4J0ZA

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-cyano-pyridine-2-carboxylic acid [3-((4s,5r)-2-amino-5-fluoro-4-fluoromethyl-5,6-dihydro-4h-[1,3]oxazin-4-yl)-4-fluoro-phenyl]-amide
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
381
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer s Disease
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 381
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0zA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4j0zA02
5P30A 2I4DA 5OZ2A 5P3NA 2AVOA 5DR3A 5P07A 2PK5A 4CPTA 1W5YA 4Y50A 3HLOA 2QHCA 5P0FA 5OZQA 4Y4DA 3FIVA 4Y47A 3WZ8A 4EXHA 3VG1A 4Z2ZA 4F73A 1IZDA 2HIZA 3RVIA 4Y5PA 2OHLA 2FLEA 3LZYA 3ZOVA 5P80A 5HD0A 3SM2A 1ZPAA 2OHRA 4BFDA 2AOHA 5P79A 3QROA 3CKRA 5P7FA 4B72A 1A9MA 4HLAA 4PZWA 4LXAA 1APUE 1BWAA 1FG6C 5P8VA 3U71A 5P19A 3CIDA 2B42A 4L1AA 3OK9A 2P3DA 5P0ZA 3OXVA 2QMDA 3OU4B 4FAEA 3OUDA 3MXDA 5OZGA 3EMYA 3TTPA 2BPZA 2ZJLA 4RCEA 4JPEA 1KZKA 1ENTE 2QK5A 5P5RA 5P08A 3VV6A 3A2OA 5P6PA 3UDKA 4Y5LA 4EQ0A 5HU1A 4I0JA 3C9XA 5KR8A 5P0MA 1FF0C 2ZJNA 5P38A 1HOSA 2QHYA 4L7GA 4J1HA 4DQFA 1IBQA 1IZIA 3QAAA 4OD9B 4D89A 1LYWA 1T7KA 2IL2A 3EM4A 3OU1B 3LIYA 4Y3TA 5P7CA 3T11A 4EPJA 2ASIA 1DPJA 5HDUA 2OHQA 1EPNE 4Y5EA 5P0UA 5P2IA 4ZE6A 5P5DA 2QI0A 2V12C 1D4LA 4LHHA 5AH7A 5P6AA 5P40A 2V00A 3INEA 3LPJA 3UQPA 5OZ8A 1F7AA 2VNNA 1B6KA 3HAWA 3UQRA 1N49A 1T7JA 5KOQA 5P0EA 5P55A 1T7IA 4Y5GA 2OF0A 1DP5A 1SDUA 2RSPA 5P5QA 7HVPA 5P76A 4GJCA 4EJ8A 2FXDA 2AIDA 4J17A 3NDTA 3K5FA 1BV9A 1EPME 5P3RA 5P7MA 1MSNA 2EWYA 1EBKC 5CLMA 2ZDZA 5EZXA 3URLA 5OZHA 5P1EA 5P2SA 3VV8A 1DAZC 4TVGA 5P4QA 4CPXA 1XN2A 2NXLA 5P8JA 5KR1A 5F00A 1UH7A 1FKNA 3N3IA 2J9JB 3NU6A 5HCTA 2I4UA 5P8KA 1FFFC 4J1FA 2PMAA 3Q3TA 5OZFA 5P1SA 1BVEA 3PSUA 2IENA 2P3BA 3NUOA 1ZPKA 1ZP8A 4I0GA 3EL5A 3TOGA 5P29A 2XFKA 1BXQA 3PJ6A 4IVTA 3S56A 5OYVA 1VIKA 1LYAA 2QI7A 2RMPA 3BRAA 4DJYA 3OQFA 1ZSRA 3OHHA 4FRJA 4NJUA 3TKWA 3IGBA 2IGYA 1AM5A 4EHCA 5CONA 5P7EA 5P3MA 5P72A 4OBJA 5P1LA 2ZHRA 4Y36A 5P4DA 5P5WA 