5P3NA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 176
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3nA01
3VYEA 5P3IA 5OZSA 5P43A 1IVQA 5P56A 2I4QA 3TPRA 3DCKA 9HVPA 1EPQE 1XN3A 2FXEA 5JFPA 3JW2A 3UTLA 4GJ9A 5DQ5A 3NLSA 1C6XA 2QNNA 5P1NA 2PYMA 2AVOA 5P3KA 3UDMA 2HS2A 3O9FA 1HVSA 1BXOA 3FNTA 4CPWA 5P2SA 2AVVA 5P74A 5P7NA 3VF5A 3RSXA 3GGXA 5P4OA 2HB3A 1EC1A 2BKSA 4OBJA 2Q55A 5P5KA 3VFAA 1APWE 5P83A 3IXOA 5COOA 2G1YA 3O9EA 5P2WA 5HCTA 2V12C 5P0EA 2QI5A 4HDBA 1TCXA 4DJOA 1DPJA 1GNMA 3ZMGA 5P03A 2B8VA 5P54A 4HLAA 5P5UA 2J9JA 3H5BA 4I8WA 1M43A 1IZDA 1GVXA 5P6PA 1ODXA 4F75A 3U7SA 1BVGA 5P2IA 5P5ZA 2Q3KA 1A8KA 2R3WA 5P8HA 5ISKA 4B00A 3IA9A 4R5NA 3URLA 3WZ7A 3OTYA 5I3WA 5P53A 5P71A 2P8HA 5P88A 1LF2A 1MVPA 5P77A 5P1MA 2FMBA 4DJPA 5BRYA 5P5EA 3L5EA 5KR1A 5P3BA 4Y3XA 4H3IA 2VA5A 5P5YA 1YM4A 4J0PA 5P2DA 1KJHA 3KDBA 5P7LA 4Y37A 5P2KA 3OHHA 4MC9A 5ENKA 4Y50A 5OZTA 5P8GA 4RVIA 5OZ2A 2QI0A 5P6FA 2CENA 5CONA 5P2MA 3SA7A 2WECA 4E43A 5P1FA 5P1RA 5DR7A 3KN0A 2R3TA 1QBTA 3PI5A 5P1KA 2ER9E 3M9FA 3KF0A 3O9HA 1RPIA 3PLLA 5P5HA 5COKA 1EAGA 5KQXA 1K6VA 5HTZA 5OZAA 5OZNA 3PBDA 5HDUA 2QU3A 3UQPA 3VLBA 5I3XA 3GGVA 2OF0A 1GKTA 2ZHUA 4LAPA 4EXHA 4COEA 3LHGA 3LZSA 5P3TA 5P2XA 1FQ6A 1LS5A 3MWSA 5P1IA 5AHBA 4B0QA 5P55A 5P5TA 5DR8A 3QVIA 4GMIA 5P0PA 1KJ7A 1PPKE 1FQ8A 1KJFA 6APRE 1ODWA 4TVGA 4Z4XA 1W6IA 3IGBA 5KR0A 4K9HA 2I0DA 4Y57A 2G1NA 1UH8A 5P2OA 5P3OA 3NXEA 5P4PA 5P0NA 4J0VA 2J9KA 5P8AA 3LZYA 1T7KA 5P7ZA 5P6MA 1Q9PA 4Y5PA 1HEFE 5P3HA 4LXMA 1Z8CA 3LIXA 1APTE 4L1AA 3VCMA 5OZUA 3K5DA 3NUJA 2QZXA 3WSJA 3D20A 5P5XA 4J5JA 3BGCA 4S1GA 3R0YA 5P4GA 5F00A 3SQFA 2I4VA 4B70A 4YD7A 4NJSA 3ZLQA 2FGUA 3RTMA 2ZYEA 1DP5A 3NR6A 2R8NA 2ZJJA 2FNSA 4OBDA 1HVJA 