2F81A

Hiv-1 protease mutant l90m complexed with inhibitor tmc114
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords POL POLYPROTEIN
publication title Effectiveness of Nonpeptide Clinical Inhibitor TMC-114 on HIV-1 Protease with Highly Drug Resistant Mutations D30N, I50V, and L90M.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2f81A00
5OZ8A 4PPHA 5KQYA 5P80A 4A4QA 3D91A 4YBIA 3L59A 1DP5A 5OZ1A 1D4SA 5P29A 1HSGA 2IQGA 3OADA 1IZDA 5P0FA 3UDYA 2IL2A 5P41A 5IVSA 1HPOA 2R38A 1RNEA 5P2ZA 5DQ4A 4U8WA 5P53A 4Y5GA 5HDVA 4Y53A 5JFPA 3EKPA 4DVFA 3OOZA 5P6DA 3NWQA 3ZKQA 4IVSA 4Y38A 3KA2A 1FQ4A 3QPJA 4I8ZA 3O9HA 2G1NA 5P36A 3UQRA 3PRSA 3OHFA 2QMDA 4Y5PA 4BFDA 1EPPE 1AJVA 5P5OA 1FMBA 4GB2A 5P3SA 5P4BA 5P5MA 5P7YA 2QD6A 4ZE6A 1SGZA 5P1TA 1BV7A 4WY1A 1W5WA 1C6ZA 3VF7A 2BPXA 4L7GA 5P18A 5AH8A 5F00A 3L5CA 5CONA 2ANLA 2R5QA 2ASIA 4FM7A 3JVWA 5P4PA 2Q15A 5HD0A 4GJBA 5P6JA 5HVPA 5P1EA 5OYYA 1HSHA 1T7IA 4CPSA 4U7VA 4Y43A 1BAIA 2V13A 1HXBA 1BV9A 2OHUA 3SABA 1F34A 4Y45A 2G21A 5P4HA 1KJ7A 5JG1A 5AHAA 1TCXA 1OD1A 2XFJA 4RZ1A 5P6LA 1CZIE 5P43A 3SKFA 4OC6B 2P3DA 1BXQA 1HOSA 4Y36A 3EKWA 4JPCA 3UCBA 3O9AA 4K4RA 4YBFA 5P2IA 4GJ9A 4R8YA 2FDEA 5P3GA 3NXNA 3MXEA 4DH6A 4L7JA 2R8NA 5PEPA 6UPJA 3FNUA 5P3NA 4NJTA 3GW5A 5OYQA 5P7MA 1QS8A 5DR1A 5P3VA 1A9MA 5P8NA 4QJ9A 4CPTA 4I0GA 4R91A 4FCOA 5P39A 3WZ7A 1TQFA 3PMYA 4Y3WA 5P6QA 3CKPA 5IVQA 2AIDA 5OZJA 1W5XA 3OU4B 5P0ZA 5TOLA 5E5JA 4B1CA 1EPOE 3OOTA 2XFKA 4EHCA 4Y3GA 5IVTA 5COOA 1N49A 5P5QA 1BWAA 5ISJA 3O9EA 5COKA 4CPQA 4HE9A 1BVEA 1W6IA 4Y9WA 4APRE 5KQXA 3O9FA 3URIA 3UDKA 5P6PA 4Y48A 5P12A 5P40A 2VNMA 2FNSA 5OYZA 5P4FA 1RV7A 1ZBGA 2O4NA 3OUDB 3PLDA 3BUFA 2QZXA 4FRJA 5P1VA 5P5DA 2O4PA 3SAAA 2JJIA 3PWMA 1YTHA 3OXWA 5P79A 1CMSA 4B70A 3OUBA 2AZ9A 