2I4DA

Crystal structure of wt hiv-1 protease with gs-8373
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Suppression of HIV-1 Protease Inhibitor Resistance by Phosphonate-mediated Solvent Anchoring.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2i4dA00
4Y4TA 2QNNA 5P2KA 5P23A 4DI2A 4A4QA 1QRPE 1UH7A 5P5EA 3EC0A 1HPSA 2ZJNA 3ZKGA 5P72A 4DJOA 4TRWA 2WF2A 2OAHA 5P6GA 5CONA 1EPLE 5P2VA 5P0XA 5P88A 2IGXA 3SM1A 1HVSA 4CPWA 5P14A 5DR1A 4GJBA 4K8SA 5P64A 4L7GA 1SGZA 1ODWA 3LINA 4I0ZA 5C9DA 3SFCA 5P2ZA 2R8NA 4BFDA 1W5YA 2V00A 2R3TA 2V10C 4DJRA 4DUSA 5P38A 4N00A 3OTYA 2B60A 1TCXA 3ZPTA 3MWSA 2Q63A 3QRMA 5P4DA 3O9BA 4ZPFA 2NNPA 3ZPSA 3D1ZA 3ZKXA 5P02A 5P4WA 5HTZA 3QI1A 3IXOA 5OYQA 3CYXA 2CEJA 5P5OA 4YBIA 5P8UA 5P1BA 5P55A 3IXJA 3DCRA 4NPUA 3NXNA 4CPRA 3GI5A 5P0WA 3HD8A 5P5HA 2RMPA 5P3FA 2JYSA 2QI7A 5P0GA 5P45A 3PVKA 1FLHA 3TOFA 5P1FA 5P2MA 1HIIA 3N3IA 4LXAA 5P5ZA 5P7GA 5DR3A 3EKVA 4HEGA 1M43A 3ZLQA 1MEUA 4FGXA 3SA8A 3ZKSA 5P0PA 4XXSA 3T3CA 1TZSA 1VIKA 5P4FA 4FRIA 1EAGA 3L59A 3CYWA 1EBWA 3PBDA 2P8HA 5P3EA 5P2LA 4ACUA 4HZTA 2B7ZA 1W51A 2OHPA 1YTHA 3GW5A 1EPPE 3VCMA 1FG8C 3GGXA 5P5NA 5P46A 1EC0A 2AIDA 2NPHA 1M0BA 3HVPA 5T4SA 5CLMA 2J9KA 3FX5A 5P8NA 2ZHSA 2QD7A 2IL2A 2QU3A 1ODXA 4Y3NA 5P0HA 1HPVA 2WF0A 3PLLA 2B8VA 2ZDZA 3KYRA 3SM2A 5BWYA 3KDDA 1HHPA 4EQ0A 5OZ8A 4YDGA 5P1YA 2V16C 3O9EA 1Z1HA 3EMYA 3H0BA 3K4VC 4J1IA 3UQXA 1W6HA 3LIXA 3T7XA 3R0WA 4J1FA 3PWWA 5P8FA 1AZ5A 1EBZA 1GVXA 3BGCA 5P2CA 5P56A 3Q6YA 4ER4E 4B77A 3NU4A 2CENA 4D89A 5C9BA 5P0RA 5P7XA 1ZBGA 5I3VA 2RKGA 2BKSA 2R43A 3PMYA 5P1XA 4X2LA 5P58A 4LP9A 4NJUA 1PPKE 5P5YA 2OHQA 4PZXA 3VSXA 3WB5A 5P5VA 5P3MA 5JFPA 5OZGA 1SDVA 2QI1A 2PWRA 5JODA 2G94A 1EPRE 2AVQA 2HPEA 4FM7A 5P0MA 2EWYA 3S53A 3VF3A 