2B7FA

Crystal structure of human t-cell leukemia virus protease, a novel target for anti-cancer design
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HTLV protease
publication title Crystal structure of human T cell leukemia virus protease, a novel target for anticancer drug design
pubmed doi rcsb
source organism Human t-lymphotropic virus 1
total genus 22
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2b7fA00
2IRZA 2QP8A 4OBKA 4I12A 5P4YA 3KFRA 4Y57A 4JP9A 5IVSA 3S56A 2RKFA 1PSNA 3ZKMA 2QNNA 5F00A 2G21A 5P49A 5P6XA 5P3DA 5KQXA 5P37A 5HE5A 2AOJA 1LYWA 1EAGA 1MRWA 2P3BB 3NU5A 4RGHA 2AQUA 3LITA 3O9LB 1K6CA 4L7GA 1HOSA 1G35A 1FMUA 5P2CA 2A4FA 5P33A 5P79A 5P63A 3O9FA 3EKYA 5P4EA 1B11A 5P3JA 4APEA 5AH9A 2R3WA 1K2BA 5P8GA 2B60A 1SIVA 1FMBA 3URLA 5P0UA 5P6PA 5P86A 4Y47A 4CMSA 5P5JA 4QJ2A 2PWRA 4HDPA 3BRAA 3OXWA 5P2MA 3VV8A 1HVRA 1AJVA 1SH9A 3QAAA 3UDPA 1E80E 1W5VA 2PK5A 4Y50A 3EMYA 5J25A 5P29A 3RVIA 3ECGA 2FNTA 1C6YA 3UFNA 3K4VA 5DPZA 3KDCA 5APRE 3O9CA 1GVWA 1MRXA 4L7HA 4OC6B 3KDBA 3VF3A 4Y4XA 5P5QA 4GJ5A 4PHVA 2G22A 3EC0A 3ZPUA 1ZAPA 4Y4DA 3PMYA 5P2DA 2QI0A 4YA8A 5P7IA 4Y37A 3OXXA 5P65A 5P3CA 5P3VA 3C9XA 3INFA 4FS4A 5B18A 3MSLA 1K1TA 5P6CA 2VKMA 3S43A 5P3ZA 1BV7A 5OZ6A 3EM6A 4Y3HA 4FCOA 3QVCA 4NKKA 4K8SA 4J55A 2WECA 5P0EA 1D4JA 5P3NA 1LV1A 5P8AA 4AMTA 2ER7E 1BILA 3S7LA 2PYMA 5IVQA 1HTRB 4RCEA 2ZJHA 3LIYA 4RRSA 3PLLA 5P2AA 5OZ8A 3I6OA 3SA9A 1GVUA 3DM6A 5DR7A 5P7UA 2QD6A 3SFCA 4YOAA 4Y53A 5P47A 1EC3A 2NTRA 3EKTA 4H3FA 2IEOA 1AJXA 5BWYA 3CIDA 5P5UA 3PRSA 5P7MA 1ENTE 5P07A 1YG9A 3Q3TA 4D88A 5P88A 4Y5BA 3DCKA 4HVPA 3IXJA 2O4PA 1HXBA 3QRSA 3IXOA 3NUJA 3GI0A 3LIZA 2NNKA 2QI7A 4YHQA 4LXAA 1PPKE 3HVGA 2HS2A 3A2OA 3B7VA 5P4GA 3HD8A 3KA2A 3PEPA 4QJ7A 2Q54A 4TVHA 3IA9A 4YE3A 5P7LA 3ZKNA 