1HWRA

Molecular recognition of cyclic urea hiv protease inhibitors
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Molecular recognition of cyclic urea HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hwrA00
4Q1WA 4RCFA 4FS4A 2VJ7A 1KJGA 3OTSA 3CYXA 4YD7A 3LZVA 4YD4A 4GMIA 1EC3A 1HVCA 5HTZA 3PWWA 2B8LA 4KB9A 5COOA 4R93A 1BVEA 3ZPSA 1KJ4A 3CKRA 5P62A 3SM2A 1EC2A 5C9BA 2QMGA 5P5WA 5P2TA 2WEZA 5P3MA 8HVPA 3HZCA 5OZ3A 4PPHA 5DQ1A 3PWRA 1SBGA 3D1YA 3R0YA 2QNNA 1QDMA 1DMPA 1HIIA 4LXMA 3MSKA 3LNKA 2V13A 3MSJA 3PSGA 2QZXA 4PZXA 2ER6E 2OHUA 3URIA 5HDUA 3EL9A 3PI0A 3LIZA 5P59A 1BVGA 5DGUA 1OEXA 3OADA 1CPIA 4D83A 5P20A 5P0DA 4EWOA 4PEPA 5P28A 4EQJA 4DQCA 5KR8A 4R92A 1A8GA 3SA6A 4FGXA 2AOFA 5P89A 2AVQA 3GI0A 5P8RA 2A1EA 1LYBB 1HIHA 5P03A 4MC9A 1AJXA 1TCWA 5P12A 4I10A 1YTIA 3G72A 4Y39A 5P31A 4R5NA 1EC1A 5P0CA 2BPVA 3F9QA 4ER4E 4NKKA 1FMUA 1QBUA 3S45A 2OHTA 5P7LA 3Q6YA 5P6CA 1DP5A 4R91A 4EPJA 3VFAA 5P0WA 5P6LA 2QK5A 1RNEA 1DAZC 4RCDA 2FNSA 3NU9A 5P29A 4CPQA 5P0JA 1BIMA 2I0DA 4B72A 4OBGA 5HE7A 1T7KA 3EKTA 5SY3A 4A6BA 2V0ZC 2QD8A 3GGAA 5P6RA 1UH8A 2NXLA 3INDA 2VNMA 5P8MA 5P2WA 5OZKA 5P22A 3L5DA 3OOZA 3PRSA 2QU2A 4QJ6A 5P7CA 5P2CA 3LINA 1MT7A 3OUDB 3NR6A 4RVIA 1ODXA 1XS7D 3NU3A 2QP8A 1MIQA 4PYVA 5P3ZA 5SXNA 2ZJKA 2Z4OA 3UDRA 2QI5A 1LF2A 4FM7A 4Y56A 1LEEA 5P1SA 3EXOA 3T3CA 3JW2A 5IVSA 3VSXA 5P39A 5P2NA 1D4LA 2QMFA 5P1OA 1UPJA 5AH6A 5OZWA 3VLAA 4OC6A 3TKWA 3K4VC 1NPWA 2V11C 2AOJA 4LC7A 7UPJA 3VSWA 2IQGA 5P3WA 3OHHA 4BELA 3G70A 1DPJA 4CPTA 4D88A 1HOSA 2JYSA 1E81E 5P5MA 2I4WA 1B6PA 4FAFA 2ZJJA 5P8UA 4AA9A 5P2HA 2Q64A 1FQXA 1HPXA 4K4RA 5P05A 5P7ZA 3N3IA 3NU6A 1T7JA 3NWQA 3ZPUA 5OZUA 2J9KA 3R2FA 1KJFA 2QNPA 3UCBA 1D4KA 1KJHA 5P1BA 2HM1A 4DI2A 4ZLSA 4J55A 