4CPUA 5P4XA 3LIYA 2R3WA 5P6EA 4Y3ZA 4D8CA 1IVQA 1XS7D 4FSLA 1EBYA 4APEA 4CPXA 5P0LA 1D4IA 2IRZA 3NYGA 5P83A 5EZXA 5OZ1A 1GNMA 2UPJA 5P15A 1HOSA 3IA9A 4PPHA 5OZTA 2NXDA 5OYTA 5P5GA 4K4QA 1K6PA 5P6CA 2OHUA 2O4LA 4Y5BA 1FQ6A 3SKFA 1EC2A 5OZZA 3TH9A 5P3ZA 5P5DA 5AHBA 4RRSA 3APRE 5IVTA 2MIPA 2NR6A 1APVE 4R93A 5P65A 1LF4A 2QI3A 4Y3AA 5ER2E 3Q3TA 5P4YA 3PWRA 5AH8A 5OZJA 3UQUA 3CICA 5P3SA 2BPZA 4TVHA 4Y35A 3URIA 3O99A 1K1UA 4OBGA 1HTGA 2QZLA 5P8MA 4B70A 3EKQA 3S45A 3KM4A 3UHLA 1BDLA 1ZTZA 4YOBA 4R91A 1ER8E 2PH8A 5P2EA 5P6TA 2P3AA 4L6BA 3FNTA 5ENKA 4DPIA 2PYNA 3SLZA 1D4KA 3KN0A 3OQKA 3OUCA 4I0HA 3EKYA 1YTGA 4FIVA 3I8WA 3I2LA 4AUCA 3QBHA 4COEA 4YHQA 5OYSA 5HDXA 2IKOA 5P1EA 2QU2A 3NUOA 1FG6C 4RROA 4LC7A 3RTNA 5P6VA 5KQZA 3U7SA 5P70A 2ER6E 4H3FA 2R5PA 5P0OA 1TW7A 3VV6A 2QZXA 1FKNA 4Y5EA 4QLHA 3I7EA 4Y3QA 1BDRA 3KFNA 5P82A 5P1HA 2PSVA 5P10A 1FFFC 2IENA 5P7WA 5P2SA 4JECA 4OD9A 4GB2A 4EWOA 1HVJA 5P7VA 5P69A 4OD9B 3M9FA 2NXLA 1QBTA 3SA6A 2ASIA 1MERA 3LPKA 5P0NA 1B6JA 5P42A 3OOTA 5P50A 4Y4DA 1HXWA 3T11A 5P74A 5P6HA 5P8TA 1HSHA 2QZKA 5P1IA 3S43A 5P2YA 1HVLA 4I0DA 5F00A 3OQFA 5ISJA 5P05A 3Q5HA 1CZIE 3S43B 4BELA 4RZ1A 1HPOA 4QJ2A 3FSMA 5P5PA 3SQFA 3PEPA 2VJ7A 4FAFA 5HCTA 5OZSA 5P8HA 1DPJA 5P0QA 2ZHRA 3OOZA 5HVPA 2P83A 5HDVA 4YA8A 3QS1A 5FIVA 2JE4A 5P0FA 4DQGA 4LAPA 3CKRA 1TCWA 2G22A 3OU3A 2G1OA 4PYVA 4FSEA 3S85A 5DQ4A 1BIMA 3QP0A 5APRE 3FIVA 3B7VA 2QI6A 4FRKA 2WF3A 3QIHA 4J0VA 1Z1RA 1ZAPA 5P1ZA 3VV7A 1GVUA 5P4CA 5P5JA 3HAWA 5P41A 9HVPA 1EPQE 1MESA 4I10A 3K5FA 4Q1YA 4FRJA 3KA2A 3DK1A 1D4HA 4J5JA 1AAQA 5P4QA 1SP5A 3AUPA 2IS0A 2FGVA 4NJSA 5P77A 2PSUA 4GJ6A 5OZXA 1SH9A 4J17A 1KJ7A 4JP9A 4PHVA 4K9HA 3GI6A 5P2WA 4CP7A 2BPWA 4IVSA 5OYYA 4YD6A 2AVOA 2IKUA 3L58A 3EL0A 4H3JA 5P00A 