1GKTA

Neutron laue diffraction structure of endothiapepsin complexed with transition state analogue inhibitor h261
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
publication title A Neutron Laue Diffraction Study of Endothiapepsin: Implications for the Aspartic Proteinase Mechanism
pubmed doi rcsb
total genus 79
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2001-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gktA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gktA01
1JLDA 5P4MA 2RENA 1TCXA 4I0DA 5P5SA 5P88A 2BJUA 2CENA 3MSJA 3VYFA 2B42A 2P83A 5P7QA 4IVSA 4RVXA 5P3KA 5P6PA 3OU4B 5DR8A 2VA7A 5P60A 5P6YA 1EPNE 3CKPA 3NU3A 5P1NA 4J54A 2H6SA 2AZCA 2O4SA 4RCFA 3SA4A 5P3AA 2I0DA 4Z50A 4QLHA 1XL5A 5P0VA 4QGIA 5OZEA 4FIVA 3O9LB 3F9QA 5P4TA 4RYGA 3INHA 1QBTA 3LNKA 4HZTA 4NKKA 1DPJA 1ODXA 5P28A 2VIJA 3PHVA 5P5OA 3S7LA 1ZSRA 8HVPA 2QP8A 5P2AA 3QBFA 3ZKMA 1HWRA 1MSNA 3D91A 5P1YA 2VJ7A 4Y41A 5P01A 3ZKQA 5P4KA 5P36A 4GJAA 2Z54A 1HXWA 3ZOVA 5HDZA 2NXDA 5OYQA 4EXHA 3BRAA 2F80A 2R5QA 2WEAA 4CP7A 1D4SA 5P7WA 3S7MA 2Q5KA 3RU1A 5P6UA 1BXOA 4Y37A 4Y5NA 5P4QA 4B77A 1W5YA 3RTHA 4R5NA 5DR7A 2PYNA 5P3HA 3IN3A 2VA5A 2XFIA 5P1CA 1FGCC 2QZKA 4GJ5A 1K6VA 3VFBA 2WF1A 2H6TA 1BDQA 1BV7A 3JVWA 4F73A 2OHMA 5HDUA 2UY0A 1FMUA 4K8SA 5P7ZA 2HS2A 1F7AA 1LF2A 5P65A 4YCKA 4YBFA 5P0PA 3KT5A 1YX9A 5OZJA 1PSOE 2G69A 1WKRA 3PM4A 5P63A 3OHFA 4QJ6A 1YTJA 5P08A 1HVJA 5TOLA 5P2JA 3D1ZA 4ER4E 3HD8A 5KR2A 3IXKA 5P8SA 5OYWA 5P22A 5OZUA 4R95A 1RL8A 1B5FA 1LEEA 4MC1A 5KAOA 4Y53A 3NXEA 4J17A 4J0ZA 4OBFA 4FM6A 4PHVA 2OHLA 4YD5A 4ZSMA 1AM5A 1OEWA 2WL0A 5KR1A 5E5KA 1HSHA 1F34A 3BC4A 3I7EA 3TL9A 3APRE 1APTE 5J25A 1QS8A 1E81E 5P7UA 5OZCA 2QNPA 3FNTA 5P2HA 2ER9E 1GKTA 4RZ1A 2XYFA 3G6ZA 4DPFA 3FNUA 3PWWA 2VS2A 1NPWA 4Y4BA 2QI5A 4FSLA 2NTRA 5OZ0A 3UF3A 5OZ5A 2V11C 3G70A 4RCDA 4FCOA 2BPVA 2HIZA 2V12C 3PVKA 5P43A 4L7GA 2IS0A 5P1KA 2AVSA 3GGUA 1APVE 2HAHA 4ZSPA 3OADB 2ZJJA 1GVUA 5P0KA 3MSKA 1MSMA 2F3FA 4QJAA 4K4PA 5OZXA 5OZFA 5P6AA 2HPFA 4GJBA 