3JW2A

Hiv-1 protease mutant g86s with darunavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIISRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title Highly conserved glycine 86 and arginine 87 residues contribute differently to the structure and activity of the mature HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3jw2A00
5P51A 5ISKA 1EPRE 2G22A 2JJIA 1BVEA 2ZJNA 1HBVA 2QD8A 3O9EA 5P3DA 2ANLA 4J55A 3NDTA 4IVSA 5P4EA 5P8SA 1BILA 2V00A 4GB2A 5B18A 1DMPA 3VCMA 5P3UA 1EEDP 3EKVA 3QBFA 2NMYA 2ZHTA 4OBJA 4B1EA 3UQPA 5P0LA 2B60A 1W50A 3O99A 3VEUA 1PFZA 1F7AA 3DM6A 5PEPA 5P1KA 2BJUA 5P4AA 3FNSA 3MXDA 3CKRA 5P6WA 2O4LA 2QI0A 5P2SA 2ZHVA 1D4JA 2I0AA 3LITA 3TPLA 2A1EA 5P0GA 4H3IA 4GJBA 5P4UA 1OHRA 3GI0A 5OZ4A 5P5NA 6UPJA 3ZPTA 1T7IA 1APWE 4Y3MA 5P5FA 5P6DA 4BEKA 1T6GA 5P1UA 3PRSA 5P2HA 3DV1A 3QAAA 5OYUA 5P8OA 4Z4XA 2VIEA 1HPSA 5P79A 4DQGA 1ENTE 4R92A 1HTFA 5P6PA 3O9HA 5P6IA 4KE0A 2QZLA 5DGWA 1HTEA 2IQGA 5P84A 5COOA 4DI2A 1EPPE 5P5RA 4Y4TA 5I70A 3OUDA 2P3BA 4Z22A 3ZL7A 5P4VA 3OU4A 2VA7A 4EQ0A 2R3TA 1VIKA 1YTHA 4BELA 3UFNA 5OZMA 1BV9A 5P42A 4Q5MA 1IDAA 2AZBA 1TSQA 5DR7A 1ZLFA 1FMBA 1SGUA 4Y5NA 3NSHA 3VF5A 3BGCA 5JFPA 2Q15A 3S7LA 4YOBA 4I0ZA 2BKSA 5KOQA 5P0MA 5P0NA 3OGQA 3SABA 1FQ4A 3CIDA 5P5YA 1W5VA 2ZJLA 5OYXA 1SP5A 3SKFA 5HU1A 2EWYA 3BC4A 1XE6A 4RVIA 3FKTA 2R9BA 4FSEA 3D20A 5P83A 4ZPFA 1Q9PA 5P56A 5P1XA 3R4BA 4ZSRA 5P25A 4OBGA 5UPJA 5P7KA 4I1CA 5P16A 5T4SA 1HIIA 3VUCA 3QP0A 5P1AA 4L7GA 4DJYA 2B8LA 4Y3XA 4Y44A 2F3FA 2VIYA 3B7VA 3S85A 2BBBA 3FX5A 2ASIA 3BVBA 2HPEA 3O9BA 4Y4ZA 2HM1A 4RVJA 5P34A 2IEOA 5P5ZA 3K4VC 5P33A 5P6LA 4F73A 2I4VA 3KFPA 4BFBA 2B42A 3DJKA 5P3AA 5P5PA 6FIVA 5P38A 1ME6A 4MC2A 5P7NA 5P2GA 5P5SA 4E43A 1IZEA 5P1RA 3BXSA 5JODA 2QK5A 4DQEA 2VA6A 4EWOA 5P81A 5P23A 4ER2E 4NJVA 5P1PA 5P09A 4B1CA 1FG8C 2Q11A 2CEMA 4QJ2A 3EM4A 1E80E 1QBTA 2ZJMA 4Y3WA 2AVMA 4PYVA 5P6AA 4Y4JA 3K5CA 4ZEAA 1LYAB 5P2YA 5P78A 4Y3NA 2R8NA 1QBSA 5OZNA 3Q5HA 3CKTA 4NKKA 4D89A 