1EC1A

Hiv-1 protease in complex with the inhibitor bea409
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Optimization of P1-P3 groups in symmetric and asymmetric HIV-1 protease inhibitors
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ec1A00
4YD6A 2OHNA 3H0BA 2J9KA 5SXNA 3SO9A 2QD7A 4J17A 4QGIA 4QLHA 3Q3TA 3CIBA 3S43B 1AM5A 4NJVA 5P0CA 3EL1A 5P7AA 5P6VA 3LZVA 3DV5A 5P3QA 3QIHA 4DQBA 4GYEA 1FQXA 4Y5GA 2OF0A 4QJ9A 5P7FA 5P0IA 2BPWA 1FF0C 3NSHA 3K5DA 3SKFA 1LYBB 2PK5A 5I3YA 4LC7A 4OBKA 3D1XA 4Y3GA 5P0HA 1DIFA 5P2IA 5KQZA 4YCTA 3GGAA 2BBBA 2QD8A 4ZLSA 4FLGA 5I3WA 4Y3LA 5OZMA 5P4JA 5P3ZA 2OHTA 4QJAA 4Y3AA 2QHYA 3BUFA 4RGHA 2WL0A 4J1CA 5P1MA 1FQ4A 3HBOA 3MXDA 5P6EA 5P7LA 5P82A 2XYEA 1T7KA 3Q4BA 5EZZA 1DMPA 5P08A 3D3TA 4EP2A 2QI1A 4TRYA 4YD5A 4J1EA 5P0FA 1DPJA 5P4OA 5P0SA 1HIVA 4Y4ZA 4ACXA 5OZJA 1EBKC 4K4PA 1XL5A 5P0ZA 4EJKA 5P07A 5P8MA 3QROA 1XE6A 1HTEA 2V0ZC 1HIHA 4LP9A 1LYWA 5P70A 3INHA 3LIYA 1QBUA 5P5AA 5P43A 4Y6MA 1PSNA 5P3MA 3G70A 3EKWA 2R38A 2G27A 5P39A 4YBFA 1T6EX 4OBZA 5P6CA 3I7EA 5P1DA 5KOQA 5P4LA 3OY4A 1HVKA 3NWXA 4DQFA 3R0YA 2V13A 5DGUA 2FMBA 2AOCA 4Y4XA 3S8IA 1HVRA 3PJ6A 3SA9A 5P50A 2PMAA 3PMYA 4Y4TA 2QI7A 1B11A 4JPEA 2ZHTA 2QI4A 1HVLA 2QI6A 5P7EA 5P8DA 4KUPA 1K6TA 5P7KA 5P0VA 5P8IA 5P66A 3L5DA 3OXXA 1D4HA 5P46A 5P1OA 3FKTA 4NJSA 1MSMA 4UPJA 2WEZA 3GGXA 4K4RA 5COKA 5P7CA 5P6DA 5OZUA 4YCYA 2OHUA 1E5OE 2EWYA 5P54A 5P5TA 5P4WA 1AJVA 3OQ7A 3QN8A 2FXDA 2VKMA 1GVUA 5P4GA 5KR1A 2I0AA 2I4QA 1ZJ7A 3BUHA 5F01A 5P0BA 3UQUA 5P0RA 1ZSRA 4FSLA 3NXNA 5HE7A 3U7SA 5DR3A 2H6TA 5P8OA 5OZKA 3PBDA 1TSUA 5P62A 2XFIA 4Y3SA 1OHRA 3NU9A 4FM6A 3L5FA 5P3GA 4ZPGA 3WZ7A 1ZAPA 1YX9A 3BRAA 5C9FA 2F3EA 5P4QA 3B7VA 4J0TA 4R92A 3OOZA 4R5NA 4HEGA 1ZTZA 1BBSA 4EHCA 