4DJUA

Structure of bace bound to 2-imino-3-methyl-5,5-diphenylimidazolidin-4-one
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djuA02
3UDKA 1ZSRA 5I3YA 2QMPA 3OWNA 5P49A 1HTGA 2QU3A 3SKFA 4Y36A 5P25A 3S54A 5P2AA 4EQ0A 4XX4A 5P1RA 2WL0A 2QD6A 3GGXA 5SY3A 5P45A 4D88A 2AOIA 2P8HA 1W5WA 2B7FA 5C9BA 2Q55A 3TNEA 5P2EA 1APTE 5P7JA 4GJ7A 2AVSA 4D89A 3IXJA 4GIDA 5P69A 3T7XA 1HWRA 1CMSA 3ZLQA 5P2QA 4RVJA 5P7BA 3EMYA 5HE7A 1D4IA 4I0JA 2UXZA 5P1KA 5OZLA 2QI3A 1SBGA 2FLEA 5OYUA 5OZNA 5OZGA 5P6TA 1LEEA 4Z4XA 5P2OA 4QJAA 3OTSA 3HZCA 5AH9A 3OQ7A 5P22A 4RGHA 5P2YA 5P5NA 2HC0A 5P1GA 4FRJA 1PSOE 5P4CA 3OUAA 4QJ8A 5HE5A 3O9HA 5P78A 3QVIA 4I12A 5P3KA 4Q1NA 5P0FA 3PMYA 5P0AA 5P4QA 2ASIA 1A9MA 3KYRA 3OUBA 4YA8A 1G6LA 3GGUA 1EC3A 1BVEA 5P88A 3HAUA 5OZDA 1XL2A 5P1IA 5P6CA 1RNEA 1ODWA 1ZPAA 1D4LA 4FIVA 3LHGA 4I0GA 3OHFA 4YBFA 5P11A 2PK6A 3S53A 1B6PA 5P7DA 5OYSA 1ODYA 3PGIA 4EP2A 5KR8A 3DM6A 4R92A 5P27A 3H5BA 5P4KA 3IN4A 3UTLA 3K5GA 1CZIE 4I0ZA 3OOTA 3LPIA 4Y41A 3NR6A 5EZZA 4ZIPA 5P1XA 5P3TA 3DCRA 1FF0C 5P8BA 4Y4JA 3RTNA 3HVGA 3VV8A 5P4HA 4CPTA 4Y5PA 3GGAA 5HD0A 2PH6A 3EM6A 5P6MA 1T7KA 5P8DA 4YCTA 2F8GA 4A4QA 2AOEA 4FS4A 3TPRA 3OK9A 3NDUA 4OD9B 3N4LA 3UFLA 4OBKA 4Y3QA 5P30A 2HM1A 4ZPGA 5OZOA 4CPRA 3VYDA 4GJBA 3L5BA 3BHEA 3OOZA 5ISKA 4YDGA 5P5RA 3TL9A 5P7GA 3VSXA 3SA4A 2QI4A 2QMGA 1K6TA 3L5EA 2PQZA 4FSEA 2PYNA 2OHNA 4WY1A 1BIMA 5HDXA 2VJ9A 1FGCC 3LIYA 3INFA 5ENKA 5P0UA 1AAQA 2WF4A 4K9HA 5P2JA 5P1FA 1HVHA 1DPJA 1HTEA 5P6JA 2OHLA 5P4BA 2XYEA 4JPCA 2APRA 1C6ZA 2VA5A 2Q54A 4ACXA 1D4SA 5P05A 3TLHA 2PK5A 2G1SA 3PB5A 2NXDA 5AHCA 5P40A 5P1JA 5HE4A 2R38A 3D1YA 1PSNA 5P3NA 1XE5A 3PSYA 3ST5A 1FEJC 3LINA 3TOFA 3CKRA 5P7NA 5P2GA 1D4KA 4Y3ZA 4CPSA 4ZSPA 4NJUA 