4Y5LA

Endothiapepsin in its apo form
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 78
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5lA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5lA01
5P3FA 4Y3NA 5DGWA 5P2NA 3L5EA 3VF7A 5P4KA 1HXWA 2AODA 5HD0A 4L7JA 2PMAA 5OYWA 5P4WA 5JFPA 4U7VA 4I12A 1YTHA 5P6XA 4FIVA 4RVIA 5OZZA 5P27A 3K5FA 3QROA 2AVOA 3LHGA 3Q6YA 3SM2A 2IKOA 3QN8A 5OZRA 3OHHA 3URLA 5P63A 1OD1A 4GJAA 3T6IA 5I3XA 3ZKGA 2VIJA 2IEOA 1HIIA 1PPKE 3N3IA 1NPWA 2P8HA 3O9GA 4RYCA 5P7LA 1GVXA 1B6MA 3BXRA 2HAHA 3RU1A 3PMYA 3OUCA 2J9JB 3OUBA 3ZKIA 2Q54A 1EPPE 2Q15A 4Q1NA 4UPJA 5P3UA 3RTHA 4I0ZA 4ZPEA 4Y4JA 3TOFA 3QBFA 4WTUA 2G1SA 5P38A 2J9KA 3OTSA 4Z50A 5SY2A 2VIZA 1JLDA 4OBHA 5P1UA 5P2AA 3S2OA 2I4DA 1HHPA 4DQHA 4AA8A 1ME6A 3KDDA 5P4JA 3S54A 2P3BA 3ZL7A 3CKTA 2PC0A 3MXEA 3PI5A 2IGXA 3INDA 4GB2A 5P4HA 5OYXA 5P6JA 1NH0A 2AZBA 4CPXA 5P5IA 2QHCA 5DR7A 2WJOA 3L5FA 2V10C 5OZSA 3O9DA 2I4UA 4Y48A 1B5FA 5P6WA 4HEGA 5P8EA 5P8AA 2F8GA 5OZHA 1PPME 3S43A 3AIDA 3G72A 2IRZA 4AZYA 5P8BA 5OYQA 5P5PA 3WB4A 2IGYA 4Y37A 4FL8A 5P83A 4XX4A 3CYXA 3FX5A 1HVLA 1GVVA 1PSAA 1META 4DQGA 1PPLE 3Q5HA 3OOZA 1HVCA 1CZIE 5P5YA 4CP7A 5P46A 2OHKA 5HDZA 5OZIA 2ZHSA 3IA9A 5P5KA 3NDUA 4B77A 1G2KA 3LPJA 4CPQA 2RENA 2VA7A 2QD7A 1FQ6A 5P3MA 1YTJA 1IDAA 3FKTA 5OZUA 4RGHA 5KR1A 5P8KA 1B6PA 3HDKA 5CLMA 1HTFA 5I3YA 5P64A 1B11A 3R2FA 5OYZA 1M0BA 2Q64A 1UH9A 5P4PA 2QU2A 5DR8A 2FNSA 2WEZA 4J5JA 5P2KA 5P7EA 2VJ7A 4OBJA 3INHA 5P79A 5P7YA 3KMYA 2HIZA 3PRSA 5P19A 3DV5A 1Z8CA 3SA8A 2IL2A 3MWSA 4Y50A 2B7ZA 1LYAB 5DQCA 3IN3A 2R38A 4B1EA 2ZJLA 3M9FA 5OZOA 5P15A 2NMYA 1YTIA 2O4NA 5KOSA 3OUDB 3HVGA 5OZ5A 2PK6A 3PHVA 5P1OA 3S53A 5P2TA 4X2LA 5OZ2A 5P0FA 5P28A 3EKVA 5P7WA 5P2ZA 4YDFA 