2Q11A 3VLBA 5HE5A 3OXVA 1LF3A 4CPTA 3NDUA 1EEDP 3LIZA 4NKKA 4Y41A 5P5PA 5P26A 1HPOA 3QVIA 3OQAA 3UQWA 2V00A 5P7MA 1HTRB 1GVXA 1APVE 2OHPA 3TPJA 1PSOE 4J1IA 5P59A 5P7RA 3EBZA 5P6ZA 4Y3FA 4DV9A 5P88A 4Y3JA 5P0OA 3UHLA 2V16C 4I0DA 1GVVA 2ER7E 1HSHA 4CPWA 4HDPA 5SY3A 1HXBA 3BVBA 3KFSA 2QK5A 1HRNA 2H6SA 4Y3XA 2R5QA 3O9BA 3RTHA 2RSPA 5P5QA 3VYEA 3T7XA 4NPTA 5P3VA 5P2LA 2FXEA 5KR8A 3L59A 3SA6A 1RPIA 5P25A 1XE5A 4Y4EA 1BIMA 4Y50A 2PQZA 5P0DA 3O9LA 1KJ4A 4R8YA 1KJFA 4F75A 5P5IA 4FL8A 4LHHA 2PH6A 4CPXA 1LYWB 3L5CA 2AZ8A 4J0VA 2NNPA 5P1EA 3AUPA 3VCMA 5P7TA 2B8LA 5P4CA 2A4FA 5P01A 4DUSA 4OBZB 5ENMA 1YG9A 1XN2A 5P64A 5OZBA 4ER2E 5P2CA 2AOHA 1EBZA 1EPQE 2NMYA 4F76A 2PYMA 1MESA 5P84A 1LYAA 1C6ZA 3FV3A 3NU5A 4Y36A 2F80A 2HC0A 1HXWA 3DOXA 2O4SA 5P24A 4L1AB 1M43A 1EBYA 2G1RA 4OC6A 4QJ6A 1DW6C 5P4EA 3HDKA 5P0UA 3VFAA 3LPJA 1C6YA 2QZWA 5B18A 5OZYA 5DQ5A 3SKGA 2G94A 4Y56A 2ER6E 2QZXA 4B1DA 4Y3WA 5ISKA 5DR4A 5P8EA 1LF2A 1GNNA 1APTE 4WTUA 5P7WA 4GJAA 2VIYA 5OZ9A 3ZLQA 5P2KA 2MIPA 2V11C 2FGUA 4CPQA 1PSAA 4AA9A 2J9JA 5P33A 3T7PA 3FSMA 3PWMA 3SFCA 2HB4A 3TOHA 5P2AA 2G24A 4GJ9A 3IA9A 5P4YA 2AVVA 2IRZA 3FNSA 4Y54A 5P75A 4GMIA 1YTJA 5P0GA 1HVHA 1EPPE 3HZCA 5HU1A 2I0DA 5P7JA 4FE6A 4NPUA 5P3LA 4JP9A 2G22A 5P31A 4Y35A 3NU3A 3PM4A 5UPJA 4RROA 4Y51A 3MSLA 5P5VA 3CICA 1M0BA 3DCKA 1HTGA 3ZPTA 2QHCA 2QMDA 1QBTA 1UPJA 5P23A 5P3JA 4K8SA 5P6YA 1TQFA 3I2LA 2HM1A 2HS1A 5P5MA 4R95A 3D91A 3SA8A 1ER8E 5P8JA 5HCOA 3INDA 4DQCA 2NXLA 3UQRA 5P13A 2VIJA 5ER2E 1META 1RL8A 5DPZA 2P3CA 4FRJA 1PPKE 5HE4A 3QAAA 2ZJIA 3KFNA 4B05A 3O9AA 5E5JA 3IGBA 2AQUA 2VIZA 1BXOA 1FKNA 5P15A 2F3FA 3A2OA 1EPNE 2FDPA 4Y3ZA 4RLDA 3KN0A 2B42A 5P02A 4Y5MA 5P4FA 3ZKXA 5P5YA 3BVAA 2PYNA 2AOGA 4ZPEA 2WECA 3CMSA 5HD0A 3EKYA 4EJ8A 