2FXEA 1FEJC 2VIYA 1W6HA 5APRE 3BVBA 5P02A 3DV1A 1HXBA 3ZOVA 4Y45A 4Y5KA 5P32A 4FSLA 4EJDA 2UY0A 1XE6A 9HVPA 2QZLA 3PCWA 4ZEAA 5P79A 5P8FA 3EKWA 2ZE1A 1QS8A 3NWXA 4B1DA 1FG6C 2PSUA 1HEFE 1HWRA 1UH9A 4L1AB 3O9CA 5P8EA 1MSMA 1QRPE 5P8OA 2QMPA 4L7JA 5P5RA 1C70A 3PBZA 4Y4EA 3OXVA 2OHMA 5P4NA 3GI4A 3K5FA 4M8YA 5P0YA 5P5FA 1TSQA 2B7ZA 5OZJA 5OZ9A 3VF7A 2APRA 3NSHA 5P4OA 1HPVA 2QI4A 4DJRA 1T3RA 5P0MA 5P5XA 4MC2A 5P6FA 1EEDP 5P23A 3QI1A 2G1YA 4Y5LA 4J5JA 3RSXA 5C9DA 1ENTE 2ER0E 1TSUA 2IKOA 5P5UA 1RQ9A 2AOGA 4GJDA 5P8HA 4Z50A 4H3JA 4ZSRA 5P2GA 5DR0A 3TLHA 2V12C 4FAEA 4QJ9A 4Y47A 5OZAA 5P8PA 4DQHA 4ER2E 3O9AA 5AH9A 3PMYA 3OTYA 1FQ8A 3TPPA 3NUOA 5P0TA 3SLZA 5DR7A 3OQDA 5KR1A 2J9JA 5KQYA 1ZBGA 5P7TA 4Y3ZA 4Y3JA 2FGVA 1WKRA 1W5WA 2QZWA 5P2OA 3GGVA 4FRSA 5OZ1A 4HEGA 2IGXA 1E82E 5OZVA 1SGUA 1IZIA 5P1XA 5P6QA 5P42A 4OBKA 2IGYA 3VF3A 5TOLA 5AH8A 4K4PA 3NLSA 1ZSRA 5P0AA 3QBHA 3FX5A 4U8WA 2B7FA 5P5HA 2CENA 5I3YA 3PGIA 4Y4AA 2G1SA 5P3UA 3NU4A 4R8YA 1SIPA 2IL2A 3PLLA 1FFIC 5P1UA 1GKTA 2ZYEA 5P50A 5P4SA 5DQCA 2IENA 1EPLE 3RU1A 3IGBA 1FKNA 4CPRA 4YCTA 5P3LA 3SA8A 3O9BA 5P3JA 3OQKA 5P5BA 1T6GA 2IDWA 2QAKA 5HE5A 2RENA 3SA9A 5OZGA 3NXNA 5P2IA 5OZ8A 4OD9A 5DR1A 1DIFA 1K6PA 5DQ5A 4YD6A 1RL8A 5P2FA 3OOTA 3U6AA 4ZPFA 5OYRA 3DCKA 2G24A 4Y6MA 5OZBA 4DUSA 4ZSMA 5P7IA 4YOAA 5P5JA 5P49A 1PPLE 5P3OA 2AVVA 1FB7A 3S43B 5OZ5A 4Y4GA 4J0ZA 3I6OA 1EBKC 1BBSA 4Y5EA 5P1NA 2AOIA 1K2BA 5OZOA 2Q54A 5P3RA 3ZLQA 4AZYA 2G22A 5P4EA 3OGPA 1SDVA 1W5YA 3OU1A 5P0UA 5OYTA 5P7OA 1META 1MVPA 3SKFA 3OUAA 4K4QA 4Y51A 1A8KA 5P4RA 5P6YA 5P6EA 1MESA 4NJTA 2HPFA 3S2OA 2HS2A 5P5PA 5P07A 5P0OA 4EJ8A 4HZTA 2FXDA 2WEAA 1U8GA 1FQ7A 5P5IA 2PYMA 1AAQA 2QMDA 1BXOA 4YA8A 4DQBA 1M43A 3HAUA 1MSNA 3UQUA 2NNKA 5B18A 