1FFFC

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease : high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fffC00
5P28A 3UDRA 3WZ8A 1HBVA 4I0DA 1W6HA 4BFDA 1GVUA 4TVHA 5OZ4A 4FE6A 3OY4A 5P02A 1HXWA 1XDHA 1SBGA 4FM7A 4GJCA 3RTHA 3LIXA 3TL9A 3S43A 2ZDZA 1XL2A 2FMBA 4H1EA 3PSUA 2FNTA 2VJ6A 3HAUA 4F74A 3SA9A 2BJUA 3O9FA 1SGUA 4R93A 3ZPSA 1TW7A 1BDQA 1HHPA 5OZSA 5P3YA 5P4KA 2Q15A 3LHGA 1HTRB 3PLDA 4FL8A 2PMAA 3L5BA 4LHHA 1QBTA 1FG8C 1FQ8A 3ZOVA 2HS1A 5P19A 4Y38A 4DQFA 4L6BA 5P6PA 5P01A 2I4VA 4PHVA 4PYVA 3S43B 4LL3A 4DV9A 5P27A 5P20A 1PROA 2XYEA 5P5CA 3S45A 5P0TA 3UDMA 3VSWA 5P2BA 3D1XA 3PVKA 3IVHA 1LYBA 4ACXA 4YD7A 5JG1A 3K4VC 1RPIA 1AXAA 4Y3HA 5P5AA 5P70A 2R5QA 2P3DA 2HC0A 3CIBA 5OYRA 4OBKA 1WBKA 5P5XA 2ZJKA 3OTSA 5P1WA 5P6XA 4KUPA 1GVVA 5OZAA 3AUPA 1RNEA 4FM6A 2G94A 4Y44A 5P72A 3NDUA 3CYWA 5UPJA 4EJLA 5P4WA 4L1AB 4J1EA 1HVHA 3LZUA 3FNTA 4MC1A 1K6CA 2AVVA 1NPVA 5OZCA 5OZWA 1DW6C 4EPJA 1K6VA 3OTYA 2QI1A 5P6YA 4YCKA 5P2WA 4Q1NA 3RTNA 1QBSA 2FXDA 5AH9A 5P6MA 1FB7A 5P50A 1MUIA 2O4NA 2VJ9A 2MIPA 2QNPA 3R1GB 3BXSA 5P2SA 3K4VA 3MXEA 4DJRA 1AJXA 3HBOA 5FIVA 1T7IA 5ISJA 2QHYA 1E80E 1QDMA 2VIYA 1DIFA 3KT5A 1BV9A 3NR6A 1LS5A 5P6OA 2AVMA 1HIVA 1XS7D 4OBGA 4B1DA 3TKGA 1ZSRA 3IXJA 1E82E 3IXKA 4MC2A 1A9MA 3SA4A 5P11A 5BS4A 1YM4A 3T7PA 4CPXA 1KJ4A 3HVGA 4Y3XA 1FMUA 2I4XA 5P6ZA 1UH9A 5P2QA 4Y4ZA 5P1CA 1RL8A 4K4RA 4DJUA 3ZL7A 1F7AA 5P3MA 1OEWA 5P2OA 1W5XA 5P7QA 5P2CA 5P3WA 5OZ3A 5P8IA 1CPIA 3HDKA 5P0XA 4GJDA 3DM6A 5P2AA 3PWRA 1FKNA 3EKXA 3O99A 5OZBA 3SABA 2NXLA 4B77A 4DJOA 3NXNA 5P3XA 4DPIA 1A94A 2JE4A 4B1CA 5HTZA 2NXDA 3MSJA 5EZXA 3NU4A 1ODWA 1RV7A 1ZTZA 5P39A 5P0VA 1OD1A 5P55A 3ZPUA 3BVBA 5P0EA 5P8HA 3EKYA 3OU4B 2VA5A 1G2KA 1FMBA 