1W5VA

Hiv-1 protease in complex with fluoro substituted diol-based c2- symmetric inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Symmetric Fluoro-Substituted Diol-Based HIV Protease Inhibitors. Ortho-Fluorinated and Meta-Fluorinated P1/P1'-Benzyloxy Side Groups Significantly Improve the Antiviral Activity and Preserve Binding Efficacy
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1w5vA00
3L5FA 6UPJA 5OZAA 3ZLQA 2QI4A 3VV7A 1BDLA 5P2VA 5P1MA 5HDXA 4FCOA 5KQYA 4A6BA 1LF2A 3M9FA 3S85A 5P7AA 3S43A 1HEFE 4DQGA 2HPEA 1JLDA 2PYMA 2QAKA 5P3VA 5P6QA 4I8WA 2P3AA 1IZEA 3NUOA 5P71A 3ZMGA 3OK9A 5COPA 4Q1NA 2OHRA 4YOAA 4TRZA 2IDWA 3O9DA 4H3GA 5OZ8A 3LZUA 4DJWA 5P16A 4B78A 5OZJA 2PMAA 4U7QA 4QJ6A 4D83A 4Q5MA 3NXNA 5IVSA 4YBFA 5P4JA 5P5XA 1XL2A 5P3SA 3FNTA 4B72A 2ZJMA 1TZSA 1YX9A 2V10C 3UQWA 5P8DA 3R0WA 3OU1B 5P8SA 4DFGA 3LITA 2F3FA 1IVQA 5P4QA 5P8UA 1MSMA 3ZKSA 2J9JA 5P0YA 3RTNA 1A30A 1HIHA 5P52A 3UDHA 4B70A 5P7FA 4Y3XA 5P63A 1XE6A 5OYQA 3IAWA 4OBJA 1D4KA 3S7LA 4DUSA 1FMUA 5P54A 3VFBA 5P4NA 3INFA 3RSXA 4Y3JA 2JE4A 3EL4A 2HC0A 5P09A 1B6KA 3UQXA 2APRA 5HDVA 2QI0A 1OEWA 5P7NA 3PGIA 1K6CA 1RPIA 5P4PA 3SACA 1GVXA 1M43A 5I3YA 5P5PA 5P5HA 4GJDA 5P46A 2SAMA 3PVKA 1NSOA 5P2WA 5P25A 5P0MA 1EC0A 1SGZA 1K1TA 3SKGA 5OZBA 5OZLA 2G1SA 5OZQA 4FRIA 5P6IA 5BRYA 2VKMA 2Z54A 4J1KA 2WF1A 3CICA 1FEJC 4B05A 3DM6A 1Z1RA 2I4WA 5HE5A 5ENMA 2NMYA 2VJ6A 3UDQA 5P7XA 1GVVA 1D4HA 2P4JA 3VUCA 3OXCA 4RYCA 1ZJ7A 5P0FA 5P3MA 5P4MA 4Y48A 5P1EA 4I0FA 1AJXA 1GVWA 1BWAA 3VEUA 4ACUA 4AA8A 4Y3AA 5P1TA 3ZKQA 2IKOA 5P3XA 3PBZA 3APRE 3UF3A 4J0PA 3QS1A 2Q55A 2I0AA 3K4VA 1SIPA 3ER3E 3C9XA 1FKNA 5P8CA 3BXSA 4FGXA 5P4KA 3Q4BA 4HDFA 1EPNE 5P0OA 3ZPTA 3O9IA 1T6GA 4Y56A 3UQRA 4B0QA 5P85A 4Y4GA 1KJFA 1D4JA 4Y38A 5P2AA 3KFPA 5P2UA 