4WY1A 2BPZA 1MRWA 1SMEA 4L7JA 1FIVA 2NNPA 5P0DA 5P56A 2RSPA 5P1UA 3EM4A 5KQYA 3OOZA 2ER6E 4LXAA 5P2KA 5AH8A 1FQ4A 2G1SA 5OZOA 5P0UA 5P64A 1HPVA 4DJOA 5P2SA 3UDKA 5P25A 5P14A 4FS4A 1CPIA 3MWSA 5P8JA 1RNEA 1K1TA 1EC2A 2PH8A 4L7HA 4AA9A 5P4FA 3SAAA 3FKTA 2P4JA 1HVHA 2IQGA 5AH7A 5P8AA 2ZHUA 4CPQA 1HIVA 5P49A 6FIVA 3BXSA 4M8YA 3N3IA 3NUJA 4WTUA 3WZ7A 2AOJA 4E43A 3UQPA 5DQ1A 3RSVA 3EL9A 4Y5CA 1Z1RA 3D3TA 4DQHA 4Y5MA 1IZIA 1AVFA 1B6JA 2QMDA 3L59A 5DQCA 1A30A 3MSLA 3QVCA 1YT9A 5P6LA 4AUCA 4I11A 4YDFA 2ZGAA 2QNNA 5P5PA 3DOXA 3GI6A 3L5EA 5DGUA 1QDMA 2PQZA 1AZ5A 2Q64A 5OZRA 3CYXA 1M0BA 1ER8E 4OC6A 5P5NA 5FIVA 5P7DA 1IZEA 5HCOA 4A6CA 4J1KA 4D8CA 4DJWA 5P8VA 5P5TA 1BDLA 1D4IA 1Q9PA 5B18A 3TH9A 5P0RA 3IXJA 2V16C 2IGYA 5I3XA 2QMGA 5P2XA 5OZNA 5OZPA 4Y5KA 3UDJA 4XXSA 1T7JA 4RROA 4Y57A 4HEGA 5P5AA 3QAAA 2AZ9A 5P5ZA 4R91A 3OXVA 5AH6A 4GYEA 4YCTA 5P68A 1E80E 2WF4A 5P4OA 3OUDA 2F8GA 5P8OA 2Q15A 4YDGA 5P2YA 2WF2A 4YD7A 5P5WA 4EPJA 5P47A 5P3NA 5DQ5A 3I2LA 4GJ8A 1C70A 3VSWA 2R38A 3U7SA 1TQFA 5OZGA 5OZ1A 1LZQA 5IVSA 5P53A 5P6HA 5P72A 5I3YA 4XKXA 4L1AA 2Q54A 2IKOA 5P7LA 3OK9A 4Y43A 5P6MA 4PEPA 3K5CA 1W6IA 1T7KA 7HVPA 1GVWA 2BPYA 5P3OA 5P00A 5P0HA 3ST5A 3OXCA 4Y47A 4Y4UA 3DCRA 5P2UA 1M4HA 4U7VA 2RKFA 5P0JA 1SIPA 2V00A 4PZXA 5SZ9A 1ZP8A 1AJXA 3ZMGA 5OZYA 3M9FA 5P57A 5P78A 5P3BA 3EL5A 2J9JA 3QRMA 4Q1YA 4H3JA 5DQ4A 2WHHA 5P3QA 2QI1A 3PGIA 2PYMA 2AOGA 3UDMA 1AAQA 1BILA 2PH6A 5P06A 4YD6A 2F3KA 4NPTA 1BVEA 1ZPAA 4K9HA 1HVIA 3KM4A 1E82E 3AIDA 3PCWA 1HVSA 3OQAA 1FMXA 5OYVA 4Y56A 4B72A 1EPLE 1HOSA 3BHEA 3WZ6A 4TVHA 5P45A 2BPXA 5P0CA 4DVFA 1D4KA 4D85A 3OGPA 3OGQA 3PBDA 2HC0A 2G27A 4D88A 5BWYA 2P8HA 3HVPA 5P3JA 4PZWA 4EJKA 4WY6A 5P6WA 4Y51A 2R3WA 4DH6A 1APUE 1GVVA 3OU1A 5P2FA 3OAGA 5P4YA 1QRPE 1Z1HA 4DQFA 5KQFA 3O9GA 5KR0A 3TPJA 3QN8A 1HEGE 4LHHA 3R2FA 4KE1A 3QRSA 5P2VA 5DGWA 5P8HA 4AMTA 1PPME 3GW5A 3D20A 1EBWA 3LIVA 1IZDA 5JFUA 1FFFC 3INDA 2HB3A 5P6EA 2FGVA 4ER2E 5KQZA 4J1FA 3PSGA 4FE6A 4ZSRA 3O9DA 1FQ8A 4CPSA 3VCMA 5P0AA 1IIQA 1MESA 4OBZA 