1HVLA 4YCTA 3RU1A 1HSGA 3BUFA 5SY2A 1XE6A 2O4LA 1K2BA 3ZKSA 4BELA 1AIDA 3APRE 2BBBA 4WY6A 4Q1XA 1J71A 5P0RA 1NH0A 5EZZA 3JVWA 3WB5A 5KR0A 4R92A 4FL8A 1FMBA 1M4HA 3KA2A 5SZ9A 4AUCA 2H6SA 2G94A 5AH9A 3OXCA 5P3GA 1W6IA 2QNPA 3O9LA 4HZTA 1YM2A 2NPHA 5PEPA 4I0IA 3WSJA 4CMSA 4KB9A 3O9AA 1HPSA 3VF7A 5P1JA 3VUCA 5P1MA 5OYUA 3BVAA 3TKGA 3IN4A 5P42A 1IZHA 4F74A 3DM6A 3PWRA 3IXKA 5P2HA 2V10C 4LC7A 1MPPA 5P2LA 2IQGA 1Z1HA 5OZ0A 5P25A 4J0VA 2G1OA 3EL4A 5P39A 3TPRA 4L7JA 1HIIA 2QD6A 3K5GA 3VYDA 3BXSA 2ANLA 2G69A 3IXJA 2QD8A 1RNEA 1W50A 3Q6YA 4FRIA 4XKXA 4DJRA 5P8LA 5P8PA 3TPJA 1YT9A 3SA4A 1K6VA 1GVTA 4FIVA 2QI5A 2I0DA 2Q11A 3INFA 1ER8E 5P7BA 2G21A 5P1IA 5P3QA 4Z50A 5P8GA 2QMFA 5J25A 5P47A 5P6EA 2CENA 3ZLQA 4EP2A 2HB2A 5P0BA 3L3AA 1Q9PA 4GJAA 2QNNA 3QVIA 2QNQA 3OXXA 5P1GA 5P46A 1BIMA 1KJ4A 4FRKA 1EC0A 2QCIA 4M8YA 2ZJKA 2FNTA 5P28A 4Y5MA 2APRA 1F34A 3ST5A 5P74A 1W6HA 3D1XA 4RZ1A 5C9DA 4B0QA 1LF3A 2WEDA 3UDNA 2R5QA 1QBUA 2PQZA 5P88A 1AVFA 1D4JA 3HZCA 4J0TA 5HE7A 5P4YA 2BQVA 5P5HA 3T7QA 4D83A 3HAUA 4WY1A 4L1AB 5P0QA 2IS0A 2JYSA 3ZPSA 1D4IA 3OUDB 3SA8A 2OAHA 2NTRA 4U8WA 4K9HA 1HPOA 5OZNA 5P5KA 1C6YA 5P3SA 5P5EA 3K5CA 2A1EA 3S45A 5BS4A 2OHUA 4DH6A 1SIPA 2BKSA 4FM6A 1YTIA 3D1ZA 3UDPA 1CMSA 1SDVA 4OBDA 5P1UA 4FAFA 4DI2A 5P43A 1MERA 5P8CA 4Y5KA 5HU0A 2HPFA 1SMEA 4Y3FA 3MSJA 5APRE 3FV3A 4I0FA 4YE3A 5P2QA 3DCRA 4CPQA 1OEWA 2AOEA 2I0AA 5P60A 2G22A 4L7HA 5DGUA 5OZ3A 5P57A 2G1YA 3PBDA 5IS4A 3TLHA 4A6BA 2V13A 4I8ZA 3GGVA 3EKYA 4J0YA 5HE4A 1HVHA 1UPJA 5P4ZA 5OZYA 5P1DA 2FS4A 3GI0A 3SA9A 3Q70A 2B60A 4QJAA 4HDBA 4B05A 1K2CA 2HB4A 4Y3NA 2ZHVA 5KQFA 3ZKGA 4Y4TA 2Q55A 2WF0A 1HVJA 5P4PA 3GI4A 4QJ7A 3EM3A 4Q5MA 5P4UA 1QBRA 3UDQA 5P3HA 2FIVA 4I8WA 5P7YA 2V16C 5P0XA 4YOAA 4DQEA 1FMUA 3DV1A 2IDWA 1GNOA 2Q64A 5P2XA 1TQFA 2WECA 4GJDA 4ACXA 5P26A 3PRSA 5P2EA 4NKKA 3SA5A 5P2FA 5P2DA 3HVPA 1HVIA 1E81E 4DUSA 4QGIA 2UPJA 5DR7A 2F80A 5OZWA 5P0DA 4Y4BA 4Y41A 5P53A 6UPJA 3IAWA 2A4FA 5HVPA 5P5XA 2QZWA 3CMSA 4EWOA 5P15A 2Q63A 3PB5A 4GJBA 4QLHA 5B18A 1ZLFA 