5F00A

Crystal structure of bace-1 in complex with 5-[3-[(3-chloro-8-quinolyl)amino]phenyl]-5-methyl-2,6-dihydro-1,4-oxazin-3-amine
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
390
structure length
371
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title A Real-World Perspective on Molecular Design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 371
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5f00A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5f00A02
2RKFA 2WEAA 3PLLA 1HVSA 5OYYA 3N3IA 2FLEA 3WZ7A 3KMXA 4Y56A 4K4PA 3TPJA 3DOXA 2QP8A 3OGPA 1FIVA 1HIIA 4JP9A 2QZKA 2ZJJA 4DJUA 3G6ZA 5OZIA 4FSLA 4DJRA 2A1EA 2G22A 3IN4A 2QMDA 3BXRA 4Y9WA 5P4YA 2IENA 4U7QA 4J0TA 3VCMA 4MC1A 5P3EA 4Y3SA 4Y4WA 5P5NA 2ANLA 2HB2A 4APRE 5KQZA 1KZKA 5HDXA 5OZXA 5P6BA 5P7GA 5P6TA 5E5KA 5P5EA 1SIVA 5DQCA 4OD9B 1HPXA 5P75A 4F75A 5P0TA 3EKVA 3SFCA 4EJ8A 1BVEA 2B42A 5P84A 5P2GA 1T7KA 3LPKA 1C6ZA 5P3WA 5OZJA 5OZAA 5P71A 4B72A 4OD9A 4EXHA 3ZKXA 3INFA 4Q1XA 3DV1A 5P61A 3EXOA 4B1CA 1K6TA 5P7PA 5OZBA 5P01A 2OHUA 5P14A 4QJ8A 4DQEA 1A9MA 2QNPA 3K1WA 4CPSA 5P13A 1BXOA 1SDTA 2O4LA 3KDBA 5P2TA 3K5DA 4GJBA 1MT8A 4Y5GA 1APWE 5P1KA 4YD7A 5P53A 4RCEA 3QVIA 5P5GA 1EAGA 5P2EA 3CIDA 5P7BA 4R8YA 4X2LA 4R92A 5P1GA 2PH6A 3HLOA 3D20A 4J0ZA 5I3VA 5P2WA 5P3PA 4Y58A 4FM6A 2RMPA 2B7ZA 5P0CA 1J71A 2AOHA 2WEDA 5OZ3A 5P67A 4BFBA 2OHQA 2V16C 5EZZA 4DJWA 3EKXA 5SZ9A 2BPXA 3OXXA 3NUJA 4L1AA 3GI6A 2PYNA 1C6XA 4B05A 5P4LA 2QHYA 3PWRA 2PC0A 5DR4A 5P5TA 5P12A 1IIQA 3G70A 3O9AA 2BQVA 4QJ9A 3OQ7A 3AUPA 5P3UA 3LZVA 5P1BA 2J9KA 2G1NA 3IN3A 4QGIA 5P4TA 1T6EX 4LBTA 4H3GA 5P1FA 4GB2A 5EZXA 5P3VA 2PK5A 2O4KA 1OD1A 5P4WA 1B6LA 2QZWA 5P0LA 3UQXA 4DFGA 2HIZA 3G72A 2R3WA 2SAMA 1APTE 5JFPA 1DAZC 3VF3A 2Q64A 4K9HA 1K1TA 5KR1A 2Q3KA 4YOBA 3UDJA 