1G35A 3O9GA 2ZDZA 4D88A 4R93A 2P4JA 3OQKA 1MTRA 5P0KA 4EP2A 2AVQA 4YOAA 2I0AA 2IEOA 2BKSA 5F01A 2P3CA 2Z54A 3FX5A 1A8KA 5P1BA 3OU1A 4DQBA 3PBZA 1HPXA 4WY6A 2AOIA 5P8BA 2QI5A 5P14A 1W5VA 4I0JA 5P01A 1AAQA 3EMYA 3HLOA 1NPWA 1XL5A 3NUOA 1GVWA 3S56A 5P34A 4I10A 4Y54A 5C9FA 2Q11A 1EBKC 5P8MA 1PSNA 4Y5EA 1EC3A 3CKTA 4TRYA 5CLMA 5OYRA 3HW1A 2PQZA 3ZKGA 2R3WA 2UXZA 4HDFA 4CP7A 4Z4XA 2WECA 4QLHA 3ZPUA 2I4XA 5AH9A 4Q1YA 2BBBA 2V12C 1PSAA 2FDPA 4ZSPA 5P86A 4CKUA 5P2LA 2FNTA 3EXOA 3WSJA 3ZKNA 2BPVA 2JXRA 3EKQA 3EL5A 2P3BB 5DR3A 2O4LA 5P7LA 4YD7A 2VIZA 4YCYA 4EJLA 3ST5A 5P3JA 2VJ7A 3URLA 1YT9A 3DUYA 4J1KA 2ZHVA 1ZLFA 4QGIA 2QCIA 3LZYA 2G94A 4I0ZA 5P1PA 5P54A 4DJVA 3DOXA 1NH0A 5DR8A 4LHHA 1IZHA 1G6LA 2PSVA 3KFPA 5OZ2A 2JJJA 3TPLA 4Q5MA 1FG8C 3PB5A 5P4EA 3KFNA 3LIVA 4I0HA 2WL0A 3OQFA 1LS5A 4EPJA 1HIIA 5OZWA 1AIDA 5P0GA 2P3AA 3UDHA 3GI4A 4F76A 3G6ZA 3BUHA 3OXXA 3UPJA 1IBQA 4Y3JA 3EC0A 4NJVA 5P58A 5P7KA 3H5BA 5P0JA 1TW7A 2NR6A 5P62A 5P8PA 4DUSA 1EPME 2JYSA 5P2CA 5E5KA 5OZCA 1HEFE 2CEMA 4Y57A 1RPIA 5P20A 4XX3A 3A2OA 4DJXA 5P2RA 5KR8A 5P0AA 5OZLA 3D20A 4Y4JA 3IN3A 2J9JB 4FRSA 1MSMA 1LV1A 3OQAA 5P4SA 5HU1A 3PBDA 3PHVA 3OXCA 1QBUA 5P44A 5J25A 1LYAB 2G1OA 4OBKA 3SO9A 4Y4BA 1ZTZA 3INDA 5OYSA 4Y3AA 4Y5BA 5P00A 5P05A 2OHRA 4ZIPA 5P6SA 3NU4A 4Y35A 1ZJ7A 2CENA 1FFIC 3BHEA 5P8DA 1TZSA 4PZWA 4YD4A 3QRSA 5JODA 1U8GA 4K4PA 4NPTA 4RLDA 2IKUA 1MESA 1DPJA 5OZEA 2QMPA 2NXMA 1MUIA 4I11A 2CEJA 4JOOA 2IDWA 4MC2A 4LXKA 3VLBA 3RTMA 1EPLE 3NU5A 5P1AA 2JE4A 3TOFA 2ZJHA 4Y3HA 2B60A 5P52A 5P46A 1EC2A 1FLHA 3EBZA 3RSXA 1KJGA 5DQCA 5P8VA 1B5FA 3GI5A 4KB9A 5P09A 1Z8CA 2QHZA 4OBDA 1B6JA 3IVIA 5OZSA 3KMYA 5P7RA 4Y44A 2QI4A 3K5FA 5SY3A 2F8GA 5OZNA 3URJA 1UH9A 1EEDP 1DW6C 2OHTA 5IVRA 5P3CA 5P89A 2F81A 5I3XA 3OAGB 3C9XA 