4J1HA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((4s,6r)-2-amino-4-methyl-6-trifluoromethyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
390
structure length
370
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 370
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1hA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j1hA02
2VNMA 5P46A 3R2FA 5P2TA 1TQFA 4I0ZA 2VIJA 4Y3LA 4Y5GA 4ZPEA 1C6XA 1MTBA 4DUSA 5P2ZA 6FIVA 1VIJA 1AXAA 4DPFA 5AH6A 5JG1A 4FAEA 1HOSA 5P23A 5P3MA 1YT9A 4DV9A 2FXDA 4QJ6A 4GJ6A 3D20A 2NTRA 3NWXA 4DPIA 5P16A 3D1YA 1LF4A 4OBFA 2AIDA 3IA9A 4Y3PA 5SZ9A 1Z8CA 1HVSA 4LXMA 5P29A 4Y3EA 3UCBA 5HCTA 4ZPFA 2I0DA 1A8GA 1EPME 3EBZA 2IENA 2Q5KA 2VA7A 4K9HA 5OZIA 5P7UA 2VJ6A 5P8DA 3APPA 3RU1A 5P6WA 2Q11A 3INFA 2BPXA 3ZPUA 3O9BA 3NWQA 1C6ZA 5P1UA 2OHQA 2H6SA 2WF2A 5P06A 3K4VA 5P41A 2ZJMA 1XE6A 4CPXA 1QDMA 3WB5A 3K5DA 4Y4DA 5P7CA 4DQHA 2PYMA 3EKTA 4CKUA 4FAFA 5JFUA 1FG8C 1YTIA 1CPIA 2NMYA 5DR4A 3OTSA 2RENA 5P49A 1M0BA 2QMPA 5P5KA 5OZSA 1HIIA 1HTFA 4DJXA 2QD7A 1NPWA 2J9KA 5P37A 1XL2A 1A9MA 1IIQA 5P3TA 2QNNA 4Y3DA 2BPYA 1GVVA 5P0HA 1FMXA 2IKOA 3L38A 5OYTA 1NSOA 5P8TA 2R38A 1PPME 5P7KA 4RCEA 3I6OA 3OUBA 5P8BA 4YBFA 3QBHA 2HC0A 4Y4EA 3URIA 4OBHA 3IN3A 2P3DA 3NXNA 4B00A 3KMXA 5P83A 3SQFA 4YOAA 4RYCA 5OZXA 2P3BA 4BELA 5P56A 2ZHTA 2PSGA 1HVHA 5P4FA 5P6PA 5UPJA 4APRE 5P53A 1D4IA 2BPVA 1MEUA 4YBIA 5P50A 1GVUA 3O9HA 5P89A 5P4DA 5P0UA 1SIPA 4J0PA 1D4HA 5OZ2A 5P19A 3OQKA 5P61A 5P4XA 1TSQA 2P3AA 3GGAA 4TVGA 1IDAA 4GZFA 2FGVA 5P1GA 1N49A 1DMPA 1SMEA 2OF0A 4F74A 1B5FA 4J55A 2WEDA 5BRYA 1LF3A 4PZXA 5P3CA 3PBZA 2PWRA 1A94A 1LYBA 4CPQA 2I4WA 3Q5HA 3SAAA 1HVLA 1FFIC 5P0XA 1NPAA 3EKXA 5P3ZA 5P13A 2ZJNA 5P1NA 4Y4JA 3PSGA 1TCWA 4HE9A 2OHKA 4R5NA 2G22A 3JVWA 1AM5A 