2R8NA 6APRE 3VFBA 3OXCA 5JODA 4PHVA 3EL4A 5P8UA 5P89A 4Y5MA 1LF3A 1ZAPA 5P60A 3HVGA 5P18A 1HXWA 3OU3A 5P3JA 1EPQE 5P8VA 4OBZB 1EC2A 4Y3NA 4ZPGA 5P4XA 3UF3A 2A4FA 3KM4A 3EM3A 4GJ8A 3SA7A 5OZWA 5IVSA 4B0QA 1SDUA 2H6SA 5ER2E 5DR7A 3TOGA 3QPJA 5DR0A 3EL5A 2QI6A 1XN2A 2UXZA 5DGUA 1G0VA 5P0ZA 2AOCA 3NXEA 4Z22A 3Q4BA 5P35A 3OUDB 4I0JA 5P7IA 4LP9A 3OAGB 3T7XA 5P51A 2NR6A 3VSXA 5OZ7A 1BIMA 4Y5NA 1FQ6A 4RRNA 2O40A 2Z4OA 4LAPA 2OHRA 4Y4EA 2P8HA 5P76A 2QD7A 3PGIA 5P2AA 2V11C 4CPUA 3NU3A 4R5NA 3EL0A 1XE5A 5HVPA 3OAGA 5AH8A 1ME6A 1YX9A 4N00A 5P7VA 2IRZA 4KUPA 3TNEA 4J1FA 4D89A 3I8WA 3GGVA 5JFUA 1D4KA 1EC0A 1FKNA 1EPME 1W6IA 5P0EA 5P55A 3N4LA 4I11A 3SM2A 5P40A 4DI2A 5P3MA 4Y38A 3PWMA 2ASIA 3KT2A 3QIHA 4Y43A 3S7LA 3PCZA 1GNMA 2ZHUA 3C9XA 5P5QA 3UHLA 5P70A 3VV6A 5HTZA 5P03A 3I7EA 1K2CA 3VEUA 4JOOA 2QNQA 1W51A 2AZBA 3K4VC 2OHSA 3NWXA 4ZPEA 5P0JA 4DJQA 2FNSA 3UFLA 2BPWA 3PMUA 5P6GA 1SGZA 4J5JA 1YTGA 2AOIA 2ER0E 3BGCA 4FSEA 3U71A 1DPJA 5P0BA 1SMEA 2ZJHA 5DQ2A 5P6DA 1DIFA 2APRA 1B6MA 2IKUA 1HSHA 1ZP8A 5DGWA 2VIJA 3LINA 5P8TA 2UPJA 4DJPA 5P7RA 1FEJC 3OY4A 2IL2A 4KE1A 4Y54A 1META 5P32A 3WB5A 1PSOE 4RGHA 4FAEA 5IVQA 4NJVA 4YD3A 5P2OA 2V10C 5HE5A 4GZFA 5P4PA 4J1IA 5P1UA 5P3GA 5P36A 2F80A 1XN3A 2FNTA 1GVVA 5P6FA 4RZ1A 1AJVA 3DCKA 4LXKA 2HB4A 5I3WA 3PB5A 1Z1HA 4FRJA 3VV8A 5P66A 1D4LA 5P06A 4WY6A 1HVJA 5P38A 3SAAA 3ZPUA 2HAHA 5OZZA 5ER1E 5P7FA 5P28A 5AH7A 5P3ZA 4DQHA 3NUOA 2BKSA 1PFZA 4MC2A 2F8GA 2CENA 5AHCA 5P02A 1D4SA 3KFPA 3S7MA 4ZPFA 4AA8A 5P2DA 5P6VA 4GJDA 5E5JA 3CKPA 4ER2E 3NU5A 4YD5A 1EPPE 5P88A 5AHBA 1PPKE 3VF7A 3FKTA 2FXEA 4RYCA 5P0YA 1FB7A 2VA6A 3UTLA 5P3YA 1A94A 3ER3E 3TPRA 2G1YA 1W5XA 1A8KA 4YDFA 5P1SA 5P15A 2O4SA 3PSGA 5KR0A 3OWNA 4OBFA 4Y4GA 2WF3A 5P0HA 5P1JA 2R3TA 3O9GA 3IXKA 4HLAA 5DR3A 5P6IA 2AVVA 3UQUA 