3T7XA 2F3EA 3MXEA 5P7GA 2V10C 3LPIA 3BUHA 5P4KA 2ER9E 3ZKQA 3I7EA 4Y4WA 2FLEA 4Y53A 3PGIA 4FRSA 5P72A 5P70A 5KR2A 4OD9B 3S7MA 5P24A 2G21A 3JW2A 4I12A 3IGBA 5P3PA 3OHFA 4GIDA 5P1JA 2ZYEA 4Y51A 3R0WA 2FGVA 2P83A 4J0YA 1BV7A 5P5LA 3NU6A 1D4YA 5OZGA 5I3XA 5KQZA 4EYRA 1HSIA 1GNMA 5KR8A 3R1GB 3TPPA 3UQXA 3LPJA 1AAQA 3BUGA 4HLAA 4QJ8A 4DV9A 3ZKSA 4LC7A 4Y38A 4YCKA 5OZXA 2PYNA 4Q1NA 1HVJA 2QI3A 2P3CA 5P0WA 3PBDA 1HTRB 3KA2A 5P5HA 1MT7A 1PSAA 1XN2A 5SXNA 1G6LA 1DIFA 1NH0A 3K5DA 3URIA 2WEDA 1OEXA 2I4WA 1FEJC 5P5DA 1MSMA 8HVPA 3ZKXA 4EXGA 5P8MA 3EBZA 2Q64A 2QI7A 4ER1E 5P2LA 3EXOA 2BB9A 4EJKA 4RCFA 5P22A 4DJRA 4HZTA 5P48A 5OZCA 5P58A 4HDFA 5P7AA 5P1GA 3OUBA 2FNSA 3QPJA 2RMPA 5P13A 2AIDA 4Y39A 2FGUA 5P87A 4D88A 1E5OE 2APRA 5APRE 2OHNA 4I10A 1BDRA 2O4PA 1CZIE 3KF0A 1HVHA 3GI5A 3NDUA 5P14A 3IXOA 5P4DA 3PLDA 2FIVA 5P8FA 3PWWA 4Y5AA 3A2OA 5CONA 1OD1A 2QI6A 3TKGA 5P6KA 2V16C 1J71A 5OZBA 3T6IA 4Q1XA 3PMUA 4K4QA 4Y4AA 3URLA 1MSNA 3WSJA 1BDLA 5COKA 2J9JA 1EC0A 1EBZA 5OZYA 5P7CA 1TSUA 5OZSA 4EHCA 2V12C 4ZLSA 4DJOA 5HCTA 3VYDA 2NNKA 2PSUA 1E82E 3U71A 2AOJA 4Y5GA 5OZJA 5P1NA 3O9DA 2H6SA 7HVPA 2O40A 2PMAA 2QHCA 5SY2A 3UDRA 2AOHA 1D4IA 3PSYA 3OQ7A 5OZ8A 4AZYA 5P0QA 4LXKA 3VV8A 5I3VA 3OTSA 4FIVA 1MERA 5P8CA 2PQZA 3PWMA 2I0DA 5P8UA 3NWXA 3PB5A 5P03A 4R95A 4QJ6A 1B11A 4M8YA 1HPVA 1FG6C 3VFBA 3VV7A 4F74A 1IVQA 5P6RA 3QVIA 2G1YA 3EKTA 4YA8A 1A9MA 3OU3A 3Q6YA 3ER3E 4GJ9A 3EKPA 3L3AA 3O9FA 5ISJA 2G1SA 3EKXA 1HWRA 3WB5A 1BIMA 4DPFA 4R93A 5P8BA 5I3YA 5P1SA 3OXCA 4AA8A 1NSOA 1FMUA 3OUCA 5KQYA 1LYAA 4B05A 5HDXA 3UDKA 3CIBA 3CKPA 1B6KA 5OZZA 1EPOE 5P2KA 5KQXA 1LYBB 2P4JA 3TLHA 4B0QA 1GNNA 2B8VA 1XDHA 3BHEA 5P2FA 5P89A 4OBFA 3ZOVA 3PLLA 3EL0A 1SDVA 1YX9A 2PSGA 1D4HA 3ECGA 4BFDA 3S2OA 4DJUA 4FGXA 5JG1A 2G26A 4Y50A 3SA7A 4DUSA 1LYWA 4OD9A 4TRZA 2QI5A 5AHBA 1FQ6A 5P02A 3UDMA 5P2MA 5P0UA 5P0EA 5P2JA 4CP7A 4DQCA 5J25A 5P4WA 4K9HA 1IDBA 5P3JA 5OYRA 4YOAA 1KJGA 3N4LA 4XKXA 4CPTA 5KR1A 2XFJA 3PI5A 5P5IA 5P7BA 