4TVHA

Hiv protease (pr) dimer in closed form with tl-3 in active site and fragment ak-2097 in the outside/top of flap
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Distinguishing Binders from False Positives by Free Energy Calculations: Fragment Screening Against the Flap Site of HIV Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4tvhA00
5P6PA 5P1WA 5B18A 5P24A 1C70A 3HAWA 5KQXA 5P15A 5P89A 1FG8C 3SM1A 5P51A 3L38A 3QP0A 3FV3A 1W50A 2PSVA 2VA6A 1K6CA 4XKXA 5P0EA 5P7SA 4I0HA 5P2CA 5P5RA 1FMBA 5P1XA 3QBFA 3RU1A 2QI7A 1A8GA 1KJ7A 5HCTA 4ZSRA 5P7CA 3IVHA 1XDHA 4MC2A 5P0HA 1IZIA 4COEA 1NPAA 2G1NA 3CKTA 2QU3A 5KR8A 5P5EA 3KT5A 3IN3A 5P3IA 5I70A 5P44A 1C6YA 5P4FA 1KZKA 2QZXA 5P5BA 4TVGA 2ER6E 1QBSA 2Q11A 5P05A 4Z4XA 2HB3A 5P3MA 5P4MA 1QDMA 3IVIA 1K2BA 1HVSA 2HB2A 5P3PA 5P2GA 3K4VA 1SIVA 3SACA 5HE5A 3EL1A 2QZKA 5P69A 2FXDA 4I8ZA 5P11A 1HVCA 4EXGA 1GKTA 5P8GA 3RTMA 5OZIA 3BUGA 2OF0A 2I0DA 3VUCA 2V12C 3S54A 2IKOA 1GVTA 2B60A 3ZOVA 1MSMA 3VYDA 3RSXA 3OXCA 2J9JB 2ZDZA 4XXSA 5P47A 3CKRA 5KQYA 5AH8A 1IBQA 3VV6A 3PBZA 2BPVA 4H3FA 4ZSQA 5P5NA 1EC3A 3CMSA 3T7QA 2I1AA 1D4SA 5FIVA 1QBUA 5P10A 5P7VA 1KJ4A 5P3KA 4L1AB 2UPJA 4Y3GA 5P0RA 2OHRA 2G26A 3OGQA 3ZLQA 5OZDA 3EKTA 4I0GA 3OHHA 4Y4AA 5JFPA 3PMYA 5P4DA 3S45A 1AZ5A 3S7MA 4R5NA 5P5WA 2CEJA 5P25A 5P58A 5OYVA 3FSMA 4NPTA 5P49A 2PK5A 5P5DA 5P6ZA 4B72A 3OHFA 3D1YA 4FRKA 3PJ6A 2QU2A 1XN2A 4Y53A 3HAUA 2PWCA 4A6BA 4Q5MA 2AOEA 2NNKA 1PSAA 2R3TA 3PWWA 3PI0A 3QN8A 4X2LA 4YOBA 2BJUA 3LIQA 1IIQA 1FQ6A 2V10C 1BV9A 3OQAA 3CYWA 4Y4TA 3NDUA 2NMZA 4EP2A 5BRYA 1MVPA 5P88A 4GYEA 3PCZA 4I0FA 5P3WA 5P2XA 1SDVA 1PPKE 3L58A 2V13A 3L5BA 1NPVA 5P7LA 2AOHA 3SA5A 5ISJA 5P73A 1BAIA 3TNEA 5JG1A 2UY0A 2PYNA 4J5JA 1T7JA 3UTLA 5P0PA 1IZDA 6UPJA 3VCMA 3INEA 4GJ6A 4Y43A 2FXEA 2ER7E 2NR6A 5P61A 3DUYA 3OUCA 3ZPUA 2H6TA 4Y4UA 1EBYA 5OZWA 1D4KA 1K1UA 4YCKA 4Y3XA 5P3GA 3ECGA 2I0AA 2QCIA 5DPZA 3O9BA 5P1LA 4Y5MA 4CPRA 4Y5CA 3SA4A 3UDKA 2JE4A 1PSNA 1VIKA 5OZ1A 5P81A 4J1EA 