5OZDA 5P4EA 4PHVA 3Q70A 2HIZA 3NXNA 2QAKA 5P15A 1XE5A 3OUDB 5CLMA 4HA5A 3HDKA 5P0RA 3OTSA 3BUHA 5P5FA 4OBKA 5P6VA 5P4MA 2QD7A 2HPFA 2PWRA 1JLDA 4OC6B 4CPSA 3NU4A 3NU9A 3T3CA 1IZHA 5HDXA 3OQKA 1BVEA 5P64A 4JPEA 1LYBB 3KYRA 3WB5A 2ZJLA 1MT7A 5P6KA 3GI6A 4ZPFA 2WEBA 3RU1A 2XYFA 1A9MA 3Q6YA 4M8XA 1ZSFA 3B7VA 4ZPGA 5KR8A 4MC1A 1SP5A 4ZLSA 5P78A 5HDZA 5P09A 3D1XA 1LYAA 4EJKA 5P8PA 1MSNA 4H3FA 2O4LA 3EM4A 1HVRA 5P8OA 2ZJHA 4ER1E 3S85A 1MPPA 5P36A 5P4ZA 2AZBA 3HAWA 1MT9A 1J71A 5P8FA 3LZUA 1FFIC 1FF0C 1HPSA 4L6BA 1FQXA 4AMTA 5P4HA 1FIVA 3HLOA 5P59A 1HEGE 3INFA 5DQCA 3D1YA 4RGHA 2V0ZC 2FIVA 4AZYA 4FM8A 5JODA 4Y9WA 5P6QA 1EPLE 1UPJA 4B78A 2P83A 4Y39A 3PM4A 1PROA 5P5CA 5P0DA 2F3FA 5OZVA 5I3YA 4D8CA 4I10A 2WL0A 2PSGA 1MTBA 4A6CA 4XKXA 1NPVA 4FSEA 1T7IA 1SGUA 4TVHA 3PBZA 5P7YA 2PWCA 5AH8A 1F7AA 5OYYA 5P7QA 5ENMA 2QHCA 4DQHA 2V13A 2VNMA 5P0ZA 1TSQA 5P7DA 4Y3ZA 5P5NA 4KB9A 2OHUA 2B7ZA 5P2FA 5P4YA 3QRMA 5P33A 3OGQA 5P35A 4Y4BA 5P0KA 2B8LA 4GYEA 5P61A 1PFZA 4K8SA 4LXKA 2P4JA 3KMYA 3AUPA 5P7WA 4RLDA 4LL3A 3VUCA 4Q1XA 1GVTA 3QBFA 4K4PA 3WZ6A 2Q11A 5P1HA 2P3BB 5P8BA 4YCKA 4I0JA 4Y3EA 4Y5CA 1QBSA 3OXVA 5P7EA 4PEPA 4I0EA 3PCWA 1SIVA 4EP3A 1E81E 5P6JA 5DGWA 3OU1A 5P5VA 5P26A 3TOGA 1AZ5A 4Y43A 3VLAA 4D88A 1D4KA 5OZ6A 5P1PA 4HZTA 1E5OE 1XE6A 5P1OA 2FDEA 5P27A 5P2QA 1YTIA 2NNKA 3DUYA 4J0YA 5P0VA 4J1IA 3L3AA 1HPVA 1BDQA 4FS4A 5P2GA 4L7JA 4I8ZA 5P0FA 5P6RA 5J25A 3CKPA 1WBKA 5P7KA 4J1KA 4PZWA 1GVWA 1LZQA 2ZGAA 4R91A 4DQGA 5OZOA 5EZXA 1ZPKA 2QI7A 4A6BA 5COPA 3GI4A 3PCZA 4EQJA 3KT2A 2RSPA 5P3VA 4NJTA 5P3EA 1HVLA 5IE1A 1EPRE 2FNTA 1HIHA 5KAOA 2O4KA 4EJLA 5P8EA 2WF3A 1MUIA 5P0BA 5P6NA 3VEUA 4CPRA 5P3JA 3BUFA 2BPVA 5HE4A 4FRSA 3APPA 3NU6A 3OWNA 1HRNA 4H3GA 