4APEA 5OYSA 2B60A 5P77A 5P43A 5P6GA 1HEGE 3DJKA 3B7VA 4LHHA 5BRYA 4ZIPA 2BPYA 2OHQA 5P09A 2VA6A 5ER1E 3GI5A 1FGCC 2SAMA 5P3TA 3SQFA 3LZUA 5P0IA 5P4PA 1SP5A 5J25A 5P24A 4FL8A 4I0JA 5P0XA 1F34A 3UDHA 2FMBA 5OYZA 3EC0A 3L5BA 3NDUA 5KOQA 3ST5A 4WY6A 4Y5PA 4BFDA 1T6EX 2VNNA 3VV7A 5P10A 5CLMA 2BB9A 5P27A 4I0IA 5P5DA 1Z1HA 4M8XA 5HCTA 3EKYA 3QPJA 4ACXA 4B1EA 4NJVA 2XFKA 4R95A 4OBZA 1W51A 4YD5A 2HAHA 5P78A 1EAGA 1EPNE 4QJ7A 4TVGA 3HVGA 3B80A 5OZNA 3OWNA 4XXSA 3EKVA 2UPJA 3TTPA 5IVTA 2F3FA 2IRZA 5P7KA 5AHCA 3Q70A 2RMPA 2B42A 1B5FB 1ZPKA 4Q1NA 4Y5AA 4YOBA 5P4YA 4Y5MA 1IDBA 1LYAA 5P13A 5DQ4A 5HVPA 3KDDA 5DR3A 5P6ZA 5P46A 3NDWA 4EP2A 1RPIA 5P75A 2G69A 1K2CA 3IXOA 4I11A 2ZHSA 4Y38A 4FLGA 4Y4XA 5P5CA 5KOSA 2V10C 4Z4XA 2H6TA 1GVTA 3T6IA 4RZ1A 3FSMA 5P15A 2VA7A 5P2JA 3OAGA 1BDRA 2XFIA 4JPEA 4QJ8A 5OZSA 5P3AA 4GJ9A 3ER5E 1FQ4A 3QVCA 5OYQA 4I8ZA 3VV6A 4F73A 1G6LA 4B00A 3UDMA 2HC0A 5P0KA 4Y58A 5P4KA 4HA5A 3SA5A 5P63A 1BDQA 3BRAA 1XN2A 3VG1A 4Z22A 3PM4A 1HPOA 1CMSA 2Q11A 3URJA 1D4YA 4Y3HA 1W50A 3UDYA 4KUPA 4GJBA 1LZQA 4XX3A 3ZL7A 5E5JA 3TOHA 2QD6A 2XYEA 2OHPA 1AVFA 5P4HA 3WZ7A 2AOHA 1XN3A 5P5GA 3IVHA 4JPCA 5JG1A 1UH7A 1PPME 1BDLA 4NJUA 5P48A 4B78A 1M0BA 3MWSA 2P3BA 4OC6B 4J0VA 1A94A 5P2RA 4LL3A 2A4FA 4ZPGA 2XYFA 3C9XA 4CP7A 3IN3A 5OZHA 5P5TA 3FNTA 1FF0C 1FG8C 5OZTA 1NPVA 5P53A 5AHBA 5ER2E 3LZSA 5P1CA 2F8GA 1G35A 2B8VA 5P7WA 1AXAA 3OHFA 5P8QA 5DR8A 3NYGA 2RKFA 5COKA 1G2KA 3D91A 4OBHA 5P4QA 3JVYA 3NXEA 4Y5CA 5P1YA 2P4JA 2WF4A 4ZSQA 2WJOA 5OZ7A 5OZ4A 5P11A 5P8JA 3OUBA 3INFA 5P7UA 3ZPTA 5P7FA 4XKXA 3QROA 4J54A 5P85A 5P8KA 3T7QA 5P57A 2R3TA 3PCZA 1HVLA 4S1GA 5P66A 3LPKA 3UDQA 4HVPA 3PBDA 2MIPA 2OHLA 3INEA 2G26A 2I4DA 4DJYA 2AZBA 4B70A 4TRYA 1BAIA 1TQFA 3T7XA 4LP9A 