3FX5A

Structure of hiv-1 protease in complex with potent inhibitor kni-272 determined by high resolution x-ray crystallography
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords protease
publication title Structure of HIV-1 protease in complex with potent inhibitor KNI-272 determined by high-resolution X-ray and neutron crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3fx5A00
3RTNA 4NJVA 1LYBA 5P46A 4XXSA 2VIZA 4B00A 2WEDA 2R8NA 3TPLA 2ZJKA 2NMYA 5DPZA 3VYEA 2G1NA 3GGAA 5P5FA 2IKUA 4N00A 5OZ9A 3LPKA 1F7AA 1MT7A 2V12C 1D4YA 5P4WA 3S43A 3SABA 5P1UA 1EPNE 4I0DA 5P4NA 5P42A 2ER9E 3SA4A 4YD4A 4Y41A 5P14A 5P2BA 2G1RA 4GJBA 1D4JA 5P07A 1QBSA 5P7KA 4CPSA 1MTRA 1SGZA 3VEUA 5P0VA 4Y3DA 3NWXA 3NUJA 4BELA 1FFFC 1FIVA 5P7PA 2VA6A 2B7ZA 1MUIA 1DW6C 2IGXA 3K5DA 3OOTA 1BV9A 1BVGA 5HDXA 2ANLA 4KE1A 4ACUA 1A8KA 4FAEA 4Y3TA 3DV5A 2R5PA 1HTFA 3Q5HA 3O99A 4RCFA 5P6QA 1LV1A 2BPWA 3VF3A 2XFJA 1AAQA 4CP7A 5HU1A 4Y5CA 4Y3LA 5P72A 1PPKE 1GVXA 4FCOA 2WF2A 4LXAA 5P13A 5JFUA 4OD9A 1ZPKA 5P7UA 5P4LA 1NPWA 4QJAA 3DOXA 5P5HA 3KFSA 3OQ7A 4Y45A 3O9DA 5CLMA 2IQGA 3CKRA 5P0PA 1HTGA 1WBKA 2JXRA 5P0LA 2HPFA 3INHA 5P4VA 2VS2A 5P5OA 1PSOE 5P2MA 3Q6YA 3T7QA 5P1BA 2XYFA 2O4SA 2CEMA 5P0QA 3M9FA 4Q1XA 3UPJA 2QZXA 3OQAA 5HU0A 3S43B 4Y4GA 3NXEA 3WZ6A 1HPOA 4TRZA 3GI5A 4Y43A 4Y3FA 5P1FA 4Y9WA 3L38A 3RTHA 2Z54A 5DQ1A 1HSHA 5P3WA 5BS4A 1IDBA 1YM4A 4AUCA 4PPHA 5P10A 5P53A 4ACXA 1ER8E 5P1CA 1K6PA 3PJ6A 5JG1A 1LF3A 3RU1A 1LF2A 3NYGA 1FQ8A 5P0WA 3NU3A 1B6JA 3Q4BA 6UPJA 4WY6A 1VIJA 5P85A 5P1ZA 5P8MA 1HBVA 2OHLA 2B42A 4A4QA 3LZYA 1IZHA 1W5VA 5P22A 5P28A 4YCTA 1CPIA 3SM1A 2HB3A 2Q5KA 4FSLA 2J9JA 5J25A 2NR6A 1K2BA 3ZKSA 5P34A 5HDZA 3NSHA 5P50A 1E81E 5PEPA 3EBZA 5P6DA 3HAUA 4L7GA 1W5XA 1W5WA 2NTRA 3GGUA 3PBZA 3ZLQA 3HAWA 