4EXHA

The crystal structure of xmrv protease complexed with acetyl-pepstatin
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
EPPPEPRITLKVGGQPVTFLVDTGAQHSVLTQNPGPLSDKSAWVQGATGGKRYRWTTDRKVHLATGKVTHSFLHVPDCPYPLLGRDLLTKLKAQIHFEGSGAQVVGPMGQPLQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Putative gag-pro-pol polyprotein
publication title Inhibition of XMRV and HIV-1 proteases by pepstatin A and acetyl-pepstatin.
pubmed doi rcsb
source organism Dg-75 murine leukemia virus
total genus 20
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4exhA00
2QU2A 3FKTA 3PJ6A 2FS4A 2VNNA 1BWAA 5CLMA 4EXHA 5KOSA 1HEFE 5OZSA 3Q6YA 3ZLQA 2V16C 4FSLA 1C6ZA 2FDDA 1ENTE 3OU1A 3AUPA 5P52A 3RSXA 3TKWA 3BC4A 4Y3DA 5P1NA 5P1TA 1B6LA 4M8XA 5OZDA 1TW7A 5P87A 3FIVA 1K2BA 3PSGA 2O4PA 1AAQA 4L6BA 4FE6A 4TRZA 3NU9A 1Z1HA 3OU4A 3PI0A 2WF0A 3RSVA 4Y5KA 5P3IA 4HDFA 5P3LA 5P01A 4IVSA 4Y57A 5P1XA 5P02A 5P1CA 5P07A 5P34A 5P5HA 3KM4A 4Y3QA 1ZTZA 2JJIA 2JYSA 2BPXA 2HB3A 2FMBA 4L7JA 3ZKGA 1OEXA 2UPJA 3S45A 5P6TA 5P7VA 4D8CA 5DR3A 5P30A 1TSQA 3EXOA 3UCBA 1W5VA 3PWWA 5OZVA 5P35A 5OZOA 3UDRA 5P7KA 4YHQA 1RNEA 3O9GA 3URIA 3PMYA 5P4CA 3KFPA 3S54A 2QMDA 3OAGA 5P2DA 5P2RA 1Z1RA 2PWRA 4ZE6A 3QAAA 4Y50A 3OUCA 2QI7A 5P4HA 5OZKA 1FEJC 1ZPAA 2WF3A 5OYRA 2PK6A 4HDPA 5P7FA 5OZ0A 3RVIA 1JLDA 5P42A 1MIQA 2IEOA 5P6GA 4X7IA 3EKWA 3VEUA 5P8TA 4FSEA 3R2FA 5P36A 4D89A 1XN2A 3NUJA 5P5AA 5OZ9A 3O9IA 5P0WA 2WHHA 4DJVA 4I8WA 5P5QA 5P0CA 1MVPA 4Y35A 3QBFA 4PEPA 3GGUA 5P6RA 3IGBA 1QBRA 2QHYA 4DJXA 2B60A 2AOEA 1XDHA 3GGVA 5P8JA 4Y51A 4K4PA 5OZTA 3RU1A 2F80A 4EJKA 3IA9A 5ISKA 1SMEA 2Q15A 3NDXA 3OGPA 5P7TA 4MC1A 1SBGA 5AHCA 4EP3A 3OQDA 5I3VA 3SA8A 5P2NA 5P43A 2ZJMA 2Q3KA 3PWRA 2ZE1A 3UDHA 3UQRA 2CEMA 2RENA 4HA5A 3S43B 5P19A 1ZJ7A 5P7LA 4FAEA 4DJUA 3GI6A 5OYVA 5P2YA 