5P4IA 4EJ8A 3SPKA 3PLDA 3R0YA 3SKFA 4K4QA 3PBZA 3HW1A 1RL8A 5KQYA 4OD9A 2HB3A 2BB9A 2O4SA 4DI2A 2ZDZA 5P12A 3Q4BA 5P7QA 4J54A 5P36A 4FRKA 3K5FA 4I0DA 2V00A 5P7DA 5P0NA 4PZXA 5P7OA 2P83A 4U7QA 2HB2A 1CZIE 5HE7A 3INDA 2OHSA 3S8IA 1YTGA 4JPCA 5P2TA 4B05A 3KN0A 5HVPA 4BFDA 4J1EA 4I0JA 5P0OA 2WKZA 2SAMA 5DR0A 4Y9WA 4R8YA 4Y3SA 2IGYA 1Z8CA 2ZJLA 5P6FA 5P5LA 5P4PA 3BUGA 5P02A 1AVFA 4PPHA 5OZ9A 1PFZA 1BXOA 1XL2A 1GNNA 3ZKSA 1K1UA 4K9HA 1QRPE 4CPXA 3LIVA 2CEJA 1TCWA 4LBTA 2QAKA 4R5NA 2IL2A 5OZ0A 3UF3A 1FFIC 4CPWA 1Z1RA 1EPQE 2G69A 1VIKA 5P4MA 4FE6A 3EL1A 3S7MA 2RENA 2QMGA 5P6IA 4D8CA 2R5PA 1WBKA 2BKTA 5OZHA 5C9BA 1FLHA 5UPJA 2AOGA 5P0VA 3OU4B 5P59A 4DJXA 3PCZA 2QHYA 2QZXA 3SQFA 1SBGA 3EL0A 2IS0A 3PWRA 4DQCA 3ZKXA 5P7PA 4YD4A 3VFBA 4HZTA 4NPTA 1MVPA 5AGZA 5P23A 5P0HA 5P1EA 3LZYA 5P4LA 5P41A 5P4WA 5P89A 2PC0A 2WHHA 4EXHA 1SDUA 5P2OA 4MC1A 5COOA 5P7VA 4I10A 4B77A 3OU3A 4YBIA 5P60A 2ZHRA 4RLDA 3PCWA 1B6LA 3H5BA 2WF4A 4I0GA 3PSUA 3O9EA 1IIQA 4JECA 1ER8E 3NR6A 3O9AA 5P46A 5P1FA 1OD1A 4DQGA 4DJYA 4CPSA 3JW2A 4K4PA 4Y54A 2J9JA 5OZYA 4WTUA 5P3RA 1BDLA 2FNSA 3QRMA 2G24A 3QRVA 1IVQA 5OZGA 2QMDA 4ER2E 1GKTA 3HDKA 5P6LA 1G2KA 5OYTA 2MIPA 5P7EA 2HS1A 1HHPA 1FQ4A 2QHCA 1PSAA 3TPLA 3KYRA 5E5KA 2HPEA 1XE5A 5P5OA 1EC1A 3EKPA 5FIVA 5P1NA 1BVEA 3CYXA 2R43A 2RMPA 1AIDA 3FKTA 2F8GA 4Y5MA 1YTHA 5P10A 2HPFA 4Q1XA 5P1TA 4DQFA 1TSUA 2IQGA 3TOGA 3L58A 4HA5A 5P15A 4I0IA 3OK9A 3S54A 3R0WA 3HLOA 3B80A 4B72A 5I3WA 3BVBA 1XN3A 3OAGB 5P6OA 5P0ZA 3O9BA 3N4LA 4GJ9A 2XFKA 5COKA 1HTGA 5OZBA 5OZRA 5OZFA 4J1KA 4Y3WA 4EYRA 3UDKA 5ISKA 4A6CA 1DAZC 5P1CA 4MC9A 1M0BA 4LL3A 5P3PA 2ZJKA 3VSXA 2AOIA 3INHA 1E5OE 4JPEA 2FMBA 1YM4A 1NSOA 3QBFA 4UPJA 3MXDA 5P4KA 6FIVA 5P3HA 3DOXA 2AOCA 5P0WA 5C9FA 4X2LA 3K1WA 3QS1A 5P7WA 2XYFA 2JJJA 1FB7A 