1ODYA 5P6SA 1HTGA 5P3XA 5P87A 1HPXA 3EXOA 4BEKA 5P5GA 5P1TA 5KAOA 1B5FB 4Y9WA 4J1CA 5P7ZA 3UQPA 2Q15A 3KDCA 1HPOA 2XYFA 4YD3A 4Q1XA 4Y3DA 5P1SA 5P7UA 2UXZA 5P09A 4Z2ZA 2NPHA 1FQXA 5P0IA 4CPQA 5P3AA 5P0GA 2OHTA 5OYXA 3OOTA 5P36A 5P52A 3PSUA 4DH6A 1BILA 4U7QA 3WB5A 2HPEA 5P2DA 5P63A 4F75A 5AH6A 4OBGA 5P5CA 2AOCA 2PYMA 2O40A 4YBFA 4LBTA 5OZAA 4ZE6A 5P7XA 4CKUA 2O4NA 5P4CA 3INFA 1N49A 4Y37A 5P3LA 3OQ7A 4RVJA 2G22A 5P2TA 1Z1RA 5P1MA 5P3DA 3T3CA 5P7FA 3SM2A 2VKMA 1HWRA 4K4PA 4OBJA 4QJ9A 2P3BA 5OZKA 4YD4A 2PMAA 5P14A 3FNTA 5P4JA 3NLSA 5P4VA 5P34A 3K5DA 3JVYA 1QS8A 3EM3A 5P22A 1CMSA 1EPME 3CYXA 4Y3YA 3NDWA 1D4IA 5P19A 4EQJA 1T7IA 3WB4A 4DV9A 5P6EA 5P3YA 1YTJA 3IXKA 1XE6A 3I7EA 1J71A 5P43A 2G1YA 3S53A 4WY1A 3NU5A 4CPWA 5P7QA 5F01A 2QNQA 5P7PA 2QI3A 3BHEA 2WF2A 2A1EA 4YD7A 2FGUA 4J0TA 3RSVA 4RRSA 4F76A 3VG1A 5P04A 5P6NA 3Q4BA 4HDBA 3OADA 4FRJA 5P02A 4S1GA 2P3AA 3QROA 5OZQA 4B70A 5P2EA 5OZLA 5P08A 3ZKMA 4YHQA 4HZTA 1EEDP 1UH7A 3SKGA 3DV5A 4YE3A 5P55A 2O4KA 4GMIA 3SAAA 1C6XA 3KA2A 2SAMA 2Q63A 5P5IA 3ZKNA 5HU0A 5P5HA 4Y6MA 2HS1A 4R8YA 5P3JA 2J9KA 1RPIA 2I4VA 3JVWA 5P8QA 4K9HA 5P5TA 3VLAA 4APRE 3GGAA 1HSGA 3TOFA 1FGCC 5P2AA 1HPSA 2G1OA 2PQZA 1G35A 3PB5A 4Y54A 3PWRA 3L5DA 3ZKQA 4Z22A 4HEGA 4QJAA 1EPPE 2QHCA 5P03A 1PFZA 4Y41A 2OHMA 3IXJA 5P3UA 1MEUA 1XS7D 4RZ1A 3WZ7A 5P71A 3OUDA 2QI0A 4FGXA 2AZ9A 3R2FA 2V16C 1VIJA 2P8HA 4J0PA 3PI5A 3HZCA 5P28A 7HVPA 2QNNA 4D88A 3NWXA 1IZEA 1TCWA 3NXNA 2QHZA 5OZ8A 5P2OA 3INDA 3S85A 2R9BA 4ZIPA 3T7XA 5P8BA 1RL8A 3UQUA 2H6SA 5P3VA 3VFAA 2WEDA 1K6PA 2AVOA 1QBTA 5DQ1A 5P4YA 5P3FA 1APUE 2XFKA 3ZMGA 4DPIA 4JP9A 2JJIA 3DM6A 1HTFA 1XL2A 4I12A 4HDFA 5CLMA 3KFRA 4AZYA 1W51A 1QBRA 5P53A 4GJ8A 5P8VA 3OGPA 4DQCA 3Q70A 2ZHRA 2G20A 5P0QA 3ZKXA 4D83A 1M4HA 3ZL7A 3AIDA 1FQ4A 4U8WA 5OYTA 5P39A 5P33A 5KOSA 3PEPA 5P23A 3UQRA 3QRSA 2VJ9A 4I0EA 2OHUA 3R4BA 1SMRA 5OZOA 4ZSMA 5P65A 5P32A 2IQGA 5P59A 2Q54A 1LYAB 1GNOA 3UF3A 2QMGA 4YBIA 5SY3A 3LIXA 5P6GA 5P66A 5P00A 5P6JA 5P0OA 4HVPA 