1GVWA

Endothiapepsin complex with pd-130,328
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
publication title Five Atomic Resolution Structures of Endothiapepsin Inhibitor Complexes: Implications for the Aspartic Proteinase Mechanism
pubmed doi rcsb
total genus 86
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2002-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gvwA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gvwA01
2ER6E 3AUPA 2Q15A 5P24A 4HDFA 5P19A 4I8ZA 5P6MA 3IXKA 4Y3RA 5P0RA 2QK5A 5P29A 1Q9PA 4KUPA 1APUE 4FS4A 1AM5A 2QP8A 5P6LA 2FDPA 4ZEAA 5P0WA 2B7FA 2PYNA 1MTRA 5P82A 3EL5A 4J0VA 5P2JA 4Y5KA 5HVPA 5TOLA 5IVQA 2XFKA 4EJ8A 5P6TA 1ZPKA 5P2HA 4ZPEA 1ZAPA 1AAQA 5P4YA 3QBFA 5IVTA 4Y4TA 5KQZA 3OQ7A 5OYRA 1FKNA 5P8LA 5P74A 4J54A 3NUJA 2FXEA 3LPJA 5P00A 5P4RA 4YA8A 3VUCA 1FLHA 2BPZA 1WBKA 1K2CA 2FLEA 3GI5A 2BKTA 3PRSA 3VG1A 3S7MA 4HVPA 3QROA 5P85A 3BXSA 3NXEA 4DQHA 1XN2A 3QPJA 2AODA 1W5YA 4JPEA 2J9KA 3D1ZA 3L3AA 5P0TA 1ZPAA 2QZLA 3RVIA 3DM6A 4Q5MA 5P47A 2QHYA 1D4YA 1YG9A 5P3BA 5P8OA 2CEMA 4Y5MA 5P0YA 5OYYA 3S43A 5P3LA 1IVQA 1BDLA 2PYMA 4Y3PA 5AHBA 5P8BA 3UQPA 5P58A 1UH8A 5P7GA 4GZFA 4Y41A 4Y3EA 5ENMA 1XDHA 1HIIA 4ER4E 1W50A 5P7LA 2FMBA 5OYWA 5P6BA 4QJ9A 3UTLA 3HBOA 4FM6A 2IGYA 2AVSA 3FSMA 5P4SA 5I3XA 5P33A 2AZBA 2BPVA 2QU3A 5P7TA 3HZCA 3ZKSA 5OZGA 3INFA 2G1RA 3VLBA 3K4VA 1IDAA 3FX5A 5BRYA 5P4TA 3A2OA 4EP3A 5P0HA 5P6KA 2WF0A 5IVSA 3LIZA 3K5CA 2ZGAA 3SM1A 1KJ7A 5P4LA 2AVOA 2WEZA 3UQRA 2AOHA 3O9DA 3LIQA 3NU9A 3OUBA 4L1AB 2AOEA 4F75A 4EXGA 1KJFA 5P0NA 1A8GA 5FIVA 4FE6A 3VF3A 4J1FA 4QJ6A 4M8XA 4CPXA 5P4PA 1PSOE 4RRSA 5P5RA 3VV6A 3IXJA 1HHPA 1E80E 4Y35A 5I3WA 3EKQA 3KM4A 3OU4A 4B1EA 1KJGA 2Q3KA 2WEAA 1SP5A 1YTGA 5P3HA 2G22A 5P6AA 3LZUA 5P8FA 4WY6A 3SACA 4HLAA 4Y4JA 