1SBGA 4Y3RA 5KR1A 1PSNA 4CPWA 3TTPA 3NU6A 5P8NA 5OZ5A 3PLDA 1FF0C 3UF3A 1HRNA 4EWOA 5P6LA 4FSEA 3UFNA 2WF3A 1M4HA 5P2LA 1D4KA 3LPJA 5P65A 1BVEA 5P7ZA 2G94A 1TZSA 3VF7A 4IVTA 3KDDA 4Y5AA 5AGZA 3G6ZA 4NJSA 2AOCA 4GYEA 5IS4A 4ACUA 5P54A 3CKRA 3WSJA 1W50A 4LC7A 1W6HA 2H6TA 5OZ9A 1K6VA 5P59A 2OHLA 4RGHA 1EBKC 3VV8A 3HBOA 5P67A 3LZUA 3VG1A 5P8LA 2QMDA 2PSVA 1VIKA 3OU1A 1MT9A 5P3VA 5HDXA 1HPVA 5P33A 4PHVA 4TRZA 4L7HA 4YD4A 4HZTA 2HPEA 5PEPA 5HE5A 5P4GA 1HTEA 5P2CA 3ZMGA 3UDPA 3D1ZA 2V0ZC 1HXWA 3PBDA 4Y5BA 3MSJA 5I3YA 3LIYA 1XDHA 1YM2A 2ZGAA 5P6GA 2FGUA 3N4LA 5P8KA 1APVE 3O9EA 2NNPA 4FRJA 4WY1A 1UH9A 2RSPA 5HTZA 1FFFC 4FGXA 5DR3A 5P25A 5P6VA 3KFNA 5P1MA 1CZIE 5P0OA 5P7EA 3TOHA 4BFDA 3VFAA 5OZDA 3ZLQA 5P1QA 3B7VA 5HDVA 3S53A 2PH8A 1IVQA 4B77A 3UQXA 3I8WA 3APRE 2ZJKA 4FM6A 3LHGA 3SA3A 2AOGA 2NXDA 1W5VA 3KYRA 4Y6MA 3EKWA 5DPZA 5P4JA 5P6YA 2AZCA 5AHBA 1G35A 2QHYA 4HDBA 4YA8A 3ZKMA 5ER1E 5P6CA 4Q1NA 5P8UA 1HWRA 5P6DA 3OU4B 2ZHUA 2NR6A 2OHTA 3UQPA 2QI6A 1ME6A 4LAPA 4ZSMA 5P3AA 2WKZA 3EL4A 5P8GA 3KN0A 1GVTA 1W5XA 3BVAA 5OZPA 3LIZA 4PEPA 4JPEA 3T11A 3EL9A 5P0NA 1B6JA 4B72A 1KJ7A 4Q5MA 5P4KA 5P2RA 3RTMA 4YD3A 5OZKA 3EL5A 1MSMA 3L59A 5P07A 4NKKA 5P08A 5P1PA 5EZZA 4Y3TA 4L7GA 5FIVA 5P30A 1APTE 5P5LA 3TKGA 3FIVA 5OZ8A 3O9LB 1K6CA 3LIXA 5P5PA 5P71A 3DV5A 5P1ZA 3TH9A 3VYFA 4EP2A 3EKVA 4DJRA 3RVIA 5P78A 1QBSA 5P64A 2P8HA 3CKTA 4FE6A 4JECA 4I10A 1BBSA 2HB4A 3HVPA 5OYVA 5DQ2A 4Y4WA 4Y4BA 2I4VA 3L58A 3VCMA 3EC0A 3GGVA 3ZPTA 1MESA 5P47A 4ZSPA 5P6IA 2HAHA 4QJ9A 1PPLE 4QJ8A 2R43A 3FNTA 5OZ3A 1RPIA 2VJ9A 2JXRA 2V16C 4GIDA 5P8EA 3VYDA 3CIDA 1M43A 1XN3A 3T3CA 1Z1HA 2J9JA 4RROA 5P6BA 3GGUA 2OAHA 4H3JA 4Z2ZA 2BPWA 5CONA 4YD5A 4TRWA 5P77A 2VJ7A 3KA2A 4Y53A 1HHPA 1GNOA 4NPTA 4I0EA 2B8VA 5P39A 5OYSA 4D88A 