5OZKA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 31
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozkA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozkA01
5P5IA 4D85A 5P5GA 5P8RA 2NPHA 3PI5A 4EXGA 1K1UA 3KFNA 1D4HA 1PPLE 4NJSA 1BXQA 1UH9A 4I0DA 5P2KA 3EXOA 1VIJA 2IEOA 3HAUA 5P4YA 4RGHA 2PK5A 3URLA 5P62A 3EMYA 2BB9A 5P57A 5P2NA 4YHQA 5OZJA 2VIEA 3OQFA 4DQEA 5P7PA 3D91A 2P83A 4ER4E 4Y37A 2RENA 3FNTA 1B5FA 2V11C 1B6JA 1WKRA 2VJ9A 2R38A 1BV7A 3QS1A 5P5SA 1K6TA 5P53A 5P09A 3UFLA 2Q11A 5DQ1A 4YA8A 1BVEA 4DQBA 5P8CA 2QHCA 2F8GA 5P28A 4Y4XA 5OZ2A 1SH9A 5P1YA 2IQGA 5DR3A 4Y3PA 3UQUA 1W5WA 1HVKA 3TPRA 5P4JA 4EPJA 2OHPA 3QBHA 3N4LA 3ZKMA 5P35A 4FRSA 5AHAA 4Y3TA 5DQ5A 4D88A 5P7RA 1NSOA 1EPME 4R95A 1BVGA 1HSHA 1IVPA 5P1VA 4L1AA 5P76A 3HAWA 2BKTA 4Y45A 2NNPA 4RYGA 4IVSA 3M9FA 4J5JA 3BGCA 5HDXA 5P45A 3HVGA 5P6WA 5P8BA 2AZBA 1LV1A 1XL5A 1AIDA 4R8YA 4Y4GA 4DJWA 2QNQA 3O9BA 5DQ4A 2QHYA 5P48A 1SMRA 4Z4XA 2WEDA 5P0EA 4Y3AA 5CLMA 5OZ3A 4AZYA 1UH7A 5P79A 1LYWA 4Q1WA 5P54A 5P7BA 5P15A 4EJ8A 4HVPA 3QRSA 2IKOA 5P1MA 4Y51A 4RVIA 5P07A 2AVOA 3T7PA 5P3BA 4FM8A 4Y3EA 2O40A 3ZMGA 3AUPA 4EHCA 3S2OA 3PRSA 2FXEA 3VV6A 3PSYA 4YDFA 3RTMA 1EBYA 4FIVA 3S54A 3GW5A 4FM6A 1YTJA 5P78A 2G1RA 5P4OA 3OXCA 4YD5A 1E82E 4J0ZA 5P1SA 5P8AA 4FAEA 4F74A 4EQ0A 3PM4A 3UDKA 3OU1B 1AAQA 1RL8A 1EPPE 3HZCA 5P3JA 5DPZA 4Y53A 4BFDA 5I3YA 4CKUA 2ER6E 5P1AA 5P6CA 5P5PA 4QJ8A 1EC3A 1HSGA 5OZUA 2G1OA 1DAZC 1A94A 1QBUA 4YBIA 4Y4AA 3HW1A 5OYRA 3D20A 1VIKA 4Y48A 5P88A 3A2OA 3OTYA 5P3UA 5P22A 4EYRA 3JVWA 3GGUA 4I11A 7UPJA 3VV8A 3U6AA 1SDUA 3U71A 5P0WA 3H0BA 2P3CA 5P6TA 3R1GB 5P2SA 5HDVA 1WBKA 4RYCA 5P83A 1WBMA 5DQCA 2OF0A 5P3MA 4RZ1A 2WF1A 4N00A 1IZDA 3LINA 5P5DA 3NU5A 4OBGA 1MTRA 4H3GA 5P6NA 1FGCC 5P85A 5P8EA 3CKRA 5P75A 3L59A 4I0FA 2QZLA 3HD8A 2NXLA 3G72A 1ZLFA 5P0NA 1SMEA 1FEJC 3PLDA 5P1XA 5P4EA 1SGZA 3TPJA 3CKTA 3O9HA 3QVCA 5P2BA 5P40A 3GGVA 4XX4A 4OBZA 3OGQA 1YM4A 3PEPA 