5P5ZA 1IZHA 1W6IA 1RNEA 5P15A 5P7HA 1ZJ7A 5P5YA 2I1AA 3QIHA 3GI4A 2HC0A 3HLOA 3KFNA 5P46A 1XN3A 5JODA 5SZ9A 1EAGA 3FIVA 3QVCA 5P8UA 3VCMA 2RMPA 2BPWA 4LC7A 3GGUA 4J0YA 1A94A 1IZDA 2P3CA 5P1LA 4X2LA 4IVSA 1HVLA 2O40A 1APTE 2BQVA 2ZHTA 5P2YA 3UFNA 3VYDA 3N3IA 1HSIA 2VNMA 5OZ6A 4DQCA 4KB9A 4OBZA 4I0EA 2PQZA 3AIDA 1SDTA 4EJLA 3OADA 5OZHA 3G70A 1MSMA 4J0TA 5OZUA 4Y4GA 5P3JA 1MT7A 2G1YA 4D83A 2AOIA 5P6OA 2ZJIA 5OZCA 1G35A 4H3GA 5HDXA 2HIZA 5P4HA 4Z50A 5P8SA 2HB4A 5ISKA 1GKTA 5P2QA 1HIHA 3FNTA 1YX9A 3GGAA 1FEJC 2NPHA 5P3YA 3BHEA 5P6SA 2R38A 3DCKA 1LF4A 4J1HA 5OYQA 5P7OA 4YCTA 4TVHA 2QZWA 1C6YA 3I8WA 4XX3A 2ZJNA 3INDA 4U7QA 1K6VA 5P7SA 4DQGA 1B6MA 4DVFA 1EBYA 3SA3A 4GJCA 5P7YA 4ZSRA 5OZRA 5P3XA 1YTJA 2NMZA 1GNNA 2FS4A 5P4XA 3PWRA 5JFUA 1MEUA 3INHA 1LYAB 1MSNA 5P03A 4TRYA 3PJ6A 3L59A 3RU1A 1CZIE 5P2VA 5P6GA 5P2IA 1BDRA 5OZFA 3O99A 1FG8C 4QJ7A 4R95A 2PSVA 4DV9A 1IVPA 2MIPA 4CPSA 2WF3A 1ER8E 2ZHRA 4I0DA 4Y4AA 1HIVA 5IE1A 1U8GA 2QI1A 2JE4A 4B1CA 1EPLE 4CPTA 4OD9B 3URIA 2ER7E 3DUYA 3RSXA 3PSYA 5OZZA 4ZLSA 1DMPA 2ANLA 5P7PA 5P8JA 3IN4A 1K1UA 5DPZA 2G21A 1ZTZA 5P3UA 5P1GA 4Q1YA 1EC1A 2Z54A 3UHLA 1APWE 5P36A 3PWMA 3PMYA 4A6CA 3PCWA 5P17A 2J9JA 5OZ5A 2OHLA 5P72A 4EP2A 1SH9A 2B7ZA 5P1EA 3TTPA 2PSGA 5P5NA 2R9BA 4NJSA 5EZZA 5P12A 4JPCA 3LITA 3PSGA 3MSJA 5P7KA 3OXWA 3KDDA 1ZSFA 4OC6B 4HA5A 2WF1A 5SXNA 5P0PA 3SO9A 3WSJA 2V11C 2G24A 3NU6A 4FM7A 3RSVA 5P3ZA 3CIBA 1T6EX 4ZIPA 5KOSA 2P3BB 1MPPA 4RVJA 3KFSA 1PSNA 2FGVA 3LHGA 4Y3AA 5P0SA 4ZPFA 3O9HA 4J1CA 3SKGA 5P73A 5P62A 4RLDA 3OOZA 4Y4XA 5P20A 3VEUA 4XKXA 1N49A 3IAWA 4M8YA 1M4HA 4K9HA 5P3FA 2F3KA 4EJDA 5P7JA 3UQUA 5T4SA 2V10C 4MC9A 2BB9A 3NUOA 4EYRA 1ODWA 1FMUA 4CMSA 1MTBA 4NJVA 1RPIA 1HXWA 4HEGA 4OBDA 5HE4A 4ACXA 3Q4BA 2F3FA 2BPYA 5P0LA 5P3VA 3O9CA 4Y3WA 5PEPA 