5P4BA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 200
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4bA01
4R95A 4ZEAA 3FV3A 5P5VA 5P6MA 2G69A 5OZJA 5P5YA 5P1WA 5P4RA 5P1KA 5OYRA 3SA7A 4DJRA 5I3VA 1OHRA 3TTPA 3MSJA 1LZQA 3QBFA 1MRXA 5P5IA 2O4PA 3F9QA 5P4UA 1GKTA 1QRPE 4PEPA 3S7LA 4MC1A 1B6PA 3GI4A 4H3JA 4GB2A 1LYAA 1ME6A 2QI4A 1XS7D 2QZLA 1XE6A 2V12C 3LIVA 5P0OA 5P8TA 2PH6A 5P8LA 4COEA 1XL5A 4D88A 4Y5NA 2I4DA 5P67A 5HU0A 2ER0E 3Q70A 4H3FA 4CPTA 5P3WA 1D4IA 2O4NA 2ZJKA 1A8GA 4Y4DA 5P46A 1A9MA 5P4AA 3S45A 2MIPA 1BAIA 5P50A 4I8ZA 5P65A 4DQHA 5P4IA 4IVTA 5P8AA 4HDFA 3HDKA 2R5QA 5OZHA 4Y4AA 2QZWA 4Y4GA 4YD7A 2ER7E 1HTGA 5P6BA 5P1FA 2HS1A 2HPFA 4MC2A 4YD5A 2ZE1A 5P30A 1K6VA 1HVKA 5P3IA 3OQAA 5P2OA 3O9EA 2I4XA 2NPHA 3O9LB 3EKXA 3PVKA 4TRZA 5P02A 1EC2A 4L7HA 3OQKA 4Y3TA 3O9CA 4MC9A 5P5FA 1RL8A 4ER2E 2PYMA 3UFLA 5KQYA 4JPEA 1C6XA 2A4FA 1YX9A 4GYEA 1ODYA 2B8VA 1WBKA 2VIJA 5P5LA 3VFAA 2XYEA 4YCTA 4UPJA 4PZXA 3T6IA 2ZYEA 3JVWA 4Z4XA 2QZKA 4DPIA 5P2TA 4GJCA 3INFA 3VYDA 1LYBB 3NXNA 3INEA 2G26A 5P7GA 3I25A 2Q15A 1EBZA 5P3RA 5P7OA 3LZYA 1HTFA 4RVIA 2WECA 5P37A 5P5CA 1VIKA 4FS4A 2VA7A 2G24A 1UH8A 1FKNA 1ODXA 5P52A 5P0AA 2F3FA 2R8NA 3HVPA 9HVPA 5EZZA 1HTEA 2QMDA 4Q1XA 1MT9A 3KFRA 5P1AA 3VFBA 3IXJA 4HDBA 5P7XA 3BC4A 5AHCA 5DQ4A 4FIVA 4GJ6A 3OUDB 2AODA 3PLLA 5P47A 3APPA 5HDVA 3B7VA 3L3AA 1FF0C 5P2CA 5P43A 3S43A 2WF0A 5ISJA 3OU3A 3N4LA 3EL0A 2P3DA 3KT5A 3HVGA 4OBJA 2PYNA 4EP2A 5P7KA 2FXDA 5AH9A 3ZPTA 3INHA 1EC0A 5P87A 3NUJA 1Z1HA 3HZCA 5P64A 3LNKA 4QJ7A 5P6VA 5KQXA 5P5NA 4OC6A 5DGUA 3EKWA 5OZXA 4Y5AA 1DP5A 4TVHA 5C9FA 2IGYA 2XFIA 5P6IA 1KJFA 5ER1E 5P5RA 3FNSA 5OZ6A 1GVUA 4Y56A 4A6BA 4Y4ZA 4Y50A 4GJ9A 1KJ7A 4FRSA 5P1VA 1APTE 1ZAPA 