2ZYEA 1TQFA 3AIDA 2G22A 1HEGE 5OYYA 3TPJA 5OZ7A 4EQ0A 5P7MA 1GVUA 4K4RA 4EXHA 3ZKMA 3HLOA 3LNKA 2CEJA 5P29A 5B18A 2O4PA 3SA5A 2VIYA 2QNNA 4UPJA 3TOGA 4GJ5A 1HVJA 3DCRA 2OHMA 2BPVA 3OHHA 4FSLA 5P0IA 4MC2A 1G6LA 1F7AA 2WEAA 1HPOA 5P7EA 5P0HA 4EWOA 3VSXA 1HIIA 1YG9A 3WZ7A 5P77A 3OAGB 2OHLA 2Z4OA 1M0BA 1MTRA 5P39A 1HTEA 1KJGA 3HZCA 4OBGA 5P8RA 3Q3TA 4DJOA 2QMPA 3SA4A 2ER0E 4CPSA 3NXEA 1LYBB 3BRAA 5P1XA 3BXRA 5P6DA 1SMRA 3K4VC 5ENKA 3UDJA 5CLMA 3EXOA 4YOBA 3NDUA 5JFUA 5P2CA 2VJ7A 2R9BA 4FS4A 1SDUA 5P2GA 3RU1A 2ZJHA 3NU4A 3VYEA 5HCTA 3BUGA 1EBYA 5P4RA 4CPTA 3OXWA 4FSEA 1C70A 3OTSA 3EKVA 5KR2A 5EZZA 3OUCA 2O4LA 5P34A 2QD6A 4CMSA 3APPA 4XKXA 4GB2A 5DR1A 1F34A 5OZZA 4D85A 1FFIC 4EJKA 5OZ4A 2UPJA 1NH0A 1MESA 4OD9B 5HVPA 2B42A 1PSAA 1T7KA 3NWQA 2WHHA 3IN3A 4RVXA 4RRNA 1UH9A 5P2EA 1B6PA 2IGXA 4LBTA 1WBMA 1YTGA 3H0BA 2OHTA 5P50A 2Q11A 2P3CA 3GW5A 3FKTA 5HU0A 9HVPA 1AM5A 3QI1A 4R95A 3UDRA 2VJ9A 5P5QA 1DIFA 4Y4ZA 5P8BA 5DR4A 1QBRA 5P1WA 2ZHRA 2WECA 3IGBA 5P72A 5P3UA 1ER8E 2FNSA 4FIVA 5IVRA 5P0DA 5I70A 2QHYA 1PROA 2Q54A 2BB9A 4J54A 2FIVA 1A8KA 3OTYA 2VNNA 3URLA 1YT9A 5HDUA 3VFAA 3HAWA 4JPCA 1RNEA 4GJ7A 1GKTA 3Q6YA 3RTHA 3EKXA 3VF7A 3DJKA 3SM2A 5P7ZA 3L5BA 1E82E 3LIQA 2BPWA 1QDMA 2WF3A 3KN0A 5P33A 5AH7A 5P6HA 4Y44A 5P5WA 1XE5A 3S45A 2QK5A 4EXGA 2BPZA 4OC6B 3VYFA 1ZPAA 5P6FA 3LIZA 3SA7A 1WBKA 3DUYA 5P0XA 5P4BA 2BPYA 5P1OA 3B80A 3NLSA 4M8YA 3K5CA 3WB5A 1FQ6A 4U8WA 3TOFA 5P5RA 5DQ1A 4RVJA 1BXOA 4R8YA 3IXKA 5HU1A 4B00A 5P1DA 5P1RA 2QU3A 1K2CA 3CIBA 3L38A 2QMGA 1ZTZA 5P45A 1IVPA 4APEA 4YA8A 3NU3A 3VYDA 2ZHUA 3DCKA 3SKFA 5P35A 1EC1A 5P0VA 1E81E 4KE1A 5P7IA 3EL5A 3VV6A 4LXKA 5P20A 3FX5A 5SZ9A 5P49A 3UCBA 3S8IA 3UTLA 2PWCA 3R0YA 4AA9A 3I7EA 5P8GA 5P30A 5ER1E 3PSUA 2QD8A 2IGYA 3IVIA 1EEDP 5P1QA 1NPAA 