2QHCA 5OZ5A 2AVMA 4Y36A 3NU4A 3Q5HA 3LIVA 4I0HA 5P0XA 5P05A 4YE3A 1HVCA 5P4GA 4EPJA 5P7KA 1GVWA 3MSKA 5P3NA 3URLA 3KA2A 2WL0A 3S53A 5OZ9A 5IS4A 4TRZA 4HE9A 5P47A 3O9IA 3NXNA 1MERA 5P1HA 4WY1A 2WECA 3NR6A 5P16A 3PSYA 2FS4A 5P3TA 1MRXA 3EKPA 5P10A 4ACXA 1QDMA 3I6OA 1LV1A 1FQ8A 1BV9A 3PI0A 1SH9A 5P4MA 2BBBA 4RCDA 3HAUA 3PI5A 1QBSA 4XKXA 3SO9A 3BC4A 4A6CA 5OZOA 5P5AA 1ENTE 3L5FA 4L7HA 1EPNE 2AZCA 5P0NA 3QN8A 3DV5A 1FMUA 2XFKA 5P3BA 2FXDA 2QNNA 1AXAA 5P74A 7HVPA 1CZIE 4I10A 5P5HA 5P3DA 4FIVA 5P08A 4MC9A 5P4RA 5DPZA 2R43A 5P7UA 2JE4A 4RVXA 3INHA 1Z1RA 5P3FA 2IDWA 4J1CA 5P39A 5P6QA 1ZBGA 5P78A 4J1KA 4FL8A 3QROA 5P1OA 5P3CA 4GJCA 2R38A 3L5DA 3TKGA 1LF2A 3AIDA 4PPHA 2NNPA 5P29A 3EL1A 4OBKA 4PYVA 1BBSA 1CPIA 4Y3TA 4Y5BA 2QK5A 2HPEA 4YOAA 5P8JA 1GVXA 2Q5KA 3IGBA 2NMYA 1HTRB 1MTBA 2B60A 4ZSMA 3VFAA 5P79A 1BVGA 5P81A 5P8MA 5P1MA 5P5YA 2AVOA 5P4IA 5OZUA 1YG9A 5P0SA 3L5CA 4FM7A 4J1HA 5P37A 4EHCA 1SDVA 5P64A 5P5IA 2OHKA 1BDLA 3ZMGA 2FGUA 2I4QA 3OQAA 2I4WA 5P58A 5APRE 4F74A 4COEA 2VNNA 2PWCA 3RTHA 5ENKA 1U8GA 5P17A 1EC1A 5P5WA 5HDVA 1TCWA 1YM4A 1HVRA 5OZRA 1MUIA 1WKRA 2PSVA 3ZKSA 5P11A 5P7MA 3QVCA 1W5WA 1BV7A 3ZKNA 2UY0A 5P7AA 3D1ZA 5P5PA 2FDEA 6UPJA 3KMYA 1SMRA 1DMPA 2PMAA 5P7HA 3S54A 1FF0C 1IVQA 5SY3A 3OUCA 5P7XA 5P4EA 4M8XA 2PQZA 4IVSA 2QU2A 3EKQA 2QMFA 4S1GA 5P8RA 3ZPTA 5P0IA 5FIVA 1SP5A 3DUYA 3JVWA 5P3AA 2B8LA 4UPJA 2OHPA 3LIYA 5DQ5A 2QI1A 2BKTA 1IBQA 5OYXA 4Y6MA 4HVPA 3CKTA 3OQDA 4PZWA 2AZ9A 1EBWA 2QZLA 5P80A 2I0AA 3NDXA 4OBHA 5P5XA 1EBKC 1RQ9A 2HS2A 3JW2A 4Y3QA 3F9QA 2QI7A 1D4IA 1UH8A 4Y4UA 1YM2A 2PK6A 4RVIA 3UDKA 4LXAA 3VYDA 2Q11A 3LPIA 4NJUA 4I0FA 3ECGA 3KDDA 4FCOA 3OK9A 3VF5A 3DJKA 5COKA 5P1PA 4Y4XA 5BRYA 2FGVA 3UQWA 5P4FA 1NH0A 1GNOA 3U7SA 3PM4A 5BWYA 4Y5PA 2NMZA 5P2KA 5P1WA 1RV7A 1IDAA 3HZCA 4YCYA 