3OUBA 4DJUA 4CPUA 2ZYEA 5P3EA 1MPPA 4EQ0A 3VV7A 1EPME 2OHUA 3FNUA 3SA5A 1MTBA 2VA6A 4DJWA 3EKQA 1IZHA 3PBDA 6APRE 5P6VA 4Y3LA 1NH0A 1VIJA 1TSQA 4DPFA 2QI3A 4I8WA 3VV6A 1C70A 4Y4JA 5P2BA 1PPME 5P3OA 3BXSA 2VJ9A 4I0FA 5JFPA 1DP5A 2WJOA 4GYEA 3SAAA 3GGXA 5CLMA 1FMXA 4OBHA 1RQ9A 3G72A 3BUFA 1LYWB 4Y38A 3LZSA 5P1QA 5P68A 5P50A 1APWE 3R4BA 3KMXA 3EKWA 3LIXA 1BBSA 5P4RA 5IE1A 2I4VA 3G70A 4GJBA 5P85A 4EHCA 2UY0A 2O4LA 3HAWA 2G94A 2JXRA 4GMIA 3UHLA 3QI1A 4H3IA 5HDXA 4J1CA 5P5PA 1HPSA 3PWWA 2UPJA 2PSVA 3QVIA 5P18A 1A94A 1W51A 2NMYA 5P1XA 1FQ8A 1JLDA 1IBQA 2G20A 1B5FA 5DQ5A 4DJQA 2OAHA 1D4LA 2WF0A 1YTIA 4NJTA 2ER0E 4J17A 5OYYA 1QBUA 4LHHA 5P6EA 3UQUA 4JOOA 5P45A 1DPJA 3ER3E 2FXEA 4Y3FA 3Q70A 1RPIA 3GGUA 3LZVA 5P40A 1EPOE 5P4OA 3F9QA 7HVPA 5P55A 4Y39A 1EPLE 3O9GA 1B6JA 1XE6A 1ZSFA 4EJKA 3NLSA 1NPVA 3OU1A 1HSHA 5P26A 1LYAB 3BVAA 4D85A 1BWAA 1HPVA 4WY1A 2Q63A 5P7XA 3RTNA 3PGIA 5P76A 4Y4WA 2I4QA 5P4UA 4U7VA 3CKTA 2OHPA 5P8VA 5P7AA 3LZUA 2F3FA 5P52A 4RROA 3OGPA 5P3SA 2QHZA 3BHEA 5P4HA 2IKUA 4Y3EA 5HDZA 5OZ4A 3IN3A 1ODYA 5P28A 4Y4EA 4Z50A 1TZSA 3TPPA 3PI5A 2PSGA 1C6ZA 1TW7A 4U8WA 5JG1A 3SA8A 2H6TA 5P6AA 3WZ6A 3EM4A 5OYSA 1SMRA 1EEDP 3D1YA 2Q55A 2BJUA 1HWRA 5OZWA 5AH8A 3TLHA 4Y51A 2F81A 5P48A 5P8SA 2HAHA 3O99A 4DUSA 3INEA 4AA8A 4HDBA 2ZHUA 5OYUA 4FL8A 4F74A 5P3QA 5P3BA 4Y5EA 4OBZA 3Q6YA 3QPJA 5JFUA 1HVHA 3KDDA 3U7SA 4Y3YA 4ZSRA 5P5IA 5DR3A 3R2FA 4IVSA 1GVTA 5P19A 4AA9A 2ASIA 5P25A 3PMUA 1BXQA 3KF0A 5P5VA 3L5DA 1ZBGA 4Y56A 5P71A 5P5FA 3CMSA 3UFLA 5P8JA 4FRSA 3OXVA 5P16A 5P3MA 5KR1A 3NU4A 4X7IA 4Y4BA 3FX5A 4Y5NA 3T7XA 3QIHA 1TCXA 2I4WA 4LAPA 3NXEA 5P4AA 2QK5A 3BUHA 5IVRA 1BVGA 3K5GA 1AZ5A 5OYXA 1ZP8A 4ZSQA 4R93A 3LIQA 2QZWA 3O9HA 5P2NA 3OHFA 3I8WA 5P78A 3SABA 3OUAA 1Q9PA 2P3BA 2PH8A 5P77A 3O9LA 4HEGA 1ODXA 