4YCTA 3IN4A 4MC6A 3PEPA 2OHPA 2QU3A 5P7EA 1D4YA 4LP9A 5P1YA 5P3AA 1MIQA 3UQWA 3MWSA 5P38A 5P76A 5P7OA 4OD9A 4LBTA 3KT5A 5P0HA 5P5VA 3DCKA 2I0DA 3NU3A 2VJ9A 4Y5AA 5P3LA 3HDKA 3UDMA 3HD8A 1TSQA 3O9IA 3CYXA 4AMTA 4TRZA 4KE1A 1ZAPA 7HVPA 5P71A 5P6XA 1PROA 1K6VA 3FV3A 4NPUA 4AA8A 1BDRA 5P0RA 3OXVA 2I1AA 5P6WA 5DQ1A 2R3TA 3PWWA 5AHBA 2Q5KA 3K5CA 4COEA 4FLGA 4LXAA 5IE1A 4RCEA 1K2BA 4GJ8A 5P6FA 1LYWB 1MT7A 2V0ZC 1HVSA 3VV7A 4FRKA 4Y5LA 4RVJA 4FAEA 5P7BA 5P0VA 3TOGA 1VIKA 3LPIA 1APVE 3ECGA 4Y4WA 4JP9A 5P48A 1RQ9A 4ACUA 2QNNA 1SP5A 3PI5A 1M43A 4FE6A 1YX9A 3SPKA 4NJUA 2QHCA 5OZYA 1SIPA 4RYGA 5ENMA 5P3UA 5P88A 3O9LB 3EKYA 3NU9A 4Y3FA 4B05A 4OBGA 5P5CA 2NNKA 2FS4A 3ZKIA 2UPJA 2FIVA 1BXOA 1HVLA 3GI0A 1M4HA 3B7VA 5P5TA 1FQ7A 1IIQA 1OEXA 3GGVA 3ZOVA 5HU0A 2P83A 3ZKSA 3S54A 3KYRA 4Y3TA 5P5YA 3L58A 2ZJKA 3DJKA 4Y3QA 4DV9A 3HZCA 2WHHA 2MIPA 4Y50A 4WTUA 5P2MA 5P63A 3KDDA 3PSUA 4DJYA 5OZOA 1SGUA 5P7AA 3T11A 3TLHA 2HAHA 1AZ5A 5P3DA 5HDUA 3MSKA 1MTBA 5P7WA 1WBMA 3APPA 3LZUA 4YE3A 3U71A 4FGXA 4OBZA 2BPWA 4RCFA 5P7TA 3DK1A 1KZKA 5AH6A 2I4UA 5P0CA 5OZ9A 2IGXA 5P5FA 3VFAA 2VIJA 3VF3A 3DCRA 5C9BA 4DJQA 5P1NA 3PSGA 5P7DA 1GNOA 4DPIA 5P25A 3H0BA 2WEBA 3VG1A 1T3RA 2V11C 1EAGA 4M8YA 1FG6C 4U7QA 2FXDA 2Q64A 5P15A 1HSIA 5SY2A 5P8QA 4OBJA 5P6YA 2QMFA 2WF4A 3O9CA 5P17A 1GNMA 3KFSA 3SA5A 1LYBB 2I4WA 3DV1A 3TTPA 2ZJMA 5P4QA 5P85A 5OYVA 5OZZA 2BQVA 3KF0A 1D4HA 3QI1A 5P57A 3TPPA 5P1GA 5P8JA 4TRWA 1IZIA 4FM8A 3TPJA 5P7PA 1XN3A 5DGWA 3NR6A 5P7IA 3LIQA 3K4VC 3UDPA 4D8CA 1BWBA 5P8LA 5P1FA 5HDZA 3VV8A 5KOSA 1E80E 5P8GA 3PSYA 1XE6A 5DR0A 5P7GA 2F3KA 5P0DA 1ZSRA 3D1XA 2XYEA 4GJ7A 5DPZA 3T7QA 5P5KA 4N00A 5P0IA 3PCWA 4Y3SA 3ER3E 4I0DA 3KFRA 2VA7A 5OYWA 2ER9E 5P5PA 5HE4A 2VNNA 3FKTA 5KR1A 1TCWA 4DJUA 4OBFA 2PK5A 1QBTA 