3L58A 5OZVA 5P0CA 2XYEA 3HVGA 5P6OA 1LF2A 2G1RA 5P2AA 2IL2A 4CPRA 3EC0A 1RQ9A 5P4JA 3PCWA 4Y5CA 4CMSA 4EQJA 3INDA 4GJ7A 3LIXA 3K5FA 3U7SA 4K4RA 5HCOA 1DW6C 5OZTA 3HAUA 5HDVA 5E5KA 4HDPA 2BQVA 4Y45A 5P2TA 5OZIA 4QLHA 4B77A 1KJFA 4I0HA 5P3ZA 2AOEA 4Y54A 1SIVA 6APRE 3EL5A 1EPQE 2WECA 4RGHA 1ZJ7A 2CEJA 5OZWA 3QRVA 1HHPA 4RYCA 1UH8A 5DQ1A 1T7JA 5P4FA 2IDWA 4U7VA 5P2WA 3RSXA 5P6NA 2WHHA 2Q5KA 5EZZA 1K6VA 3NUJA 4LXMA 4RCEA 2PYMA 3EL9A 5P5KA 3UDHA 1IZDA 5DQ4A 5P46A 5P1LA 5BRYA 5OZOA 4ZIPA 5P2VA 2NXDA 5P7WA 4WY6A 4Y9WA 4XXSA 5P7QA 2WEZA 1FMXA 4Y43A 1B6MA 3UDPA 1PSOE 2UY0A 3ZMGA 5IVTA 5OYYA 5P0HA 2HS1A 4I0IA 2IS0A 2FXDA 1C6ZA 3OUAA 5C9FA 3IN3A 2QZWA 4OC6B 4Y5MA 4YDFA 1HXBA 1FQ7A 4HEGA 3KFSA 1FB7A 4L7JA 1BAIA 3SO9A 1Z1RA 1HVKA 5P7JA 4QJ7A 5DQ2A 5IS4A 5IVRA 3OTYA 5P5VA 1MIQA 2OHRA 4I0GA 4B00A 5P0IA 3BVAA 1A94A 2O4SA 4Y47A 5P0SA 2WEAA 2AZ9A 3OADB 2WKZA 4D85A 1FF0C 5OZ6A 3I6OA 4YBIA 5DR8A 4HVPA 3INFA 1OEWA 1B6LA 3BGBA 2JE4A 3CYWA 1SMEA 2OHMA 2OAHA 1BXQA 1K1TA 3RU1A 5AH6A 3GGVA 1EPLE 1CMSA 5P3LA 4YCYA 4YD3A 3L5CA 3PI0A 3D1YA 1HOSA 5P2UA 3O9GA 2ZJJA 1YM4A 1B6JA 3LZSA 5P2QA 5P8TA 3Q3TA 2QMFA 3EL1A 3OAGA 1HTGA 3ST5A 3SM1A 4Y3ZA 1DAZC 3LINA 4IVTA 4OBHA 4PPHA 5KR0A 5HDZA 5P4HA 3RTMA 3HDKA 1ZAPA 5P17A 4ZE6A 3ZLQA 4DJXA 1IZHA 3IVIA 5P0DA 1ER8E 4Y3DA 4FE6A 2I4DA 3K4VA 2ZGAA 5P8KA 3VYEA 3T7QA 4H1EA 3KMXA 5SZ9A 3OU1B 3R0YA 2AOFA 5P32A 3UTLA 3INHA 4MC6A 4L1AA 4PHVA 5P3SA 5P0RA 1ZSRA 3PM4A 4GJ6A 4Y4EA 5P8RA 5OZ0A 4TRWA 5P45A 3LZYA 1PSNA 3O9AA 5P5OA 2PK5A 3BUFA 1W6IA 4YD7A 3B80A 5P6FA 1HVLA 4AMTA 1HVIA 2MIPA 2PSVA 2WJOA 5P69A 1M0BA 5P6GA 5P52A 5P8IA 1DPJA 1XL2A 3SA6A 4OBKA 5P4SA 5P1FA 3MSLA 4Y3PA 5P4BA 2P3DA 2QU3A 4Y3YA 1YTJA 1B5FB 3PSGA 5HE7A 1RL8A 2AVVA 1IIQA 5P57A 5P6HA 1LF3A 2G20A 3M9FA 5P6CA 3TL9A 4DQHA 2NTRA 1MTBA 3KMYA 5P8QA 4F75A 5OZQA 3UQWA 2Q63A 3VSXA 4X7IA 5P4MA 5OZ2A 2OHLA 1YM2A 5P2EA 2VIZA 1MEUA 2VNNA 2WF4A 5P3XA 2ER0E 5P4ZA 4D8CA 4ZPEA 3SQFA 4Y5PA 5P1IA 1BWBA 1EBYA 2R43A 4U7QA 