1AXAA 4K4RA 3PBZA 4RROA 5P6MA 4A4QA 3K5CA 1DMPA 3EM6A 3NDWA 3QRMA 4Y44A 4FLGA 1F7AA 2OHTA 1HPOA 4Y4EA 5P5HA 4QJAA 5P5DA 5P7XA 3UQPA 3D1ZA 2BPWA 3NDXA 3QAAA 5P6GA 3UDMA 2QI6A 5P5UA 4GZFA 4BEKA 3G6ZA 5P02A 1G6LA 2VJ6A 5F01A 5P4XA 4RRSA 3BUFA 5P3TA 1KJHA 2PSGA 4J0ZA 5P1RA 3TTPA 4YOAA 1SDUA 5P5LA 4DJVA 3SA5A 2QD6A 3SA4A 2HB2A 2HM1A 4Y6MA 3BUGA 4OBKA 5P6RA 5OZNA 1XN2A 5P0AA 5P00A 5OZQA 1ENTE 5P4SA 4DPIA 5P2YA 1FLHA 5E5KA 1MESA 4Y3LA 5T4SA 2AOCA 3JW2A 4YD4A 3ZKSA 1HIHA 3TL9A 1GKTA 3DOXA 5P3SA 5HDVA 3OAGA 2G21A 5P4FA 6UPJA 5P3GA 1DPJA 3LPIA 2ZHVA 4NJUA 4Y4ZA 5P5AA 3ZLQA 3H0BA 3VV8A 4R5NA 3VF5A 3BGCA 3EXOA 1EPNE 1TCWA 4Y38A 1DIFA 4JECA 5P17A 3LZUA 1K1TA 4EQJA 2WF3A 3D20A 2H6TA 2NMZA 2FGUA 1HIVA 1TW7A 2AIDA 2B8VA 3AUPA 1QBTA 5OZBA 5P09A 4CPRA 4EJKA 1E80E 5P7AA 1C70A 3BVAA 2G22A 3VFBA 1MT8A 1MTBA 1T7KA 3OQKA 5AH9A 3RSXA 2HPFA 3LIYA 3ZPTA 3FV3A 2OHUA 1ZSFA 2QHZA 2VNMA 3N4LA 5P0NA 1A94A 5P2XA 3WZ6A 1BV9A 2PQZA 3VYFA 4Y45A 3UDQA 3OADB 5P61A 3TKWA 3GGXA 5P4BA 4LP9A 2QAKA 1E82E 3S7LA 1HTEA 4KUPA 5P55A 3WSJA 2B42A 1GNOA 3S56A 5OZ8A 3PCZA 4LHHA 3A2OA 1SH9A 5DQ5A 3L5CA 3QP0A 4F76A 1LYWB 3S45A 1C6ZA 4FAFA 4DJOA 4YE3A 3L58A 4AMTA 5P2SA 3QBHA 3L38A 5P3RA 1BILA 3L5BA 2QNNA 1GVTA 5P3DA 5OZTA 1APUE 1E5OE 3VLBA 2QZKA 1IZEA 1HTRB 4MC2A 4Y3TA 5P3BA 4ER2E 3KA2A 5P7UA 1W5XA 5BS4A 2A4FA 5PEPA 1IZDA 4R8YA 5P1ZA 4Y3MA 4B72A 6FIVA 2V12C 3QVCA 5P6LA 5P2QA 5P4YA 1A8KA 4Y5PA 1OEXA 5P4IA 5P8QA 4QJ6A 5C9BA 2HB4A 4HDBA 5P16A 4H3JA 1YM2A 2ANLA 1LV1A 3NU6A 3MSKA 5OYRA 2R8NA 3GI4A 4OBZA 4LC7A 4CPSA 5P0IA 4GMIA 2CENA 4J1EA 5P8DA 1AJXA 1FQ4A 5P49A 3SA7A 4J0YA 5P0OA 5P8JA 5P1NA 3UQXA 4Y5BA 5P7JA 2R9BA 1NPAA 3GI5A 3TH9A 3LIZA 4Y3JA 3UDHA 4YD6A 1EBZA 5P2JA 3IVIA 1KJ7A 1ZJ7A 4AA9A 3IAWA 