3KYRA

Bace-1 in complex with a norstatine type inhibitor
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
387
structure length
365
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Investigation of a-phenylnorstatine and a-benzylnorstatine as transition state isostere motifs in the search for new BACE-1 inhibiotrs
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 89
structure length 365
sequence length 387
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kyrA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3kyrA02
2AVVA 1DW6C 1UPJA 3HVGA 1ZSFA 4EP3A 2QHYA 2G1RA 4TVGA 2R5PA 5P46A 1FQ8A 5OYYA 1K1UA 2PMAA 3D20A 5P5DA 5P5NA 5P1DA 5P1ZA 3NU4A 4COEA 1EPNE 1OEXA 2ER6E 1K6TA 5P8MA 5OZYA 5P8FA 3FV3A 3NDUA 5P8UA 5P32A 5HU0A 1EAGA 3CYXA 3H0BA 4GYEA 2VKMA 5P7BA 4Q1NA 1IVPA 3PWWA 5P6JA 4CPRA 4JP9A 5P60A 3T7XA 4E43A 5OZ6A 2G26A 5P0TA 4K4RA 3QBHA 3DOXA 4OC6A 4Y58A 5OYWA 3PLLA 1PFZA 2OHKA 5P0AA 5DPZA 4K8SA 3FSMA 5DGWA 2IRZA 4PZXA 3T7QA 1ZPKA 5P4MA 1ODWA 4JPCA 3AUPA 4H3IA 5P6BA 5EZZA 5P2UA 4Z50A 5P1NA 3K5CA 5P2RA 3A2OA 3OU1B 3TNEA 6APRE 4LL3A 3S2OA 5OZEA 5P76A 2WF4A 3CYWA 3JW2A 5P3FA 2QP8A 1EBKC 1PPME 3WZ6A 5OZKA 3LZVA 5E5KA 2V13A 2P3DA 5P0LA 3BVBA 5OZXA 1YTIA 4FM7A 5KOQA 4RRNA 5P03A 4OBKA 4YD6A 5P5LA 3PVKA 4YCYA 1D4IA 2XFKA 1FMUA 4YDFA 1DMPA 3OXWA 5HDUA 1FB7A 1K2BA 3SA4A 2VIYA 3INFA 4I12A 4GJ6A 5P5AA 5P5FA 3DV1A 2RKGA 3LZUA 5P25A 3KFRA 3T3CA 4LXMA 3OOTA 4M8YA 5P6SA 1SMEA 4OBJA 1LYWA 4N00A 5P6YA 2OHSA 3Q4BA 4DUSA 4OD9B 1SDVA 3UDRA 3ZOVA 3FNSA 5P7HA 1AJVA 1EPOE 1LYBA 1VIKA 2AZ8A 3D91A 1HOSA 3U7SA 4RRSA 5P6VA 5P5TA 4DQGA 1YTJA 5P67A 4Y4WA 5OZ8A 5P2QA 3WB5A 3UQXA 3ZKSA 1HTRB 4R5NA 4MC9A 3O9BA 1HHPA 1MT7A 3FKTA 2QZWA 5P2YA 4QJ6A 5P55A 2ZHRA 2Q15A 3NUOA 5P8RA 4Y6MA 1K2CA 2VIJA 5P89A 1MT9A 4B05A 2FNTA 1IBQA 