3INDA

Bace1 with the aminohydantoin compound 29
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
389
structure length
370
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of 5,5'-disubstituted aminohydantoins as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 370
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3indA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3indA02
2IKUA 4CPXA 4YDGA 1U8GA 2ZJIA 5DR1A 3EL5A 3NU3A 3HAUA 3GI6A 4GIDA 4U8WA 5P1EA 3PI0A 1ZPAA 1HTFA 2ZHVA 5P7JA 2XFKA 5P7BA 1HOSA 5P6FA 3BXRA 1PFZA 2V16C 5I3XA 3UF3A 3HVPA 2ZGAA 4F75A 4YHQA 5IE1A 4Y5CA 3SA7A 2FGVA 5OYSA 3UDRA 3CYXA 4OC6B 5P2GA 3D91A 4Y3LA 2QMDA 5P06A 5P4XA 4AZYA 4FL8A 1W50A 5DQCA 1B5FA 3EKTA 1TW7A 2OHKA 3FNUA 3L59A 2HB4A 4NJUA 4AUCA 5KOQA 5P7QA 5P2BA 4I8ZA 1GNNA 5P84A 2ASIA 5P1WA 2QHYA 5P7ZA 5E5KA 4H3JA 5P1VA 2IEOA 3LPIA 2WKZA 3UHLA 5P2HA 1APWE 4B0QA 1W5VA 5P0HA 4RVJA 1HSHA 2WEBA 1GNOA 3OU4A 5OZ8A 1UH8A 1D4SA 5P71A 1APUE 1DMPA 1MTBA 5DGWA 4FM8A 5CONA 3OOTA 2CEJA 1MVPA 5OZGA 4CPWA 5KQYA 3D1ZA 5OZLA 1K1UA 1W5XA 1IIQA 1CZIE 4GJDA 4Y4EA 3EKVA 4TRYA 4J0TA 5IVQA 1K6TA 2WEDA 3TKWA 1DP5A 1LYBA 4F74A 1YT9A 1HTRB 2P8HA 3JVYA 5P2YA 2QD6A 4Q1WA 2BPZA 1NH0A 5BRYA 2VS2A 5P07A 4YD3A 5P88A 4YE3A 3BXSA 4LC7A 2J9KA 4QJ8A 1FQ7A 4DJPA 4Q1XA 3UDMA 5P03A 5JODA 5P6QA 5P6CA 4FE6A 5P6ZA 3TPJA 5KR0A 1QBTA 1SGUA 2V0ZC 5P33A 3TOHA 1HWRA 4Y5NA 3L5CA 1TSUA 5P0GA 1MTRA 4J0PA 3LPKA 2AOHA 4WTUA 3EC0A 5OYQA 1ER8E 3QPJA 3TPLA 2WEAA 4NPUA 2R9BA 4XXSA 5IVRA 3LPJA 1NPVA 3QBHA 5P66A 5AH9A 3ZKMA 3OQKA 1NPAA 2QI5A 5P5CA 5P1FA 4Y4JA 1GVVA 2V10C 4U7VA 4L7HA 1BV7A 3I6OA 3RSVA 3VV6A 1B6PA 5P26A 2NMYA 3QROA 1BIMA 2G1SA 2IGXA 1GVTA 3NXNA 3ZLQA 5P5SA 2XFIA 1W5YA 2Q63A 5P2WA 1FKNA 1T3RA 1Z1HA 4HE9A 4DI2A 1G2KA 3QRSA 1HTEA 