5KR1A 4I8ZA 4YD4A 5P3EA 1EC2A 6FIVA 2NTRA 1PPME 2VIZA 3QRMA 3FSMA 1ODWA 1W5VA 5OZOA 5P0AA 2G69A 5IVQA 2OHTA 3GGXA 4R91A 5P51A 3TH9A 5SXNA 1LF2A 5CONA 4J1CA 1IZHA 3ZPSA 5P0UA 4OBFA 4DJRA 3RVIA 4Y4WA 5P12A 3KT2A 1B5FB 4BEKA 3GI0A 1CZIE 5P6UA 3LPKA 5OYUA 1ODXA 2R3WA 5P8DA 5P7MA 4Y3RA 1B6MA 4GJ5A 1EPRE 4I0HA 5JG1A 4EP3A 2ZJHA 1FIVA 2I0DA 3PWWA 5ISJA 1DMPA 5P4IA 3NLSA 1K6CA 4YE3A 3UQXA 3VSWA 3UTLA 4RCFA 1HPXA 1B6LA 1A9MA 5P8GA 2P3BB 2B8LA 3GI5A 1LEEA 1EBWA 5P19A 5OZ0A 4Y3SA 4L1AB 4Y38A 2OHKA 4GIDA 1W5YA 1YX9A 5P3IA 5P1LA 5P8NA 3KN0A 1YG9A 5P8FA 3UDYA 3ZKIA 2VA7A 5P2EA 4I1CA 4X7IA 1PSOE 5P36A 1PPKE 3NXEA 4CPRA 3S45A 5P4DA 4B1CA 5P4NA 5P6PA 4CPTA 3OUDA 5COKA 1B11A 1BDLA 4Y50A 1ZJ7A 2PYMA 4IVTA 4B05A 1LYWB 5P04A 4M8XA 5P5TA 4Y39A 4GJ7A 2R43A 3KYRA 5P34A 2P3AA 5OZYA 1G35A 4ACUA 3DV1A 1RQ9A 2O4PA 3KDDA 2PSGA 4OBKA 3UF3A 1HIIA 5DR0A 5P6EA 4GJCA 4RRNA 2ZHSA 1BV9A 5P7NA 1APTE 4B70A 2J9KA 4OBJA 4I8WA 5P5EA 5P29A 4WY6A 1EAGA 1EBZA 2CENA 2PWCA 4KB9A 1QBRA 5P02A 5P55A 5P7CA 5C9DA 3K1WA 4HLAA 5OYTA 5KR0A 5P64A 1GVTA 5P1UA 2ZJJA 5F00A 2AOGA 4ACXA 4M8YA 2HB3A 4R92A 4TVGA 3IXKA 5HDZA 4Y56A 2A1EA 5P2MA 3OY4A 2VNMA 3U7SA 3OTSA 4ZPFA 3NR6A 1W6HA 2AODA 4R5NA 3NUOA 5ER1E 4QJAA 3EL0A 2BPWA 3B80A 4FCOA 3EL5A 1PSAA 1HEGE 4Y3LA 3BUHA 3ZKSA 2Z4OA 4XKXA 2Z54A 5P1IA 3L38A 1K2BA 4Y5EA 3PLLA 1MT7A 3O9LA 1ZTZA 3JVYA 1E5OE 5KQYA 5P4GA 5P27A 2APRA 3EC0A 1MRWA 5P2LA 3SA5A 5P17A 1BWAA 2OHUA 1ZSFA 1T7JA 5P0FA 2ZHTA 3NDUA 2QMGA 2B7ZA 3FX5A 5P49A 4AUCA 1MERA 5SY2A 1NPVA 3BHEA 1FFFC 4QJ6A 3NU3A 4ZE6A 1XE6A 5P6ZA 3NU4A 5P4PA 1HPOA 2O4SA 1HIVA 4Y3GA 3LZSA 4OBZB 2WEAA 1HSIA 2PC0A 3OQAA 3IN3A 3R0YA 4NKKA 3EL9A 5P4MA 5P5UA 1M43A 3UDJA 5P5LA 4TVHA 5P81A 1LZQA 5E5KA 3KFSA 2ER7E 3INHA 5P2JA 5P6LA 5DQ2A 4Q1NA 4LHHA 4ZSMA 1NH0A 4A6CA 4I0EA 3OWNA 5P4RA 3ER5E 3VCMA 5ENMA 3OUBA 1BDRA 2OHSA 1RNEA 2NMZA 2EWYA 5IVTA 1ZPKA 3SA9A 2FDPA 1KJ4A 4FS4A 3K5FA 5IVSA 3Q5HA 5P0SA 5P8KA 3OXWA 1CMSA 