1HIVA 4Z22A 1K1UA 3NWXA 4YCKA 5P84A 5OZBA 2HPEA 3U7SA 5P0TA 4QJ6A 3KM4A 3S43B 1EBWA 1FEJC 1IVPA 4PYVA 1AXAA 3CYWA 2QU2A 4LXMA 5ER2E 4ACUA 1LYAB 1Z1RA 2AOIA 1EEDP 3KF0A 5AH6A 4XX3A 5OZ7A 1SGZA 5DR1A 5P6LA 3L38A 2MIPA 4UPJA 4Y4AA 3D20A 5P6SA 3IN3A 3CYXA 4YA8A 5P4IA 5AHCA 5P70A 2RKFA 5P48A 5I3YA 5OZIA 5DPZA 1ZSFA 3AIDA 1GVUA 5P8BA 4Y3MA 5P3EA 5P27A 2R9BA 3SM1A 5I3VA 4Y5NA 3TPLA 1DW6C 2BPXA 5HCOA 3LNKA 5P7UA 3I7EA 3KN0A 3R0WA 3NLSA 4KE0A 4PEPA 5P4NA 3UQXA 3PI5A 1EC3A 2JJJA 4ZSQA 3WB4A 2VIZA 3PVKA 3O9LB 5P14A 3EKPA 4H3GA 1SDTA 5P54A 4QJ2A 2SAMA 3BUGA 1B6MA 2VJ7A 5OYWA 4E43A 5P4RA 1K6PA 3H5BA 1QS8A 2NXDA 5P82A 5P3LA 4R91A 5P85A 4Y4WA 5P1RA 1CPIA 5P2CA 2OHTA 3B7VA 3OTSA 5AH8A 5COKA 5P73A 2O4PA 4FM8A 2PSUA 1M43A 1MT7A 4OBFA 1EPRE 1QBTA 4Y3JA 2WEZA 5P01A 2B8LA 3QVCA 1B5FA 5OYRA 1LYBA 2B7FA 5OZZA 4FSLA 5P2AA 2AVSA 2WF4A 4CPRA 1SBGA 2ZJMA 5OZUA 3NUJA 1EPOE 3FKTA 2NXMA 5P4CA 2IRZA 5P8QA 3UF3A 4BEKA 5P2KA 4ER4E 5P6KA 2NMZA 5P3TA 4J54A 3UFLA 3BC4A 5P3BA 3UCBA 3K1WA 3QBHA 5OYQA 3O9HA 5P17A 1MIQA 1HIHA 5P1XA 5P6XA 1A30A 3O9IA 3Q4BA 5DGWA 2XYFA 3FNUA 1GNMA 3URJA 5P23A 5P0WA 4R93A 5OZVA 4M8XA 4HA5A 1MTBA 5P0SA 5P7GA 2UXZA 3JW2A 4XX4A 1LV1A 4Y3DA 4YD4A 1APTE 2BJUA 3TOHA 5P04A 3NU3A 4B77A 5P8IA 1APVE 3O9EA 5P2GA 4HEGA 5P81A 1E5OE 3ZKNA 2VJ6A 3DJKA 1EBZA 1TSUA 1YTJA 3ZKIA 5P4SA 2IKUA 5P10A 1HPXA 1HRNA 1WBKA 3UDYA 4B1DA 3FX5A 4B00A 1UH8A 6APRE 3O99A 5P6JA 5P1QA 3PEPA 3PSGA 5P44A 3KDCA 1FGCC 3UDHA 2XFJA 5P3AA 5P8FA 5P7SA 3SABA 1HXBA 2PK6A 3G6ZA 2P83A 4ZEAA 4J5JA 1FMXA 3EL1A 5P3UA 4RVJA 5P31A 5P24A 1KJFA 1BBSA 3IVIA 1XDHA 2WF2A 4D85A 5P75A 2WF1A 5P5OA 3EKXA 5P7OA 5E5JA 5COOA 5P13A 4RYCA 3NYGA 5OZEA 1PFZA 5P4HA 1B6PA 4LXKA 5P2NA 5P3OA 3ZL7A 5DQCA 5P1ZA 1LS5A 3KFPA 3OADB 5P8SA 2PSVA 5UPJA 5I70A 5P62A 5P6QA 3UTLA 1OHRA 4N00A 5TOLA 4GJ9A 2PYNA 3LHGA 5P5BA 1U8GA 3G72A 1ME6A 3KFNA 2QU3A 4JPCA 5P0CA 4Y37A 5P49A 2G20A 4NPUA 3S54A 4OC6A 4I12A 5P6UA 5AHAA 4DJPA 2I4WA 4Y4EA 5P7VA 5P1BA 5OYYA 2P3AA 5P50A 3SQFA 3OUBA 2O40A 3R2FA 2FDEA 4I0EA 