2CEMA 3DK1A 5P34A 3NXEA 2G1OA 4L7GA 1SH9A 1T6GA 5P0MA 4IVSA 2QU3A 4RZ1A 2FS4A 3O9LB 3JVWA 1HHPA 5OZCA 3SABA 3ZKIA 3OAGA 2VS2A 4B78A 4LL3A 2PH8A 5P7IA 3LIXA 3OU1A 3G6ZA 4MC6A 5P58A 1KZKA 5P5RA 3K5CA 4F74A 2PK6A 2VA6A 5P3UA 2PWRA 4DQHA 1FG8C 3APRE 4HE9A 3IVHA 2QP8A 4J5JA 3DJKA 4AZYA 2ZHRA 3F9QA 5P20A 5P3BA 1K6CA 1FB7A 5P0JA 1LYAB 1DAZC 4B00A 3ZOVA 3HAWA 1SDUA 5P6TA 1AXAA 1XDHA 2QD6A 3LZSA 1K2BA 4OBJA 3S7MA 4OC6B 3DV1A 5P4HA 3KDCA 2O4KA 3UDMA 5IVSA 5P2MA 4RCDA 2UY0A 5P6XA 1U8GA 6UPJA 2F81A 5OZZA 4FRIA 5OZVA 5P7YA 3EKQA 3GI6A 3MXEA 4Q1XA 2BPZA 3OWNA 5P79A 3CKPA 1D4YA 1G35A 4R93A 4HDFA 6FIVA 4DPFA 1QRPE 1HSIA 5P1CA 3KM4A 1SIPA 2CENA 4Q1WA 3PCWA 4Y3TA 4LAPA 1A8KA 5IE1A 5P1VA 3PSYA 4FRSA 5P7PA 3QVCA 2G1SA 5P8BA 1HBVA 5P04A 4DJVA 3ZKGA 1BWBA 3EL4A 3CKTA 3U71A 2PSUA 4APRE 3IXKA 2NMZA 1ENTE 5HDUA 4Y4BA 2VA7A 3SA7A 1UH8A 5C9BA 4L7JA 5OYXA 3HVGA 1OEWA 4EYRA 3T3CA 2QNNA 4D85A 1SIVA 5P8TA 3VSWA 4IVTA 4E43A 5P4NA 5P8RA 1A8GA 3SM2A 5P1JA 5FIVA 1MIQA 3WB4A 5P60A 1NPVA 4Y5EA 3SLZA 3OTYA 2FDDA 3S45A 2UPJA 3KMYA 1EC0A 5P3XA 4DJOA 1T7IA 2NXDA 3HLOA 2WHHA 5P85A 3K4VA 1MUIA 5P5JA 3BUGA 3UDNA 3UDRA 3OU4A 1GNOA 2ER9E 2SAMA 4U7QA 3GGUA 1TCWA 3JW2A 4LXAA 4HVPA 4DJYA 2IL2A 3OUAA 4A6BA 4FM8A 1IVPA 2AVSA 4DJWA 2O4PA 4A6CA 2WEAA 5APRE 3PWWA 3U6AA 1K2CA 2IGYA 5P47A 3EKXA 3OUCA 3UDPA 2BKTA 4Y53A 5P5OA 3D1YA 3N4LA 6APRE 4ER4E 2PSGA 5P7XA 3OAGB 5KOSA 4A4QA 1PFZA 3WZ6A 2VA5A 5P81A 3OU1B 5P5ZA 4I12A 5P6SA 5IVTA 4JPCA 1W50A 1YTIA 2OHQA 1BVGA 4HZTA 4Y3MA 5P11A 5P12A 3SA5A 4Y9WA 5P3TA 1HVCA 3CIDA 4WY6A 4RYGA 5AH9A 5P1HA 5AHAA 3GI5A 3Q6YA 5OZTA 5P0PA 5KR2A 2ZDZA 5P52A 4Y3NA 1A30A 3T11A 2IQGA 2HIZA 3WZ8A 5OYYA 5P7SA 3PGIA 3SAAA 1FMBA 3NU6A 3I25A 5P1KA 3CKRA 4RVIA 1NH0A 4OBGA 4CKUA 4H1EA 