3UPJA 5P2NA 1ZPAA 1PSNA 3EBZA 3EM6A 3QPJA 2I4WA 3CMSA 5P62A 5P05A 5OZ7A 4J1HA 2G94A 4CPQA 3OXCA 4QLHA 4CPXA 3VV6A 1DIFA 3L5BA 4Y4XA 1T3RA 3G70A 4QJAA 4GIDA 3BXRA 4Z50A 3TOFA 5P4XA 1A8GA 5P6SA 2I1AA 4PYVA 2WF0A 3OOZA 3R1GB 1AVFA 5DQ2A 4J1EA 3EKYA 1BIMA 5P8SA 3ER5E 2AOIA 3TTPA 1D4HA 3EL4A 3ECGA 4DQCA 2AIDA 3L5CA 1PSAA 3SA5A 5P5BA 4GJ6A 4Y3AA 5P5SA 2R5QA 1TQFA 1META 4YE3A 3MSKA 4B1DA 2QHYA 3S56A 3BUGA 2AOCA 4Y4ZA 4BEKA 4YD4A 5F01A 3A2OA 1BWAA 1QBUA 2WKZA 5P23A 2VIEA 2PMAA 2Q63A 4CMSA 4YD3A 1LYWA 1NH0A 5P7PA 1A94A 4J54A 3R0WA 4FLGA 5HE7A 5P4AA 5P45A 4GJDA 4OD9B 2XFKA 4J0ZA 4FE6A 3RTHA 4Y4JA 4I1CA 5P6XA 5HD0A 5PEPA 4Y4WA 3LNKA 4GZFA 1B5FB 1QS8A 4NPUA 5P42A 5P5WA 1D4YA 3EL5A 2IGYA 1HWRA 4Y4EA 1ZSRA 4J0TA 2V00A 4LBTA 2AOGA 3PSYA 5P1EA 5P8LA 3D3TA 1EBKC 4Y58A 5AHCA 5P6EA 5P7JA 4Y4UA 5E5KA 2ASIA 1OHRA 3QS1A 5IVTA 5C9DA 3UDRA 5P0QA 3OADB 5P7CA 5P1ZA 5P4FA 1SH9A 3CKRA 2PH8A 5P8UA 1CMSA 2F81A 3OOTA 3QIHA 2NNPA 2QMGA 1D4IA 3L5FA 3I2LA 1LYWB 1BBSA 5P6YA 1EPME 5OZ0A 3GW5A 4Y36A 5P0IA 4EPJA 2QZKA 5P69A 5P82A 5P6BA 2IKUA 1AJXA 3HD8A 1HPXA 3PGIA 2ER6E 3TLHA 5IVSA 1FG8C 5P32A 1ZBGA 4CPUA 3S43A 3UF3A 4JECA 1PPLE 3LIYA 5P7HA 1ODYA 4K4RA 4WY6A 5P8RA 3PHVA 3IN4A 5OYVA 4EJDA 3BVBA 4X7IA 2AQUA 3VSXA 1W6HA 4XX3A 3BVAA 2ZHTA 4QJ6A 3BHEA 4Y5KA 2QI3A 3CIDA 5P1BA 5P20A 2ZDZA 5P13A 4D85A 3QP0A 4NKKA 4LHHA 3O9DA 3UDYA 3SFCA 4GJ5A 3OU4B 5TOLA 4RVJA 1ZP8A 5P0TA 3URJA 1HOSA 5P80A 4Y3QA 2O4SA 4RCEA 2B60A 4GJ7A 3QRSA 1DAZC 1ZTZA 4DUSA 1AAQA 5P58A 6UPJA 2Q64A 3S43B 1ER8E 3U71A 3UQRA 1MSMA 2A1EA 3TKWA 4WY1A 3OAGA 3OUBA 4ACXA 3WZ8A 1W5WA 4NPTA 2I4UA 5P87A 1SDVA 1YT9A 3ZPSA 5IS4A 3EMYA 5BWYA 3OUDA 3O9AA 2FS4A 3TPLA 1MESA 5P1JA 5JFUA 3WB4A 4RRSA 1F34A 2PSVA 2VIZA 