2BPWA 5P30A 3EKXA 3VFBA 5P6WA 3UDPA 4RGHA 5P2CA 1SDVA 1SP5A 3CYWA 1HVKA 2FDPA 1FFIC 3SKFA 3BGBA 2QI1A 1HPXA 1KJFA 5P40A 4Y38A 2IGYA 2R8NA 3HAWA 5OZYA 1EPME 5P3EA 2AOCA 3ZL7A 4Y3EA 2APRA 5OZNA 2G21A 3OU4B 4Y4ZA 5P68A 5P3ZA 3HDKA 3URLA 5I3YA 3UDKA 1OD1A 5AHBA 5P4KA 4R5NA 4ZSMA 3IN3A 3ZPTA 2B7ZA 5HDVA 2PC0A 5P0PA 3UPJA 3KDCA 2G1RA 3K5FA 4KE0A 3QI1A 1BV9A 1T7IA 4I1CA 3EBZA 3OXCA 3U71A 1LYBB 4FAFA 5P4WA 5FIVA 3OGPA 1HHPA 4OD9A 1ODWA 2BBBA 2O4NA 3T11A 4Q5MA 1VIKA 5P49A 4GMIA 5JFPA 2O4KA 4FRJA 2WECA 1PSAA 5P12A 4LXMA 3CKPA 5P41A 3GGUA 5JG1A 3VLAA 3TPRA 3LIZA 4DQGA 3LIYA 5P52A 3OU1A 5KR1A 1B6JA 1BXOA 4ZEAA 5P7VA 3PLLA 5P4FA 3AIDA 3DCRA 2P3CA 4Y5LA 4E43A 5OZIA 4Y56A 5OZRA 3PCZA 1MT7A 4FRIA 5P44A 5OYWA 4FM7A 4BEKA 2JXRA 4D85A 1EPRE 2ZDZA 2J9JA 3NU5A 5CLMA 5P0TA 5P2NA 4Y58A 1K1TA 2NNKA 5P5QA 2QP8A 5P02A 1J71A 1TQFA 5P11A 1SBGA 3EXOA 2OHSA 2G22A 4FLGA 4NPTA 4GJCA 5I3VA 1HPVA 1W51A 4DUSA 4FS4A 5OZ5A 5OZ9A 2PMAA 3DCKA 5P4JA 2NMZA 2RKGA 4WY6A 2AVMA 1LZQA 1EPLE 1IDBA 5BWYA 3I25A 4MC6A 3EKWA 5P3XA 4RRSA 2IENA 2OHMA 5PEPA 3TNEA 3WZ8A 4K4PA 2IQGA 1SIVA 2UY0A 3O9DA 1MEUA 1GKTA 5SZ9A 3VG1A 4L6BA 5P73A 5DR4A 5P4EA 3TLHA 5P32A 5OZZA 3UCBA 3OY4A 1KJ7A 3QVIA 5P2ZA 2G1NA 5OZEA 2VJ6A 5P46A 3T7QA 3S43A 3ER3E 4PZWA 3BVAA 2B7FA 5P72A 5P23A 5P37A 5P7OA 3PRSA 4EJDA 1RV7A 5P6OA 2SAMA 4EP2A 5P4YA 4H3GA 4YBIA 1PPME 3NWXA 3UDQA 5P00A 3QAAA 3QS1A 3DOXA 3QBFA 5OZ6A 5P7DA 4FRSA 2FS4A 3PHVA 5P3SA 5P7UA 5P1NA 2WF1A 4Y35A 1K6VA 4D83A 3FNSA 2A4FA 4ACUA 2ZHSA 3NU6A 4D8CA 3S7LA 5P0EA 5P1QA 5OZFA 1ME6A 5APRE 4OC6A 4GJBA 3VF7A 1SIPA 5P8BA 1B11A 2I4DA 1T7JA 4DJOA 4MC2A 2AQUA 1LF2A 4YD5A 2WF0A 4YOBA 3S56A 5P5VA 5P6HA 4K8SA 4PHVA 3S8IA 3LIQA 1MUIA 4QJ2A 1SMEA 4K4QA 4S1GA 1HRNA 1FQXA 3VLBA 5P5AA 1IBQA 5P6DA 5P6LA 2Z54A 2QNPA 