5OZ9A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 20
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz9A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz9A01
3LITA 4GJAA 5P8NA 4FAEA 3C9XA 4DJOA 5P2YA 4Y38A 3EBZA 4R8YA 5OZXA 3LNKA 4Q1YA 2ASIA 4FRIA 3O9AA 2G22A 2HAHA 4PYVA 2WEAA 1ODXA 4D85A 3EKPA 2OHLA 4HDPA 5P3FA 3K4VC 5P77A 1B5FB 5P5ZA 4Y51A 1PFZA 3HDKA 2PK5A 4FCOA 3OHFA 4Y37A 5P8RA 5P8EA 3TPPA 5P3QA 2BB9A 5P6TA 1MEUA 4ZLSA 1ZPKA 2QI6A 3NUOA 3GGXA 4Y39A 3U7SA 4OBGA 3HZCA 4BEKA 1HTRB 4B1DA 3OTSA 4EJ8A 4Y50A 1LF4A 1HVHA 5P65A 3IXKA 3LIYA 3SACA 3NYGA 3S7MA 2SAMA 2NMZA 3FSMA 5P0EA 5P2IA 2HM1A 5P7DA 3T7QA 4LXKA 3H5BA 1PSAA 1FQ8A 1PPME 5P7JA 5P8IA 1HIVA 1FG8C 2FLEA 5P1EA 5P3OA 4F74A 3OUDA 5P48A 1HVIA 4F75A 2HPFA 4DQBA 2FGUA 4UPJA 5P8HA 2IRZA 3UFLA 3OGPA 4A6CA 3O9BA 4J0YA 4X2LA 2AZBA 5P1WA 4Y43A 4GJDA 4EXHA 3IAWA 5OZJA 4TVHA 3T3CA 5P7EA 5P5DA 5P3CA 5P37A 4Y4GA 5P80A 5T4SA 5P3UA 5P0NA 2I4DA 5HDZA 5P0MA 4A4QA 5P2WA 3BRAA 5P05A 2WF3A 5HTZA 5P50A 4OBHA 3EM4A 4I1CA 5P36A 1NSOA 3TLHA 2G1NA 4CPWA 1QDMA 5P7FA 3QVCA 5JFUA 2Q11A 2AOGA 4Y47A 5P64A 4WTUA 4D88A 2WEDA 5I3WA 5P7QA 4FRJA 1UH8A 3MSJA 5P7AA 2QHZA 1Z1RA 5P61A 2XYEA 5OZ7A 5P1GA 3PLDA 1D4IA 2F3FA 5HDVA 5HVPA 1XE6A 3FV3A 4GJ8A 2F81A 3OOZA 4MC9A 1G6LA 1HVKA 5OZFA 4Y45A 1B6PA 3L5CA 1EPNE 5P70A 4YOBA 3EC0A 3FX5A 3BUFA 1AJXA 5P1FA 1RNEA 4QJ7A 5P69A 3EKWA 5P2KA 1ZTZA 2WJOA 1LF3A 5P82A 2QZXA 3K4VA 1KJ4A 5P4SA 3O9IA 3QRMA 3S56A 3ER3E 5HE4A 5SY2A 5B18A 2QNPA 3KDDA 2NXDA 4DQFA 1LYWB 4DVFA 3ZPUA 4Y35A 5IS4A 5P0AA 3TOHA 1YG9A 3ZKIA 1ER8E 2ZHTA 1XL2A 2AOFA 5P3HA 3ZKQA 2AOEA 4FE6A 3OQ7A 2QI1A 3CYWA 3I25A 1DAZC 2IDWA 2VA5A 5P0HA 5P12A 5P07A 4DJYA 3UDQA 3NDUA 3EMYA 5OZMA 2O4PA 1E80E 2NMYA 2ER7E 1LEEA 1C6XA 1BBSA 1J71A 4X7IA 5P85A 3SKFA 2NNPA 4RROA 3MWSA 5P1CA 5P1TA 2ZJJA 3MSKA 1D4KA 5P4CA 3CKPA 2VNMA 3DM6A 4QJ2A 4L1AA 5P0PA 4B72A 1W6IA 2R8NA 4FRSA 1HVJA 3SLZA 4R91A 2OHMA 5P6EA 4B77A 5IVTA 1PROA 4Y3RA 