1LF4A 5P27A 2OHMA 4YDGA 5HTZA 4FLGA 3D1XA 4FM6A 3KFSA 4L7JA 4EXGA 2HB4A 4ZEAA 1D4SA 5P1MA 5DR4A 5P11A 2B42A 2AODA 5P1AA 4AUCA 5HDVA 3QBHA 3LHGA 1HVLA 4Z2ZA 2B7FA 5P8IA 5KR2A 4R92A 5P5DA 5P3LA 5OZTA 1AM5A 4D83A 3PSYA 2AOEA 2I1AA 3IAWA 5P4ZA 1HTEA 5BS4A 5JODA 1A8GA 3L5BA 4N00A 5P3XA 2Q5KA 4NJSA 3OADB 2BKSA 3ST5A 5P5ZA 3CYWA 4OC6A 2FLEA 1RNEA 4F76A 4L6BA 1C6XA 5HU1A 2QMFA 5P67A 5P1WA 2CEMA 4RVXA 2B8LA 1PPLE 3AUPA 4Y3XA 4ER1E 1MSMA 1FFFC 2HC0A 4Y3GA 5ISJA 3OUCA 3S2OA 2FDPA 5KQZA 5P0QA 5P1YA 4EP3A 4DJRA 2NXMA 3BGBA 5P4BA 4RVJA 5P1JA 1APTE 5P5KA 5P1UA 3DUYA 5P04A 4XX3A 3T6IA 1HSGA 5P8OA 1QBRA 2J9JB 1HVJA 3PVKA 1FIVA 5P62A 2AVQA 3VFAA 3ZPSA 1IZDA 5P8EA 3VSWA 2QMPA 2BPXA 4NJUA 2PWCA 4L1AB 4DQBA 4RYCA 3LNKA 4YD5A 2FDDA 3WZ7A 1FQXA 2ZJMA 1MT8A 3ZOVA 3SA7A 4J1FA 2OHKA 4R95A 3G6ZA 5P7JA 4LXMA 2QI4A 1YTJA 1DW6C 2R9BA 2FS4A 5P13A 3SM1A 2VIEA 4QJ8A 3APPA 4XKXA 4H3JA 5P2XA 3UPJA 5P7YA 1SGUA 3IVHA 3VYDA 3PSGA 1LYBA 1PSOE 5P2FA 4NPUA 3UTLA 4DJPA 3CIBA 5EZZA 5P5SA 5P1SA 2AOFA 5P8QA 5DQ1A 1FG8C 5OZNA 1SGZA 2OHNA 1J71A 1NPAA 4Y45A 2AIDA 4ACUA 4GJAA 3RU1A 4B70A 5OZDA 5OZIA 5AH7A 2PYNA 1W50A 1DIFA 3NUOA 5P70A 4B78A 2BPYA 4DV9A 5P0CA 4F75A 4H3GA 2ZHSA 3FV3A 3OXCA 3UQRA 2NR6A 1ME6A 2QZKA 4HE9A 5P6BA 3TTPA 1APUE 3QROA 1HPXA 5P5GA 5P2WA 4B1DA 3L59A 1A9MA 3NDUA 3T3CA 3VCMA 3S85A 3OUDB 4Q1YA 5P22A 5OZ3A 4QJ6A 5P6JA 4FAFA 2Q15A 1GVXA 4DJVA 4QJ9A 2FDEA 4I0HA 4MC6A 4CPRA 3RTMA 5ER2E 5P4SA 4GJ6A 1B6PA 2Z4OA 5P4TA 1ZJ7A 3T7PA 4EP2A 3APRE 2AVSA 5OYQA 3OQ7A 3UDNA 5P0AA 3MXEA 4J0YA 2QI5A 3IXKA 2FGUA 1HVIA 5OZ1A 2A1EA 5P2HA 5P0YA 1RV7A 1EBWA 5P6UA 1MT7A 2VJ6A 5IS4A 2BPVA 1BIMA 2VA7A 1HRNA 3QP0A 5P7SA 5P03A 4KB9A 5P1PA 1OHRA 2AZ9A 2R3TA 3IGBA 1K6TA 3UDYA 1YT9A 4LXKA 4I0ZA 5OZ2A 5HU0A 1MSNA 3KT5A 5OZEA 5OZPA 5P1RA 3EXOA 