2OHUA

X-ray crystal structure of beta secretase complexed with compound 8b
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Application of fragment screening by X-ray crystallography to the discovery of aminopyridines as inhibitors of beta-secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohuA02
4GJCA 5T4SA 3SLZA 2F80A 4GJ9A 5P7LA 5P51A 3UDHA 1BBSA 3UPJA 1QDMA 1K6CA 3EMYA 4ZLSA 4GMIA 5OYYA 3R4BA 3UDJA 3TPRA 5OZRA 5P5PA 4UPJA 1IVPA 1HVHA 3OHHA 5P7RA 3UTLA 4B77A 4L7HA 4FM8A 1W5XA 5P65A 2HB3A 3CIBA 3D20A 3HDKA 3PWMA 2VIZA 2R38A 5P0CA 3UQXA 2ZJKA 5OYWA 1FQ7A 1EBZA 3HVPA 5P8UA 3OUCA 1META 4YHQA 5P0YA 5OZ4A 2PYNA 4FCOA 3EKQA 4LC7A 3L58A 5P5ZA 4Y5LA 2I4DA 3OU4A 3VUCA 5P3SA 2WEBA 3N3IA 4B00A 2OHKA 5P59A 5P7OA 1E80E 5P7VA 3SA9A 3FNSA 3UDKA 5P5OA 2QD8A 4Y5EA 5P0XA 4QGIA 1B6KA 2FNTA 3UDMA 3VEUA 5P17A 1F7AA 2WF4A 2WF3A 3O9CA 5DQ4A 1ZLFA 4WY1A 3O9DA 5P3OA 5P4UA 5P56A 5OZWA 1C6XA 2QMGA 1TZSA 4XKXA 1N49A 5P8JA 3GGXA 5P77A 3DM6A 5P4AA 5OZUA 1EBYA 3Q6YA 5P7QA 1PROA 2VA6A 5KQZA 5P3KA 3CYWA 3OQFA 4M8YA 5P8CA 4DH6A 1K1UA 3SA5A 5P1YA 1TSQA 3ECGA 4M8XA 3OUDB 4Y5BA 4FSEA 5P4JA 2XYEA 5PEPA 4RVIA 1ZPAA 3BRAA 3QRVA 1QBSA 2IL2A 3I7EA 3EM6A 4BELA 4I11A 5P6QA 3BUHA 4H3FA 2UPJA 4ACXA 5KR1A 1RV7A 5P0OA 1EBKC 5P31A 1RNEA 4Y3YA 4D8CA 4YD6A 2ZJIA 5P4HA 5P6OA 1EAGA 4I0JA 5P0JA 4OBHA 5P6HA 4EHCA 4ZSQA 3U71A 2QAKA 3OQKA 3GGAA 4COEA 1B6PA 2VS2A 1UH9A 3QI1A 2OHMA 3UDYA 1A30A 2AOFA 2FDPA 5P66A 4D88A 2G1OA 5FIVA 5P2NA 4J17A 3OOTA 4MC6A 5HDUA 5P3EA 2B7ZA 5P8OA 4Y53A 4YOBA 2ZE1A 3OQAA 3HW1A 4B1CA 5P7YA 5P4DA 3IVHA 5HTZA 1UH8A 5P3XA 5P39A 5C9DA 2G20A 4PZXA 4AZYA 5P4IA 4Y50A 3NSHA 5DQ1A 2IGXA 5IVTA 3L5BA 5P2JA 5P4EA 5C9BA 1ZAPA 5P6CA 3ZL7A 5IS4A 6APRE 4EXGA 4QJ8A 5IVSA 3LZSA 4OD9B 5JFUA 4Y3TA 1PPKE 5P4FA 3ST5A 5P3AA 1GNOA 4EJDA 4U8WA 3ZPTA 4LXKA 3NLSA 3JVWA 1FF0C 3HBOA 4Y44A 3EL0A 4Y3GA 1NPWA 1BIMA 3UDNA 3GGVA 5P8SA 1K6VA 2AODA 1M4HA 4I1CA 5P6LA 4RVJA 3SM1A 3OTSA 4FRJA 2V00A 1IZDA 5HCOA 1LEEA 3OAGB 