2ZJKA 3EKWA 4TRWA 3NXEA 5P5VA 4DJXA 4KE0A 1IIQA 3APRE 1GNNA 1FF0C 4Y35A 5OYSA 5P3QA 1W5VA 5UPJA 4APEA 5P43A 4XX3A 4YDGA 5P66A 3EKXA 4Y47A 1SDVA 5OZ4A 4N00A 3KDBA 5P0CA 2ZGAA 5P6HA 1SMEA 5P0KA 1EPOE 1BXOA 2I1AA 5P05A 3EKTA 5P8UA 4Y3GA 5P39A 5OZLA 3ZKNA 3NU5A 3T7XA 5OYUA 2B8LA 3L5DA 1W5YA 5P3HA 2R3WA 3EL5A 4DJUA 1PFZA 3WZ7A 4Y4XA 4ZIPA 5P81A 5P6CA 1EAGA 3IXKA 5P40A 3O9CA 1WBKA 5P2DA 4JPEA 3IN4A 3VEUA 3ZKMA 5P5GA 2F3EA 4PZWA 5P1WA 5P6EA 4YCTA 1UH8A 3EKPA 1D4KA 5P42A 4Y56A 2PWCA 5P6VA 1ZTZA 2JJJA 3R0WA 5P8PA 4QJ9A 1TSQA 4HA5A 4Y5AA 1B6JA 1K1UA 5P3NA 1Q9PA 2WHHA 5P6NA 5P73A 4A6BA 3KFSA 1FG6C 2F81A 3TLHA 3O9LA 4Y3EA 4Y39A 4Y5MA 5JG1A 4ZPFA 2AVMA 4COEA 2VA5A 5P8TA 4NKKA 5P0DA 5P8FA 5OZXA 1LEEA 2FDPA 4DVFA 4J1CA 4GJCA 4Y3RA 1IBQA 3RSVA 3UF3A 5OZAA 5P82A 3EL0A 5EZXA 1BWBA 4L7GA 4YD3A 1LZQA 4Y53A 1HRNA 3WB5A 3LIQA 5HE4A 2O40A 5P1MA 3HVPA 5ER1E 5P2FA 3O9AA 3VUCA 3LZSA 4EXHA 4Y36A 4Y3ZA 2PYMA 1LYBB 5P24A 5P41A 2QI7A 5HU0A 4Y3WA 2IQGA 4D85A 4GJ9A 1HVRA 1HBVA 1W6IA 1AIDA 2I4XA 2JYSA 3BRAA 4Z22A 5DR3A 5P78A 3LITA 3EBZA 4YD7A 4ZSMA 2ZJMA 4Y3FA 1ODXA 4DJRA 3SO9A 1VIKA 3RVIA 4Y5LA 5DQ4A 5P2GA 5I3WA 5P1QA 1FMXA 2RKFA 1LYAA 3KT5A 5KQYA 3K5DA 5P3CA 5P48A 3OUDA 5BWYA 5P6QA 5P3LA 3SKFA 2NR6A 1KZKA 5P7MA 3URIA 2P83A 3O9BA 5J25A 2A1EA 3B7VA 5P6OA 4RCEA 3EM4A 1ZBGA 3OU1B 3BUHA 5P0QA 4F74A 1HOSA 1MEUA 3T7PA 3DV1A 4R95A 5P6DA 1N49A 4GJDA 2QNPA 3KN0A 1YTGA 2AOEA 4ZE6A 4R92A 5P4MA 5P6TA 3EM3A 2QP8A 2B7FA 3K5GA 5HDUA 4Y4AA 5P3OA 2OHSA 1BBSA 1D4LA 1BWAA 3H5BA 3PMUA 4PZXA 5P50A 4APRE 2ER7E 5P5TA 5IVTA 2QI0A 3G70A 3EL1A 4J17A 2WL0A 2AOJA 2WF4A 4AUCA 1A8GA 3NWXA 1K6CA 2Q3KA 4DFGA 2P3DA 5P6IA 1XL2A 1HEFE 4HVPA 3LZVA 1AAQA 1B6KA 4GJ8A 5P08A 3CICA 5P03A 4D8CA 3O9IA 1EPQE 2XFJA 