5OZCA 5OZMA 3MSKA 5OYWA 5P2YA 5P5EA 5P1DA 3NDTA 2WEZA 1D4YA 2QD8A 3GW5A 2P3CA 2AVVA 3EL5A 3I2LA 1HPOA 1AXAA 5P1LA 1AAQA 2OHQA 1KZKA 5P32A 4Y5AA 4TRYA 5P73A 4XXSA 5OZZA 4OBFA 1KJHA 5T4SA 2NPHA 5C9DA 2WF2A 4Y3AA 5P1ZA 2G1NA 4Y5KA 3CICA 3PB5A 4M8YA 1QS8A 5P5YA 2VS2A 3BGCA 4YD7A 5IVTA 5DQCA 4Y36A 1HIVA 5ER1E 1OEWA 3SO9A 5OZVA 3UQPA 5P8NA 5DQ4A 1UH8A 4YCTA 5I70A 1D4HA 4PZWA 5P43A 4LP9A 3OTYA 1ZTZA 4RYGA 4ZSMA 3U6AA 4Y44A 5P6WA 4LC7A 5DGWA 1HVKA 3UDRA 4J0PA 5P2JA 1GNMA 5AHBA 3CKRA 2I4XA 5P8HA 2O4KA 1W5WA 4Q1WA 5P6HA 3JVYA 4QLHA 5P08A 5P56A 5P2SA 3NWQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IRZ A;  2QP8 A;  4OBK A;  4I12 A;  5P4Y A;  3KFR A;  4Y57 A;  4JP9 A;  5IVS A;  3S56 A;  2RKF A;  1PSN A;  3ZKM A;  2QNN A;  5F00 A;  2G21 A;  5P49 A;  5P6X A;  5P3D A;  5KQX A;  5P37 A;  5HE5 A;  2AOJ A;  1LYW A;  1EAG A;  1MRW A;  2P3B B;  3NU5 A;  4RGH A;  2AQU A;  3LIT A;  3O9L B;  1K6C A;  4L7G A;  1HOS A;  1G35 A;  1FMU A;  5P2C A;  2A4F A;  5P33 A;  5P79 A;  5P63 A;  3O9F A;  3EKY A;  5P4E A;  1B11 A;  5P3J A;  4APE A;  5AH9 A;  2R3W A;  1K2B A;  5P8G A;  2B60 A;  1SIV A;  1FMB A;  3URL A;  5P0U A;  5P6P A;  5P86 A;  4Y47 A;  4CMS A;  5P5J A;  4QJ2 A;  2PWR A;  4HDP A;  3BRA A;  3OXW A;  5P2M A;  3VV8 A;  1HVR A;  1AJV A;  1SH9 A;  3QAA A;  3UDP A;  1E80 E;  1W5V A;  2PK5 A;  4Y50 A;  3EMY A;  5J25 A;  5P29 A;  3RVI A;  3ECG A;  2FNT A;  1C6Y A;  3UFN A;  3K4V A;  5DPZ A;  3KDC A;  5APR E;  3O9C A;  1GVW A;  1MRX A;  4L7H A;  4OC6 B;  3KDB A;  3VF3 A;  4Y4X A;  5P5Q A;  4GJ5 A;  4PHV A;  2G22 A;  3EC0 A;  3ZPU A;  1ZAP A;  4Y4D A;  3PMY A;  5P2D A;  2QI0 A;  4YA8 A;  5P7I A;  4Y37 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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