3SACA 5P6TA 4YOBA 3RSVA 2WHHA 4Y47A 4OC6A 3NDXA 5OZZA 5P67A 4DJUA 2QI1A 4B77A 4ER2E 1LYBA 1UH9A 1N49A 5OZHA 3HAUA 5OYZA 2IKOA 5P4VA 5P4RA 4CP7A 3Q4BA 2OHRA 5OZBA 5P00A 5KOSA 5OZPA 1NPAA 1E80E 1WKRA 3FNSA 1MRXA 2IS0A 2BKTA 2QD8A 2FLEA 5P73A 1IVPA 5P7GA 5P25A 1EPNE 5P70A 4YDFA 1HXWA 1LF3A 5OYRA 5SY2A 4U8WA 2NMZA 5P51A 5P5GA 4GJCA 4Q1WA 2ZJIA 5P7SA 3OAGB 3VV8A 5P37A 4N00A 5ER2E 5SY3A 3IXKA 5P44A 5P8VA 4FRIA 3EC0A 5DPZA 4L7GA 4AA9A 3HVGA 5P3ZA 5JG1A 5DR1A 4BFDA 1K1TA 5P2BA 4RYCA 1EC2A 1FMXA 2H6TA 3DV1A 4PZXA 1QRPE 4Q1YA 1AM5A 5I70A 2P3CA 3OUCA 3NWXA 3FX5A 2Z54A 3OY4A 4DJQA 4YCYA 3UFNA 2VIYA 4RCDA 4DQFA 2AVSA 3FKTA 5P0OA 1HTRB 3O9LA 4HDFA 3F9QA 3BC4A 4NJVA 3I8WA 2JYSA 3VF3A 5P2AA 5P4LA 5P7TA 2AVMA 1BAIA 1YTHA 1B6JA 5OZ5A 2AOEA 4GJAA 5AGZA 2WEDA 3DV5A 4F76A 4Y3FA 1EBZA 5P66A 1HXBA 2AOFA 2XFJA 1EC3A 2OHLA 1RV7A 3IAWA 3MXEA 5OZ1A 2O4PA 5P3GA 4CKUA 1IIQA 3HBOA 3SKFA 2AZ8A 4D89A 5P1VA 2UY0A 1AIDA 5P02A 5HU0A 2ER7E 5B18A 5P4UA 1B6KA 4K4QA 5P3WA 4ZPEA 5P0SA 5P3QA 1XS7D 2P3BA 2Q54A 1A30A 1DW6C 3I25A 5P8MA 3LINA 5OZQA 3UDJA 4DJYA 1HVHA 5P04A 4QGIA 1C70A 4DI2A 1IBQA 3O9LB 3GGUA 3RTNA 4A4QA 5DGUA 5IVQA 2APRA 3ZKQA 2ZE1A 4Q5MA 5P5PA 2QCIA 4YBFA 4RZ1A 4Y5BA 2O4NA 3ZPTA 3OQDA 3S45A 4YD5A 3KDCA 5P5JA 3KA2A 1UH7A 5P6ZA 4Y44A 5P2UA 1PPME 3MXDA 2IENA 3PWMA 4UPJA 4XXSA 2QMFA 3ZKXA 3SKGA 3Q5HA 5P5IA 4GB2A 1M4HA 3IVIA 1FMUA 3EKQA 2QNQA 3S2OA 5P39A 2ER0E 4ZSQA 1YG9A 2AODA 4Y3LA 2V11C 3FSMA 3UQWA 5P10A 2WF2A 2I4DA 1K6TA 5AH6A 4TRWA 5P22A 4U7QA 4ZIPA 5P3FA 4EQ0A 5P2RA 3NWQA 1KJGA 3IN3A 5P12A 3I6OA 3S54A 3OQ7A 1W5XA 2G20A 4Y3WA 3UCBA 3LIVA 5P2JA 5P5LA 3PVKA 2QI6A 5P2CA 4TRZA 1IDBA 4Y3JA 5P68A 5P7IA 1XL2A 3R2FA 1HPOA 5AH9A 5P4KA 5P6GA 4AA8A 3APRE 5P3CA 