5COPA 5HE5A 3TOGA 2BPZA 1CPIA 2BPWA 1W5YA 5P55A 4RVXA 1ZBGA 3JVWA 5P0KA 1UPJA 5CLMA 1QBUA 3HLOA 3QIHA 1MT9A 3TH9A 2QD6A 5P59A 4Y3GA 5P40A 1K6TA 5P71A 4N00A 4L7HA 1LV1A 2AQUA 1AZ5A 5P1MA 5EZXA 3OQFA 4J1CA 3RVIA 2FNTA 4FM8A 4FCOA 1QBRA 4D83A 5P8JA 2PWCA 1HVRA 3SFCA 1ZPAA 2UXZA 1HEGE 2AVSA 3I8WA 1HIVA 5P41A 5HTZA 1NPAA 2QAKA 3VV6A 1FQ5A 1M4HA 3PBZA 4PEPA 5P3FA 7UPJA 3NLSA 1YT9A 1XE5A 3PEPA 4EP2A 1RPIA 5P1HA 5P1EA 1HSHA 3KYRA 3EL4A 3UDNA 5OZUA 4B70A 1HPOA 2AOCA 5P5BA 3PJ6A 5P10A 5P18A 5P8PA 5P7FA 4DVFA 2WF0A 4FM7A 2HPFA 1ZSFA 3UCBA 4OC6A 4Y56A 3K5GA 4QJ9A 5P7HA 1APUE 1JLDA 5P3HA 4DJPA 3QS1A 3PCZA 2HAHA 3DOXA 2ZJIA 4GJ8A 4XX4A 2PH6A 3URJA 5P4CA 5AH9A 3CMSA 4DQFA 5I3WA 5P5MA 2QI1A 1TZSA 4J0VA 3APPA 1MRWA 4B78A 1FFIC 4Y3AA 1TW7A 5P82A 1EBWA 2AOIA 2R5QA 4R8YA 5P7RA 4TVGA 5OZLA 4GJDA 1U8GA 3PVKA 5P3NA 1SGZA 3HAWA 2QP8A 5P2IA 3KDBA 5P1TA 4I8WA 3G70A 3OXWA 2BPYA 3SKGA 1GNOA 4FRJA 3UFLA 4TVHA 4Y4UA 2Q55A 5P6YA 3EKYA 2FS4A 5SY3A 5IVSA 2G1NA 4ZSPA 5OZRA 1IZIA 2PC0A 5P08A 3UQUA 4Y3HA 2V13A 2IGYA 4FRKA 3QI1A 5P00A 5HU0A 5P39A 2NMZA 2QI4A 5P5AA 3Q70A 3FSMA 1G0VA 4RYGA 2Z54A 5P53A 3L5DA 5OZ1A 5P3YA 3KN0A 4M8XA 1W5XA 4GJCA 3S56A 3OU4B 4K4PA 2VJ6A 4Y3QA 5P1CA 4AUCA 1EC3A 5P0OA 3IN4A 2Z4OA 3L59A 1ZTZA 3OQKA 5P0XA 4J1IA 1GVTA 4S1GA 4J17A 2G1OA 3UDJA 3GGUA 3NXNA 3S54A 1XS7D 2RKGA 3OOZA 4CPSA 3UQRA 5OZPA 5P0TA 3EM6A 2I4UA 4RZ1A 3BRAA 1LEEA 4FAFA 2IKUA 2G24A 1KJHA 3S43B 3OXVA 5P74A 2FDDA 1F34A 5P6SA 1B5FA 2FXEA 3SA4A 2Q54A 5DQCA 3TOHA 5P43A 5AH7A 3KDCA 3T7PA 4Y3EA 3ZKNA 4DH6A 4NJUA 5P0YA 5P7UA 2P3AA 1EPNE 5P86A 5P0VA 5DR3A 3JVYA 4U8WA 4DFGA 5P4QA 1RNEA 4FRIA 2I1AA 3BXRA 3EKWA 3R2FA 1LF4A 4YE3A 3NU4A 1MT8A 3EM3A 1K6CA 3GGAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P51 A;  5ISK A;  1EPR E;  2G22 A;  2JJI A;  1BVE A;  2ZJN A;  1HBV A;  2QD8 A;  3O9E A;  5P3D A;  2ANL A;  4J55 A;  3NDT A;  4IVS A;  5P4E A;  5P8S A;  1BIL A;  2V00 A;  4GB2 A;  5B18 A;  1DMP A;  3VCM A;  5P3U A;  1EED