3PBDA 5P35A 3UQWA 3IVIA 3QRMA 2B8VA 2OHUA 4TRWA 5HE5A 1MT9A 4YD7A 3EM6A 2V16C 3APPA 4LP9A 5OZLA 5P86A 5P6UA 4KE0A 1YTHA 3OU1B 5P2XA 5P25A 5P5PA 3L5EA 5P3EA 2OHQA 1SIPA 2NXMA 4J1KA 4HDBA 4I0ZA 2QMGA 2Q55A 4DQEA 1B11A 1HVCA 2QMPA 3NXNA 5P8TA 4ZPGA 4Q1NA 1QBUA 2HS1A 3NDXA 5P5JA 3OTSA 3D3TA 5P5DA 4RCFA 1BWBA 4AMTA 3QI1A 3BUFA 2PWCA 5DQCA 5HE7A 4Z2ZA 3TKGA 5P1KA 2PH6A 3TOGA 3ZKXA 2OHMA 3D91A 1MIQA 1Z8CA 3ZOVA 2WEDA 1AJXA 4Y3QA 5P45A 3O9LA 5P50A 3PM4A 3Q6YA 3BXRA 4EJKA 4Y43A 3BGBA 3S54A 5P7AA 3U7SA 1B6KA 1TW7A 1XL2A 3I2LA 5P53A 1NPAA 1D4IA 4DJVA 3DV5A 5P1WA 1F7AA 5I3VA 5P6HA 3R0WA 1ODYA 5P2SA 2PSUA 2AOJA 2AZ8A 3EM3A 5P60A 3OHFA 4YBIA 4S1GA 5CONA 3BVBA 4H3FA 4B00A 3BUHA 3L5FA 4GIDA 5DQ1A 3S56A 2F80A 2IKOA 4Y3DA 3T6IA 4Y39A 1T7JA 4EQJA 2QCIA 5P14A 3EMYA 4PEPA 5OZYA 1HVKA 1QS8A 1MT8A 2NNKA 5P7FA 3UDJA 2OHRA 1GVUA 2WF4A 3PLDA 3F9QA 3URLA 5C9FA 5P6DA 4Y50A 2NTRA 5OYUA 3LPIA 2ZHUA 1ME6A 4YDGA 4RGHA 1K2BA 2G94A 5P6YA 5AGZA 1ZBGA 1MERA 4DJXA 1VIJA 1PPKE 5OYZA 2RKFA 4NJTA 5P6WA 4L6BA 3BUGA 4K4PA 4FSLA 4FRKA 1HTRB 2ER9E 3LZVA 1ODXA 3WZ8A 2VJ6A 3ZPSA 4Y44A 3NLSA 1FQ6A 3NU4A 3UCBA 5P5TA 5OZ1A 4QJ8A 4A4QA 3LZSA 1QDMA 4NPUA 4QJ2A 2A4FA 3Q5HA 5P8KA 4MC6A 5P1FA 5P7IA 3RTNA 3KDCA 1BILA 3VF7A 2FGUA 4EXHA 4JECA 3MSLA 4GYEA 3ZKGA 5P4KA 4ZSMA 5P63A 5P6PA 4BFDA 1LYWB 4DH6A 5I70A 3VF5A 5P1AA 5P1ZA 5P1DA 5P5AA 2RSPA 1D4HA 4LHHA 1HPOA 2AIDA 4OBFA 3LIYA 3OGPA 5P1BA 4Y4ZA 3RTHA 2FXDA 4GJBA 1GNMA 3O9FA 3BGCA 2FDEA 5P0JA 5P2FA 2IL2A 7UPJA 5OZ4A 3KN0A 2IQGA 1JLDA 3CKTA 5P4JA 2P8HA 3NWQA 5J25A 5P6RA 4GJ5A 4L7GA 3R0YA 1FFIC 5P2LA 1FQXA 1EC3A 5P5GA 3JW2A 3DK1A 5P5OA 3O9BA 4Y45A 4HZTA 2ZJJA 1HVSA 3JVWA 3VLAA 4DJQA 5C9BA 1CMSA 3K1WA 4I12A 4MC1A 3IA9A 4D89A 4FRIA 1HVJA 5P4EA 3MSKA 2I4VA 2P4JA 1B5FB 4Y5EA 4K4QA 2O4LA 1K6CA 3MWSA 