3SA6A 4YCYA 4Y3PA 1BAIA 5P5TA 2F8GA 2R5PA 1ZPKA 3ZPUA 5P5FA 4K4PA 2VKMA 1W6IA 4KE1A 3APPA 4WTUA 2PC0A 4YCTA 6UPJA 3DV5A 5P0BA 1GVXA 3KM4A 3NU9A 5OZVA 1ENTE 5P3HA 4I8ZA 1W5WA 4HZTA 1MERA 5P5UA 1YG9A 1IVQA 5P6GA 1LYBA 5P3PA 3IA9A 2B60A 2BQVA 4Y58A 5P80A 4GJ5A 2H6TA 1YM2A 7UPJA 2VJ7A 2PSVA 4DJQA 2CEMA 3LPKA 4R5NA 5P0LA 3MSJA 4LL3A 5P5JA 5P1TA 3NU3A 2V13A 5P76A 5BRYA 2IGYA 4HDBA 1SGUA 2ZJLA 4BFBA 3TOHA 5P0MA 2WECA 5P7XA 1DW6C 3DJKA 3DOXA 5ENKA 3NU5A 5JG1A 3T7XA 2V16C 1HVKA 5P4WA 1EPNE 2ANLA 3BGBA 2FXDA 3DUYA 5DR4A 3S43A 5OYXA 5P3BA 5P87A 4IVSA 2IS0A 4HVPA 2EWYA 2F81A 1AAQA 4X2LA 2QI6A 1ZP8A 1HSIA 5OZDA 5ER2E 4EYRA 5BWYA 2P3BA 3G6ZA 3EKWA 5DGWA 5P1FA 5P70A 5F00A 5OZYA 5P2KA 2BKTA 2QCIA 1GNMA 2P4JA 4I10A 5AH6A 3VV6A 5P8HA 2A1EA 2WJOA 5COOA 2R3TA 5P4NA 2NNKA 9HVPA 4Y43A 5P5VA 5P6EA 3SPKA 3ZKMA 2QZLA 5HE7A 5P5NA 4Y4JA 5P3WA 4CPTA 1ME6A 4B1DA 1E81E 3IXJA 4Q1YA 1FFIC 3PLLA 4DJYA 1DMPA 5HU0A 4GJBA 1HHPA 5P4PA 3HVGA 2FXEA 3Q70A 1WBMA 3EL1A 4Y45A 3WB4A 3FNUA 1B5FA 4DQBA 2NXDA 3N4LA 5P69A 5P7JA 5P8QA 4I0HA 4NKKA 5P53A 5P8MA 1MT7A 2OHSA 1ODYA 5P83A 4EQJA 5P28A 4Y3HA 3OK9A 4OBZA 5P4MA 4FE6A 1BVGA 5P7AA 1HOSA 2VIYA 3PMYA 3SKGA 5KR0A 3L59A 1K1TA 1OEWA 2ZGAA 2AOHA 1B11A 5P14A 3EKPA 5P6SA 1M0BA 1XDHA 2R9BA 3UQUA 2HS1A 3QS1A 4F75A 1HPSA 3TH9A 5OYVA 3FSMA 1HSGA 5P6TA 1K6TA 5P2OA 4Y4DA 5P72A 2UY0A 2I1AA 3QPJA 5P4GA 5P1UA 5P0GA 1LYWB 4PZWA 5P63A 3L3AA 3CYXA 5DQCA 1XL2A 1K2BA 3GI6A 3SO9A 2G1NA 4GJ6A 2AVMA 1SMRA 2MIPA 5OZIA 2PWCA 4YA8A 3S7LA 1G0VA 5P0UA 3LNKA 2VJ6A 3TNEA 5P75A 1W51A 1D4IA 2RKGA 5P55A 5OYQA 1MRXA 2O4LA 4Y3SA 5P4SA 5OYRA 3VG1A 3PWRA 4I0DA 5P7WA 2H6SA 3KMXA 1MPPA 2I4WA 5SXNA 1LYAA 4LXMA 4DQFA 5OZ7A 2Z54A 5P2EA 2HB4A 5OZOA 5P1SA 4A6CA 5P1GA 2PYMA 1FEJC 5P25A 5OZ8A 5P1ZA 4CPQA 4FM7A 4I0FA 2BJUA 4DQGA 2AOEA 5P46A 2VNNA 3URLA 2QD7A 3OADA 3O9LA 3D1XA 1LF3A 3GI5A 5P3LA 5P3IA 4H3IA 3ZKQA 4NJVA 5P19A 5P79A 3LIVA 1ZBGA 3CIDA 2Z4OA 5P82A 5P73A 3INDA 4F74A 5P05A 2G27A 5P5BA 1LF2A 1LV1A 4YD7A 