5I3XA 1GVTA 1PSNA 1GNMA 1RL8A 5P22A 3Q3TA 5P8LA 4LXAA 4ER1E 5KQXA 4DJVA 3L5EA 2WF1A 5ER1E 2QMPA 5CONA 4QGIA 3NR6A 5P3MA 2IL2A 1LF2A 3G70A 5ISKA 3INDA 4OC6B 2NXLA 1FLHA 5P16A 2QU2A 2VNNA 4CPXA 5P0RA 5P7MA 5P7KA 3D3TA 4I0EA 3ECGA 2R9BA 5P76A 5P59A 2QI0A 2G21A 1EBYA 5P2VA 1D4JA 3I8WA 5P7OA 5HE5A 5P43A 1APVE 5I70A 1UPJA 1META 2B7FA 4Y3PA 3VLAA 3WZ7A 5OZ5A 5P1KA 5P0CA 5DPZA 1EC0A 1OD1A 4B70A 4YHQA 3RU1A 1MVPA 4OBZB 5P7HA 5P32A 1FB7A 3MSLA 2FXEA 3PB5A 5OYYA 3UQPA 3VV7A 1XL5A 3EKQA 2P4JA 3PWMA 3SO9A 5DQ4A 5P1VA 4J54A 3A2OA 1OEWA 4Y4EA 3U6AA 3S43B 4YCYA 4EXGA 1UH9A 4Y3GA 2AVQA 3QVIA 1FMUA 5P0OA 1QBSA 5P8MA 5P4DA 3PVKA 5OYVA 5P3VA 3S54A 2VS2A 3GI6A 3OY4A 3PBDA 1PPKE 2AVMA 5DQ5A 4KE0A 4Y53A 5P0ZA 4YDGA 3UQWA 1W5YA 5P31A 1HTFA 1K1UA 1HXBA 2QK5A 4CPUA 3TOGA 1YM4A 4RZ1A 4K4QA 1F7AA 1MIQA 5DR0A 4AZYA 3KF0A 6APRE 2R43A 5P5RA 5P34A 2HIZA 4YD3A 3K5CA 2J9JA 3GI5A 3KDCA 4Y48A 4LXMA 2WF4A 2ZDZA 5P7BA 5P8FA 1KJ7A 1ME6A 3SA8A 2NNKA 1AAQA 4YA8A 3PSGA 5P1ZA 4QJ8A 5P79A 1A8KA 5P8GA 5P7VA 2I4QA 3ER5E 5P6LA 4EHCA 2F8GA 5OYSA 5OZ0A 5P7RA 4B05A 3L5FA 6FIVA 2AOIA 5HCOA 4HVPA 4KUPA 6UPJA 2HS2A 3RTHA 3EL4A 3CIDA 5P7GA 4QJ6A 1W50A 1W6HA 3ZKMA 5P6ZA 4Y3DA 3JVWA 4OD9A 3OOTA 5P5AA 5P3JA 4B00A 3BVBA 1M4HA 1A8GA 1F34A 4I10A 3VFBA 3KYRA 4EJLA 3M9FA 3ZPSA 4YBIA 4XXSA 1OHRA 5P2UA 5P38A 1Z8CA 5P71A 4FSLA 5IVSA 1W5VA 3IN4A 2NR6A 2UPJA 5I3VA 4JPEA 4S1GA 1YTIA 2QD7A 4PPHA 2BKTA 5P2XA 3SA7A 2JXRA 2FGVA 3IXOA 1FG6C 5P0GA 3Q70A 5P86A 4NJVA 2G94A 4YD6A 5P5BA 3S7LA 4J0VA 4DV9A 5OZ6A 2CEMA 3I2LA 1GVUA 4U7QA 5P72A 3UDYA 5P4KA 1M43A 3BUGA 1FQ5A 5P28A 1HSHA 4Y54A 2NTRA 3KFRA 3D1YA 5P6CA 3VF5A 2G1YA 4B1CA 3KFPA 1IDAA 2AZCA 3OXWA 3AIDA 5P6PA 3O9HA 2V11C 1YT9A 4Y9WA 4J1CA 5ENMA 3VYFA 1MT8A 5P7UA 3TL9A 3DCRA 5P15A 2O40A 4Y3SA 2ZJMA 1IIQA 4HZTA 4H3IA 5P73A 4Y5EA 2QI3A 2ER9E 3EM3A 5P2HA 2I4WA 5P4BA 5COOA 2RKFA 5P11A 1HWRA 4HE9A 3VSXA 5P6WA 3UDKA 4YOAA 3SA4A 4EJKA 5OZHA 3LZSA 5P0UA 1B11A 3KM4A 5P0TA 