5OYVA 1F34A 1APUE 5HDUA 2ZJIA 1C6YA 2F3EA 4TRYA 3O99A 4I8WA 2NXMA 7UPJA 5P85A 1DP5A 1ZLFA 3NU6A 4XXSA 4EP2A 3LNKA 1DW6C 4R93A 5OYUA 3ZOVA 4APEA 1BILA 5P41A 1VIJA 1PSAA 4EYRA 2OHNA 4J55A 2MIPA 1XDHA 2I0DA 5P3XA 1KJ7A 3EKYA 3GGXA 5P46A 4CPRA 1YTIA 5KR8A 5OZCA 3BGBA 5C9DA 4FS4A 5P0UA 5P8SA 4Y45A 5P4DA 3BUHA 3INDA 2V00A 1MTRA 5DQ1A 4L6BA 2I1AA 3BVBA 1QBRA 3S8IA 3O9LB 4KE0A 2QU3A 5P77A 2AQUA 4Y3LA 3EBZA 3OXWA 5HD0A 3O9HA 2G1RA 5HU1A 2ZHRA 3KFRA 5P4UA 4EXGA 2NNKA 1AVFA 1EPLE 3IVIA 4ZE6A 1T3RA 1XL2A 3GI0A 5P31A 4YHQA 5JG1A 1E80E 4J54A 2IGXA 1ODYA 5COOA 2ZJLA 5P2VA 4Y5KA 3QRSA 5P8LA 5P7YA 2H6TA 2RSPA 3PCWA 3D1YA 4OBZA 1MESA 2WF0A 4H3IA 1UH9A 4IVTA 5P2ZA 5KQXA 1B6JA 5P42A 5P2QA 2G94A 5P7CA 3D3TA 2ZJMA 3M9FA 1OHRA 1YT9A 1HVKA 3INEA 3K5FA 5ISJA 5P62A 4H1EA 5P1NA 3LHGA 4K4RA 1AAQA 3D91A 3OUDA 5P1DA 4JECA 3A2OA 3OU1B 5IVTA 1TQFA 1GNNA 2O4PA 5P7OA 5P8BA 1YTHA 5P23A 5P44A 3OUAA 4HDBA 4Z2ZA 3RVIA 4NPTA 1EEDP 2AOFA 3NDUA 1HVIA 5ISKA 4B78A 2G26A 3I2LA 3QAAA 3UDHA 3TTPA 4FAFA 2OAHA 4Y51A 2QMPA 2ZHVA 3OU1A 4DPIA 5OYTA 3VLAA 5P3SA 5P68A 2JJIA 3JVYA 1LS5A 2NPHA 4EJKA 4HEGA 3QBHA 5P5OA 1B6PA 3D1XA 3ZL7A 5OZ0A 5P8CA 1IZHA 5P8FA 4ZLSA 1HVLA 2BPYA 3U6AA 1AIDA 4OBGA 2HS1A 4FE6A 3S2OA 4EP3A 2IQGA 2P3CA 2WF1A 3LZSA 3UDRA 3UDMA 1ZSFA 1B5FB 3RTMA 1UH7A 5COPA 5P2HA 1PPME 5P1YA 5P5FA 3S43B 1KJ4A 4Y48A 4L7GA 1LYAB 2ER6E 2VS2A 5P1AA 3EMYA 1LZQA 1RPIA 2P83A 4U7VA 3VV7A 5KAOA 5P1IA 1B5FA 3PBDA 4D88A 1HHPA 3PEPA 3QP0A 4MC6A 1UPJA 5P04A 3GI5A 5HCTA 5P2JA 2PH8A 4OBDA 1W6HA 2QI4A 5P72A 5P2BA 5AHAA 4RYGA 4CP7A 3R0YA 3Q3TA 2V12C 2ZDZA 4I8ZA 3K5GA 5P4ZA 4I0GA 1AZ5A 5C9BA 2XFIA 4Y3GA 3PLDA 5P6RA 5P50A 3PVKA 3HW1A 5P33A 5HU0A 1MIQA 5P1LA 1C70A 3HBOA 2IGYA 1IZEA 4X7IA 1E82E 5P27A 3PJ6A 5OZFA 5P8HA 1TZSA 1IDBA 4K8SA 3OHHA 4A6BA 5P19A 5P8DA 3L38A 