5OZBA 2OHLA 4B00A 3CICA 1TQFA 4Y5MA 5P2RA 4RLDA 5PEPA 3OQ7A 1D4KA 1CPIA 3BC4A 4COEA 1XL2A 2QAKA 3PMUA 5OZKA 1T7IA 3CIDA 5P7ZA 5P6VA 5P2HA 2ZDZA 3MWSA 1MEUA 3EL1A 3F9QA 5UPJA 2BPYA 5P8MA 5E5JA 2PH8A 2ZGAA 5P7KA 3C9XA 3R0WA 5P4FA 1UPJA 5P2XA 2G27A 1KJHA 3OADB 4Q5MA 2HPFA 1HXBA 3WB5A 3OUDB 5COPA 4CPXA 3L5BA 1DP5A 3APPA 3ZPUA 2AQUA 2V13A 1C6YA 4RROA 5OZGA 1BDQA 2I4XA 3OU4B 1LF3A 4Y5LA 3SACA 5P0DA 4U7VA 3UHLA 1IBQA 5P4VA 5P8QA 4KE1A 3HBOA 4PYVA 4Q1XA 2VS2A 2R8NA 3LIYA 4FSLA 3LZYA 3KA2A 1AVFA 2XYFA 2F3FA 4QGIA 5P58A 2AIDA 3ZKXA 4OD9A 1Z8CA 4FRKA 4WY1A 3ZKQA 5P3GA 3UDQA 5OZTA 2ZHUA 5P3SA 5APRE 3PMYA 5P50A 4LXMA 4QLHA 3RU1A 3CIBA 2R5PA 2FXDA 3G70A 2O4KA 2R3TA 2G1YA 2HB4A 4YD6A 5OYXA 3NWXA 5P73A 5P63A 2PK6A 4B0QA 4FL8A 5OZ1A 4BELA 3SA3A 2AZCA 2QZWA 1APUE 2SAMA 1T6EX 5P8LA 1SDTA 5P3WA 4Y3NA 5OZWA 1D4YA 3PHVA 2O4NA 5P82A 4DJQA 2V16C 2I1AA 4LBTA 2FDDA 1HPSA 5AH9A 5P8UA 1Z1RA 4ZEAA 3LNKA 4Y57A 5P1WA 1EPNE 1FMXA 4Y3HA 5HE5A 3O9EA 4Y5NA 1D4JA 3K5GA 1YTIA 5P2ZA 5IE1A 4Y3YA 3K4VA 4HZTA 3PBZA 5P7DA 2FNTA 2WHHA 1C6ZA 2QNPA 3URJA 1LS5A 4J54A 1LYAA 2VIJA 3LITA 5OZFA 2F81A 3WZ7A 4I0JA 3L5FA 4I0IA 4UPJA 5P4ZA 3T6IA 5P18A 5P2IA 5OYSA 3LZVA 3AIDA 2QI6A 1ZAPA 4J0TA 5P65A 4YDGA 2G94A 1TZSA 2BKSA 1DIFA 5EZZA 3RSXA 4YD3A 5P6BA 5AH6A 3CKPA 5HTZA 5P47A 2HIZA 3OXXA 3Q6YA 5P6HA 2AOEA 1SDVA 3D1ZA 5P5FA 1APVE 3UDHA 3QIHA 1U8GA 5P23A 2XYEA 5P25A 2AOHA 3SQFA 2Q15A 1EPLE 4J1KA 3VEUA 5ER2E 3SKGA 2IKUA 2VNNA 1Z1HA 4YCTA 3EM6A 2PYNA 1B6KA 1TSQA 2ASIA 3VYFA 2G24A 3DOXA 5P6OA 4DJOA 1BBSA 3NWQA 3INFA 5P7IA 5OZPA 1IDBA 5J25A 1D4SA 4DJPA 5P7JA 1KJ7A 1KJGA 5P7WA 5P2OA 4QJ2A 2FMBA 3LIZA 4CPWA 4Z50A 5P1JA 5P3OA 3ZKNA 2WEBA 2ZHRA 5P4AA 4PZXA 4DQHA 2OHNA 2ZYEA 5P61A 1FQ8A 1AZ5A 3ZLQA 5BWYA 2OHMA 3S7LA 4EJDA 5BS4A 4Y3JA 1W6IA 5OYVA 4Y5KA 4K4RA 4LP9A 2BJUA 5P16A 4GJAA 2FGVA 4AA9A 1FQ7A 3L5CA 5OZRA 1QBSA 4Y5CA 2WEZA 4EJLA 5F01A 2PSVA 2PH6A 3UDNA 3NDTA 3PI0A 1MSNA 5OZMA 3PCWA 5HCOA 5DR1A 