P;  3EKV A;  3QBF A;  2NMY A;  2ZHT A;  4OBJ A;  4B1E A;  3UQP A;  5P0L A;  2B60 A;  1W50 A;  3O99 A;  3VEU A;  1PFZ A;  1F7A A;  3DM6 A;  5PEP A;  5P1K A;  2BJU A;  5P4A A;  3FNS A;  3MXD A;  3CKR A;  5P6W A;  2O4L A;  2QI0 A;  5P2S A;  2ZHV A;  1D4J A;  2I0A A;  3LIT A;  3TPL A;  2A1E A;  5P0G A;  4H3I A;  4GJB A;  5P4U A;  1OHR A;  3GI0 A;  5OZ4 A;  5P5N A;  6UPJ A;  3ZPT A;  1T7I A;  1APW E;  4Y3M A;  5P5F A;  5P6D A;  4BEK A;  1T6G A;  5P1U A;  3PRS A;  5P2H A;  3DV1 A;  3QAA A;  5OYU A;  5P8O A;  4Z4X A;  2VIE A;  1HPS A;  5P79 A;  4DQG A;  1ENT E;  4R92 A;  1HTF A;  5P6P A;  3O9H A;  5P6I A;  4KE0 A;  2QZL A;  5DGW A;  1HTE A;  2IQG A;  5P84 A;  5COO A;  4DI2 A;  1EPP E;  5P5R A;  4Y4T A;  5I70 A;  3OUD A;  2P3B A;  4Z22 A;  3ZL7 A;  5P4V A;  3OU4 A;  2VA7 A;  4EQ0 A;  2R3T A;  1VIK A;  1YTH A;  4BEL A;  3UFN A;  5OZM A;  1BV9 A;  5P42 A;  4Q5M A;  1IDA A;  2AZB A;  1TSQ A;  5DR7 A;  1ZLF A;  1FMB A;  1SGU A;  4Y5N A;  3NSH A;  3VF5 A;  3BGC A;  5JFP A;  2Q15 A;  3S7L A;  4YOB A;  4I0Z A;  2BKS A;  5KOQ A;  5P0M A;  5P0N A;  3OGQ A;  3SAB A;  1FQ4 A;  3CID A;  5P5Y A;  1W5V A;  2ZJL A;  5OYX A;  1SP5 A;  3SKF A;  5HU1 A;  2EWY A;  3BC4 A;  1XE6 A;  4RVI A;  3FKT A;  2R9B A;  4FSE A;  3D20 A;  5P83 A;  4ZPF A;  1Q9P A;  5P56 A;  5P1X A;  3R4B A;  4ZSR A;  5P25 A;  4OBG A;  5UPJ A;  5P7K A;  4I1C A;  5P16 A;  5T4S A;  1HII A;  3VUC A;  3QP0 A;  5P1A A;  4L7G A;  4DJY A;  2B8L A;  4Y3X A;  4Y44 A;  2F3F A;  2VIY A;  3B7V A;  3S85 A;  2BBB A;  3FX5 A;  2ASI A;  3BVB A;  2HPE A;  3O9B A;  4Y4Z A;  2HM1 A;  4RVJ A;  5P34 A;  2IEO A;  5P5Z A;  3K4V C;  5P33 A;  5P6L A;  4F73 A;  2I4V A;  3KFP A;  4BFB A;  2B42 A;  3DJK A;  5P3A A;  5P5P A;  6FIV A;  5P38 A;  1ME6 A;  4MC2 A;  5P7N A;  5P2G A;  5P5S A;  4E43 A;  1IZE A;  5P1R A;  3BXS A;  5JOD A;  2QK5 A;  4DQE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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