1MPPA 2WF4A 5P79A 5P09A 2JXRA 4DJVA 5P69A 1GKTA 5KQYA 3WZ7A 3TOFA 3EKTA 4Y4XA 3VUCA 5P0HA 3D1YA 4H3JA 4F75A 3GI6A 4AA8A 1DAZC 2ZHTA 3JW2A 2WEDA 4YCYA 2QI6A 4QGIA 5P10A 5P0OA 2WHHA 4K8SA 4D85A 3UDJA 5KOSA 5P2LA 1B6MA 5OZVA 1A8KA 2JYSA 5P7TA 1EBWA 2O4LA 1HIIA 2O40A 5P7HA 3QIHA 2Q55A 3FKTA 3NDTA 5OZIA 1N49A 5P3AA 3L3AA 2WF1A 1G35A 2R3TA 4OBDA 3PI5A 2ZE1A 2B7FA 4J1CA 3SA3A 2AODA 1HPSA 5P5YA 2QMDA 2B8LA 3R4BA 5P83A 5ISKA 3L58A 3KN0A 4BEKA 5KQZA 3A2OA 5P8JA 2VA7A 5OZKA 2AOFA 3QRVA 5KR8A 5P1TA 1HSHA 2V13A 1DPJA 1EBYA 1M0BA 3UTLA 5DQ2A 5P0JA 4CPWA 4Q1WA 3OOTA 1ZPAA 3SA6A 3UFNA 5DPZA 2BPXA 5HD0A 5P8PA 5P85A 4Y4GA 3IN4A 4I0JA 5P5SA 4NPUA 4Y3WA 5F01A 2AQUA 4Y5EA 5P2XA 2CEMA 4FGXA 3OOZA 4HZTA 1B6LA 5JFUA 1FGCC 3I8WA 2BPZA 5P33A 4D88A 4GJAA 3L5FA 5P4EA 5P3ZA 4CMSA 3O9HA 5CLMA 2NXMA 3ST5A 4EJKA 2G1OA 3IN3A 5P7CA 5P46A 2FGVA 3KFPA 1BAIA 4FAEA 4I0GA 4EHCA 3DCKA 4Y5AA 2HAHA 5P2IA 5P4OA 3PSGA 1M43A 5P16A 4GJ5A 3INEA 4NJVA 2I4WA 5P14A 1YX9A 2OHTA 1HPVA 2R38A 5P6UA 4B0QA 2VIJA 4NPTA 5P0YA 2FIVA 4S1GA 5P0GA 2RENA 1IZEA 4I0ZA 2IENA 1E81E 5P66A 5P1IA 4J54A 1W5WA 4GZFA 1NPAA 2B42A 1ZBGA 2I1AA 5P0MA 3NU3A 3O9EA 1D4SA 4YHQA 1Z1HA 1T7JA 3PSYA 1HPOA 5P2FA 1FQ4A 1HVCA 5P7NA 3PWMA 5P25A 5P0IA 3PLLA 4HE9A 5AH8A 3PHVA 2P3AA 4I0IA 3OQ7A 5P1DA 3OHFA 2AOGA 3VF5A 1BWAA 5P5DA 3EKPA 5IVQA 4R95A 5P1QA 1C6ZA 4HEGA 2WKZA 5P3IA 1B5FA 5OZQA 3VF3A 3GW5A 3ZKQA 4OC6B 5P5GA 4Y3ZA 2AOCA 5P6HA 2ZGAA 5P08A 2OHLA 3OADA 3CIDA 2WL0A 1EC2A 3TH9A 4Z4XA 3I25A 1W50A 1B5FB 5P07A 6FIVA 3O9IA 2I4DA 2F80A 5I3XA 3BHEA 3I2LA 4ZSQA 4J55A 2IKUA 3OADB 3S54A 3NSHA 2B8VA 5DR0A 5HDUA 2P3BA 1HRNA 5P5IA 1DP5A 3NYGA 2OAHA 3G70A 5OYTA 3Q6YA 1EPRE 3MXDA 5OZ6A 5P23A 4APEA 5P2GA 2IGXA 3OUBA 5P0KA 