5P6UA 5P72A 4DJPA 1BILA 2ZHTA 4I12A 1GVXA 2O4SA 5P1GA 3ZMGA 3MXEA 4Q5MA 3WSJA 5P1DA 5P7GA 2NMYA 1Q9PA 5P6OA 2QD7A 3NUJA 1LF4A 5P14A 5P83A 3UQPA 1XL2A 3BVAA 4WTUA 3LIVA 4GJ7A 2P3CA 2NMZA 5P4VA 4CPWA 3I8WA 3KT5A 4DH6A 1LV1A 5OZQA 1FMBA 5OZ6A 1QBRA 3K5CA 4GJCA 2HIZA 2P3AA 3OGQA 2QHYA 2WF0A 3TPLA 4DV9A 4ZE6A 3OQAA 2WF3A 2FS4A 2VIEA 4H3FA 5P88A 1FQ6A 4CMSA 2WHHA 4MC1A 1LYBA 3LIYA 3QBFA 4HE9A 5DPZA 2P8HA 3TOGA 4Y48A 3H0BA 5P6KA 5P55A 5P2MA 4B77A 5IVRA 4FRKA 4LBTA 5P3XA 3LZYA 3EKXA 4B0QA 5P2VA 5KQXA 5P69A 3EL5A 1AM5A 2PSGA 2AODA 5P56A 2WKZA 4Y3TA 5P17A 5AGZA 1HTRB 3UQWA 5P44A 5ENKA 5P4IA 1EPME 3VUCA 2ZJHA 3SFCA 3FV3A 5P0BA 3SM1A 1Z8CA 3OY4A 1YG9A 3NU5A 3O9HA 5P1JA 5P1IA 3RTNA 4EJLA 1C6YA 1TCXA 5P81A 4B1CA 3PSUA 3O9GA 1HSGA 5P7RA 2NXMA 5P70A 5P5LA 1APVE 3UQXA 3OUDA 5P1EA 1SH9A 6FIVA 3APPA 1OD1A 5P35A 3ZKQA 3CYWA 1G0VA 4I0EA 5P0PA 2OHNA 1PSOE 1OHRA 4Y4ZA 4LXAA 2RKGA 3I2LA 5P2XA 5P2AA 5P6BA 3KT2A 3TH9A 4FRIA 5IVQA 1AJVA 2ZHUA 5P7EA 5I70A 5P18A 5P7DA 4Y3NA 2FDDA 3S7LA 1DW6C 1GVUA 3U71A 3K1WA 2F3KA 5P1WA 5P8VA 2VA5A 3IVIA 5P4AA 3ZKGA 3WZ6A 4DJXA 4Y57A 2WEDA 2EWYA 5P08A 4J1KA 5P3SA 5P74A 3S85A 1MTBA 5P6HA 5P5KA 4IVTA 1HVSA 3ECGA 3VV8A 5P3VA 5IE1A 2HS1A 4B05A 2PC0A 5P5SA 3ZKXA 1T7IA 3UFLA 5SY2A 5P30A 3VF5A 5HU1A 3VYDA 5P25A 2I4XA 3OXCA 1MRWA 2CEMA 5P40A 5KR0A 3FNUA 4KE0A 5P8IA 2ER9E 3CKTA 5OZCA 4J1CA 1W5XA 2Q55A 5F01A 3SO9A 3QN8A 3M9FA 5P4ZA 4EP3A 4F74A 5P3EA 2NPHA 2F3EA 4EXHA 3BUFA 4DVFA 5EZXA 2IEOA 3EL0A 4HDPA 1M4HA 5P3QA 2QI0A 4L1AA 5OYUA 5P06A 4YCKA 2QHCA 4H1EA 4DQFA 4F76A 4FIVA 1F7AA 1D4IA 1EBWA 4GZFA 2NNPA 3MXDA 4CPSA 3QVIA 2G94A 3KFSA 5P33A 4KE1A 5P8TA 3SA3A 1IZDA 2QNQA 3HVPA 4NPTA 1YT9A 5P7HA 4F75A 3D20A 4Y3PA 5P2UA 3K4VA 3OU4B 5P26A 3UDPA 1ODYA 5P1ZA 