5IVTA 5P0BA 3D1ZA 4Y5LA 2QI5A 3EKTA 5C9BA 2FDEA 4XKXA 2QNQA 2CENA 3O9HA 3UQXA 1K1UA 3L5FA 2JYSA 4L1AA 4R8YA 2EWYA 4Y53A 1BXOA 1AIDA 5TOLA 5P5KA 3OUDA 3T3CA 1EEDP 4PYVA 3ZKIA 1NSOA 3EKPA 4DV9A 5OYWA 4YBFA 3KDCA 5BRYA 4Y3YA 3CMSA 1T3RA 5P71A 2QMFA 2PSVA 5P43A 2ZJLA 5DQCA 1PPLE 5P23A 5P54A 4F76A 3LZVA 3OUCA 1BIMA 1NH0A 1HIVA 5P69A 5KQZA 3PEPA 3HZCA 5E5KA 5P3XA 4FRKA 1DMPA 3BC4A 5P7EA 1HXBA 5P6KA 3FSMA 2IDWA 5P80A 1E80E 2RENA 3D3TA 5P0UA 5P8BA 1K6TA 1FGCC 3EKVA 4FRIA 5P8HA 3UDJA 3QIHA 1HVJA 1HSGA 3OWNA 3IA9A 3G72A 2J9JB 3UDYA 4LXMA 4FRJA 1EBYA 5OZ0A 1LYWB 3H0BA 3URLA 1HPSA 5OZWA 5P39A 2BBBA 2B8VA 1EC3A 2Q64A 1RNEA 5SXNA 4HA5A 3IXJA 4OC6A 4HDBA 4U7QA 4Y3AA 3EKXA 2AZ8A 4OBFA 2FLEA 2OHKA 4L1AB 1HWRA 5I70A 4Y3NA 3O9FA 5P2UA 5P5IA 3I8WA 2BB9A 2BKSA 3URIA 4GJ8A 5HE4A 5P1KA 5P1XA 1ODXA 5DQ4A 1K1TA 3LZUA 1D4SA 5HE7A 1ZLFA 1NPAA 1T6EX 2G20A 4Y3SA 2NPHA 4GJ5A 4Q5MA 4B77A 1APVE 4FM8A 2QI1A 5AHCA 3R1GB 1HVHA 4A6CA 1MRXA 1FMUA 3SA7A 2UXZA 3NU4A 4RYCA 2I4WA 4B72A 3ER3E 3L59A 4Y57A 2ZJNA 3CYWA 4XX4A 4COEA 4I0IA 5P6UA 2OF0A 2O4PA 2AOFA 1SBGA 5OZCA 5P3PA 5P2TA 4ER2E 5P65A 3OXCA 4HDFA 2OAHA 5P52A 5AHAA 2BKTA 3L58A 3QVIA 4K4QA 5P4KA 5OZQA 1XS7D 2BPXA 2WF3A 2QI4A 3VFBA 5P3LA 3SA3A 5P3FA 1TCXA 2VJ6A 5DR7A 2ZHTA 5C9FA 5P1GA 3LNKA 3EKQA 2F3KA 5COKA 4OC6B 5P02A 5P0GA 3CKTA 2WF0A 5P5SA 1U8GA 2I4DA 5P7RA 5P59A 3C9XA 5P4OA 4I0JA 5HDVA 1HVSA 3OU1A 1FQ7A 3KYRA 4Y3RA 5P0XA 2R43A 1G35A 1A94A 4Y3JA 3ST5A 1HIHA 2G69A 4DJQA 5DQ5A 5P8EA 5P1TA 5P0ZA 4YOBA 3RTMA 4CPUA 1F34A 4I11A 4E43A 2HIZA 2R38A 2VNNA 5APRE 1BDLA 4Y39A 3PSGA 1D4HA 5P8SA 3UDQA 2V11C 2QI7A 2BPVA 4DQBA 4ZPGA 5P0YA 3KMXA 2QHYA 4RRSA 2ER7E 2AVOA 3BGCA 2UPJA 4ZE6A 1YTJA 3EXOA 4GMIA 4YE3A 5P4PA 4CPQA 2QMPA 3PVKA 3UFNA 3D1YA 5P2QA 1ZTZA 2Q15A 4I0ZA 4I0HA 