4B1DA 4DJXA 2ZHUA 1HVJA 4GIDA 2P3CA 3ZKSA 1RQ9A 4NKKA 2QD7A 4L7GA 1ZLFA 2F80A 5P8DA 1W5WA 3NWXA 4I0GA 1BV7A 1FLHA 2NNKA 1BWBA 1D4SA 3FSMA 2AVVA 5P0HA 5P8CA 3T11A 1A30A 5OYSA 5P8OA 5OZCA 2WL0A 3ZKIA 3EMYA 3UDNA 5P5KA 5P25A 6APRE 4I0FA 5P3CA 3ZPUA 3EKPA 1OD1A 4XXSA 4DJYA 3IXOA 5P4CA 5P5WA 2FNSA 5IVRA 2OHRA 1B6KA 1HPVA 3QRVA 4EJLA 2HM1A 5P89A 5BWYA 4HA5A 1WKRA 5P6TA 1Z1RA 3ER5E 5P3SA 5P1SA 1SDTA 1DIFA 2I1AA 4CPXA 3VLBA 3NWQA 2OHMA 5OZGA 3SA6A 1YM4A 4QJAA 1E81E 1FG6C 4DJUA 3BXSA 5SY2A 5P1OA 2AVMA 4Y58A 3BGCA 3KMYA 3UQXA 3NSHA 1TCWA 4Y4TA 2JJIA 4ZSQA 4RCDA 3CKRA 5JODA 4RRSA 5P62A 3OUCA 1K6CA 3NDTA 3L58A 1PFZA 2P4JA 5P3AA 5P53A 5P6UA 5KR2A 2O40A 3NUOA 3KT2A 2AVQA 1KZKA 3QAAA 4AUCA 2BPXA 4R5NA 5P28A 5P3LA 3D3TA 5P7MA 5P2LA 4ZE6A 2IRZA 5P69A 4B1EA 5P8BA 2PMAA 3O9LA 2OHSA 3H5BA 2OHPA 5OYQA 3TOGA 1DAZC 5P8RA 1SGUA 3U71A 5OZ8A 5OZQA 3OXXA 3BXRA 5P0LA 4J0PA 1K6PA 2G1RA 3LIZA 5P10A 4E43A 1GVVA 1GVWA 3RU1A 4TRWA 3WSJA 2NMYA 1C6YA 3S85A 1MPPA 5P1YA 5OYVA 5P5HA 4FCOA 4BELA 1M0BA 4X7IA 5P7WA 3D20A 5P0FA 5DPZA 1SIVA 5P8KA 2R9BA 3EKVA 3LHGA 2IKOA 4FAEA 5DR4A 1GVXA 3PLDA 1TW7A 2P8HA 2QMFA 3MSLA 4Y3WA 1IDAA 4LP9A 4Y3ZA 2FDEA 2G94A 1N49A 5P0SA 1FQ8A 4Y39A 3KFSA 3APRE 4R92A 4J0TA 3DUYA 2AQUA 4D85A 4B78A 1IZDA 3UTLA 5BS4A 3UDRA 4NJVA 4RYCA 1W5YA 1IZEA 3L5DA 1HBVA 3SKFA 1C70A 5P0BA 2SAMA 3OGPA 5P2MA 5P0EA 2FGUA 3LPIA 4Z2ZA 3NLSA 3OUDA 4YCYA 5HCTA 5P3ZA 1J71A 2ER9E 2QI0A 1EPRE 5P2GA 1HVHA 4ZIPA 4RGHA 5P4BA 3PI0A 5OZYA 4EP3A 2JJJA 4Y5CA 2BB9A 3DM6A 1KJHA 2PH8A 4Y54A 3OQFA 1ZP8A 2QD8A 1AJXA 1AJVA 5BRYA 1G6LA 1HVCA 3UDPA 5HVPA 2VIEA 2QMPA 1B6LA 3I7EA 2BKTA 4Y3DA 1HSHA 4DI2A 3MSKA 5P2WA 3OUAA 5OZZA 2Q55A 4I1CA 5P5EA 1HSIA 4NPUA 3VCMA 2PWCA 5P2YA 4QJ8A 