5P7BA 5P7AA 4Q1XA 1PFZA 5OZPA 5P6JA 1PSAA 4I0GA 2FGUA 2QHZA 3OQ7A 2ZJMA 1PPKE 3L59A 3O9LA 5P8SA 2Q5KA 5P1MA 3TPRA 2AZCA 3URLA 3BUHA 5OZMA 5P5AA 5P3FA 5P1FA 2JJJA 3DUYA 3BC4A 2ZHVA 1HVJA 4Y5GA 5P38A 1MTRA 3VCMA 4LXKA 4GJ6A 2JJIA 4Y3MA 2PWRA 4NPUA 2IKUA 1HTFA 4PZWA 3K5DA 3ZKMA 2FNTA 1K6VA 1A9MA 5P4XA 1PSNA 3DV5A 4RYGA 5P5QA 2I4QA 2O4NA 1GVVA 5P0GA 2PYNA 3O9IA 3RVIA 4EXGA 5DQ2A 4J0PA 1YTGA 2Q63A 5P54A 6UPJA 4AMTA 2BQVA 3DOXA 2VKMA 2I1AA 3JVWA 4ZSPA 2OAHA 1XDHA 2BPZA 3A2OA 2P83A 2IS0A 4A4QA 3NDTA 5P65A 3R4BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q1W A;  4RCF A;  4FS4 A;  2VJ7 A;  1KJG A;  3OTS A;  3CYX A;  4YD7 A;  3LZV A;  4YD4 A;  4GMI A;  1EC3 A;  1HVC A;  5HTZ A;  3PWW A;  2B8L A;  4KB9 A;  5COO A;  4R93 A;  1BVE A;  3ZPS A;  1KJ4 A;  3CKR A;  5P62 A;  3SM2 A;  1EC2 A;  5C9B A;  2QMG A;  5P5W A;  5P2T A;  2WEZ A;  5P3M A;  8HVP A;  3HZC A;  5OZ3 A;  4PPH A;  5DQ1 A;  3PWR A;  1SBG A;  3D1Y A;  3R0Y A;  2QNN A;  1QDM A;  1DMP A;  1HII A;  4LXM A;  3MSK A;  3LNK A;  2V13 A;  3MSJ A;  3PSG A;  2QZX A;  4PZX A;  2ER6 E;  2OHU A;  3URI A;  5HDU A;  3EL9 A;  3PI0 A;  3LIZ A;  5P59 A;  1BVG A;  5DGU A;  1OEX A;  3OAD A;  1CPI A;  4D83 A;  5P20 A;  5P0D A;  4EWO A;  4PEP A;  5P28 A;  4EQJ A;  4DQC A;  5KR8 A;  4R92 A;  1A8G A;  3SA6 A;  4FGX A;  2AOF A;  5P89 A;  2AVQ A;  3GI0 A;  5P8R A;  2A1E A;  1LYB B;  1HIH A;  5P03 A;  4MC9 A;  1AJX A;  1TCW A;  5P12 A;  4I10 A;  1YTI A;  3G72 A;  4Y39 A;  5P31 A;  4R5N A;  1EC1 A;  5P0C A;  2BPV A;  3F9Q A;  4ER4 E;  4NKK A;  1FMU A;  1QBU A;  3S45 A;  2OHT A;  5P7L A;  3Q6Y A;  5P6C A;  1DP5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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