4FGXA 5P6HA 3BVAA 3S45A 1LZQA 3NR6A 1C6XA 2B60A 2I1AA 2OHQA 4J55A 4DJOA 1MT8A 4DQGA 5P0AA 1B5FA 1KJ7A 5P0HA 5P8TA 5P8AA 5P5LA 3L3AA 3IVHA 2FGUA 3KM4A 4F75A 5P33A 3OADA 5P6EA 3I25A 1T6GA 2FMBA 3KF0A 5P6IA 3DJKA 5P06A 5P77A 5P6TA 4WTUA 2OHPA 1T7KA 2FXEA 4EQJA 2ER6E 5P2HA 2QZKA 5P6OA 5P2CA 5P89A 3PBDA 5KAOA 3WZ8A 5P8LA 1BDQA 4QJ6A 4H3IA 3SFCA 1SMEA 2QCIA 2PWCA 3OU1B 1Z1HA 2Q11A 3OXVA 4RLDA 3OGPA 1EC2A 1HPXA 2F3FA 2HC0A 2J9KA 5KR1A 5P7MA 2HS1A 3ZKMA 5P7BA 4R95A 4I10A 3I7EA 2AZCA 5P3GA 1SGUA 1EPQE 4Y51A 3ZKQA 5P5JA 1NPVA 5P0DA 2FNTA 5P1EA 5P6SA 5P6RA 4YA8A 5P7ZA 1SDTA 5F01A 2P3CA 2O4NA 4JPEA 4DQCA 4EXGA 5P6BA 5P2DA 2PH6A 1HHPA 2VA7A 5P5QA 3UDMA 3NWQA 4Y3QA 4MC2A 5P7FA 3LIQA 3TOGA 1GVTA 5P1NA 3Q70A 2BQVA 3OU3A 4TRWA 1QBUA 2PWRA 1SDVA 3U6AA 5OZ6A 4OBZB 3IXOA 5P2GA 4HVPA 5P2NA 2A4FA 1A8GA 1MT9A 2I0DA 5P09A 3DUYA 4RCEA 1IDAA 4EYRA 3UDNA 3OADB 5AGZA 1SDUA 5P7SA 2G26A 3OU4B 4Y56A 4FSEA 4ZPEA 2QD7A 4GJ6A 3KFNA 5JODA 1FF0C 2AVVA 3IXKA 4D83A 2ZYEA 5HE5A 3VCMA 2QZWA 3K4VC 3QRSA 5P4QA 5P7OA 5P7HA 5OZVA 2NMZA 1OEWA 1YTGA 5ER1E 2Q63A 3K5FA 3FV3A 1C6ZA 2JJIA 1E82E 5P4FA 5P7VA 3QRVA 2G1SA 1AVFA 4HLAA 4OBGA 4J1CA 5P38A 3BXRA 2QNPA 5P00A 2WEBA 1LF4A 2WF1A 4Y3MA 5P7AA 3O9GA 3JVWA 2HM1A 4B1EA 4JP9A 4BEKA 4Y5MA 1BBSA 1DAZC 2R5QA 5OZZA 4GJCA 2APRA 3WSJA 1M43A 9HVPA 4APRE 4DQHA 5DGWA 5OZ8A 5P8JA 5E5JA 3MXDA 1HVLA 2P3BA 5P08A 3AUPA 4JOOA 4Y3HA 5P3VA 1QRPE 1LYBB 4RVIA 1BWAA 5P49A 5P8VA 2VIJA 4EPJA 3A2OA 4Y5AA 2PH8A 3OY4A 5P8PA 3OAGA 3CKPA 5KQFA 3SO9A 5OZJA 3MWSA 1T7JA 5HVPA 2Q3KA 2WKZA 5P3ZA 5OYYA 5P8UA 3OTYA 4WY1A 2ZGAA 1IZIA 1C70A 8HVPA 4B70A 3EM4A 5P74A 1W5YA 3G70A 3LIVA 3ZPTA 5P1QA 4Y4BA 2RSPA 3IGBA 4R5NA 1DIFA 5P2ZA 5P31A 5P67A 4EXHA 1A30A 3OOZA 5F00A 2NXMA 3LIZA 2PK5A 5P6XA 3SLZA 2O4KA 1SP5A 3B7VA 