5P54A 1E5OE 4R91A 5P8AA 3SQFA 3EL0A 5P8EA 1AJXA 1HVKA 5P23A 4HDFA 2O4LA 2BB9A 4FLGA 5P7FA 5P15A 2EWYA 5OZ3A 4LAPA 5P3NA 4TVHA 4Y3DA 3LIYA 3R4BA 3G72A 1B6PA 3QI1A 1APWE 2P83A 3S43A 6UPJA 5P5SA 1AZ5A 3WSJA 3N4LA 1G2KA 1FIVA 1FMXA 5P07A 5P1AA 2JXRA 3MWSA 4DJWA 5P3ZA 4DPIA 4DJUA 3OHHA 3ZMGA 3HVPA 1LF2A 2ZJKA 4D8CA 3L5CA 2AIDA 4QJAA 1D4SA 1T6GA 3EXOA 1HPVA 1APUE 3APPA 3NR6A 5P84A 4MC6A 5AHBA 5P2SA 1IZEA 2HPEA 3EMYA 4DVFA 3Q3TA 5P1LA 5P2TA 4X2LA 5OYXA 4Y44A 1D4YA 5P6LA 3EKTA 1SH9A 3EKXA 4Y3AA 4B70A 1AXAA 2G1YA 3SM2A 3VSWA 5P8DA 5P3AA 2I1AA 1WKRA 2P4JA 3LPIA 5P04A 1LS5A 2IQGA 1ER8E 5P49A 3O9LA 5P5UA 3OWNA 5P1YA 4YD3A 5P06A 1MTBA 4Y4UA 2PSGA 2FMBA 1XL5A 1MUIA 5P4TA 3EC0A 4Y3TA 5P0DA 2WHHA 3BHEA 4BFDA 5I70A 4OC6B 2UXZA 2G1SA 3VV6A 5P6GA 3BVAA 5P8VA 3OQKA 5P7GA 1SP5A 5P1QA 3SA7A 4I10A 5P1RA 5DQ2A 5T4SA 4H1EA 1BXOA 5P42A 2ZJMA 5CONA 4X7IA 2F8GA 3ER3E 4Y3NA 1YM2A 4J1FA 3IXJA 4YCKA 1SMRA 5I3WA 1K1TA 2FXEA 4Y4DA 3OU4B 4FE6A 5P6KA 4Y3QA 5P4SA 5P4PA 1FEJC 5OYTA 3SPKA 1MIQA 1FG8C 2IEOA 3FNTA 3VYEA 4Y38A 3I6OA 1MTRA 2G94A 1EC1A 5P5MA 5P8SA 2QZLA 2WF0A 1KJ4A 5P2FA 2QMPA 2QI7A 5P7MA 2VNNA 5P85A 5P2EA 3QPJA 5P4IA 3SA6A 4APEA 2OHQA 3NUJA 5KQZA 1QBSA 4Y41A 1HVRA 3IN3A 3EM3A 5P68A 1PSAA 1EC2A 3LHGA 5P52A 4DFGA 1GVXA 4I0GA 1LYWB 4HDBA 1FLHA 5P8LA 5P2WA 1EPRE 3LIVA 3HD8A 3LITA 5P4GA 3OUDA 4FRJA 4DJVA 5P7KA 3L5BA 4MC2A 5P7CA 5P1MA 5P4WA 1LYBB 5P64A 3VLBA 5DQCA 3ZKNA 5I3VA 5P3DA 3GI0A 3LIQA 5P72A 4Z22A 3K4VA 5PEPA 5HDXA 4Y5KA 2ZGAA 1F34A 4RZ1A 4XX3A 5P1VA 1OEWA 5JG1A 2G69A 5P41A 3EBZA 3VLAA 3DUYA 1GNOA 3KYRA 4FM8A 2I0AA 5P1IA 2WF3A 1HIHA 2IKUA 2HB2A 3OADB 5P3EA 5P6IA 4BEKA 5HCOA 2BPYA 2R3TA 5P4VA 5P62A 5P61A 5P7LA 1FFIC 4FIVA 5P29A 1QDMA 3UDJA 2IGXA 4ER1E 2B7FA 5DR1A 5P5QA 1B6LA 1HEFE 2JJIA 2BPVA 5OZCA 5P1BA 1YT9A 3VG1A 1W50A 3S43B 