4ZSMA 1BAIA 4E43A 3UDJA 1D4SA 4RVIA 4J55A 5P5GA 3S85A 2VIZA 2AOHA 5P5TA 4I0JA 2RKGA 5AHCA 2OHQA 1DIFA 2I0DA 5P7XA 5P4QA 1T7KA 2ZYEA 1FQ7A 5P7ZA 2VIYA 2O4SA 5P1MA 2Q64A 1ZPAA 3KFNA 5P46A 1SDTA 4EYRA 1XN3A 5P6YA 5P3AA 1B6JA 1YTHA 1ZAPA 2QMGA 3WZ6A 3BXSA 3JW2A 5P57A 4PZXA 2O4NA 5BWYA 4RCDA 3SA5A 3OAGA 5P1QA 2CENA 4FM6A 4LBTA 4ZSPA 5P75A 5P3PA 2V12C 5P2NA 4Y3NA 4Y4BA 4F73A 1AIDA 2OHKA 5P3DA 2ZJKA 3SM1A 3CKRA 2PSUA 2VIJA 4DUSA 4CPSA 1LS5A 3EM6A 5P4GA 2PMAA 3OXVA 5HD0A 5HDXA 5P1UA 4Y5PA 4XKXA 1HBVA 5AGZA 5P58A 2BPYA 5OZRA 3EKTA 4Y44A 2ER6E 5P7IA 1B6MA 2V00A 1K2BA 2ZHUA 4HLAA 2FMBA 3D1XA 2JJIA 1W5WA 4Y4XA 2F3EA 5P8VA 3K5FA 4I0IA 2XFKA 3KN0A 1SIPA 5KAOA 4Y4JA 3PBZA 1B6KA 4L6BA 1B6LA 3UDMA 4NJUA 5P2BA 5P3XA 3CMSA 2WHHA 5P2DA 2P83A 2VA7A 5KQZA 5P5NA 4I8WA 2R5PA 5P8DA 5P8QA 4Y5NA 4Q1NA 4J17A 4J0PA 3NXEA 1SH9A 1BWBA 3H0BA 4NPTA 4DPIA 5AH8A 5P63A 3EKYA 3SA6A 4DQEA 5P84A 4LL3A 5P29A 2OAHA 3VV6A 3LZVA 5OZDA 2P3AA 5P47A 1B5FA 2QZWA 4EP3A 4FM7A 4RYCA 5OZVA 1TSUA 4Y3EA 3PHVA 3KMXA 1K2CA 1RPIA 1SBGA 5P27A 3HVPA 2BKSA 3QPJA 1ODYA 4RYGA 3BVAA 2PWCA 1XN2A 1K1TA 4GIDA 1E82E 3BGBA 2G1RA 3NU3A 3OU4B 2QAKA 2Q5KA 2IKOA 2B42A 2QD8A 1GVXA 5P8TA 1ZSRA 4CPQA 5P1AA 3ZPTA 1IZDA 2B7ZA 2ZJIA 1RQ9A 4DH6A 4QLHA 4PHVA 2AIDA 1HTGA 4I8ZA 4Y36A 2Z4OA 5OYWA 5P6FA 3MXDA 3OUCA 5AHAA 5IVRA 1KJHA 5P0XA 3QS1A 4L7GA 5P00A 1T6GA 3IN3A 4HDBA 1BDLA 5P0KA 2HPEA 1QBRA 4NJSA 5P60A 5JFPA 5P2OA 4M8XA 5P3NA 4CPTA 1MSMA 3LPJA 1WBMA 2XFJA 1CZIE 3NWXA 1BDRA 4QJAA 2PQZA 3MXEA 3RSXA 1SGUA 4DJPA 4Y6MA 5P3WA 1FGCC 1XS7D 3SA9A 5P0IA 5C9FA 4OBDA 1FMBA 4DQHA 4Y5CA 3ZKGA 2QP8A 3SKGA 4FGXA 4ZSQA 5P3SA 2G26A 4IVTA 4Y4TA 5P24A 3IVIA 3OK9A 5P6RA 5P09A 5P3IA 1T7IA 3GI4A 5P5OA 4J1HA 5SY3A 2QZLA 3R1GB 1E5OE 3T7XA 1DW6C 3NDTA 2FDPA 3OU1B 5P20A 5P13A 2V16C 2PH6A 5P67A 3SA3A 2QMFA 4BELA 3URLA 5P8KA 3K1WA 5P1NA 4M8YA 3EL1A 1QS8A 5P4TA 1APTE 4FRKA 4Y4UA 4FL8A 3OQAA 4APEA 4OBKA 4Q1XA 5P4HA 4HDFA 5P4IA 1EPQE 2O4LA 2PC0A 