5OZ5A 5P0YA 5P6MA 5P5KA 5FIVA 4Y4DA 4RCEA 4F75A 3KT5A 5KQZA 1HEFE 5P7LA 3H5BA 3OK9A 5I3XA 5P4UA 3OUAA 2WKZA 1XDHA 2ZJNA 3EL4A 3KMXA 5HU0A 1NPAA 4YCKA 2AVSA 5IS4A 5P38A 2WF4A 1BAIA 1HOSA 4I12A 4Y5PA 5P7XA 3UDMA 4OD9B 3OHHA 4ZPEA 4APEA 1PFZA 5P70A 3L5EA 5P5ZA 1K6VA 4NPUA 3BUGA 3HDKA 3SA8A 5P10A 5P5VA 4Y5GA 2UXZA 2P4JA 2AOJA 4PZWA 4KUPA 5P1KA 5DR7A 2O4LA 3KFRA 5C9FA 1QBTA 1C6XA 3SA6A 1M4HA 1XN3A 4WTUA 2VJ6A 3UPJA 1MIQA 2BPXA 2IENA 3OQKA 5P7EA 5P0BA 5P6IA 5P2VA 4DQFA 3Q4BA 3UDPA 5P4WA 1OD1A 5ENKA 3T7QA 3ECGA 4DUSA 3GI6A 3QAAA 5P8SA 2MIPA 3INDA 2PQZA 3NXNA 1W50A 4EQJA 5P6FA 1ZSRA 4Y4BA 5P1BA 1XS7D 5OZNA 3MXEA 2HAHA 2JYSA 5P7UA 5OZQA 5P67A 4FRJA 2WJOA 3DK1A 4PPHA 5P6YA 4Y5AA 4B1DA 4EP2A 4YCYA 4Y4ZA 2FGUA 2HC0A 3T3CA 5P8OA 4EWOA 1YTGA 4NJUA 2HB2A 3GI4A 3IAWA 2I4UA 5P8PA 3EKWA 4YD7A 5P5QA 3SO9A 5P7FA 4FM7A 1K1TA 4EXHA 1SIPA 5P00A 5P2DA 2G20A 2H6SA 4GJDA 3MSJA 2V0ZC 5OZ6A 5P42A 5P1RA 2AVMA 3NU6A 3T7XA 4PHVA 5P7GA 5P1GA 1B6PA 2ZJIA 3IN4A 5P89A 5P3LA 5JODA 5P7AA 3PGIA 1T7KA 2B7FA 3DUYA 6UPJA 4ER1E 1ZP8A 1IDAA 1TSUA 3TKGA 2AZ8A 2QI4A 4K4QA 4RRSA 5P01A 4Z2ZA 3VFBA 5P7QA 3NYGA 5P7YA 4J17A 5P1DA 2WECA 4Y3QA 2Q3KA 4Z22A 1HVRA 4OC6A 3VSXA 5I3WA 4Y3ZA 5P6XA 4ZIPA 3TOGA 3PB5A 3L58A 4XXSA 2QP8A 3O9DA 3UQRA 2HS2A 4HEGA 2FS4A 3PVKA 2OHQA 4NJVA 5HE4A 5OZVA 3QBFA 1PSNA 5P3TA 5P6AA 1BIMA 2FIVA 4DPIA 8HVPA 3OGPA 5P4HA 1GVVA 3PWMA 1C70A 1EBKC 5P37A 3SM1A 2RKGA 5P44A 4J0YA 1DW6C 3NSHA 5P24A 5P7SA 5P8IA 2AOCA 4JPEA 2BPZA 1EC1A 5KOQA 3MSLA 4AA8A 1MVPA 1FG8C 3FIVA 2RSPA 2UY0A 2ZJLA 4CPQA 5I70A 2V10C 3EM3A 4FSEA 1FQ6A 2CEJA 3QVIA 5P3FA 5P3AA 5DGWA 3JW2A 4GYEA 3VF5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5I A;  4D85 A;  5P5G A;  5P8R A;  2NPH A;  3PI5 A;  4EXG A;  1K1U A;  3KFN A;  1D4H A;  1PPL E;  4NJS A;  1BXQ A;  1UH9 A;  4I0D A;  5P2K A;  3EXO A;  1VIJ A;  2IEO A;  3HAU A;  5P4Y A;  4RGH A;  2PK5 A;  3URL A;  5P62 A;  3EMY A;  2BB9 A;  5P57 A;  