5P7AA 1MRXA 5P3IA 1DAZC 3LPJA 1LV1A 3QROA 2OHMA 3G6ZA 1CMSA 4FGXA 3KDDA 3KDBA 4NJUA 3T7PA 3KT2A 3OK9A 5P0EA 2G22A 3QRMA 3QBFA 2G21A 2AOIA 2AZBA 2QZKA 2PWCA 2Q11A 5ISKA 4DQBA 5P5WA 2ZJLA 5P4BA 5P8GA 5P6DA 2AOJA 3KN0A 3RSVA 1SGUA 5P77A 5DR4A 3IXKA 5P7WA 3TKWA 4XXSA 5P73A 5P6UA 5P2ZA 4FL8A 3SFCA 4XX4A 5OZTA 2PK5A 4Y3LA 5P7PA 5HE7A 3O9DA 3OGQA 2ZJHA 3O9LB 5P0FA 1LYAA 1YM4A 3PGIA 1MPPA 1HPOA 3BUFA 5P35A 3SLZA 3BRAA 2HAHA 5AHCA 3OXVA 2WJOA 5P51A 3I2LA 2QU3A 3VYDA 4FRIA 5OZOA 5P1KA 3QRSA 5HD0A 4J1IA 4GMIA 4YD5A 3L5DA 8HVPA 3CKPA 5P5GA 5P5OA 3Q70A 2BPZA 3NU9A 1MSNA 1KJGA 5P6OA 2I4UA 4ACXA 4I8WA 4FSLA 2VIZA 1MSMA 1GVTA 5KR8A 5P0OA 1EPPE 4FM6A 4LC7A 4J0PA 1YG9A 1AAQA 2P3BA 1ZAPA 4PZWA 2HB4A 3VF7A 3EL9A 3RU1A 1KJFA 5P5ZA 3CIBA 4Y3ZA 1FFFC 1UH7A 2PWRA 4RGHA 1ZSRA 5OZWA 4BELA 4ZEAA 1MVPA 5P6HA 5P2JA 1KJ7A 2QI3A 4YE3A 2ZHVA 5P47A 2XYFA 3ZKMA 3DCRA 3EM6A 1GVVA 3VYFA 3VEUA 4GJ8A 4JPEA 5KQYA 1BDRA 4Q1XA 1HXWA 1FQ7A 4ER2E 4QGIA 4A6BA 3ZLQA 4DQEA 4YA8A 4RVJA 5P5IA 3TPJA 1N49A 5P4LA 3KDCA 5KQXA 1LEEA 5F01A 4B1EA 5P7QA 3OUDB 3OXXA 4H3GA 4CPSA 5P58A 3S7LA 2HIZA 5P4AA 1YTHA 4GJAA 4DJYA 4J5JA 1B5FA 4B78A 1SGZA 5IS4A 2PK6A 5P7DA 2QNNA 4PHVA 5P3KA 6FIVA 2QI4A 2O4KA 4J1EA 4D88A 3S45A 4NPTA 3O9FA 2FIVA 3NU6A 5P1WA 1KJHA 1W51A 5P2DA 3OUCA 5P0CA 4J0VA 4YDGA 1QBRA 4R93A 1QBUA 3UF3A 5OYRA 2OHLA 4DQCA 5P2GA 4F73A 5OYVA 5DQ1A 4CKUA 3UQPA 2AODA 1XS7D 1T7JA 3GI6A 2Q64A 4TRYA 5P38A 5P6PA 4K9HA 4J55A 2ER9E 3L59A 1PPLE 3PB5A 3O9GA 3Q6YA 3TKGA 3C9XA 3CIDA 5P1OA 3D1XA 5IVSA 4NJTA 5P4FA 1IVQA 1CZIE 4HLAA 1XDHA 4Y3GA 3WB4A 1TSQA 5OZBA 2HM1A 3S56A 3PWRA 4GJCA 4L1AA 4J0YA 2UPJA 5P17A 3S54A 3GI4A 1TQFA 5OZJA 3EM4A 1TCXA 4Y5CA 2R8NA 4YD4A 2F3KA 1QBTA 2ZHUA 2Z54A 4GZFA 3LPKA 5OZ1A 5P3LA 4GJ7A 1YTGA 1Z1HA 4I11A 1KZKA 4F75A 5P0YA 1A9MA 5OZMA 1LYAB 2AOCA 