4Y3GA 5P5AA 3URIA 4YOAA 5HE5A 4I0IA 1VIKA 5P0YA 3BGBA 2JXRA 1APUE 2G1OA 2WEAA 5P08A 2RMPA 2G22A 4WTUA 5P7XA 5P1UA 1TW7A 3KFNA 1RNEA 3TH9A 3UDKA 3ST5A 1W5YA 1GNNA 2OHKA 2WEZA 1K1UA 2CEMA 3NDWA 5P4DA 2MIPA 4BELA 4I0DA 1ZAPA 3LITA 3EXOA 4Y38A 5P46A 3KFPA 5OZ3A 4Y53A 5OYSA 3FV3A 5P1AA 2VA6A 4H1EA 1YM2A 5P7RA 5OZMA 3PRSA 2QMDA 3H0BA 1HSGA 1OEWA 5P8NA 4OBHA 1SDUA 3UDPA 5P6LA 1SGZA 4JOOA 5KR2A 5P41A 1BDLA 2JJIA 1W5VA 1APVE 3QAAA 5P7UA 2B7FA 1SBGA 4EYRA 4EP2A 1MRWA 3VSWA 5P2VA 2R38A 4Z22A 4Y3HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VYE A;  5P3I A;  5OZS A;  5P43 A;  1IVQ A;  5P56 A;  2I4Q A;  3TPR A;  3DCK A;  9HVP A;  1EPQ E;  1XN3 A;  2FXE A;  5JFP A;  3JW2 A;  3UTL A;  4GJ9 A;  5DQ5 A;  3NLS A;  1C6X A;  2QNN A;  5P1N A;  2PYM A;  2AVO A;  5P3K A;  3UDM A;  2HS2 A;  3O9F A;  1HVS A;  1BXO A;  3FNT A;  4CPW A;  5P2S A;  2AVV A;  5P74 A;  5P7N A;  3VF5 A;  3RSX A;  3GGX A;  5P4O A;  2HB3 A;  1EC1 A;  2BKS A;  4OBJ A;  2Q55 A;  5P5K A;  3VFA A;  1APW E;  5P83 A;  3IXO A;  5COO A;  2G1Y A;  3O9E A;  5P2W A;  5HCT A;  2V12 C;  5P0E A;  2QI5 A;  4HDB A;  1TCX A;  4DJO A;  1DPJ A;  1GNM A;  3ZMG A;  5P03 A;  2B8V A;  5P54 A;  4HLA A;  5P5U A;  2J9J A;  3H5B A;  4I8W A;  1M43 A;  1IZD A;  1GVX A;  5P6P A;  1ODX A;  4F75 A;  3U7S A;  1BVG A;  5P2I A;  5P5Z A;  2Q3K A;  1A8K A;  2R3W A;  5P8H A;  5ISK A;  4B00 A;  3IA9 A;  4R5N A;  3URL A;  3WZ7 A;  3OTY A;  5I3W A;  5P53 A;  5P71 A;  2P8H A;  5P88 A;  1LF2 A;  1MVP A;  5P77 A;  5P1M A;  2FMB A;  4DJP A;  5BRY A;  5P5E A;  3L5E A;  5KR1 A;  5P3B A;  4Y3X A;  4H3I A;  2VA5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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