4Y3WA 5P67A 3EM4A 4DJRA 3FNSA 3LHGA 1EAGA 4QJ7A 5OZGA 5P6GA 4ZSMA 2ER7E 4YHQA 5P0GA 4ER1E 1FG6C 4QJ8A 2A1EA 2BQVA 2IL2A 1CMSA 2P83A 3QBHA 3SA6A 5SY3A 3EKPA 4RROA 5P6TA 1SMEA 5P24A 3ECGA 4Y5KA 1T3RA 1HVRA 2P8HA 5P8LA 1BAIA 5P78A 5P19A 4Y50A 4OBHA 2AZBA 2BBBA 2R8NA 4CPXA 1MRWA 2ZGAA 2RKGA 5P2OA 4ZE6A 4PZWA 1HRNA 1XS7D 2NR6A 4GJCA 4GJ6A 4Y3GA 2AVMA 3K5FA 4BELA 4OBZB 5P0KA 4I1CA 1FMXA 4QGIA 5P6RA 1SGUA 3OU3A 5BWYA 4Y57A 4Y4XA 2JYSA 3I2LA 5P6SA 5OZNA 2PH6A 1LV1A 3VCMA 1EBKC 3O9FA 5P2JA 3INHA 3GGAA 2I4QA 1U8GA 3L59A 5P6ZA 5OZDA 1IZHA 4AZYA 5AH9A 5P3DA 2AVSA 4PHVA 4R92A 5SY2A 1IDAA 2VS2A 5OYSA 5P5ZA 4JECA 1W51A 5P6AA 1ME6A 3O9GA 5P1ZA 4J0TA 3LZSA 4Y3RA 5C9BA 4HDPA 3VV8A 3DK1A 5P0LA 2UY0A 4HZTA 3LPIA 4DJQA 1N49A 1HOSA 2XFKA 3HVPA 1BXQA 4OBKA 4L1AB 3ST5A 4FM7A 3Q5HA 4Y58A 5BS4A 4DPIA 1GNOA 2RENA 2HIZA 2Q64A 2I4UA 4Y4TA 1BV7A 2ZJIA 2ZJLA 1RQ9A 1AVFA 3KT5A 4Y5MA 5P5MA 1W6IA 3OOTA 3EKTA 2NXDA 3EL1A 5DGUA 4F73A 5OZ1A 5P4WA 3MXDA 1Z8CA 2J9KA 5P4XA 3NUJA 4HEGA 5P61A 4ER2E 2Q5KA 1FIVA 4FL8A 1GNNA 7UPJA 5P7LA 5P0TA 4DJVA 4ZSRA 4D89A 5P8PA 4F74A 3A2OA 2H6SA 1QBTA 3I25A 1LYAB 4Y3TA 2G24A 5P2FA 4LXAA 4Y5PA 4J17A 1MSNA 4MC1A 5OYVA 5P59A 5P17A 1IZIA 5OZOA 5P3EA 4XX3A 1D4SA 1D4YA 5KAOA 4K4PA 5P8TA 3WB4A 1APVE 2QD7A 5P2SA 5P6PA 4APRE 4EYRA 2MIPA 2OF0A 3OUDB 3O9HA 5P6YA 4H1EA 4NKKA 1Z1HA 3OADB 1G0VA 1HSGA 1APTE 1HWRA 5P6MA 1PFZA 1MIQA 2PSUA 5P5UA 2FLEA 4ZPEA 1TCWA 3HD8A 1HPSA 1CPIA 4DQFA 5OZIA 1ZAPA 5P2XA 2PK6A 5P1IA 3RVIA 2QI7A 5P31A 2XYFA 2QP8A 3SAAA 2R43A 3NU9A 5P6WA 3O9LB 2NXLA 4J5JA 2QI5A 4OBFA 5P2QA 2V12C 3OGQA 1K1UA 1DP5A 3JVWA 1EPQE 2PH8A 2FDDA 4Y5GA 5OZTA 5P75A 1HXWA 1KJHA 4GJAA 2QMFA 2H6TA 3UDKA 3EM3A 1HVKA 5P5IA 4AUCA 3OAGA 4Z4XA 3EC0A 4LP9A 4Q1XA 4D88A 1MUIA 3SO9A 5P5DA 5P5KA 1C6YA 5P3KA 1MT8A 