1ZTZA 4LXAA 3VSXA 3DCRA 3ZKIA 1FFFC 5P7NA 1SH9A 1KJ7A 2QZKA 4LHHA 4Z50A 3HLOA 1LZQA 3F9QA 2P8HA 5P3DA 1YTIA 1QBRA 5AHCA 5P0SA 1D4SA 2VIJA 2P3DA 5P88A 1XN3A 4FGXA 5P27A 3SAAA 4ACUA 4B78A 4J1HA 3LZUA 5OZEA 1KZKA 5P2FA 2SAMA 1AIDA 3KF0A 3Q4BA 4RRSA 3H5BA 3L5DA 4YDGA 1EC0A 1SGZA 3SQFA 2QMDA 4RCFA 2AZ9A 1Z8CA 4Y4BA 4Y3QA 5P2SA 4F73A 1EC2A 3OXXA 4FAFA 2HIZA 2V10C 5P62A 4YD3A 5P8TA 4RCDA 5OZTA 5KAOA 5ISJA 3UQRA 4ZPEA 4Z4XA 2IENA 1HVCA 5P16A 4Y4ZA 4DJWA 4DPFA 5P23A 2QHCA 4Y5CA 4L6BA 5P3CA 2JYSA 5TOLA 4ER1E 5P04A 5P3FA 5HU1A 4Q1WA 3EL9A 1SMEA 3INEA 1MESA 2HS2A 5P22A 3K5CA 2OHNA 2FNSA 2XFJA 2PH6A 4Q1XA 5P3JA 6FIVA 2WKZA 5P02A 5AH9A 1IBQA 3O9EA 5P3RA 5P2QA 1D4JA 3QN8A 1A9MA 1YT9A 2IQGA 2ZHTA 5OYUA 4S1GA 5P2GA 3OUDA 5HD0A 3EC0A 5P1XA 4D89A 2UXZA 5P35A 5P0IA 3T7PA 5AGZA 3CICA 1WKRA 2I4VA 1YX9A 2QZXA 3EXOA 5P8KA 5P8BA 2OAHA 2JXRA 1HTRB 5P4RA 1MTBA 2VNMA 4J1FA 2B8LA 3PSYA 3R0WA 3UQWA 5P4VA 5P6PA 4DJVA 2IDWA 3G72A 2NNPA 5P8RA 4MC2A 1Z1HA 4K9HA 4DJUA 3IN3A 4Y3JA 5P89A 5P5HA 5P5DA 3LPJA 4JOOA 5P1BA 1APUE 2G94A 5P00A 1SP5A 3OXWA 5P8DA 3URJA 2Q3KA 3ZKGA 1PSOE 5P52A 5P8AA 4HLAA 2IKUA 3DK1A 1EPPE 3VCMA 3PHVA 1MTRA 1HVSA 5P7IA 2B8VA 4Y39A 5P1KA 5P50A 5P7EA 1NPAA 1RQ9A 3FIVA 4ER2E 1IIQA 1BXQA 3VYDA 2B7FA 2G24A 2A4FA 5P1NA 5P3UA 1YTJA 5P18A 2RMPA 2QI3A 3O9AA 3KN0A 4FIVA 2G1SA 4QJ7A 4L1AA 1T3RA 2AOIA 3BHEA 5P0TA 5P13A 3IN4A 4Y4TA 3NWXA 2BPWA 3BUGA 1LF4A 3S53A 3TPJA 5P6JA 2NXMA 3SA3A 1RL8A 1PSAA 5OZJA 4B0QA 5P1IA 2O4KA 5UPJA 4EWOA 1NPVA 5P4YA 3EBZA 4QJ6A 2QK5A 3I6OA 5OYZA 2WF1A 1ODXA 1AJVA 2ER6E 5P58A 1QS8A 1FMUA 5OZBA 1W5YA 2R43A 3MSLA 5P6YA 5I3XA 3ZKSA 2QMPA 4BEKA 3RVIA 1EPQE 5APRE 2AZBA 5P08A 5P7GA 1DPJA 1HSHA 3KMYA 5P1EA 4H3JA 4QJ9A 5P0KA 3ZPSA 3PVKA 4J1EA 5P06A 4Y37A 3D91A 3ZLQA 2FS4A 5P54A 2JJJA 1JLDA 4J1CA 3TLHA 4ZPGA 5KOQA 1DIFA 2G21A 4Y4WA 1FLHA 3PI5A 1FQ6A 2P3CA 4J0VA 1BXOA 1W5VA 5P6RA 4IVTA 2NXLA 5P2MA 4RROA 1HEFE 5ER1E 3HZCA 3OY4A 5P6FA 1TSUA 3LINA 1GVTA 5OZ2A 4FRIA 4XX4A 3MXDA 5P2XA 