4LL3A 2PK5A 4ER2E 5P1OA 5P20A 3A2OA 3IN3A 3UFLA 4Q1YA 3NXEA 4B78A 5P0MA 3DOXA 3MSJA 1QDMA 5P3AA 2B42A 3O9CA 4Z22A 1LEEA 1SDTA 2ZHRA 3HDKA 5P8HA 5P7YA 5C9DA 1TQFA 4MC6A 5KR2A 3VSWA 5E5JA 5OZ3A 3BGBA 3EL1A 4I0ZA 5P5BA 5IVTA 1NPAA 6APRE 2PH6A 3GI4A 5P62A 5P6OA 4YDGA 3PLDA 5ENKA 2QK5A 1ODYA 5P06A 5P0TA 1HTFA 2G27A 5P0QA 1FG6C 4Y37A 1E81E 4QJ9A 5KR0A 1HWRA 2BQVA 3OUBA 4DJYA 3KFRA 4Y3FA 4Y5CA 5P61A 5KQFA 4XKXA 3UDJA 4Y3JA 1AVFA 3RTMA 3NU4A 2J9KA 1QBSA 5P6WA 3UFNA 4CPQA 5P31A 5P11A 5I3WA 5P3SA 3WZ7A 2AZ8A 5IVRA 3CICA 5P5TA 1RPIA 2ER6E 3TPRA 5AH6A 2R5PA 3OQFA 2V00A 4HDBA 2QI1A 4Y3AA 5HTZA 5P2LA 4J17A 4GB2A 1A94A 2HM1A 1K6CA 2PSVA 3DJKA 3KFNA 1A8KA 5P22A 2AOIA 5HDVA 5P3QA 5P6XA 3TPLA 3KA2A 3KN0A 1TCWA 1EPQE 1GVVA 1IZHA 3QVCA 3EMYA 5DR0A 2ANLA 3BXRA 1IDBA 5P3HA 2QD7A 1EC0A 5P4YA 4Y4JA 5P82A 6FIVA 5APRE 5P3YA 3QRVA 1W51A 1B5FA 5FIVA 4DPIA 3LIYA 5P7SA 3EL5A 5P17A 2JJJA 2H6SA 3ZPSA 5P7XA 1UH9A 5P8VA 5P4AA 3ZL7A 3VF5A 4K4QA 3OXXA 2IGYA 4X2LA 2XFIA 1FKNA 5P75A 4ER4E 4FCOA 4J0PA 3SA9A 2IL2A 4NKKA 5OZPA 4H3GA 1AJVA 5P8OA 2O4NA 1KJHA 5P5RA 5P5SA 2QHZA 2PYNA 4L7GA 1K6PA 4RYGA 5OZFA 2IKUA 5P0EA 5C9BA 1YM2A 3QPJA 3TKGA 1W50A 5P3KA 3NU6A 4F73A 2QAKA 4B77A 1YG9A 3TOFA 4JPEA 4Y4BA 4A6CA 2EWYA 5P70A 1PPKE 3INEA 5P5DA 3F9QA 1DW6C 1HPOA 4CMSA 2XYEA 5P4EA 4Y47A 4L1AB 4YCKA 5P5CA 3LIQA 3MXEA 3DCKA 5P78A 3CYXA 4Y6MA 4Y4WA 5P63A 4J0ZA 1GKTA 5P5JA 1D4LA 3IVIA 4OBKA 5HD0A 3S2OA 4RZ1A 5P4XA 3IAWA 4Y58A 4Y3PA 4YE3A 3ZKNA 2AVOA 5P29A 4QJ8A 1B6KA 5P38A 4H3JA 3OUDA 1BIMA 5E5KA 1UH7A 1LF2A 3I6OA 1FQ7A 4I0JA 4YD4A 5OZ1A 4BFDA 4Z4XA 4FRSA 1B11A 3TPJA 2OAHA 1MTRA 3EL4A 4RRSA 1D4KA 3L58A 4NPTA 3VFBA 4I0GA 1XL2A 1BVEA 1FMUA 4FM8A 3OQAA 3LHGA 2HAHA 4KUPA 4I10A 4TRYA 1HTRB 1D4JA 2I4QA 5JFUA 4GJ6A 4PZXA 5P13A 3UF3A 2H6TA 5P74A 4ER1E 3G6ZA 5P2UA 5P7NA 4GMIA 