2OHMA

X-ray crystal structure of beta secretase complexed with n~3~-benzylpyridine-2,3-diamine
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Application of fragment screening by X-ray crystallography to beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohmA02
1TCXA 1SGZA 4QJ9A 5P53A 5OZJA 4PYVA 5P69A 5P8HA 3EKPA 5P5SA 3S7LA 3NWXA 4B1CA 3I25A 4J1IA 4RYCA 4EQ0A 1E5OE 3G72A 4APEA 1HPOA 1MIQA 2FXDA 5P1SA 5P4VA 3ZPUA 4QJ8A 8HVPA 5OZXA 5P7FA 4DFGA 5SY2A 1OD1A 5P7BA 4Y41A 1XN3A 5P1JA 5P4OA 5IS4A 2QZWA 5P1ZA 3HAWA 2PSVA 2QD8A 4NKKA 1BIMA 4EXHA 3TPJA 2QMGA 5COKA 5P67A 3T6IA 2IRZA 4I0IA 1E81E 1FQ7A 2F3KA 1U8GA 3EL5A 5P8MA 3KT5A 3UQWA 5P56A 4Y4UA 3UTLA 1HIIA 2OHTA 3SABA 1LYWA 4DVFA 3SA6A 1EBYA 4Y3DA 3O9LA 4ER2E 4EPJA 3OGQA 4MC1A 3ZOVA 1BAIA 1EC1A 3KFRA 4Y50A 1IZHA 3EBZA 5P8DA 5P1CA 4Y45A 5P0LA 5CLMA 5P5LA 2G1NA 5OYVA 3IXJA 5OZNA 3SA4A 5OYYA 4K9HA 5HD0A 3UDKA 4I0DA 3QI1A 4DPIA 5P25A 5P4EA 2SAMA 3AUPA 5P6SA 1ZJ7A 4AA8A 4DQEA 4Y3XA 1HOSA 5HE4A 5P7EA 2IGYA 5AHBA 5P09A 5P7ZA 4Y39A 4AMTA 4FAFA 5P4KA 1SDUA 3MSJA 1XDHA 3K4VC 4OD9A 2H6TA 4DJWA 5P02A 1HIVA 5P3PA 3ZKGA 5BRYA 4BELA 2ER6E 2HB3A 3F9QA 2QI6A 2BPWA 1FQ5A 4JPCA 2QZKA 1IIQA 4Y5MA 3VV6A 4Z2ZA 3ZPSA 2FNSA 2F3EA 2QCIA 2O4LA 5P2RA 4D85A 2R8NA 1FQXA 2FDEA 2QHYA 5COPA 3TOFA 2HS2A 1XN2A 2AOIA 5P66A 5P3FA 2J9KA 1W51A 4CPUA 2Q54A 1AIDA 2WHHA 2G94A 5IVRA 3LITA 2WL0A 2AZCA 3NUOA 5DGWA 3TOHA 4Q5MA 4J1HA 5OZGA 5P80A 4K4RA 3VYDA 3OUDB 3SKFA 2NXMA 3NWQA 1HRNA 2G24A 2ZHVA 2AVSA 5P5BA 2ANLA 3VV8A 5P41A 1E82E 1ZPAA 3PSGA 4D83A 3GGAA 4Y54A 2ZE1A 3S45A 4DJOA 1PSNA 5P5MA 5P7DA 3SM1A 2ZHUA 5KOSA 3NSHA 2QU3A 5FIVA 3URIA 5P2UA 2PQZA 5JFPA 3KT2A 4Y5LA 4GJDA 5OZ7A 5P6RA 4OBZA 4J0TA 3VYFA 5P2JA 2QI7A 5E5KA 4J1CA 3VEUA 3OY4A 1IDBA 