2JE4A 3NDUA 4DQFA 3OGQA 1D4JA 2F8GA 3OK9A 2FNTA 3G72A 1FQ8A 3LHGA 5P8QA 3B7VA 5P3DA 2IL2A 2QI0A 1T6GA 5P81A 5F01A 5P6TA 3SA8A 5OYUA 5AH7A 4JOOA 4Y4AA 4FAEA 1ZLFA 5DR8A 2PSGA 2NTRA 3OWNA 1MT9A 3PI5A 3OUCA 4Y5GA 5P39A 5OZDA 5P79A 3MWSA 5P0FA 1HEFE 2AOEA 1EBKC 4Y4XA 4FRKA 2ZHTA 4Y44A 5P8FA 1HXBA 5P1GA 2FLEA 3D1XA 5HE5A 2F3EA 5P7YA 5OZ3A 3UDYA 5P8LA 3G70A 4APRE 4R8YA 5DQ4A 4ZLSA 1HIIA 4FGXA 4EQJA 5P0UA 3TH9A 3LIXA 3INFA 1E82E 2XFJA 3OOZA 2VIZA 3B80A 4DQHA 4Y3DA 1DAZC 3VV7A 4BFBA 3L5BA 4Q1NA 1PROA 5P4LA 5P3GA 3Q4BA 4CPUA 3MSJA 5P8PA 3KMXA 5P2KA 1W6HA 1FMXA 5P6RA 5C9FA 5KQFA 1HVHA 3S43B 4DJYA 4DJRA 2FDEA 1SMRA 2O4PA 2BB9A 5P7XA 3JW2A 5P3CA 3L38A 4KUPA 3KMYA 3DM6A 3UQRA 4RCFA 2AOJA 2VJ7A 1YM4A 5P54A 2IDWA 5P13A 1BWAA 5OZ1A 4K4RA 5OZTA 5P8KA 5P5JA 1XS7D 2ZJHA 1XL5A 4L7JA 1EBZA 4ER2E 1META 2FDDA 1MRXA 4ZIPA 2B8VA 5P35A 4J1HA 1BDLA 5B18A 5P4VA 1EPNE 4RYCA 1IZIA 3EL9A 4J17A 3EM3A 4I8WA 2QD8A 2OHTA 3IGBA 4B72A 3URIA 4Y53A 2QU3A 1D4YA 3KFRA 3DV5A 3IXKA 1OEXA 3VF5A 3I8WA 5P2FA 5HTZA 3KN0A 4I10A 3T7XA 2VA5A 2ZHUA 5P4AA 2FXDA 4Y4WA 4CPRA 3GI0A 1W5WA 3NYGA 2AZ9A 1B6KA 4Y51A 2VA7A 2QNQA 4Y3TA 3CMSA 1YG9A 3L5FA 2H6TA 4H3FA 4GYEA 4YD6A 1LV1A 3SM1A 1ZSFA 4LHHA 5OZBA 4B1EA 1AM5A 3GGVA 5P4CA 2Z4OA 5P57A 2I1AA 5P15A 2QCIA 5P18A 3OTYA 4N00A 1PPLE 5P77A 4IVTA 5HCTA 2OHNA 5P2SA 4KE1A 3ER5E 1GNMA 3UFLA 2IS0A 5AGZA 5P2EA 2ANLA 3GGAA 4RYGA 1GVXA 4IVSA 5P50A 5DQ1A 1A9MA 1RPIA 4Y39A 1FEJC 2PWCA 1EBWA 4I0EA 2H6SA 2OHRA 3LNKA 2UPJA 7UPJA 5P7AA 2VNNA 3NDXA 5P0QA 4A4QA 2P3BB 3D1YA 5P7IA 3NR6A 2P3DA 4Y3RA 5OYVA 3AUPA 1NPWA 4OBZB 5OZHA 3TKGA 2ZJMA 5JFUA 5P4HA 4ER4E 4AMTA 5P74A 3VSWA 5P5HA 9HVPA 4Y5EA 4Y3PA 4ZSPA 5P43A 3CIBA 4HA5A 2MIPA 3IN4A 1AAQA 5COOA 2Q3KA 3OXVA 1RNEA 3INHA 1EAGA 5OZSA 4I12A 1ODXA 3SA9A 2AIDA 5P59A 