3OAGA 3OHFA 3O9DA 1TCXA 5OZ4A 5P06A 1FLHA 4CKUA 2QP8A 5P8NA 4B70A 1LEEA 4Y4GA 5P3VA 5P1KA 5P1AA 2AVVA 2B8VA 3LIZA 3UPJA 3HDKA 5P22A 2ZJJA 3INHA 3DOXA 2VA7A 3IXOA 1D4HA 2VA6A 1DMPA 1BDLA 3SKFA 3SPKA 3VSWA 2VKMA 4APEA 3OU4A 3BGCA 3VYFA 2WF3A 4F75A 1ZAPA 5BRYA 3PLLA 5P6MA 1RQ9A 2OHKA 2PYMA 5P5GA 1XL2A 2OHNA 5C9FA 5P2ZA 2G1RA 4PZXA 4LL3A 2P4JA 4AZYA 2QHZA 4MC9A 4OD9A 2F8GA 5P5UA 3URIA 4OBZA 3ZKXA 1PPKE 5P67A 3OU1A 1HWRA 1FFIC 5P78A 5IVQA 2F3KA 5P7ZA 3K4VA 5P2JA 4PHVA 5P2WA 3SA6A 5KOSA 2PH8A 4Q1NA 2WL0A 5OZ1A 3IA9A 3EKQA 1MVPA 2NMYA 4Y5BA 5P5CA 5P2UA 2IEOA 1HEGE 3NSHA 4JECA 2BPWA 5P3ZA 3KFRA 5P5ZA 5P66A 3PGIA 1MTRA 1G35A 2J9KA 3OOZA 5P5VA 1EPLE 5P3PA 2R43A 5P4MA 5P61A 3HW1A 4RVIA 2AOJA 1KJGA 3LINA 4YBFA 1XL5A 3TOFA 1ZJ7A 2AZ9A 1ZBGA 5DQ4A 5P5LA 3EXOA 3APPA 1EBYA 5SY3A 1EAGA 2ZGAA 3SO9A 3KYRA 1GNNA 5P7LA 1CZIE 2HB3A 4GJ6A 3OQAA 4Y35A 3OUCA 5P18A 1IDBA 5KQZA 5P0HA 5P02A 4YOBA 1LYWB 5P1TA 3OXWA 1FIVA 1E82E 4MC2A 3KT5A 3NU5A 3NU9A 4RGHA 1IVQA 3T6IA 3ZKQA 3OGPA 3LPIA 2PH6A 4RCDA 4X2LA 3TH9A 3MXEA 2AODA 1NPWA 4K4PA 1SH9A 3RTMA 4Y4UA 5HDXA 1NPAA 2BB9A 2ZJIA 4APRE 3O9FA 5P0KA 1HEFE 3VFBA 1HTEA 3TL9A 3GW5A 3NU4A 4NPTA 5OZMA 5P3KA 1SP5A 1BDQA 4HE9A 4K8SA 3UHLA 1D4KA 2F3EA 5P2TA 3QRMA 3O9GA 3N4LA 3SFCA 5P77A 1TSQA 2OHSA 2QMPA 1IIQA 1G6LA 4ZSPA 5P32A 5P4FA 4KE1A 1HHPA 5P7IA 4RRNA 1BILA 1HVCA 3I25A 3OQ7A 4Y3WA 2G1SA 4AA8A 4DPFA 3UQUA 3BHEA 5OZJA 5DR0A 5OZ9A 4J1IA 2WHHA 1BV7A 4J1EA 5OZRA 4F76A 2VA5A 4FE6A 5HDVA 4FSEA 4GYEA 3WZ6A 3KFSA 5P7RA 4Y4XA 5P12A 4U7VA 1K1TA 1BWBA 4Q1YA 3PMUA 2VS2A 3LZVA 4FS4A 3EL9A 2AVMA 3I2LA 4Y43A 4RYGA 4Y57A 2V11C 4MC1A 4Y53A 4EYRA 4I1CA 4GB2A 3BGBA 2P3BB 3T3CA 3INDA 2NNKA 4Y3LA 5P03A 3FNSA 3S8IA 3CKTA 5OZPA 1B6JA 2O4NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P30 A;  2I4D A;  5OZ2 A;  5P3N A;  2AVO A;  5DR3 A;  5P07 A;  2PK5 A;  4CPT A;  1W5Y A;  4Y50 A;  3HLO A;  2QHC A;  5P0F A;  5OZQ A;  4Y4D A;  3FIV A;  4Y47 A;  3WZ8 A;  4EXH A;  3VG1 A;  4Z2Z A;  4F73 A;  1IZD A;  2HIZ A;  3RVI