3LIQA 1HPXA 5P81A 4RCDA 5P5WA 4DJOA 5KOQA 5P3NA 3TOFA 5P7TA 4GMIA 5DGWA 2MIPA 4OBZA 1QS8A 4Y58A 4Y54A 3KFSA 5HU1A 2FNTA 2IGXA 1T6GA 4J1HA 2G27A 3G70A 5P4QA 5OZ4A 3UDMA 5P0AA 3FX5A 5P4VA 4ZSQA 2IL2A 3OXVA 2V10C 4Y38A 5P7NA 3SM1A 2O4PA 3IXOA 2F81A 1EC0A 3NDXA 4Y44A 1EEDP 3OK9A 1OD1A 4KUPA 5P1VA 5P55A 5P7HA 3NXEA 1B11A 5P10A 3UHLA 2ZDZA 3DV1A 4GJ7A 5P34A 5DR8A 4J1EA 5P8MA 3CICA 4Y41A 5P6FA 5P01A 1GKTA 1ZTZA 1E82E 5P4MA 1DAZC 5OYUA 3EM6A 3D91A 3L5DA 7UPJA 3Q70A 4DQEA 4X7IA 2HIZA 3LIVA 4RVIA 5P76A 5P2FA 3VV6A 1RNEA 5P84A 3TKWA 3NUJA 1EPPE 1C70A 5P6OA 1T7IA 5JFPA 3KMYA 2QI3A 2V00A 3HAWA 5P8VA 1HPOA 1LF2A 3H0BA 3QP0A 3QPJA 5P1RA 1GVWA 2VIZA 2AZBA 3MSKA 3PWWA 1G0VA 5P6HA 1FGCC 1ZAPA 5P27A 4NJUA 5P87A 2R3WA 3TPRA 2WECA 3EKYA 4Y39A 4RYGA 5P0DA 4Y48A 3OY4A 4EXGA 4XX4A 4YOBA 2G1NA 5COKA 5P73A 4XKXA 1HBVA 1AVFA 5P2AA 4Q1WA 4WY6A 3SA7A 1A8KA 1EPRE 5I3XA 1BVGA 2I0AA 3I7EA 5P7DA 1HEGE 5P0EA 4Y3YA 4Y35A 1KZKA 5P7FA 1Z1RA 1EBZA 3UQUA 2A1EA 5P4TA 2AVOA 5P2QA 3RSVA 5OZBA 5P3PA 4WTUA 2EWYA 4YCKA 5P3SA 5P4LA 1ZPKA 4AUCA 4EQJA 1SDUA 4LXKA 4RRNA 2FXEA 4ACXA 4FRSA 4Y3QA 5P6RA 4H1EA 3KM4A 5P43A 4FRIA 4Y37A 5P0TA 2XYFA 5P3QA 3CKPA 3OXWA 3HDKA 3SACA 2V12C 2QI4A 3SKGA 2HPFA 2F3KA 3OUCA 1T7KA 1PPKE 1IDBA 5SY3A 2OHNA 1EC2A 4EXHA 2R9BA 5OYRA 5P0WA 5DR1A 4J1CA 1HVJA 1GVXA 2QMGA 4IVSA 5F01A 4F73A 3KT2A 2PH6A 2I4UA 4Y45A 1IZDA 2QMFA 3R0WA 5E5JA 4Q1XA 1FEJC 4NJTA 5P7IA 3SM2A 4GJBA 4QLHA 5P82A 5P7XA 4ZPGA 2O40A 3LZVA 5DR0A 5DQ5A 3QAAA 5P5JA 1HVKA 4GJDA 3HAUA 1EPNE 2NXLA 3L5EA 1FIVA 3INEA 3B80A 5P4ZA 2QP8A 4CPSA 5P3BA 5P4BA 4Z22A 4XXSA 2G1SA 4Y5EA 3IAWA 2V11C 5P6ZA 3ZKXA 5P3FA 4Y3HA 3S43B 4A6BA 2I1AA 1NH0A 5P5SA 5P8SA 3EL0A 3K1WA 5CLMA 5P0GA 5P8HA 4R92A 3DOXA 2IEOA 2PMAA 3FV3A 3HD8A 5P51A 5P7YA 1K1UA 4MC6A 