3HAUA 5P3GA 3UQRA 4J1KA 5P7RA 2FLEA 1E80E 5P7YA 5P74A 5P2UA 5P4LA 5P5AA 4QJ9A 3WB4A 4Y5MA 1ZSRA 1YM2A 5JG1A 1XDHA 3KDDA 4EXGA 2I4UA 4I0IA 3DV5A 3QPJA 5P6FA 4YA8A 3T7XA 1B11A 4LXAA 2QD6A 3G70A 5IE1A 3S7MA 5OYUA 1QBRA 1SH9A 4CPUA 2V00A 2O4LA 2PSVA 4GZFA 1MRWA 1T7KA 3S8IA 2OAHA 1BWAA 4HEGA 4RVXA 3PWWA 2ZJJA 1HIHA 2WEZA 1EPNE 4DQGA 5P4PA 7HVPA 3O9IA 1MSNA 1BDQA 3K5FA 5DQ5A 3LPKA 4Y6MA 3VF5A 4RZ1A 3TNEA 7UPJA 1SDUA 4Y37A 4Y41A 4EJ8A 2Q5KA 5P5DA 1NPVA 2O4KA 4A6CA 3OXCA 1Z8CA 4KE1A 1MUIA 3NDWA 3T3CA 5P5OA 5P5QA 1BILA 5P8FA 4Q1YA 1QDMA 5HDUA 3LIQA 2PK6A 4QGIA 4YD4A 5P8HA 4WY6A 4J1CA 4Y3AA 4LBTA 2PSGA 5P3HA 1OEWA 4ZPEA 4GJ8A 3TH9A 5P11A 5P49A 2QI3A 4I0HA 2FMBA 1YTHA 4FE6A 5EZXA 5P15A 4HVPA 3RSVA 5P70A 3PWMA 3ZKNA 4K4PA 5P4NA 3H0BA 4ZSMA 4H3GA 5DQCA 1SGZA 2F3KA 1EPQE 3O9GA 1K1TA 5P0NA 3ECGA 2FGVA 3KFNA 4J0YA 4RLDA 4Y4XA 3R4BA 5P03A 3TLHA 1HVLA 4YHQA 1PSNA 3PMYA 2G27A 5P0QA 3O9BA 2PQZA 1T3RA 5P7LA 5P0DA 3URIA 4DQCA 4CPWA 3GI0A 1D4KA 5P59A 4KE0A 4Y38A 3RTHA 1AM5A 3QIHA 1AAQA 3KM4A 1SDVA 2OF0A 4S1GA 3GGVA 5P7PA 3AIDA 4Y3PA 1FFFC 1Q9PA 4H1EA 3L59A 3L5BA 3HLOA 3LZUA 2AOGA 5P7QA 4DQEA 4OBZB 3QROA 5IVQA 2UY0A 5P7UA 4YDFA 4YBIA 2OHUA 3VSWA 4DUSA 1XE5A 3RTNA 5P2DA 2QHCA 5P78A 3BVAA 5P0TA 4DH6A 5OZ1A 3TPRA 5P81A 2ZJIA 3FX5A 3R0YA 3NU5A 5P4QA 3HD8A 5IVSA 4L1AB 4HDPA 4U7VA 5P1RA 1BVEA 1PSOE 1MESA 5OZSA 3G72A 5P2HA 1SMRA 5P1BA 3DCKA 2QAKA 2RMPA 3PM4A 5P5XA 5P1QA 5P0GA 4BFDA 3MXDA 5P32A 3UDQA 4DQFA 3NU6A 3EBZA 1SBGA 4XKXA 2G1YA 4NPTA 5OZIA 3OU4B 2OHKA 3K5CA 4BEKA 2XFKA 3VG1A 4K4RA 1U8GA 1SP5A 5P5BA 3SM1A 1HRNA 3CKTA 5HCOA 1HOSA 2NXLA 3I6OA 2QI6A 2I4WA 1T7IA 3EL5A 1YTIA 4J55A 2B60A 5P8SA 3EM4A 3QRMA 1MERA 1GNOA 3OXWA 1FFIC 3TPLA 1BXQA 5OZNA 2IKUA 