A;  4Y5P A;  2OHL A;  2FLE A;  3LZY A;  3ZOV A;  5P80 A;  5HD0 A;  3SM2 A;  1ZPA A;  2OHR A;  4BFD A;  2AOH A;  5P79 A;  3QRO A;  3CKR A;  5P7F A;  4B72 A;  1A9M A;  4HLA A;  4PZW A;  4LXA A;  1APU E;  1BWA A;  1FG6 C;  5P8V A;  3U71 A;  5P19 A;  3CID A;  2B42 A;  4L1A A;  3OK9 A;  2P3D A;  5P0Z A;  3OXV A;  2QMD A;  3OU4 B;  4FAE A;  3OUD A;  3MXD A;  5OZG A;  3EMY A;  3TTP A;  2BPZ A;  2ZJL A;  4RCE A;  4JPE A;  1KZK A;  1ENT E;  2QK5 A;  5P5R A;  5P08 A;  3VV6 A;  3A2O A;  5P6P A;  3UDK A;  4Y5L A;  4EQ0 A;  5HU1 A;  4I0J A;  3C9X A;  5KR8 A;  5P0M A;  1FF0 C;  2ZJN A;  5P38 A;  1HOS A;  2QHY A;  4L7G A;  4J1H A;  4DQF A;  1IBQ A;  1IZI A;  3QAA A;  4OD9 B;  4D89 A;  1LYW A;  1T7K A;  2IL2 A;  3EM4 A;  3OU1 B;  3LIY A;  4Y3T A;  5P7C A;  3T11 A;  4EPJ A;  2ASI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5BWY A;  4S1G A;  1OEX A;  3TPP A;  7UPJ A;  1C6X A;  2AQU A;  2PWC A;  3PM4 A;  2OHM A;  2AZC A;  4I0H A;  3H0B A;  3OWN A;  3L5E A;  5OYZ A;  5P68 A;  4H3F A;  5P71 A;  2OHP A;  1D4S A;  1IZE A;  3Q5H A;  5P16 A;  2UY0 A;  1QDM A;  1EC1 A;  5DQ2 A;  5P1H A;  4CPW A;  4Y54 A;  4J1C A;  4MC6 A;  1C70 A;  5P0L A;  3I6O A;  5COP A;  5P4G A;  4ZSM A;  5P4E A;  4R5N A;  4DQC A;  4Y5A A;  3VYE A;  3KT2 A;  4DJQ A;  1HVR A;  5P87 A;  5P8H A;  1B11 A;  4DJO A;  3OAD A;  3NXN A;  3S7L A;  1HTF A;  4Y3E A;  4YD7 A;  1YG9 A;  5P0Y A;  4YCY A;  5ER1 E;  1HSI A;  4LBT A;  4XXS A;  4OBH A;  1LF2 A;  5P8O A;  4YDF A;  2F81 A;  3KDB A;  1AJV A;  3EKV A;  5P5J A;  2ZHU A;  4LAP A;  4DQH A;  2P3C A;  2FDP A;  2I1A A;  2NNP A;  3L5C A;  2HS2 A;  3DV5 A;  5E5K A;  5P4L A;  5P89 A;  5JFU A;  3NR6 A;  3K5D A;  3PWM A;  5P7K A;  1BAI A;  1GVW A;  3R4B A;  5P6C A;  2Q5K A;  3QBF A;  3HBO A;  5HDZ A;  3ZPT A;  5DR8 A;  4CPU A;  5P6D A;  1RL8 A;  1PSN A;  2I4V A;  2QZL A;  4DV9 A;  2R3W A;  3HD8 A;  3MSK A;  4ZLS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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