1YTGA 3Q6YA 3K5CA 5SXNA 5P6CA 5P2RA 4DUSA 4FLGA 6FIVA 1BXQA 3L5FA 1BWAA 5P4WA 4I0JA 5P8TA 3TPJA 1PPME 2QMDA 5DQCA 4DQEA 3O9HA 5P35A 5P0CA 4B00A 2PSUA 1WBMA 3HW1A 1ZP8A 2FDEA 3TOHA 4Q1NA 5DQ4A 3R1GB 1UH8A 4CP7A 3F9QA 5P5VA 3MSKA 5P2ZA 3ZPTA 1SGZA 2P3DA 3QI1A 5AHAA 5P1CA 3B7VA 3KT2A 2G69A 3KDDA 4FS4A 5P1UA 5P77A 5KQZA 5P7AA 5P82A 3OQFA 4Y44A 5P7KA 4Y5NA 4HE9A 3ER5E 5P3EA 3KFSA 5P0TA 5P1FA 1A8KA 1GNNA 3D1XA 1HVLA 4K8SA 5P5ZA 3SA3A 1MT9A 5P1BA 4I0IA 1CZIE 5IVTA 5COPA 2VNMA 3UFNA 1BV7A 5P7RA 1B11A 3MSLA 4I11A 3OU1B 3MXDA 4Y36A 3UDMA 3LPJA 3PWMA 5P5YA 4U7VA 4A4QA 4PZXA 2QI4A 4YOAA 2BPWA 4EPJA 1YTHA 2VA7A 3QVIA 5HE7A 2RKFA 2ZJMA 4Y3FA 1APVE 2Q3KA 3EBZA 1AM5A 5AH7A 5OZNA 5P6BA 2I4WA 2F81A 3LINA 4Y3MA 5P2BA 5P4UA 4Y3HA 2ER9E 5P1OA 1OEXA 3L59A 5AGZA 1HVRA 5P8NA 2Q64A 4FM6A 3OUAA 3QRMA 4WTUA 3JW2A 2P4JA 4Y4XA 5P85A 4DQFA 4EJ8A 5P7GA 3LPKA 4M8XA 2QD7A 2JYSA 4OBZB 2F3KA 3S43A 1DP5A 1BBSA 4Y3JA 3FNUA 4QJ2A 2ZYEA 2WEBA 3NR6A 5P4KA 3O9CA 5P5AA 5P3RA 3O99A 3Q3TA 1META 5OYZA 5SZ9A 1AAQA 5P41A 3LNKA 4MC1A 1LF2A 3BUHA 5I3VA 2QZWA 5KR1A 3PLLA 4GZFA 2HIZA 5P8LA 5P5SA 2AODA 3RTHA 2CEMA 1XE5A 1ZLFA 2G1SA 3BRAA 5P4QA 2XYEA 3NU3A 5P17A 1A9MA 1MRWA 1FF0C 3BVAA 5P83A 4LHHA 1KJFA 3LIYA 4L7GA 1MT7A 2APRA 5P3HA 2WECA 3NU4A 5C9FA 1LS5A 1LEEA 5P54A 3O9FA 3G6ZA 3VYEA 5P0DA 5OYWA 4ZPFA 5P3ZA 2WHHA 5OZCA 2G1RA 3KMYA 4QGIA 4N00A 3GI6A 4YDFA 4EYRA 1RV7A 3OQDA 2EWYA 5P2SA 1FFIC 5P4SA 5P1EA 4B1CA 5P50A 1PPLE 4FRSA 5P7YA 5P1PA 2ZJHA 4JPCA 3NXEA 3OXXA 2ANLA 3LITA 2R3WA 5P37A 2AOJA 2FMBA 5P13A 4Y47A 4NJVA 5P5OA 3GGUA 5P1IA 5OZRA 3K5FA 3OWNA 3OTYA 2AZ8A 3OXWA 3OY4A 4JOOA 3VF7A 1K6VA 2IL2A 5DGUA 4PZWA 5P2WA 5P2MA 5P84A 4DJUA 1E82E 2BB9A 2RENA 1IDAA 5P6YA 2BPXA 5OZ3A 3O9LA 5P31A 4LP9A 2B42A 3UDPA 1APWE 3DOXA 3TL9A 5P57A 3QBHA 1TW7A 4Y5BA 2PC0A 3TPLA 5C9DA 3L5EA 3PRSA 4EHCA 3ZKIA 4Y3NA 3NUJA 1EBKC 3U7SA 4DQHA 5P1HA 3HVGA 4Y4WA 1SH9A 3VEUA 1LZQA 1EAGA 1T6EX 1G2KA 4TRZA 4ZSPA 5OZFA 4L7JA 1KJGA 4IVTA 4WY6A 4AA8A 2PH6A 2I4XA 