1XN3A 1RV7A 3G6ZA 5P1ZA 4DV9A 1A94A 1LF2A 3R0WA 4DVFA 5P3BA 4B00A 3SAAA 1ER8E 1W6IA 3GI5A 2NXMA 5OZ7A 1FQ4A 5P80A 5P61A 5HE5A 5UPJA 5P8JA 4ZPGA 5F00A 5P5ZA 2QI7A 2ZHTA 2AVSA 1AVFA 5P4YA 2FDPA 5P17A 1IVPA 3RTMA 1G0VA 4Y4WA 2AOFA 5DQ1A 2AZ9A 5P2RA 1D4HA 4I12A 5P6XA 5P6AA 2O4SA 5CLMA 5P42A 3SA5A 4OD9B 3RSXA 4U7QA 3VV7A 3OHFA 1G35A 3KF0A 4XX4A 3VV8A 5P24A 2VJ7A 5HU1A 1ZSFA 4Y47A 3Q3TA 5OYYA 5KR1A 5P3MA 3IVIA 5P23A 1HPOA 3PBDA 5DQ2A 4CMSA 1ODWA 2UPJA 3KDBA 5DR8A 5DR0A 4R93A 3KDCA 2A1EA 5FIVA 3UQWA 1D4YA 5P7IA 5P84A 3UHLA 2HIZA 2ZJNA 1LS5A 5P72A 4EPJA 5P4DA 2BPVA 3ZMGA 4LAPA 1GVTA 5P73A 3PSUA 1XN2A 5B18A 4F73A 5P26A 1LEEA 1E82E 3ZKMA 4WY1A 1TQFA 2WF2A 3OY4A 2PSUA 4Q5MA 5P41A 5P75A 3PEPA 5P5PA 5JFUA 1MSMA 4EJDA 2P3BB 3ZKXA 1MTBA 4Y3JA 2AZBA 4Y3NA 4DFGA 4I10A 5P4SA 1HPXA 3K5GA 3D1ZA 3NDXA 4XX3A 3TKWA 5SZ9A 3ZKQA 3BGBA 1K1UA 5P1PA 4LHHA 5P22A 4JECA 1QS8A 4LXKA 3PMUA 4QLHA 5P1IA 5P4KA 3OADB 3OHHA 5P3TA 3NU3A 4J1EA 4HZTA 2FNTA 4IVSA 4L7JA 4J0VA 1HIVA 4DPFA 1EPLE 3BVBA 5P6GA 4DJOA 1PPKE 2VIYA 1W50A 5P09A 3U6AA 5C9BA 1B6JA 5P1NA 3ZLQA 4GJDA 5P05A 1TSUA 2G1OA 2HB3A 3PCZA 2QK5A 3L5CA 4DJQA 5AH7A 5P45A 4I0JA 2UXZA 4ACUA 3EKYA 4NJUA 1RPIA 1A8KA 4U8WA 1HPSA 3FNTA 5P6SA 3OU1B 4AZYA 3M9FA 1EPOE 5P7SA 4J1FA 5AH6A 3EM6A 5P48A 1TCXA 4K4QA 4M8XA 5P27A 4B0QA 5P3VA 2P3AA 2F3EA 5P0JA 2PK5A 4Y4UA 4B05A 3EL1A 2IL2A 3MXEA 2BJUA 3ZPSA 4Y5KA 1UH9A 4L1AA 1PPME 2OHNA 4Y3GA 3OXVA 5P2AA 5P6CA 5P0WA 2QI5A 2AZ8A 4I11A 1LYBA 5P5JA 5KQZA 3PI5A 3DOXA 5OYZA 3I8WA 2WF4A 3OAGB 1FB7A 3D1XA 4PHVA 2FS4A 4Y43A 5OZFA 1BV9A 4YBFA 2IEOA 5P7JA 1GNNA 1YTJA 4RVJA 5P3EA 2ZDZA 5P68A 4ER1E 2Q64A 1EAGA 5P6LA 2I4QA 4Y5PA 1HVRA 2JXRA 2QZXA 3IN4A 5OZUA 3OU4A 5P20A 4K8SA 2I0AA 3R1GB 