4Y3XA 1SGZA 1MIQA 5BWYA 3ZPSA 5T4SA 3CYWA 3R0YA 3CYXA 1W6IA 2ASIA 2PQZA 4TRYA 2OHMA 2OHSA 4D85A 1B6PA 5P31A 2A4FA 5OZNA 5OZ0A 6UPJA 4EYRA 2AZ9A 5P1IA 1AJVA 5P2MA 4TVHA 3BUGA 5P04A 3L3AA 1LS5A 1YTGA 1Q9PA 5P3HA 4KE1A 1HEFE 1ZSRA 1W5YA 4K8SA 5APRE 5P70A 5P88A 4H3FA 8HVPA 2WEZA 5EZXA 4Y5KA 4HDPA 4NJVA 3OU1B 3PI5A 5HVPA 4Y3AA 5P0RA 5IVRA 3OWNA 1ZP8A 3DM6A 5HCOA 2G69A 5P8AA 4AMTA 5I3VA 5OZRA 4Y4GA 4Y3JA 4EJLA 5P2NA 1BXOA 2FS4A 3MSLA 5P32A 5KOSA 4CMSA 3OU3A 5P3GA 4ZE6A 1W5WA 5OYZA 5P8IA 5P2HA 4QJ2A 5P2KA 5P2DA 3CIBA 5P5QA 5C9BA 3INHA 4DJQA 5I3WA 4GJ9A 3S56A 1EPOE 4GJAA 5P20A 4Y56A 1XL5A 4EPJA 1MERA 5P3OA 4N00A 4M8XA 5P1CA 4FM8A 3TNEA 4CPUA 1META 2QZXA 4MC2A 3TPPA 5P2UA 4GJCA 4K4QA 4J5JA 3URLA 4YDGA 1HXBA 2G1RA 4Y47A 2ZJJA 3RTNA 4M8YA 2B7FA 2Z4OA 1IVPA 2RMPA 2JE4A 3L5BA 5OZ6A 1DP5A 2WEAA 1C6YA 4J0TA 3UDQA 3OAGB 3LITA 4Y4ZA 2P83A 3U7SA 3OGPA 1KJGA 4FRKA 3OHFA 5P5IA 2PK5A 4J1KA 4FIVA 3UDRA 4DQCA 3D1XA 2XYEA 3EKPA 5P5UA 2QD6A 1QBTA 3FNUA 3L5FA 3BRAA 1K6PA 2Q63A 3T6IA 5P85A 4DFGA 2ER6E 5TOLA 5HDZA 1IZIA 5IVTA 1OEXA 2CEMA 2WEBA 3PRSA 5P7SA 1HSIA 2ZJHA 5P05A 1WKRA 3UQRA 1ZSFA 4LP9A 4NPUA 3LNKA 5P17A 4B05A 3BXSA 3BXRA 5P4WA 3IXKA 4Y36A 3NDWA 2VNNA 2RKFA 3IN4A 1RV7A 2VA6A 2FDPA 5SY2A 1E80E 3OTYA 3IGBA 1B6LA 5P02A 5P7RA 1AIDA 3BC4A 2F3EA 4YD7A 1B6MA 3O9IA 4I0GA 2J9JB 1PFZA 3UTLA 5HDUA 3VSWA 5OZZA 2QZWA 2BPZA 2F8GA 2I4XA 4U7QA 3TPJA 1FB7A 2V13A 2G20A 4EJKA 3FNSA 5DQ4A 2QHCA 3O9DA 5P2OA 5P80A 4CPTA 4EHCA 5P1KA 4OC6A 3VUCA 3DCRA 5IVQA 2QAKA 5P8CA 4COEA 1LYWB 5P72A 4Y3WA 5I70A 5P8JA 1UPJA 2UY0A 3WZ7A 2G24A 5P45A 5P5VA 3NU9A 5P6MA 4APEA 4GJ5A 2VKMA 2FDDA 5P6XA 3NDUA 4RZ1A 5P3RA 2ER7E 2HB2A 2AVQA 3UDJA 1WBKA 1SH9A 3SA5A 4JP9A 1ODYA 2O4SA 4L1AB 5P0MA 1SDTA 1FQ8A 5P14A 1MTRA 1APWE 4Y3GA 