5P20A 5P4BA 4F73A 5P3HA 3OQKA 4RRSA 3MSJA 3PMYA 1FG8C 3H0BA 4HZTA 3QRMA 5P65A 5OZYA 1MSMA 4QLHA 2I4XA 4H3JA 1W5VA 1EPRE 4TVHA 5OZLA 3UFNA 1FQ4A 2BB9A 4FGXA 4FLGA 4H3FA 1ZTZA 3IXOA 5P3KA 3SM1A 5P6AA 5P2LA 4NPUA 1KJHA 4Y4AA 4LXMA 5P87A 3NWQA 1HIVA 4Y3RA 4DJVA 3CKRA 1HVHA 4QJ2A 4Y44A 3FIVA 3L58A 2IS0A 5P5KA 5P8EA 4LHHA 2R9BA 5P4NA 4KB9A 4I1CA 4R95A 1EBYA 4J0VA 5P54A 5KQFA 4DJOA 1T7IA 4YA8A 1PROA 3RTNA 2QD6A 4J0PA 4FRSA 5OYQA 4ZSQA 5B18A 5OZNA 1Q9PA 5P86A 3B80A 5C9FA 3OQFA 3EM4A 5P6LA 2G24A 4HA5A 5P5MA 4Y5CA 5P48A 4GJAA 1K2BA 3OADB 2J9JB 1MSNA 1FG6C 4YD6A 5P24A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2RKF A;  2WEA A;  3PLL A;  1HVS A;  5OYY A;  3N3I A;  2FLE A;  3WZ7 A;  3KMX A;  4Y56 A;  4K4P A;  3TPJ A;  3DOX A;  2QP8 A;  3OGP A;  1FIV A;  1HII A;  4JP9 A;  2QZK A;  2ZJJ A;  4DJU A;  3G6Z A;  5OZI A;  4FSL A;  4DJR A;  2A1E A;  2G22 A;  3IN4 A;  2QMD A;  3BXR A;  4Y9W A;  5P4Y A;  2IEN A;  4U7Q A;  4J0T A;  3VCM A;  4MC1 A;  5P3E A;  4Y3S A;  4Y4W A;  5P5N A;  2ANL A;  2HB2 A;  4APR E;  5KQZ A;  1KZK A;  5HDX A;  5OZX A;  5P6B A;  5P7G A;  5P6T A;  5E5K A;  5P5E A;  1SIV A;  5DQC A;  4OD9 B;  1HPX A;  5P75 A;  4F75 A;  5P0T A;  3EKV A;  3SFC A;  4EJ8 A;  1BVE A;  2B42 A;  5P84 A;  5P2G A;  1T7K A;  3LPK A;  1C6Z A;  5P3W A;  5OZJ A;  5OZA A;  5P71 A;  4B72 A;  4OD9 A;  4EXH A;  3ZKX A;  3INF A;  4Q1X A;  3DV1 A;  5P61 A;  3EXO A;  4B1C A;  1K6T A;  5P7P A;  5OZB A;  5P01 A;  2OHU A;  5P14 A;  4QJ8 A;  4DQE A;  1A9M A;  2QNP A;  3K1W A;  4CPS A;  5P13 A;  1BXO A;  1SDT A;  2O4L A;  3KDB A;  5P2T A;  3K5D A;  4GJB A;  1MT8 A;  4Y5G A;  1APW E;  5P1K A;  4YD7 A;  5P53 A;  4RCE A;  3QVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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