1FLHA 4GIDA 2AOIA 4J0ZA 5P47A 4ZSMA 2PQZA 1G2KA 4Y4UA 5P66A 1HIIA 2HS2A 2IKOA 4YD7A 5P2KA 3OUAA 5P0JA 5HCTA 2V13A 4OD9B 3PMYA 2FGVA 1QDMA 3O9BA 3UDKA 1MIQA 5P8QA 4M8YA 5P4UA 4YD6A 1AXAA 3OXXA 4B1DA 1FMXA 2BPZA 4D89A 5P0OA 5P3NA 2OHTA 1FQ5A 4Y6MA 5P8OA 5I3YA 5P57A 1VIKA 5OZ7A 1AM5A 5ENMA 3K1WA 3APPA 3PLDA 3R0YA 4NPTA 5P01A 5OZ1A 4B05A 4OBDA 5OZGA 5P6JA 2ZDZA 5OZ2A 3DK1A 4CPTA 5P18A 3ZKXA 3TLHA 4F74A 3TKWA 5DR1A 5P1AA 1MSNA 4TVGA 2I4QA 3CIDA 4K4RA 5P2WA 3VUCA 4OBKA 4AA8A 4EJLA 1APWE 2OHRA 5P4HA 2BPYA 2WECA 3KFRA 1GVWA 4Y4AA 1WKRA 4DJVA 2XYEA 5P4SA 5KR8A 5COPA 3EL4A 1YX9A 5DGUA 5OYXA 4HDPA 2G24A 1AJVA 5P7WA 3O9EA 5P6WA 4CPWA 5P1SA 3MXEA 5OZNA 3PI5A 4EHCA 3UQUA 4F73A 2SAMA 5P3CA 1B6LA 1BDRA 5OZ4A 5P8CA 3UDPA 4D8CA 3JW2A 3INDA 3DV1A 1KJ4A 5P03A 2RKFA 1T7IA 1KJFA 4EP3A 2Z4OA 5ISJA 3K5CA 3UCBA 4Y5PA 2G94A 5P3EA 5P0CA 3OK9A 2OHUA 5P7QA 3OUBA 1Z8CA 5P4RA 1PFZA 4Y3ZA 3SQFA 3TPPA 3U71A 3VLAA 3UDHA 1C6YA 2QK5A 2B8LA 4Z4XA 4YD5A 2R3WA 1MSMA 2AQUA 4IVTA 2BJUA 3QROA 3BVBA 4DH6A 4FS4A 5OZYA 3WZ7A 5OZMA 2G27A 4B78A 3HW1A 5P0NA 4Y4ZA 3UDRA 3OUDB 5P88A 5P64A 5P4GA 4X2LA 5P78A 3GW5A 5P4CA 4ZIPA 3D1XA 5OZBA 2RKGA 4FM7A 5P7JA 4DPFA 5P44A 4BFBA 5P7CA 3GI6A 5P5UA 1TSUA 1RV7A 4EWOA 5P8RA 5P1DA 5P3YA 2AVQA 4DQFA 5OZKA 1ENTE 3GGXA 5P45A 3FNTA 2UY0A 1HVCA 3VV6A 4LXKA 1IZDA 3PMUA 3L5DA 1GVVA 4QJ2A 3LHGA 4Z2ZA 4FIVA 4DJUA 1RQ9A 3EMYA 5P0EA 4R93A 3VLBA 1SH9A 5P4ZA 1AJXA 5AH8A 4KUPA 3VF7A 3MSKA 5HTZA 5JFPA 4YOAA 3UFLA 4EQ0A 5P7XA 1QS8A 4R91A 2QI3A 2QD8A 2ZJIA 3PI0A 4ZEAA 3MSJA 1ZP8A 1FQ6A 4EJKA 5P25A 3ER5E 3VV8A 5P58A 3O9LA 3S85A 3NU6A 5P30A 3Q3TA 3RVIA 5OYVA 3EKYA 4APEA 4CPRA 4J0YA 1BV7A 4NJUA 5OZIA 1APTE 2WL0A 3PWMA 5OYRA 1MRWA 2WF4A 1ODWA 5OZPA 3R0WA 3S7LA 2QI0A 2G21A 3SKFA 5P5AA 1LYAA 4OBJA 5P6MA 5P3MA 