4ZSMA 2IKUA 2OHMA 4L1AA 1ME6A 4B0QA 3INFA 5OZ7A 1EAGA 1AIDA 3OQKA 1EBWA 3KT5A 1SGZA 1MT9A 5P2UA 5P5SA 3RVIA 5P7VA 5JG1A 3ECGA 3B80A 5OYWA 2ZHUA 1RQ9A 3PEPA 4LXMA 2BQVA 5P7ZA 5P7NA 5P4DA 1SMRA 1AJXA 4NJTA 5P4MA 1W5XA 1K6PA 5P3CA 3QP0A 5P3OA 5P5EA 3UDYA 3KA2A 5P4PA 3ZMGA 1MT7A 1DP5A 4Y3HA 5P55A 3PSUA 5I3VA 4Y4DA 1B6KA 1QBSA 4RRNA 2Q15A 5P2EA 3AIDA 4ZPFA 3UCBA 4TRZA 4D88A 4COEA 5P06A 5DQCA 5P03A 5OZSA 3VV7A 2AOFA 2VJ6A 5P32A 2OHRA 1FQ8A 1BDRA 2QI5A 3SACA 1WBMA 4ZSRA 4B72A 4Z50A 2WF0A 1EC2A 3ER5E 1EPME 5P5GA 1E82E 1Z1RA 2OHKA 3Q70A 2AZ9A 3LPIA 4I0EA 3SA4A 5P2HA 5P65A 3PSGA 1IZEA 3GW5A 2IDWA 5PEPA 3NWQA 4Y3QA 3I8WA 5P6AA 4KE1A 5P51A 5P3HA 5P2XA 1B6PA 5P14A 3OU4B 4RRSA 4HA5A 4Y3DA 1TZSA 4MC1A 2WF1A 5P89A 1XN3A 2IEOA 4DFGA 4H3IA 5P3FA 2PSVA 5OZDA 2QZKA 2I4XA 3BC4A 4DH6A 2OHLA 5P5KA 3LZUA 1ZP8A 3ZL7A 4EPJA 3R0WA 1YM2A 5P8LA 2CEJA 1LS5A 4YD4A 5P3WA 2ZJNA 3OGQA 2FLEA 2ZJLA 2WJOA 5P67A 1WBKA 3FNTA 4RCFA 4GJDA 2WF4A 1Q9PA 5P68A 2BPXA 5P6RA 5P4AA 3VF7A 4FCOA 4L6BA 5P4RA 2B7FA 4OBHA 5P1XA 3QRVA 4KE0A 4Y48A 4CPSA 5P09A 1APWE 3OQDA 5P1YA 4GJ5A 5P5HA 4YD3A 4DJRA 5P8FA 5SY2A 1EPOE 3EL0A 5P7UA 5OYVA 4JECA 3R4BA 3VF3A 1F7AA 4Y3PA 3OXWA 3EMYA 7HVPA 5P78A 4U7VA 4EJLA 4APEA 2XYFA 3NLSA 2IKOA 5OZOA 4L7HA 2BKSA 3L38A 5P4IA 4D89A 4XX3A 1NSOA 2G1YA 5OZNA 5P73A 5P49A 2VIEA 5P16A 2Q3KA 5KAOA 4R91A 2R5PA 4I8ZA 5IS4A 5OZIA 3LPKA 5P6KA 5OYRA 5P3AA 1FEJC 1Z8CA 3OOTA 5P4BA 5IVQA 1W6HA 2XFKA 1ZSFA 3TOFA 1YTGA 2QHZA 4J0ZA 1FG6C 5DR8A 1K1TA 2BJUA 4CPRA 1MSNA 5OZ0A 5P2WA 5BRYA 3KDBA 1ZLFA 3NDWA 3O9HA 2ZJKA 3K5FA 2AZCA 5HDVA 4J1FA 3O99A 5AH8A 1D4JA 1K6VA 4DPIA 4OD9A 2R3TA 2ZHVA 5HCTA 1EPLE 1T7JA 5P6FA 3KDDA 2FIVA 3LZYA 1TW7A 1IZIA 5C9DA 1HPVA 3CYWA 5P3EA 1PPLE 2AOEA 3UDHA 4Y3YA 3ZKNA 5AHBA 