2H6TA 4YCKA 3KA2A 1PPLE 5P3YA 2G20A 3KMYA 1HVCA 1NPAA 1EPRE 2RMPA 3D20A 5FIVA 3TKGA 1RV7A 5P3GA 2AZ8A 5P4PA 1T3RA 4COEA 5P17A 1N49A 3VUCA 3UDPA 2VA6A 5P74A 1HPOA 3UDRA 5OYQA 5HU1A 3EL9A 3QROA 5EZXA 1LYAB 4DJUA 3PWWA 4YE3A 4ZIPA 2VJ7A 4NKKA 1BV7A 3DOXA 5P2JA 1E81E 2V13A 2QNNA 3KFSA 5OZ8A 5P0DA 4L7JA 4EQ0A 5HE7A 2ZHVA 5P1YA 1BDQA 1FEJC 2WF2A 4FIVA 5P1OA 2I1AA 3S45A 4OD9B 2BPWA 4JPCA 5C9DA 5OYTA 2OHUA 1YTJA 4Y4ZA 5P0LA 3KT5A 3O9LB 4PEPA 3EL5A 1HEFE 3ZKSA 3GGAA 1AZ5A 1DP5A 3NU9A 1W5XA 3OQKA 2FDEA 3B80A 7UPJA 3LPKA 2ZJLA 2EWYA 3OQDA 3UTLA 2P3BA 4Z4XA 1BILA 1SDUA 1NPVA 5AH7A 5P68A 5P19A 1ODWA 5OZCA 3UDNA 3WB4A 4DQGA 5P1JA 2ZHRA 2FNTA 5P7TA 4B0QA 2QI5A 5J25A 1MSNA 5EZZA 4Y3TA 4K4RA 4Y3AA 2VJ9A 2IQGA 5P08A 3WZ8A 3PSUA 2AQUA 1KJFA 4EJDA 2A1EA 2B8LA 4OBJA 4ZEAA 4I0GA 1SMRA 1YTGA 5P8SA 3BXRA 3NU6A 2JE4A 2WECA 1MPPA 3OTYA 3GI0A 5P6XA 1LYBB 3HLOA 5P7LA 4OC6A 5P7YA 4YD7A 3T7PA 4ER2E 1HPVA 4Y3LA 1MERA 5P2SA 2ZGAA 4N00A 2VKMA 4H1EA 1U8GA 4YD4A 3N3IA 4I0DA 1EBWA 1MTBA 2RENA 3OADA 4MC2A 1NH0A 4U8WA 3ZKNA 4DQCA 3NWQA 5DR7A 5P1HA 4J0TA 2Q15A 1MT7A 3NUJA 3PRSA 5IVQA 4MC1A 2WF0A 5OZYA 2QCIA 4OBZA 5P66A 5P5SA 5BS4A 5DR1A 5KR0A 3OHHA 3URIA 3SM2A 3TPJA 3CICA 1HPXA 2ANLA 3UHLA 2JJJA 2BPVA 1G0VA 3IXJA 3L5BA 5P25A 5P51A 2H6SA 4L7HA 4YD5A 2ZJHA 3IGBA 3PLLA 3S43A 5ISJA 1FMXA 3UQRA 1SGZA 4IVSA 5OZWA 1K6CA 2V0ZC 3D91A 5P7SA 2OHNA 5P2FA 3SABA 4FS4A 5P2EA 1EEDP 5PEPA 4XX3A 4TRWA 5P30A 2ZJNA 4DJRA 1IZHA 5P7NA 1PSOE 5P88A 1ZP8A 4I0ZA 3OU3A 1A30A 5P45A 5P3LA 3APPA 1C6YA 2J9KA 4PZWA 2R38A 5DQ1A 3WSJA 4MC6A 4ZSRA 5P23A 5P2MA 3L58A 5P4FA 4WY1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LIT A;  4GJA A;  5P8N A;  4FAE A;  3C9X A;  4DJO A;  5P2Y A;  4Y38 A;  3EBZ A;  4R8Y A;  5OZX A;  3LNK A;  4Q1Y A;  2ASI A;  4FRI A;  3O9A A;  2G22 A;  2HAH A;  4PYV A;  2WEA A;  1ODX A;  4D85 A;  3EKP A;  2OHL A;  4HDP A;  5P3F A;  3K4V C;  5P77 A;  1B5F B;  5P5Z A;  4Y51 A;  1PFZ A;  3HDK