2V13A 2ZHVA 4JECA 5P5DA 4U7QA 5HDVA 2AVVA 1HEFE 3INFA 5P69A 1AIDA 2I4QA 1K1UA 9HVPA 5P4VA 3LPIA 5P30A 3ZL7A 5P8CA 3EKPA 3TNEA 3H5BA 2ZHRA 5OZTA 3QVIA 5P4GA 3LZYA 3SM1A 5P26A 5OZ3A 1E5OE 1LV1A 2P3BA 4HDPA 5OZ6A 5P5FA 3DV1A 4Y3RA 1EEDP 2WEZA 5F01A 3EL1A 5P5UA 2B7FA 4LXKA 3SO9A 2RMPA 1ZBGA 1K6CA 4DJQA 3RTNA 4YA8A 1MT7A 2AOFA 5P44A 3TTPA 5I3WA 4S1GA 1ZSFA 5P31A 5P1HA 1SMRA 2QHCA 3PWRA 1WBKA 3EMYA 3T3CA 1HPXA 3K4VA 3KDDA 4Y38A 4Y3AA 1K2BA 1ENTE 3QP0A 4UPJA 5OZWA 2BBBA 2PC0A 3UTLA 5P7NA 1HTGA 3BUHA 3S56A 5IS4A 2AVQA 4HDBA 2BB9A 3UHLA 3TPPA 5P33A 4LP9A 5P6GA 5P62A 2OHQA 1U8GA 2R3TA 2QHYA 3UQRA 4AZYA 5P6BA 5P41A 5P3MA 5P2ZA 2G1OA 4Y4EA 2XFKA 5P4CA 1HPSA 2PK5A 5P61A 2QI4A 2PSGA 3FSMA 1LYBA 3NDUA 5P5EA 2R43A 3T7PA 1HIHA 3QS1A 1XS7D 3KN0A 3KYRA 1IVPA 4I0IA 5OZQA 4Y9WA 5P8NA 4Y3WA 1UPJA 3DCKA 4H3IA 3LPJA 3SKGA 1MUIA 3VYDA 1IDAA 4OD9A 2FIVA 3CIDA 1GNNA 4GJDA 4Y4GA 4EJLA 1OD1A 1APWE 5COOA 4B70A 4K4RA 2WECA 4H3GA 5P7SA 4Y5LA 5P77A 4A6BA 5APRE 4FLGA 3UFNA 4Y45A 5BRYA 3CYWA 1MT8A 5P1XA 1HVLA 2HS1A 2WF0A 4Y3DA 3PSUA 4ZPGA 3L5CA 5AHCA 4B0QA 4LAPA 3PLDA 5P66A 4Z22A 1LF3A 5I3VA 5OZ8A 3SM2A 4YOBA 3I25A 1DAZC 1EC1A 3BXRA 1BXQA 4FRIA 1OEXA 5P4EA 5P1DA 5P3ZA 5OZMA 2PWRA 5P2OA 4XX3A 5P4PA 1HSIA 4Y3XA 5P1MA 3EKWA 2FS4A 5P71A 2B7ZA 2AOEA 3SA6A 4Q5MA 3VEUA 4D83A 2QI6A 5P76A 2FGUA 5P8BA 5P7BA 5P13A 3SACA 1DP5A 3ZLQA 3WB4A 3QROA 1B5FB 4F76A 3OHHA 5OYXA 5KQXA 2ER0E 5P2CA 5P7GA 5P6DA 4RYCA 5P8UA 5P1PA 5P5RA 4Y50A 4ER1E 1AJVA 4I0EA 1FF0C 3OOTA 5IVQA 5OZ4A 5P7AA 5P5HA 1BV9A 1YM2A 4Q1NA 3KDBA 4IVTA 1EBZA 4NJVA 5P17A 5P7IA 5HDXA 5P5CA 5OZKA 5P58A 4Y48A 3WB5A 4YD3A 3B7VA 5P5VA 3R0WA 1BVGA 1N49A 2OF0A 2PSUA 5BS4A 5P0QA 3PMUA 3ER3E 1YG9A 4ACXA 4PPHA 3BUGA 3IAWA 5OZ9A 1FQ5A 1ZPKA 5HVPA 1HBVA 2ZJMA 2JXRA 3LITA 4CPXA 1HTRB 5P4RA 4ACUA 2I0AA 3KA2A 3VF5A 2O4PA 5P50A 2VKMA 3NYGA 5OYUA 4J55A 4GJ6A 1G6LA 1C6YA 1GNMA 3VF3A 1LYAA 5P3IA 3ZPUA 5JFPA 3EC0A 3U71A 3TOGA 5AGZA 2IEOA 1B6PA 1K6PA 2AZBA 3HZCA 5ER1E 4B1DA 4FL8A 5P39A 1SGZA 5P7XA 2IRZA 1KJ4A 3KT2A 