3I25A 2WECA 1C70A 5HU1A 1NPWA 3D91A 2BQVA 4EP3A 3UFNA 5OZRA 4KE0A 2XFJA 4Y4UA 1T7IA 1QS8A 5OZ5A 5P31A 2PSGA 3FV3A 5HCOA 4I8ZA 1EC1A 1SIVA 3L5BA 4LBTA 2WEZA 2AOGA 5P1PA 2I4VA 4YCKA 1HBVA 5P3IA 2QP8A 5PEPA 5P0JA 4YDFA 4OBFA 4J55A 2AVMA 5P8JA 4J0TA 1J71A 1HVHA 5KR8A 3BXRA 2HB2A 4EHCA 4Y57A 5DPZA 1B6PA 3BC4A 3RSVA 3NLSA 3UDYA 4ZLSA 1ZJ7A 5DQ1A 5P1SA 1YX9A 4Y9WA 4B0QA 4QJ7A 3TPJA 4Z50A 4RVIA 1RQ9A 4ER1E 4U7QA 5P44A 3I6OA 5P5KA 2QHYA 3HW1A 4Y37A 3O9DA 2G1NA 4ZSRA 3NSHA 3QAAA 2FNTA 5P3HA 2QMGA 3UFLA 1XE6A 5P4PA 5ISKA 1OEXA 2PK5A 4JPCA 4K4PA 1HTRB 7UPJA 5P1RA 1FGCC 1GVVA 1QBUA 5HD0A 2VJ9A 4DPFA 4OBDA 3ZOVA 4TRYA 3ZKMA 2WEAA 1M4HA 3GGAA 1BXOA 1ZPAA 5OZCA 1OEWA 4EPJA 1QBSA 4Y3FA 3VUCA 4Y5GA 4EJLA 2OHSA 1K6CA 5P2BA 1AJXA 1K6VA 1FMXA 5P6XA 1N49A 3R4BA 5P3LA 4F75A 5P2OA 1KZKA 8HVPA 1W50A 3DJKA 5P3DA 2ZGAA 3B80A 3LZUA 2ZYEA 4Z2ZA 1IBQA 1A30A 4QJAA 1SMEA 5OZMA 5P37A 3SA7A 3NWXA 5P0UA 2F3FA 4Y4AA 1HTFA 5KQXA 1CMSA 4Y3XA 2ZHVA 4JPEA 1B6KA 1TQFA 4Y38A 3HZCA 1A8GA 5P7HA 4GZFA 5DQCA 4I0JA 3UDKA 1HWRA 4XX3A 4Y5CA 5E5KA 3KFPA 4HDBA 1AM5A 3T7QA 2FIVA 5P8GA 1PSNA 1SMRA 3JW2A 4D88A 2XFIA 4Y3MA 3S7LA 1ZP8A 5P6MA 3WZ7A 3OGQA 5P8AA 4GMIA 5KAOA 3VYEA 2UXZA 3OQDA 4CMSA 5P6SA 4DJUA 3S7MA 1BXQA 5P49A 4Q1XA 1LEEA 2O40A 5P8DA 4EXHA 1GVWA 4Z22A 4EXGA 3ZKQA 3NU6A 4Y3EA 3NWQA 2QD6A 5P7EA 2V13A 2HB3A 2P3BA 2RENA 2WJOA 5P7LA 4Y3PA 4Y48A 5P2NA 3O9AA 3ZKIA 5P6NA 4LXMA 2P3BB 5OZIA 3C9XA 5P62A 5HE7A 5IS4A 3OU4A 5P19A 3BRAA 3VFAA 4DFGA 4I1CA 3ST5A 5P2IA 1Q9PA 5AGZA 2ER7E 1GVTA 3OU4B 2VIJA 5P3NA 5P3VA 2HB4A 4YCYA 4DQEA 5P0YA 3QVCA 2AZBA 4J1CA 5P22A 2FDEA 3HBOA 4U7VA 5OZUA 2FNSA 3PHVA 5OZYA 3NUJA 3TTPA 4QJ6A 3INDA 3EXOA 5P09A 1T6EX 4DJQA 1LYBA 3UDHA 1UPJA 2IDWA 4DQFA 1W5WA 4WY1A 5P4SA 1FF0C 1KJ4A 