A;  2PK5 A;  4FCO A;  3OHF A;  4Y37 A;  5P8R A;  5P8E A;  3TPP A;  5P3Q A;  2BB9 A;  5P6T A;  1MEU A;  4ZLS A;  1ZPK A;  2QI6 A;  3NUO A;  3GGX A;  4Y39 A;  3U7S A;  4OBG A;  3HZC A;  4BEK A;  1HTR B;  4B1D A;  3OTS A;  4EJ8 A;  4Y50 A;  1LF4 A;  1HVH A;  5P65 A;  3IXK A;  3LIY A;  3SAC A;  3NYG A;  3S7M A;  2SAM A;  2NMZ A;  3FSM A;  5P0E A;  5P2I A;  2HM1 A;  5P7D A;  3T7Q A;  4LXK A;  3H5B A;  1PSA A;  1FQ8 A;  1PPM E;  5P7J A;  5P8I A;  1HIV A;  1FG8 C;  2FLE A;  5P1E A;  5P3O A;  4F74 A;  3OUD A;  5P48 A;  1HVI A;  4F75 A;  2HPF A;  4DQB A;  2FGU A;  4UPJ A;  5P8H A;  2IRZ A;  3UFL A;  3OGP A;  4A6C A;  3O9B A;  4J0Y A;  4X2L A;  2AZB A;  5P1W A;  4Y43 A;  4GJD A;  4EXH A;  3IAW A;  5OZJ A;  4TVH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1YX9 A;  2A4F A;  4Y5K A;  3GGV A;  1FQX A;  1ENT E;  3L59 A;  1HXW A;  3EXO A;  1HVL A;  1TQF A;  4FAF A;  1LV1 A;  3UFN A;  3ZOV A;  3VF3 A;  3QN8 A;  2B60 A;  2WL0 A;  1MRW A;  5APR E;  5OZ1 A;  2G69 A;  1ZJ7 A;  5F01 A;  5P42 A;  3NSH A;  2HB2 A;  3RVI A;  1LYA A;  3BC4 A;  5OZ2 A;  5P6N A;  4B1E A;  2QHC A;  1GNO A;  2Q63 A;  5DGU A;  1FQ6 A;  5P4E A;  2F80 A;  3PM4 A;  4RGH A;  4FSE A;  2AVS A;  5P5U A;  3U71 A;  5OZQ A;  4GJ6 A;  5OZU A;  5P52 A;  4GB2 A;  4LP9 A;  4DFG A;  4BFB A;  5JOD A;  9HVP A;  5P8B A;  3LPI A;  2RSP A;  3HD8 A;  3LIV A;  2WKZ A;  5P5E A;  2R3W A;  3HBO A;  3O9L A;  5BRY A;  5JG1 A;  5P2C A;  1DPJ A;  5P33 A;  3ZLQ A;  2JYS A;  1HPS A;  3PGI A;  5P0F A;  4B78 A;  5P49 A;  2QD6 A;  5OYZ A;  4Y41 A;  2FS4 A;  5P54 A;  4Q1W A;  4ACX A;  5OZA A;  1WBK A;  5P6H A;  5P5H A;  3INE A;  3I7E A;  4I12 A;  4J1E A;  1LZQ A;  5P0Q A;  4D83 A;  3OXC A;  1FFI C;  4Y3X A;  4R95 A;  3S53 A;  1KZK A;  5P10 A;  3OAG B;  2P3C A;  5P26 A;  5P87 A;  4TRZ A;  3R4B A;  5P1S A;  5P6G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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