5P8EA 3KDCA 4R92A 4Y4XA 3SFCA 3IAWA 4B70A 1APVE 5P4TA 5P67A 2QMFA 1FMXA 5P6NA 3M9FA 4ZEAA 3L5FA 3EL5A 5P6AA 2ER0E 3GGUA 3PCWA 5P30A 1MT9A 1PFZA 3KYRA 3K1WA 4GIDA 4Y4GA 2WF2A 5P74A 3O9FA 2IEOA 4EPJA 1LYBB 4ZPFA 2I0AA 5P6BA 4APEA 4Y3MA 4CPWA 1A94A 1T7KA 3CKTA 1BVEA 3FX5A 4DJOA 2VA5A 5P8GA 1B6JA 5P71A 3AIDA 3NDWA 4ZE6A 3TTPA 5OZLA 5KOSA 4NJUA 3TPPA 5KQFA 2BB9A 3D1YA 4Y3FA 1FQ4A 4JPEA 5P0NA 3DV1A 2QD6A 1FG8C 5F01A 5I3WA 5JFPA 2QI4A 5P8IA 4Q5MA 4Y5AA 1C6YA 3GW5A 4Y3DA 2ZHVA 4R8YA 5P5LA 1T7JA 5CONA 3OU3A 3B80A 1A8GA 1BDLA 3CMSA 4RZ1A 5P03A 2Q64A 3LPIA 5OZPA 3SA4A 1KJFA 4N00A 4FRSA 5P8PA 2AQUA 1IDAA 5HDVA 5OZ3A 3VV8A 2RSPA 4CPSA 1PSNA 2QI7A 3QRSA 4J1IA 5P4BA 1XE5A 5P3ZA 1B6MA 5P7HA 5P33A 5P38A 5P5KA 3PWWA 2P3BB 3I25A 5P24A 1AZ5A 2Q63A 5P2AA 3O9BA 4OBGA 3S8IA 4DJPA 5KQXA 3OU1A 2R8NA 4A6BA 4WY6A 4BFDA 2FIVA 1MIQA 5IVRA 1SDUA 3SACA 4HDFA 5OZ5A 4RYCA 4K4RA 3FNTA 3FV3A 4B1EA 1GVUA 3RTNA 2HPEA 2NMYA 3I2LA 5P5RA 2CENA 5P0RA 4Z2ZA 5P4CA 5OZGA 1BWBA 5DGUA 2FDDA 5P01A 1FB7A 5P2CA 3HAUA 2QNNA 2AVOA 2Q5KA 2G69A 3I8WA 5E5KA 5P1VA 4ZSMA 5P7UA 1B5FB 5OZMA 2WEAA 3BVBA 5P4OA 4Y4UA 1BILA 4DQEA 4MC1A 4TRYA 3S7MA 3KA2A 4D83A 5P29A 5P3TA 2OHRA 4X7IA 5P7FA 5P0AA 1IZEA 2ZJHA 2J9JA 3K4VA 2Q55A 2R3WA 3KFRA 3OQ7A 1GKTA 3MSKA 3L5CA 3PBZA 1ODWA 4OC6A 3BXSA 5DPZA 5P3NA 4FRKA 2ZYEA 5OZSA 4DFGA 4OBDA 2ER9E 5P5CA 1UPJA 1EC1A 1GVVA 5P61A 3VFBA 4YE3A 3SKFA 5P40A 5P36A 4LAPA 3UDPA 4Y35A 4GB2A 4OBFA 2XFIA 2ZHRA 1HIIA 4Y3RA 2XYFA 5P1WA 4J0ZA 1HBVA 4Y56A 5BS4A 5P7TA 2QI1A 3S2OA 2WEZA 2OHQA 3L5EA 3RTMA 5P7DA 3PB5A 1NSOA 1W50A 1HIVA 5P10A 3WSJA 3UQPA 5SY2A 3O99A 2I4UA 3L38A 4AA9A 2FLEA 5P2BA 3UFLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJC A;  5T4S A;  3SLZ A;  2F80 A;  4GJ9 A;  5P7L A;  5P51 A;  3UDH A;  1BBS A;  3UPJ A;  1QDM A;  1K6C A;  3EMY A;  4ZLS A;  4GMI A;  5OYY A;  3R4B A;  3UDJ A;  3TPR A;  5OZR A;  5P5P A;  4UPJ A;  1IVP A;  1HVH A;  3OHH A;  5P7R A;  3UTL A;  4B77 A;  4L7H A;  4FM8 A;  