1OD1A 5P8DA 2I4WA 1EPOE 4YCKA 5OZKA 3NR6A 4B0QA 5P4MA 1SGZA 4LBTA 2AOCA 4K8SA 2VIJA 3OUAA 5P2NA 5P3KA 4CPWA 3ZKNA 3I25A 5P8RA 2Q11A 3MXEA 2IENA 4Y4WA 2VIZA 2OHNA 5P2DA 3OXXA 5P55A 4L1AA 3M9FA 5P8AA 5I3YA 5OZVA 5OZXA 5P38A 5AHCA 3EL1A 3BC4A 1SBGA 3APRE 4DJYA 3KDBA 2NXLA 5UPJA 5P39A 5P3NA 1A8KA 3EL0A 4IVTA 5P8PA 4Y5GA 5P5FA 2V0ZC 5E5KA 4Y5AA 4UPJA 1K6TA 5P5MA 2NR6A 5OZTA 2R5QA 3LPKA 5AH6A 5OZ0A 3FKTA 3URJA 5P32A 4YD5A 3NDTA 3UDQA 5P2UA 1D4LA 2RENA 3IXOA 5P56A 1T7KA 1BDQA 3EBZA 1QBRA 6UPJA 5P0CA 3HVPA 3CMSA 3OQAA 1BVGA 3OAGB 2G26A 2QI4A 3NDUA 5KR2A 4Y54A 3INEA 5P4IA 5P57A 2XYEA 5P0OA 1BV9A 5P1SA 5OZSA 5KR0A 5KR8A 2CENA 4EHCA 4AZYA 5COOA 5DGUA 5OZAA 5DR4A 4R92A 4H3JA 5P70A 3HAWA 3TNEA 3UDMA 2BKSA 4ZSQA 4DFGA 3SA8A 1EBKC 2R8NA 1AVFA 3NU5A 2JXRA 4RYGA 5P02A 2SAMA 3G72A 1HEFE 5P65A 4Y4EA 3K5FA 1PFZA 5P64A 5KQXA 5P2MA 4Y5CA 4QGIA 4GB2A 5JFPA 5P3SA 3PBZA 3TPLA 4HDPA 2AOFA 4J0PA 2ZJMA 5P0VA 3SABA 1AIDA 1LF3A 1LYBB 3LZYA 4GMIA 1AXAA 5P3TA 1AJVA 4D88A 5P2GA 4ER2E 5DR1A 3EM4A 4TRZA 1NSOA 5P7MA 3QP0A 3OQFA 5KQFA 4FRJA 4H1EA 3MXDA 2NMYA 2I4UA 5P2ZA 5P1RA 5P0QA 1EBZA 5P1UA 3H5BA 1TCWA 2XFJA 3U6AA 3TPJA 1ZLFA 5EZXA 5P30A 4GJ6A 5P1NA 1LZQA 2UY0A 4YHQA 4Y3FA 2H6TA 3HVGA 2Q5KA 4RVIA 3D20A 3WZ7A 3BRAA 4Y57A 3UPJA 4Y3TA 4NJUA 5P5WA 5KOQA 5P28A 4PHVA 1APVE 1LYAA 1IZIA 5P37A 1FQ5A 5P4AA 4DJUA 4I11A 4DPFA 5P16A 2VA7A 2ZJLA 3PSUA 5P2KA 2ASIA 3VYFA 3O9IA 4F74A 2O4KA 1MRXA 2BBBA 2G1SA 1NPVA 5OYSA 3UDYA 4B77A 5P6XA 2QHZA 2PH8A 5F00A 1SDVA 3OQDA 2OHKA 4OD9A 5P3RA 3ZKMA 5HCTA 5P08A 1SMRA 5OZOA 1M0BA 1WKRA 1PPLE 4APRE 3L5DA 2QNPA 2G1OA 2QNNA 1ENTE 1SMEA 1GVVA 5P6ZA 5OYXA 3BVAA 5P8NA 4Y3HA 4CPUA 2QI7A 2BJUA 4WTUA 3T11A 5P06A 4DJRA 5P6IA 3UFLA 5P0GA 1DP5A 5P4UA 2PMAA 5P6CA 4LL3A 1EC2A 4FSEA 4DUSA 4JP9A 5P3DA 2V12C 5AH8A 