4Y50A 4HA5A 3UF3A 5KR1A 1HIVA 3T7QA 4QLHA 2FIVA 1G2KA 2VA7A 3K5CA 3K4VC 3INDA 4FGXA 4XX3A 1FQ4A 3HAWA 1ZP8A 3VYFA 5P4DA 3BUFA 5P3GA 2IGYA 1EPLE 3EL4A 4OD9A 2QK5A 2NNPA 2QMDA 3KN0A 1YTIA 2ZJLA 2ZHRA 3DK1A 3UDHA 2CENA 5P0NA 5P0PA 1EC2A 4MC6A 3QS1A 1AZ5A 1QBUA 5P1SA 5P3EA 5P17A 5P00A 2AVOA 2BPZA 3O9EA 4B70A 3GGVA 5P6GA 5OZ7A 5T4SA 2I4DA 2BBBA 1B5FB 5P4NA 1N49A 2FXEA 3NUJA 1EPNE 2FNTA 4Y47A 3O9LB 4B1CA 1J71A 4RZ1A 4BELA 4RCFA 4Y5AA 1HTRB 2BJUA 2BPYA 1GVTA 2R3TA 5P3QA 1PPME 3VFBA 2P3AA 3OXWA 5P37A 7HVPA 1EBWA 3I2LA 5P3WA 5P1LA 2F3KA 1WBKA 5P0EA 4EPJA 5P8SA 4ZLSA 2ER0E 1MRWA 2G94A 4J1IA 2G20A 3QPJA 3UPJA 2QI6A 2ZJJA 5HDVA 1EEDP 5P8GA 5P3UA 1BILA 4ZPFA 4COEA 4TRYA 1TZSA 4Y44A 4AA9A 5IVSA 2QD7A 5P28A 3WB5A 5P8KA 3O99A 5OZ1A 5P4IA 5P8NA 1HVKA 5P8MA 4YCKA 5UPJA 4QJ2A 1W50A 4GJCA 3TKWA 2G22A 5P76A 2F80A 3IXOA 4LXKA 2OAHA 3QI1A 5J25A 1FQ8A 2A1EA 5P57A 2FDDA 1BXQA 4GJ6A 5P33A 5P0DA 4RCDA 1C70A 4H3FA 3SA6A 5P8QA 1FG8C 3HW1A 1ME6A 2B7ZA 4NJVA 4K4QA 4JECA 5P73A 3SFCA 3HVPA 4AA8A 4I0FA 5P5AA 4R93A 4CPUA 3UQXA 2Q5KA 1HPXA 2HB2A 5P09A 2NMYA 5KQXA 1B5FA 4DQGA 1WKRA 5OYWA 5P2SA 3RSXA 3O9LA 4YD6A 1HSIA 3L5DA 1IZHA 1E82E 5KR0A 1BWBA 4Y35A 1CPIA 5P8RA 2OHQA 4HE9A 3PJ6A 3R1GB 2OHSA 4PPHA 5FIVA 2QU2A 5P7TA 1T3RA 1EBYA 1SDVA 5P65A 3K1WA 2HAHA 4A6CA 4J1FA 2FGVA 5P8PA 4FCOA 4Y3EA 1HRNA 2P3DA 4EWOA 4F76A 5OZZA 3NXEA 3UDNA 4Y4WA 5OZJA 3ZL7A 4TRZA 4FRSA 5P3HA 1GKTA 5P8AA 5P68A 2NR6A 2AQUA 4Y5CA 3D1ZA 5DR4A 4Y3SA 2Q3KA 3S85A 4RVXA 3AUPA 3ZMGA 3UDQA 2G26A 3TTPA 3LZSA 5APRE 5P5PA 4RRSA 4B72A 3CKPA 3URLA 5C9FA 4U7QA 5P15A 2QAKA 2PC0A 1BDRA 1K6PA 4LL3A 4HLAA 4FRKA 5OZ6A 5P4ZA 2ZJIA 1HPOA 2QZWA 3D91A 5P63A 5P4VA 3OTYA 3ZKQA 2I4WA 4S1GA 3H0BA 4GJAA 4Y3AA 6APRE 3IA9A 