3UQRA 5P18A 2B7ZA 2JYSA 3NDWA 5KQXA 5P8AA 3AIDA 2ZJIA 3SKGA 5P2MA 1WBKA 2PWCA 5P3HA 2UY0A 2VJ7A 2B7FA 3O9AA 5P62A 1YG9A 5OZBA 1K6TA 1HSGA 4DQHA 4Y5AA 5P3AA 1M0BA 5P5ZA 1K1TA 2QI4A 1CZIE 5P79A 4Y5KA 3BC4A 3SACA 3APPA 3QRSA 2ER0E 4Y3PA 3OTYA 1TZSA 1ZTZA 1BWBA 5P4AA 3D1ZA 2XYFA 1HSHA 1MT8A 3ZKQA 3VUCA 4ACUA 1GVXA 3VF7A 4Y5NA 5P6OA 1SGUA 1W5XA 4OBFA 1MTRA 5OZMA 5P42A 5P7AA 3HD8A 2I4QA 5P7MA 3GGXA 4J1KA 3CMSA 4K4QA 1EPLE 5P4UA 3QN8A 5P1KA 3DV1A 4QJ2A 5P3WA 4K8SA 1MSNA 4A4QA 1FG8C 1G0VA 3VF3A 1ZBGA 4EJ8A 3PLLA 5P38A 1KJ7A 4Y57A 1F7AA 5P4DA 4Y4GA 4YD4A 4IVSA 1AVFA 4LC7A 4CPQA 4BFDA 3UDNA 3BGCA 2FIVA 3S8IA 1PPLE 1BV9A 5P64A 5P6LA 5P2CA 4H1EA 2QHCA 4CPSA 2O40A 2IS0A 1GNMA 4Y5CA 5OZUA 4ZIPA 4Y53A 3T7QA 5P7SA 5P5QA 5IE1A 2APRA 2QAKA 4HVPA 1VIKA 4Y3NA 4FE6A 2HM1A 2VNNA 2BBBA 5HCTA 5P0UA 4EWOA 5OZHA 5P5EA 2Z4OA 4YHQA 2QMFA 2HPFA 3Q4BA 2OHNA 2AVMA 2AOGA 3PM4A 3BVBA 1M43A 3INDA 2CEJA 4UPJA 1LZQA 1YM2A 5P2EA 5KQYA 3PBDA 5OYWA 3ZKMA 2OF0A 2R5QA 3ZPTA 1QBSA 3OAGA 2HIZA 3OUCA 2PMAA 4FIVA 1LF3A 3LNKA 2P8HA 3BUGA 5I3YA 3R0WA 4RVXA 4I10A 4J0VA 3UFNA 5P8EA 3T11A 1D4IA 5P3LA 3CKTA 5P8IA 5P51A 5P0IA 3FNSA 1YX9A 3MSLA 3OK9A 4Y4JA 1MEUA 5AH6A 2QI5A 4HA5A 3SAAA 5COOA 4XKXA 4YOBA 3EKWA 5P3BA 5DGUA 1LYAA 9HVPA 2QMDA 5P1LA 3D1YA 5P77A 3KN0A 3TH9A 4FL8A 4ZSQA 5P4JA 4CKUA 5P5UA 5OZEA 5OZOA 5P39A 1EAGA 4AA9A 3OU4B 1FEJC 2G1OA 3O9DA 5P0KA 5P7OA 5P43A 5P3EA 1QRPE 2QHZA 4Y4EA 5P7IA 5AHCA 1OEWA 4J5JA 3B7VA 3OHFA 3LZYA 5HDXA 3O9LB 5C9BA 3O9CA 5P23A 5OZIA 4ZEAA 4YD5A 2IQGA 4GJ8A 4OBGA 1NPVA 5KR8A 3N3IA 3TL9A 5P22A 5OZZA 4GJBA 4EQJA 3QS1A 5P6UA 5P88A 2PSGA 4JECA 5OZ0A 1YTHA 5DQ4A 1MSMA 4MC2A 5P8GA 4OBKA 2Q11A 3VLAA 3S43B 2VA5A 4YDGA 2V0ZC 2A1EA 5P0OA 4ACXA 1FQ8A 5P5CA 3T7XA 5P5RA 4L7JA 5P82A 