1EC2A 3OUDB 4J1EA 3O9IA 2QHCA 5P2IA 2PYNA 3BRAA 5P1KA 1PSOE 1W6IA 4Y3QA 1IZDA 5P5WA 2JJJA 5HDUA 1ZAPA 5OZ0A 1ZJ7A 2QMPA 5AHCA 3SA5A 1IZEA 5P0CA 3CIDA 5P70A 5ENMA 3TTPA 4ZPFA 4QJ7A 4APEA 5OZ7A 5OZAA 2CENA 1QS8A 5SY3A 5OZUA 5P36A 5P69A 5P7LA 1C6ZA 4AA8A 1KJGA 4OBFA 3BUGA 3OHFA 5EZXA 5F00A 5P5IA 4J0ZA 4EYRA 5P6MA 2F3FA 3L5DA 3FX5A 5HCOA 1LYWA 1N49A 4FM6A 1E81E 1KJHA 3K1WA 2AZBA 4QLHA 1LF4A 1LS5A 4DJWA 1YTHA 3RU1A 4QJ9A 4Y5AA 5P1SA 3DV1A 4NJSA 1HSGA 3LIVA 4D88A 4Y4TA 5HE4A 3DK1A 1EC1A 5P3NA 5P7SA 4L7GA 5J25A 2ZHRA 4QJ6A 2RENA 4GJ9A 3QP0A 5P8HA 1HVLA 5KQZA 2V11C 5P1YA 1F7AA 4Y5MA 5P24A 1LYAA 4CPSA 1ZTZA 5P5RA 4Y3ZA 4X7IA 1E5OE 8HVPA 5P6EA 3BUHA 1MIQA 4Y36A 1AXAA 1G6LA 5P1HA 5P4BA 4I0IA 4Y45A 3OQDA 1HXWA 3GW5A 3ST5A 5P5TA 1BDRA 5AH8A 1SH9A 1MRWA 2AOFA 3QIHA 4PZXA 2UXZA 3FSMA 4TVGA 3VUCA 3ZMGA 1APVE 2NR6A 3TOGA 5P60A 2ZYEA 3A2OA 1B6LA 1D4KA 3PJ6A 1HPSA 2AOGA 1QRPE 5OYXA 3SFCA 4Y50A 3EM6A 2I4UA 2FIVA 4DQBA 4I0JA 2NNPA 3K5GA 2WL0A 3U7SA 1BWBA 4HDFA 3LZVA 3UDNA 5P38A 3R0WA 3ZKQA 1FF0C 5P0VA 4D89A 5P85A 3Q6YA 4R93A 5IVTA 4Y5KA 2G27A 3NDTA 1A30A 2CEMA 5P7TA 5T4SA 1HEGE 4Y5BA 2PSVA 3LZSA 1T7KA 2OHLA 5P55A 5P4DA 3NDWA 2B8LA 2AOIA 1KJ4A 1DPJA 2G1OA 2QMFA 3D20A 3EL4A 4LBTA 5P2JA 5OZQA 4Y3XA 5P3QA 1PPKE 4DH6A 1TSQA 1K6PA 4FCOA 5P4IA 3OADA 2BQVA 5OYZA 4LP9A 5P0XA 1HPOA 4ZPGA 5P7MA 5P1ZA 2NPHA 5P62A 4ZE6A 4RLDA 5OZ2A 2FNSA 5HVPA 3FKTA 5P4NA 2PQZA 5P1CA 3O9HA 3WZ6A 2OHUA 3WSJA 4PPHA 2OHQA 2R5PA 4HDBA 5P67A 3IVIA 3I2LA 5P0ZA 3SACA 1EC3A 4OBHA 4RROA 1LYWB 3SA6A 4HVPA 1EBYA 3OQ7A 5P65A 3O9CA 4B78A 1HBVA 2I0DA 4B70A 5P7EA 4I0ZA 4Y3JA 2AVQA 3OUBA 2O4LA 4GJ5A 2R3WA 4DPIA 4EHCA 4YCYA 4YA8A 2HPEA 3VEUA 5P1OA 1EPOE 2P4JA 1ZBGA 2Q5KA 4Y3WA 2ZE1A 3EM4A 1QBRA 5P1MA 1XN3A 4Y3HA 3VYEA 3TOFA 4QJAA 2RSPA 2PSUA 