5OZVA 3LPJA 4Y5CA 5OZ9A 3O99A 5AHBA 4QLHA 1FQXA 5T4SA 2P3BA 4DJUA 3BUHA 3INEA 2OHUA 1W5WA 1SP5A 4X7IA 4Y51A 2EWYA 4YDFA 3BVAA 4QJAA 1IZDA 3FNUA 3QVCA 2ZHSA 1EPME 5P2ZA 1BILA 5P7QA 5DR3A 2FMBA 2FDPA 5ISKA 2F3KA 4YBIA 3O9AA 4E43A 3AUPA 5P0SA 5P8KA 5OZEA 2J9JB 1EPRE 4RCFA 2OHPA 5ER2E 4HA5A 5P06A 4GIDA 1HSIA 3OXXA 4YDGA 5P10A 4L6BA 3EKWA 3SABA 5I3WA 5P32A 1HVCA 2AZ9A 5P0ZA 1WKRA 5P4DA 4OD9A 5P84A 1K6PA 3U7SA 4RGHA 3T3CA 5OZ0A 2RSPA 4GZFA 1UH7A 3CKTA 5P7RA 5KOSA 4I0EA 1B6MA 3EKQA 5P37A 4ZLSA 2AZCA 2ZJNA 4I0IA 1MTBA 4A4QA 1BWBA 4Z22A 2NNPA 4DQEA 1FQ5A 2F8GA 4GJ9A 3S56A 3VF3A 3OXVA 5P3OA 1BIMA 2G1YA 4Y4AA 5P57A 4GYEA 5OZ5A 4LC7A 3FSMA 5P36A 5P5LA 1B5FB 1EC3A 3SA9A 5P62A 5P8IA 4H3IA 4I0GA 2HM1A 4DJPA 1B6JA 4FRJA 4I10A 4PPHA 3VLBA 4M8XA 3NDWA 5P1NA 3NYGA 3TPRA 5OYTA 4JOOA 2VIZA 1HPXA 2G21A 4GJ8A 5E5KA 3TKGA 2FXEA 4DI2A 3PI0A 3QPJA 5P0QA 3D91A 5KOQA 3SM1A 5AHAA 2XFJA 5P6KA 1LEEA 3T7XA 2OAHA 5P4UA 1ZBGA 3SLZA 4I0DA 5OZFA 4LAPA 2AOCA 4OC6A 5P3WA 4YE3A 5P0WA 2HB3A 2XFIA 4FRSA 4RYGA 5JODA 1A94A 3PLLA 4B1EA 2WF0A 3URIA 5P0BA 1HSHA 5P8HA 1FFFC 5P04A 4RLDA 2O40A 5P4GA 2IS0A 3OQDA 4Y3QA 5P8JA 1OEXA 5UPJA 5P7CA 2R3WA 1BDRA 3T7PA 3PBDA 3KA2A 1RL8A 4RVIA 3LIVA 1MT9A 5OYWA 2Q15A 3QIHA 5OYUA 5OYXA 1KJ7A 3OQFA 5P4VA 2I4DA 5P7SA 2JJIA 1PSOE 2WEBA 5OZWA 4RRSA 5P6NA 4Y4WA 1W5VA 2VA5A 4DJYA 1D4IA 5P41A 5IS4A 3DOXA 5AGZA 1ZP8A 5P6LA 4BFBA 3PRSA 1MEUA 4AMTA 5P47A 5P0RA 2HAHA 1DPJA 2NNKA 5HD0A 4Y53A 1GNMA 3OU4B 5KR8A 2O4NA 5P6EA 2I0DA 5P3HA 3D1XA 2V00A 5P3BA 5P3AA 1K6VA 4J1IA 5P3NA 1HHPA 5IE1A 5OYZA 5DQ5A 5P1CA 4GMIA 3KFSA 5COOA 5P55A 4F76A 6APRE 5P7WA 1SBGA 3QN8A 1BVEA 3ZL7A 4DV9A 2QNPA 4R93A 3BGBA 3KDDA 4Y3DA 5AHCA 1SH9A 2B7FA 5P65A 3MSKA 5P2BA 5P53A 5P8OA 1G2KA 5P1JA 4F75A 3PCWA 1A8GA 2Q3KA 3PLDA 2O4SA 3NR6A 