1BILA 4TVHA 3PB5A 3NXNA 3CIBA 4Z22A 3K5GA 5P8IA 5DR4A 3S53A 1G0VA 3EL9A 4LC7A 3ZMGA 5KR2A 4OBHA 4NJTA 3KN0A 3KDDA 3QVCA 1IIQA 1SMRA 5OZUA 4B0QA 4BFDA 1EPLE 3L5BA 4S1GA 4Q1YA 4ZPFA 3TL9A 4Y54A 2IS0A 5P36A 3PSYA 2FDDA 2G1YA 1W6HA 2IENA 2ZHVA 4YDGA 3H5BA 5OZOA 3BUGA 4RVXA 1RL8A 2VIYA 3RSVA 1XN2A 1HEFE 2FDPA 2HAHA 4RRNA 4CMSA 3LINA 5KR0A 1HTEA 3ZOVA 1D4KA 2AOJA 5P3BA 5OZTA 4GJAA 3O9IA 1ZAPA 2FNSA 4IVSA 3O9LB 4GJDA 4ER4E 5P4DA 5P6LA 4FL8A 5FIVA 2VA5A 4L7HA 4PHVA 5P2EA 1JLDA 3T7PA 2QD6A 1HVRA 4PZWA 5P5GA 5P0FA 2ZHUA 3I6OA 1TW7A 4Y5EA 4I0EA 5P41A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTN A;  4NJV A;  1LYB A;  5P46 A;  4XXS A;  2VIZ A;  4B00 A;  2WED A;  2R8N A;  3TPL A;  2ZJK A;  2NMY A;  5DPZ A;  3VYE A;  2G1N A;  3GGA A;  5P5F A;  2IKU A;  4N00 A;  5OZ9 A;  3LPK A;  1F7A A;  1MT7 A;  2V12 C;  1D4Y A;  5P4W A;  3S43 A;  3SAB A;  5P1U A;  1EPN E;  4I0D A;  5P4N A;  5P42 A;  2ER9 E;  3SA4 A;  4YD4 A;  4Y41 A;  5P14 A;  5P2B A;  2G1R A;  4GJB A;  1D4J A;  5P07 A;  1QBS A;  5P7K A;  4CPS A;  1MTR A;  1SGZ A;  3VEU A;  5P0V A;  4Y3D A;  3NWX A;  3NUJ A;  4BEL A;  1FFF C;  1FIV A;  5P7P A;  2VA6 A;  2B7Z A;  1MUI A;  1DW6 C;  2IGX A;  3K5D A;  3OOT A;  1BV9 A;  1BVG A;  5HDX A;  2ANL A;  4KE1 A;  4ACU A;  1A8K A;  4FAE A;  4Y3T A;  3DV5 A;  2R5P A;  1HTF A;  3Q5H A;  3O99 A;  4RCF A;  5P6Q A;  1LV1 A;  2BPW A;  3VF3 A;  2XFJ A;  1AAQ A;  4CP7 A;  5HU1 A;  4Y5C A;  4Y3L A;  5P72 A;  1PPK E;  1GVX A;  4FCO A;  2WF2 A;  4LXA A;  5P13 A;  5JFU A;  4OD9 A;  1ZPK A;  5P7U A;  5P4L A;  1NPW A;  4QJA A;  3DOX A;  5P5H A;  3KFS A;  3OQ7 A;  4Y45 A;  3O9D A;  5CLM A;  2IQG A;  3CKR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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