5P40A 1C6YA 3NLSA 3VSXA 4YCTA 3PLDA 4JOOA 3K1WA 3PBZA 1E81E 3SABA 1BILA 5COKA 5P71A 4QJ7A 3DCKA 2FNSA 3ZKGA 1PSOE 4EJLA 4KE0A 5P6QA 5P7IA 1ODYA 3BGCA 5I3XA 4IVTA 1U8GA 2HS2A 5COOA 4YOBA 4Y3RA 4Y39A 4Y35A 2VA7A 4KE1A 5OZQA 2VA6A 5P11A 2ASIA 5P6RA 4DJPA 5P3VA 5HCTA 4Y48A 2P3BB 1C6ZA 2QD7A 2VS2A 5P3WA 4JECA 5P00A 5P5EA 3RVIA 3APRE 2WEZA 5OYSA 3ER5E 4EJDA 2NXLA 2V16C 3URLA 2NXDA 5P6FA 3SAAA 4AA9A 1FMBA 2I4VA 3IGBA 3O9AA 1M4HA 2ZYEA 2QI1A 3I8WA 4GJ5A 3UDHA 4OBFA 3KA2A 3INDA 1ENTE 2VNMA 5HE4A 4U7VA 1EPLE 5P57A 3NU5A 2ER0E 5P4NA 2QHZA 1T3RA 4L6BA 3URIA 3OQ7A 5P5RA 5OZAA 4AUCA 3SA9A 5P3XA 5BWYA 2V12C 4DQFA 5P22A 3D1YA 5AGZA 4Y4AA 2Q54A 5P8IA 4EQJA 5P8QA 1B5FB 5P83A 5P63A 4Y3JA 4I0ZA 2OHTA 3TOFA 3R2FA 2H6SA 3H5BA 5OZLA 4MC1A 4FRKA 5P8HA 3B80A 3EL4A 1B6MA 3RTNA 5P3YA 3HBOA 5DR0A 4R8YA 4YD7A 5P36A 5IVQA 3VFAA 5IVTA 3KMXA 4KB9A 1HEGE 5P1FA 4Z2ZA 1BVGA 1A94A 1NPVA 1MT8A 1W6IA 4Y3EA 1RL8A 2Q63A 3BUGA 1FF0C 3INHA 5OZGA 5P44A 3U6AA 1FQ6A 5OZDA 3UDKA 2FGVA 1MEUA 4J17A 3NDTA 5P8KA 1W5VA 3LIZA 4TRZA 3NU3A 5J25A 1GNNA 2NXMA 3OQFA 1ZPAA 1AM5A 2BKSA 3RTMA 5P2NA 2G24A 5ISJA 3MXDA 5P3SA 4F76A 2APRA 1OD1A 2G1NA 1ZLFA 4NKKA 3NYGA 2QZXA 5P4YA 3ZKQA 4DJOA 3EKVA 1ZBGA 3UDPA 4J1KA 5P7ZA 4CPUA 4A4QA 2OHNA 2WF2A 3OOZA 2BJUA 2QNPA 2QD8A 1WBKA 5IE1A 1K6PA 2XFJA 4D85A 1T7IA 3UDQA 5P6WA 4EJ8A 4I1CA 4QJ8A 3BC4A 4DJQA 4ZSMA 5P59A 4DJXA 5P5CA 2IKOA 4HE9A 4ZPEA 3QN8A 3S8IA 5KAOA 5IVRA 1GVUA 2WKZA 5P0KA 3RSXA 1XN3A 3UDMA 4Y3YA 3DV5A 1G0VA 2ANLA 3ZPTA 5P8NA 4LXAA 5P4KA 1FQXA 5I3YA 5OYZA 2CEMA 4B77A 4ER4E 1OHRA 5P1EA 5P34A 5P2CA 1HVJA 3KT5A 5P2XA 3ZPUA 4I0HA 2AOHA 2WL0A 3QRVA 5P01A 4Y4GA 1SDUA 3AIDA 2IGYA 5P4OA 5P26A 4DPFA 4Y5EA 5P3PA 3HAWA 5P75A 5P5XA 4AA8A 4CP7A 5BRYA 4K4QA 2F80A 5P1JA 3EL5A 7UPJA 2QI5A 2QMGA 5P86A 3TH9A 4Y50A 7HVPA 4XKXA 1QRPE 