4Y6MA 6APRE 4FRJA 2R5PA 5P8PA 5P0IA 5P0MA 5P8EA 1D4HA 3I8WA 5P8GA 2O40A 2B60A 2HB2A 3T7QA 3L3AA 2QZWA 5P1TA 4TVGA 4GJCA 4GIDA 5P1SA 1YTGA 4I0GA 1A8KA 2QCIA 5ER2E 5P3RA 5P04A 4RRNA 4YHQA 4F75A 1W5XA 4ZSQA 1ME6A 1HHPA 2G22A 1BWAA 1AXAA 4Y36A 5P2DA 1SP5A 2FDEA 5CLMA 3EL0A 5P4XA 5C9BA 5KOSA 1MVPA 3H0BA 3R1GB 4Y4JA 1T6EX 3ZKNA 5HE5A 4DJXA 4EWOA 4KE0A 4Y3NA 5P48A 4J1EA 4EJ8A 2AOCA 5P3YA 1XL2A 5P7CA 4J5JA 1MPPA 4NJSA 2FMBA 4COEA 5P2RA 1G0VA 3I6OA 2VIYA 4DQEA 5P20A 2ZJKA 5P3VA 3S43A 2Q55A 3GGAA 3CMSA 1NSOA 5P18A 5P09A 2P3AA 3NSHA 4DPIA 5P87A 4DQBA 1ZJ7A 1HTEA 4Y5GA 3NDWA 2QNQA 5P2IA 4I0FA 4FAEA 4OC6B 1EBKC 3SA5A 5P4BA 3K4VC 1HRNA 5P1FA 3LIQA 4ZPEA 3TLHA 5P6VA 3VF7A 1SDTA 3BGCA 3UQXA 2QI0A 5P7EA 5P12A 5EZXA 3KF0A 2OHRA 2SAMA 2QZXA 5P1EA 3ZPSA 5SY2A 3SA8A 3FX5A 3ZPTA 2VA6A 1Z8CA 5P85A 5P37A 1KZKA 5P3TA 5OYYA 3GI0A 2IKUA 2APRA 2JJJA 5P5KA 2AQUA 1A94A 1EPRE 5DPZA 3OUDB 3UCBA 2ZJHA 2VNNA 5C9DA 5P6IA 5P6TA 1BBSA 1KJFA 1XN3A 4J1CA 5P4IA 3IXOA 2ZE1A 1TSUA 3SABA 4CPRA 1ODYA 3IA9A 3TPLA 3LHGA 2O4NA 3CKRA 4L1AB 1MRXA 4NJUA 4DV9A 1PPLE 2OHPA 3MXEA 3A2OA 1RQ9A 3KDCA 3O9BA 5P2TA 4OBJA 3EKQA 3O9IA 2PK6A 3CIBA 3VLBA 5P15A 1HVKA 3K1WA 1SBGA 4GMIA 4Z2ZA 4YD4A 1LYWA 5HE4A 1LF4A 4EP3A 1QBUA 5OZIA 5P1JA 2G94A 5P89A 2J9JB 2QD8A 1B6KA 5P38A 1K6TA 5DR3A 2G1RA 4RCEA 2BPWA 2G1NA 2PMAA 3HBOA 3NU6A 3O9FA 3T11A 1T6GA 1K2CA 1EC0A 1HXBA 1J71A 1MIQA 2OAHA 5P3GA 5UPJA 4FSEA 5SY3A 5P5GA 1GVTA 3BVAA 2NR6A 2QK5A 4DQGA 1YTHA 2CEMA 4FM7A 1XDHA 4Q1XA 4L6BA 5P6FA 5P1GA 5IVRA 3R4BA 2EWYA 5P6QA 2I1AA 2VJ9A 1PFZA 3OUAA 4RVIA 3BVBA 3K5DA 5HD0A 2ASIA 2ZJNA 3OU1B 3VG1A 3OAGB 3CKTA 2I4VA 3N4LA 1CZIE 1EPPE 3EKYA 4FRSA 4Y3EA 5OZAA 3PLLA 3Q4BA 1DMPA 4B78A 3BUFA 3KFNA 4R8YA 1EBYA 3PMYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JLD A;  5P4M A;  2REN A;  1TCX A;  4I0D A;  5P5S A;  5P88 A;  2BJU A;  2CEN A;  3MSJ A;  3VYF A;  2B42 A;  2P83 A;  5P7Q A;  4IVS A;  4RVX A;  5P3K A;  5P6P A;  3OU4 B;  5DR8 A;  2VA7 A;  5P60 A;  5P6Y A;  1EPN E;  3CKP A;  3NU3 A;  