5DR1A 3ZKIA 2G20A 5OYUA 3QRMA 3MWSA 5P0FA 2A4FA 3UTLA 3HLOA 3UDKA 2I4WA 5COKA 3VF3A 5OZ7A 2BJUA 3S8IA 2QNPA 5OZGA 3KMXA 1FMBA 1KJFA 3R0WA 5P1SA 1Z8CA 3O9LA 4QJ7A 5P59A 5P39A 8HVPA 5P0HA 5P6FA 3OXWA 1SP5A 3OU1B 3EM6A 3ZPTA 2Z4OA 1NSOA 2FGVA 5P7ZA 5P3JA 5P7OA 3OTSA 5P41A 2VKMA 3DK1A 4EQ0A 5P54A 5DQ2A 5COPA 5OYWA 4D88A 3KDCA 2I4UA 5OZUA 5P4WA 5P6MA 2VIYA 4BEKA 1CMSA 4EJLA 4AUCA 5P4KA 2G94A 1GVUA 4R93A 2I4DA 2QI3A 2AVQA 1J71A 4Y5GA 5SZ9A 4U7VA 1BDLA 1KZKA 3O99A 2FGUA 1ZLFA 1SMRA 4GJ8A 5P0UA 2OHMA 5P5ZA 4XX4A 4FGXA 1YTHA 1K1TA 5P79A 3L3AA 5P7EA 4N00A 2I1AA 5P45A 5P3EA 2BPWA 3NU5A 5P44A 4Y48A 5P3FA 3QP0A 2QCIA 4DFGA 4RCDA 2R8NA 3VCMA 5TOLA 1APWE 4FRIA 1TZSA 2P3CA 3BVAA 3OHFA 3OOTA 2Q55A 1LYWA 2AOGA 5P76A 3KT5A 1BAIA 5P3OA 3SQFA 1TCXA 5P04A 5P27A 5JODA 2A1EA 3UQPA 3Q4BA 4Y5AA 1HPSA 1GNNA 5AHBA 5AH7A 5P86A 5OZ4A 5P5NA 5P73A 5OZZA 1W5YA 3TOHA 5P0DA 3PGIA 2AVVA 5IVQA 5P5GA 3NWXA 5P09A 5P0NA 2FXEA 3EL0A 3OUAA 1W5WA 3SA7A 4Z2ZA 3NWQA 3URLA 5HE7A 4FM6A 4B70A 1HSIA 3OGQA 3QN8A 4I0IA 3BRAA 4ZPFA 1DMPA 1F7AA 5P0RA 4JECA 2WEAA 2UY0A 5P83A 3RTHA 4OD9A 4Y56A 1D4HA 2PC0A 2Q11A 1UH8A 2P8HA 4I0EA 1XS7D 3KYRA 2WEZA 2PSGA 4F76A 1FLHA 3OWNA 3QI1A 1HPXA 5P89A 4BELA 1EAGA 2AQUA 1FMXA 1G2KA 3QVIA 1FQ8A 3D91A 3H5BA 2OHUA 1D4YA 3PSUA 1LYBA 1LYAB 3VV6A 1GVTA 3G70A 3PCZA 1AM5A 3BVBA 5ISJA 5OYQA 3K4VC 4J0VA 5PEPA 1HVJA 5P3UA 3K4VA 1MEUA 1MT8A 3T7QA 1GNOA 1ZAPA 3EL9A 1APUE 5AGZA 5P1HA 4GIDA 1OD1A 3EKXA 5P5KA 3T3CA 3D1YA 4OC6A 2R43A 4YOAA 3HBOA 1M0BA 2HB2A 3FV3A 4Y3HA 3GI5A 3SO9A 5P8UA 2BBBA 5P3DA 3NU3A 4M8YA 3C9XA 1MRXA 2QMGA 4B72A 5P2TA 5OZMA 1YX9A 3LIZA 3PI5A 1FFIC 5P80A 1GVXA 4YA8A 3SA4A 2G26A 4CP7A 5P4LA 5P5VA 2ZGAA 4CPTA 5P8MA 3OOZA 5P03A 4H3FA 4I1CA 1QRPE 4AMTA 4L7HA 2AVSA 3EM3A 2NNPA 4PZWA 5KAOA 5OZEA 4YOBA 5P7IA 2VJ9A 3LITA 4JOOA 1PROA 