5P5JA 1BBSA 2QNQA 5P58A 1K1UA 3PCZA 5P00A 5P68A 3QAAA 5E5JA 1LV1A 1BXOA 3OWNA 4YCTA 1DW6C 4ZPFA 4I8WA 5P70A 5P78A 3ZMGA 4R91A 1ZPKA 5P4SA 2ZJNA 5P2FA 5DR8A 1DPJA 3A2OA 1ZLFA 1YTGA 1AJVA 3BXSA 3IXKA 3VYEA 4DJUA 3IA9A 5P73A 2WEDA 4L6BA 4L7GA 2VJ9A 4Y3JA 5OZSA 4Y47A 1EPOE 1HPVA 1QBTA 4ZLSA 5P75A 2F8GA 4B78A 1PSOE 5P6VA 1D4JA 1EPRE 4J54A 3RVIA 4YD7A 3ER5E 2R43A 1HVRA 3PRSA 1HSIA 1AXAA 4M8YA 3LIVA 3ST5A 4HDPA 1K6PA 4RZ1A 4B05A 3IVIA 5P0ZA 3NU3A 2ZJKA 3WB4A 5P8VA 3OQFA 4PEPA 4Z22A 3HBOA 3VLBA 3R2FA 5P57A 1K6VA 2J9JA 3NXEA 1MESA 4DJRA 2BJUA 4Y9WA 3OXVA 3D91A 5P2OA 5P5YA 4J0PA 4CPXA 1D4YA 1SIVA 4QJAA 2ASIA 5P7NA 3T7PA 2NXLA 1EC2A 1UH7A 4I0ZA 5P3XA 3O9HA 5P1TA 4YE3A 3NXNA 4LHHA 3BRAA 1FQ6A 1NPAA 2BPZA 2NNKA 3HW1A 4Y4XA 2HB2A 3LIZA 5HE7A 3PSUA 3WZ7A 3SO9A 4R5NA 2ZHSA 1LF2A 4XX3A 2B60A 2BB9A 4FGXA 3VFAA 2XFIA 3CKPA 1UH9A 5OZQA 3DCKA 3ER3E 5P3NA 5P40A 1IZEA 1W5VA 4RGHA 5OZTA 4Y3EA 1T6EX 2XFJA 5P3SA 4GJAA 3JVWA 5P0BA 4F76A 4Y3WA 4Z50A 4Y3SA 5P2TA 3K5FA 3UDPA 5P2YA 4RVIA 3NYGA 5P0NA 1PSAA 4RRSA 5EZZA 5P5VA 1MPPA 5DR0A 4AUCA 4QLHA 5P2DA 4FRIA 4CPTA 5P5GA 1MVPA 4LP9A 3SLZA 3Q70A 4Y56A 3B80A 3WSJA 3L5CA 1FG6C 1NH0A 2XFKA 3DCRA 1EC0A 3QRVA 4B1EA 5P6WA 4Y38A 5P0SA 1APUE 3BVAA 4DQGA 2BPYA 1MERA 3CYXA 2QMPA 5P20A 5P5XA 4EP3A 1OHRA 5P4GA 4Y5EA 5P8QA 3OUAA 5P6PA 3OOZA 5SXNA 1GVUA 3NUJA 5P4RA 3O9FA 3UF3A 5P4YA 5P1OA 1KZKA 5OYXA 2OHKA 5P0QA 2QU2A 4OC6A 5P3DA 5OYUA 5P4BA 3RSXA 3D20A 1BDLA 2AVOA 2QNPA 5P6EA 3NDXA 1EPPE 5T4SA 5ENKA 1FMBA 5P1DA 1HVCA 2RKFA 5OZWA 5P0YA 4GZFA 5P6HA 3EKYA 5CONA 5OZFA 5B18A 5P3IA 1TQFA 3L5EA 1YTIA 3OQAA 5P1WA 1C6XA 5P6KA 4B00A 2P3DA 5SY3A 3S7MA 4Y4TA 5P0EA 4DPFA 2B8LA 1Q9PA 4LXMA 2P3BB 1FMUA 5DPZA 1ODXA 2O4KA 3RSVA 3RTMA 4Y35A 1D4KA 1B5FA 3ECGA 4Y3AA 