4N00A 4LAPA 4I11A 1EPLE 2G27A 4Y36A 5OYYA 5HCOA 4Y3SA 5P58A 2WF0A 5P26A 3VYEA 1LF2A 5P8CA 2QZXA 2Q63A 5P0BA 4LP9A 1GNOA 1SMRA 5P6VA 5P6IA 4Y47A 2QU2A 4Y3TA 3L5DA 2G1NA 5P31A 4XXSA 5P8QA 3ECGA 3LPIA 5P80A 4EXHA 5P3EA 4D8CA 3OQFA 3T7QA 4CPRA 6UPJA 1KJHA 2WEBA 4Y58A 2A1EA 5P1GA 5E5JA 5I3YA 2FGUA 1EC0A 3UF3A 5I3WA 1GNNA 4D89A 1MESA 4H3GA 4PZWA 5P68A 1NSOA 1FMXA 2RMPA 2NR6A 4NJUA 5SXNA 2F8GA 5OZEA 3TPRA 4GJBA 5P0RA 5OZ5A 2PSUA 1XN2A 3F9QA 4I12A 2V16C 4Y3JA 5P8LA 4R8YA 5P0NA 2I0DA 3U6AA 2QZWA 3IVIA 3ZKNA 4JECA 2I4QA 4DUSA 4EYRA 2PQZA 3L38A 2HM1A 4RRSA 5OZJA 2G69A 1ZSFA 3EBZA 4J0VA 3ZKSA 4Q1XA 4EQJA 5P3FA 5P6WA 5P35A 5P4LA 3INHA 5P53A 2R43A 5P5MA 3MSLA 3S53A 5P8KA 5P2ZA 5P65A 2I0AA 3T6IA 2QMFA 2VKMA 1TCXA 4FRKA 2ZJJA 5P6NA 3VYFA 1G6LA 1SMEA 2XFKA 5BWYA 4Y3EA 2ZHRA 5P4XA 4B05A 3EC0A 4ZEAA 5DR3A 3SA5A 3UQPA 2QD8A 4Y5MA 3DV1A 5P3NA 1PFZA 3R0YA 5P7XA 4ACUA 4HDBA 3BC4A 3NUOA 5IVRA 3PEPA 2G26A 4L1AA 4WTUA 5OYSA 5P2HA 4YD4A 5P5LA 3PCZA 1HSGA 3SA8A 3QROA 5P4JA 1D4KA 5P18A 5OZ8A 4OBFA 5P54A 2I4UA 5P6QA 1UH8A 4GJ6A 3NUJA 1FEJC 3GI5A 5P45A 2WF2A 4OBZA 4Y3AA 4YA8A 5C9FA 2IDWA 3VV8A 3WB4A 5P1KA 4DJPA 5P4NA 2B7ZA 5P89A 3EKWA 5P5EA 5IE1A 5P1MA 2SAMA 5P05A 5P15A 1FG6C 1HPXA 1HWRA 2F3EA 3Q4BA 2VNMA 3DUYA 1D4YA 2IKOA 3FX5A 4YD6A 1PSNA 2OHUA 4OBZB 5P5VA 1J71A 3EXOA 2BKTA 3UCBA 2PSGA 4YOAA 5DR4A 1SH9A 4ZSRA 3KM4A 3LIZA 2AZ9A 2AVQA 5COKA 3DCRA 5P8NA 1TCWA 5P4RA 5P2VA 4Y3FA 2FS4A 2QI4A 4J1HA 4MC9A 4OBHA 2QCIA 3EL4A 3O9CA 5DGUA 4QJ2A 3RSXA 5P84A 2VA6A 2FDEA 1AJVA 1XE6A 4F76A 5P7LA 4FM8A 3FV3A 3PBDA 5OZGA 2QHZA 5E5KA 2QMGA 3NLSA 1M4HA 3NWQA 5DQ1A 4RCDA 1HTFA 4YDGA 1IDBA 1E5OE 3QP0A 4QJ8A 1BIMA 5P12A 4KB9A 1BXQA 1FLHA 5P81A 1T3RA 1ODXA 4Y4DA 5BRYA 4GMIA 