5SY2A 5P25A 4EXGA 4JPCA 1WBMA 3UDYA 2OHPA 3S85A 3PWMA 5P1VA 4OBZA 3L5EA 2ZJLA 1RV7A 4A6BA 1ZBGA 1HHPA 4K8SA 4Y38A 5P0GA 3BUFA 4FS4A 2APRA 3WSJA 5P49A 4DQFA 2WJOA 5P7AA 3SPKA 2FNSA 1ZPKA 1W6HA 4OBGA 5IS4A 3BXSA 3K5CA 2VIEA 5P2WA 4Y5MA 1T6GA 3O9FA 1YM4A 2NMYA 2XFKA 3U6AA 5OZLA 5P6SA 3HVPA 1VIJA 1EPOE 2HB4A 1LS5A 3O9EA 2Z54A 1QBUA 1A8GA 4Y3EA 3OADB 1META 3CIDA 1ZP8A 2R38A 5DR4A 3IVHA 3PBDA 3SFCA 5P14A 5BWYA 3LIVA 5P7JA 2XFJA 4Y3TA 5P0BA 4DQHA 2RSPA 5P1DA 3S53A 4EHCA 5P46A 1GNMA 1HRNA 5P1WA 5P1KA 4ZEAA 3PMUA 3EKYA 3SKFA 3PLLA 4D85A 1YTIA 2VJ6A 4HLAA 5P1ZA 4J0TA 5CONA 5P5FA 4J1KA 4J55A 2ZHUA 5T4SA 4ZSQA 4MC9A 5P4IA 3S56A 1D4IA 5P8CA 4S1GA 1EBZA 2V10C 5DQ1A 3APRE 2FIVA 5OZ8A 4Y3RA 2OHSA 4DV9A 5P0SA 1WBKA 5P8AA 4H3IA 3VUCA 4DQCA 3NXNA 2AOFA 3ECGA 2F3FA 3VSXA 1EC2A 5P1RA 4DPFA 1EEDP 3DCRA 5P7BA 5OYYA 3T7PA 5P4ZA 5P72A 5P5OA 3OUDB 3OTYA 2BKSA 3VFAA 5P51A 2PMAA 5OYSA 4Y36A 2IDWA 2WEDA 1ZSRA 2R5QA 2IKOA 2AZCA 3D1ZA 4KB9A 4I0DA 2MIPA 4JP9A 5P3XA 3ZKXA 5F00A 3L38A 3SA6A 5P05A 3UDNA 5P60A 1HVRA 5HCTA 5P2KA 5P0ZA 3TLHA 5P8QA 5OZ6A 2FDPA 1W6IA 3UPJA 2QI4A 4RROA 5P1JA 5P1GA 3GGAA 5P33A 5OZBA 1NPVA 5P1YA 2CEJA 5P57A 3VYDA 5DGWA 5KQXA 1D4SA 5DQCA 4J1CA 3JVWA 1E82E 1G6LA 4MC2A 5OZYA 5P53A 3SLZA 1DAZC 2G1SA 5IE1A 1RL8A 3OQKA 4B0QA 3UDQA 2BPYA 4EPJA 1EPPE 3GGXA 3ZOVA 1HOSA 4J5JA 4ZSMA 3S43A 1EPME 2JXRA 4GJAA 1IBQA 4QJ6A 4ZPGA 4RCEA 2I0DA 4DQBA 4RVIA 4KE1A 5P4TA 5P7HA 3OY4A 1HVCA 5P68A 2QHCA 5F01A 3D3TA 2B8VA 3FNUA 5P0OA 5P23A 3T11A 4BFBA 4QLHA 2VNMA 5DR8A 4EJDA 1QS8A 2BPZA 2AODA 4AA8A 5UPJA 4Y4UA 5OZ2A 2HIZA 5P26A 1HIIA 4WY6A 3WB5A 5P00A 1KJ4A 5OZIA 5SXNA 2I4VA 1B6MA 2RMPA 3Q5HA 5P3NA 4ZLSA 5P67A 4OBHA 1W5XA 4APEA 4Y5BA 3L5FA 4Y5PA 3NYGA 3BUHA 3LPKA 3Q70A 4EYRA 1C6XA 1QBTA 4B1EA 4Y4AA 5OZWA 4XX3A 1C6YA 1XN3A 2P3BB 5P8DA 1M4HA 