5P19A 3L5FA 4U8WA 3ST5A 3I7EA 5OZ7A 5P6ZA 4EYRA 3TLHA 5OZFA 4I8ZA 5P4QA 3U71A 5OZUA 2V00A 5P5YA 5OZ2A 3URJA 1ZTZA 5FIVA 1D4LA 1IZHA 1ZP8A 4F74A 2UY0A 1E80E 4UPJA 2O4SA 5P13A 4HZTA 4ZPGA 3B7VA 2PC0A 3O9IA 2Q5KA 3OU1A 5P5PA 3QVCA 3ECGA 5ENMA 3PRSA 2ZHTA 5P4CA 4ZE6A 5P80A 2G27A 1HBVA 2QD6A 2FXDA 1EBWA 1AVFA 1TCWA 2PYMA 4Y5LA 4Q1WA 2VJ6A 3QS1A 1RQ9A 5P0VA 3KFNA 2IL2A 5P7EA 3SKGA 5P2BA 1W5YA 5P70A 3OHFA 4OBZA 1HWRA 1BWAA 5P0SA 3HLOA 2V0ZC 5AH8A 5P48A 2XYEA 1HIVA 5P7UA 4RYCA 3VFBA 4EJKA 5P0WA 5P2IA 4CPXA 4B72A 3JVYA 2WEBA 5P65A 5TOLA 2IENA 5P7NA 5P4DA 3MSKA 4EP2A 2J9JA 1BWBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AVV A;  1DW6 C;  1UPJ A;  3HVG A;  1ZSF A;  4EP3 A;  2QHY A;  2G1R A;  4TVG A;  2R5P A;  5P46 A;  1FQ8 A;  5OYY A;  1K1U A;  2PMA A;  3D20 A;  5P5D A;  5P5N A;  5P1D A;  5P1Z A;  3NU4 A;  4COE A;  1EPN E;  1OEX A;  2ER6 E;  1K6T A;  5P8M A;  5OZY A;  5P8F A;  3FV3 A;  3NDU A;  5P8U A;  5P32 A;  5HU0 A;  1EAG A;  3CYX A;  3H0B A;  4GYE A;  2VKM A;  5P7B A;  4Q1N A;  1IVP A;  3PWW A;  5P6J A;  4CPR A;  4JP9 A;  5P60 A;  3T7X A;  4E43 A;  5OZ6 A;  2G26 A;  5P0T A;  4K4R A;  3QBH A;  3DOX A;  4OC6 A;  4Y58 A;  5OYW A;  3PLL A;  1PFZ A;  2OHK A;  5P0A A;  5DPZ A;  4K8S A;  3FSM A;  5DGW A;  2IRZ A;  4PZX A;  3T7Q A;  1ZPK A;  5P4M A;  1ODW A;  4JPC A;  3AUP A;  4H3I A;  5P6B A;  5EZZ A;  5P2U A;  4Z50 A;  5P1N A;  3K5C A;  5P2R A;  3A2O A;  3OU1 B;  3TNE A;  6APR E;  4LL3 A;  3S2O A;  5OZE A;  5P76 A;  2WF4 A;  3CYW A;  3JW2 A;  5P3F A;  2QP8 A;  1EBK C;  1PPM E;  3WZ6 A;  5OZK A;  3LZV A;  5E5K A;  2V13 A;  2P3D A;  5P0L A;  3BVB A;  5OZX A;  1YTI A;  4FM7 A;  5KOQ A;  4RRN A;  5P03 A;  4OBK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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