3O9DA 4S1GA 5P1UA 5OYQA 3KF0A 5P7OA 5P1ZA 3OHHA 4YCKA 5P22A 5P2OA 5OZAA 1AZ5A 3MWSA 3VFBA 1MERA 5P2SA 5OYUA 5OZ4A 3RSVA 3BGBA 5AH6A 3TKWA 4I11A 1ODXA 1B6MA 3OQFA 4OBDA 3S2OA 5P0LA 5P40A 3PI5A 2I4UA 3BXSA 4Y43A 2HB2A 3OXCA 1N49A 2B8VA 2ZE1A 4Q5MA 1SDVA 2JJIA 3O9FA 3UQPA 3ST5A 1C6XA 5P2RA 4B1CA 2WF3A 5P7QA 5DQ4A 4Y4GA 3APPA 3NUOA 3EL5A 3JVYA 2QI3A 1AVFA 3OHFA 1MT8A 4DI2A 4Y57A 5P8PA 3OADA 4DJXA 4TVGA 2AZBA 4Y4JA 2IENA 2ZHSA 3SA3A 4LXKA 1HSGA 5P1FA 5P27A 5P3PA 5P8KA 3UFNA 1CMSA 4MC9A 1G0VA 4J1HA 5OZ5A 3VYFA 5P1BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YD6 A;  2OHN A;  3H0B A;  2J9K A;  5SXN A;  3SO9 A;  2QD7 A;  4J17 A;  4QGI A;  4QLH A;  3Q3T A;  3CIB A;  3S43 B;  1AM5 A;  4NJV A;  5P0C A;  3EL1 A;  5P7A A;  5P6V A;  3LZV A;  3DV5 A;  5P3Q A;  3QIH A;  4DQB A;  4GYE A;  1FQX A;  4Y5G A;  2OF0 A;  4QJ9 A;  5P7F A;  5P0I A;  2BPW A;  1FF0 C;  3NSH A;  3K5D A;  3SKF A;  1LYB B;  2PK5 A;  5I3Y A;  4LC7 A;  4OBK A;  3D1X A;  4Y3G A;  5P0H A;  1DIF A;  5P2I A;  5KQZ A;  4YCT A;  3GGA A;  2BBB A;  2QD8 A;  4ZLS A;  4FLG A;  5I3W A;  4Y3L A;  5OZM A;  5P4J A;  5P3Z A;  2OHT A;  4QJA A;  4Y3A A;  2QHY A;  3BUF A;  4RGH A;  2WL0 A;  4J1C A;  5P1M A;  1FQ4 A;  3HBO A;  3MXD A;  5P6E A;  5P7L A;  5P82 A;  2XYE A;  1T7K A;  3Q4B A;  5EZZ A;  1DMP A;  5P08 A;  3D3T A;  4EP2 A;  2QI1 A;  4TRY A;  4YD5 A;  4J1E A;  5P0F A;  1DPJ A;  5P4O A;  5P0S A;  1HIV A;  4Y4Z A;  4ACX A;  5OZJ A;  1EBK C;  4K4P A;  1XL5 A;  5P0Z A;  4EJK A;  5P07 A;  5P8M A;  3QRO A;  1XE6 A;  1HTE A;  2V0Z C;  1HIH A;  4LP9 A;  1LYW A;  5P70 A;  3INH A;  3LIY A;  1QBU A;  5P5A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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