4GB2A 5P29A 4FE6A 3K5GA 2F3FA 3IGBA 4J0ZA 3GI5A 4EWOA 4J1HA 1HSHA 3EL0A 4I1CA 1ZPAA 5P2JA 1HBVA 3NSHA 4R95A 3NDXA 5PEPA 1IVPA 3BVBA 5P2UA 2HAHA 3UDQA 3WSJA 5P5MA 1E80E 3MWSA 3EKWA 3EL9A 2CENA 2G27A 5P3TA 3OTSA 1D4LA 5P7HA 3I8WA 5P1RA 3KN0A 5P0SA 4BELA 1SDTA 3OXVA 2PSGA 4RCEA 5ER1E 2BKSA 5P46A 2FS4A 3OAGA 3D20A 5BS4A 3IN4A 3T7PA 2Q5KA 5KQFA 5P8EA 1EPLE 4FL8A 5P7MA 2RKGA 4OD9A 4UPJA 4Y4GA 3TPRA 5OZ0A 2ZJIA 5P6DA 1W6HA 1EC2A 5P1NA 1CPIA 2AOGA 3BXSA 5IVSA 5HVPA 2R5PA 3PM4A 3UDHA 3K4VC 3H0BA 2QAKA 5P8OA 2WEZA 2B8LA 4LXAA 3URIA 4GJCA 4Y3LA 4APEA 5P1DA 3M9FA 3NDTA 4LC7A 4YD6A 1YG9A 4Y4EA 4BFDA 3EL4A 1HEFE 5P1JA 3KF0A 1W5XA 3D3TA 4DQGA 3GGVA 4EJKA 5P7DA 2R8NA 4Y3QA 3TPPA 1FB7A 5P8RA 5P5FA 3BXRA 3FIVA 5P0JA 4DQBA 5KR2A 1GVXA 5P86A 3WZ6A 2NNPA 3HLOA 5OZZA 4NJSA 5P2YA 2R43A 4AMTA 4YCYA 4XX3A 3L3AA 1FQ8A 3SO9A 1ODWA 2IS0A 3G72A 3EMYA 2AZCA 3B80A 4RLDA 4HLAA 5P0WA 1EPRE 1HHPA 3EKVA 3UPJA 1OHRA 3ZKGA 5P75A 5P6LA 3DCRA 1FMXA 1WBKA 3PGIA 2FLEA 1ER8E 1OD1A 2P3BB 5OYQA 5P6AA 5P6WA 2NTRA 2QP8A 3FNSA 5P6VA 1K6TA 2OHPA 1FKNA 2IDWA 2NXMA 4FSLA 5DR0A 3HVPA 1BIMA 5E5KA 3I25A 3K1WA 5AHCA 1TQFA 2WF4A 4Y4ZA 3IA9A 2FNTA 2FDPA 5OZXA 4R93A 5CONA 5P0MA 1T6GA 3U6AA 1B6PA 3L5CA 4J17A 5OYUA 2OHSA 3LIZA 4LXMA 2QZLA 3KDBA 5P7TA 4I10A 3MSJA 4B05A 1LF4A 5P12A 2IGXA 5P2KA 5P7JA 3WZ8A 1NH0A 5DQ5A 1LYAA 2ZJNA 2R38A 5P42A 5P4NA 4I0DA 2F3EA 4K4QA 1LYWA 4OBDA 1MTBA 5P78A 3I6OA 4KE0A 3OADB 3O9IA 1FLHA 5P67A 4TVHA 5P06A 1DIFA 1A30A 2OHKA 3HD8A 5P30A 1U8GA 4FM8A 4YA8A 1HVIA 2P3CA 4OC6B 5P48A 5P4LA 5OZYA 5P5LA 4ACUA 3SA8A 3OU4A 1D4HA 4EQ0A 2QK5A 5P7NA 1D4JA 4BFBA 4KB9A 2FNSA 5P64A 3NYGA 2AVVA 4D85A 5BWYA 5I3XA 4FM7A 1EC1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6P A;  5P1W A;  5B18 A;  5P24 A;  1C70 A;  3HAW A;  5KQX A;  5P15 A;  5P89 A;  1FG8 C;  3SM1 A;  5P51 A;  3L38 A;  3QP0 A;  3FV3 A;  1W50 A;  2PSV A;  2VA6 A;  1K6C A;  4XKX A;  5P0E A;  5P7S A;  4I0H A;  5P2C A;  5P5R A;  1FMB A;  5P1X A;  3QBF A;  3RU1 