1W5X A;  5P65 A;  2HB3 A;  3CIB A;  3D20 A;  3HDK A;  3PWM A;  2VIZ A;  2R38 A;  5P0C A;  3UQX A;  2ZJK A;  5OYW A;  1FQ7 A;  1EBZ A;  3HVP A;  5P8U A;  3OUC A;  1MET A;  4YHQ A;  5P0Y A;  5OZ4 A;  2PYN A;  4FCO A;  3EKQ A;  4LC7 A;  3L58 A;  5P5Z A;  4Y5L A;  2I4D A;  3OU4 A;  3VUC A;  5P3S A;  2WEB A;  3N3I A;  4B00 A;  2OHK A;  5P59 A;  5P7O A;  1E80 E;  5P7V A;  3SA9 A;  3FNS A;  3UDK A;  5P5O A;  2QD8 A;  4Y5E A;  5P0X A;  4QGI A;  1B6K A;  2FNT A;  3UDM A;  3VEU A;  5P17 A;  1F7A A;  2WF4 A;  2WF3 A;  3O9C A;  5DQ4 A;  1ZLF A;  4WY1 A;  3O9D A;  5P3O A;  5P4U A;  5P56 A;  5OZW A;  1C6X A;  2QMG A;  1TZS A;  4XKX A;  1N49 A;  5P8J A;  3GGX A;  5P77 A;  3DM6 A;  5P4A A;  5OZU A;  1EBY A;  3Q6Y A;  5P7Q A;  1PRO A;  2VA6 A; 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 3INE A;  1MES A;  2HS2 A;  5P22 A;  3K5C A;  2OHN A;  2FNS A;  2XFJ A;  2PH6 A;  4Q1X A;  5P3J A;  6FIV A;  2WKZ A;  5P02 A;  5AH9 A;  1IBQ A;  3O9E A;  5P3R A;  5P2Q A;  1D4J A;  3QN8 A;  1A9M A;  1YT9 A;  2IQG A;  2ZHT A;  5OYU A;  4S1G A;  5P2G A;  3OUD A;  5HD0 A;  3EC0 A;  5P1X A;  4D89 A;  2UXZ A;  5P35 A;  5P0I A;  3T7P A;  5AGZ A;  3CIC A;  1WKR A;  2I4V A;  1YX9 A;  2QZX A;  3EXO A;  5P8K A;  5P8B A;  2OAH A;  2JXR A;  1HTR B;  5P4R A;  1MTB A;  2VNM A;  4J1F A;  2B8L A;  3PSY A;  3R0W A;  3UQW A;  5P4V A;  5P6P A;  4DJV A;  2IDW A;  3G72 A;  2NNP A;  5P8R A;  4MC2 A;  1Z1H A;  4K9H A;  4DJU A;  3IN3 A;  4Y3J A;  5P89 A;  5P5H A;  5P5D A;  3LPJ A;  4JOO A;  5P1B A;  1APU E;  2G94 A;  5P00 A;  1SP5 A;  3OXW A;  5P8D A;  3URJ A;  2Q3K A;  3ZKG A;  1PSO E;  5P52 A;  5P8A A;  4HLA A;  2IKU A;  3DK1 A;  1EPP E;  3VCM A;  3PHV A;  1MTR A;  1HVS A;  5P7I A;  2B8V A;  4Y39 A;  5P1K A;  5P50 A;  5P7E A;  1NPA A;  1RQ9 A;  3FIV A;  4ER2 E;  1IIQ A;  1BXQ A;  3VYD A;  2B7F A;  2G24 A;  2A4F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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