6A 3PMYA 3G6ZA 5APRE 2QU2A 1DAZC 1BV7A 3UDNA 5P5JA 4RYGA 4Y3FA 1MSMA 5P6HA 5P6TA 1ZJ7A 4CMSA 4J5JA 3G72A 4LC7A 4IVSA 5P12A 3TOFA 5DQ5A 1LZQA 2VIZA 5KAOA 3S56A 4Y58A 5KQYA 3S43A 5P4LA 5P3AA 4DJXA 2V11C 4EXGA 5P59A 4OBJA 4U7VA 2VJ7A 3D91A 3GI5A 5P6BA 1OEWA 1ZBGA 4Y4BA 5P6VA 5HE5A 4B05A 4LAPA 5P70A 2BBBA 2OHSA 3TKWA 5P1QA 3R4BA 2R5PA 2FXEA 1DPJA 4Y4TA 3PMUA 3GI0A 5P6DA 2AVSA 3CMSA 1KZKA 1D4YA 4OBZB 5P62A 4OBDA 5P7OA 3QP0A 2APRA 2JJJA 3LZYA 4RZ1A 4OC6B 5P65A 4BEKA 5OYQA 1C6XA 3ZOVA 4ZE6A 4YHQA 2RENA 1SH9A 4WY6A 5P4EA 3BXRA 2F80A 3HW1A 5P4AA 3ZPSA 2AZCA 2O4KA 2QMPA 4FRSA 4Y5NA 2R9BA 5KR2A 5IS4A 2ZDZA 5OZKA 1J71A 5P6OA 3PHVA 3NU4A 4L7GA 4L7HA 4J0YA 3GGVA 4Y3NA 3BGCA 1G6LA 4YCTA 3SACA 1EPPE 2HB4A 5P15A 3APPA 4KB9A 5IVRA 5P0KA 4YD7A 2MIPA 2V10C 5CONA 5P8EA 3EKXA 3GI6A 1WBMA 3OUBA 3D20A 1HTEA 4J1KA 2EWYA 2R43A 3FNTA 5OZ0A 3TL9A 3IVHA 2F3EA 1MRWA 4QJ8A 4Y3JA 2G20A 5I3VA 1BDLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ5 A;  3PWW A;  3O9G A;  3I6O A;  5P1J A;  4FM8 A;  3PLD A;  3NLS A;  2G27 A;  3O9D A;  3APR E;  3QRO A;  2IGX A;  2O4L A;  2ZJL A;  1ME6 A;  5P4V A;  5P5F A;  3INE A;  5P8L A;  3ECG A;  1CPI A;  1C70 A;  3F9Q A;  3JW2 A;  3UDK A;  5P1M A;  4Y3X A;  3LIZ A;  5P4U A;  2OHN A;  5P73 A;  4TRW A;  1HRN A;  3EM4 A;  4NJS A;  9HVP A;  1IZI A;  1UH8 A;  3JVW A;  3S45 A;  4RCF A;  5P8H A;  5KQF A;  4KUP A;  3OAD A;  4DJR A;  2SAM A;  2A1E A;  3VFA A;  2F8G A;  4J1F A;  3LIQ A;  4L1A B;  1HPO A;  1GVU A;  1AM5 A;  5P8N A;  5P5A A;  5P0Q A;  1ZPK A;  4Z50 A;  4K8S A;  3QRS A;  3KDB A;  1XDH A;  3R0W A;  2ZJJ A;  2QHZ A;  4ZSQ A;  2BPZ A;  3UTL A;  5P63 A;  5JOD A;  3FKT A;  1KJF A;  1TQF A;  6FIV A;  5E5K A;  5AH9 A;  4GB2 A;  3BXS A;  1BWA A;  3VLA A;  4LXA A;  2ZHR A;  3DM6 A;  2AVM A;  2AZ9 A;  3L5F A;  3DV1 A;  3OAG B;  5ISJ A;  4S1G A;  5P76 A;  5P4Q A;  3I25 A;  4F74 A;  4GJB A;  5P14 A;  2I4D A;  5P3Q A;  4GJ7 A;  4Y4X A;  3QN8 A;  2PC0 A;  1BV9 A;  4ZSR A;  2FIV A;  5P1F A;  2WEC A;  5P3W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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