5OYVA 5HU0A 3KFRA 3O9AA 5P01A 3OUDB 3HD8A 4RRNA 4Y36A 5ER2E 3QS1A 1SDUA 1HPXA 5P31A 3FNSA 3WB5A 5P7UA 2HPEA 5P7RA 4OC6A 1YM4A 1HVRA 3GI0A 5P5EA 3ZKQA 1OEXA 2R3WA 3GGVA 5P7QA 5P8QA 5P27A 4I0FA 3OXVA 4L7HA 2VA6A 3HDKA 3K5DA 2P3BA 2B42A 2XFIA 4I0IA 5P7NA 7HVPA 5ER1E 2HM1A 4I10A 2R3TA 1Z1RA 5P49A 4PZXA 3ZLQA 5P3WA 4J1EA 2VS2A 3PI0A 5P59A 5P26A 2HAHA 2VIYA 4R5NA 2BPXA 4Y3YA 3I6OA 2B8LA 4GJDA 5P8GA 3C9XA 1D4SA 3K4VC 5P6JA 3QAAA 4ACUA 5P2RA 5P7ZA 3ZPTA 4OBHA 4YE3A 4B05A 1MUIA 3R4BA 5P3AA 4Y4UA 5SY2A 5HDZA 1GVXA 5DQ4A 3KT5A 5P69A 1SIVA 4FAEA 3H0BA 1HTGA 4XXSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ER6 E;  3AUP A;  2Q15 A;  5P24 A;  4HDF A;  5P19 A;  4I8Z A;  5P6M A;  3IXK A;  4Y3R A;  5P0R A;  2QK5 A;  5P29 A;  1Q9P A;  4KUP A;  1APU E;  4FS4 A;  1AM5 A;  2QP8 A;  5P6L A;  2FDP A;  4ZEA A;  5P0W A;  2B7F A;  2PYN A;  1MTR A;  5P82 A;  3EL5 A;  4J0V A;  5P2J A;  4Y5K A;  5HVP A;  5TOL A;  5IVQ A;  2XFK A;  4EJ8 A;  5P6T A;  1ZPK A;  5P2H A;  4ZPE A;  1ZAP A;  1AAQ A;  5P4Y A;  3QBF A;  5IVT A;  4Y4T A;  5KQZ A;  3OQ7 A;  5OYR A;  1FKN A;  5P8L A;  5P74 A;  4J54 A;  3NUJ A;  2FXE A;  3LPJ A;  5P00 A;  5P4R A;  4YA8 A;  3VUC A;  1FLH A;  2BPZ A;  1WBK A;  1K2C A;  2FLE A;  3GI5 A;  2BKT A;  3PRS A;  3VG1 A;  3S7M A;  4HVP A;  3QRO A;  5P85 A;  3BXS A;  3NXE A;  4DQH A;  1XN2 A;  3QPJ A;  2AOD A;  1W5Y A;  4JPE A;  2J9K A;  3D1Z A;  3L3A A;  5P0T A;  1ZPA A;  2QZL A;  3RVI A;  3DM6 A;  4Q5M A;  5P47 A;  2QHY A;  1D4Y A;  1YG9 A;  5P3B A;  5P8O A;  2CEM A;  4Y5M A;  5P0Y A;  5OYY A;  3S43 A;  5P3L A;  1IVQ A;  1BDL A;  2PYM A;  4Y3P A;  5AHB A;  5P8B A;  3UQP A;  5P58 A;  1UH8 A;  5P7G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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