5P4QA 1QBUA 3NDTA 2BKSA 5P0CA 1EBZA 4DJVA 3KMYA 1RV7A 3TKWA 3DJKA 3INEA 3EKXA 2IKOA 4EJLA 1OEXA 2Q63A 3LINA 3LZSA 2Z54A 3NDUA 1GNNA 2V12C 3I8WA 3KYRA 5APRE 5P5WA 5P8JA 3S54A 4HE9A 2I4UA 1EPQE 1RL8A 5P3TA 2JJJA 2VA7A 2WECA 5P35A 3EL1A 2G22A 4KB9A 1HVLA 4YCYA 1Z1RA 2RMPA 5P7GA 1BXQA 5OZ3A 3PCWA 3EKQA 1D4LA 3PWMA 1CPIA 3EMYA 4R92A 5P7LA 2UXZA 2VKMA 3GI4A 1W5YA 5P11A 3I2LA 3TPPA 5P8RA 3SA9A 2RSPA 5P45A 4LBTA 3UQXA 3PWRA 2IL2A 3O9EA 1T3RA 3QIHA 2QNNA 5OZYA 3OXCA 5P7KA 4ER1E 4R93A 2QZXA 5P74A 4RCDA 4ZPGA 3N4LA 2ER7E 5P6NA 4TVHA 2HS1A 3QPJA 1KJFA 5KQZA 5P16A 5AH8A 1ZSRA 1QBRA 2R3TA 4RCFA 5P6GA 4LXAA 4N00A 5OZKA 4ZSPA 3NU6A 4YA8A 1KJ4A 5P6QA 4Y4AA 4YDFA 2FXEA 5P47A 5P24A 1ODWA 3IGBA 4NJUA 1C6YA 3BHEA 3OHHA 5AH7A 3QBHA 3O99A 1GVWA 4GIDA 5P2VA 5P6BA 5OZPA 3UDJA 1HTRB 2R3WA 1APTE 5ENMA 1IVQA 2ZJHA 5OYSA 1B6MA 5P1UA 3GGUA 4DQCA 5JFUA 1EPNE 2PWRA 2WJOA 5P2QA 4LL3A 5BWYA 5EZXA 5AH9A 3VF5A 2QI3A 5KAOA 3NR6A 5P3YA 5P0JA 2WF4A 2MIPA 3EM4A 4H3FA 5P8KA 5P7CA 4KUPA 5HE5A 5P8CA 4WY1A 3QRMA 5P0VA 4PZWA 3OGPA 3PHVA 2NXDA 2JXRA 2ER9E 3NU5A 6UPJA 2G1RA 4HDBA 5P4IA 5P14A 1Z1HA 3ZLQA 4S1GA 3C9XA 2AZ8A 5P6TA 4Y4ZA 7UPJA 5P87A 2Q64A 1G2KA 3L5FA 4EHCA 4L1AB 3DK1A 3SA3A 4HEGA 5P54A 4Y3MA 4Q1WA 5P4MA 2PC0A 5P6ZA 1T7JA 5P5FA 4D88A 4GB2A 2H6SA 4Y37A 4Y51A 3KM4A 3OU1B 1HPXA 3VG1A 2J9JB 5P0XA 5P2LA 3FNUA 4KE1A 2WEZA 5P1EA 5P0MA 1YM4A 3UDRA 2O4SA 3ZKSA 4LAPA 4I1CA 4CP7A 4Z4XA 2PYMA 1HHPA 4Y4WA 4FLGA 5P59A 4CPWA 3BUHA 3APRE 4J1EA 3HAUA 3L58A 3D3TA 5P63A 4A6BA 2OHSA 4I0HA 3KMXA 1K2BA 1G6LA 3I6OA 3TPRA 3IAWA 3FSMA 5HDVA 5P1AA 2G20A 1MTBA 4HLAA 2I4WA 2FDPA 5OZVA 3CICA 2PK6A 5OZRA 2AODA 5I70A 5OZ9A 4Y36A 2VNMA 4I0EA 2V10C 4I8ZA 5HU0A 1TCWA 1HTEA 3URJA 5P7HA 2AQUA 5KQFA 2AOHA 2ZJMA 4HZTA 1LYWB 