5P1N A;  4J54 A;  2H6S A;  2AZC A;  2O4S A;  4RCF A;  3SA4 A;  5P3A A;  2I0D A;  4Z50 A;  4QLH A;  1XL5 A;  5P0V A;  4QGI A;  5OZE A;  4FIV A;  3O9L B;  3F9Q A;  5P4T A;  4RYG A;  3INH A;  1QBT A;  3LNK A;  4HZT A;  4NKK A;  1DPJ A;  1ODX A;  5P28 A;  2VIJ A;  3PHV A;  5P5O A;  3S7L A;  1ZSR A;  8HVP A;  2QP8 A;  5P2A A;  3QBF A;  3ZKM A;  1HWR A;  1MSN A;  3D91 A;  5P1Y A;  2VJ7 A;  4Y41 A;  5P01 A;  3ZKQ A;  5P4K A;  5P36 A;  4GJA A;  2Z54 A;  1HXW A;  3ZOV A;  5HDZ A;  2NXD A;  5OYQ A;  4EXH A;  3BRA A;  2F80 A;  2R5Q A;  2WEA A;  4CP7 A;  1D4S A;  5P7W A;  3S7M A;  2Q5K A;  3RU1 A;  5P6U A;  1BXO A;  4Y37 A;  4Y5N A;  5P4Q A;  4B77 A;  1W5Y A;  3RTH A;  4R5N A;  5DR7 A;  2PYN A;  5P3H A;  3IN3 A;  2VA5 A;  2XFI A;  5P1C A;  1FGC C;  2QZK A;  4GJ5 A;  1K6V A; 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 2PK5 A;  5P61 A;  2QI4 A;  2PSG A;  3FSM A;  1LYB A;  3NDU A;  5P5E A;  2R43 A;  3T7P A;  1HIH A;  3QS1 A;  1XS7 D;  3KN0 A;  3KYR A;  1IVP A;  4I0I A;  5OZQ A;  4Y9W A;  5P8N A;  4Y3W A;  1UPJ A;  3DCK A;  4H3I A;  3LPJ A;  3SKG A;  1MUI A;  3VYD A;  1IDA A;  4OD9 A;  2FIV A;  3CID A;  1GNN A;  4GJD A;  4Y4G A;  4EJL A;  1OD1 A;  1APW E;  5COO A;  4B70 A;  4K4R A;  2WEC A;  4H3G A;  5P7S A;  4Y5L A;  5P77 A;  4A6B A;  5APR E;  4FLG A;  3UFN A;  4Y45 A;  5BRY A;  3CYW A;  1MT8 A;  5P1X A;  1HVL A;  2HS1 A;  2WF0 A;  4Y3D A;  3PSU A;  4ZPG A;  3L5C A;  5AHC A;  4B0Q A;  4LAP A;  3PLD A;  5P66 A;  4Z22 A;  1LF3 A;  5I3V A;  5OZ8 A;  3SM2 A;  4YOB A;  3I25 A;  1DAZ C;  1EC1 A;  3BXR A;  1BXQ A;  4FRI A;  1OEX A;  5P4E A;  5P1D A;  5P3Z A;  5OZM A;  2PWR A;  5P2O A;  4XX3 A;  5P4P A;  1HSI A;  4Y3X A;  5P1M A;  3EKW A;  2FS4 A;  5P71 A;  2B7Z A;  2AOE A;  3SA6 A;  4Q5M A;  3VEU A;  4D83 A;  2QI6 A;  5P76 A;  2FGU A;  5P8B A;  5P7B A;  5P13 A;  3SAC A;  1DP5 A;  3ZLQ A;  3WB4 A;  3QRO A;  1B5F B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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