4Y4DA 2ZJJA 2P3AA 5P6BA 2WEBA 5P7WA 1SGZA 1BV9A 4ZIPA 2ZJNA 3EBZA 4J54A 3L5CA 4DQGA 4NPUA 1GVWA 5JFPA 1BWBA 3WB4A 4R5NA 1DPJA 4YDFA 3UQUA 2HPEA 4DJOA 4Y4XA 5P6QA 4Y5EA 5P3RA 2WF2A 2ER7E 2SAMA 1NH0A 1K2CA 4OD9B 4GZFA 4DJRA 5P7RA 2HPFA 3LZYA 1T7JA 5P81A 1F34A 1DIFA 2V11C 5P4PA 2OHRA 4CPRA 5P7PA 5HDXA 3TOGA 1PPLE 2B8LA 5P6EA 1T3RA 2G22A 1B6JA 1CZIE 1HPVA 3JW2A 5P28A 5P1BA 1LYBB 4E43A 1MT7A 5P4VA 3OU4B 5P5MA 1HVSA 3IXKA 1HSGA 3ZKSA 3OU3A 5HVPA 2J9JA 3PRSA 3ER5E 3D1XA 5P7UA 3INDA 3EKVA 4YD5A 3PEPA 4Y9WA 1HVHA 4CPSA 3HZCA 5P8LA 1ME6A 4Y3WA 2O4LA 1FQ6A 3CKRA 4GJ9A 5AH9A 3L5DA 5P0IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QU2 A;  3FKT A;  3PJ6 A;  2FS4 A;  2VNN A;  1BWA A;  5CLM A;  4EXH A;  5KOS A;  1HEF E;  5OZS A;  3Q6Y A;  3ZLQ A;  2V16 C;  4FSL A;  1C6Z A;  2FDD A;  1ENT E;  3OU1 A;  3AUP A;  5P52 A;  3RSX A;  3TKW A;  3BC4 A;  4Y3D A;  5P1N A;  5P1T A;  1B6L A;  4M8X A;  5OZD A;  1TW7 A;  5P87 A;  3FIV A;  1K2B A;  3PSG A;  2O4P A;  1AAQ A;  4L6B A;  4FE6 A;  4TRZ A;  3NU9 A;  1Z1H A;  3OU4 A;  3PI0 A;  2WF0 A;  3RSV A;  4Y5K A;  5P3I A;  4HDF A;  5P3L A;  5P01 A;  4IVS A;  4Y57 A;  5P1X A;  5P02 A;  5P1C A;  5P07 A;  5P34 A;  5P5H A;  3KM4 A;  4Y3Q A;  1ZTZ A;  2JJI A;  2JYS A;  2BPX A;  2HB3 A;  2FMB A;  4L7J A;  3ZKG A;  1OEX A;  2UPJ A;  3S45 A;  5P6T A;  5P7V A;  4D8C A;  5DR3 A;  5P30 A;  1TSQ A;  3EXO A;  3UCB A;  1W5V A;  3PWW A;  5OZV A;  5P35 A;  5OZO A;  3UDR A;  5P7K A;  4YHQ A;  1RNE A;  3O9G A;  3URI A;  3PMY A;  5P4C A;  3KFP A;  3S54 A;  2QMD A;  3OAG A;  5P2D A;  5P2R A;  1Z1R A;  2PWR A;  4ZE6 A;  3QAA A;  4Y50 A;  3OUC A;  2QI7 A;  5P4H A;  5OZK A;  1FEJ C;  1ZPA A;  2WF3 A;  5OYR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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