1PPLE 3VYEA 3NU6A 3UDPA 1AJXA 2QMFA 3LIVA 2Z54A 2IDWA 5P6NA 3DUYA 5OZ5A 1D4JA 5P1HA 3BXRA 3BC4A 2PYMA 4YOAA 5HU1A 5P79A 1MTRA 3OHHA 3LPJA 4B05A 1B11A 3SM1A 5P8VA 4Y3NA 1EBZA 5P38A 5P7MA 3ZOVA 4Y4EA 5JFPA 4J0VA 4M8YA 5OYRA 4DQHA 4KE1A 1LZQA 5P1AA 5P3SA 5P7UA 4D85A 3D3TA 5P03A 1SIPA 5P1YA 5PEPA 1MT9A 4DQFA 2FMBA 2IQGA 5P58A 5P6LA 5KAOA 4L7HA 1LV1A 5OYYA 2R8NA 1OD1A 2PH8A 4QGIA 5P41A 5P6IA 4CKUA 3L3AA 1ODXA 2ZHTA 3URJA 3HD8A 5P10A 4LXMA 4JP9A 4MC2A 5P8CA 3OXCA 5P3XA 5P4AA 3R0YA 2XFJA 3NUOA 1HXWA 4QJ9A 2WEZA 5P0BA 4GJ9A 5OZKA 4F75A 5P5XA 1K2BA 4QJ7A 4WTUA 2R3WA 3FSMA 3PWMA 4J17A 5P7FA 1QS8A 5P6KA 1F34A 4U8WA 5P8JA 1XN2A 3S56A 3QP0A 2ANLA 4IVSA 3OU1B 5P2WA 3TPPA 1ZJ7A 2WEDA 2FNSA 6UPJA 4Y38A 3OADB 2MIPA 1NSOA 5P4XA 3DOXA 5P2IA 1KJ7A 3OQAA 2V11C 3L38A 3B80A 2ER9E 2BQVA 3NXNA 1XL5A 3S2OA 2AVMA 1SMRA 4ER2E 1EPPE 2WECA 4B1DA 5OZMA 5P47A 5OZQA 3FV3A 2VIYA 2WF0A 1MTBA 5SY2A 2QNNA 1FFFC 3EKYA 4Y5NA 2QHZA 2G27A 5DGUA 1MUIA 4LHHA 4FLGA 1GVUA 3EXOA 3PI5A 5P1VA 1K6VA 5P5JA 4BEKA 4PHVA 3NU3A 5P1WA 5P12A 5P86A 1FMBA 1LYAB 2NNKA 3KT5A 3EL1A 2IL2A 5P4JA 4Y45A 4Y5GA 4YBIA 5P31A 4Y4BA 4YDFA 4AUCA 3IGBA 4Y5LA 5P66A 5OZTA 4Y3MA 3LNKA 1KJFA 2BPVA 5DR7A 4FSLA 1ZPKA 1RQ9A 2HB4A 3RTMA 1FMUA 4ER1E 5E5JA 2PWCA 3QIHA 4Y3YA 3ZPUA 5P6EA 2I1AA 5HDZA 4DJPA 5I3XA 1K1UA 4Y3HA 4Y3TA 3OU1A 3SAAA 3NU9A 2G1NA 3SA5A 3OADA 4Y53A 5P4YA 5P5QA 5P83A 1VIJA 3UQUA 1W5XA 4H3IA 2I4VA 1C6YA 3SQFA 1GVWA 1KJHA 3N3IA 2FDEA 2IRZA 2OHMA 5P32A 2QNPA 4I0HA 2ZYEA 5P6WA 4RYCA 1AXAA 5BWYA 5B18A 1NH0A 4Y5EA 2QI5A 1KJ4A 1B6MA 5P2KA 3UHLA 3LIZA 3PRSA 4HDBA 4JPEA 3LZVA 5OZUA 3UQWA 3PVKA 1ZTZA 3WZ7A 4YE3A 5DPZA 3I6OA 3MSLA 3L59A 3UQRA 5AH7A 3BUHA 4E43A 5P0MA 5P2LA 5P24A 5P0RA 3ZKGA 5IVRA 3D20A 