5DQ2A 5P3TA 3D20A 3LHGA 2OHNA 1LYBB 2VIYA 3BVBA 5P1AA 2ZHTA 1JLDA 3NDWA 3O9GA 3FKTA 4Y36A 4GJCA 3MXDA 1NPVA 4KE1A 1HSGA 5OZEA 3UF3A 4JOOA 4CPTA 4AMTA 2R5QA 5AH7A 5P36A 3VEUA 1KJFA 1WKRA 2OHRA 1K6TA 2FLEA 3K5DA 4YD3A 5P6AA 1LV1A 2Z4OA 3PB5A 4Z4XA 2QI0A 2QK5A 4CKUA 1XDHA 2FGUA 1QBRA 4Q1WA 2OHLA 5P5QA 4Y4JA 4YD7A 1IDBA 5P8RA 1MT9A 2Q15A 3WZ6A 1GNOA 5OZLA 4MC1A 1RPIA 5P11A 2G20A 4Y3SA 3KMYA 4Y5PA 3BUHA 4Y47A 1SGUA 5OZKA 5OZNA 2P3DA 2F80A 4GJAA 4J0YA 3TKGA 5I70A 5P60A 1OHRA 5P5LA 5SY3A 2G1YA 2BPYA 4RRNA 3SACA 3NU3A 2HS2A 3EKWA 5P24A 2WEBA 5P3KA 3WZ8A 1D4LA 1APUE 1HVIA 3UCBA 5P71A 5P4BA 3LIZA 3OQAA 1C6XA 2NTRA 3FNSA 1PFZA 5P80A 2QI5A 1MTBA 3D1YA 2I4DA 3EKPA 4FAEA 5AH9A 3NDUA 3VG1A 1MTRA 2FS4A 3KDCA 5P6PA 1BAIA 5OYWA 2AOCA 1C6ZA 2P3CA 2XFKA 5HE4A 3OXCA 2Q5KA 2VS2A 1LYWA 4ZEAA 5I3WA 2OHKA 1AIDA 3SA5A 1XE5A 3IAWA 1DIFA 5P28A 1HSIA 4Y3DA 2AZCA 2I4UA 1LYWB 2P4JA 2O4PA 5P6KA 2PC0A 3K4VA 4CPQA 1B5FA 3L38A 4Q5MA 5P8KA 1HXBA 3LITA 5P8PA 3QN8A 3EL1A 4UPJA 4Y4WA 5DQ5A 5P7KA 3TL9A 3EM3A 4Y45A 3UDPA 1B5FB 3JVYA 4GYEA 3OUAA 2AVVA 4ACXA 3TKWA 2ZJLA 3PSGA 5KOQA 4ZSPA 3LNKA 5P85A 4F73A 4PEPA 1IVPA 2H6SA 2O4KA 3LZSA 1YM2A 4CPSA 3TPPA 1PPLE 3IN4A 4GJDA 5P39A 4WTUA 4S1GA 3IXKA 5E5JA 2PWCA 3O9CA 4RCFA 1XL2A 3QRSA 4I0IA 3OUDB 5KR0A 2B8LA 2QHCA 5SXNA 3U71A 4R92A 3KFRA 4YCTA 5P4IA 5P2QA 1T3RA 3OY4A 5P6ZA 5P0EA 4MC2A 5P8SA 3K5GA 1E5OE 3VLAA 4Y3RA 4D85A 4ZSMA 4J1HA 2PQZA 3APPA 4EJDA 2PYMA 1RL8A 4Y39A 2BKTA 2HC0A 5P5SA 4Y3LA 3PI0A 1FMUA 3DV5A 5P2JA 4B1EA 2JXRA 3FNUA 5P0IA 2VIEA 5P35A 3U6AA 4Y50A 3G72A 5IVQA 5P8LA 1BILA 5P4AA 1EBKC 1FMBA 4FM6A 3OXWA 3VFBA 5P6DA 3SO9A 5P06A 5P67A 5P2XA 5P6FA 5P1KA 4FE6A 5P5WA 3HAUA 2JJIA 4F76A 1FQ4A 1YTIA 3TOGA 3UQRA 5P08A 5P30A 1YM4A 5HU0A 4RYCA 4B78A 