3T3CA 1OEWA 5P1FA 2XFIA 3O9EA 3R1GB 1HXBA 1FFIC 3OXXA 3EKYA 4DUSA 1HEGE 4I0IA 4U7QA 4OC6B 5P2LA 4OBFA 1XDHA 5B18A 5P75A 1T6GA 4HLAA 5P7CA 3EL9A 3RTNA 2HC0A 5COOA 1EPLE 2G69A 5P4QA 5DGUA 4KB9A 1APVE 4Y3PA 1FMUA 2ZHRA 4B78A 1U8GA 1RNEA 4LAPA 5P0GA 2FMBA 2UPJA 5P2OA 4RLDA 2QCIA 2BPVA 3SLZA 3DCKA 2RSPA 1HVJA 4D89A 5AHBA 4B1DA 3SA6A 5P6KA 2OHMA 3UDRA 1QS8A 5P6YA 4F73A 2P3BB 2AVQA 4Y3QA 6APRE 3KYRA 4K8SA 1QRPE 5P5FA 3D1YA 1ER8E 3PLLA 2XYFA 3PSGA 1FQ5A 4Y3DA 3T7QA 5OZ0A 1HVIA 5P67A 4FM6A 2AZ9A 4GJ6A 1B5FB 1LYWA 5P1YA 3UDPA 1EBKC 1W5WA 2BKSA 5P1VA 1T7IA 1BDLA 3S43B 3OU4B 4F75A 5DQ1A 2QZLA 4Q1YA 1LF2A 1PSOE 4I8ZA 3HD8A 4ZPGA 2O4KA 5P0SA 2OHNA 4CMSA 5P37A 3U71A 5P01A 2ZE1A 5P13A 4GYEA 5P12A 5P2BA 3NLSA 2ZJJA 3NUJA 5P8RA 2I4QA 3DK1A 2OHLA 4QJ8A 3BGBA 5P0YA 3IGBA 3BXSA 1DAZC 4IVTA 2QD8A 2WF1A 5P58A 5P45A 3TPJA 1AJVA 5OZJA 5IVSA 5P1CA 3PSUA 2G27A 5OZ6A 1G0VA 4Y3SA 5P0HA 1FIVA 4FRSA 2G1YA 2G1NA 5OZEA 5P0TA 3URJA 4I0JA 4Y4TA 5P34A 4OBDA 5P14A 5P69A 4M8XA 4XKXA 2CEMA 1NSOA 5OYVA 4LBTA 4J0PA 2OHPA 3UDJA 3VYEA 4HE9A 2OF0A 1BXQA 4BFDA 5HCTA 2AOGA 5DR4A 2BB9A 5P4RA 1SGZA 1HVKA 1T6EX 5P1KA 3O9FA 2XFKA 2G1OA 4YCYA 4FRJA 2AQUA 3UQWA 2ZHUA 2IENA 3O9HA 4WY6A 3ZMGA 7UPJA 2FDDA 4Y4GA 5P1DA 1IVQA 2F3FA 5BRYA 3FNTA 5P4GA 4GJ7A 4I0EA 3HZCA 3PSYA 2PH8A 4ACXA 3OGPA 5KAOA 1K6PA 4NPTA 2V0ZC 1ZPAA 5P5BA 5ENKA 5HCOA 1SMRA 5P6SA 1LF4A 2VIEA 2UXZA 5P25A 2G1RA 5P5NA 1AM5A 2G94A 3KMXA 5E5JA 4RRNA 1ODWA 2EWYA 4YCKA 1FQXA 1A9MA 5P4NA 2AVVA 4J1KA 4ZEAA 5P8GA 3BC4A 3NSHA 5FIVA 5P8IA 5P8NA 2QZWA 2P4JA 4H3IA 2XYEA 5P0EA 1OHRA 1SDTA 2AZ8A 2FLEA 1D4IA 5P77A 4I1CA 4B0QA 4Y54A 1IZIA 1TQFA 2QMPA 5C9FA 4E43A 1ODYA 4TVGA 5OZYA 4CKUA 7HVPA 3OUAA 4I0GA 3VG1A 4JOOA 3QRVA 2F80A 5P3PA 5P5MA 2JE4A 