2VIZA 1LF4A 1T7KA 4I8WA 4B78A 3OU4A 1META 2H6SA 3H5BA 5P7JA 2AOEA 3PM4A 1Z1RA 2FDPA 4ZLSA 4J0TA 2VIEA 4EP3A 2HB2A 2ER0E 1C6XA 1BV7A 3VV6A 3EL1A 4RGHA 4RVIA 3LZYA 4DQHA 2QI3A 5P0FA 3LPJA 5DGWA 5P38A 3RU1A 5B18A 2AOIA 4J1IA 5P4TA 3CKTA 4XX4A 5F00A 4J1KA 1QRPE 5P5HA 4K4QA 2R5PA 1EPQE 3FIVA 5P6BA 4NJSA 4Y4TA 3LZSA 1B6KA 3L59A 2V11C 4DQBA 2A4FA 2O4PA 4ZSPA 5OZTA 2HPFA 4CP7A 5DR7A 3NWXA 5AHAA 5P5ZA 1KJGA 4LXKA 2IGYA 3IAWA 3ZKGA 5P8AA 5P75A 3O9BA 1SDVA 5P57A 1MTRA 5AH7A 5P6FA 5OYQA 5P0ZA 5P1OA 5P7GA 1APUE 3PBZA 4J1FA 3URLA 4I0HA 2OHNA 5COPA 2HB4A 2AOJA 5APRE 2ER9E 2QD6A 1ZAPA 3Q70A 3BGCA 4Z50A 2O4KA 4I0FA 3UDYA 2QI7A 4WY6A 2ER7E 4BFBA 5P78A 1IIQA 2CENA 5I3VA 3NU5A 2F3FA 2OHPA 3G6ZA 5P1YA 2OF0A 3OUCA 3O9AA 3SFCA 3SA7A 3ZKMA 5P1LA 3UQUA 1HXBA 3WZ6A 2Q54A 3VFBA 5P7BA 5P5QA 4Y3DA 4L7HA 4Y6MA 4Y4UA 3B80A 4ER1E 4Y3YA 1GVWA 9HVPA 5P77A 4X7IA 3HD8A 3NDXA 3KT2A 3TPJA 4Y3QA 5P4MA 1SDTA 3QVIA 1MIQA 4AZYA 5P5JA 5P24A 3OU3A 5P2TA 5P36A 1K1TA 3QBFA 4TRWA 1PPKE 3D91A 5HCTA 1YT9A 3DOXA 1K6PA 4HA5A 5P7YA 4DJXA 5P3VA 4QLHA 3VCMA 4Y45A 5P48A 5P8OA 4ZIPA 1W5YA 2IL2A 2Q5KA 3D3TA 1KZKA 4Y43A 1KJ7A 5P1FA 3ZLQA 3HZCA 4WY1A 5HDXA 5KQXA 5KAOA 5P00A 5COOA 4Q5MA 1HVJA 2AZBA 2APRA 3FSMA 3RVIA 3LPKA 7HVPA 1HTEA 5P1VA 3PMUA 4QJ6A 3PI0A 1MSMA 1AIDA 5KR0A 4FCOA 3VG1A 1LF3A 5P4HA 5P8SA 2VS2A 2AZ8A 3T7XA 5P06A 3DK1A 3HVPA 5P73A 5ER2E 5P7KA 5KOQA 4B72A 5ER1E 4Y3MA 1Q9PA 2QZKA 5P5RA 3Q5HA 3SO9A 1TSUA 4RCFA 5OZLA 3VFAA 4DQCA 3EM3A 5PEPA 3KDBA 5P5NA 2G24A 4A6CA 1YTJA 4E43A 3KA2A 5P4FA 3PMYA 3SQFA 4DJYA 5P4AA 3GI0A 1ENTE 3OXVA 2QNNA 3R0WA 5IVTA 3MSKA 5OZOA 4OC6A 4GIDA 1EBZA 5P04A 4DQEA 2PWCA 4JPEA 1ZJ7A 5P4UA 3K5CA 5HU1A 4H3FA 5P03A 3KFNA 4Y51A 1D4JA 2G1RA 3OU1B 3TPLA 1HIHA 