4B77A 3VV7A 1LYAA 1MT8A 5P48A 2R43A 1JLDA 5E5KA 5P6SA 2FS4A 4K4PA 2AOGA 3VUCA 1Z1RA 4TVHA 1A8GA 5P3CA 4DQEA 1A8KA 4N00A 4F74A 5P77A 4ACUA 1APWE 5ER2E 2O40A 1QBSA 2V12C 5P1NA 2R5QA 2JJJA 4J0YA 5BS4A 4Y3FA 4Y3XA 3I25A 9HVPA 1SIVA 1YM4A 5P7XA 5P2CA 2B8VA 3DV5A 4X2LA 2R5PA 5OZSA 3BXSA 3K4VA 1ENTE 5ER1E 5P1DA 4EP3A 5P29A 5OYVA 2ZHUA 3IN3A 5P8IA 2ZJHA 2ZGAA 2AOCA 2O4KA 3TKGA 3LPKA 5P7AA 1PSAA 4DJUA 4OBGA 5P5TA 5DR3A 6FIVA 5P85A 5P1PA 2F3EA 1HXBA 4HDFA 1LF2A 1HPVA 3I7EA 1C6XA 5P72A 3VV6A 5P7VA 1B6JA 2R9BA 5DQ5A 5KOQA 7UPJA 5P01A 3OGQA 1SDTA 4DPIA 3UDRA 3AIDA 3MSKA 4YD4A 5P5WA 5P4MA 4UPJA 1SMEA 4I10A 4Y3DA 2Q63A 5P5YA 1HVJA 4LC7A 5P2ZA 4OBJA 2BPWA 3IXKA 5OZ9A 4L1AB 2NTRA 3NYGA 4J1CA 3OU3A 1GVVA 5P5GA 2JE4A 5COKA 3JW2A 1EAGA 2AOHA 4DH6A 3Q5HA 3KDBA 5F01A 3U6AA 4GYEA 1FQ5A 3VG1A 2B8LA 5P74A 5P6FA 2VIEA 2NXLA 4GJDA 2ZJNA 5OZIA 1RPIA 1EPRE 2WJOA 4DJWA 4Y3PA 1IZEA 5P16A 3MXEA 3S8IA 4EJKA 2RMPA 5P82A 4K8SA 5P54A 3CICA 1HBVA 2PSVA 4TRWA 1BAIA 4HVPA 4ZPEA 3M9FA 1EPOE 1LYWB 4DJQA 4CP7A 5AHAA 1K1TA 5P5ZA 3VF5A 5P4OA 5EZXA 5HCOA 5P23A 1YTJA 3RSVA 4L7JA 4Y4ZA 3PWRA 5OZ4A 2XYFA 1LS5A 4MC9A 3G72A 1W5YA 5P7SA 3T3CA 2VNMA 3EC0A 3KMXA 5P07A 3PI0A 1IVQA 3C9XA 3KT2A 5P5DA 4FM7A 4EHCA 4JOOA 3JVYA 5P60A 1A94A 1SGUA 4RROA 5P14A 4PZWA 4Y3RA 2AZCA 5IS4A 3OQKA 2O4PA 2H6TA 1FQXA 1XN3A 1EPQE 5P0CA 1Q9PA 1BBSA 4J54A 5P8UA 1OHRA 4Y43A 1MSMA 1MPPA 2AOFA 3KDCA 3S45A 4Z2ZA 5JFUA 2G1OA 4L1AA 5AH8A 1VIKA 2IENA 2WEBA 5P3VA 1FMXA 1M43A 3SA8A 5P5FA 2NPHA 1B6LA 3VF7A 1M0BA 5P8EA 5P52A 4LBTA 4J1KA 1RV7A 4EXHA 2OF0A 4NKKA 3WB4A 5P3AA 5P6ZA 1SGZA 5IVQA 2ZHSA 5P02A 4RRNA 3EKPA 4F73A 3ZKNA 4EJDA 5C9DA 5P0YA 2AZ8A 5P4LA 1EC0A 2IEOA 2HPEA 4Y54A 1MSNA 5P81A 3QRMA 5P3ZA 1FLHA 