3I25A 3R4BA 4K9HA 3QRVA 2IGYA 1EBZA 2OHSA 3IVHA 5COPA 5OZ6A 2AVMA 1T6EX 3OGQA 8HVPA 4YD5A 1DIFA 2AVVA 2VA6A 3K5DA 4Y6MA 3VYFA 1SH9A 1PFZA 3IA9A 5P7XA 1B6MA 5P4AA 3NXEA 4PYVA 3Q5HA 3OADB 4L1AA 4RYCA 5P84A 5P2WA 4QJ2A 2AZ8A 4A6BA 4GMIA 4Y3NA 3T6IA 4ZPFA 3QP0A 3OGPA 2R5PA 2ZE1A 2HPEA 5P7FA 3VUCA 2BPZA 5P2NA 5P1XA 5T4SA 5P5EA 2AODA 5P1OA 5P6CA 5OZVA 5P28A 1HTFA 1M0BA 4Y4XA 5P3YA 4FIVA 1AJXA 1B6KA 3LIYA 5DQ5A 1ZPAA 3SM1A 4BFBA 5P5SA 2ZHUA 3L5FA 5KR2A 2VA5A 3TOHA 5P3FA 4Y4ZA 4DJWA 1KJHA 4R5NA 3VYDA 5P0PA 4GIDA 3ZPTA 2BPYA 5P3ZA 2QP8A 2AOEA 1MEUA 4LC7A 1D4KA 1ME6A 2EWYA 2AOCA 1J71A 1UH7A 5P4OA 2WKZA 5DR7A 1E82E 4PHVA 5P3WA 5P73A 2RSPA 3RSVA 1W51A 2I4DA 3EKXA 4Y5CA 2QAKA 3S45A 1HVCA 1SMRA 3INFA 5P2SA 4Y51A 1EBYA 2HS2A 1AXAA 5P8HA 3MSJA 1PPLE 3IXKA 3SFCA 5P2BA 4J0ZA 2OHQA 2B8VA 4CPRA 5P4LA 4FL8A 3PM4A 2NTRA 2H6SA 2PK6A 2NMYA 2FGVA 3ZLQA 5P5NA 3ZKMA 3RU1A 3UHLA 3VF5A 4ZLSA 2XYFA 4Q1WA 3KMXA 4HEGA 5P1KA 3QS1A 1EPQE 2HB4A 2HB3A 1HVIA 1XL2A 3N4LA 4GJ6A 3GGXA 5P0OA 4J0PA 4Y4AA 1GVUA 5P8UA 3RTHA 4J1HA 3Q3TA 1IVPA 5P0LA 5P6NA 1WBKA 3FNTA 3L5DA 1SDVA 1APWE 2OHKA 2WF2A 2FMBA 5AHCA 3EKTA 4J1CA 4MC1A 4HDPA 5P0SA 5P3MA 4RCDA 1B11A 4GZFA 1LF2A 3EL9A 2WJOA 5BS4A 2OHLA 3S2OA 4F73A 4EWOA 4D89A 2HS1A 1APTE 3O9BA 4QJ6A 2AZCA 3UF3A 5EZXA 1FEJC 5P2AA 2OF0A 1Z1HA 3HAUA 1EPNE 2BB9A 5P02A 2QZKA 4Y3XA 4B00A 5P3EA 1ODXA 1SMEA 3R0WA 3UQXA 3VFBA 2OHNA 2B7ZA 5P47A 1HIHA 4Y47A 3S8IA 2O4SA 3NWXA 3SA4A 1FMXA 2QZWA 5P4MA 5P2UA 3VLAA 1XN2A 4J5JA 3FIVA 5OZMA 1T6GA 2HC0A 4XKXA 3QVIA 1FQ8A 2F80A 4PEPA 1FQXA 1HTEA 3QBHA 5P4GA 5HE7A 2NNPA 5P4ZA 3UDQA 5P6BA 5P0QA 5P1RA 2FLEA 5P6VA 1APUE 3BXSA 4RRNA 2FGUA 5P87A 2ZGAA 3OU3A 4YD3A 1XDHA 3FSMA 5OZDA 4I1CA 5P4WA 2PH6A 5ENKA 5P4VA 5P2XA 1VIJA 4AZYA 3OU1B 5P24A 4Y4EA 