3EXOA 5P0CA 2I4DA 4PYVA 3K4VC 4I8ZA 3O9CA 4RVXA 1CMSA 5C9DA 2PSUA 3OOZA 5P62A 5P5AA 5P1EA 3UDYA 5IE1A 5P57A 4OD9B 1U8GA 4L6BA 4ER1E 2UPJA 4OBGA 3M9FA 5P3DA 3NLSA 4ER4E 1FQ5A 1FQ6A 5P7GA 2OHUA 2NXMA 3OUAA 3GI0A 5P0IA 5KQXA 3KFRA 4I12A 3SA6A 3S45A 5P4OA 2O4LA 5OZJA 5P0SA 1W51A 3LPIA 1IZEA 4PPHA 1FQ7A 3FKTA 3PLLA 3I2LA 1EC1A 5P5DA 4DJUA 2SAMA 3H5BA 2ZYEA 1FG6C 1K2BA 3T7PA 3IXJA 1EC3A 5P26A 5P6EA 4YCYA 2JJJA 5OZEA 3ST5A 5P42A 3QRMA 5P1WA 4QJ7A 5P5ZA 3ZKQA 3UDKA 4DQBA 2CEJA 3VV7A 2AODA 3O9FA 1RL8A 2JJIA 5P0QA 4HDFA 1MUIA 5OZTA 2IRZA 5C9FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VNM A;  5P46 A;  3R2F A;  5P2T A;  1TQF A;  4I0Z A;  2VIJ A;  4Y3L A;  4Y5G A;  4ZPE A;  1C6X A;  1MTB A;  4DUS A;  5P2Z A;  6FIV A;  1VIJ A;  1AXA A;  4DPF A;  5AH6 A;  5JG1 A;  4FAE A;  1HOS A;  5P23 A;  5P3M A;  1YT9 A;  4DV9 A;  2FXD A;  4QJ6 A;  4GJ6 A;  3D20 A;  2NTR A;  3NWX A;  4DPI A;  5P16 A;  3D1Y A;  1LF4 A;  4OBF A;  2AID A;  3IA9 A;  4Y3P A;  5SZ9 A;  1Z8C A;  1HVS A;  4LXM A;  5P29 A;  4Y3E A;  3UCB A;  5HCT A;  4ZPF A;  2I0D A;  1A8G A;  1EPM E;  3EBZ A;  2IEN A;  2Q5K A;  2VA7 A;  4K9H A;  5OZI A;  5P7U A;  2VJ6 A;  5P8D A;  3APP A;  3RU1 A;  5P6W A;  2Q11 A;  3INF A;  2BPX A;  3ZPU A;  3O9B A;  3NWQ A;  1C6Z A;  5P1U A;  2OHQ A;  2H6S A;  2WF2 A;  5P06 A;  3K4V A;  5P41 A;  2ZJM A;  1XE6 A;  4CPX A;  1QDM A;  3WB5 A;  3K5D A;  4Y4D A;  5P7C A;  4DQH A;  2PYM A;  3EKT A;  4CKU A;  4FAF A;  5JFU A;  1FG8 C;  1YTI A;  1CPI A;  2NMY A;  5DR4 A;  3OTS A;  2REN A;  5P49 A;  1M0B A;  2QMP A;  5P5K A;  5OZS A;  1HII A;  1HTF A;  4DJX A;  2QD7 A;  1NPW A;  2J9K A;  5P37 A;  1XL2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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