4Y41A 3VV8A 2NXMA 2ER9E 4ZSQA 4B77A 4ACXA 1LYAB 1ZSRA 1FG8C 2QK5A 1F34A 3S2OA 3SKGA 3IXJA 2G20A 2HB3A 1C70A 4HDPA 4Z22A 1K6CA 5P0BA 3O9LA 4L1AB 2HC0A 1HVSA 4B05A 5P7RA 1XE6A 5P63A 1QBSA 4I0FA 4JPCA 5OZPA 4TVHA 3BGCA 2I4VA 5P8IA 5P4GA 2PH8A 1A94A 3UDHA 1SDTA 5P5ZA 2V00A 4DV9A 3ZKGA 5P3YA 4JPEA 3OXXA 5P8DA 2F81A 3RTNA 2ER7E 3ZKXA 1MESA 3H0BA 5P87A 4LXAA 1AJVA 4NJVA 5P04A 3K5DA 5OZOA 5P47A 3N4LA 4PEPA 5P64A 3ZPUA 5P8GA 2PK5A 2ZJNA 3NU4A 5P5GA 3PWWA 3PMUA 5P2RA 1HIHA 1CPIA 5P4TA 1ENTE 3OHHA 2AZ8A 5P8SA 1AVFA 2OHPA 3WB5A 4J0VA 5P42A 3APRE 2QZKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IKU A;  4CPX A;  4YDG A;  1U8G A;  2ZJI A;  5DR1 A;  3EL5 A;  3NU3 A;  3HAU A;  3GI6 A;  4GID A;  4U8W A;  5P1E A;  3PI0 A;  1ZPA A;  1HTF A;  2ZHV A;  5P7J A;  2XFK A;  5P7B A;  1HOS A;  5P6F A;  3BXR A;  1PFZ A;  2V16 C;  5I3X A;  3UF3 A;  3HVP A;  2ZGA A;  4F75 A;  4YHQ A;  5IE1 A;  4Y5C A;  3SA7 A;  2FGV A;  5OYS A;  3UDR A;  3CYX A;  4OC6 B;  5P2G A;  3D91 A;  4Y3L A;  2QMD A;  5P06 A;  5P4X A;  4AZY A;  4FL8 A;  1W50 A;  5DQC A;  1B5F A;  3EKT A;  1TW7 A;  2OHK A;  3FNU A;  3L59 A;  2HB4 A;  4NJU A;  4AUC A;  5KOQ A;  5P7Q A;  5P2B A;  4I8Z A;  1GNN A;  5P84 A;  2ASI A;  5P1W A;  2QHY A;  5P7Z A;  5E5K A;  4H3J A;  5P1V A;  2IEO A;  3LPI A;  2WKZ A;  3UHL A;  5P2H A;  1APW E;  4B0Q A;  1W5V A;  5P0H A;  4RVJ A;  1HSH A;  2WEB A;  1GNO A;  3OU4 A;  5OZ8 A;  1UH8 A;  1D4S A;  5P71 A;  1APU E;  1DMP A;  1MTB A;  5DGW A;  4FM8 A;  5CON A;  3OOT A;  2CEJ A;  1MVP A;  5OZG A;  4CPW A;  5KQY A;  3D1Z A;  5OZL A;  1K1U A;  1W5X A;  1IIQ A;  1CZI E;  4GJD A;  4Y4E A;  3EKV A;  4TRY A;  4J0T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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