A;  2QI7 A;  1A8G A;  1KJ7 A;  5HCT A;  4ZSR A;  5P7C A;  3IVH A;  1XDH A;  4MC2 A;  5P0H A;  1IZI A;  4COE A;  1NPA A;  2G1N A;  3CKT A;  2QU3 A;  5KR8 A;  5P5E A;  3KT5 A;  3IN3 A;  5P3I A;  5I70 A;  5P44 A;  1C6Y A;  5P4F A;  1KZK A;  2QZX A;  5P5B A;  4TVG A;  2ER6 E;  1QBS A;  2Q11 A;  5P05 A;  4Z4X A;  2HB3 A;  5P3M A;  5P4M A;  1QDM A;  3IVI A;  1K2B A;  1HVS A;  2HB2 A;  5P3P A;  5P2G A;  3K4V A;  1SIV A;  3SAC A;  5HE5 A;  3EL1 A;  2QZK A;  5P69 A;  2FXD A;  4I8Z A;  5P11 A;  1HVC A;  4EXG A;  1GKT A;  5P8G A;  3RTM A;  5OZI A;  3BUG A;  2OF0 A;  2I0D A;  3VUC A;  2V12 C;  3S54 A;  2IKO A;  1GVT A;  2B60 A;  3ZOV A;  1MSM A;  3VYD A;  3RSX A;  3OXC A;  2J9J B;  2ZDZ A;  4XXS A;  5P47 A;  3CKR A;  5KQY A;  5AH8 A;  1IBQ A;  3VV6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2QD8 A;  2ZGA A;  4PPH A;  5OZG A;  2WL0 A;  5HTZ A;  4QJ7 A;  4Y39 A;  3AUP A;  5P4E A;  1B6J A;  3KFN A;  5P8A A;  2ER0 E;  4DPF A;  1YT9 A;  5P7E A;  4H1E A;  1TSU A;  3RTN A;  4ER4 E;  5P40 A;  5F00 A;  4Y3E A;  3VYF A;  3OU3 A;  4A6C A;  3VFB A;  5P5K A;  5P8U A;  4GJD A;  5P4I A;  4FIV A;  2FIV A;  3H5B A;  4OBK A;  4QJ8 A;  4Y56 A;  5P0Y A;  4RVI A;  3PSG A;  5P3B A;  4Y5K A;  5AHB A;  1GVV A;  2B8V A;  4DJV A;  3GW5 A;  3LZS A;  2V00 A;  5I3Y A;  1OEW A;  1FIV A;  1HPV A;  2P83 A;  4Y35 A;  4XX4 A;  1MIQ A;  4OC6 A;  1ENT E;  1MSN A;  1LF3 A;  5P16 A;  1HEG E;  5DGW A;  2RMP A;  4B77 A;  5UPJ A;  2HC0 A;  2FGV A;  2B7F A;  2BBB A;  3O9E A;  3OUB A;  1E81 E;  1FFF C;  5P20 A;  5COO A;  3OAG B;  5OZT A;  1ZJ7 A;  5HE4 A;  5P8J A;  2AOF A;  2Q55 A;  1MUI A;  5OZM A;  1RQ9 A;  4TRW A;  4OD9 B;  4NJU A;  5EZZ A;  2WF1 A;  4ZLS A;  3URL A;  3KYR A;  5P0L A;  2VIZ A;  3T11 A;  4RRO A;  2QHY A;  5P8S A;  3SAB A;  3RVI A;  4Y5A A;  3TKG A;  3G70 A;  2IEN A;  5P72 A;  4Y4J A;  3S2O A;  4TRY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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