5APRE 5KR0A 1EBWA 5P4DA 5OZQA 3IGBA 3QIHA 1BDLA 5P3RA 4FAFA 5P1SA 5P6EA 5P3PA 3LHGA 4RROA 1BIMA 4H3JA 4FSLA 3SM2A 5I3YA 3VEUA 4Y56A 4XXSA 4J0VA 2B42A 3PWRA 2NXLA 3BGCA 4H3IA 1FFFC 5P82A 4ER4E 2ER6E 2Q54A 5HCOA 2ER7E 1MERA 2NXDA 5P70A 4EJDA 4Y41A 3I2LA 5P4TA 4CMSA 5P4CA 3L5EA 3NLSA 2NPHA 5P5WA 2UY0A 4YOBA 2NMZA 6FIVA 4EXHA 4Y4DA 2AOJA 2I4QA 1T7JA 4F74A 1PPKE 5P23A 1ZSFA 2V10C 3F9QA 5P5HA 5ISKA 5P66A 1K1TA 3I6OA 3IXJA 5P2DA 5OZRA 3NDWA 5P3KA 5P64A 5ER1E 3BXRA 1W6HA 3S43B 2RENA 1A94A 4J0TA 5P5GA 3QRMA 2ZHSA 5P6GA 1IDBA 1ODYA 5P7CA 1K6CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ8 A;  4PPH A;  5KQY A;  5P80 A;  4A4Q A;  3D91 A;  4YBI A;  3L59 A;  1DP5 A;  5OZ1 A;  1D4S A;  5P29 A;  1HSG A;  2IQG A;  3OAD A;  1IZD A;  5P0F A;  3UDY A;  2IL2 A;  5P41 A;  5IVS A;  1HPO A;  2R38 A;  1RNE A;  5P2Z A;  5DQ4 A;  4U8W A;  5P53 A;  4Y5G A;  5HDV A;  4Y53 A;  5JFP A;  3EKP A;  4DVF A;  3OOZ A;  5P6D A;  3NWQ A;  3ZKQ A;  4IVS A;  4Y38 A;  3KA2 A;  1FQ4 A;  3QPJ A;  4I8Z A;  3O9H A;  2G1N A;  5P36 A;  3UQR A;  3PRS A;  3OHF A;  2QMD A;  4Y5P A;  4BFD A;  1EPP E;  1AJV A;  5P5O A;  1FMB A;  4GB2 A;  5P3S A;  5P4B A;  5P5M A;  5P7Y A;  2QD6 A;  4ZE6 A;  1SGZ A;  5P1T A;  1BV7 A;  4WY1 A;  1W5W A;  1C6Z A;  3VF7 A;  2BPX A;  4L7G A;  5P18 A;  5AH8 A;  5F00 A;  3L5C A;  5CON A;  2ANL A;  2R5Q A;  2ASI A;  4FM7 A;  3JVW A;  5P4P A;  2Q15 A;  5HD0 A;  4GJB A;  5P6J A;  5HVP A;  5P1E A;  5OYY A;  1HSH A;  1T7I A;  4CPS A;  4U7V A;  4Y43 A;  1BAI A;  2V13 A;  1HXB A;  1BV9 A;  2OHU A;  3SAB A;  1F34 A;  4Y45 A;  2G21 A;  5P4H A;  1KJ7 A;  5JG1 A;  5AHA A;  1TCX A;  1OD1 A;  2XFJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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