5P2N A;  4YHQ A;  5OZJ A;  2VIE A;  3OQF A;  4DQE A;  5P7P A;  3D91 A;  2P83 A;  4ER4 E;  4Y37 A;  2REN A;  3FNT A;  1B5F A;  2V11 C;  1B6J A;  1WKR A;  2VJ9 A;  2R38 A;  1BV7 A;  3QS1 A;  5P5S A;  1K6T A;  5P53 A;  5P09 A;  3UFL A;  2Q11 A;  5DQ1 A;  4YA8 A;  1BVE A;  4DQB A;  5P8C A;  2QHC A;  2F8G A;  5P28 A;  4Y4X A;  5OZ2 A;  1SH9 A;  5P1Y A;  2IQG A;  5DR3 A;  4Y3P A;  3UQU A;  1W5W A;  1HVK A;  3TPR A;  5P4J A;  4EPJ A;  2OHP A;  3QBH A;  3N4L A;  3ZKM A;  5P35 A;  4FRS A;  5AHA A;  4Y3T A;  5DQ5 A;  4D88 A;  5P7R A;  1NSO A;  1EPM E;  4R95 A;  1BVG A;  1HSH A;  1IVP A;  5P1V A;  4L1A A;  5P76 A;  3HAW A;  2BKT A;  4Y45 A;  2NNP A;  4RYG A;  4IVS A;  3M9F A;  4J5J A;  3BGC A;  5HDX A;  5P45 A;  3HVG A;  5P6W A;  5P8B A;  2AZB A;  1LV1 A;  1XL5 A;  1AID A;  4R8Y A;  4Y4G A;  4DJW A;  2QNQ A;  3O9B A;  5DQ4 A;  2QHY A;  5P48 A;  1SMR A;  4Z4X A;  2WED A;  5P0E A;  4Y3A A;  5CLM A;  5OZ3 A;  4AZY A;  1UH7 A;  5P79 A;  1LYW A;  4Q1W A;  5P54 A;  5P7B A;  5P15 A;  4EJ8 A;  4HVP A;  3QRS A;  2IKO A;  5P1M A;  4Y51 A;  4RVI A;  5P07 A;  2AVO A;  3T7P A;  5P3B A;  4FM8 A;  4Y3E A;  2O40 A;  3ZMG A;  3AUP A;  4EHC A;  3S2O A;  3PRS A;  2FXE A;  3VV6 A;  3PSY A;  4YDF A;  3RTM A;  1EBY A;  4FIV A;  3S54 A;  3GW5 A;  4FM6 A;  1YTJ A;  5P78 A;  2G1R A;  5P4O A;  3OXC A;  4YD5 A;  1E82 E;  4J0Z A;  5P1S A;  5P8A A;  4FAE A;  4F74 A;  4EQ0 A;  3PM4 A;  3UDK A;  3OU1 B;  1AAQ A;  1RL8 A;  1EPP E;  3HZC A;  5P3J A;  5DPZ A;  4Y53 A;  4BFD A;  5I3Y A;  4CKU A;  2ER6 E;  5P1A A;  5P6C A;  5P5P A;  4QJ8 A;  1EC3 A;  1HSG A;  5OZU A;  2G1O A;  1DAZ C;  1A94 A;  1QBU A;  4YBI A;  4Y4A A;  3HW1 A;  5OYR A;  3D20 A;  1VIK A;  4Y48 A;  5P88 A;  3A2O A;  3OTY A;  5P3U A;  5P22 A;  4EYR A;  3JVW A;  3GGU A;  4I11 A;  7UPJ A;  3VV8 A;  3U6A A;  1SDU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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