1ODWA 5P7YA 4HDBA 1HTGA 5P4LA 5P1PA 4S1GA 3T7QA 2JXRA 3QRVA 1BDQA 2PSVA 2AIDA 2G27A 2ANLA 2G26A 2R3TA 2R5QA 4CPUA 5P86A 5P7TA 5P5YA 2B60A 2QZLA 3GI0A 2I4XA 4PEPA 3QBFA 1META 2WF2A 3SQFA 4GJBA 5P0NA 5KR1A 5P7DA 3EL9A 5P2MA 3S2OA 5P14A 2IEOA 3S54A 1E80E 4LL3A 3ZKXA 4X2LA 5P5AA 2BKSA 3CMSA 2ER6E 4ACXA 2WF4A 4Y4DA 5OZUA 1BV9A 3UDMA 2QCIA 3O9BA 4I8ZA 4Y3LA 5PEPA 1YM2A 2G94A 1DW6C 3KF0A 5P26A 4Y5NA 5P6XA 2AQUA 3UDYA 4YD7A 4IVSA 1HTFA 5AH8A 5P2LA 5P28A 5P4ZA 5P5BA 3ZKNA 3OY4A 5P1KA 4CPQA 3D1ZA 3ZOVA 1TCXA 3UFNA 3D1YA 4DJXA 1OHRA 5OZPA 3QAAA 1QBSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L5F A;  6UPJ A;  5OZA A;  3ZLQ A;  2QI4 A;  3VV7 A;  1BDL A;  5P2V A;  5P1M A;  5HDX A;  4FCO A;  5KQY A;  4A6B A;  1LF2 A;  3M9F A;  3S85 A;  5P7A A;  3S43 A;  1HEF E;  4DQG A;  2HPE A;  1JLD A;  2PYM A;  2QAK A;  5P3V A;  5P6Q A;  4I8W A;  2P3A A;  1IZE A;  3NUO A;  5P71 A;  3ZMG A;  3OK9 A;  5COP A;  4Q1N A;  2OHR A;  4YOA A;  4TRZ A;  2IDW A;  3O9D A;  4H3G A;  5OZ8 A;  3LZU A;  4DJW A;  5P16 A;  4B78 A;  5OZJ A;  2PMA A;  4U7Q A;  4QJ6 A;  4D83 A;  4Q5M A;  3NXN A;  5IVS A;  4YBF A;  5P4J A;  5P5X A;  1XL2 A;  5P3S A;  3FNT A;  4B72 A;  2ZJM A;  1TZS A;  1YX9 A;  2V10 C;  3UQW A;  5P8D A;  3R0W A;  3OU1 B;  5P8S A;  4DFG A;  3LIT A;  2F3F A;  1IVQ A;  5P4Q A;  5P8U A;  1MSM A;  3ZKS A;  2J9J A;  5P0Y A;  3RTN A;  1A30 A;  1HIH A;  5P52 A;  3UDH A;  4B70 A;  5P7F A;  4Y3X A;  5P63 A;  1XE6 A;  5OYQ A;  3IAW A;  4OBJ A;  1D4K A;  3S7L A;  4DUS A;  1FMU A;  5P54 A;  3VFB A;  5P4N A;  3INF A;  3RSX A;  4Y3J A;  2JE4 A;  3EL4 A;  2HC0 A;  5P09 A;  1B6K A;  3UQX A;  2APR A;  5HDV A;  2QI0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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