1ME6A 4GMIA 3G70A 5P4HA 4H3GA 2NTRA 2ZHTA 6APRE 5P8TA 4EYRA 2V16C 5DR3A 1SBGA 1J71A 3IVHA 2AIDA 5P13A 4K4PA 4RVJA 3VSXA 2AVVA 1WKRA 4J0YA 2ZYEA 1KJGA 2OHLA 1W6HA 3ZKXA 1BDQA 3LIYA 2R9BA 5P05A 4EXGA 5C9DA 2I4XA 4YCKA 3QROA 2P3AA 1BWAA 3OOTA 5P4CA 1HXWA 2NR6A 5P3RA 5P76A 3PSYA 1FKNA 3LIQA 1F34A 5P4WA 3PMYA 3EL0A 1XE6A 1PPME 2PYNA 4B1DA 2VA6A 4OC6B 4OD9B 5OZ8A 5UPJA 5P36A 4FM8A 2I0DA 4Q1XA 4GJ6A 4Y3GA 1EBWA 3FIVA 3GW5A 4FRJA 5HTZA 2G27A 3INFA 5P6JA 4U7VA 3QP0A 2Q3KA 5P2WA 5P7RA 5IVTA 5P17A 3OADA 5P83A 4RYGA 3VV7A 1MRWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TCX A;  1SGZ A;  4QJ9 A;  5P53 A;  5OZJ A;  4PYV A;  5P69 A;  5P8H A;  3EKP A;  5P5S A;  3S7L A;  3NWX A;  4B1C A;  3I25 A;  4J1I A;  4RYC A;  4EQ0 A;  1E5O E;  3G72 A;  4APE A;  1HPO A;  1MIQ A;  2FXD A;  5P1S A;  5P4V A;  3ZPU A;  4QJ8 A;  8HVP A;  5OZX A;  5P7F A;  4DFG A;  5SY2 A;  1OD1 A;  5P7B A;  4Y41 A;  1XN3 A;  5P1J A;  5P4O A;  5IS4 A;  2QZW A;  5P1Z A;  3HAW A;  2PSV A;  2QD8 A;  4NKK A;  1BIM A;  4EXH A;  3TPJ A;  2QMG A;  5COK A;  5P67 A;  3T6I A;  2IRZ A;  4I0I A;  1E81 E;  1FQ7 A;  2F3K A;  1U8G A;  3EL5 A;  5P8M A;  3KT5 A;  3UQW A;  5P56 A;  4Y4U A;  3UTL A;  1HII A;  2OHT A;  3SAB A;  1LYW A;  4DVF A;  3SA6 A;  1EBY A;  4Y3D A;  3O9L A;  4ER2 E;  4EPJ A;  3OGQ A;  4MC1 A;  3ZOV A;  1BAI A;  1EC1 A;  3KFR A;  4Y50 A;  1IZH A;  3EBZ A;  5P8D A;  5P1C A;  4Y45 A;  5P0L A;  5CLM A;  5P5L A;  2G1N A;  5OYV A;  3IXJ A;  5OZN A;  3SA4 A;  5OYY A;  4K9H A;  5HD0 A;  3UDK A;  4I0D A;  3QI1 A;  4DPI A;  5P25 A;  5P4E A;  2SAM A;  3AUP A;  5P6S A;  1ZJ7 A;  4AA8 A;  4DQE A;  4Y3X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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