3JVYA 3S8IA 3DUYA 5P2UA 5P3AA 2AOFA 3K4VA 2PH6A 4DJPA 3ZOVA 1RL8A 5ENMA 2HS1A 1FMBA 1MT9A 2R3TA 5JODA 3DM6A 3L3AA 4FS4A 5P68A 4OD9B 4GIDA 3VCMA 5CONA 1HTGA 9HVPA 3FSMA 5ISJA 3SFCA 4FRKA 3QS1A 2Q5KA 5P7SA 2V11C 1HVSA 1QBRA 2PSUA 2G20A 4JP9A 4Y4UA 5DQ2A 2R5PA 5SXNA 3I2LA 5P1AA 3SKGA 1XN3A 1ZPKA 2FGVA 1QBUA 4Y3YA 5P86A 3PBDA 3S85A 5KR8A 3LZYA 5P30A 3VSXA 4TRYA 4CPUA 1G35A 1MT7A 3INFA 5P5WA 5AHAA 4ZSRA 1FQ8A 5P11A 5P1BA 2R43A 3OXVA 3ZKQA 3CIBA 5P4DA 3CKPA 1AVFA 1YT9A 5P8SA 2RKGA 2NPHA 4FM7A 5I3VA 3HAUA 5KR0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3F A;  4Y3N A;  5DGW A;  5P2N A;  3L5E A;  3VF7 A;  5P4K A;  1HXW A;  2AOD A;  5HD0 A;  4L7J A;  2PMA A;  5OYW A;  5P4W A;  5JFP A;  4U7V A;  4I12 A;  1YTH A;  5P6X A;  4FIV A;  4RVI A;  5OZZ A;  5P27 A;  3K5F A;  3QRO A;  2AVO A;  3LHG A;  3Q6Y A;  3SM2 A;  2IKO A;  3QN8 A;  5OZR A;  3OHH A;  3URL A;  5P63 A;  1OD1 A;  4GJA A;  3T6I A;  5I3X A;  3ZKG A;  2VIJ A;  2IEO A;  1HII A;  1PPK E;  3N3I A;  1NPW A;  2P8H A;  3O9G A;  4RYC A;  5P7L A;  1GVX A;  1B6M A;  3BXR A;  2HAH A;  3RU1 A;  3PMY A;  3OUC A;  2J9J B;  3OUB A;  3ZKI A;  2Q54 A;  1EPP E;  2Q15 A;  4Q1N A;  4UPJ A;  5P3U A;  3RTH A;  4I0Z A;  4ZPE A;  4Y4J A;  3TOF A;  3QBF A;  4WTU A;  2G1S A;  5P38 A;  2J9K A;  3OTS A;  4Z50 A;  5SY2 A;  2VIZ A;  1JLD A;  4OBH A;  5P1U A;  5P2A A;  3S2O A;  2I4D A;  1HHP A;  4DQH A;  4AA8 A;  1ME6 A;  3KDD A;  5P4J A;  3S54 A;  2P3B A;  3ZL7 A;  3CKT A;  2PC0 A;  3MXE A;  3PI5 A;  2IGX A;  3IND A;  4GB2 A;  5P4H A;  5OYX A;  5P6J A;  1NH0 A;  2AZB A;  4CPX A;  5P5I A;  2QHC A;  5DR7 A;  2WJO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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