5P2EA 2Q3KA 2QNQA 4R5NA 3OXCA 3LITA 5ENMA 4PPHA 4Y4BA 5HDVA 3BUFA 3QAAA 4HLAA 4RLDA 4ZSMA 4L7GA 5P1NA 4RVXA 2QI0A 5P74A 2PYMA 2PSVA 3LINA 2QHCA 3VEUA 1SIPA 2H6TA 5P7MA 2F81A 5P1XA 2J9JB 3OUAA 5P7IA 3KFRA 4Y53A 5KR2A 2PK5A 4RRNA 5OZHA 5P2NA 2OHKA 4F73A 2ZHVA 1BDRA 2HB3A 1EAGA 5P4ZA 4OBJA 5P29A 1YTIA 2NPHA 2WEZA 4YBFA 1LYAB 4Y37A 4GYEA 3S8IA 3BGBA 3KDDA 5P1AA 2FDDA 1ODYA 4LBTA 3O9LB 2NNPA 4U7VA 3D1ZA 1MSNA 1IZHA 3APRE 4R92A 5P3BA 2CEJA 2QU3A 3S85A 3EL0A 5P5OA 5OZ7A 5HE7A 5P3SA 3OUDB 1D4IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P28 A;  3UDR A;  3WZ8 A;  1HBV A;  4I0D A;  1W6H A;  4BFD A;  1GVU A;  4TVH A;  5OZ4 A;  4FE6 A;  3OY4 A;  5P02 A;  1HXW A;  1XDH A;  1SBG A;  4FM7 A;  4GJC A;  3RTH A;  3LIX A;  3TL9 A;  3S43 A;  2ZDZ A;  1XL2 A;  2FMB A;  4H1E A;  3PSU A;  2FNT A;  2VJ6 A;  3HAU A;  4F74 A;  3SA9 A;  2BJU A;  3O9F A;  1SGU A;  4R93 A;  3ZPS A;  1TW7 A;  1BDQ A;  1HHP A;  5OZS A;  5P3Y A;  5P4K A;  2Q15 A;  3LHG A;  1HTR B;  3PLD A;  4FL8 A;  2PMA A;  3L5B A;  4LHH A;  1QBT A;  1FG8 C;  1FQ8 A;  3ZOV A;  2HS1 A;  5P19 A;  4Y38 A;  4DQF A;  4L6B A;  5P6P A;  5P01 A;  2I4V A;  4PHV A;  4PYV A;  3S43 B;  4LL3 A;  4DV9 A;  5P27 A;  5P20 A;  1PRO A;  2XYE A;  5P5C A;  3S45 A;  5P0T A;  3UDM A;  3VSW A;  5P2B A;  3D1X A;  3PVK A;  3IVH A;  1LYB A;  4ACX A;  4YD7 A;  5JG1 A;  3K4V C;  1RPI A;  1AXA A;  4Y3H A;  5P5A A;  5P70 A;  2R5Q A;  2P3D A;  2HC0 A;  3CIB A;  5OYR A;  4OBK A;  1WBK A;  5P5X A;  2ZJK A;  3OTS A;  5P1W A;  5P6X A;  4KUP A;  1GVV A;  5OZA A;  3AUP A;  1RNE A;  4FM6 A;  2G94 A;  4Y44 A;  5P72 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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