3TOHA 2AOHA 4Y3MA 3PBZA 5P0IA 4CPSA 1ENTE 3L38A 3BRAA 4OBDA 5P29A 2I4VA 1FQ7A 4K9HA 2ER6E 6FIVA 4M8YA 4Y45A 5P8NA 3UF3A 4Z22A 3S2OA 4YE3A 2ASIA 4JP9A 2R5PA 2G20A 5HDXA 1ZPKA 2WKZA 1AXAA 1HVIA 2Z54A 5OZDA 3EM3A 1K2BA 4F76A 3KFPA 1BBSA 3ER3E 4YCKA 6UPJA 1HHPA 2QCIA 1NPWA 4EQJA 4EXHA 1T7JA 1BDLA 1VIJA 4Y44A 1FQ6A 5P4GA 5J25A 2HB4A 5P14A 4AMTA 4Y35A 1G2KA 3SACA 3PB5A 4YD3A 2VS2A 1SMEA 5P31A 4D83A 5P4JA 5HTZA 2XFJA 5C9DA 3VEUA 5DGWA 3PCWA 2HPEA 5P0PA 2RENA 3WZ7A 4B72A 1XL2A 5P1DA 4OD9A 3EL4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4R95 A;  4ZEA A;  3FV3 A;  5P5V A;  5P6M A;  2G69 A;  5OZJ A;  5P5Y A;  5P1W A;  5P4R A;  5P1K A;  5OYR A;  3SA7 A;  4DJR A;  5I3V A;  1OHR A;  3TTP A;  3MSJ A;  1LZQ A;  3QBF A;  1MRX A;  5P5I A;  2O4P A;  3F9Q A;  5P4U A;  1GKT A;  1QRP E;  4PEP A;  3S7L A;  4MC1 A;  1B6P A;  3GI4 A;  4H3J A;  4GB2 A;  1LYA A;  1ME6 A;  2QI4 A;  1XS7 D;  2QZL A;  1XE6 A;  2V12 C;  3LIV A;  5P0O A;  5P8T A;  2PH6 A;  5P8L A;  4COE A;  1XL5 A;  4D88 A;  4Y5N A;  2I4D A;  5P67 A;  5HU0 A;  2ER0 E;  3Q70 A;  4H3F A;  4CPT A;  5P3W A;  1D4I A;  2O4N A;  2ZJK A;  1A8G A;  4Y4D A;  5P46 A;  1A9M A;  5P4A A;  3S45 A;  2MIP A;  1BAI A;  5P50 A;  4I8Z A;  5P65 A;  4DQH A;  5P4I A;  4IVT A;  5P8A A;  4HDF A;  3HDK A;  2R5Q A;  5OZH A;  4Y4A A;  2QZW A;  4Y4G A;  4YD7 A;  2ER7 E;  1HTG A;  5P6B A;  5P1F A;  2HS1 A;  2HPF A;  4MC2 A;  4YD5 A;  2ZE1 A;  5P30 A;  1K6V A;  1HVK A;  5P3I A;  3OQA A;  5P2O A;  3O9E A;  2I4X A;  2NPH A;  3O9L B;  3EKX A;  3PVK A;  4TRZ A;  5P02 A;  1EC2 A;  4L7H A;  3OQK A;  4Y3T A;  3O9C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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