3U7SA 5OZCA 2EWYA 5P7CA 5P64A 1LYWA 1IIQA 1XE6A 1ZLFA 4HZTA 3R4BA 1HEGE 4R91A 2G69A 2OHPA 5DGWA 2QD8A 4HEGA 5P3YA 2J9JB 3B7VA 5OZ3A 4QJ6A 4TVGA 1HVIA 2PMAA 2I0DA 3SKGA 1PFZA 5OZHA 5P6DA 3ZKSA 3OQFA 4DJOA 3DJKA 3PCZA 5P06A 1YTGA 2AVQA 5AGZA 3APRE 2G24A 3EKQA 3WSJA 5OZXA 1B6KA 3NLSA 2P83A 2Q11A 5P6QA 5P4SA 2RKGA 2VS2A 5HCTA 4GZFA 2J9KA 3BGCA 4Z22A 3O9DA 5P4WA 2I4UA 3T6IA 3NSHA 3T7PA 3ZPSA 1GVXA 1NPVA 1FG6C 2HS2A 5P5SA 1IBQA 5DR0A 5P53A 1HEFE 3O9AA 5P7QA 5P5LA 3HDKA 3TOGA 5I70A 1YTHA 1T6GA 5P2TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UDK A;  1ZSR A;  5I3Y A;  2QMP A;  3OWN A;  5P49 A;  1HTG A;  2QU3 A;  3SKF A;  4Y36 A;  5P25 A;  3S54 A;  5P2A A;  4EQ0 A;  4XX4 A;  5P1R A;  2WL0 A;  2QD6 A;  3GGX A;  5SY3 A;  5P45 A;  4D88 A;  2AOI A;  2P8H A;  1W5W A;  2B7F A;  5C9B A;  2Q55 A;  3TNE A;  5P2E A;  1APT E;  5P7J A;  4GJ7 A;  2AVS A;  4D89 A;  3IXJ A;  4GID A;  5P69 A;  3T7X A;  1HWR A;  1CMS A;  3ZLQ A;  5P2Q A;  4RVJ A;  5P7B A;  3EMY A;  5HE7 A;  1D4I A;  4I0J A;  2UXZ A;  5P1K A;  5OZL A;  2QI3 A;  1SBG A;  2FLE A;  5OYU A;  5OZN A;  5OZG A;  5P6T A;  1LEE A;  4Z4X A;  5P2O A;  4QJA A;  3OTS A;  3HZC A;  5AH9 A;  3OQ7 A;  5P22 A;  4RGH A;  5P2Y A;  5P5N A;  2HC0 A;  5P1G A;  4FRJ A;  1PSO E;  5P4C A;  3OUA A;  4QJ8 A;  5HE5 A;  3O9H A;  5P78 A;  3QVI A;  4I12 A;  5P3K A;  4Q1N A;  5P0F A;  3PMY A;  5P0A A;  5P4Q A;  2ASI A;  1A9M A;  3KYR A;  3OUB A;  4YA8 A;  1G6L A;  3GGU A;  1EC3 A;  1BVE A;  5P88 A;  3HAU A;  5OZD A;  1XL2 A;  5P1I A;  5P6C A;  1RNE A;  1ODW A;  1ZPA A;  1D4L A;  4FIV A;  3LHG A;  4I0G A;  3OHF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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