5P7OA 5OYRA 3LPIA 5OZ4A 3RU1A 4A6BA 5P4RA 1IIQA 4RVJA 5P5UA 5KR1A 1MRWA 5P89A 2ZJHA 2O4SA 1IZDA 3Q70A 5KOSA 5P5BA 2WHHA 3EBZA 4QJ9A 2G1RA 3O9HA 5DR0A 3Q4BA 3VV8A 4MC9A 4DQHA 4GJ8A 2Q11A 1B6MA 5P1OA 5P5CA 5P7YA 3WB4A 5OZHA 1IZEA 4EP2A 4R5NA 4ZE6A 3OHFA 2G21A 5P3RA 4Y4EA 4I11A 2HPFA 5P75A 5P0KA 5P86A 5P84A 4OBKA 5P6YA 5P52A 4B72A 2ER0E 4J0PA 4ZIPA 1HVCA 5P3QA 1IZHA 4DJPA 2VJ6A 5ER1E 3VYDA 5P5XA 4FCOA 3RSXA 5IVSA 1ODYA 1EPNE 2ER9E 5I3YA 3EL5A 4R8YA 4Y3YA 4M8YA 2QCIA 2R38A 2ZHUA 3EKTA 5B18A 2Z54A 5P6LA 4Y3HA 1MVPA 3G6ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4T A;  2QNN A;  5P2K A;  5P23 A;  4DI2 A;  4A4Q A;  1QRP E;  1UH7 A;  5P5E A;  3EC0 A;  1HPS A;  2ZJN A;  3ZKG A;  5P72 A;  4DJO A;  4TRW A;  2WF2 A;  2OAH A;  5P6G A;  5CON A;  1EPL E;  5P2V A;  5P0X A;  5P88 A;  2IGX A;  3SM1 A;  1HVS A;  4CPW A;  5P14 A;  5DR1 A;  4GJB A;  4K8S A;  5P64 A;  4L7G A;  1SGZ A;  1ODW A;  3LIN A;  4I0Z A;  5C9D A;  3SFC A;  5P2Z A;  2R8N A;  4BFD A;  1W5Y A;  2V00 A;  2R3T A;  2V10 C;  4DJR A;  4DUS A;  5P38 A;  4N00 A;  3OTY A;  2B60 A;  1TCX A;  3ZPT A;  3MWS A;  2Q63 A;  3QRM A;  5P4D A;  3O9B A;  4ZPF A;  2NNP A;  3ZPS A;  3D1Z A;  3ZKX A;  5P02 A;  5P4W A;  5HTZ A;  3QI1 A;  3IXO A;  5OYQ A;  3CYX A;  2CEJ A;  5P5O A;  4YBI A;  5P8U A;  5P1B A;  5P55 A;  3IXJ A;  3DCR A;  4NPU A;  3NXN A;  4CPR A;  3GI5 A;  5P0W A;  3HD8 A;  5P5H A;  2RMP A;  5P3F A;  2JYS A;  2QI7 A;  5P0G A;  5P45 A;  3PVK A;  1FLH A;  3TOF A;  5P1F A;  5P2M A;  1HII A;  3N3I A;  4LXA A;  5P5Z A;  5P7G A;  5DR3 A;  3EKV A;  4HEG A;  1M43 A;  3ZLQ A;  1MEU A;  4FGX A;  3SA8 A;  3ZKS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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